BIOLOGI MOLEKULAR

DNA, RNA, PROTEIN

ORGANISASI BIOLOGIS JASAD HIDUP

Jasad hidup secara umum dikelompokan menjadi dua :

1. Jasad hidup selular : mempunya satuan unit dasar yaitu sel
Misalnya : bakteri, hewan tingkat tinggi, tanaman tingkat tinggi
1. Jasad hidup non selular : Tidak tersusun atas sel tapi berupa satuan
Misalnya virus dan bakteriofag. Virus satuan dasarnya adalah virion

JASAD NON SELULAR

VIRUS

Virus adalah suatu partikel yang mengandung bahan genetik berupa DNA atau
RNA yang diselubungi oleh protein yang disebut dengan kapsid dan pada
beberapa jenis virus ada juga komponen lain, misalnya lemak.

Satuan dasar virus disebut virion. Diameternya 20-300nm jauh lebih kecil dari
sel prokariot yang paling kecil.

Klasifikasi virus berdasarkan sel inangnya

• Virus hewan
• Virus tumbuhan
• Virus bakteri (bagteriofag)‫‏‬
Disamping virus DNA atau RNA, ada partikel yang lebih sederhana dari virus yaitu
viroid dan prion

Viroid ---- molekul kecil RNA yang terdiri atas 359 basa nukleotida dan tidak
diselubungi oleh protein
contohnya viroid yang menyebabkan penyakit panda kentang

Prion ----- suatu partikel yang terdiri atas molekul kecil protein (ada yang terdiri
atas 250 asam amino) yang tidak mempunyai asam nukleat

Prion berasal dari istilah proteinaceous infectious particle (artikel atau molekul
protein sebagai agen penyebab penyakit) ----- oleh Stanley B Prusiner.
Contoh prion : Penyebab penyakit neurogeneratif
- Penyakit BSE (bovine spongiform encephalophaty), penyakit sapi gila
- Penyakit scrapie pada domba
- Penyakit creutzfeldt-jacob pada manusia
- Penyakit Gerstmann-Straussler-scheinker pada manusia
Virus bersifat parasit. Bisa memperbanyak diri jika berada didalam suatu sel
inang yang sesuai. Jika berada diluar sistem selular, maka virus tidak bisa
memperbanyak diri karena tidak mempunyai suatu sistem enzim yang dapat
digunakan untuk sintesis partikel virus baru.

Dibawah ini beberapa gambaran skematik beberapa jenis virus

Meskipun bersifat parasit. Namun dalam perkembangan genetik molekular,
telah dilakukan exploitasi virus untuk kepentingan kepentingan praktis.
Misalnya untuk kepentingan militer : senjata biologis
medis, pengobatan kanker, dll

Salah satu protein prion ada yang bisa menyebabkan apoptosis.

Apoptosis : Progam kematian sel secara normal, dengan cara
menghilangkan sel yang tidak diinginkan. Prinsip inilah yang
digunakan dalam pencarian obat antikanker
 Contoh penggunaan
A B Virus yaitu virus NDV
C
Strain AF 2400 Pada
pengobatan
Kanker payudara

Mekanismenya yaitu
Menyerang protein
Filamen sel

A’ B’ C’
JASAD SELULAR

Doktrin sel

Istilah sel pertama kali dikemukakan oleh Robert Hooke (1635-1703).

Sel -------- merupakan satuan dasar minimum suatu jasad hidup
Doktrin sel : Semua sel berasal dari sel yang sudah ada sebelumnya dan
masing
masing sel mempunyai suatu sistem kehidupan sendiri

Sel bersifat dinamis yang selalu mengalami perubahan ( adanya proses

transformasi selular yang melibatkan macam macam reaksi molekular

Pengaturan selular yang dilakukan oleh sel memiliki 2 fungsi utama

• Sebagai piranti kimiawi yang melakukan proses metabolisme

• Sebagai piranti yang menyimpan kode kode informasi biologis yang
akan diturunkan kepada keturunannya.
Penggolongan jasad selular berdasarkan satuan dasar individu :
1. Jasad bersel tunggal (unicellular organism)‫‏‬
2. Jasad bersel banyak (multicellular organism)‫‏‬

Penggolongan jasad selular berdasarkan struktur dan organisasi sel :

1. Sel prokariot ------ tanpa membran inti

2. Sel eukariot ------ ada membran inti

Penggolongan jasad selular

Satuan dasar Organisasi sel Contoh

Sel tunggal Prokariot Escheria coli
Eukariot Saccharomyces cerevisiae

Sel banyak Eukariot Manusia, hewan, tanaman

tingkat tinggi
Sel Jasad Prokarot
• Secara organisasi sel prokariot lebih sederhana dibandingkan dengan jasad
eukariot.
• Sel prokariot terdiri atas struktur utama : dinding sel, membran plasma sel ,
ribosom dan bahan genetik (nukleoid)‫‏‬
• Tidak adanya membran inti sel (nukleus)‫‏‬
• Contohnya yaitu kelompok bakteri, berdasarkan lingkungan tempat hidup
dibagi 2 yaitu eubakteria dan archaebakteri
• Berdasarkan dinding sel prokariot, misalnya bakteri, bakteri dibedakan
menjadi 2 kelompok yaitu bakteri gram positif (bacillus substilis) dan bakteri
gram negative (E. coli).
• Beberapa jenis organisme prokariot pada bakteri ada struktur tambahan
diluar dinding sel ---- kapsulntuk. Sehingga memberikan bentuk yang
bermacam-macam seperti kokus batang, spiral dan lain lain
• Memiliki satu/single molekul DNA dan berbentuk sirkular
• Membran plasma terdiri dari campuran lemak dan protein
(lipoprotein).Berfungsi sebagai selaput sel yang bersifat semipermeable yang
• mengatur keluar masuknya ion ion dan molekul.
• Pada sel prokariot, jenis bakteri gram positif membran plasma
membentuk lipatan yang dikenal sebagai mesosom.Pada bagian yang
menghadap sitoplasma mesosom sering berasosiasi dengan DNA sehingga
sering diduga sebagai tempat pelekatan DNA
• Ribosom merupakan partikel kecil yang dominan terdiri dari RNA dan
protein yang berfungsi sebagai wadah tempat translasi protein (pada
sisntesis protein.
• Satu sel dapat mengandung 600-1000 ribosom sehingga massanya dapat
mencapai 40% massa bakteri.
• Materi genetik selain DNA , seringkali ada materi genetik tambahan yang
disebut plasmid.
• Ukuran sel prokariot bervariasi, berdiameter 5 mm – 750 mm.
• Sama seperti eukariot. Beberapa bakteri juga membentuk struktur khusus
yaitu flagella atau endospora.
• Beberapa contoh bakteri yang telah digunakan dalam bidang biologi
molekular : Escherichia coli, salmonella typhimurium, streptomyces sp,
Rhizobium sp, Bacillus substilis, agrobacterium tumafaciens, dll
Diagram sel prokariot
Sel Jasad Eukariot

• Mempunyai struktur dan organisasi yang lebih kompleks dibandingkan sel

prokariot.
• Pada jasad sel eukariot, bahan genetiknya (DNA) berada didalam suatu
membran nukleus sehingga memiliki struktur nukleus yang jelas.
• Membran nukleus eukariot memiliki 2 lapisan, membran luar dan membran
dalam. Struktur membran nukleus akan menjadi salah satu pembeda antara
eukariot dan prokariot.
• Pada eukariot, bahan genetik utamanya umumnya terdiri dari lebih dari
satu kromososm yang berbentuk linear yang dikemas dalam protein yang
disebut histon.
• Sudah memiliki pembagian ruang yang jeals dalam sel, sehingga memiliki
bermacam macam organel yang masing masing memiliki fungsi khusus.
• Pada sel eukariot dari sel tumbuhan, struktur sel terluarnya ada dinding sel
yang terdiri atas polimer selulosa (Jenis polisakarida).
• Beberapa organel penting pada eukariot antara lain mitokhondria
(tempat produksi energi selular), retikulum endoplasma (RE) kasar(
berperan dalam proses sekresi protein dan tempat lekat ribosom), RE
halus (tempat detoksifikasi senyawa tertentu dan sintesis lemak), badan
golgi (berperan dalam sekresi dan pemilahan protein), Pada tumbuhan
ada kloroplas (tempat berlangsungnya reaksi fotosintesis), vacuola
(tempat penyimpanan air dan produk metabolisme)‫‏‬
• Salah satu eukariot yang banyak digunakan dalam studi biology molekular
adalah khamir sacharomyces cerevisiae (jenis bersel satu yang mudah
ditumbuhkan untuk industri minuman
• Sebagai inang untuk memproduksi protein heterolog dan vaksin
 Smooth
Ribosome
Endoplasmic
Reticulum
I. Membrane-bound organelles

Found in Found in
Structure Description & Function Animals? Plants?

