LAPORAN PRAKTIKUM

MIKROBIOLOGI LINGKUNGAN
“ KOLOM WINOGRADSKY ”

Disusun oleh :
Anandhita Arnelya Rosdiana
1308617010

Program Studi Biologi

Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Negeri Jakarta
2019
 PENDAHULUAN

Salah satu kelompok makhluk hidup yang penting dalam pembuatan produk
primer dan berperan dalam dekomposer senyawa organik dan anorganik adalah bakteri.
bakteri yang biasa ditemukan dalam lingkungan akuatik dimana dalam kondisian aerobik dan
cahaya adalah bakteri fotosintetik, ungu dan hijau. Bakteri fotosintetik mampu mendekomposisi
senyawa senyawa organik dengan bantuan sinar matahari menjadi O2, H2 dan senyawa organik
sederhana di mana senyawa organik ini mampu menyediakan sumber karbon untuk flora sekunder
dari bakteri pereduksi sulfur. Bakteri pereduksi sulfur selama respirasi anaerob akan
menghasilkan H2S dan CasO4 yang disuplementasi. H2S yang terbentuk merupakan sumber
tenaga pereduksi bagi bakteri fotosintetik sulfur jika tumbuh dalam kondisi
ada bahaya. Salah Satu cara yang dikembangkan dalam mempelajari bakteri fotosintetik
adalah kolom Winogradsky .
Kolom Winogradsky adalah salah satu cara sederhana untuk mempelajari suatu
lingkungan alami di laboratorium. Kolom ini ditemukan oleh ahli mikrobiologi Rusia bernama
Sergei Winogradsky (1856-1953) dan Martinus W. Beijerinck (1851-1931) yang digunakan
sebagai model untuk mempelajari interaksi populasi bakteri pada berbagai komunitas perairan
dan sedimen perairan dan sedimen. Kolom Winogradsky menggambarkan mikroorganisme yang
berbeda membentuk hubungan interdependen, dimana aktivitas suatu organisme mampu
mempengaruhi organisme lain untuk tumbuh atau sebaliknya (Deacon, 2005).
Jumlah besar selulosa (misalnya koran) ditambahkan awalnya mendorong pertumbuhan
mikroba yang cepat yang segera menghabiskannya oksigen di dalam sedimen dan kolom
air. Hanya bagian paling atas kolom tetap diaerasi karena oksigen berdifusi sangat lambat
melalui air.
Organisme yang dapat tumbuh dalam kondisi anaerobik adalah organisme yang
memfermentasi bahan organik. Fermentasi adalah proses di mana senyawa organik yang
terdegradasi tidak sempurna; Misalnya, ragi memfermentasi gula ke alkohol respirasi
anaerob adalah proses di mana substrat organik benar-benar terdegradasi menjadi CO2, tetapi
menggunakan zat lain selain oksigen sebagai akseptor elektron terminal. Beberapa bakteri
bernafas dengan menggunakan ion nitrat atau sulfat, dengan cara yang sama seperti kita
menggunakan oksigen sebagai akseptor elektron terminal selama respirasi ( Deacon 2005)
Beberapa spesies yang menggunakan selulosa misalnya Clostridium mulai tumbuh
ketika oksigen habis dalam sedimen. Semua spesies Clostridium anaerobik karena sel-sel
vegetatif mereka dibunuh oleh paparan oksigen, tetapi mereka dapat bertahan sebagai spora
dalam kondisi aerobik. Clostridium menurunkan selulosa menjadi glukosa dan kemudian
memfermentasi glukosa untuk mendapatkan energi, memproduksi berbagai senyawa organik
sederhana (etanol, asam asetat, asam suksinat, dll) sebagai produk fermentasi akhir ( Deacon
2005)
Sulfur-mengurangi bakteri seperti Desulfovibrio dapat memanfaatkan produk-produk
fermentasi oleh respirasi anaerobik, baik menggunakan sulfat atau bentuk teroksidasi sebagian
lain dari belerang (misalnya tiosulfat) sebagai terminal akseptor elektron, menghasilkan sejumlah
besar H2S dengan proses ini Dalam respirasi aerobik sendiri kita menggunakan O2 dan
mengurangi ke H2O. H2S akan bereaksi dengan besi dalam sedimen, menghasilkan sulfida besi
hitam. Inilah sebabnya mengapa danau sedimen sering hitam. Namun, beberapa dari atas dengan
H2S berdifusi ke dalam kolom air, di mana ia dimanfaatkan oleh organisme lain Thiobacillus-
Thiobacillus yang chemoautotrophs dan memerlukan sumber energi anorganik. Mereka
ditemukan dalam kondisi aerobik yang mengandung belerang atau sulfida. Metode utama untuk
mengisolasi mereka adalah campuran Menengah Starkey itu, Menengah tiosulfat dan innoculant
debu batubara. Metode lain adalah untuk mengambil sampel tanah dan memasaknya sampai 80
C. Thiobacillus akan sporolate dan mereka kemudian dapat diisolasi dan tumbuh (Benton , 2005)
Difusi dari H2S dari sedimen ke dalam kolom air memungkinkan bakteri fotosintetik
anaerob untuk tumbuh.organisme ini biasanya dipandang sebagai dua sempit, yaitu pita
berwarna cerah tepat di atas sedimen - sebuah zona bakteri sulfur hijau maka zona bakteri sulfur
berwarna ungu.
Bakteri sulfur hijau dan ungu memperoleh energi dari reaksi cahaya dan menghasilkan bahan
selular mereka dari CO2 dalam banyak cara yang sama seperti tanaman lakukan. Namun, ada
satu perbedaan penting: mereka tidak menghasilkan oksigen selama fotosintesis karena mereka
tidak menggunakan air sebagai reduktor, melainkan mereka menggunakan H2S. Persamaan yang
disederhanakan berikut menunjukkan paralel.

