METABOLISME PROTEIN

Oleh :
Tim Pengampu MK Biokimia
 Outline Perkuliahan
Katabolisme Protein
Degradasi Protein Asam Amino
Katabolisme Asam Amino
Siklus Urea
Anabolisme Protein
Biosintesis Asam Amino
Biosintesis Protein
Struktur primer kuartener
*Primer----struktur linear rantai protein
tdk ada interaksi dengan rantai yg
lain ataupun antar asam amino
*Sekunderstruktur 2 dimensi protein
terjadi folding beraturan krn ada
ikatan H antara gugus2 polar
asam amino dlm rantai
*Tersier-----struktur 3 dimensi sederhana
terjadi folding, juga interaksi
gugus non-polar utk mendorong
lipatan
*Kuartenermembentuk kompleks, gabungan
bbrp rantai. E.g. hemoglobin
 Protein memiliki beragam fungsi:
Struktural
Katalisator
Transport
Sistem pertahanan tubuh
Pengendalian metabolisme (hormon)
DLL
KATABOLISME PROTEIN
DEGRADASI PROTEIN
MENJADI ASAM AMINO
 DEGRADASI PROTEIN
Degradasi protein (polipeptida) menjadi
monomernya (asam amino) dikatalisis oleh
enzim pepsin, trypsin, chymotripsin,
carboxypeptidase A dan B, dan aminopeptidase.
Enzim pepsin (Mr 34.614) menghidrolisis protein
pada ikatan peptida pada sisi terminal amino
dari residu asam amino aromatik (Phe, Trp, dan
Tyr) menghasilkan peptida lebih pendek.
 DEGRADASI PROTEIN
Selanjutnya enzim trypsin dan
chymotrypsin menghidrolisis peptida hasil
pemotongan enzim pepsin.
Enzim peptidase (carboxypeptidases A
dan B dan aminopeptidase) lebih lanjut
mengkatalis pemotongan peptida pendek
menjadi asam amino bebas.
 DEGRADASI PROTEIN
Degradasi protein memiliki beberapa fungsi:
Menyediakan asam amino untuk biosintesis
protein.
Menyediakan atom nitrogen untuk sintesis
senyawa yang mengandung nitrogen.
Menyediakan energi melalui glukoneogenesis
saat sumber karbohidrat dan lipid tidak tersedia.
Menghilangkan protein yang rusak atau disintesis
secara abnormal di dalam tubuh.
KATABOLISME ASAM
AMINO
 Asam amino yang dihasilkan dari degradasi
protein, selanjutnya akan menjalani proses
katabolisme.
Jalur katabolisme asam amino untuk sebagian
besar organisme hampir sama.
Kunci katabolisme asam amino adalah
pemisahan gugus amino dari karbon skeleton
asam amino.
Proses pemisahan gugus amino dapat melalui
reaksi transaminasi dan deaminasi.
 Ion amonium (NH4+) yang dihasilkan selanjutnya
digunakan sebagai bahan untuk biosintesis
asam amino, nukleotida, atau memasuki siklus
urea.
Sementara itu, karbon skeleton akan dioksidasi
menghasilkan energi (ATP) melalui siklus krebs
(citric acid cycle) dan rantai transfer elektron
atau diubah menjadi glukosa melalui jalur
glukoneogenesis.
(Lehninger, 2001)
 TAHAP KATABOLISME
ASAM AMINO
Ada dua tahap dalam katabolisme asam
amino:
1.Reaksi Transaminasi
2.Reaksi Deaminasi Oksidatif
 1. REAKSI TRANSAMINASI
Pada reaksi transaminasi, gugus -amino
dipindahkan (ditransfer) dari asam amino
satu kepada atom karbon dari -
ketoglutarat menghasilkan asam -keto.
Reaksi dikatalisis oleh enzim
aminotransferase atau transaminase yang
membutuhkan piridoksal fosfat (PLP)/
vitamin B6 sebagai koenzimnya.
Reaksi terjadi di sitosol.
(Lehninger, 2001)
 2. REAKSI DEAMINASI
OKSIDATIF
Glutamat selanjutnya ditransport ke dalam
mitokondria untuk menjalani tahap reaksi
deaminasi oksidatif.
Pada reaksi deaminasi oksidatif, gugus
amino dihilangkan dari glutamat
menghasilkan ion amonium (NH4+).
Reaksi dikatalisis oleh enzim L-glutamat
dehidrogenase yang membutuhkan NAD+
atau NADP+.
HUBUNGAN REAKSI TRANSAMINASI
DAN DEAMINASI OKSIDATIF
 Amonia yang dihasilkan dapat beracun
bagi sel, oleh karena itu amonia bebas
dikonversi terlebih dahulu menjadi
senyawa tidak beracun sebelum diekspor
ke hati atau ginjal.
Amonia bebas direaksikan dengan
glutamat menghasilkan glutamin dengan
bantuan enzim glutamine synthetase.
Reaksi ini berlangsung dengan dua tahap
yang membutuhkan ATP sebagai sumber
energi.
(Lehninger, 2001)
SIKLUS UREA
 Jika tidak digunakan kembali untuk
sintesis asam amino baru atau produk
mengandung nitrogen lainnya, gugus
amino akan dikeluarkan dari tubuh.
Pada sebagian besar organisme air,
nitrogen amino diekskresikan dalam
bentuk amonia disebut organisme
amonotelik. Amonia selanjutnya
dibuang dan larut ke dalam air.
 Pada manusia dan sebagian hewan lain,
nitrogen amonia diubah ke dalam bentuk
urea (organisme ureotelik) untuk selanjutnya
diekskresikan.
Pada burung dan reptil, nitrogen amino
diekskresikan dalam bentuk asam urat
(organisme urikotelik).
Pada tanaman, semua gugus amino
digunakan kembali (recyle). Ekskresi
nitrogen terjadi hanya pada kondisi tidak
biasa.
 Pada organisme ureotelik, amonia dikonversi
ke dalam bentuk urea melalui siklus urea.
Jalur siklus urea ditemukan pada 1932 oleh
Hans Krebs (yang juga penemu citric acid
cycle atau siklus krebs) dan seorang
mahasiswanya, Kurt Henseleit.
Produksi urea terjadi di hati. Urea lalu
dikeluarkan ke dalam aliran darah dan masuk
ke ginjal untuk selanjutnya diekskresikan ke
dalam urin.
 Sebelum berlangsung siklus urea, dibentuk terlebih
dahulu senyawa karbamoil fosfat dari ion amonium
(NH4+), karbonat (HCO3+), dan ATP. Reaksi dikatalisis
enzim karbamoil fosfat sintetase I.
Reaksi terjadi dimatriks mitokondria.
Karbamoil fosfat selanjutnya masuk ke tahap siklus
urea.