Membran Plasma Membran pembungkus cell, regulator transport sel X X

Nukleus Large structure surrounded by double membrane; X X
species cellular proteins
Nukleolus Butiran inti pada nukleus; bagian of sintesis r-RNA X X
Reticulum Jaringan internal membran; bagian dari lipid membran X X
Endoplasma & sinthesis protein
Kompleks Golgi Saluran membran berbentuk kantung datar ; modifies, X X
pemilihana & sekresi protein
Lisosom Kantung membran; mengandung enzim untuk X X
mencernakan material
Vakuola Kantung membran; transpor and penyimpanan air & X
material lainnya
Mitochondria Kantung, terdiri dari 2 membran; bagian siklus Krebs X X
cycle, sistem transport elektron, pabrik energi,
chemiosmosis.
Plastida Structur serupa kantung dengan membrane tilakoid X
internal; tempat photosynthesis
Mikrobodi Kantung membran yang mengandung enzim enzim, X X
untuk bermacam macam reaksi.
II. Particulate Structures

Structure Description & Function Found in Found in

Animals? Plants?
Kromosom Kandungan DNA-protein komplex; mengandung gen - gen X X
Ribosom Butiran organel terdiri dari RNA & protein; sintesis proteins X X
Mikrotubul Cekungan dari tabung tubulin; struktur penyokong untuk X X
pergerakan organel
Mikrofilament Padat, struktur batanagn dari actin, struktur penyokong X X
Sentriol Lekukan silinder kecil; terlibat dalam pembelahan sel & X
melekatnya flagellae & silia
Silia Struktur berambut pendek; pergerakan, pengambilan makanan, X X
biasanya jumlahnya >>1 pada sel.
Flagella Proyeksi panjang /ekor; selular lokomotif, biasanya 1-5 pada X X
sell.

III. Extracellular structures

Structure Description & Function Found in Found in

Animals? Plants?
Dinding sel Multiple-layers dari selulosa; struktur pendukung X
 INTERAKSI MAKROMOLEKUL GENETIK
ASAM NUKLEAT
Adalah polimer nukleotida yang berperanan dalam penyimpanan serta
pemindahan informasi genetik . Satu unit monomer terdiri dari ketiga komponen
dinamakan nukleotida terdiri atas tiga bagian yaitu :
 Struktur dasar nukleotida

1. Basa nitrogen : cincin purin atau pirimidin

Yaitu basa nitrogen yang terikat pada atom C no 1 suatu molekul gula (ribosa
atau deoksiribosa) melalui ikatan N-glikosidik. Ada dua macam basa nitrogen
yang menyusun asam nukleat yaitu
- Basa purin terdiri dari adenin (A) dan guanine (G)‫‏‬
- Basa pirimidin terdiri dari Thymine (T), cytosine (C ) dan Uracil (U).
Baik DNA ataupun RNA tersusun atas A, G, C, tetapi T hanya ada pada DNA
sedangkan U hanya ada pada RNA. Ada pengecualian, ada beberapa molekul
tRNA terdapat basa T, sedangkan pada beberapa bakteriofag DNA-nya tersusun
ats U bukan basa T.

Beberapa struktur dasar basa nitrogen asam nukleat

 Abbr. Base Nucleoside Nucleic Acid
deoxyadenosine DNA
A Adenine
adenosine RNA
deoxyguanosine DNA
G Guanine
guanosine RNA
deoxycytidine DNA
C Cytosine
cytidine RNA
deoxythymidine
T Thymine DNA
(thymidine)‫‏‬
U Uracil uridine RNA

2. Molekul gula dengan 5 atom C (pentosa)‫‏‬

Pasa DNA gulanya adalah gula pentosa yaitu 2-deoksirobosa dan pada RNA
gulanya adalah ribosa. Perbedaan anatar kedua bentuk gula tersebut yaitu
panda atom C no 2.Pada DNA atom C no 2 berikatan dengan atom H,
sedangkan panda RNA atom C no 2 berikatan dengan OH.
 3. Gugus fosfat
Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester
antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima
pada gula lainnya. . Gugus fosfat inilah yang menyebabkan asam nukleat
bermuatan negatif kuat.

Untaian nukleotida = polinukleotida

DNA dan RNA disintesis dalam sel oleh DNA polymerase and RNA polymerases. Untaian
pendek dari asam nukleat juga dihasilkan tanpa enzyme oleh oligonucleotida synthesizers

PASANGAN BASA DAN DOUBLE STRANDED ASAM NUKLEAT

Sebagian besar DNA berada dalam bentuk double helix, yang mana terdiri dari 2 linear
DNA yang berikatan berputar satu sama lainnya. Ikatan utama yang membentuk formasi
helix ini adalah ikatan antara pasangan basa : bentuk basa A berikatan hydrogen dengan
basa T (or U in RNA), dan basa G berikatan hydrogen dengan C. Jika kita campurkan dua
ATGC bersamaan , bentuk duplex akan terbentuk
 PENEMUAN STRUKTUR MOLEKULAR DARI DNA DOUBLE HELIX

Struktur molekular dari DNA

Struktur dari Deoxyribose Nucleic Acid (DNA)

pertama kali dipublkasikan oleh James D. Watson
and Francis crick dalam jurnal : scientific jurnal
Nature volume 171 pada halaman 737-738 (tanggal
25 April 1953). Publicasi pertama yang
menggambarkan penemuan struktur double helix
DNA. Penemuan ini memberikan impact yang
utama pada bidang genetik khususnya dan biologi
secara umumnya
 Telah dijelaskan bahwa penggambaran asam nukleat cukup dengan
menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja
 Penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan
ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan.
 Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan 5’-
ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA dituliskan 5’-
GGUCUGAAUG-3’.
 Sekuens tersebut juga menggambarkan arah pembacaannya
 Selain ikatan glikosidik dan fosfodiester, basa di dalam nukleotida
membentuk ikatan hidrogen.
 Adenin akan membentuk 2 ikatan hidrogen dengan timin
 Guanin membentuk 3 ikatan hidrogen dengan sitosin
 Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai
polinukleotida terikat satu sama lain dan saling komplementer.
 Jika salah satu rantai dibaca dari ujung fosfat 5’-nya, maka rantai
lainnya akan dibaca dari ujung hidroksilnya 3’-nya.
 DNA dobel heliks dapat dikopi secara persis karena masing-masing
untai mengandung sekuen nukleotida yang persis berkomplemen
dengan sekuen untai pasangannya. Masing-masing untai dapat berperan
sebagai cetakan untuk sintesis dari untai komplemen baru yang identik
dengan pasangan awalnya.
Pada replikasi DNA, rantai DNA
baru dibentuk berdasarkan urutan
nukleotida pada DNA yang
digandakan.
DNA terdiri atas dua untai yang
berpilin membentuk struktur helix
ganda. Pada struktur heliks ganda,
orientasi rantai nukleotida pada satu
untai berlawanan dengan orientasi
nukleotida untai lainnya. Hal ini
disebut sebagai antiparalel
Interaksi Molekular

Semua molekul dalam sel alkan berinteraksi satu sama lain. Interaksi antar
molekul akan menentukan sifat sifat biologis molekul molekul didalam sel.
Ineraksi milekular tersebut berupa :
1. Ikatan kovalen : Ikatan yang ada diantara atom atom yang menyusun suatu
molekul, misalnya ikatan antara C – H pada CH4. Ikatan ini paling kuat dan
paling stabil antara atom.
2. Ikatan non kovalen : Interaksi antara atom yang tidak teriakt secara
kovalen. Ikatan nya tidak sekuat ikatan kovalen, namun berperan penting
dalam menstabilkan struktur makromolekul dalam sel misalnya asam
nukleat dan protein

Beberapa ikatan nonkovalen yang penting

1. Ikatan hidrogen
Suatu bentuk interaksi lemah antara suatu atom elektronegatif (atom
akseptor) dengan hidrogen yang terikat secara kovalen dengan atom lain
(donor atom)
 Ikatan hidrogen banyak terdapat panda sistem biologis. Pada asam nukleat
ikatan hidrogen menyebabkan terjadinya pasangan antar untaian
(interstrand) antar basa nukleotida
Misalnya antara adenine dan tymine (A-T) dan antara guanosine dengan
cytosine (G-C)‫‏‬

2. Ikatan ionik
Ikatan antara atom yang terjadi karena adanya perbedaan muatan pada atom
atom yang berinteraksi. Contoh amino aspartat dan glutamat yang bermuatan –
, sedangkan lisin, histidin, dan arginin bermuatan + , muatan yang berbeda ini
menyebabkan asam amino berikatan ionik. Hal ini yang menyebabkan rantai
polipeptida protein dapat berlipat sedemikian rupa, sehingga menjadi lebih
bedekatan

3. Interaksi van der waals

Terjadi pada jarak atom yang sangat berdekatan 1-2 oA. Terjadi karena
distribusi muatan yang tidak simetris. Energi ikatan panda van der waals panda
sepasang atom < 1 kcal/mol. Energi ini lebih kecil dibandingkan ikatan hidrogen
Contohnya : molekul antibodi dengan molekul antigen spesifiknya
antara enzim dengan substratnya yang spesifik.
4. Interaksi hidrofobik.
Molekul hidrofobik merupakan molekul molekul nonpolar yang tidak larut
dalam air. Gugus samping alifatik dan aromatik suatu protein dan basa basa
pada asam nukleat mempunyai sifat nonpolar. Interaksi hidrofobik
merupakan kekuatan utama yang menyebabkan terjadinya pelipatan
makromolekul misalnya protein dan pembentukan membran.
ASAM RIBO NUKLEAT (RNA)‫‏‬
 Ribonucleic acid (RNA) asam ribonukleat
 Berantai tunggal
 Disusun oleh asam nukleat (polinukleotida)
 Gula : Ribosa
 Basa nitrogen : A,C,G, dan Urasil (pada DNA adalah Timin)
 Fosfat
 Berarti susunan : A, C, G, U