 6 CO 2 + 6 H 2 0 = C 6 H 12 O 6 + 6 O 2 (fotosintesis tanaman)
 6 CO 2 + 6 H 2 S = C 6 H 12 O 6 + 6 S (fotosintesis anaerob bakteri)
 Sebenarnya, persamaan yang seimbang: 6 CO2 + 12H2S = C6 H12O6 + 6H2O + 12S

Bakteri sulfur ungu biasanya memiliki sel besar dan mereka deposit butiran belerang di dalam
sel. Organisme tersebut adalah spesies Thiocapsa. Bakteri sulfur hijau memiliki sel lebih kecil
dan biasanya belerang deposito eksternal. Sulfur (atau sulfat terbentuk dari itu) yang dihasilkan
oleh bakteri fotosintetik kembali ke sedimen di tempat yang dapat didaur ulang
oleh Desulfovibrio - bagian dari siklus sulfur dalam perairan alami ( Deacon 2005)
Sebagian besar kolom air di atas bakteri fotosintesis berwarna merah cerah dengan
populasi besar ungu non-belerang bakteri.
Bakteri ini tumbuh dalam kondisi anaerobik, memperoleh energi mereka dari reaksi ringan
namun menggunakan asam organik sebagai sumber karbon mereka untuk sintesis seluler. Jadi
organism ini disebut photoheterotrophs. Asam organik yang digunakan adalah produk
fermentasi bakteri anaerob lainnya (misalnya Clostridium spesies), tapi non-belerang ungu
bakteri toleran terhadap konsentrasi tinggi H2S, sehingga terjadi di atas zona dimana bakteri
sulfur hijau dan ungu ditemukan.
Banyak mikroorganisme dapat tumbuh di zona oksigen di bagian atas dari kolom air, tapi
tiga jenis yang khas adalah:

 H2S yang berdifusi ke dalam zona aerobik dapat dioksidasi menjadi sulfat oleh bakteri
pengoksidasi sulfur. Bakteri ini memperoleh energi dari oksidasi H2S, dan mensintesis
materi organik sendiri dari CO2.
 Cyanobacteria yang dapat melakukan fotosintesis dapat tumbuh di zona atas. Setelah
mulai tumbuh cyanobacteria dapat oksigen banyak air.
 Bagian atas dari kolom air dapat mengandung populasi besar bakteri
berkoloni. Selubung terbuat dari campuran kompleks dari protein, polisakarida dan
 lipid, dan berpikir untuk melindungi sel dari predasi oleh protozoa. Selubung
memberikan penampilan kuning atau berkarat pada koloni.

Kolom winogradsky terdiri atas lumpur dan sedimen yang dimasukkan kedalam gelas
silinder atau plastik tansparan. Kolom winogradsky adalah salah satu cara sederhana untuk
mempelajari cros section suatu lingkungan alami di laboratorium yang merupakan kultur yang
terdiri dari bahan tanaman dan lapisan-lapisan lumpur yang digenangi air. Penerapan hasil
metabolisme tersebut berhasil dibuktikan oleh Winnogradsky dengan kolom yang terdiri dari
beberapa zone dengan habitat dan lingkungan yang terkendali.

Pengaturan ke dalam bentuk sampel ke dalam wadah yang bersih dicampur air dan disegel.
Proses seleksi alam terhadap pertumbuhan mikroorganisme fotosintetik selalu stabil dan
Di dalamnya dengan sedikit O2 sampai terdapat banyak racun. Kebanyakan dari berbagai
macam spesies terjadi pola tingkat level yang berbeda pada kolom. Interaksi dan hubungan timbal
balik antara spesies yang berbeda mungkin dapat dilihat. Gambaran kuadran O2 dalam suatu
percobaan winogradsky yaitu agar mikrobia dapat bertahan hidup selama masa pembiakan maka
harus ditaruh dalam lingkungan yang berair. Hal ini disebabkan karena kebanyakan bakteri akan
segera mati bila tidak tersedia kelembaban yang memadai. Berdasasrkan keberadaannya dalam
tanah, winogradsky membaginya dalam dua kelompok besar yaitu : mikrobia Autochtonous
yakni mikrobia setempat atau pribumi (indigenous) pada tanah-tanah tertentu dan bersifat
mendemik, contohnya ospirilium halo praeferen yang ditemukan di tanah Salin, lalu ada Mikrobia
Zymogen, yaitu mikrobia yang pertumbuhannya dipengaruhi oleh adanya perlakuan
khusus seperti penambahan pupuk, bahan organik dan pengelolaan tanah. Selain itu dikenal juga
mikrobia Transien, yaitu mikrobia yang keberadaannya didalam tanah bersifat sebagai penetap
sementara. Mikrobia transien umumnya merupakan mikrobia yang di introdusir ke dalam tanah
baik sengaja maupun tidak disengaja. Mikrobia ini kemungkinan juga bertahan untuk sementara
waktu di dalam tanah.
Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengetahui jenis bakteri yang hidup di setiap
lapisan kolom baik permukaan kolom, di tengah dan di dasar kolom.