(Lehninger, 2001)
 TAHAP SIKLUS UREA
Siklus urea terdiri atas empat tahap:
1. Senyawa karbamoil fosfat mendonasikan gugus
karbamoil-nya kepada ornitin membentuk sitrulin
dengan melepaskan Pi. Reaksi dikatalisis enzim
ornitin transkarbamoilase.

2. Senyawa sitrulin bereaksi dengan ATP

membentuk senyawa antara: sitrulil-AMP.
Sitrulil-AMP bereaksi dengan aspartat
membentuk senyawa argininosuksinat. Reaksi
dikatalisis enzim argininosuksinat sintetase.
 TAHAP SIKLUS UREA
3. Senyawa argininosuksinat selanjutnya diputus
oleh enzim argininosuksinase membentuk
senyawa arginin dan fumarat bebas. Fumarat
bebas akan masuk ke dalam siklus krebs,
sementara arginin akan menjalani tahap terakhir
siklus urea.

4. Enzim arginase memotong arginin menjadi urea

dan ornitin. Ornitin ditransport ke dalam
mitokondria untuk kembali mengawali
berlangsungnya siklus urea.
(Lehninger, 2001)
Ringkasan Katabolisme
Asam Amino

(Lehninger, 2001)
ANABOLISME PROTEIN
BIOSINTESIS ASAM AMINO
 PENDAHULUAN
Biosintesis asam amino membutuhkan
nitrogen.
Sumber nitrogen terpenting adalah udara.
Namun hanya sedikit organisme yang dapat
mengkonversi nitrogen atmosfir menjadi
bentuk yang bermanfaat bagi kehidupan
organisme.
Organisme ini mampu memfiksasi nitrogen
atmosfir dan mengubahnya menjadi NH3
atau NH4+.
 PENDAHULUAN
Nitrogen tereduksi dalam bentuk NH4+
diasimilasi ke dalam bentuk asam amino.
Sebagai contoh adalah sintesis glutamin dari
glutamat yang dikatalisis glutamin sintetase.
Enzim ini ditemukan pada semua organisme.
 PENDAHULUAN
Contoh lain adalah sintesis glutamat dari reaksi
-ketoglutarat dan NH4+ yang dikatalisis enzim
L-glutamat dehidrogenase.
Enzim ini ditemukan pada semua organisme.
 PENDAHULUAN
Selain dalam bentuk NH4+, sumber
nitrogen untuk biosintesis asam amino
juga diperoleh dari senyawa-senyawa
antara yang dihasilkan melalui jalur:
glikolisis, siklus krebs, atau pentosa fosfat.
(Lehninger, 2001)
 BIOSINTESIS ASAM AMINO
Jalur biosintesis asam amino
diklasifikasikan ke dalam enam kelompok
berdasarkan prekursor yang digunakan:
1. -ketoglutarat
2. 3-fosfogliserat
3. Oksaloasetat
4. Piruvat
5. Fosfoenolpiruvat dan eritrosa 4-fosfat
6. Ribosa-5-fosfat
Biosintesis Asam Amino dari
Prekursor -ketoglutarat
1. Biosintesis glutamat dari -ketoglutarat.
Reaksi dikatalisis L-glutamat dehidrogenase.