RNA hadir di alam dalam berbagai macam/tipe Sebagai bahan genetik, RNA
berwujud sepasang pita (Inggris double-stranded RNA, dsRNA).
Genetika molekular klasik mengajarkan adanya tiga tipe RNA yang
terlibat dalam proses sintesis protein:
Macam-macam RNA
 mRNA (massenger) terdapat dalam nukleus. mRNA dicetak oleh
salah satu pita DNA yg berlangsung dalam nukleus
 tRNA (transfer) terdapat dalam sitoplasma. Seperti daun semanggi
 rRNA (ribosom) terdapat dalam ribosom. Molekulnya berupa pita
tunggal tidak bercabang
Pada akhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 diketahui bahwa RNA
hadir dalam berbagai macam bentuk dan terlibat dalam proses
pascatranslasi. Dalam pengaturan ekspresi genetik orang sekarang
mengenal RNA-mikro (miRNA) yang terlibat dalam "peredaman gen"
atau gene silencing dan small-interfering RNA (siRNA) yang terlibat
dalam proses pertahanan terhadap serangan virus
 Telah dijelaskan sebelumnya bahwa untai tunggal RNA
juga dpt melipat ke rantainya sendiri dan membentuk
pasangan basa komplementer yg menghasilkan struktur
sekunder yg unik (ikatan hidrogen dlm molekulnya sendiri
=intramolekuler).
 Adanya modifikasi struktur RNA menyebabkan adanya
perbedaan fungsi
 Berdasarkan fungsinya, dikenal 3 jenis RNA: RNA transfer
(tRNA); RNA duta atau messenger (mRNA) dan RNA
ribosom (rRNA)
 Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer,
sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai
struktur sekunder
 t RNA mempunyai ukuran paling kecil (panjang 75-80
nukleotida) dan berperan membawa asam amino ke
ribosom untuk di-polimerisasi membentuk rantai polipeptida
Fungsi RNA
 mRNA bertugas menerima informasi/keterangan genetik dari DNA.
Proses ini dinamakan transkripsi dan berlangsung dalam nukleus.
Berfungsi sbg perantara ant DNA krom dan asam amino sitoplasma.
Berperan penting dlm pembuatan protein

 tRNA bertugas mengikat asam amino yang terdapat dalam

sitoplasma. Sebelum dapat diikat oleh tRNA, asam animo berekasi
terlebih dahulu dg ATP supaya berenergi dan aktif. tRNA membawa
asam amino yg diikat itu ke ribosom. Disinilah berlansung
perubahan informasi genetik yg dinyatakan oleh urutan basa dari
mRNA ke urutan asam amino dlm protein yg dibentuk. Proses
perubahan ini disebut Translasi

 rRNA bertugas mensintesa protein dg menggunakan asam amino.

Proses ini berlangsung dlm ribosom dan hasil akhirnya adalah
polipeptida
Metoda dasar yang digunakan dalam bidang biologi molekular

Pada dasarnya pada studi biomolekular ini berkaitan dengan analsis makro
molekular.

Beberapa metoda dasar dalam studi molekular

A. Penggunaan radioisotop
Isotop adalah elemen elemen kimia yang mempunyai jumlah proton yang
sama dalam inti atom, namun memiiki no massa yang berbeda (proton dan
neutron)‫‏‬
contohnya :
- S35 digunakan untuk melabel protein atau melabel nukleotida yang
digunakan dalam penentuan urutan basa DNA (DNA sequensing)‫‏‬
- [α-P32] UTP-RNA : digunakan dalam translasi dan transkripsi in vivo guna
mempelajari promoter suatu gen yang mengatur proses transktripsi.
- [α-S35]dATP atau [α-P32dATP juga untuk analisis urutan basa nukleotida
sehingga dapat membaca autoradioaktivitas frgament fragment
nukelotida panda gel elektroforesis.
 - Untuk mendeteksi berbagai jenis penyakit
seperti :
a. 24Na untuk mendeteksi adanya gangguan peredaran darah
b. 50Fe untuk menetahui laku pembentukan sel darah merah
c. 131I untuk mendeteksi getah tiroid dalam kelenjer gondok
d. 60Co untuk terapi pengobatan kanker
e. 201Ti untuk mendeteksi kerusakan jantung
f. 32P untuk mendeteksi penyakit mata,tumor, hati,menghambat
pembetukan sel darah merah yang berlebih
g. 133Xe untuk mendeteksi penyakit paru paru
h. 99Tc untuk mendeteksi tulang manusia

Pada dasarnya ada 2 cara untuk mendeteksi radioaktifitas pada hasil suatu
reaksi biokimia molekular yang dilakukan dengan menggunakan bahan radioaktif
Yaitu :
1. Dengan prinsip autoradiografi : pada penetuan urutan basa DNA atau frgamen
DNA. HAsilnya kemudian dielektroforesis pada gel poliakrilamide. Selembar
film sunar X diletakan diatas gel poliakrilamide tersebut, sehingga
radioaktifitas yang memancar dari gel akan mengenai lembar sinar X tersebut
akan membentuk citra sesuai dengan pola urutan fragment polinikleotida
Contoh : ekspresi dari onkogen c-myc pada sel kanker
rahim setelah diobati 72 jam dengan ekstrak neem

Figure 10. Efek dari xtract ethanol

dari A.indica (neem) thd ekpresi gen
c-myc pada sel kanker rahim (HeLa). .

Note: s is standard, n is normal

control (housekeeping genes), ut is
untreated and t is treated
Morphology of Hela cells were stained by TUNEL assay view under LCSM
A B C

D E F

Figure 5 : Confocal micrograph of LCSM . A control of HeLa cells, B shows condensation of

nucleus, C shows membrane blebbing, D shows morphological starting of nucleus
fragmentation, E shows nuclear fragmentation and F shows nuclear break-down dan form
apoptotic body
Apoptotic DNA laddering

Figure 9 : DNA Ladder assayed with

apoptoric DNA laddering kits. Line N
DNA mix ladder. Line 1 Hela untreated,
line 2 Hela treated cells by EtOh leaves
extract of A. indica
 2. Radiokativitas dapat juga diukur dengan menggunakan alat yang disebut
dengan Geiger-muller counter atau dengan scintillation counter. Geiger
muller dapat digunakan untuk mendeteksi isotop yang memancarkan partikel
β berenergi tinggi misalnya P32, Na24 . Sedangkan scintillation counter
digunakan untuk mendeteksi isotop yang memancarkan sinar γ

B. Teknik fisika untuk pemecahan sel atau isolasi organel molekular

Ada 3 tahapan
1. Ekstraksi
Sebagai langkah awal dalam pengisolasian organel, molekul, DNA atau
organel lainnya. Sebagian besar proses pengisolasian organel dilakukan pada
suhu 0-4oC. Atau menggunakan larutan akueosa untuk menghindari kondisi
pH dan tekanan osmotik yang ekstrem serta suhu yang tinggi, karena
sebagian besar organel atau biomolekul sel bersifat labil dan dan dapat
kehilangan aktivitas biologisnya. Larutan yang sering dipakai untuk ekstraksi
organel adalah sukrosa 0,25 mol/L, dan pH nya diatur dengan larutan buffer
asam klorida TRIS (tris[hidroxymethyl]aminomethane) 0,05 mol/L yang
mengandung ion K+ dan Mg2+ (larutan SKTM)
2. Homogenasi
Untuk mengektrak organel / DNA dari sel pertama tama diperlukan pemecahan
sel dalam kondisi ringan melalui proses homogenasi menggunakan alat (pestle)
yang digerakan secara manual. Perputaran pestle secara terkontrol akan
menghasilkan gaya mekanik merobek pada sel sehingga isi sel akan keluar
kedalam larutan sukrosa. Suspensi yang dihasilkan disebut homogenat

3. Sentrifugasi
Sentrifugasi digunakan untuk pemisahan sel atau organel subselular juga untuk
pemisahan inti sel (DNA) pada tahap molekuler. Subfragsional kandungan
homogenat dilakukan dengan sentrifugasi differensial. Setiap sentrifugasi ini akan
menghasilkan pellet dan lapisan supernatan. Lapisan supernatan pada masing
masing tahap terseut akan disentrifugasi lagi selanjutnya sehingga dihasilkan 3
macam pellet yaitu fraksi nukleus, fraksi mitokhondria dan fraksi mikrosom
(mengandung retikulum endoplasma,dan ribosom bebas).
 Elektroforesis
Adalah suatu teknik pemisahan molekul selular berdasarkan atas ukurannya,
dengan menggunakan medan listrik yang dialirkan panda suatu medium yang
mengandung sample yang akan dipisahkan
Teknik ini digunakan untuk analisa :
- DNA
- RNA
- Protein
Cara kerja

