Pengumpulan, pengiriman dan

penanganan spesimen dalam mikologi

Pembimbing:
Dr. dr. Anna Rozaliyani, M.Biomed, Sp.P

Oleh:
Edho Yuwono
Jessica Levina
Evy Beatrix Senduk
PPDS Sp-1 Parasitologi Klinik
FK UI
2021
 Pembahasan
A. Pengumpulan dan pengiriman spesimen
B. Penanganan spesimen, perlakuan awal dan
keamanan
C. Panduan penanganan spesimen dan kultur
D. Pemilihan media kultur dan inkubasi
A. Pengumpulan dan pengiriman spesimen

• Tujuan dari laboratorium mikologi yang baik

isolasi dan identifikasi jamur penyebab infeksi
 diperlukan panduan dalam menentukan
kelayakan, pengumpulan dan pengiriman
spesimen.
Jenis spesimen yang umum diperiksa untuk kultur jamur
• Abses
• Darah
• Sumsum tulang
• Kateter intravaskular
• Kulit, rambut, kuku
• Mata (kerokan kornea, cairan vitreus)
• Peralatan medis
• Cairan prostat
• Saluran pernafasan bawah
• Saluran pernafasan atas
• Cairan tubuh steril (LCS, cairan perikardium, cairan peritoneum, cairan
sinovial)
• Feses
• Jaringan
• Urin
• Sekret vagina
Spesimen
• Media penyimpanan
• Suhu penyimpanan
• Mengandung bakteri flora normal
• Menentukan jamur penyebab
• Volume/jumlah
Keterangan
Wadah steril tahan bocor, tidak memakai
wadah yang anaerob
Jamur-jamur tertentu sensitif pada suhu >
370C dan < 100C. Contoh: dermatofita
pada suhu dingin
Sesegera mungkin diperiksa. Jika tidak
memungkinkan diperiksa dalam waktu 2
jam, dapat disimpan pada suhu 40C
Diambil dari predileksi utamanya. Contoh:
cairan otak pada kasus meningitis.
Spesimen diluar predileksi utama dapat
digunakan. Contoh: cairan prostat pada
kasus mikosis endemik (walau tidak rutin
digunakan)
Membutuhkan lebih banyak jumlah
spesimen
B. Penanganan spesimen, perlakuan
awal dan keamanan
• Jika ada spesimen yang tidak layak sampel
ditolak dan diberitahukan kepada dokter
pengirim
• Spesimen yang tidak layak mempengaruhi
interpretasi dan menyebabkan false negative
• Menurut JCAHO (Joint Commission on
Accreditation of Healthcare Organizations):
Persyaratan Keterangan
• Formulir permintaan pemeriksaan Nama, usia, jenis kelamin, alamat,
dokter pengirim, lokasi kultur spesifik,
tanggal dan waktu pengambilan,
nama yang mengambil spesimen,
diagnosis klinis, permintaan kultur
khusus
• Spesimen Label yang bertuliskan nama pasien,
alamat, dokter pengirim, tanggal dan
waktu pengambilan.
• Beberapa spesimen memerlukan perlakuan
awal untuk dapat menemukan jamur dan
mengurangi atau mengeliminasi bakteri
• Dalam mengerjakan spesimen sarung
tangan, BSC (level 2)
C. Panduan penanganan spesimen
dan kultur
Abses
a. Prosedur pengambilan
• Abses tertutup aspirasi memakai spuit steril
dari tepi abses
• Abses terbuka memakai kapas lidi steril
(swab)
b. Waktu pengiriman dibawah 2 jam; jika lebih
lama dapat disimpan pada suhu ruang
c. Penanganan spesimen
• Jika pus tebal dilisiskan dan disentrifuge
terlebih dahulu
• Yang perlu diamati granul/butiran dan
warna pus. Granul/butiran pus misetoma
• Jika tidak ada butiran/granul ditanam
langsung pada media kultur
• Jika terdapat butiran/granul, maka:

Pisahkan dari spesimen

Bilas dengan air distilata/ garam faal+antibiotik

Granul/butiran diuraikan dengan ujung kaca objek dibuat sediaan

langsung untuk diamati dibawah mikroskop hifa sejati dan batang
gram +

Jika ditemukan batang gram +  pewarnaan modifikasi Zn Nocardia

Sebagian granul/butiran dihancurkan dengan alu steril dan lesung

ditanam pada media kultur
Darah
• Fungemia penyebab utama adalah Candida
spp.
• Fungemia endokarditis
• Pada 270 kasus endokarditis yang disebabkan
jamur Candida albicans, Candida non albicans
spp., Aspergillus spp., Histoplasma spp., dan
jenis ragi serta kapang lainnya.
• Di eropa jika hasil kultur darah negatif untuk
kecurigaan endokarditis kandida dilanjutkan
dengan pemeriksaan serologi candida
a. Prosedur pengambilan
A/antisepsis kulit dengan
povidon-iodine/chlorhexidine yang dibagi kedalam
dua botol kultur darah
Yang perlu diperhatikan:
 Volume darah: 20-30 ml
 Rasio darah-kaldu: 1:10
 Kultur yang digunakan

b. Waktu pengiriman dibawah 2 jam; jika lebih lama

dapat disimpan pada suhu ruang
c. Penanganan spesimen
Teknik kultur darah:
• Manual:
- Konvensional
- Bifasik
- Lysis-centrifugation KAPANG
• Automatic dan Continuous
monitoring systems
Sumsum tulang
• Sangat berguna dalam diagnosis candidiasis,
kriptokokosis dan histoplasmosis diseminata
• Spesimen sebanyak 0,5 ml pada anak, 3 ml
pada dewasa; disimpan dalam spuit yang
mengandung antikoagulan atau tabung
isolator atau tabung isolator pediatrik.
• Pada penderita imunokompeten jarang
ditemukan jamur penyebab (kecuali pada
H.capsulatum), sedangkan pada
imunokompromais Aspergilus spp., Candida
spp., Cryptococcus spp., Histoplasma
capsulatum dan Talaromyces marneffei
Tip kateter intravaskular
• Spesimen: tips kateter intravena atau intra-
arterial dengan bagian distal nya 3-5 cm
• Spesimen dimasukkan dalam wadah steril dan
disimpan dalam suhu ruangan
• Teknik semikuantitatif (Maki et al.) ujung
kateter digulingkan dipermukaan lempeng
agar sebanyak empat kali positif jika ≥ 15
CFU
SPESIMEN KUTANEUS (RAMBUT,
KULIT, KUKU)
 RAMBUT
• Bagian terpenting : Akar rambut
• Pemeriksaan: Kultur jamur
• Klinis rambut:
– Rambut terinfeksi tampak:
• Kusam
• Rusak
– Rambut yang berpendar saat diperiksa dengan
lampu Wood merupakan pilihan untuk
dilakukan kultur.
 RAMBUT
• Cara memperoleh:
– Mencabut (lebih baik dari pada mengguntingnya)
– Rambut dapat dikumpulkan dengan menggunakan sikat gigi
berbulu lembut dan mengusap secara sirkular pada daerah /
bercak alopesia (hair loss).
– Rambut dibersihkan dengan alcohol 70% dan biarkan kering.

• Pengiriman spesimen:
– Rambut dikirim dalam container steril / bersih, amplop
kertas kering
 KULIT
• Bagian terpenting: Diambil di tepi lesi, jika diambil bagian
tengah sering tidak hidup jika dikultur.

• Cara memperoleh:
– Kulit dibersihkan dengan alkohol 70% dan dibiarkan kering.
– Kulit harus dikerok dengan skalpel tumpul atau kaca objek atau disikat
dengan kuat secara melingkar menggunakan sikat gigi berbulu lembut.