METODOLOGI
Praktikum ini dilaksanakan pada hari kamis 2019 di Laboratorium Mikrobiologi Lantai 9
Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu pengaetahuan Alam Universitas Negeri Jakarta
Alat dan Bahan yang digunakan pada praktikum kali ini adalah botol plastic berukuran
besar. Dapat disesuaikan dengan volume sedimen,1 sekop untuk menggali sampel sedimen, Spidol
Permanen ,n 4 label kecil (1 untuk setiap botol), Air, 1 ember atau wadah yang cukup besar untuk
menampung 6–10 cangkir sedimen, Kamera digital atau kamera ponsel, Gelas ukur besar atau
wadah lain untuk mengukur sedimen dan campuran , Sumber karbon, koran parut; sekitar 1 gelas
dikemas secara longgar, 6–10 cangkir endapan (lumpur), Sumber belerang; kuning telur mentah
adalah yang terbaik Sendok besar pencampur, 1 corong (opsional) Pensil warna (opsional), Lokasi
yang cukup terang di mana kolom bisa duduk tidak terganggu selama 6-8 minggu.
Pertama kumpulkan sampel sedimen untuk di identifikasi sumber sedimen, Di mana saja
dengan tanah dan air sesuai, seperti sungai, anak sungai, rawa, kolam, teluk, pantai samudera
(pasir), atau bahkan genangan halaman belakang, lalu tidak lupa untuk membawa ember plastik
atau wadah lain (dengan penutup, jika tersedia), atrowel, camera (digital or phone). Di ambil 2
atau 3 foto situs sampel Anda untuk menggambarkan lokasi di mana tempat pengambilan.
Prosedur pertama membuat campuran kental selulosa-lumpur. Ditambahkan dengan
tepung terigu 750 gram dan masukkan lumpur. Jika terlalu padat tambahkan sedikit air. Larutan
dibuat kental tetapi tidak berbentuk pasta. Setelah itu masukkan selulosa kental ke dalam tabung
sampai 1/3 volume tabung (Harus ada udara di bagian atas kolom. Pasang tutup pada setiap kolom
dan putar tutup ½ putaran. Janan sampai ditutup terlalu kencang. Jika Anda memotong bagian atas
botol, tempatkan bungkus plastik di atas kolom Anda dan pegang bungkus dengan karet gelang.
Mencatat asal sumber lumpur yang dipakai. Ambil foto kolom untuk mendokumentasikan 0
minggu percobaan.
Buat dan Laporkan Pengamatan. Setelah itu kolom Winogradsky diamati selama minimal
8 minggu - lebih lama lebih baik. Setelah diamati Kolom harus selalu menghadap ke arah yang
sama sehubungan dengan sumber cahaya. Jika kolom dipindahka untuk diambil foto, pastikan
untuk meletakkan kembali kolom dalam orientasi yang sama relatif terhadap cahaya. Dan lihat
perubahan wana yang tejadi pada pengamatan setiap minggu .
 HASIL PENGAMATAN

Pengamatan Selama 8 Kolom Kolom Karbon Kolom Sulfur Kolom Karbon

Minggu dari : Kontrol dan Sulfur
Minggu ke-0
Kamis, 7 November 2019
Minggu ke-1
Kamis, 14 November 2019
Minggu ke-2
Kamis, 21 November 2019
Minggu ke-3
Kamis, 28 November 2019
Minggu ke-4
Kamis, 5 Desember 2019
Minggu ke-5
Kamis, 12 Desember 2019
Minggu ke-6
Kamis, 19 Desember 2019

PEMBAHASAN
Kolom winogradsky adalah salah satu cara sederhana untuk mempelajari hubungan
timbal balik mikroorganisme dengan lingkungan alami di laboratorium. Kolom ini digunakan
sebagai model untuk mempelajari interaksi populasi bakteri pada berbagai komunitas perairan dan
sedimen perairan dan sedimen. Menurut Atlas (1988), lumpur dan sedimen yang digunakan
mengandung atau teraugmentasi dari substrat senyawa organik karbon, sulfide, dan sulfat. Hal ini
yang mengakibatkan perkembangan sejumlah bakteri heterotrop dan photoautotroph termasuk
bakteri sulfur photosintetik anaerob. Kolom ini dapat diisi dengan tanah, Lumpur, dan air dari
berbagai maca lingkungan dan dapat dimodifikasi dengan kultur pengkayaan.