Dalam elektroforesis gel terdapat dua material dasar yang disebut fase diam dan
fase bergerak (eluen). Fase diam berfungsi "menyaring" objek yang akan dipisah,
sementara fase bergerak berfungsi membawa objek yang akan dipisah. Sering
kali ditambahkan larutan penyangga pada fase bergerak untuk menjaga
kestabilan objek elektroforesis gel. Elektroda positif dan negatif diletakkan pada
masing-masing ujung aparat elektroforesis gel.
Zat yang akan dielektroforesis dimuat pada kolom (disebut well) pada sisi
elektroda negatif. Apabila aliran listrik diberikan, terjadi aliran elektron dan zat
objek akan bergerak ke arah sisi elektroda positif. Kecepatan pergerakan ini
berbeda-beda, tergantung dari muatan dan ukuran objek. Kisi-kisi gel berfungsi
sebagai pemisah. Objek berukuran lebih besar akan lebih lambat berpindah.
KARAKTERISASI DNA DAN RNA : ELEKTROFORESIS
1. Untuk mencek apakah proses isolasi DNA atau RNA berhasi
2. mengetahui ukuran dan bentuk suatu partikel baik DNA, RNA dan protein
3. Untuk Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi dari DNA.
(mencek produk PCR)
4. Mencek hasil restriksi DNA
Hasil elektroforesis yang terlihat adalah terbentuknya band yang merupakan
fragmen DNA hasil amplifikasi dan menunjukkan potongan-potongan jumlah
pasangan basanya
Elektroforesis adalah suatu teknik yang mengukur laju perpindahan atau
pergerakan partikel-partikel bermuatan dalam suatu medan listrik. Prinsip
kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan
negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif
(anode), sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan bergerak
menuju kutub negatif (anode)
Secara prinsip, teknik ini mirip dengan kromatografi: memisahkan campuran
bahan-bahan berdasarkan perbedaan sifatnya.
Teknik elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari gel
Perpindahan partikel pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor
seperti
- ukuran partikel,
- komposisi dan konsentrasi gel,
- densitas muatan,
- kuat medan listrik dan sebagainya.
Semakin kecil partikel tesebut, maka pergerakan atau migrasinya akan semakin
cepat, karena matriks gel mengandung jaringan kompleks berupa pori-pori
sehingga partikel-partikel tersebut dapat bergerak melalui matriks tersebut
 GENETIKA MOLEKULAR

Genetika molekular merupakan cabang genetika yang mengkaji bahan genetik

dan ekspresi genetik di tingkat subselular (di dalam sel). Subjek kajiannya
mencakup struktur, fungsi, dan dinamika dari bahan-bahan genetika serta hasil
ekspresinya.

Ilmu ini mempelajari berbagai aspek yang menyangkut pewarisan sifat dan
variasi sifat pada organisme maupun suborganisme (seperti virus dan prion).
Ada pula yang dengan singkat mengatakan, genetika adalah ilmu tentang gen.

Bidang kajian genetika dimulai dari wilayah molekular hingga populasi (lihat
entri biologi). Secara lebih rinci, genetika berusaha menjelaskan

1. material pembawa informasi untuk diwariskan (bahan genetik),

2. bagaimana informasi itu diekspresikan (ekspresi genetik), dan
3. bagaimana informasi itu dipindahkan dari satu individu ke individu yang
lain (pewarisan genetik).
 Perkembangan ilmu Genetika
 Dimulai sejak th 1940
‘Kromosom dlm sel adalah pembawa sifat-sifat keturunan seseorang’
 Th 1951 ahli genetika James Watson bersama ahli fisika Francis Crick
dan Maurice Wilkins meneliti kromosom
‘Membuat model bentuk molekul DNA’‟ hadiah Nobel th 1962

KROMOSOM DAN GEN

 Kromosom terdapat dalam nukleus (inti sel)

 Kromosom: jalinan kromatin dlm inti sel yg berupa benang atau batang
 Jumlah setiap sel sama utk spesies tertentu
 Jumlah kromosom Manusia 46 (diploid)
 Manusia berasal dari persatuan antara dua gamet yaitu ovum (sel
telur=23) dan spermatozoa =23 (haploid).
 Individu baru akan mewarisi sifat-sifat orang tuanya.
 Pembawa unsur-unsur pewarisan yaitu gen
 Gen-gen itu merupakan rangkaian asam deoksiribonukleat (DNA)
dengan panjang tertentu dan merupakan komponen kromosom.
Pada setiap tubuh. Materigenetik terletak didalam nukleus, Kecuali
untuk sel reproduktif (spermatozoa dan ova) dan sedikit pengecualian
lain (Sel darah merah), sel terdiri dari 2 copy dari materi genetik
manusia. Inti atau nukleus adalah organel terbesar dalam sel. Memiliki
selaput yang terdiri dari dua lapis membran dan di antara kedua
membran ada celah

Inti berisi cairan yang lebih kental dari pada sitoplasma, disebut
nukleoplasma. Dalam nukleoplasma ada benang halus disebut kromatin
(kroma = berwarna, tin = benang). KROMATIN adalah materi genetik,
atau bahan sifat keturunan. Benang-benang ini dibina atas DNA dan
protein. DNA terdiri dari sekitar 100.000 molekul, tersebar pada
benang kromatin.

Tiap molekul DNA secara fungsional disebut gen. Gen-lah yang membina
unit materi genetis. Gen bekerja menumbuhkan dan memelihara
aktivitas sifat keturunan atau karakter. Puluhan ribu jenis karakter
dalam tubuh kita. Contoh karakter: bentuk rambut, warna rambut,
hormon insulin, hormon pertumbuhan, enzim pencerna protein, enzim
pencerna glikogen, antibodi, sel tulang, sel darah, sel saraf, dan
sebagainya.
Dalam bentuk ketika sel sedang membelah itu kromatin disebut dengan nama
kromosom (kromo = berwarna; som atau soma = badan). Barulah dalam bentuk
kromosom materi genetik itu tampak jelas di bawah mikroskop cahaya. Dapat
dihitung, dapat diamati ujung-pangkalnya, dapat diteliti dengan rinci
perilakunya, dan dapat pula dianalisis kemungkinan terjadinya aberasi. Karena
dalam bentuk kromosomlah baru dapat dianalisa aberasi pada materi genetik,
maka untuk praktisnya benang-benang materi gentik dalam inti sel itu disebut
saja kromosom.

Dalam tiap sel tiap macam kromosom ada dua atau sepasang. Jumlah kromosom
manusia 46, dan menurut macamnya ada 46/2 = 23 pasang. Kromosom yang
sepasang atau semacam itu disebut homolog. Homolog dalam panjang dan
bentuk, homolog pula kandungan serta letak gen-gennya. Kromosom yang
berpasangan pada setiap individu itu yang sebelah diwarisi seseorang dari ibu,
lewat sel telur, dan dari ayah lewat sperma.

Informasi genetik yang terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dikemas
dalam suatu bentuk materi genetik yang kita kenal sebagai asam
deoksiribonukleat (DNA).
 DNA eukariot dipaket dalam kromosom

Setiap kromosom merupakan

Setiap kromosom
molekul merupakan
DNA tunggal linier yang
molekul DNA tunggal linier yang
berasosiasi dengan protein.
berasosiasi dengan protein.
Total DNA dalam semua kromosom
Totalsuatu
pada DNA dalam semua
organisme disebut
kromosom
genom pada suatu organisme
disebut genom

Figure 1-8
Lodish MCB
PAKET DNA DALAM KROMOSOM

kromosom yang diperbesar ribuan kali

Sintesa Protein
 Sintesa protein berlangsung dalam ribosom
 DNA mengandung informasi untuk mengatur dan membangun tubuh
manusia yg kompleks. Akan tetapi bagaimana hasil ini dapat
diselesaikan?
 Dengan membentuk protein
 Protein sgt diperlukan karena berbagai macam protein struktural
dan fungsional ikut mengambil bagian di hampir semua proses
dalam sel.
 Protein struktural terdapat dalam membran, serabut kontraktil dan
filamen intrasellular.
 Protein fungsional seperti enzim sangat dibutuhkan untuk menjadi
katalisator
Apakah protein itu?
 Suatu seri asam amino (aa)
 Gabungan dari 2 aa di sebut dipeptida
 Gabungan dari banyak aa disebut polipeptida
 Polipeptida punya berat molekul 10.000: protein

Kode genetik
 Cara untuk menetapkan jumlah serta urutan nukleotida
yg berperan dlm menentukan posisi yang tepat dari tiap
aa dlm rantai peptida yang bertambah panjang
SINTESA PROTEIN

Transkripsi dari DNA ke RNA ke protein: Dogma sentra ini sebagmolecular I

tulang punggung biologi molekular yang dinamakan sintesa protein . 3 tahap
umum sintesa protein

1. Replikasi DNA : DNA mereplikasi bentuknya menjadi berlipat ganda yang

melibatkan enzim2x tertentu.
2. Transkripsi . DNA mengkodekan gen ttt untuk menghasilkan RNA
messenger (mRNA)
3. Translasi . RNA messenger membawa kode2x genetik ke ribosom .
Ribosomes membaca informasi kode genetik ini dan digunakan untuk
sintesa protein.
 SINTESA PROTEIN

1. DNA melalui proses replikasi,

setelah DNA pjg bisa digunakan
jadi cetakan utk membentuk RNA
di nukleus jenis mRNA
2. mRNA mempunyai rantai tunggal
keluar melalui membran nukleus
masuk ke sitoplasma
3. Didalam mRNA terdpt kodon yg
td 3 nukleotida
4. RNA jg terdr tRNA mengandung
antikodon utk membawa aa yg
ditranslasi/terjemahan dari3 jns
kodon menjadi1 jns aa
5. Antikodon ini akan melekat pd
kodon yg terdpt di mRNA
6. rRNA tempat membentuk protein,
pros pembentukan ini: translasi
7. Proses pembentukan
mRNA:translasi
8. Protein yg dibentuk ad gabungan
aa yg dibawa tRNA
 From DNA to Polypeptide

Stop
Start codon
codon
 Kodon inisiasi AUG yg terjemahannya Metionin
 Proses pemanjangan protein ini diteruskan sampai
menemui kodon terminasi (3 jenis)

