JST Kesehatan, April 2015, Vol.5 No.

2 : 184 – 192 ISSN 2252-5416

DETEKSI KEBERADAAN BAKTERI ESCHERICHIA COLI O157:H7 PADA

FESES PENDERITA DIARE DENGAN METODE KULTUR DAN PCR

Detection of Existence of Bacterium Escherichia Coli O157:H7 in Feces of Diarrhea

Patients by Culture and PCR Metods

Zakia Bakri1, Mochammad Hatta1, Muh. Nasrum Massi3

1
Bagian Biomedik, Fakultas Kedokteran, Universitas Hasanuddin, 2Bagian Mikrobiologi, Fakultas
Kedokteran, Universitas Hasanuddin, Makassar

E-mail: zakiabakri34@yahoo.com

ABSTRAK

Diare merupakan salah satu penyebab utama kematian balita di negara berkembang. Penyakit ini
disebabkan oleh infeksi bakteri salah satu contohnya adalah bakteri Escherichia coli O157:H7.
Penelitian ini bertujuan mendeteksi bakteri Escherichia coli O157:H7 pada feses penderita diare
dengan metode kultur dan PCR, membandingkan hasil pemeriksaan antara kultur dan PCR dalam
mendeteksi bakteri Escherichia coli O157:H7 pada sampel feses penderita diare dan mengetahui
sensitivitas dan spesifitas metode PCR dalam mendeteksi bakteri Escherichia coli O157:H7 pada
sampel feses penderita diare. Metode yang digunakan, yaitu metode potong lintang. Penelitian
dilaksanakan di Laboratorium Imunologi dan Biologi Molekuler Bagian Mikrobiologi Fakultas
Kedokteran Universitas Hasanuddin. Sampel sebanyak 28 orang penderita diare di Rumah Sakit
Umum Daya dan Rumah Sakit Labuang Baji. Kemudian, untuk menguji bakteri Escherichia coli
O157:H7 digunakan teknik kultur dan untuk deteksi gen menggunakan teknik molekuler yaitu PCR.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 28 orang sampel feses, 6 sampel (21,42%) positif bakteri
Escherichia coli O157:H7 dengan metode kultur dan 13 sampel (46,425) positif bakteri Escherchia
coli O157:H7 dengan metode PCR. Metode PCR secara umum mampu mendeteksi bakteri
Escherichia coli O157:H7 dengan menggunakan primer spesifik O157:H7 pada bands 239 bp. PCR
terbukti lebih akurat dan menunjukkan hasil yang cepat dibandingkan dengan metode kultur dalam
mendeteksi bakteri Escherichia coli O157:H7.

Kata Kunci: Diare, Escherichia coli O157:H7, PCR, mtode kultur

ABSTRACT

Diarrhea is one of the main causes of infant mortality in developing countries. The disease is caused
by bacterial infection such as the bacterium Escherichia coli O157:H7. The research aimed to detect
the bacterium Escherichia coli O157:H7 in the feces of the diarrhea patients by the culture and
polymerase chain raction (PCR) methods, to compare the examination result between the culture
and PCR in the detecting the bacterium Escherichia coli O157: H7 in feces samples of the diarrhea
patients, and to find out the sensitivity and specificity of PCR methods in detecting the bacterium
Escherichia coli O157: H7 in feces samples of the diarrhea patients. The research used the cross
sectional method. The research was carried out in the Laboratory of Immunology and Molecular
Biology of Microbiology Department of Faculty of Medicine, Hasanuddin University. Samples
obtained were 28 diarrhea patients in General Hospital Daya and General Hospital Labuang Baji.
The examination on the bacterium Escherichia coli O157: H7 was then conducted through the
culture technique use and gene detection using the molecular techniques namely PCR . The research
result indicates that out of 28 feces samples, 6 samples (21.42%) are positive to contain the
bacterium Escherichia coli O157: H7 by the culture method and 13 samples (46.42%) are positive to
contain the bacterium Escherichia coli O157: H7 by PCR method. The Polymerase Chain Reaction
method is generally able to detect the bacterium Escherichia coli O157: H7 by using the specific

