MAKALAH BIOLOGI SEL

INTI SEL DAN SINTESISI PROTEIN

Yang di susun untu memenuhi tugas mata kuliah Yang di bimbing oleh :
Dr. Umie Lestari,M.Si

Oleh kelompok 6 :

ANIS DWI WAHYUNI (190341864434)

OGY PRATAMA (190341864428)
SULFACHMI ELMI (190341864417)
SAFRI

PENDIDIKAN BIOLOGI
PROGRAM PASCASARJANA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU ALAM
UNIVERSITAS NEGRI MALANG
2019
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Pada awal 1950an, Paulus Zamecnik dan para rekan-rekannya merancang
suatu eksperimen untuk menyelidiki pertanyaan dibagian mana dalam sel
terdapatnya protein. Paulus kemudian melakukan percobaan dengan menyuntik
asam amino radioaktif ke dalam tikus, dan pada interval waktu yang berbeda setelah
suntikan hati dipindahkan, dibuat sejenis dan dipecah dengan sentrifugasi. Fraksi
subselular kemudian diuji untuk menguji keberadaan protein radioaktif. Sesudah
beberapa hari setelah suntikan asam amino yang diberi label, semua fraksi
subseluler berisi protein berlabel. Ketika hati itu dipindahkan dan dipecah hanya
beberapa menit setelah suntikan asam amino yang diberi label, protein yang diberi
label hanya ditemukan pada pecahan yang berisi ribonukleoprotein kecil. Partikel
yang ditemukan sebelumnya dalam jaringan binatang dengan mikroskop elektron,
yang kemudian dikenali sebagai lokasi sintesis protein dari asam amino yang
kemudian dinamai ribosom. Kemajuan ini mengantarkan pada pengenalan tahapan
utama sintesis protein dan akhirnya dapat diterangkan dengan kata-kata kode
genetik untuk asam amino.
Mengingat pentingnya dalam penyimpanan dan pemanfaatan informasi
genetik, inti dari sel eukariotik memiliki morfologi yang agak istimewa. Kandungan
inti sel kental, massa dari bahan yang tertutup oleh membran nukleus kompleks
yang membentuk batas antara inti dan sitoplasma. Kandungan tersebut termasuk
dari interfase khas seperti nonmitosis yakni kromosom, nuklelolus, nukleoplasma,
dan matriks nukleus. Kromosom muncul sebagai pemanjangan serat nukleoprotein
yang disebut kromatin. Nukleolus terdiri dari satu atau lebih yang berbentuk
struktur elektron-padat tidak teratur yang berfungsi dalam sintesis RNA ribosomal
dan perakitan ribosom. Nukleoplasma merupakan substansi cairan di mana zat
terlarut dari nukleus dilarutkan. Sedangkan matriks nukleus merupakan protein
yang mengandung jaringan fibril.
 Sintesis protein adalah proses dimana sel dapat mengubah asam amino
menjadi polimer rantai panjang yang disebut protein. Sintesis protein yang pertama
adalah transkripsi, yaitu proses dimana kode genetik yang terdapat dalam DNA di
copy menjadi molekul RNA. Kemudian proses selanjutnya adalah translasi, dimana
pesan genetik yang dikode dalam messenger RNA di translasi dalam ribosom
menjadi polipeptida dengan urutan asam amino tertentu. Protein merupakan
molekul yang mempunyai berbagai fungsi di dalam sel seperti sebagai struktur
sel/jaringan, cadangan energi, pergerakan, transportasi beberapa substansi,
mengkatalisa reaksi biokimia, dan melindungi terhadap terjangkitnya penyakit.

1.1. Rumusan Masalah

1. Bagaimanakah struktur & komponen penyusun nukleus?
2. Bagaimanakah fungsi nukleus?
3. Bagaimanakah mekanisme transpor di nukleus?
4. Bagaimanakah mekanisme DNA Packaging?

