net/publication/236859697
CITATIONS READS
0 1,919
6 authors, including:
Some of the authors of this publication are also working on these related projects:
All content following this page was uploaded by Iman Maksum on 02 June 2014.
ABSTRAK
Diabetes melitus tipe 2 (DM tipe 2) dan katarak merupakan salah satu gambaran klinis yang
dikaitkan dengan penyakit mitokondria atau kegagalan sintesis ATP. Penyakit mitokondria
merupakan penyakit multisistem yang salah satu karakteristiknya adalah disebabkan oleh
beberapa mutasi DNA mitokondria (mtDNA). Kami telah menemukan mutasi baru G9053A
(gen ATP6) pada empat dari 20 pasien DM tipe 2 dan katarak yang membawa mutasi A3243G.
Subunit ATP6 yang dikode oleh mtDNA berperan penting pada proses transfer elektron dan
translokasi proton dalam sistem respirasi. Oleh karena itu, perlu dipelajari pengaruh mutasi
tersebut terhadap struktur subunit ATP6 melalui pendekatan bioinformatika, seperti Accelrys
Discovery Studio. Hasil analisis ini menunjukkan mutasi G9053A dapat meningkatkan energi
potensial (menurunkan stabilitas struktur) subunit ATP6 dan fluktuasi jarak interaksi antara asam
amino yang berperan dalam translokasi proton. Hal tersebut diduga dapat menyebabkan
terhambatnya translokasi proton yang berkaitan dengan sintesis ATP.
Kata Kunci: Mutasi baru G9053A, subunit ATP6, Accelrys Discovery Studio.
ABSTRACT
Type-2 diabetes mellitus (type-2 DM) and cataract are some of the clinical features
associated with mitochondrial diseases. Mitochondrial diseases is multisystemic disorders which
one of the characteristic is caused by some mitochondrial DNA (mtDNA) mutations. Here we
show that we have found G9053A as a novel mutation (ATP6 gene) in four of 20 patients which
carried A3243G mutations. ATP6 subunit that encoded by ATP6 gene in mtDNA which roles
important for electron transfer and proton translocation process in respiration system.
Therefore, The effect of this mutation to the structure of ATP6 subunit need to be further
elaborated using bioinformatics approaches, such as Accelrys Discovery Study. These results
showed that G9053A can increase the potential energy with decreasing the structure stability of
ATP6 subunit, and also this mutation increased the fluctuation of interaction distance between
amino acids that roles in proton translocation. These results have suggested that this mutation
can block proton translocation which associated with ATP synthesis.
Tabel 1 Klasifikasi mutasi yang ditemukan pada tujuh subjek berdasarkan perubahan asam
amino.
Untuk menentukan apakah tiga mutasi baru yang menyebabkan perubahan asam amino
tersebut berkaitan dengan kelainan mitokondria, maka perlu dihomologikan dengan genom
varian normal. Dua belas genom varian normal digunakan, yaitu sebelas genom diperoleh dari
GenBank, yang berasal dari Meksiko, Bolivia (La Paz), Peru (Ancash), Amerika Serikat
(Pennsylvania, Montana, North Dakota, dan Wisconsin), Kanada (Ojibwa), dan Indonesia
(Sunda dan Jawa), serta satu genom diperoleh dari hasil sequencing yang dilakukan bersamaan
dengan tujuh genom pasien katarak dan DM tipe 2. Hasil homologi terhadap 12 genom varian
normal, menunjukkan bahwa hanya satu mutasi, yaitu G9053A yang tidak ditemukan pada
varian normal, sehinggga hanya mutasi inilah yang akan dipelajari lebih lanjut.
Mutasi G9053A ditemukan pada empat subjek (Sgi, Ja, Ece, dan El) yang mewakili tiga
kelompok pasien, yaitu DM tipe 2, katarak, serta DM tipe 2 dan katarak. Hasil penelitian ini
menunjukkan bahwa varian yang ditemukan cenderung mengarah ke karakteristik multisistem
seperti pada umumnya karakteristik penyakit mitokondria, yaitu satu mutasi tertentu dapat
menyebabkan beberapa gambaran klinis atau satu gambaran klinis dapat disebabkan oleh
beberapa mutasi. Fakta ini dapat terlihat dari hasil penemuan mutasi G9053A pada empat subjek
dari ketiga kelompok pasien yang membawa mutasi A3243G.