184
Diare, Escherichia coli O157:H7, PCR, mtode kultur
primary O157: H7 in the bands 239 bp. PCR is proven to be more accurate and indicates the faster
result compared with the culture method in detecting the bacterium Escherichia coli O157: H7.
Keywords: Diaarhea, Escherichia coli O157:H7, PCR, culture methods
PENDAHULUAN
Diare atau penyakit diare diartikan
sebagai buang air encer lebih dari empat
kali sehari, baik disertai lendir dan darah
maupun tidak (Widjaja, 2000). Menurut
WHO, penyakit diare merupakan salah
satu penyebab utama kematian balita di
negara berkembang. Angka kejadian
diare pada anak tiap tahun diperkirakan
2,5 milyar, dan lebih dari setengahnya
terdapat di Afrika dan Asia Selatan dan
akibat dari penyakit ini lebih berat serta
mematikan. Secara global setiap tahun
penyakit ini menyebabkan kematian
balita sebesar 1,6 juta (Hannif et al.,
2011). Di negara Indonesia, diare
merupakan masalah kesehatan
masyarakat karena morbiditas dan
mortalitasnya yang masih tinggi. Survei
morbiditas yang dilakukan oleh Subdit
Diare Departemen Kesehatan dari tahun
2000 s/d 2010 terlihat kecenderungan
insidens naik. Pada tahun 2000 penyakit
Diare 301/ 1000 penduduk, tahun 2003
naik menjadi 374 /1000 penduduk, tahun
2006 naik menjadi 423 /1000 penduduk
dan tahun 2010 menjadi 411/1000
penduduk (Kemenkes RI, 2011).
Diare dapat disebabkan oleh infeksi
bakteri, virus dan parasit. Penyebab diare
terbanyak kedua setelah rotavirus adalah
infeksi karena bakteri Escherichia coli
(Monem et al., 2014). Escherichia coli
merupakan bakteri komensal, patogen
intestinal dan pathogen ekstraintestinal
yang dapat menyebabkan infeksi traktus
urinarius, meningitis, dan septicemia.
Sebagian besar dari bakteri E. coli berada
dalam saluran pencernaan hewan maupun
manusia dan merupakan flora normal,
namun ada yang bersifat patogen yang
dapat menyebabkan diare pada manusia
(Bettelheim, 2000).
Escherichia coli O157:H7 adalah
kelompok utama enterohemoragic yang
185
ISSN 2252-5416
dapat menimbulkan penyakit haemorr-
hagic colitis yang ditandai dengan diare
berdarah dan sindrom uremik hemolitik
(HUS) yaitu infeksi saluran kencing.
Strain EHEC memiliki faktor virulensi
intimin yang berperan dalam proses
penempelan dan pelekatan pada sel epitel
saluran pencernaan yang memproduksi
hemolisin sehingga menimbulkan diare
berdarah (Bonyadian et al., 2010). Infeksi
E.coli O157:H pada manusia bersifat
verotoksigenik telah menyebabkan
16.000 kasus penyakit melalui makanan
(Food Borne Diseases) dan 900 orang
meninggal per tahun di AS Kejadian
wabah tunggal pada tahun 1993 di
Western AS telah menyebabkan 700
orang menderita sakit dan 4 orang
meninggal (Sartika dkk., 2005).
Infeksi bakteri Escherichia coli
O157:H7 pada manusia ditandai dengan
manifestasi klinis yang luas mulai dari
tanpa menunjukkan gejala klinis atau
asimtomatis sampai terlihat adanya diare
berdarah atau tanpa berdarah (Dutta et
al., 2011; Peter et al., 2011). Manusia
yang terpapar oleh kuman E.coli
O157:H7 disebabkan oleh kontak
langsung dengan hewan infektif atau
akibat mengkonsumsi makanan seperti
daging, buah, sayur, air yang telah
terkontaminasi serta susu yang belum
dipasteurisasi (Sartika dkk., 2005).
Penyakit diare masih menjadi
masalah utama di Indonesia yang perlu
penanganan dan kajian dari berbagai
aspek. Penyebab kesakitan dan kematian
akibat diare tidak dapat diketahui secara
spesifik, hal ini dikarenakan sebagian
besar diagnosis yang dilakukan oleh
tenaga medis tidak berbasiskan hasil
pemeriksaan laboratorium tetapi hanya
berdasarkan diagnosis klinis. Untuk itu
pemeriksaan laboratorium sangatlah
penting sebagai penunjang dalam
pemeriksaan diare. Beberapa metode
Zakia Bakri
konvensional yang digunakan untuk
menentukan adanya bakteri Escherichia
coli O157:H7 pada sampel baik itu
makanan, minuman ataupun pada feses