1.2. Tujuan
1. Mengatahui struktur dan komponen penyusun nukleus
2. Mengetahui fungsi nukleus
3. Mengetahui mekanisme transpor di nukleus
4. Mengatahui mekanisme DNA packaging
 BAB II
PEMBAHASAN

Pada sel eukaryotik, nukleus merupakan organel terbesar yang berada di

dalam sel. Nukleus memiliki peran penting bagi sel eukaryotik yaitu dalam hal
penyimpanan dan pemanfaatan informasi genetik. Hal ini menyebabkan nukleus
memiliki morfologi yang istimewa. Nukleus memiliki konten atau materi yang
tampak kental, amorf/ tak berbentuk yang dilapisi oleh membran nukleus. Struktur
nukleus tersusun atas:
1) Nuclear envelope (membran nukleus), selubung kompleks yang membentuk
batas antara inti dan sitoplasma.
2) Nuclear pore (pori nukleus), pori yang ada pada membran nukleus berperan
dalam transport dari dan ke nukleus
3) Nukleoplasma (matriks nukleus), yaitu zat fluida atau jaringan fibrilar dimana
zat terlarut dari nukleus dilarutkan air, protein, ion, enzim
4) Kromosom, yang hadir sebagai serat nukleoprotein yang sangat tinggi, disebut
kromatin
5) Nukleolus (1 atau lebih dari satu), struktur padat elektron yang tidak beraturan
yang berfungsi dalam sintesis RNA ribosom dan perakitan ribosom.

Gambar 2.1 Dibawah ini menunjukkan nukleus struktur nukleus secara a)

elektro mikrograf & b) ilustrasinya.

Gambar 2.1. Organisasi struktural Inti dan Menyelubungi Nukleus (Sumber: Hardin,
2012).
2.1 Strukur & Fungsi Komponen Penyusun Nukleus
2.1.1 Nuclear Envelope
Struktur dari selubung nukleus adalah stabil dengan jaringan dari protein
integral, membentuk jangkar ke mebran dalam nukleus. Antara itu, banyak sekali
protein dan protein kompleks memastikan kelanjutan transpor selektif dari molekul
antara sitoplasma dan caryoplasma. (Fal. et.al, 2017)

Gambar 2.3. Mechanosensing Pada Nuclear Envelope

(Sumber: Fal. et.al, 2017)

Nuclear envelope tidak hanya berfungsi sebagai penghalang difusi tetapi

juga sebagai penghalang fisik yang memisahkan kromosom dari struktur
sitoplasma. Membran pada selubung nukleus ini menyajikan penghalang menjaga
ion, zat terlarut dan makro molekul melewati dengan bebas antara nukleus dan
sitoplasma. Dua membrane Bersatu membentuk situs pori sirkular yang
mengandung kumpulan kompleks dari protein . rata- rata sel mamalia mengandung
ribuan pori nukleus (Karp, 2010).

Gambar 2.4. Struktur Scaffold Pada Nuclear Envelope

(Sumber: Evans, et.al, 2010)
 Gambar 2.5. Nuclear envelope dan faktor yang mempengaruhi morfologi nuklear
(Sumber Chow. et.al, 2012)

Struktur dari nuklear pore complex dan perannya dalam pertukaran

nukleositoplasmilk
Selubung nukelus merupakan penghalang antara nukleus dan sitoplasma dan
nuklear pore merupakan gerbang menyeberangi penghalang tersebut. Tidak seperti
membran plasma, yang mana mencegah bagian dari makromolekul antara sitoplasma
dan ruang ekstrasel. Selubung nukleus adalah hub dari aktivitas pergerakan RNAs dan
protein dalam kedua arah antara nukleus dan sitoplasma. Transkripsi dan translasi dari
materi genetik dalam nukleus memerlukan partisipasi dalam jumlah besar protein yang
disintesis dalam sitoplasma dan diedarkan melewati selubung nukleus. Sebaliknya
mRNA, tRNA, dan sub unit ribosom yang dibuat dalam nukleus harus diedarkan
melalui selubung protein dalam arah yang berlawanan. Beberapa komponen seperti
snRNA dari spliseosom bergerak dalam kedua arah. Mereka disintesis dalam nukleus,
mengumpul menjadi RNP partikel dalam sitoplasma dan mereka dikirim kembali ke
nukleus dimana fungsi mereka dalam proses mRNA. (Karp, 2010).
Dalam satu pendekatan, suspensi dari partikel kecil keemasan dimasukkan
kedalam sel dan bagian dari material melalui selubung nukleus yang diamati dengan
mikroskop elektron. Partikel-partikel ini bergerak dari sitoplasma ke nukleus dengan
melewatkan file tunggal melewati bagian tengah nuklear pore. Mikrograf elektron dari
sel tetap dalam kondisi normal dari aktivitas mereka juga sudah menunjukkan bahwa
partikulat materi dapat lewat melalui nuklear pore.
2.2 Penyusun Inti Sel
Sub Unit Kromatin = Nukleosom
Seperti yang sudah dijelaskan sebelumnya, agar dapat dikemas di dalam
nukleus, DNA harus dimampatkan dengan suatu cara. Sejauh mana molekul DNA
dilipat dalam kromatin dan kromosom dapat dinyatakan sebagai nisbah
pengepakan (packing ratio), yaitu panjang molekul DNA dibagi dengan panjang
pengepakannya. Untuk mencapai nisbah pengepakan totalnya, DNA tidak
langsung dikemas ke dalam struktur terakhirnya (kromatin). Pengemasan DNA
dilakukan melalui sejumlah tingkatan organisasi kromosom. Tingkatan yang
pertama diperoleh ketika terbentuk nukelosom, yaitu ketika DNA melilit-lilit di
sekeliling sumbu protein sehingga menghasilkan struktur seperti manik-manik.
Diameter nukelosom sekitar 10 nm (Hardin, 2012).