S176N
ATP6
Gambar 2. Analisis struktur ATP6 dengan Accelrys Discovery Studio. (Kiri) Translokasi
proton terjadi dari intermembran ke matriks melalui unit Fo menyebabkan
pergerakan rotor dan menggerakan unit F1 menyintesis ATP. (Kanan) Posisi
mutasi S176N pada ATP6. Arah panah biru menunjukkan translokasi proton.
Pengaruh mutasi tersebut terhadap kestabilan struktur dapat dilihat secara energetikanya
melalui metode dinamika molekul. Model struktur ATP6 normal didapat dari hasil pemodelan,
kemudian dilihat energinya dengan menggunakan metode dinamika molekul yang terdapat pada
program Accelrys D.S. 2.5. Gambar 3 merupakan kurva energi potensial yang diplotkan terhadap
waktu dari berbagai konformasi struktur ATP6 normal dan mutan hasil dinamika molekul. Pada
gambar tersebut, terlihat bahwa grafik energi potensial dari struktur ATP6 normal memiliki nilai
yang paling rendah dibandingkan dengan energi potensial dari struktur ATP6 yang telah
mengalami mutasi S116N. Hal tersebut menunjukkan bahwa stuktur ATP6 normal memiliki
kestabilan struktur yang lebih baik. Penurunan kestabilan struktur ATP6 ditunjukkan dengan
kenaikan energi potensial yang dihasilkan melalui metode dinamika molekul. Hal tersebut
mengindikasikan secara energetika adanya pengaruh mutasi pada model struktur ATP6
(Accelrys, 2007).
Gambar 3. Kurva energi potensial terhadap konformasi tiap waktu. Energi potensial
struktur mutan lebih besar dibandingkan dengan energi potensial struktur normal.
Selanjutnya dilakukan analisis Trajectory untuk melihat perubahan atau fluktuasi jarak
interaksi antara asam amino pada jalur proton subunit ATP6. Pada Tabel 2 dapat ditunjukkan
bahwa terjadi fluktuasi jarak interaksi pada beberapa pasangan asam amino, yaitu antara Gly26
dengan Glu143 dan Ser39 dengan Thr36.
Tabel 2. Jarak interaksi antara asam amino pada jalur proton subunit ATP6.
Dari hasil Accelrys Discovery Studio secara keseluruhan menunjukkan mutasi G9053A
dapat meningkatkan energi potensial atau menurunkan stabilitas struktur subunit ATP6, dan
meningkatkan fluktuasi jarak interaksi antara asam amino yang berperan dalam translokasi
proton. Hal tersebut diduga dapat menyebabkan terhambatnya translokasi proton yang berkaitan
dengan kegagalan sintesis ATP. Penurunan sintesis ATP tersebut dapat menyebabkan penurunan
fungsi sekresi insulin pada sel β pankreas sehingga dijadikan sebagai salah satu penyebab
diabetes (Maassen et al., 2004). Sedangkan pada lensa mata, kegagalan sintesis ATP dapat
menyebabkan penurunan aktivitas renaturasi protein lensa yang dapat menimbulkan katarak
(Vinson, 2006). Hasil penelitian ini dapat dijadikan bahan pertimbangan untuk studi lebih lanjut
mengenai prevalensi dan patologi mutasi, serta diharapkan dapat memberikan informasi data
varian sehingga dapat diperoleh pemahaman mengenai hubungan antara mutasi pada mtDNA
dengan penyakit katarak dan DM tipe 2.
KESIMPULAN
1. DM tipe 2 dan katarak merupakan penyakit mitokondria yang multisistem dengan
ditemukannya beberapa mutasi termasuk mutasi baru G9053A di gen ATP6 pada empat
subjek (Sgi, Ja, Ece, dan El) dari ketiga kelompok pasien yang membawa mutasi A3243G.
2. Berdasarkan hasil analisis struktur menggunakan accelrys discovery studio, mutasi G9053A
mempengaruhi kestabilan ATP6 dengan meningkatnya energi potensial mutan dan fluktuasi
jarak interaksi pada asam amino yang terlibat dalam translokasi proton.