2. Biosintesis glutamin dari glutamat

Reaksi dikatalisis glutamin sintetase.
3. Biosintesis Prolin dari
Glutamat
Prolin merupakan turunan
glutamat yang berbentuk
siklik.

Terdapat beberapa enzim

yang terlibat dalam reaksi:
glutamat kinase, glutamat
dehidrogenase, dan pirolin
karboksilat reduktase.

Reaksi membutuhkan ATP

dan NADH atau NADPH
sebagai kofaktor.
4. Biosintesis Arginin dari
Glutamat
Asam amino arginin
dibentuk dari glutamat
melewati serangkaian
jalur biosintesis, yang
sebagiannya dikenal
dengan siklus urea.

Biosintesis arginin
membutuhkan ATP
sebagai sumber energi.
Biosintesis Asam Amino dari
Prekursor 3-fosfogliserat
1. Biosintesis Serin dan
Glisin dari 3-fosfogliserat
Asam amino glisin
dibentuk dari asam
amino serin melalui
reaksi transferasi.

Asam amino serin

dibentuk dari
prekursor 3-
fosfogliserat yang
membutuhkan NAD+
sebagai penerima
elektron.
2. Biosintesis Sistein dari Serin
 Biosintesis Asam Amino dari
Prekursor Oksaloasetat dan Piruvat
 Alanin dan aspartat disintesis dari piruvat dan
oksaloasetat melalui reaksi transaminasi
glutamat.
Asparagin disintesis oleh reaksi amidasi
aspartat dengan glutamin sebagai donor
NH4+
Metionin, treonin, dan lisin disintesis dari
aspartat. Sementara valin dan isoleusin
disintesis dari piruvat. Rangkaian reaksi
biosintesis asam amino ini sangat kompleks
dengan melibatkan 25 molekul enzim
berbeda.
 Biosintesis Asam Amino dari
Prekursor Fosfoenolpiruvat dan
Eritrosa 4-fosfat
 Biosintesis asam amino triptofan diawali dari
pembentukan molekul dengan 7 atom karbon
(sikimat) yang diturunkan dari eritrosa 4-fosfat
dan fosfoenolpiruvat.
Sikimat selanjutnya diubah menjadi senyawa
chorismate.
Chorismate dikonversi menjadi triptofan melalui
serangkaian reaksi yang dikatalisis oleh
beberapa enzim seperti: antranilat sintase,
antranilat fosforibosiltransferase, isomerase,
indol-3-gliserolfosfat sintase, dan triptofan
sintase.
 Biosintesis asam amino tirosin dan fenilalanin
juga diawali dari pembentukan sikimat, lalu
dikonversi menjadi chorismate.
Chorismate selanjutnya mengalami
perubahan menjadi senyawa antara prefenat.
Senyawa antara prefenat dapat diubah
menjadi asam amino tirosin jika dikatalisis
oleh enzim prefenat dehidrogenase.
Sementara itu prefenat dapat dikonversi
menjadi asam amino fenilalanin jika
dikatalisis oleh enzim prefenat dehidratase.
Enzim yang terlibat:
Biosintesis Asam Amino dari
Prekursor Ribosa 5-fosfat
 Asam amino histidin diturunkan dari tiga
prekursor.
Prekursor pertama adalah senyawa 5-
Phosphoribosyl-1-pyrophosphate (PRPP) yang
menyumbangkan lima atom C.
Prekursor kedua adalah cincin purin dari ATP
yang menyumbangkan satu atom N dan satu
atom C.
Prekursor ketiga adalah glutamin yang
menyuplai nitrogen cincin kedua.
 Untuk sintesis histidin dibutuhkan:
1 PRPP dan 1 ATP
1 H2O
1 glutamin
1 glutamat
2 NAD+
Enzim yang terlibat dalam reaksi:
BIOSINTESIS PROTEIN
 PENDAHULUAN
Pada hakikatnya, biosintesis protein
merupakan tahap penyusunan molekul
protein (polipeptida) dari monomer-
monomernya, yaitu asam amino.
Dua puluh jenis asam amino digunakan untuk
biosintesis protein.
Organel sel yang terlibat dalam biosintesis
protein adalah ribosom.
Komponen lain yang turut berperan adalah t-
RNA.
 Asam Amino