Kode genetik dapat dibaca dari frame yang berbeda

Genetics
Geneticscodes
codes
Pertumbuhan & perkembangan sel

 Berlaku pd makhluk hidup uniseluler maupun multiseluler

 Pembelahan uniseluler = reproduksi

 Pembelahan multiseluler = dari muda sampai dewasa

 Semakin besar ukuran jaringan tubuh makin banyak jumlah sel yg

menyusunnya

 Setelah satu sel mbelah menjadi dua maka masing2 masuk dlm
stadium interfase dan kemudian akan mengalami ptumbuhn sel shg
menjadi dewasa dan siap untuk membelah kembali
 Pd dasarnya akan terjadi secara berulang dimana sel muda tumbuh
menjadi dewasa. Membelah lagi shg terjadi siklus yg dnamakn
siklus sel
Siklus sel
Tahap perubahan sel secara umum:

 Tahap G1 (first gap phase) dimulai dari sel muda yg baru membelah
- umumnya membutuhkan waktu 3-4 jam
- tahap ini akan terjadi sintesa RNA diikuti
sintesa protein yg myebabkn sitoplasma
bertambah dan sel akan berkembang

 Tahap S (Synthetic phase)

- terjadi proses sintesis DNA berlangsung 7-8 jam
- molekul2 DNA akan terbentuk melalui proses replikasi dari molekul
DNA yg sudah ada
- terjadi pbentukn molekul histon yg merupakan protein dasar dari
kromosom
 Tahap G2 (second gap phase)
- tahap akhir pertumbuhan sel yg disusul dg pembelahan
- umumnya 2-5 jam proses sintesis RNA masih terjadi
namun perlahan
- sintesa akan berhenti saat pembelahan sel dimulai
 Sintesa DNA terjadi dalam waktu singkat (tahap S)
 Sintesa RNA terus terjadi sampai saat sel akan
membelah lagi
 Siklus sel ini akan berjalan terus pada jaringan tubuh
yang masih muda melalui tahapan G1, S dan G2
Kode genetik yang ada di dalam DNA menentukan bagaimana protein disusun.
Sejalan dengan hal tersebut, di bidang biologi molekuler muncul suatu
dogma sentral aliran informasi genetik dari DNA ke protein, yang
dikemukakan oleh Francis Crick. Menurut dogma tersebut, informasi genetik
yang terdapat di dalam DNA akan ditranskripsikan (disalin) ke dalam suatu
molekul asam ribonukleat (RNA) dan selanjutnya akan ditranslasikan
(diterjemahkan) menjadi protein. Molekul RNA yang dimaksud disebut juga
sebagai RNA duta atau messenger RNA (mRNA).

Faktor faktor yang menentukan struktur DNA

1. Tumpukan basa

Basa purin dan pitidin yang menyusun molekul DNA terletak panda satu bidang
datar yang tegak lurus terhadap aksis untaian DNA. Krn itu dianggap sebagai
tumpukan basa.
Hal ini dapat diketahui dengan
- Teknik dispersi rotari optik
- Diksroisme sirkular
2. Ikatan hidrogen

Pada molekul DNA ikatan hidrogen berperan dalam menentukan struktur helix
antara untaian yang berpasangan. Pasangaditentukan oleh adanya 2 ikatan
hidrogen antara nukelorida A-T , sedangkan G-C terdapat 3 ikatan
hidrogen.Oleh karena itu, untuk merusak G-C diperlyukan suhu lebih tinggi
dari A-T
Identifikasi DNA

Ketika seseorang dengan alasan yang sangat beragam dan pribadi ingin
tahu akan identitasnya, maka salah satu cara yang dapat dilakukan
untuk menyelesaikan masalah tersebut adalah identifikasi DNA
(Deoxyribo Nucleic Acid). Identifikasi DNA dapat dimanfaatkan untuk
mengetahui hubungan biologis antar individu dalam sebuah keluarga
dengan cara membandingkan pola DNA individu-individu tersebut.
Lembaga Biologi Molekul Eijkman melalui Yayasan GenNeka
menawarkan pelayanan identifikasi DNA, berupa tes paternitas dan tes
maternitas.

Setiap orang memiliki DNA yang unik. DNA adalah materi genetik yang
membawa informasi yang dapat diturunkan. Di dalam sel manusia DNA
dapat ditemukan di dalam inti sel dan di dalam mitokondria. Di dalam
inti sel, DNA membentuk satu kesatuan untaian yang disebut
kromosom. Setiap sel manusia yang normal memiliki 46 kromosom yang
terdiri dari 22 pasang kromosom somatik dan 1 pasang kromosom sex
(XX atau XY).
TES DNA

1. Tes paternitas.
Tes paternitas adalah tes DNA untuk menentukan apakah seorang pria
adalah ayah biologis dari seorang anak. Kita semua mewarisi DNA (materi
genetik) dari orang tua biologis kita. Tes paternitas membandingkan pola
DNA anak dengan terduga ayah untuk memeriksa bukti pewarisan DNA yang
menunjukkan kepastian adanya hubungan biologis.
1. Tes maternitas.
Tes maternitas adalah tes DNA untuk menentukan apakah seorang wanita
adalah ibu biologis dari seorang anak. Seperti pada tes paternitas, tes ini
membandingkan pola DNA anak dengan terduga ibu untuk menentukan
kecocokan DNA anak yang diwariskan dari terduga ibu. Umumnya tes
maternitas dilakukan untuk kasus, seperti kasus dugaan tertukarnya bayi,
kasus bayi tabung, kasus anak angkat dan lain-lain.
Metoda identifikasi DNA yang digunakan dalam tes paternitas dan tes
maternitas

Identifikasi DNA untuk tes paternitas dilakukan dengan menganalisa pola DNA
menggunakan marka STR (short tandem repeat). STR adalah lokus DNA yang
tersusun atas pengulangan 2-6 basa. Dalam genom manusia dapat ditemukan
pengulangan basa yang bervariasi jumlah dan jenisnya. Identifikasi DNA dengan
penanda STR merupakan salah satu prosedur tes DNA yang sangat sensitif
karena penanda STR memiliki tingkat variasi yang tinggi baik antar lokus STR
maupun antar individu.
NUCLEOTIDE SEQUENCING
 Restriction endonuclease enzymes

 Chemical cleavage method

 Chain termination method

 RNA sequencing
2. a. Enzim Restriksi Endonuklease
adalah enzim-enzim bakteri yang dapat
mengenali dan memotong sekuens
nukleotida tertentu didalam molekul DNA .
- membentuk fragmen DNA yang bervariasi
- mampu mengenal sekuens pasangan basa
sepanjang 4-8 nukleotida.
- ujung hasil potongan dapat berupa :
a. Ujung kohesif (sticky)
b. Ujung tumpul (blunt)
DNA SEQUENSING
 PENYAKIT GENETIK

Penyakit adalah keadaan tidak normal pada badan atau minda yang
menyebabkan ketidakselesaan, disfungsi, atau tekanan/stres kepada orang
yang terbabit atau berhubung rapat dengannya. Kadang kala istilah ini
digunakan secara umum untuk menerangkan kecederaan, kecacatan, sindrom,
simptom, keserongan tingkah laku, dan variasi biasa sesuatu struktur atau
fungsi, sementara dalam konteks lain boleh dianggap sebagai kategori yang
boleh dibedakan.

Terdapat pelbagai jenis penyakit yang mengancam manusia. Penyakit ini boleh
disebabkan oleh kuman, bakteria, virus, racun, kegagalan organ berfungsi, dan
juga oleh penyakit keturunan/genetik.
Patologi merupakan ilmu kajian penyakit. Pengelasan penyakit secara saintifik
pula dirujuk sebagai nosologi.
Jenis jenis Penyakit

Salah satu kategori penyakit terbesar dan terkenal ialah penyakit berjangki
yang' merupakan penyakit yang disebarkan oleh agen jangkitan/vektor seperti
bakteria, fungi, parasit, virus, dan prion. Ada juga yang jenis penyakit yang
disebarkan oleh protozoa dan cacing. Terdapat juga penyakit genetik yang
disebabkan oleh kekurangan, keterlebihan, atau kecacatan gen dalam DNA
orang yang terbabit; penyakit toksik disebabkan oleh pendedahan berlebihan
kepada toksin alam sekitar seperti logam berat; Penyakit kekurangan(zat) yang
disebabkan oleh kekurangan zat dalam makanan tertentu; penyakit autoimun
yang disebabkan oleh sistem pertahanan badan menyerang tisu badan sendiri;
penyakit yang disebabkan oleh kepercayaan pesakit sendiri; dan penyakit yang
menggabungkan jenas-jenis penyakit tersebut, termasuklah yang disebabkan
oleh punca yang tidak diketahui.
Penyakit genetik atau kelainan genetik adalah sebuah kondisi yang
disebabkan oleh kelainan oleh satu atau lebih gen menyebabkan sebuah
kondisi fenotip klinis.
Beberapa penyebab penyakit genetik antara lain:
- Ketidaknormalan jumlah kromosom seperti dalam sindrom Down
(adanya ekstra kromosom 21) dan sindrom Klinefelter (laki-laki
dengan 2 kromosom X).
- Mutasi gen berulang yang dapat menyebabkan sindrom X rapuh atau
penyakit Huntington.
- Gen rusak yang diturunkan dari orang tua. Dalam kasus ini, penyakit
genetik juga dikenal dengan istilah penyakit keturunan. Kondisi ini
terjadi ketika individu lahir dari dua individu sehat pembawa gen
rusak tersebut, tetapi dapat juga terjadi ketika gen yang rusak
tersebut merupakan gen yang dominan.