penderita antara lain metode biakan
(kultur), uji biokimiawi, dan uji serologis.
Metode tersebut mempunyai kelemahan
yaitu membutuhkan waktu yang lama,
jumlah sampel yang banyak, dan metode
pembacaan hasil yang tidak tepat.
Teknik PCR adalah salah satu teknik
molekuler yang digunakan untuk
mengidentifikasi penyakit infeksi yang
disebabkan oleh Escherchia coli
O157:H7. Metode ini memiliki banyak
kelebihan yaitu dapat menghasilkan
amplifikasi produk yang akurat, cepat,
spesifik, membutuhkan jumlah sampel
yang sedikit. dan metode ini dapat
digunakan untuk mengatasi kelemahan
diagnostik konvensional (kultur).
Berdasarkan uraian diatas, mengingat
pentingnya efisiensi waktu dalam
pemeriksaan penyakit diare, maka perlu
dikembangkan suatu metode yang cepat
dan sensitif dalam mendeteksi penyakit
diare antara lain dengan menggunakan
teknik PCR. Penelitian ini bertujuan
untuk mendeteksi bakteri Escherichia
coli O157:H7 pada feses penderita diare
dengan metode kultur dan PCR.
BAHAN DAN METODE
Lokasi dan Rancangan Penelitian
Penelitian ini dilaksanakan di
Rumah Sakit Umum Daya dan Rumah
Sakit Labuang Baji selama bulan juni
sampai desember 2014. Identifikasi dan
deteksi bakteri Escherichia coli O157:H7
dilaksanakan di Laboratorium Biologi
Molekuler dan Immunologi Bagian
Mikrobiologi Fakultas Kedokteran
Universitas Hasanuddin. Penelitian ini
dilakukan pada bulan juni sampai
november 2014. Jenis Penelitian ini
adalah eksperimen, untuk mendeteksi
keberadaan bakteri Escherichia coli
O157:H7 pada feses penderita diare.
186
ISSN 2252-5416
Populasi dan Sampel
Populasi penelitian ini adalah semua
pasien diare rawat inap di Rumah Sakit
Labuang Baji dan Rumah Sakit Umum
Daya. Sampel penelitian adalah 28 feses
pasien diare anak. Pengambilan sampel
sesuai dengan angka kejadian di Rumah
Sakit dengan memperhatikan kriteria
inklusi dan eks. Kriteria inklusi pada
penelitian ini adalah pasien diare usia 0-
14 tahun, tidak disertai penyakit lain dan
bersedia ikut dalam penelitian sedangkan
kriteria eksklusi dalam penelitian ini
adalah pasien dewasa, telah mendapat
antibiotik dalam satu minggu terakhir dan
tidak bersedia ikut dalam penelitian.
Pengumpulan Data
Pemeriksaan sampel feses
dilaksanakan di Laboratorium Biologi
Molekuler dan Immunologi Bagian
Mikrobiologi Fakultas Kedokteran
Universitas Hasanuddin. Pemeriksaan
sampel feses dilakukan dengan metode
kultur dan PCR. Identifikasi bakteri
dilakukan dengan metode kultur dan
disesuaikan dengan buku identifikasi
bakteri sedangkan deteksi molekuler
dilakukan dengan metode PCR.
Analisis Data
Data yang diperoleh dikelompokkan
berdasarkan tujuan dan jenis data
kemudian dianalisis. Hasil analisis akan
ditampilkan dalam bentuk tabel dan
gambar disertai penjelasan.
HASIL
Karakteristik Sampel
Penelitian ini melibatkan 28
penderita diare. Terdiri dari perempuan
sebanyak 10 (35,71 %) dan laki-laki
sebanyak 18 orang (64,29%) dengan usia
termuda 3 bulan dan tertua 7 tahun, yang
terbanyak umur antara range 1-7 tahun 15
orang (53,57%). Dari data klinik
sebagian besar pasien mengalami gejala
dengan frekuensi muntah sebanyak
(78,57 %), demam sebanyak (71,49%),
gejala dengan perut kejang sebanyak
(3,57 %), sakit perut (10,72%), gejala
Diare, Escherichia coli O157:H7, PCR, mtode kultur
dengan dehidrasi ringan hingga sedang
sebanyak (35,72%), tinja encer sebanyak
(64,29%), dan tinja dengan lendir
(17,86%).
Identifikasi dan Deteksi Bakteri
Escherichia coli O157:H7 dengan
kultur dan PCR
Selama periode Juni-November
2014 didapatkan 28 sampel feses diare
anak yang memenuhi kriteria inklusi dan
eksklusi. Setiap penderita diare diambil
sampel fesesnya, kemudian dibawa ke
Laboratorium Mikrobiologi dan
Immunologi untuk dikultur dan
diekstraksi kemudian diamplifikasi
dengan mesin PCR. Primer yang
digunakan adalah primer E.coli O157:H7
untuk mendeteksi keberadaan bakteri