• Pengiriman spesimen:
– Dikirim dengan kontainer steril atau bersih, amplop kertas kering atau
kirim sikat giginya.
 KUKU
• Cara memperoleh:
– Kuku harus dibersihkan dengan alkohol 70% dan digunting
atau dikerok dengan scalpel.
– Jika ingin mengambil ujung bawah kuku, harus dikerok
juga.
• Pengiriman spesimen:
– Dimasukan ke kontainer steril atau amplop kertas yang
sudah di desain khusus.
• Sebelum dibiak, kuku harus dicincang atau dihaluskan
menjadi potongan – potongan kecil dengan skalpel.
• Semua spesimen kutan harus dikultur dalam medium agar
dengan menekannya ke agar dengan swab steril / skalpel.
• Potongan – potongan disebarkan secara merata di atas
permukaan agar.
• Tidak menggores dengan ose steril.
• Jika menggunakan sikat gigi (spesimen kulit dan atau
rambut), sikat harus ditekan lembut diatas permukaan
medium pada 4 – 5 tempat (meninggalkan jejak/bekas).
• Jika terdapat organisme, pertumbuhan dapat terjadi di
jejak/bekas tersebut.
 Dematofita Non-Dermatofita

Medium (inhibitory): Medium (non-

SDA + inhibitory):
chloramphenicol + • SDA
cycloheximide
(Mycosel)

• Secara alami, spesimen kulit biasanya terkontaminasi dengan

bakteri.
• Tetapi jamur non-dematofita: Trichosporon spp., Scopulariopsis
dan Fusarium  sensitif terhadap chloramphenicol dan
cycloheximide.
• Untuk pasien dengan dugaan Pityriasis
versicolor (penyebab: Malassezia furfur)
diagnosis berdasarkan pemeriksaan
mikroskopik langsung.

• Pada kultur: menggunakan Sabouraud dextrose

agar dan minyak zaitun atau paper disk
saturated with olive oil diletakkan di kuadran
pertama dari plate.
• M. furfur tumbuh baik pada suhu ≥ 35°C
namun dapat tumbuh juga pada suhu 30°C.

• Spesimen kutaneus sebaiknya tidak

dimasukkan ke kulkas karena dermatofita
sensitif terhadap suhu rendah.
SPESIMEN MATA
 SPESIMEN MATA
• Beberapa tipe infeksi mata membutuhkan kerokan kornea
dan / atau vitreous humor yang diperoleh dari oftamologis.
• Penyakit: Keratitis fungal, endoftalmitis fungal, dan
okulomikosis.
Keratitis fungal Endoftalmitis fungal Okulomikosis

• Penyebab tersering: • Penyebab tersering: • Okulomikosis merupakan

• Acremonium spp. • Aspergillus spp. hasil dari rhinocerebral
• Aspergillus spp. • Blastomyces dermatitidis mucormycosis dan
• C. Albicans, • Candida spp. endoftalmitis fungal,
daerah yang termasuk
• C. Parapsilosis • C. Neoformans
adalah mata dan jaringan
• C. Tropicalis • Coccidioides spp. sekitar.
• Curvularia spp. • H. Capsulatum
• Fusarium spp. • Paracoccidioides
brasiliensis
• Sporothrix schenckii
• Diagnosis: mencari organisme penyebab
dengan mikroskopik dan hasil kultur.

• Kerokan kornea diambil oleh klinisi dan

dikultur di media dengan ose steril.

• Materi yang sangat sedikit biasanya diperoleh

karena risiko penipisan kornea dan perforasi.
• Klinisi harus disarankan untuk mengkultur spesimen
langsung ke medium agar non inhibitory (SDA)

• Kemudian ada yang diletakkan di kaca objek untuk

diwarnai.

• Kerokan harus diletakkan pada 2 atau 3 tempat pada

plate agar menggunakan X-or C- shaped motion.

• Disimpan pada suhu ruangan dan di transport

secepatnya ke laboratorium.
• Vitreous humor  gelatinous material yang
mengisi ruang antara lensa mata dan retina.

