Makalah Biotek Northern Blot
Makalah Biotek Northern Blot
NORTHERN BLOT
Disusun oleh:
FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS JEMBER
2017
Page | 1
KATA PENGANTAR
Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa atas rahmat dan hidayah-Nya yang
telah diberikan kepada penulis, sehingga dapat menyelesaikan makalah yang berjudul
“Northern Blot” ini sesuai dengan yang direncanakan.
Penyusunan makalah ini digunakan untuk melengkapi tugas mata kuliah
Bioteknologi. Penulis menyadari bahwa masih banyak kekurangan dalam penulisan
makalah ini. Oleh karena itu, semua bentuk saran dan kritik yang membangun
senantiasa penulis harapkan.
Penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada bu Endah Pupitasari, S.Farm.,
M.Sc., Apt. dan pihak-pihak yang memberikan bantuan baik secara langsung maupun
tidak langsung selama proses penyusunan makalah ini.
Akhirnya, penulis berharap semoga penyusunan makalah ini banyak membawa
manfaat bagi pihak-pihak yang terkait.
Penulis
Page | 2
DAFTAR ISI
4.2 Saran.......................................................................................................................... 16
DAFTAR PUSTAKA................................................................................................................xvi
Page | 3
BAB I
PENDAHULUAN
Page | 4
Oleh karena itu, metode dan berbagai cara analisis asam nukleat dan protein dipelajari
dan perlu pembahasan lebih lanjut.
1.3 Tujuan
Berdasarkan rumusan masalah tersebut, dapat dirumuskan beberapa tujuan
sebagai berikut:
1.3.1 Mengetahui pengertian dari analisis berbasis asam nukleat dan protein dengan
metode Northern Blot.
1.3.2 Mengetahui prinsip dasar analisis berbasis asam nukleat dan protein dengan
metode Northern Blot.
1.3.3 Mengetahui tata laksana kerja dari metode Northern Blot.
1.3.4 Mengetahui perbedaan metode Northern Blot dengan metode analisis berbasis
asam nukleat dan protein yang lain.
Page | 5
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
Page | 6
yang membawa molekul ke kertas membran, sementara gelnya diserap oleh kertas
peresap. Fragmen DNA yang spesifik dideteksi dengan menggunakan pelacak. Pelacak
biasanya merupakan DNA yang dimurnikan dan bisa ditandai dengan aktifitas spesifik
radionukletida. Lokasi sinyal yang terlihat setelah autradiografi membuat kita dapat
menentukan ukuran dari fragmen DNA tersebut.
Page | 7
2.2.3 Eastern Blot
Eastern Blot merupakan teknik yang ditemukan oleh Reinhard dan Malamud
(1982), adalah proses transfer bidirectional dengan menggunakan aliran pelarut protein
dari gel ke NC berdasarkan titik isoelektrik. Teknik Timur blotting adalah untuk
mendeteksi modifikasi pasca-translasi protein. Protein dihapuskan ke PVDF atau
membran nitroselulosa yang diperiksa untuk modifikasi menggunakan substrat tertentu.
Page | 8
2.3 Perbedaan Teknik blothing berdasarkan DNA, RNA, dan Protein
2.3.1 Blotting berbasis DNA
Teknik blotting berbasis DNA menggunakan tenik Southern
Blot.Keuntungan teknik ini adalah selain dapat menunjukkan integrasi gen juga
dapat mengetahui jumlah salinan DNA yang terintegrasi. Analisa Southern Blot
dapat digunakan untuk mengetahui sejumlah salinan gen dan kejadian
transformasi yang berbeda serta membedakan integrasi ekstra kromosomal dan
kromosomal. Kelemahan metode ini adalah membutuhkan DNA dalam jumlah
banyak dengan kemurnian tinggi serta waktu yang lama.