Escherichia coli O157:H7. Hasil
identifikasi dengan metode kultur
menunjukkan koloni yang tumbuh pada
medium Mac Conkey Agar tampak
berbentuk bulat, tepi rata, permukaan
halus dengan warna koloni. Koloni
bakteri yang dicurigai sebagai bakteri
Escherichia coli O157:H7 kemudian
dilakukan uji biokimia IMVIC dan TSIA
untuk menegaskan bahwa koloni yang
tumbuh merupakan isolat E.coli
O157:H7. Hasil Uji biokimia
menunjukkan koloni isolat Escherichia
coli O157:H7 pada medium TSIA (+),
Gambar 1. Hasil elektroforesis tampak pita pada posisi 239 bp dengan PCR; M=Marker;
1-15 = sampel pasien diare; 3, 6, 7, 8, 9, 11, 14 = sampel positif.
187
ISSN 2252-5416
Metyl Red (+), VP (-), Urea (-), Sitrat (-),
uji fermentasi laktosa, glukosa, sukrosa
dan mannitol (+). Jenis bakteri yang
berhasil diidentifikasi pada sampel feses
dengan metode kultur yaitu bakteri
Enterobacter agglomeran sebanyak 16
isolat (57,14%), bakteri Alcaligenes
faecalis sebanyak 1 isolat (3,57%),
bakteri Escherichia coli O157:H7
sebanyak 9 isolat (32,14%), bakteri
Klebsiella sp sebanyak 1 isolat (3,57%)
dan bakteri Proteus vulgaris sebanyak 1
isolat (3,57%).
Hasil uji PCR memperlihatkan pita
fragmen DNA dengan ukuran 239 bp Hal
ini menunjukkan bahwa pada sampel
terdapat bakteri Escherichia coli
O157:H7 sedangkan pada sampel yang
tidak menunjukkan pita fragmen DNA
menunjukkan bahwa tidak ditemukan
bakteri Escherichia coli O157:H7
(Gambar 1 dan 2). Dari 28 sampel feses
yang diuji dalam penelitian ini, sebanyak
13 (46,42%) terdeteksi bakteri
Escherichia coli O157:H7 dengan
menggunakan metode PCR namun tidak
terdeteksi dengan metode kultur.
Sebanyak 9 (32,14%) sampel terdeteksi
bakteri Escherichia coli O157:H7 dengan
menggunakan metode kultur.
Disimpulkan bahwa PCR memiliki
tingkat sensivitas 100 % dan
spesifitasnya adalah 78 %.
Zakia Bakri
Gambar 2. Hasil elektroforesis tampak pita pada posisi 239 bp dengan PCR; M=Marker;
16-28 = sampel pasien diare; 19, 22, 23, 24, 25, 26, dan 27= sampel positif;
N=Kontrol negatif.
PEMBAHASAN
Penelitian ini dilakukan selama
periode Juni sampai November 2014
dengan 28 subjek pasien diare. Dilakukan
pemeriksaan untuk mendeteksi bakteri
Escherichia coli O157:H7 pada feses
penderita diare anak. Didapatkan 28
subjek penelitian yang memenuhi kriteria
inklusi diantaranya 5 pasien diare berasal
dari Rumah Sakit Labuang Baji dan 23
pasien berasal dari Rumah Sakit Daya.
Secara keseluruhan subjek penelitian
terdiri atas 18 laki-laki dan 10
perempuan. Semua sampel feses
diperiksa secara kultur dan molekuler
untuk mendeteksi keberadaan bakteri
Escherichia coli O157:H7.
Penyakit diare merupakan penyebab
kesakitan dan kematian di negara
Berkembang. Di Indonesia penyakit diare
merupakan salah satu masalah kesehatan
masyarakat, karena tingginya angka
kesakitan dan angka kematian yang
diakibatkannya. Bakteri Escherichia coli
O157:H7 merupakan salah satu penyebab
diare pada anak-anak. Banyak faktor
yang menyebabkan diantaranya kondisi
lingkungan yang rendah, kontaminasi
makanan dan minuman, suplai air bersih
188
ISSN 2252-5416
yang belum memadai, kemiskinan dan
taraf pendidikan yang rendah.
Bakteri Escherichia coli O157:H7
masuk melalui kontaminasi feses pada
makanan dan air. Higienitas dan sanitasi
lingkungan sangat berpengaruh dalam
proses pemindahan Escherichia coli
O157:H7 ke tubuh manusia. Paparan
terhadap penyebab penyakit diare dapat
terjadi melalui kebiasaan mengkonsumsi
makanan dari penjaja makanan yang
higienitasnya rendah atau dengan sanitasi
lingkungan yang kurang baik
(Buktiwetan et al, 2001).
Faktor lain yang juga dianggap
berperan adalah konsumsi produk hewani
yang mungkin menjadi sumber
kontaminasi dari Escherichia coli
O157:H7 seperti penggunaan produk
hewani yang tidak dimasak dengan
prosedur yang baik sehingga dapat
meningkatkan angka kuman dan berakhir
pada peningkatan resiko infeksi