Gambar 2.15. Struktur Nukleosom. Setiap nukleosom terdiri dari 8 molekul

histon (masing-masing 2 histon H2A, H2B, H3, dan H4) yang terkait dengan 146
pasangan basa DNA dan linker DNA sekitar sepanjang 50 pasang basa. Diameter
"manik" nukleosom, atau partikel inti, kira-kira 10 nm. Histone H1 (tidak
diperlihatkan) dianggap mengikat DNA linker dan memfasilitasi pengepakan
nukleosom menjadi serat 30-nm. (Sumber: Hardin, 2012)

Nukleosom terdiri dari inti protein dengan DNA yang melilit di sekitar
permukaannya seperti gulungan benang. Pembentukan nukleosom terjadi dengan
cara pelilitan DNA di sekeliling inti nukleosom, yang merupakan oktamer protein
basa berukuran yang disebut sumbu histon. Inti histon berbentuk cakram dimana
DNA dilekatkan dengan erat 1,7 kali putaran. Keempat histon yang merupakan inti
nukleosom adalah protein yang relatif kecil (102-135 asam amino), dan mereka
memiliki struktur yang dikenal dengan histonefold, dibentuk dari tiga alfa heliks
yang dihubungkan oleh dua loop. Dalam merakit nukleosom, lipatan histon pertama
mengikat satu sama lain untuk membentuk dimer H3-H4 dan H2A-H2B,
 kemudian dimer H3-H4 bergabung membentuk tetramer. Tetramer H3-H4
kemudian digabungkan lagi dengan dua dimer HZA-H2B untuk membentuk
oktamer, di mana DNA dililitkan (Albert, 2008).
Sumbu histon bersifat basa dan bermuatan positif karena banyak
mengandung asam amino arginin dan lisin. DNA dan inti nukleosom (sumbu
histon) disatukan oleh beberapa jenis ikatan nonkovalen, termasuk ikatan ionik
antara fosfat (pada struktur DNA) yang bermuatan negatif dan residu histon yang
bermuatan positif. Kedua molekul tersebut melakukan kontak dimana DNA
menghadap ke dalam (inward) ke arah inti histon, kontak ini terjadi dengan interval
setiap 10 pasangan dasar. Di antara titik-titik kontak ini, kedua molekul tersebut
dipisahkan oleh ruang yang cukup besar, yang dapat memberi akses ke DNA untuk
melakukan transkripsi dan pengikatan DNA lainnya. Selain 4 histon yang telah
disebutkan sebelumnya ada satu macam histon lagi, yaitu H1, yang letaknya bukan
di sumbu nukleosom, melainkan di bagian tepi nukleosom. Dengan adanya molekul
H1 ini, dapat mendukung struktur pengepakan nukleosom menjadi lebih besar dan
biasanya disebut dengan kromatosom. Setiap untai DNA sepanjang 146 pasangan
basa mengelilingi satu sumbu nukleosom, sementara bagian-bagian DNA lainnya
menjadi penghubung (linker) antara satu sumbu nukleosom dan sumbu nukleosom
berikutnya (Karp, 2010).
Tingkatan pengemasan yang kedua adalah pemutaran sejumlah nukleosom
membentuk struktur heliks yang disebut serat 30 nm. Dalam pembuatan isolat
kromatin, perubahan bentuk serat kromatin 10 nm (nukleosom) dan 30 nm dapat
dikonversikan dengan mengubah konsentrasi larutan garam. Serat 30 nm tidak
terbentuk dalam preparasi kromatin apabila molekul histonnya dihapus, hal ini
menunjukkan bahwa histon H1 memfasilitasi pengepakan nukleosom ke dalam
serat 30 nm. Tingkat pengemasan berikutnya adalah pelipatan serat kromatin 30
nm membentuk susunan dalam suatu domain melingkar (looped domain). Struktur
melingkar ini dipertahankan oleh pelekatan DNA secara periodik ke jaringan
protein nonhiston yang tidak dapat larut yang membentuk scaffold chromosom.
Kromosom eukariot terdiri atas suatu kompleks DNA-protein yang tersusun sangat
kompak sehingga memungkinkan DNA yang ukurannya begitu panjang tersimpan
di dalam nukleus. Istilah bagi struktur dasar kromosom adalah kromatin,
sedangkan satuan dasar kromatin adalah nukleosom. Dengan demikian, kromatin
merupakan satuan analisis kromosom yang menggambarkan struktur umum
kromosom (Karp, 2010).
 Gambar 2.16. Mekaisme pengemasan DNA menjad kromosom. Dimulai dari DNA yang
melilit pada tetramer histn membentuk nukleosom (dengan panjang 10 nm) kemudian dikemas
dalam serat 30 nm dan kemudian melipat pada loop domain kumpulan struktur ini menyusun
kromosom (Smbuer: Karp, 2010)