Sekarang ini ada sekitar 4.000 penyakit genetik yang sudah diidentifikasi.
Kebanyakan penyakit genetik adalah langka dengan hanya terjadi pada 1
individu dari sekitar ribuan atau bahkan jutaan individu.
 Contoh contoh penyakit genetik

1. Penyakit Porphyria
Porphyria berasal dari perkataan perkataan Yunani yang membawa erti "warna
ungu". Ini adalah merujuk kepada warna air kencing pesakit porphyria yang
mengandungi pewarna menyebabkan warna merah sehingga kepada biru
gelap. Porphyria bukannya satu penyakit yang berjangkit tetapi merupakan
penyakit genetik yang boleh diwarisi.

Porphyrin merupakan pewarna yang berfungsi sebagai pengangkut tenaga

dalam sistem badan dan juga terlibat dalam pembentukan komponen
hemoglobin bagi mengangkut oksijen, yang dikenali sebagai hema, dalam
darah. Bagi manusia sihat sistem ini berfungi dengan baik tetapi bagi
sesetengah orang, salah satu daripada enzim yang terbabit dalam penghasilan
molekul hema adalah cacat atau pincang. Ini menyebabkan molekul hema yang
tidak sempurna terkumpul dalam badan pesakit Porphyria.

Molekul porphyrin dan precursory memasuki saluran darah dan akan

disingkirkan keluar badan oleh ginjal melalui air kencing. Akhirnya sel yang
menghasilkan hema gagal berfungsi dan menyebabkan simptom porphyria.
Tanda-tanda pesakit porphyria

Pengidap porphyria biasanya melapurkan sakit dibahagian perut secara berulang

selama beberapa tahun. Mereka juga menjadi keliru dan sering menyangka
orang lain cuba mencederakan mereka. Pesakit porphyria juga akan mempunyai
air kencing yang bewarna kemerahan sehingga kepada biru gelap. Pengidap
porphyria sering didapati dikalangan mereka yang berasal dari Afrika Selatan.

Organ yang terbabit oleh porphyria adalah sistem saraf dan kulit. Kulit pesakit
porphyria tidak boleh terdedah kepada cahaya matahari. Ini adalah kerana
ketiadaan pewarna kulit akan menyebabkan kulit pesakit porphyria akan terbakar
yang teruk oleh cahaya matahari. Pembabitan sistem saraf bertanggung jawab
menyebabkan perubahan deria sentuh, lumpuh, gila pada pesakit porphyria.
Sakit pada bahagian perut pesakit porphyria bukanlah disebabkan oleh
kecederaan organ dalam perut tetapi disebabkan neuron yang teraktif, dengan itu
mengaktifkan deria penerima sakit yang menyaluti rongga perut.

Pengesanan pesakit porphyria.

Pengidap porphyria boleh dikesan dengan ujian 5-Asid Aminolevulinic (ALA), dan
porphobilinogen. Pengidap porphyria boleh mengawal keadaan mereka dengan
menjaga permakanan mereka. Bagaimanapun, terdapat pelbagai jenis porphyria,
dan jenis rawatan bergantung kepada jenis porphyria yang dihidapi pesakit
2. Talasemia

Merupakan salah satu jenis anemia hemolitik dan merupakan penyakit keturunan
yang diturunkan secara autosomal yang paling banyak dijumpai di Indonesia dan
Italia. Enam sampai sepuluh dari setiap 100 orang Indonesia membawa gen
penyakit ini. Kalau sepasang dari mereka menikah, kemungkinan untuk mempunyai
anak penderita talasemia berat adalah 25%.

Klasifikasi talasemia
Talasemia dapat kita klasifikasikan berdasarkan jenis rantai globin apa yang
terganggu. Berdasarkan dasar klasifikasi tersebut, maka terdapat beberapa jenis
talasemia, yaitu talasemia alfa, beta, dan delta.

1. Talasemia alfa
Pada talasemia alfa, terjadi penurunan sintesis dari rantai alfa globulin. Dan
kelainan ini berkaitan dengan delesi pada kromosom 16. Akibat dari kurangnya
sintesis rantai alfa, maka akan banyak terdapat rantai beta dan gamma yang tidak
berpasangan dengan rantai alfa. Maka dapat terbentuk tetramer dari rantai beta
yang disebut HbH dan tetramer dari rantai gamma yang disebut Hb Barts.
Talasemia alfa sendiri memiliki beberapa jenis.
- Delesi pada empat rantai alfa
Dikenal juga sebagai hydrops fetalis. Biasanya terdapat banyak Hb Barts.
Gejalanya dapat berupa ikterus, pembesaran hepar dan spleen, dan janin yang
sangat anemis. Biasanya, bayi yang mengalami kelainan ini akan mati beberapa
jam setelah kelahirannya atau dapat juga janin mati dalam kandungan pada
minggu ke 36-40. Bila dilakukan pemeriksaan seperti dengan elektroforesis
didapatkan kadar Hb adalah 80-90% Hb Barts, tidak ada HbA maupun HbF

- Delesi pada tiga rantai alfa

Dikenal juga sebagai HbH disease biasa disertai dengan anemia hipokromik
mikrositer. Dengan banyak terbentuk HbH, maka HbH dapat mengalami
presipitasi dalam eritrosit sehingga dengan mudah eritrosit dapat dihancurkan.
Jika dilakukan pemeriksaan mikroskopis dapat dijumpai adanya Heinz Bodies.

- Delesi pada dua rantai alfa

Juga dijumpai adanya anemia hipokromik mikrositer yang ringan. Terjadi
penurunan dari HbA2 dan peningkatan dari HbH

- Delesi pada satu rantai alfa

Disebut sebagai silent carrier karena tiga lokus globin yang ada masih bisa
menjalankan fungsi normal.
2. Talasemia beta

Disebabkan karena penurunan sintesis rantai beta. Dapat dibagi berdasarkan

tingkat keparahannya, yaitu Ttalasemia mayor, intermedia, dan karier. Pada kasus
talasemia mayor Hb sama sekali tidak diproduksi. Akibatnya, penderita akan
mengalami anemia berat. Jika tidak diobati, bentuk tulang wajah berubah dan
warna kulit menjadi hitam. Selama hidupnya penderita akan tergantung pada
transfusi darah. Ini dapat berakibat fatal, karena efek sampingan transfusi darah
terus menerus yang berupa kelebihan zat besi (Fe).

3. Talasemia delta

Uji talasemia pra-kelahiran

Wanita hamil yang mempunyai resiko mengandung bayi talasemia dapat

melakukan uji untuk melihat apakan bayinya akan mederita talasemia atau tidak.
Di Indonesia, uji ini dapat dilakukan di Yayasan Geneka Lembaga Eijkman di
Jakarta. Uji ini melihat komposisi gen-gen yang mengkode Hb.
3. Fenilketonuria

Fenilketonuria adalah penyakit metabolik bawaan yang disebabkan kurangnya

enzim fenilalanin hidroksilase.

Dalam fungsinya sehari-hari, enzim fenilalanin hidroksilase akan mengubah

asam amino fenilalanin menjadi tirosin. Bila enzim tersebut tidak ada atau tidak
berfungsi, tentu saja reaksi perubahan tersebut tidak akan terjadi. Akibatnya,
kadar fenilalanin dalam tubuh akan meningkat jauh di atas normal, dan kadar
tirosin tentunya menjadi di bawah normal. Kadar fenilalanin yang tinggi inilah
yang menjadi biang keladi persoalan sehingga aspartam harus menanggung
beban tanda peringatan. Kadar fenilalanin yang tinggi dalam darah dapat
membahayakan perkembangan otak anak. Akibatnya, anak dapat mengalami
retardasi mental. Memang sejarah penemuan fenilketonuria pun diawali dengan
penelitian pada anak yang mengalami retardasi mental tersebut.

Gejala klinis

Retardasi mental merupakan keadaan yang dapat dijumpai pada penderita

fenilketonuria. Selain itu, keringat dan urin penderita berbau khas keton.
Kelebihan fenilalanin memang diubah menjadi fenilketon, dan dikeluarkan
melalui urin. Dari sinilah istilah fenilketonuria muncul. Penderita fenilketonuria
juga cenderung bermata biru dan berambut pirang. Hal ini disebabkan oleh
rendahnya kadar tirosin darah yang mengakibatkan menurunnya produksi dari
pigmen melanin.
4. Anemia

Anemia (dalam bahasa Yunani: Tanpa darah) adalah keadaan dimana jumlah sel
darah merah atau jumlah hemoglobin (protein pembawa oksigen) dalam sel
darah merah berada dibawah normal. Sel darah merah mengandung hemoglobin,
yang memungkinkan mereka mengangkut oksigen dari paru-paru dan
mengantarkannya ke seluruh bagian tubuh. Anemia menyebabkan berkurangnya
jumlah sel darah merah atau jumlah hemoglobin dalam sel darah merah,
sehingga darah tidak dapat mengangkut oksigen dalam jumlah sesuai yang
diperlukan tubuh.

Anemia Sel Sabit (Sickle cell anemia)‫‏‬

Disebut juga anemia drepanositik, meniskositosis, penyakit hemoglobin S.
Anemia sel sabit adalah sejenis anemia kongenital dimana banyak sel darah
merah berbentuk menyerupai sabit.