• Ketika diambil spesimen oleh klinisi, vitreous

sering terdilusi dengan cairan irigasi. Sehingga
perlu dikonsentrasi dengan sentrifugasi 
sedimen digunakan untuk kultur dan
membuat pulasan.
• Spesimen harus diletakkan SDA, inhibitory
mold agar, dan/atau Brain heart infusion (BHI)
agar dengan 10% darah kambing dan
diinkubasi pada suhu 30°C.

• Media mengandung cycloheximide harus

dihindari.
ALAT MEDIS
• Berbagai jenis alat medis dapat dilakukan kultur, seperti:
– Lensa kontak
– Stents
– Penutup luka (wound-healing dressing)
– Kontrasepsi
– Surgical implant
– Replacement joints
• Dikumpulkan dari ruang operasi dan harus diserahkan
pada kontainer steril dan ditransport dan disimpan pada
suhu ruang.
• Jika memang didapatkan positif  dikerok
dari agar media yang sudah diokulasi tersebut
dengan scalpel steril.

• Spesimen diletakkan pada : inhibitory mold

agar, dan/atau BHI agar dengan 10% darah
domba dan diinkubasi pada suhu 30°C.
• Media mengandung cycloheximide dihindari.

• Jika biofilm tumbuh, area tidak jelas, bagian

alat medis harus diisi pada broth medium
seperti BHI broth dan diinkubasi pada suhu
30°C.
CAIRAN PROSTAT
• Cairan prostat terdiri dari:
– Sekresi dari testis
– Sekresi dari vesikula seminalis
– Sekresi dari prostat
– Sekresi dari kelenjar bulbourethral
• Setelah kandung kemih dikosongkan, kelenjar
prostat dipijat untuk menghasilkan cairan
prostat murni.
• Gejala klinis utama adalah keluhan riwayat
infeksi saluran kencing kronik tetapi hasil kultur
negatif biasanya positif ketika dikultur jamur.
• Sekresi harus diperiksa secara mikroskopik.
• Setelah cairan prostat diperoleh, selanjutnya
spesimen urin juga harus didapatkan, dan
dikirimkan untuk kultur karena urin tersebut
bisa bermakna tinggi.
SPESIMEN SALURAN NAPAS BAWAH
• Sputum
• Bronchial Aspirate
• Bronchoalbeolar Lavage
• Cara memperoleh : setelah pasien menyikat
gigi, sputum harus dikumpulkan pada pagi hari.
• Sputum 24 jam diterima untuk kultur jamur.
• Kekentalan spesimen saluran napas bawah
diperhatikan sebelum diproses.
• Lisis  dengan obat mukolitik seperti N-acetyl-
L-cycsteine, 5% oxalic acid atau dithiothereitol
(Sputolysin)
• Sentrifugasi pada 2000 x g selama 10 menit 
sentrifugasi meningkatkan jumlah bakteri pada
sedimen dan untuk alasan tersebut, medium yang
digunakan: SDA + antimikroba (tanpa cycloximide).

• Hindari penggunaan : Sodium hydroxide (digunakan

untuk mengkonsentrasi spesimen untuk deteksi
Micobacterium  karena menghambat
pertumbuhan banyak jamur)
• Seperti pada bakteri, spesimen saluran napas
bawah diperiksa juga ada / tidaknya darah, pus,
bagian nekrotik, karena dapat menjadi hasil
bermakna.

• Karena Candida spp. merupakan jamur yang

paling sering diisolasi dari spesimen saluran
napas pasien dengan fibrosis cystic 
menggunakan medium Chromogenik dan
membedakan spesies Candida.
• Scedosporium merupakan jamur tersering
kedua yang berhubungan dengan fibrosis
cystic dan penggunakaan Scedosporium-
selective medium mengandung antijamur
dichloran dan benomyl (bertujuan untuk
meningkatkan isolasi jamur ini) .
SPESIMEN SALURAN NAPAS ATAS
• Spesimen mulut
• Spesimen orofaring
• Permukaan mukosa gusi, lesi mulut dan
spesimen orofaringeal dikirim untuk kultur
jamur (skrining candidiasis)

• Ketika terdapat sariawan, lesi digores lembut

dengan swab lembab dan dikirim utnuk
pemeriksaan mikroskopik dan kultur.
• Media kultur: SDA + antibiotik atau
Chromogenic agar (untuk Candida spp.).