Struktur Asam Amino

Struktur Asam Amino
 Ribosom
Ribosom terdiri atas dua subunit: subunit
kecil dan besar.
Ribosom sel bakteri memiliki ukuran 70S,
terdiri atas 1 subunit kecil (30S) dan 1
subunit besar (50S).
Ribosom sel eukariot memiliki ukuran 80S,
terdiri atas 1 subunit kecil (40S) dan 1
subunit besar (60S).
 Subunit 30S terdiri atas: 16 sRNA (1.540
nukleotida) dan 21 protein.
Subunit 40S terdiri atas: 18 sRNA (1.900
nukleotida) dan ~33 protein.
Subunit 50S terdiri atas: 5 sRNA (120
nukleotida), 23 sRNA (3.200 nukleotida) dan
36 protein.
Subunit 60S terdiri atas: 5 sRNA (120
nukleotida), 28 sRNA (4.700 nukleotida), 5,8
sRNA (160 nukleotida), dan ~49 protein.
 Transfer RNA (tRNA)
tRNA berukuran relatif kecil 73-93 residu
nukleotida.
BM antara 24.000 dan 31.000.
Mitokondria dan kloroplas mengandung tRNA
dengan ukuran lebih kecil.
Sel memiliki minimal satu macam tRNA untuk
setiap asam amino; minimal 32 tRNA dibutuhkan
untuk mengenali semua kodon asam amino,
tetapi beberapa sel menggunakan >32 tRNA.
 PENDAHULUAN
Terdapat tiga penemuan penting dalam
mendukung pemahaman terhadap biosintesis
protein di dalam sel.
Pertama, percobaan Paul Zamecnik dan kolega
(1950-an) yang bertujuan untuk mengetahui
tempat protein sel disintesis. Percobaannya
menggunakan asam amino yang dilabel
radioaktif lalu disuntikkan ke tikus. Hasil
percobaannya berhasil mengetahui tempat
berlangsungnya sintesis protein (sekarang
disebut ribosom).
 PENDAHULUAN
Penemuan penting kedua dibuat Mahlon
Hoagland dan Zamecnik. Mereka menemukan
bahwa asam amino diaktivasi ketika diinkubasi
dengan ATP dan fraksi sitosolik dari sel hati.
Asam amino menjadi melekat pada molekul
RNA yang sebelumnya telah ditemukan dan
dikarakteristik oleh Robert Holley (saat ini
disebut transfer RNA atau tRNA), membentuk
aminoasil-tRNA. Enzim yang mengkatalisisnya
disebut aminoasil-tRNA sintetase.

Mahlon Hoagland
 PENDAHULUAN
Penemuan ketiga dihasilkan Francis Crick yang
mengungkap bagaimana informasi genetik pada
DNA dapat diterjemahkan ke dalam bentuk
protein.
Menurut Crick, ada asam nukleat kecil yang
berperan sebagai adaptor, satu bagian molekul
adaptor mengikat asam amino spesifik dan
bagian lainnya mengenali urutan nukleotida
(mRNA) yang mengkode asam amino.