Kata transkripsi berasal dari bahasa Inggris transcription atau bahasa latin
transcriptio yang berarti penyalinan atau perekaman. Transkripsi merupakan pengkopian
daerah pengkode pada DNA menjadi RNA untai tunggal, pengertian ini diperjelas lagi
dengan definisi transkripsi adalah pembuatan RNA dengan menyalin sebagian berkas
DNA (Lodish, 2004).

DNA merupakan unit structural gen , sedangkan gen merupakan unit fungsional
materi genetic. DNA terbentuk dari untaian Panjang nukleutida , atau DNA adalah
polimer nukleutida. Setiap nukleutida terdiri atas satu gugus fosfat, satu gugus fosfat satu
gula pentose, dan satu basa N . ciri khas stuktur DNA adalah beruntai ganda dengan
pasangan basa N yang berkomplemen dan saling berpilin , bersifat antipararel serta
berdiameter 2 nm. Molekul DNA terdiri atas dua rantai polinukleutida Panjang yang
tersusun atas 4 tipe subunit nukleutida . setiap rantai ini dikenal sebagai rantai DNA atau
untai DNA .
 terdapat ikatan hydrogen antara basa nukleutida yang menjadikan dua
ranytai saling bertaut Langkah pertama sel dalam membaca sebuah bagian yang
diperlukan dari instruksi genetik adalah menyalin bagian sekuen nukleotida DNA
yaitu sebuah
 gen menjadi sekuen nukleotida RNA. Informasi dalam RNA,
meskipun disalin ke dalam bentuk kimia lain, masih ditulis dalam bahasa
yang sama seperti di DNA, oleh karena itu dinamakan transkripsi. (Alberts,
dkk. 2008)
RNA merupakan polimer linier yang tersusun dari empat macam
subunit nukleotida yang dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. RNA
berbeda dengan DNA secara kimia dalam dua hal: (1) nukleotida dalam
RNA adalah ribonukleotida yaitu mengandung gula ribosa (oleh karena itu
namanya asam ribonukleat), (2) meskipun, seperti DNA, RNA
mengandung basa adenin (A), guanin (G), dan sitosin (C), urasil (U) yang
menggantikan timin (T) pada DNA. U dapat membentuk pasangan basa
oleh ikatan hidrogen dengan A, hal ini juga berlaku untuk RNA (G
berpasangan dengan C, dan A berpasangan dengan U). (Alberts, dkk. 2008)