SARAN
Hasil Penelitian ini perlu dikembangkan ke arah studi prevalensi mutasi baru pada pasien
katarak dan DM tipe 2 serta perlu dilakukan studi patologi mutasi berkaitan dengan penurunan
konsumsi oksigen, ATP dan potensial membran.
DAFTAR PUSTAKA
Alan, T. W., Choo-Kang, Lynn, S., Geoffrey, A.T., Mark, E. D., Sarcpreet, S. S., Teressa, M.W.,
Patrick, F. C., Douglass, M. T. & Mark, W. 2002. Defining the Importance of Mitochondrial
Gene Defects in Maternally Inherited Diabetes by Sequencing the Entire Mitochondrial
Genome. Brief Genetics Report. Diabetes. 51: 2317-2320.
Accelrys. 2007. Accelrys Discovery Studio 2.5. Accelrys Software, Inc.
Finsterer, J. 2007. Genetic, Pathogenetic, and Phenotypic Implication of The Mitochondrial
A3243G tRNALeu(UUR) Mutation. Acta Neurol Scand. 116: 1-14.
Houštěk, J. P. K., Hermanska, J. H., Houstkova, C., Bogert, V., & Zeman, J. 2004. altered
properties of mitochondrial ATP synthase in patients with a T-G mutation in the ATPase 6
(subunit a) gene at position 8993 of mtDNA. Biochimica et Biophysica Acta. 1658: 115–121.
Houštěk, J. P. K., Pícková, A., Vojtíšková, T., Mráček, P. & Pecina, P. J. 2006. mitochondrial
diseases and genetic defects of ATP synthase. Biochimica et Biophysica Acta. 1757: 1400–
1405.
Lynn, S., Wardell, T., Johnson, M. A., Chinnery, P. F., Daly, M. E., Walker, M. & Turnbull, D.
M. 1998. Mithochondrial Diabetes: Investigation and Identification of A Novel Mutation.
Brief Genetics Report. Diabetes. 47:1800-1804.
Maassen, J. A., t’Hart, L. M., van, Essen, E., Heine, R. J., Nijpels, G., Roshan, S., Tafrechi, J.,
Raap, A. K., Janssen, G. M. C. & Lemkes, H. P. J. 2004. Mitochondrial Diabetes: Molecular
Mechanisms and Clinical Presentation, Diabetes. 52: S103-S109.
Maksum, I. P., Oemardi, M., Sriwidodo, Sidik, A., Amalia, R. & Sasongko, H. 2007.
Penggunaan Metode PASA Mismatch Tiga Basa Untuk Pencarian Fenotipe MIDD Pada
Pasien Diabetes Melitus Tipe 2 di Indonesia. Seminar Nasional Ikatan Ilmu Faal Indonesia.
MITOMAP. 2010. Mitochondrial DNA Base Substitution Disease. Melalui
<www.mitomap.org>, [Maret, 2010].
Nomiyama, T., Tanaka, Y., Hattori, N., Nishimaki, K., Nagasaka, K., Kawamori, R. & Ohta, S.
2002. Accumulation of Somatic Mutation in Mitochondrial DNA Extracted from Peripheral
Blood Cells in Diabetic Patients. Diabetologia. 45:1577-1583.
PDB. 2009. A Resources for Studying Biological Macromolecules. Melalui <www.pdb.org>,
[Oktober, 2009].
Perego, U. A., Achilli, A., Angerhofer, N., Accetturo, M., Pala, M., Olivieri, A., Kashuni, B. H.,
Ritchie, K. H., Scozzari, R., Kong, Q. P., Myres, N. M., Salas, A., Semino, O., Bandelt, H. J.,
Woodward, S. R. & Torroni, A. Homo sapiens mitochondrion, complete genome. GenBank,
NCBI, USA, Accession No. FJ168746, FJ168750, FJ16852, FJ168760, FJ168762, FJ168763,
FJ168764, FJ168765, & FJ168766.
Suzuki, Y., Nishimaki, K., Taniyama, M., Muramatsu, T., Atsumi, Y., Matsuoka, K. & Ohta, S.
2004. Acute Metabolic Cataract as A First Manifestation of Diabetes Mellitus in A 12-year-
old Girl. Diabetologia. 47: 3.
Vinson, J. A. 2006. Oxidative Stress in Cataract. Pathophysiology. 13:151-162.