Francis Crick
Hipotesis Adaptor Crick
 Setiap tiga nukleotida pada mRNA (disebut
kodon) akan dibaca oleh molekul tRNA, yang
sudah berikatan dengan asam amino tertentu,
dengan cara memasangkan urutan kodon
mRNA dengan urutan antikodon pada tRNA-
nya.
 BIOSINTESIS PROTEIN
Biosintesis protein berlangsung dalam lima
tahap:
1. Aktivasi asam amino
2. Inisiasi
3. Elongasi (pemanjangan)
4. Terminasi (pengakhiran) dan pelepasan
5. Pelipatan dan Pengolahan protein pasca
translasi
Setiap tahap membutuhkan komponen
pendukung.
No TAHAP BIOSINTESIS
1 Aktivasi asam amino
2 Inisiasi
3 Pemanjangan
4 Terminasi dan Pelepasan
5 Pelipatan dan Pengolahan
Pasca Translasi
KOMPONEN PENTING YANG
DIBUTUHKAN
20 asam amino, 20 aminoasil-tRNA
sintetase, 32 atau lebih tRNA, ATP, Mg 2+
mRNA, N-formilmetionil-tRNAfmet, kodon
inisiasi pada mRNA (AUG), sub-unit ribosom
30S dan 50S, faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-3),
GTP, Mg 2+
Ribosom 70S fungsional (kompleks inisiasi),
aminoasil-tRNA yang dispesifikasi oleh faktor
pemanjangan kodon (EF-Tu, EF-Ts, EF-G),
GTP, Mg 2+
Kodon terminasi, faktor pelepasan mRNA
(RF-1, RF-2, RF-3)
Enzim spesifik, kofaktor, dan komponen lain
untuk penghilangan residu inisiasi, sekuen
sinyal, pengolahan proteolitik, modifikasi
residu terminal, pelekatan fosfat, metil,
karboksil, karbohidrat, atau gugus prostetik.
TAHAP BIOSINTESIS
PROTEIN
1. AKTIVASI ASAM AMINO
Terjadi di sitosol.
Enzim aminoasil-tRNA sintetase mengkatalisis
reaksi esterifikasi 20 asam amino kepada tRNA
yang sesuai membentuk aminoasil-tRNA.

Setiap enzim aminoasil-tRNA sintetase spesifik

untuk satu asam amino.
2. INISIASI
Faktor inisiasi (IF-1 dan
IF-3) terikat pada subunit
30S ribosom.
Subunit 30S ribosom
berikatan dengan mRNA.
tRNA yang telah
mengikat residu metionin
mengenali kodon AUG
pada mRNA. Faktor
inisiasi 2 (IF-2) ikut
bergabung dalam
kompleks.
2. INISIASI
Subunit 50S ribosom
bergabung membentuk
kompleks inisiasi dengan
subunit 30S ribosom dan
mRNA.
Dengan bergabungnya
subunit 50S ribosom,
faktor inisiasi (IF-1, IF-2,
IF-3) dilepaskan.
3. PEMANJANGAN

Aminoasil-tRNA yang
baru bergabung dengan
kompleks inisiasi.
Jenis aminoasil-tRNA
yang masuk bergabung
disesuaikan dengan
kesesuaian antikodon
pada aminoasil-tRNA
dengan kodon pada
mRNA.
3. PEMANJANGAN

Dibentuk ikatan peptida

antara asam amino
pertama dan kedua.
Setelah ikatan peptida
dibentuk, tRNA pertama
tidak lagi mengikat residu
asam amino
(terdeasilasi).
3. PEMANJANGAN
Proses terakhir tahap
pemanjangan: ribosom
bergerak dari arah 5
menuju 3 mRNA. tRNA
yang tidak lagi mengikat
residu asam amino akan
dilepaskan.
Aminoasil-tRNA berikutnya
yang antikodonnya
komplemen dengan kodon
mRNA masuk untuk
melanjutkan proses
pemanjangan rantai
polipeptida.
4. TERMINASI
Tahap terminasi berlangsung
saat salah satu dari kodon
terminasi dijumpai pada mRNA
(UAA, UAG, UGA).
Kodon terminasi (STOP) ini
tidak memiliki pasangan
antikodon yang sesuai pada
tRNA. Sehingga yang masuk
ke dalam kompleks bukan
aminoasil-tRNA yang baru
melainkan faktor pelepasan
(RF).
4. TERMINASI
Masuknya RF menyebabkan
terjadinya hidrolisis ikatan
tRNA dan rantai polipeptida.
Rantai polipeptida (protein)
lepas dari kompeks.
Kondisi ini akan menyebabkan
kompleks yang terbentuk
antara subunit ribosom (30S
dan 50S) dan mRNA berakhir.
Masing-masing komponen
lepas.
5. PELIPATAN & PASCA TRANSLASI

Tahap terakhir sintesis protein adalah

pelipatan rantai polipeptida menjadi bentuk tiga
dimensi dan mengalami pengolahan pasca
translasi agar dapat aktif secara biologi.
Beberapa pengolahan pasca translasi di
antaranya adalah:
Modifikasi ujung amino dan karboksil
Penghilangan sekuen sinyal
Penambahan rantai samping karbohidrat
(glikosilasi)
Penambahan gugus prostetik
DLL
 Protein folding

Glikosilasi Protein