Apabila eksplan terkontaminasi, maka akan mati oleh persenyawaan beracun yang di produksi dan dikeluarkan oleh bakteri atau jamur.
Pada beberapa tanaman, ditemukan juga kontaminan yang berasal dari dalam jaringan tanaman, terutama bakteri. Kontaminan internal ini sangat sulit diatasi, karena sterilisasi permukaan tidak menyelesaikan masalah. Pada bahan tanaman yang mengandung kontaminan internal, harus diberi perlakuan antibiotik atau bakterisida yang sistemik.
Tiap bahan tanaman mempunyai tingkat kontaminasi permukaan yang berbeda-beda, tergantung dari : Jenis tanamannya Bagian tanaman yang dipergunakan Morfologi permukaan (ex. Berbulu atau tidak) Lingkungan tumbuhnya (green house atau lapangan) Musim waktu mengambil (musim hujan atau kemarau) Umur tanaman (seedling atau tanaman dewasa) Kondisi tanamannya (sehat atau sakit
Dalam sterilisasi bahan tanaman, hal yang penting yang harus mendapat perhatian adalah; bahwa sel tanaman dan kontaminan adalah sama-sama benda hidup. Kontaminan harus dihilangkan tanpa mematikan sel tanaman
Beberapa jenis bahan disenfektan yang dapat digunakan untuk sterilisasi bahan tanaman : No 1. 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Bahan Konsentrasi Kalsium hipoklorit 1 10 % Natrium hipoklorit 12% Hidrogen peroksida 3 10 % Perak nitrat 1 %5 Merkuri klorit (HgCl2) 0.1 0.2 % Bethadine 2.5 10 % Fungisida 2 g/l Antibiotik 50 100 mg/l Alkohol 70 %1 Bayclin/sunclin 5 30 % Lama perendaman 5 30 menit 7 15 menit 5 15 menit 30 menit 10 20 menit 5 10 menit 20 30 menit - 1 jam 10 menit 5 25 menit
Bahan-bahan sterilisasi ini pada umumnya bersifat toxic/racun terhadap jaringan tanaman. Pembilasan yang berkali-kali sesudah perendaman eksplan di dalam larutan bahan streilisasi, sangat diperlukan untuk menghilangkan sisa-sisa bahan aktif yang masih menempel dipermukaan bahan tanaman.
Prosedur kerja