(Buktiwetan et al, 2001; Brooks et al,
2010; Oryan et al, 2005).
Berdasarkan hasil penelitian ini
distribusi penderita diare menurut umur,
jumlah penderita diare anak yang banyak
pada kelompok umur 1-7 tahun. Hal ini
tidak sesuai dengan hasil penelitian yang
dilakukan Shintamurniwati (2006) di
Diare, Escherichia coli O157:H7, PCR, mtode kultur
Puskesmas Bergas Kabupaten Semarang
menunjukkan bahwa kasus diare balita
terbanyak ditemukan pada rentang umur
kurang dari 2 tahun (65,28 %) dan
terendah pada kelompok umur 3-5 tahun
(9,72 %). Penelitian lain dilakukan oleh
Orlandi dkk (2001) di Poliklinik
Hamilton Gondin Brasil menunjukkan
(25,5%) diare terjadi pada anak usia 1-2
tahun. Penelitian oleh Muh. youssef, dkk
(2000) di Rumah Sakit Rahma jordania
menunjukkan (35,1%) diare terjadi pada
anak usia 6-11 bulan.
Menurut WHO 2004, rata-rata
kejadian diare pada anak di bawah umur
5 tahun adalah 3.2 episode pertahun.
Berdasarkan data Riset Kesehatan Dasar
(RISKESDAS) Nasional tahun 2007,
diare merupakan penyebab kematian
terbanyak pada bayi (31,43%) dan balita
(25,2%) di Indonesia.
Pada penelitian ini banyaknya
kejadian diare pada kelompok umur 1-7
tahun dapat terjadi karena pada umur
tersebut anak sudah mulai aktif bermain
dan rentan terkena infeksi penyakit
terutama diare. Anak pada kelompok
umur ini dapat terkena infeksi bakteri
penyebab diare pada saat bermain di
lingkungan yang kotor serta melalui cara
hidup yang kurang bersih.
Pada kelompok umur 0-5 bulan,
balita biasanya masih mendapat ASI dari
ibunya dan belum mendapat makanan
tambahan, demikian tingkat imunitas
balita tersebut tinggi yang diperoleh
langsung dari ASI sehingga risiko untuk
terkena diare lebih rendah.
Pada kelompok umur 7-11 bulan
biasanya balita sudah mendapat makanan
tambahan dan menurut perkembangannya
mulai dapat merangkak sehingga kontak
langsung bisa saja terjadi. Selain itu pada
usia tersebut anak berada pada fase oral
dimana anak memiliki kebiasaan
memasukan barang-barang yang ada
disekelilingnya ke dalam mulut sehingga
hal ini dapat meningkatkan resiko diare.
Berdasarkan jenis kelamin, penderita
diare anak dengan jenis kelamin laki-laki
lebih banyak dengan jumlah pasien 18
189
ISSN 2252-5416
(64,29 %) dibandingkan dengan
penderita diare anak dengan jenis
kelamin perempuan dengan jumlah
pasien 10 (35,71%). Hingga saat ini
belum ada ditemukan referensi yang
dapat menjelaskan hal tersebut, namun
hal ini mungkin dapat terjadi karena pada
anak laki-laki lebih aktif dan lebih
banyak bermain di lingkungan luar
rumah. Aktifitas fisik yang banyak pada
anak laki-laki dan dapat membuat kondisi
fisik tubuhnya cepat mengalami
penurunan termasuk penurunan sistem
kekebalan tubuh, sehingga lebih beresiko
terkena penyakit termasuk diare.
Berdasarkan gejala klinik penderita
diare anak mengalami gejala klinis
muntah (78,57%), demam (71,49%),
perut kejang (3,57%), sakit perut
(10,72%), dehidrasi ringan hingga sedang
(35,72%), tinja encer (64,72%) dan tinja
encer dengan lendir (17,86). Diantara
gejala di atas, yang terbanyak adalah
demam dan muntah. Menurut pendapat
Jawetz (2005), diare karena infeksi
bakteri Escherichia coli O157:H7
mengalami demam rendah atau tanpa
demam, tinja encer berair dan dapat
mengandung darah, abdomen kram serta
terasa sakit.
Metode kultur merupakan metode
konvensional yang sering digunakan
untuk mengidentifikasi bakteri
Escherichia coli O157:H7. Pada
pemeriksaan kultur didapatkan 24 sampel
yang tumbuh pada medium Mac Conkey
Agar. Dari 24 sampel terdapat 6 isolat
yang positif bakteri Escherichia coli dan
tidak memperlihatkan koloni jernih
(colourless) seperti halnya pada isolat
kontrol ATCC 35150. Hasil ini
menunjukkan bahwa 6 isolat tersebut
memfermentasikan sorbitol sehingga
menghasilkan warna koloni yang
berwarna merah muda. Di sisi lain,
bakteri E. coli O157:H7 tidak