Patogenesis
Adanya HbS (hemoglobin S (sicle= sabit) merupakan hemoglobin abnormal.
)mempengaruhi membran eritrosit dan menyebabkan kelainan eritrosit, yakni
dehidrasi karena kehilangan air dan garam, akumulasi Ca ++. Belum diketahui
dengan jelas apa kelainan dasar pembentukan sel sabit ,yang kadang kala
bentuk sabit yang ireversible.
Bentuk sel sabit terjadi pada tekanan oksigen yang rendah dan terutama pada
pH rendah, Hb S kurang melarut pada bentuk deoxygenated sehingga
viskositas darah naik dan mengakibatkan statis serta obstruksi aliran darah
dalam sistem kapiler, arteriole terminal dan pembuluh darah. Sickling lokal,
oklusi vaskular dan edema perivaskular menyebabkan rasa sakit dan
pembengkakan organ yang tersangkut.

Gejala klinis
Kebanyakan anemia sel sabit disertai anemia yang agak berat. Namun pada
umumnya anemia tidak merupakan masalah utama karena suplai oksigen
kejaringan tetap baik.

Komplikasi
Infeksi sering terjadi dan bisa fatal pada masa anak-anak. Pada orang dewasa
menurunnya faal paru dan ginjal dapat berlangsung progresif. Kolelitiasis
sering dijumpai dan infark ,tulang nekrosis, aseptik pakut fermoralis,
osteomielitis (infeksi salmonella), hematuria berat sering berulang-ulang.

Penentuan diagnosis
Homosigot : Hb S dengan Hb F dengan kadar yang berbeda-beda pada
pemeriksaan elektroforesis. Heterosigot : adanya Hb A dan HbS pada
elektroforesis
5. Anemia Akibat Kanker

Penderita kanker stadium lanjut sering menderita komplikasi anemia. Anemia

umumnya timbul akibat progresifitas penyakit kankernya sendiri maupun
kemoterapi, radioterapi dll, yang dapat memperburuk kondisi penderita secara
cepat. Anemia kronik pada penyakit kanker disebabkan oleh beberapa
mekanisme patofisiologik. Patogenesis anemia karena kanker adalah
multifaktorir. Dan sulit di identifikasi satu faktor penyebab saja.

Ciri khas anemia akibat kanker

Anemia ringan sampai berat

Anemia normositik ,normokrom atau hipokrom
Kadar besi serum (serum iron) rendah
Kadar feritin serum meningkat
Kadar transferin total menurun
Prosentase saturasi transferin normal

Patofisiologi anemia kronik pada kanker

Terjadinya interaksi antara sel-sel tumor dan sistem imun yang mana akan
mengaktifkan makrofag dan memicu pelepasan berbagai sitokin. Aktivasi ini
menyebabkan terjadinya peningkatan kadar sitokin inflamasi seperti: interferon g ,
interleukin -1, faktor nekrosis tumor (TNF).
Sitokin-sitokin ini diproduksi oleh makrofag dan sel retikuloendotelial lainya (al.
TNF & INF b diproduksi di stroma sumsum tulang). Sitokin-sitokin ini mempunyai
pengaruh negatif terhadap prekursor eritroid di sumsum tulang yaitu:
menyebabkan kaheksia, anemia dan inflamasi. Dan juga menurunkan produksi
dan sensitivitas Epo terhadap keadaan anemia. Penghambatan diferensiasi
prekursor eritroid oleh sebagian besar sitokin inflamasi, mengakibatkan
menurunnya jumlah sel progenitor eritroid menyebabkan supresi eritropoesis,
stimulasi produksi eritropoetin (EPO) menurun dan mengakibatkan kegagalan
penggunaan besi. Faktor-faktor ini diperkirakan merupakan penyebab utama
terjadinya anemia kronik & mungkin masih ada faktor lain sebagai pemicu yang
belum diketahui dengan pasti. Dan hal ini pula yang menyebabkan usia sel darah
merah memendek pada anemia penderita kanker .

6. Hemofilia
Hemofilia adalah kelainan perdarahan yang diturunkan yang disebabkan adanya
kekurangan faktor pembekuan. hemofilia A timbul jika ada defek gen yang
menyebabkan kurangnya faktor pembekuan VIII (FVII) sedangkan hemofilia B
disebabkan kurangnya faktor pembekuan IX (FIX). hemofilia A dan B tidak
dibedakan karena mempunyai tampilan klinis yang mirip dan pola pewarisan gen
yang serupa. hemofilia adalah salah satu penyakit genetik tertua yang pernah
dicatat. kelainan perdarahan yang diturunkan yang terjadi pada seorang laki-laki
tercatat dalam berkas Talmud pada Abad Kedua. sejarah modern dari hemofilia
dimulai pada tahun 1803 oleh John Otto yang menerangkan adanya anak yang
menderita hemofilia, diikuti oleh Nasse pada tahun 1820 yang pertamakali
mereview hemofilia.
Hemofilia merupakan salah satu penderita penyakit yg dapat mematikan,jika ia
terluka maka darah tidak dapat terhenti,dikarnakan memiliki hemoglobin yg
berlebihan,jika ia wanita kemungkinan terjadi kematian disaat pertama kali
menstruasi, dan jika laki2 pada saat di khitankan.

Hemofilia A dan B
Hemofilia terbagi atas dua jenis, yaitu :
- Hemofilia A; yang dikenal juga dengan nama :
- Hemofilia Klasik; karena jenis hemofilia ini adalah yang paling banyak
kekurangan faktor pembekuan pada darah.
- Hemofilia kekurangan Factor VIII; terjadi karena kekurangan faktor 8 (Factor
VIII) protein pada darah yang menyebabkan masalah pada proses pembekuan
darah.

- Hemofilia B; yang dikenal juga dengan nama :

- Christmas Disease; karena di temukan untuk pertama kalinya pada seorang
bernama Steven Christmas asal Kanada
- Hemofilia kekurangan Factor IX; terjadi karena kekurangan faktor 9 (Factor IX)
protein pada darah yang menyebabkan masalah pada proses pembekuan darah.
Bagaimana ganguan pembekuan darah itu dapat terjadi?

Gangguan itu dapat terjadi karena jumlah pembeku darah jenis tertentu kurang
dari jumlah normal, bahkan hampir tidak ada. Perbedaan proses pembekuan
darah yang terjadi antara orang normal dengan penderita hemofilia, menunjukkan
pembuluh darah yang terluka di dalam darah tersebut terdapat faktor-faktor
pembeku yaitu zat yang berperan dalam menghentukan perdarahan.

a. Ketika mengalami perdarahan berarti terjadi luka pada pembuluh darah (yaitu
saluran tempat darah mengalir keseluruh tubuh), lalu darah keluar dari pembuluh.
b. Pembuluh darah mengerut/ mengecil.
c. Keping darah (trombosit) akan menutup luka pada pembuluh.
d. Faktor-faktor pembeku da-rah bekerja membuat anyaman (benang - benang
fibrin) yang akan menutup luka sehingga darah berhenti mengalir keluar
pembuluh.

7. Limfoma Hodgkin

Limfoma Hodgkin, juga diketahui sebagai penyakit Hodgkin, adalah tipe limfoma
yang pertama kali dideskripsikan oleh Thomas Hodgkin tahun 1832. Secara klinis,
Limfoma Hodgkin dikarakterisasikan dengan penyebaran penyakit melalui satu
grup nodus limfa menuju lainnya dan dengan perkembangan gejala B dengan
penyakit yang sudah jauh berkembang.
Secara pathologi, penyakit ini dikarakterisasikan oelh kehadiran sel Reed-
Sternberg. Limfoma Hodgkin adalah salah satu dari kanker pertama yang dapat
disembuhkan oleh radiasi. Nantinya limfoma Hodgkin merupakan salah satu
yang pertama kalinya dapat disebuhkan oleh kombinasi kemoterapi. Rata
penyembuhan sekitar 93%, membuat penyakit ini sebagai salah satu kanker
yang paling dapat disembuhkan.

8. Kanker

Kanker adalah segolongan penyakit yang ditandai dengan pembelahan sel yang
tidak terkendali dan kemampuan sel-sel tersebut untuk menyerang jaringan
biologis lainnya, baik dengan pertumbuhan langsung di jaringan yang
bersebelahan (invasi) atau dengan migrasi sel ke tempat yang jauh (metastasis).
Pertumbuhan yang tidak terkendali tersebut disebabkan kerusakan DNA,
menyebabkan mutasi di gen vital yang mengontrol pembelahan sel. Beberapa
buah mutasi mungkin dibutuhkan untuk mengubah sel normal menjadi sel
kanker. Mutasi-mutasi tersebut sering diakibatkan agen kimia maupun fisik yang
disebut karsinogen. Mutasi dapat terjadi secara spontan (diperoleh) ataupun
diwariskan (mutasi germline).
Kanker dapat menyebabkan banyak gejala yang berbeda, bergantung pada
lokasinya dan karakter dari keganasan dan apakah ada metastasis. Sebuah
diagnosis yang menentukan biasanya membutuhkan pemeriksaan
mikroskopik jaringan yang diperoleh dengan biopsi. Setelah didiagnosis,
kanker biasanya dirawat dengan operasi, kemoterapi dan/atau radiasi.