• Kultur tidak diperlukan untuk menegakkan

diagnosis kandidiasis. Namun, jika mikroskop
tidak tersedia kultur dapat dijadikan alternatif
untuk diagnosis.
• Terkadang, lesi oral bisa terlihat bersama
dengan histoplasmosis atau
paracoccidioidomycosis, tapi memang tidak
begitu mirip dengan yang terlihat pada
Candida spp.

• Jika dugaan jamur  kultur dan pemeriksaan

mikroskopik harus dilakukan.
• Swab nasal: kontaminasi dari spora lingkungan
pada cavum nasal  intepretasi kultur sulit.

• Jaringan nasal atau sinus washing  spesimen

yang lebih baik dan sebaiknya dibiak pada
media SDA + antibiotic (tanpa cycloheximide,
karena Aspergillus spp. sensitif terhadap
cycloheximide)
CAIRAN TUBUH STERIL
• Cerebrospinal Fluid (CSF)
• Pericardial fluid
• Peritoneal fluid
• Synovial fluid
• Wadah cairan tubuh steril: tabung vacutainer dengan
heparin mencegah penggumpalan. (kecuali CSF)
• Lysis-centrifugation Isolator tubes juga dapat digunakan
untuk tujuan ini.
• Volume specimen ≥2 ml , tabung + CSF disentrifugasi
pada 2000xg selama 10 menit  sedimen bisa untuk
kultur; supernatan untuk pemeriksaan serologi.
• Volume specimen < 2 ml  semua spesimen dibiak
segera
• Penggunaan Sentrifugasi Cytospin disarankan.
• Karena cairan steril jarang positif pada kultur,
banyak lab menggunakan medium agar miring
dengan tutup berulir dibanding dengan cawan
petri untuk mengurangi kontaminasi.
• Pemeriksaan kontaminasi pada biosafety
cabinet dengan meletakkan plate agar steril
 jika tumbuh jamur berarti saat pengerjaan
spesimen terdapat kontaminasi.
FESES
• Pengiriman spesimen feses untuk kultur jamur rutin
kurang disarankan.
• Banyak Candida spp. adalah bagian dari biota feses
normal, apapun yang mengganggu biota normal
saluran pencernaan, seperti pola makan atau
penggunaan antibiotic  dapat menghasilkan
dominasi ragi saat feses dikultur.
• Jika penyakit diduga penyakit Candida invasif 
sebaiknya dilakukan kolonoskopi dan biopsi jaringan
JARINGAN
• Jamur yang ada di jaringan
paling baik  jaringan
dicincang, bukan digiling
(kecuali H. capsulatum).
• Untuk mucor, jaringan
yang dicincang
meningkatkan
kemampuan tumbuh
organisme.
• Jaringan dicincang dengan
skalpel dan potongan –
potongan jaringan ditekan
pada agar sehingga
sebagian terbenam.
• Satu sampai 4 potongan sebaiknya diletakan
pada masing-masing medium.
• Tidak menggunakan ose steril.
• Jamur akan tumbuh dari potongan jaringan
tersebut  menandakan jamur tumbuh bukan
dari kontaminasi.
• Sebagian jaringan dapat digiling dan
digunakan untuk pemeriksaan mikroskopik.
• Ketika diduga H.capsulatum, jaringan harus digiling atau
dihomogenisasi.
• Karena patogen ini intraselular  organisme harus
keluar dari sel untuk dapat tumbuh pada media.
• Jika dibutuhkan, sedikit kaldu steril atau air distilasi
ditambahkan untuk menghaluskan proses penggilingan.
• Jaringan subkuran haris diperiksa ada / tidaknya granul.
• Jaringan yang sudah homogen ditanam pada : agar +
antibiotik dan untuk mikosis sistemik :agar + darah +
antibiotik.
URIN
• Spesimen Urin Clean – catch, suprapubik atau
dari kateter diperoleh pada pagi hari.
• Volume: disarankan 10-50 ml
• Disentrifugasi 2000 x g selama 10 menit.
• Sedimen untuk pemeriksaan mikroskopik dan
kultur.
• Urin 24 jam tidak diterima.
SPESIMEN VAGINA
• Spesimen vagina untuk kultur jamur (biasanya
untuk skrining kandidiasis).