memfermentasikan sorbitol sehingga
memberikan warna koloni colourless
(tidak berwarna).
Selain bakteri Escherichia coli
O157:H7 ditemukan jenis bakteri lain
Zakia Bakri
yaitu bakteri Enterobacter agglomerans
sebanyak 16 isolat (57,14%), bakteri
Alcaligenes faecalis sebanyak 1 isolat
(3,57%), bakteri Klebsiella sp sebanyak 1
isolat (3,57%) dan bakteri Proteus
vulgaris sebanyak 1 isolat (3,57%).
Menurut Vila et al (2002), bakteri
penyebab diare dapat dibagi dalam dua
golongan besar yaitu bakteri non invasif
dan bakteri invasif. Bakteri yang
termasuk dalam golongan bakteri non
invasif adalah: Vibrio cholerae, E.colli
patogen (EPEC, ETEC, EIEC),
Staphylococcus aureus, Bacillus cereus,
Clostridium perfringens, sedangkan
golongan bakteri invasif adalah
Salmonella sp, Shigella, Compylobacter,
Yersinia.
Penelitian Muh. youssef (2000)
menemukan beberapa jenis bakteri,
parasit dan virus yang menyebabkan
diare di RS Rahma Jordania. Jenis
bakteri, virus dan parasit yang berhasil
diidentifikasi adalah rotavirus (32.5%),
Escherichia coli (12.8%),
enteroaggregative E. coli (10.2),
enterotoxigenic E. coli (5.7%), Shigella
spp. (4.9%), Entamoeba histolytica
(4.9%), Salmonella spp (4.5%),
Campylobacter jejuni
(1.5%),Cryptosporidium spp (1.5%),
Enteroinvasive E. coli (1.5%), Giardia
lamblia (0.8%) and Yersinia
enterocolitica (0.4%) spp (1.5%).
Penyiapan template DNA sampel
yang digunakan untuk amplifikasi dengan
PCR, ekstraksinya dilakukan dengan
teknik boom yang bertujuan untuk
melisiskan dinding sel bakteri sehingga
DNA dapat diektstraksi sekaligus
mempermudah proses denaturasi ketika
dilakukan amplifikasi dengan PCR.
Analisis hasil amplifikasi dilakukan
dengan elektroforesis gel agarosa yang
berperan sebagai sirkuit elektrik untuk
memisahkan fragmen-fragmen DNA
berdasarkan jumlah nukleotida
penyusunnya. Semakin kecil ukuran
pasang basa nukleotidanya, akan semakin
mudah bermigrasi dan berada di bagian
gel yang dekat dengan anoda. Pita-pita
190
ISSN 2252-5416
DNA yang terbentuk diamati dengan alat
UV transilluminator dan penentuan
ukuran fragmen dilakukan dengan cara
membandingkan mobilitas fragmen DNA
dengan DNA standar yang telah
diketahui ukurannya.
Visualisasi DNA pada elektroforesis
lebih mudah dilakukan menggunakan
pewarna yang dapat berfluoresensi yaitu
etidium bromida yang merupakan
molekul planar yang dapat menyisip di
antara ikatan basa DNA. Etidium
bromide dapat terkonsentrasi dalam
fragmen DNA dan berfluoresensi pada
cahaya UV. Sampel yang menghasilkan
fragmen DNA dengan ukuran sekitar 239
bp pasang basa menandakan bahwa
sampel tersebut positif mengandung
Escherichia coli O57:H7.
Berdasarkan hasil pemeriksaan PCR
dengan menggunakan primer E.coli
157:H7, memiliki panjang amplikon 239
bp yang merupakan daerah penanda gen
bakteri Escherichia coli O157:H7. Dari
hasil elektroforesis terlihat pita DNA
terbentuk pada sumur 3, 6, 7, 8, 9, 11, 14,
19, 23, 24, 25, 26, 27 sedangkan kontrol
negatif tidak terbentuk pita DNA. Pita
DNA yang terbentuk menunjukkan
bahwa dalam sampel feses positif
mengandung bakteri Escherichia coli
O157:H7 dengan ketebalan pita yang
berbeda-beda tergantung pada banyaknya
DNA yang akan diamplifikasi. Semakin
banyak DNA yang diamplifikasi semakin
tebal atau terang DNA yang terbentuk
(Hatta, dkk, 2004).
Hasil uji PCR dari 28 sampel
terdapat 13 (46,42%) sampel yang positif
yaitu sampel 3, 6, 7, 8, 9, 11, 14, 19, 23,
24, 25, 26, 27 terdeteksi bakteri
Escherichia coli O157:H7 dengan
menggunakan metode PCR namun tidak
terdeteksi dengan metode kultur,
sedangkan dengan metode kultur terdapat
6 (21,42%) sampel yang positif bakteri
E.coli yaitu sampel 6, 7, 8, 11, 19 dan 24.
Perbedaan yang terjadi antara
pemeriksaan kultur dan PCR tersebut
karena kultur memiliki beberapa
kelemahan. Metode kultur memerlukan
Diare, Escherichia coli O157:H7, PCR, mtode kultur ISSN 2252-5416