Gambar 2.18. Struktur kimia RNA (Alberts, dkk. 2008)

Gambar 2.19 Urasil membentuk pasangan basa dengan adenin. (Alberts, dkk. 2008)
 BAB III
PENUTUP

3.1 Simpulan
1. Nukleus adalah repositori kedua sebagian besar informasi genetik sel dan kontrol
pusat untuk ekspresi informasi tersebut. Nukleus dikelilingi oleh dua membrane
selubung nukleus yaitu selubung luar dan selubung dalam, yang memiliki
saluran khusus yaitu pori-pori nukleus.
2. Nuclear envelope merupakan lapisan yang membatasi antara nukleus dan
sitoplasma. Nuclear envelope tidak hanya berfungsi sebagai penghalang difusi
tetapi juga sebagai penghalang fisik yang memisahkan kromosom dari struktur
sitoplasma.
3. Nuclear Pore Complex adalah satu dari protein besar kompleks dalam sel dan
mudah dikenali menggunakan scanning mikroskop elektron.
4. Transpor membran nukleus dapat terjadi secara difusi dan transpor aktif.
5. Nuclear matrix adalah jaringan ini berfungsi untuk membantu menjaga bentuk
dari nukleus dan menyediakan kerangka untuk mengorganisai/ mengatur serat-
serat kromatin. Matriks nukleus juga berfungsi sebagai jangkar yang terlibat
dalam berbagai kegiatan inti, termasuk transkripsi, pengolahan RNA, dan
replikasi.
6. Nukleosom terdiri dari inti protein dengan DNA yang melilit di sekitar
permukaannya seperti gulungan benang. Pembentukan nukleosom terjadi
dengan cara pelilitan DNA di sekeliling inti nukleosom, yang merupakan
oktamer protein basa berukuran yang disebut sumbu histon.
 DAFTAR RUJUKAN

Albert, B., Johnson, A., et.al.-5Th ed. Molecular Biology of The Cell. 2008. Garland
science, Taylor & Francis Group, LLC, an informa business, 270 Madison Avenue,
NewYork NY f 0016, USA, and 2 park Square, Milton park, Abingdon, OXl4 4RN,
UK.
Arnone, J.T., Walters, A.D. and Fix, O.C. 2013. The Dynamic Nature Of The Nuclear
Envelope. Nucleus. 4(4): 261-266.

Champbell, N.A, & Reece, J.B. 2010. BIOLOGY, 8th edition. Jakarta: Erlangga. Chow,

K.H., Factor, R.E., and Ullman, K.S. 2012. The Nuclear Envelope
Environment and Its Cancer Connections. Macmillan Publisher Limited..
12. Nature Review.

Evans, D.E., Shvedunora, M. And Graumann, K. 2011. The Nuclear Envelope In The Plant
Cell Cycle: Structure, Function, and Reguation. Annals of Botany. 107: 1111-1118.

Fal, K., Asnacios, A., Chaboute, E.M., Hamant, O. 2017. Nuclear Envelope: A New
Frontier in plant mechanosensing. Biophys Rev. 9:389-403. Springer.

Hardin, J., Bertoni, G., & Kleinsmith, L.J. 2012. Becker’s World Of The Cell, 8th Edition.
San Fransinco: Pearson Education, Inc.

Kabachinski, G, and Schwartz, T.U. 2015. The Nuclear Pore Complex– Structure and
Function At A Glance. Journal of Cell Science. 128: 423- 429.

Karp, G. 2010. Cell and Molecular Biology Concepts and Experiment. Amerika: John
Wiley & Sons Inc.

Knockenhauer, K.E. and Schwartsz, T.U. 2016. The Nuclear Pore Complex as a Felxible
and Dynamic Gate. Cell. 164: 1161- 1171.

Oeffinger, M and Zenklusen, D. 2012. To The Pore and Through The Pore: A Story of
mRNA Export Kinetics. Biochimia et Biophysica Acta.: 494-506. Elsevier.
Onischenko, E. And Weis, K. 2011. Nuclear Pore Complex- A Coat Specifically Tailored
For The Nuclear Envelope. Science Direct. 23: 293-301. Springer.