2.3.2 Blotting berbasis RNA
Hibridasi Northern merupakan suatu prosedur yang digunakan untuk
identifikasi dan transkrip RNA. RNA tidak dapat berikatan secara efisien pada
membrane, sehingga pada analisis northern digunakan suatu membrane spesifik
dimana RNA dapat berikatan secara kovalen. Dalam analisis northern , sekuen
RNA spesifik dideteksi menggunakan teknik bloting yaitu RNA ditransfer dari
agarose ke membrane. Hasil bloting dianalisis melalui proses hibridisasi dengan
probe RNA. RNA mempunyai bentuk utas tunggal, sehingga dapat membentuk
struktur sekunder melalui pasangan basa intramolekul, sehingga harus
dielektroforasi di bawah kondisi denaturasi.Denaturasi dilakukan dengan
penambahan formaldehid ke gel maupun loading buffer, atau perlakuan glyoxal
dan dimethyl sulfoxide (DMSO) pada loading buffer.
2.3.3 Bloting berbasis protein
Dalam blotting berbasis protein teknik analysis yang digunakan adalah
western blot yang merupakan metode untuk mendeteksi DNA-binding protein.
Page | 9
Dalam metode ini protein dipisahkan dengan elektroforesis dan ditransfer ke suatu
membrane sehingga protein akan terikat secara kovalen. Perinsip dasar western
blot adalah identifikasi pemisahan protein tidak berlabel dengan SDS gel
elektroforesis polyacrylamide (PAGE) yang didasarkan pada
immunoradioaktivitasnya dengan menggunakan antibody monoclonal. Kemudian
protein ditransferke membaran dan diberi perlakuan awal untuk mereduksi ikatan
non spesifik dari antiserum ke membrane. Inkubasi membrane dilakukan denagn
antiserum spesifik, kemudian diinkubasi dengan antibody yang berkonjugasi
dengan reagen pendeteksi dan berikatan pada antiserum primer. Setelah itu diikuti
deteksi dari immunoreaksi diantara antiserum primer dan target protein spesifik.
Page | 10
BAB III
PEMBAHASAN
Page | 11
dalam sampel yang dianalisis. Prosedur ini umumnya digunakan untuk mempelajari
kapan dan berapa banyak ekspresi gen yang terjadi dengan mengukur berapa banyak
bahwa RNA hadir dalam sampel yang berbeda. Ini adalah salah satu alat yang paling
dasar untuk menentukan pada waktu apa, dan dalam kondisi apa, gen-gen tertentu yang
dinyatakan dalam jaringan hidup.
3.2 Prinsip dan Tujuan Teknik Northern Blot
Page | 12
3.1 Tata Laksana Northern Blot
1. Menyiapkan sampel RNA
a. Menambahkan 10-20 µg RNA dalam tabung eppendorf steril
b. Menambahkan formamida
Tujuannya adalah formamide akan menurunkan suhu pendinginan dari
interaksi probe-RNA, dan mencegah degradasi RNA oleh suhu tinggi.
c. Menambahkan formaldehyde (2.2 M)
Formaldehida digunakan untuk denaturasi agen RNA untuk membatasi
struktur sekunder
d. Menambahkan MOPS
MOPS adalah buffer yang paling umum digunakan untuk gel RNA karena
kapasitas buffernya pada pH 7,0.
e. Menambahkan pemuat dye
f. Memipet larutan
2. Mengisi sampel dalam sumur dan alat dinyalakan pada 100 volt selama 2
jam.
Page | 13
- Sampel RNA yang paling sering dipisahkan pada gel agarosa adalah sampel
yang mengandung formaldehid yang digunakan sebagai agen denaturasi
untuk RNA untuk membatasi struktur sekunder
Page | 14
4. Transfer menuju membrane nilon
Membrane nilon yang paling efektif untuk digunakan dalam northern blotting
adalah yang bermuatan positif karena memiliki afinitas tinggi.
a. Menyiapkan pemindahan RNA
g. Tempatkan gel
Page | 15
h. Tempatkan membrane nilon pada gel
i. Aliri membrane nilon tersebut dengan larutan buffer
j. Hilangkan gelembung-gelembung yang ada
k. Tutup dengan menggunakan kertas saring whatman berukuran 3mm
l. Tutup pula dengan plastic wrap
m. Tumpuk kertas tersebut dengan menggunakan handuk diatas gel
6. Hibridisasi
a. Prehibridisasi membrane dalam prehibridisasi buffer
b. Inkubasi 2-4 jam
Page | 16
c. Buang prehibridisasi buffer
d. Tambahkan hibridisasi buffer
7. Penambahan probe
Probe dari northern blot tersusun atas asam nukleat dengan sequence lengkap
untuk semua atau bagian dari RNA tertentu, bisa DNA, RNA atau
oligonukleotida dengan 25 basa lengkap untuk target sekuen.
