E VA L U AT I O N O F G R E E N T E A P O LY P H E N O L S

A S N O V E L C O R O N A V I R U S (SARS CoV-2) MAIN

PROTEASE (Mpro) INHIBITORS – AN IN SILICO DOCKING
AND MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION STUDY

DOSEN PENGAMPUH KIMED II : DWI SYAH FITRA RAMADHAN, S. Farm., M.S. Farm

OLEH : KELOMPOK 5
 KELOMPOK 5

1. ULFA NOVIANTI RAHMADANI (F202001094)

2. LAXMI ADRIATIK (F202001095)

3. WA ODE IFAN MUSTIKAWATI (F202001096)

4. DINDA PRATIWI (F202001097)

5. SELVI EKAWATI (F202001098)

6. NINING FAUZIAH (F202001100)

 TUJUAN
PENELITIAN

Untuk mengetahui potensi delapan polifenol/katekin teh hijau ini untuk menghambat Mpro
menggunakan secara siliko studi docking, simulasi dinamika molekuler (MD), dan
pengikatan perhitungan energi bebas. Penelitian ini menyediakan tiga polifenol teh hijau
(EGCG, ECG dan GCG) yang dapat berfungsi sebagai inhibitor terhadap SARS CoV-2
Mpro.
 PENDAHULUAN

• Dinamika molekul adalah teknik simulasi komputer yang mengamati pergerakan

molekul molekul yang saling berinteraksi dengan menyimulasikan molekul yang
saling menarik dan mendorong dan menabrak satu sama lain.
• Simulasi dinamika molekul memberikan informasi statik dan dinamik pada skala
atomik yang selanjutnya dapat diolah menjadi informasi skala makroskopik seperti
tekanan, temperatur, dll.
• Teknik ini dapat digunakan dalam mempelajari stabilitas enzim atau protein, struktur
protein, perubahan konformasi, pelipatan protein, pengangkutan ion, dll
 METODE PENELITIAN

1. Persiapan ligan

2. Persiapan Mpro

3. Docking molekul

4. Simulasi MD

5. MM–GBSA

6. Analisis sifat farmakokinetik

PEMBAHASAN

Studi teoritis SARS CoV-2 menemukan

cakrawala baru ketika Yang dan rekan
kerjanya memecahkan struktur kristal
Mpro dengan kompleks N3.
Struktur kristal mengungkapkan bahwa
Mpro adalah protease sistein yang
merupakan homodimer yang terdiri dari
dua protomer identik.
Studi Docking Molekuler
Studi Docking Molekuler
Studi Docking Molekuler
Simulasi
MD
SIMULASI MD
MM-GBSA
 KESIMPULAN

Studi docking molekuler kami mengungkapkan bahwa lima polifenol [EGC, GC, C, EC dan CG] yang tidak
berinteraksi dengan His41 dan Cys145 dari diad katalitik Mpro, memiliki energi ikat lebih dari -7,0 kkal/mol. Tiga
polifenol lainnya [EGCG, ECG dan GCG] memiliki interaksi dengan salah kompleks' 14113.53 dan 13954.64 Å
satu atau kedua residu ini. Pengikatan ketiga poli ini 2, masing-masing, sedikit lebih rendah dibandingkan
dengan fenol sistem Mpro (unligated) berkisar antara -7,6 dan -9,0 kkal/mol dengan afinitas terendah untuk
GCG dan afinitas tertinggi untuk EGCG. Investigasi RMSD, RMSF, Rg dan SASA sangat mendukung temuan
ini

Secara keseluruhan, temuan kami mengungkapkan bahwa katekin/polifenol teh hijau (terutama EGCG, ECG,
dan GCG) dapat menjadi kandidat obat antiCOVID-19 yang manjur. Selain itu, penelitian ini membuka
pengujian futuristik (in vitrodanin vivo)kemungkinan tiga polifenol teh hijau ini melawan COVID-19
TERIMA KASIH