Sebelum inkubasi kolom hanya terdiri dari 2 lapisan yaitu lapisan air dan lapisan lumpur.
Inkubasi ini dilakukan 2 kali pengamatan yaitu pada minggu ke 2 dan minggu ke 5. Kolom
winogradsky ini diletakkan di tempat yang terkena cahaya matahari. Tanah dan air berasal dari
kolam ikan yang terletak di jalan bina widya gang damai. Pada saat pembuatan kolom
winogradsky ini ditambahkan dengan kertas Koran yang bermanfaat sebagai sumber selulosa yang
terdapat dalam kolom tersebut.
Dari table diatas pada minggu kedua kolom winogradsky hanya terrdiri dari 4 lapisan.
Penentuan warna lapisan dimulai dari bawah keatas. Lapisan pertama berwarna abu-abu dengana
tinggi kolom 41 ml. sedangkan warna yang kedua berupa endapan warna coklat dengan tinggi
kolom 5 ml. pada lapisan yang ketiga barwana coklat muda dengan tinggi kolom 24 ml. dan
lapisan yang berbentuk endapan abu-abu kemerahan dengan ketinggian kolom 5 ml. Apabila kita
hubungkan dengan literatur pada setiap lapisan tersebut berbeda mikroorganisme yang
menghuninya. Bagian permukaan kolom terpapar dengan oksigen semakin ke bagian bawah
kolom semakin kekurangan oksigen sampai ke bagian dasar merupakan zona anaerob. Bagian
permukaan dan tepi kolom terpapar dengan cahaya sehingga dapat menggambarkan spektrum
pertumbuhan organisme dari yang membutuhkan oksigen dan cahaya sampai organisme yang
membutuhkan cahaya tetapi tidak membutuhkan oksigen.
Pada pengamatan dari minggu ketiga petutup kolom dibuka, lebih lanjut, kolom
winogradsky tersebut ditambahkan dengan air yang sampai batas 90 ml. penambahan air tersebut
bertujuan untuk menghindari terjadinya kekeringan pada lingkungan mikroorganisme tersebut.
Pengamatan pada minggu kelima didapatkan 5 lapisan. Pengamatan lapisan dimulai dari yang
paling bawah. Lapisan pertama terbentuk lumpur berwarna abu-abu, Ketebalannya 40 ml. lapisan
kedua berbentuk lumpur coklat kemerahan dengan volume 5 ml. pada lapisan ketiga berisis air
berwarna orange dengan volume 15 ml. lapisan keempat berwarna kuning pudar dengan volume
17 ml. pada lapisan ini organisme butuh kadar oksigen rendah atau tidak butuh sama
sekali seperti contohnya bakteri sulfur ungu dan bakteri non-sulfur ungu.[10]sedangkan lapisan
terakhir berwarna coklat muda dengan volumenya 15 ml Dari perbandingan warna dan volume
pada masing-masing lapisan terdapat perbedaan lapisan. Pada minggu kedua hanya terdiri dari 4
lapisan sedangkan pada minggu yang ke 5 terdapat 5 lapisan dan warnanya juga berbeda.
Perbedaan warna tersebut disebabkan aktivitas mikroorganisme yang ada dalam setiap lapisan
tersebut dan tinggi rendahnya lapisan disebabkan karena pengaruh dari subtract yang terkandung
dalam kolom sebagai sumber energi. Menurut literature Mikroorganisme berkembang biak dan
membentuk zona-zona berbeda. Mikroorganisme aerobik akan berkumpul di permukaan,
biasanya alga, cyanobacteria, dan bakteri pengoksidasi sulfur karena adanya oksigen( Madigan, et
al. 2008)
Pada aktivitas mikroorganisme terdapat metanogen yang menghasilkan gas metana (CH4)
dan bakteri pereduksi sulfat yang menghasilkan gas H2S. Beberapa bakteri metanogen yang ada
antara lain Methanobacterium, Methanocaldococcus, dan Methanosarcina sedangkan bakteri
pereduksi sulfat yang ada antara lain: Desulfovibrio, Desulfobacter, dan Desulfuromonas (
Madigan, et al. 2008).
Dari gambar setelah tutup kolom dibuka maka pada kolom bagian atas airnya akan keruh
karena adanya pertumbuhan bakteri fotoautotrof menggunakan cahaya matahari untuk tumbuh
secara aerob seperti Cyanobacter sp. dan Chlorobium dan bakteri pengoksidasi sulfat
seperti Thiobacillus sp sehingga Warna hitam di permukaan tanah dapat terjadi karena H2S yang
bereaksi dengan Fe membentuk endapan(Benton 2005).
Adanya pertumbuhan bakteri secara aerob dan anaerob dapat terjadi di dalam kolom
Winogradsky karena adanya mekanisme sintropi. Dalam hal ini, hasil metabolisme dari bakteri
perekduksi sulfat yang menghasilkan gas H2S, digunakan oleh bakteri pengoksidasi sulfat untuk
mengoksidasi sulfat. Selain itu, bakteri metanogen yang menghasilkan gas CH4 dapat digunakan
untuk pertumbuhan bakteri metanotrof yang menggunakan CH4 sebagai sumber karbon untuk
menghasilkan gas CO2 ( Madigan, et al. 2008) . Secara tidak langsung dapat diketahui bahwa telah
 terjadi aliran energi dan siklus materi yang seimbang pada kolom Winogradsky sehingga dapat
terjadi pertumbuhan yang baik pada bakteri kondisi aerob dan anaerob (Ogunseitan 2005)
Gas-gas yang terbentuk akan membuat terbentuknya rongga udara pada kolom yang
semakin lama akan semakin membesar dan akan mengangkat tanah diatasnya semakin tinggi.
Kebalikan dengan oksigen yang semakin ke bawah semakin berkurang, hidrogen sulfida makin
bertambah (Benton 2005 )
Saat kolom tersebut dibuka, akan tercium bau belerang yang disebabkan oleh gas H₂S dari
bakteri-bakteri pereduksi sulfat, contohnya Desulfovibrio sp. Selain itu juga terbentuk warna
kehitam-hitaman di lumpur bagian atas yang disebabkan oleh kegiatan bakteri-bakteri aerob yang
menghasilkan S042- seperti contohnya Thiobacillus sp. dan Beggiatoa sp (Madigan, et al. 2008)