waktu yang lama, jumlah sampel yang diagnosa lebih cepat dan menentukan
banyak serta membutuhkan keterampilan pengobatan secara lebih efektif.
dalam mengidentifikasi bakteri. Pada
penelitian ini, identifikasi Escherichia KESIMPULAN DAN SARAN
coli O157:H7 dengan metode Hasil penelitian menunjukkan
konvensional memerlukan waktu 4 hari, bahwa dari 28 sampel feses anak berumur
sedangkan dengan metode PCR hanya 0-14 tahun yang didiagnosis diare
memerlukan waktu 48 jam. Hal ini diperoleh 6 sampel positif (21,42%)
disebabkan karena metode PCR langsung Escherchia coli O157:H7 dengan metode
dapat mendeteksi adanya Escherichia kultur dan 13 sampel (46,43%) positif
coli O157:H7 dalam sampel tanpa harus bakteri Escherchia coli O157:H7 dengan
mengisolasi koloni bakteri terlebih metode PCR. Tidak dapat diuji sensivitas
dahulu. Dengan demikian, metode PCR dan spesifitas penelitian ini. Perlu
yang digunakan dalam penelitian ini penelitian lebih lanjut dengan jumlah
lebih cepat bila dibandingkan dengan sampel yang lebih banyak terutama pada
metode konvensional (kultur). pasien anak-anak.
Hasil PCR telah terbukti spesifik
mendeteksi bakteri Escherichia coli DAFTAR PUSTAKA
O157:H7. Hal ini dapat dilihat dari
Bettlelheim K.A. (2000). Role of non
adanya pita DNA yang berukuran 239 bp
O157 VTEC. J. Appl. Symp.
(gambar 1 dan 2). Metode PCR
Microbiol. Suppl.
merupakan salah satu metode molekuler
Bonyadian., Momtaz H., Rahimi E.,
yang telah banyak menjadi pilihan klinis
Habibian R., Yasdani A., and
beberapa tahun terakhir. PCR telah
Zamani A. (2010). Identification &
terbukti memiliki tingkat sensivitas yang
characterization of Shiga toxin-
sama atau lebih besar dari pemeriksaan
producing Escherichia coli isolates
kultur. Pada penelitian ini metode PCR
from patients with diarrhoea in Iran.
dengan menggunakan primer E.coli O157
Indian J Med Res 132, hal 328-331.
mampu mendekteksi keberadaan bakteri
Dutta T.K., Roychoudhury S.P.,
Escherichia coli O157:H7 dengan waktu
Bandyopadhyay Wani S.A., and I.
yang lebih cepat. Hal ini sejalan
Hussain. (2011). Detection and
penelitian Morin et. al. (2004). yang
characterization of Shiga toxin
melaporkan bahwa deteksi bakteri E.coli
producing Escherichia coli (STEC)
O157:H7, Vibrio Cholera Oi dan
& enteropathogenic Escherichia coli
Salmonella typhi menggunakan metode
(EPEC) in poultry birds with
PCR mampu mendeteksi dan
diarrhoea. Indian J. Med. Res. Vol
mengidentifikasi bakteri pathogen baik
133, hal: 541-545.
pada sampel klinik air, dan makanan.
Hannif, Sri Mulyani dan Kuschitawaty.
Berdasarkan hasil penelitian
(2011). Faktor Risiko Diare Akut
tersebut, dapat disimpulkan bahwa teknik
Pada Balita. Jurnal Berita
identifikasi bakteri Escherichia coli
Kedokteran Masyarakat, Vol 27, hal
O157:H7 dalam feses penderita diare
10-17.
dengan menggunakan metode molekuler
Jawetz E. J. et al. (2005). Mikrobiologi
yaitu PCR sudah terbukti lebih sensitif
Kedokteran, ed. 20. University of
dan menunjukkan hasil yang cepat
California, San Francisco.
namun dengan biaya yang mahal jika
Kementrian Kesehatan Republik
dibandingkan dengan metode
Indonesia. (2011). Buku Pedoman
konvensional. Oleh karena itu dapat
Pengendalian Penyakit Diare.
direkomendasikan dan digunakan oleh
Direktorat Jenderal Pengendalian
tenaga kesehatan dalam mendeteksi dini
dan Penyehatan Lingkungan.
sehingga akan membantu penegakan

