RANDOM AMPLIFICATION

POLYMORPHIC DNA
(RAPD)

Kelompok 1 Bioteknologi
1. Chassey Widya Damanik
2. Linawati Siregar
3. Rinova Dongoran
OUTLINE
01 APA ITU RAPD ?

02 TUJUAN RAPD

03 FUNGSI RAPD

04 TEKNIK RAPD

05 MEKANISME RAPD

06 KELEBIHAN DAN KEKURANGAN

RANDOM AMPLIFICATION
POLYMORPHIC DNA (RAPD)
APA ITU RAPD?

RAPD merupakan salah satu penanda molekuler yang umum digunakan sebagai metode untuk
mengukur keanekaragaman yang menunjukkan variasi genetik. RAPD juga merupakan marka
molekuler yang lebih cepat, lebih murah, dan lebih mudah dibandingkan Amplified Fragment
Length Polymorphism (AFLP) dan Random Fragment Length Polymorphism (RFLP), dalam
mempelajari keragaman genetik, hubungan kekerabatan antar genotipe, dan identifikasi varietas.
Karena teknik RAPD memiliki keunggulan yaitu murah dan relatif mudah dilakukan karena hanya
memerlukan sejumlah kecil DNA. Penggunaan penanda RAPD memungkinkan untuk mendeteksi
polimorfisme fragmen DNA yang diseleksi dengan menggunakan satu primer bersifat acak.
Dimana teknik RAPD ini telah banyak diaplikasikan dalam kegiatan pemuliaan tanaman antara
lain untuk analisis keragaman plasma nutfah tanaman jambu mete. Metode ini dikembangkan
berdasarkan PCR (Polymerase Chain Reaction).
APA ITU RAPD ?
RAPD merupakan penanda molekular dengan teknik polymerase chain
reaction (PCR) yang sudah digunakan sejak tahun 1990 untuk mengetahui
variasi intra spesifik genetik ditingkat nucleus.

Pananda RAPD pertama kali ditemukan untuk mendeteksi adanya

polimorfisme dalam suatu segmen DNA

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) merupakan salah satu

marka molekuler berbasis PCR yang banyak digunakan dalam
mengidentifikasi keragaman pada tingkat intraspesies maupun
antarspesies.
TUJUAN RAPD

Molekuler PCR-RAPD bertujuan untuk mengamplifikasi

DNA polimorfik, namun segmen DNA yang
diamplifikasi tidak diketahui dan akan dipilih secara
acak. Amplifikasi pita DNA tidak memerlukan
pengetahuan tentang urutan DNA untuk gen target,
karena primer akan mengikat pada suatu tempat yang
didapatkan secara acak.
 FUNGSI RAPD
Metode RAPD digunakan untuk mendeteksi polimorfisme DNA
01
RAPD juga dapat digunakan untuk mengidentifikasi sejumlah besar
02 polimorfisme DNA pada genom dengan cepat

RAPD dapat digunakan untuk mendeteksi sekuen nukleotida yang

03 polimorfis dengan bantuan mesin PCR dan sebuah
primer tunggal RAPD
Metode RAPD digunakan untuk mengidentifikasi sejumlah
04 besar polimorfisme DNA pada genom dengan cepat dan
efisien.

RAPD dapat digunakan untuk mempelajari genetik tanaman

05 tahunan

Teknik RAPD telah banyak diaplikasikan dalam kegiatan

06 pemuliaan tanaman
Penanda molekuker RAPD adalah aplikasi PCR yang
07 digunakan untuk mendeteksi adanya suatu polimorfisme
DNA dalam suatu populasi atau antar populasi.
 TEKNIK RAPD

Teknik PCR-RAPD merupakan salah satu Teknik RAPD membutuhkan amplifikasi

teknik molekuler untuk daerah genom tertentu dari suatu
mempelajari keanekaragaman organisme.
genetika.

Teknik RAPD hanya digunakan pada satu

primer arbitrasi yang dapat
menempel pada kedua utas DNA
setelah didenaturasi pada situs
tertentu yang homolog dengan
spesifitas penempelan yang tinggi
Teknik RAPD memberikan hasil yang lebih
cepat dibandingkan dengan
teknik molekuler lainnya.
MEKANISME Penelitian yang berbeda juga menjelaskan
program PCR yang dijalankan dalam
RAPD teknik analisis RAPD menggunakan 35
siklus dengan DNA genom alfaalfa
Prinsip kerja dari teknologi RAPD 10-mers (panjang nukleotida) secara acak
dengan menggunakan rantai
oligonukleotida pendek (10 basa
nitrogen) sekuens acak sebagai
primer untuk mengamplifikasi
jumlah genom DNA dibawah
suhu annealing rendah dengan
PCR

Pada beberapa penelitian dijelaskan

prinsip kerja dari metode PCR-RAPD
adalah mengaplikasikan PCR dengan cara
mengamplifikasikan urutan
nukleotida dengan menggunakan
primer acak.
 KELEBIHAN RAPD
Tidak diperlukan DNA probe atau informasi Teknik RAPD memiliki kemampuan yang
sekuen untuk desain primer cepat dalam mendeteksi
polimorfisme pada sejumlah lokus.
01 04

Metode RAPD ini relatif

Metode RAPD mampu
sederhana
menampilkan hasil dalam
02 05 waktu relatif singkat.

Pada metode ini DNA genom yang

dideteksi berada pada strigency Karakter yang muncul sangat banyak
yang rendah
03 06 tergantung pada primer yang
digunakan.
 KELEMAHAN RAPD

Kelemahan dari penggunaan Penanda RAPD pewarisannya

RAPD yaitu marker bersifat dominan
RAPD dominan

Reproducibility yang rendah, Penanda RAPD tidak dapat

namun kelemahan ini dapat membedakan individu homozigot
diatasi dengan konsistensi dan heterozigot karena bersifat
kondisi PCR sebagai penanda dominan
 KESIMPULAN
Teknik PCR RAPD dapat mendeteksi DNA polimorfik yang
disebabkan oleh tidak adanya amplifikasi pada
suatu lokus yang disebabkan oleh adanya perbedaan urutan
basa nukleotida pada titik penempelan primer. Teknik ini
melibatkan penempelan primer yang
dirancang secara khusus sepuluh nukleotida pada
cetakan DNA yang komplementer, selanjutnya akan
dibentuk menjadi utas DNA baru. Teknik RAPD hanya
digunakan pada satu primer arbitrasi yang dapat
menempel pada kedua utas DNA setelah didenaturasi pada
situs tertentu yang homolog dengan spesifitas
penempelan yang tinggi. RAPD dapat digunakan
untuk mendeteksi sekuen nukleotida yang polimorfis
dengan bantuan mesin PCR dan sebuah primer
tunggal RAPD yang sangat bermanfaat untuk
menghasilkan penanda molekuler.
Thank you