• Candida spp. adalah biota normal vagina.

• Diagnosis: Gejala klinis + pemeriksaan

mikroskopik atau kultur positif
• Kultur tidak dibutuhkan untuk konfirmasi tetapi jika
pemeriksaan mikroskopik tidak tersedia, kultur bisa
digunakan.
• Penggunaan media + antibakterial atau Chrom agar
untuk Candida spp.
• Kondisi langka, lesi vagina terlihat dengan
histoplasmosis atau paracoccidioidomycosis.
• Lesi tersebut tidak menyerupai Candida spp.
• Jika diduga demikian, kultur dan pemeriksaan
mikroskopik harus dilakukan.
D. Pemilihan media kultur dan inkubasi

• Media primer tanpa antibakteri atau antijamur

• Media primer dengan antibakteri dan
antijamur
 Media primer tanpa antibakteri atau antijamur

• Brain heart infusion(BHI): Dengan atau tanpa darah domba,

pertumbuhan semua jamur
• Littman oxgall agar : untuk isolasi jamur dan dermatofita ,
pertumbuhan semua jamur; oxgall,mencegah penyebaran koloni
• SDA: Glukosa SDA 4%, pH agak asam ,dermatofita tumbuh terlalu
cepat dengan bakteri; Candida glabrata tumbuh dengan lambat
• SDA Emmon: 2% glukosa, pH mendekati netral
(6,9) ,pertumbuhan semua jamur.
• Sabhi :Dengan atau tanpa darah domba Mendukung
pertumbuhan semua jamur, dirancang untuk dimorfik,darah
menghambat sporulasi
 Media primer dengan antibakteri dan antijamur

• SAB dengan kloramfenikol, glukosa 1% dan

sikloheksimida,Menghambat bakteri, tetapi sikloheksimida
menghambat banyak jamur pathogen
• Dermatophyte Test Medium (DTM): Untuk diagnosis
dermatofita, menggunakan media perubahan warna
sebagai indikatornya, mengandung antibiotik untuk
menghambat bakteri, Sering positif palsu dengan media uji
Dermatofita dari nondermatofita
• Dermatophyte identification medium :Digunakan dengan
kloramfenikol dan amonium hidroksida,Pemulihan dimorfik
dari spesimen yang terkontaminasi
• Ekstrak jamur fosfat agar CHROM agar Candida atau
Albicans :Media selektif dan diferensial untuk isolasi dan
identifikasi dugaan Candida spp. Termasuk substrat
kromogenik ditambah antibakteri. Kebanyakan bakteri
dihambat; sangat baik untuk mendeteksi kultur campuran
ragi, jumlah spesies Candida terdeteksi tergantung pabrikan
• Media khusus Agar tepung jagung:Dengan dan tanpa Tween
80, Hasil penambahan Tween 80 dengan cepat dan formasi
klamidospora yang melimpah;mendukung pertumbuhan
sebagian besar jamur tetapi tidak ada inhibitor bakteri.
• Potato dextrose agar dan potato flake agar : Merangsang
produksi spora dan badan bersporulasi, digunakan untuk kultur
slide
• Rapid-sporulation agar:Sodium acetate agar, Untuk ragi,
menginduksi produksi askospora
• Scedosporium-selective medium: Berisi dichloran dan benomyl,
Mungkin perlu untuk mendeteksi Scedosporium dalam spesimen
pernapasan dari pasien dengan fibrosis kistik
• Niger seed or bird seed and esculin base medium: Mengandung
kloramfenikol; untuk isolasi selektif dan identifikasi Cryptococcus
spp. Cryptococcus spp. muncul sebagai koloni berwarna coklat
tua
TERIMA KASIH