Perlakuan :
a. Inkubasi semalam dalam hibridisasi chamber
b. Setelah inkubasi, buang larutannya
c. Tambahkan larutan yang bersih
d. Inkubasi pada 52⁰C selama 30 menit dalam hibridisasi chamber
e. Pindahkan membrane
Page | 17
f. Membrane siap di film
Page | 18
BAB IV
KESIMPULAN
Blot adalah suatu teknik memindahkan bagian protein yang telah dipisahkan,
RNA atau DNA dari gel ke lembaran tipis atau matriks membran agar bagian protein
tersebut mengalami imobilisasi. Teknik ini berupa lanjutan dari penggunaan
elektroforesis gel. Blotting terdiri atas berbagai macam diantaranya western blot,
northern blot, dan southern blot. Perbedaan dari masing –masing Teknik blothing dilihat
berdasarkan DNA, RNA, dan Protein. Southern blot substansi yang dapat dideteksi
DNA dengan pemeriksaan melibatkan asam nukleat dan aplikasi utamanya denagn
struktur gen, Northern blot pemeriksaannnya sama dengan Southern blot yaitu asam
nuklet ,substansi yang dideteksi RNA denagn aplikasi utamnya ekspresi gen, western
blot substansi yang diamati berupa protein dengan melibatkan antibodi dan aplikasi
utamanya jumlah protein, southwestern blot substansi yang dideteksi protein dengan
bantuan DNA menggunakan aplikasi utama berupa interaksi protein-DNA, sedangkan
Farwestern substansi yang dideteksi berupa protein dan aplikasi utamanya deang
menggunakan protein-protein.
Northern Blot merupakan suatu metode yang digunakan untuk mengetahui
konstruksi RNA yang mempunyai barat molekul lebih basar. Analisa dilakukan dengan
cara isolasi RNA dari jaringan yang mempunyai ekspresi gen yang paling tinggi.
Dasarnya, teknik ini menggunakan mRNA sehingga pada agarose gel tidak
menggunakan perlakuan denaturasi dengan asam kuat. Tata laksana pada metode
Northern Blot dengan Menyiapkan sampel RNA, Mengisi sampel dalam sumur dan alat
dinyalakan pada 100 volt selama 2 jam, Visualisasi integritas dari RNA menggunakan
UV atau dengan pewarnaan EtBr, Transfer menuju membrane nilon, Membongkar
sistem transfer, Hibridisasi, Penambahan probe.
SARAN
Adapun saran dari penulis antara lain:
- Seirin denagn perkembangan zaman yang semakin pesat dan teknologi yang
semakin canggih perlu dipelajari lebih dalam mengenai teknologi di bidang
kesehatan, terutama dalam bidang bioteknologi guna memajukan ilmu
pengetahuan di bidang kesehatan .
Page | 19
- Sebagai mahasiswa kesehatan, sebaiknya kita terus mengikuti perkembangan
dunia kesehantan yang semakin maju terutama dalam pbidang bioteknologi
aanalisis berbasis asam nukleat dan protein.
Page | 20
DAFTAR PUSTAKA
- Bondioli,K.R, Biery, KA., Hill, KG., Jones, KB. and De Mayo, F.G., 1991. Production
of Transgenic Cattle by Pronuklear Injection in "Transgenic Animals. pp. 265 -273.
- Brown, T.A.1993. Recombination. In Genetics molecular approach. Chapman & Hall.
London. :207-212
- https://listonsiburian.wordpress.com/2012/03/28/southern-blotting-dan-northern-
blotting/ (diakses tanggal 03 maret 2016)
- http://www.webgentech.org/wgte/dokuman/enb.pdf (diaksese tanggal 03 maret
2016)
Page | 21