KESIMPULAN
Dari pratikum yang telah dilaksanakan dapat disimpulkan bahwa:
1. Kolom winogradsky adalah salah satu cara sederhana untuk mempelajari suatu lingkungan
mikroorganisme yang alami di laboratorium.
2. Mikroorganisme yang terdapat dikolom dalam winogradsky dapat dilhat dari lapisannya.
Mikroorganisme tersebut ada yang menempati bagian atas mempunyai sifat fotoautotrof.
Pada lapisan bawah kolom merupakan mikroorganisme yang bersifat anaerobik.
3. Mikroorganisme dalam kolom winogradsky menghasilkan bau belerang yang apabila dibuka
penutupnya maka akan tercium bau yang kurang sedap.
4. Mikroorganisme yang ada di dalam kolom winogradsky mempunyai keanekaragaman pada
setiap lapisan.

DAFTAR PUSTAKA
Atlas dan Bartha .1993. Ekologi Mikroba. Benjamin Cummings. Jakarta.
 Benton C. 2005. http://Winogradsky ColumnDiakses pada 30 Desember 2011

Burns and Slater.1982. Experimental Microbiology . Blackwell Scientific. Inggris

Deacon,Jim.2005. Institute of Cell and Molecular Biology. University of Edinburgh

Hudson, Barbara K. 1998. Microbiology in Today's World 2nd ed.. Kendall-Hunt Publishing. Newyork.

Madigan, Martinko and Parker.2000. Brock Biology of Microorganisms 9th ed Prentice-Hall Publishing.
New York

Sagan, Dorion, dan Margulis, Lynn. 1988. Taman Delights Mikroba’ Harcourt, Brace,
Jovanovich. Boston