191
Zakia Bakri
Kementrian Kesehatan Republik
Indonesia, Jakarta.
Monem MA., Mohamed EA., Awad ET.,
Ramadan AHM., and Mahmoud
HA. (2014). Multiplex PCR as
emerging technique for diagnosis of
enterotoxigenic E. coli isolates from
pediatric watery diarrhea. Journal of
American Science, Vol 10 No (10).
Morin NJ., Zhilong G. and Xing-Fang Li
(2004). Reverse Transcription-
Multiplex PCR assay for
Simultaneous Detection of
ecsherchia coli O157:H7, Vibrio
cholera O1, and Salmonella typhi.
Clinical Chemistry. Canada. Hal
2037.
Orlandi and Tatiane Silva et al. (2001).
Enteropathogens Associated with
Diarrheal Disease in Infants of Poor
Urban Areas of Porto Velho,
Rondônia: a Preliminary Study.
Journal Mem Inst Oswaldo Cruz,
Rio de Janeiro, Vol. 96 (5), hal: 621-
625.
Peter C.H., Councell F.T., Keys C., and
Monday S.R. (2011). Virulence
characterization of Shiga-toxigenic
192
ISSN 2252-5416
Escherichia coli isolates from
wholesale produce. Appl. Environ.
Microbiol. Vol 77 (1), hal: 343-345.
Sartika, Indrawani, dan Sudiarti. (2005).
Analisis Mikrobiologi Escherichia
coli O157:H7 Pada Hasil Olahan
Hewan Sapi Dalam Proses
Produksinya. Jurnal Makara
Kesehatan, Vol 9 No (1), Hal 23-28.
Youssef Abdallah Shurman, et al. (2000).
Bacterial, viral and parasitic enteric
pathogens associated with acute
diarrhea in hospitalized children
from northern Jordan. Journal FEMS
Immunology and Medical
Microbiology 28, hal 257-263.
Vila J., Vargas M Ruiz J., Corachan M.,
De Anta MTJ. and Gascon J. (2000).
Quinolon resisten Resisten In
enterotoxigenic Escherichia coli
Causing Diarrhea In Travelers To
india in Comparisom with Other
Geographycal Areas. Antimikrobial
Agents And Chemotherapy.
Widjaja. (2000). Mengatasi Diare dan
Keracunan pada Balita. Jakarta :
Kawan Pustaka.