TAKSONOMI BAKTERI
2. NUMERICAL TAXONOMY
didasarkan pd kesamaan dr sejumlah besar karakter fenotipik secara
keseluruhan. Metode ini prosesnya lebih lengkap dari pada pd klasifikasi
konvensional, lebih dari 50 karakter fenotipik diuji dan data diprogram di
komputer
3.MOLEKULER TAXONOMY
didasrkan pada parameter DNA, seperti komposisi dasar guanine
cytosine (G+C) homolog, restriksi framen-length polymorphism (RFLP) dan
tranfer gen
4.CHEMOTAXONOMY
didasarkan pada pembentukan komponen sel, profil metabolik, pigmen
misal : komposisi kimia dr peptidoglykan, komponen gula dan asam
amino
KONVENSIONAL TAXONOMY
Reaksi positif akan terjadi bila ada nitrit dalam medium. Oleh
karena itu medium yang berisi nitrit akan lebih mungkin beraksi
positif dengan membentuk warna ungu dibandingkan medium
yang berisi nitrat dan pada spesies yang mungkin dapat
mereduksi nitrat menjadi nitrit seperti pada beberapa
pseudomonads.
4. Kebutuhan oksigen ( oksidasi fermentasi = OF )
Dalam pengujian oksidatif – fermentative, suspensi bakteri
diinokulasikan pada medium untuk OF test dalam tabung
reaksi. Salah satu tabung yang telah diinokulasi, permukaan
mediumnya ditutup dengan minyak paraffin steril setinggi 1 cm
Hal ini berarti isolat yang diuji tidak ada aktivitas enzim
levan sukrase yang memproduksi polifruktose seperti X.
campestris. Seperti pendapat Fahy & Hayward (1983),
bahwa koloni yang terbentuk pada medium sukrosa 5%
transparan sampai tidak tembus cahaya, berkilau, mucoid,
cembung seperti bentuk kubah. Koloni berdiameter 3-5 mm
setelah 2 hari dan 5-7 mm setelah 3 hari inkubasi.
11. Hidrolisis Arginin
1.Oksidatif
…………………………………………………………………………………. 2
fermentatif
……………………………………………………………………………… Erwinia
4.Oksidatif + …………………………………………………………………………….
5
Oksidatif -
…………………………………………………………………………….. 6
SIFAT-SIFAT PENTING
BEBERAPA BAKTERI PATOGEN TANAMAN
GRAM NEGATIF
Identifikasi Bakteri
Ciri-ciri utama genus bakteri patogenik tumbuhan :
1. Agrobakterium
- berbentuk batang 0,8 x 1,5- 3 um
- bergerak dgn 1 – 4 flagel peritrich atau 1 lateral
- menghasilkan polisakarida sangat banyak bila pada medium
banyak karbohidrat
- koloni tidak berwarna dan halus
- pada rizosfer dan soil inhabitant
- ada 3 spesies
2. Clavibacter (Corynebacterium)
- bentuk batang lurus agak sedikit bengkok 0,5 – 0,9 x 1,5 – 4 um
- umumnya tidak bergerak, kadang punya 1-2 flagel polar
- gram positif
- ada 5 spesies
3. Erwinia
- bentuk batang lurus 0,5-1,0 x 1,0-3,0 um
- bergerak dengan bbrp fflagel peritrich
- bersifat anaerob fakultatif
- bbrp tidak mengasilkan enzim pektik nekrotik E. amilovora
- bbrp punya aktifitas pektolitik busuk lunak E. carotovora
- ada 21 spesies
4. Pseudomonas
- bentuk batang yg lurus sampai melengkung 0,5-1 x 1,5-4 um
- flagel satu- banyak polar
-ada yang menghasilkan pigmen fluoresen ada yang tidak
- contoh : P. putida dan P. fluorescens pigmen fluorescens
P. solanacearum (R. solaancearum) tidak
- Ada 17 spesies
5. Xanthomonas
- berbentuk batang lurus 0,4-1,0 x 1,2-3 um
- flagel satu polar
- pada medium agar umumnya kuning
- pertumbuhan lambat
- semua spesies patogen tumbuhan
- ada 5 spesies
6. Streptomyces
- hifa ramping
- bercabang tanpa sekat melintang, diameter 0,5 – 2 um
- semua spesies penghuni tanah tetap
- gram positif
- ada 2 spesies
TEST YG DIGUNAKAN UNTUK MEMBEDAKAN BEBERAPA
SPESIES PSEUDOMONAS PATOGEN TANAMAN
P. syringae + - - - +
P. fluorescens - + - + -
P. viridiflava - - + - +
PERBEDAAN RALSTONIA SOLANACEARUM
DALAM RAS