Bila tak terawat, kebanyakan kanker menyebabkan kematian; kanker adalah

salah satu penyebab utama kematian di negara berkembang. Kebanyakan
kanker dapat dirawat dan banyak disembuhkan, terutama bila perawatan
dimulai sejak awal. Banyak bentuk kanker berhubungan dengan faktor
lingkungan yang sebenarnya bisa dihindari. Merokok tembakau dapat
menyebabkan banyak kanker dari faktor lingkungan lainnya.

Tumor (bahasa Latin; pembengkakan) menunjuk massa jaringan yang tidak

normal, tetapi dapat berupa "ganas" (bersifat kanker) atau "jinak" (tidak
bersifat kanker). Hanya tumor ganas yang mampu menyerang jaringan
lainnya ataupun bermetastasis.

Ketika sel normal (A) rusak atau

tua (2), mereka mengalami
apoptosis (1); sel kanker (B)
menghindari apoptosis dan terus
membelah diri
9. Sindrom Leigh

Sindrom Leigh merupakan sejenis penyakit genetik neurometabolik yang jarang

ditemui di mana berlaku proses degenerasi/kemerosotan pada sistem saraf
utama iaitu otak, saraf tunjang dan saraf mata. Ini bermaksud sistem saraf utama
akan hilang keupayaan berfungsi dan proses ini berlaku secara beransur-ansur.
Ia mula diketengahkan pada tahun 1951 dan Sindrom Leigh

Penyakit ini menjadi ketara dengan cepat dengan tanda-tanda pertamanya

adalah seperti hilang kawalan pada leher dan kepala, kurang menghisap susu,
hilang kawalan pada otot-otot, hilang selera makan, muntah-muntah, sawan dan
menangis berpanjangan adalah mungkin tanda-tanda lain yang turut dilihat dalam
penyakit ini.Semasa penyakit ini berlarutan dan menjadi lebih serius, masalah-
masalah lain seperti masalah jantung dan lemah keseluruhan otot-otot badan
berlaku mengakibatkan lactic acidosis iaitu keadaan di mana badan
menghasilkan terlampau banyak asid laktik.

Sindrom Leigh adalah suatu masalah genetik pada enzim-enzim atau bahan-
bahan kimia dalam badan yang mengawal beberapa proses biokimia yang perlu
untuk kehidupan.

Tanda-tanda

Lewat perkembangan, lemah otot dan lactic acidosis berlaku hampir-hampir pada
semua kes Sindrom Leigh.
 PERKEMBANGAN BIOLOGI MOLEKULAR
Sel tubuh manusia
 Tubuh manusia dibangun lenih
kurang 3x1013 cells
 Perintah semua informasi yang
diperlukan makhluk hidup
berada di materi genetik yang
dijumapi pada setiap sel.
 Setiap sel mengandung
keseluruhan genom manusia.

Dimana informasi tsb didapat?

 Materi genetik : DNA
 Unit dari muolekul genetik yang mengkodekan
informasi : gen.
 Unit penyimpanan materi genetik dipaket dengan
nama kromosom. Manusia terdiri dari 46 kromosom
 Dijumpai di nukleus sel
 Dari gen ke protein
 Gen merupakan instruksi manual untuk
tubuh manusia. Yang terdiri dari perintah
untuk membangun semua protein --- tubuh
dapar berfungsi.
 Informasi genetik diterjemahkan dari DNA
ke protein.

Cell Chromosomes Gene DNA Protein

9
7
  Truktur DNA dianalisa oleh
(DNA) James Watson & Francis Crick
in 1953
 DNA adalah sebuah polimer
pembangun unit nya terdiri dari
DNA pospat, deoxyribosa dan basa
nitrogen are attached.
 Two strands form a double helix

Nucleotid
e

Sugar Bases Phospate

9
8
DNA and Base
Complementarity
Cytosine (C)

Adenine (A)
Guanine
Guanine(G)(G)
Thymine (T)
Thymine (T)
Guanine (G)
Adenine (A)

Cytosine
Adenine(C)
(A)

9
9
DNA mengandung informasi

 The human genome contains 3x109

base pairs
 Assuming that 3000 bases would fit on
one page, 1000 books with 1000 pages
each are necessary to comprise the
human genome information of 3x109
letters.

1
0
0
PCR Technology
 PCR = Polymerase Chain Reaction
 Enzyme based site directed amplification of
nucleic acids
 Developed by Kary Mullis (USA) in 1985
 Awareded with the Nobel-price

Kegunaan utama dari PCR adalah untuk

menggandakan sebuah bagian spesifik dari
DNA (misal sebuah gen) hingga berkali² lipat
(amplifikasi) sehingga bagian spesifik DNA yang kita
inginkan dapat kita identifikasi dan diketahui
keberadaannya.

1
0
1
Apakah Metoda PCR ?
Metoda PCR adalah paten teknologi
yang dapat membuat tiruan berlipat
ganda dari sekuen nukleotida spesifik
dari organisme target.

Metoda PCR menyediakan suatu

mekanisme untuk mendeteksi target
organisme dengan konsentrasi yang
sangat kecil dengan spesifitas yang
tinggi.
Tahapan Proses PCR
Pre – PCR :
Preparasi reagensia
Preparasi spesimen : isolasi/ purifikasi DNA/
RNA
PCR : proses amplifikasi
Denaturasi (pemisahan rantai DNA)
Annealing (penempelan primer)
Extension (pemanjangan oleh enzim)
Post – PCR :
Deteksi/ Analisa Hasil PCR
PRE-PCR
Preparasi spesimen :
isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat

 Isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat dilakukan karena

DNA/RNA merupakan bahan dasar berbagai teknik molekular
biologi.
 Ekstraksi DNA/RNA dari organisme eukariotik (manusia, hewan,
tumbuhan) dilakukan melalui proses :
 Penghancuran dinding sel
 Penghilangan komponen seluler seperti protein, lipid dan
karbohidrat dari sampel
 Pengendapan DNA/RNA
 Pemanenan
Preparasi spesimen :
isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat
dengan Metode Phenol

Isolasi Isolasi RNA

DNA
Preparasi spesimen :
isolasi/ ekstraksi/ purifikasi asam nukleat
dengan Metode Kolom

• Berikatan dengan “glass fleece”

• Garam kaotropik
• Wash and spin
• Pelarutan asam nukleat
• Analisa selanjutnya
Sekuen Target
DNA/ RNA diperoleh dari
Target Sequence hasil isolasi/ purifikasi
target organisme

DNA Strand
Double Helix
Supercoiled DNA Strand
DNA Strand

Chromosome
Sekuen Nukleotida
Hydrogen Bonds

Cytosine (C)

Adenine (A)
Guanine (G)
Thymine (T)
Thymine (T)

Guanine (G) Adenine (A)

Cytosine (C)

Deoxyribose Phosphoric Acid

(Sugar (Phosphate molecule)
molecule)
Pre-PCR
Preparasi Reagensia : Komponen Master Mix

2+
Mg and Taq DNA Polymerase
OR
2+
Mn and rTth DNA Polymerase

dCTP
AmpErase®
dGTP

dUTP Biotinylated
Primer
dATP
 Polymerase Chain Reaction

Target DNA/RNA

2+
Mg PCR

AmpErase®
Taq DNA
Polymerase
Biotinylated
Primers dUTP
dCTP dGTP Biotinylated
Amplicon
dTTP
dATP

Master Mix
 Yang diperlukan pada PCR

DNA e.g. purified from blood

Enzyme (Taq– Polymerase) Enzyme is capable of copying DNA by
producing complementary DNA strands
starting from a primer bound to a single-
stranded template.
2 PCR Primers Short pieces of single-stranded DNA;
specific for a certain target DNA sequence,
used as a starting point of DNA polymerase
activity.
Nucleotides Smallest Unit of DNA; “letters“ of the
biological alphabet
Buffer Conditions Reaction buffer ( Salt....)
1
1
1
PROSES PCR : Amplifikasi
1 – Denaturasi oleh panas

Target Sequence

Target Sequence
2 – Annealing
Penempelan pasangan primer
berlabel biotin di kedua ujung Sekuen Target
3 – Ekstension
Taq DNA Polymerase mengkatalisa pemanjangan Primer
sebagai Komplemen Nukleotida
Akhir Siklus PCR ke-1
Hasil 2 tiruan dari Sekuen Target
Target Amplifikasi : Siklus PCR diulang

No. of No. Amplicon

1 cycle = 2 Amplicon Cycles Copies of Target
2 cycle = 4 Amplicon
1 2
3 cycle = 8 Amplicon
2 4
4 cycle = 16 Amplicon
3 8

5 cycle = 32 Amplicon 4 16

5 32
6 cycle = 64 Amplicon
6 64

7 cycle = 128 Amplicon 20 1,048,576

30 1,073,741,824
Deteksi/ Analisa Hasil PCR
Elektroforesis gel agarosa (horizontal)
Eleftroforesis gel poliakrilamid (vertikal)
Enzym labelling oligonucleotide
Biotin-labelled oligonucleotide
Digoxigenin-labelled oligonucleotide
Sequencing
Deteksi Produk PCR:
Elektroforesis Gel agarosa
Applikasi PCR

1. Isolation of genomic DNA

PCR memungkinkan pengisolasian fragmen DNA dari DNA genomic secara
amplifikasi selektif dari area DNA spesifik.

2. Pengunaan PCR meningkatkan beberapa metoda seperti Southern and

northern blotting dan DNA cloning, yang membutuhkan sejumlah banyak DNA
yang melambangkan are DNA spesific.

3 Aplikasi lain PCR termasuk DNA sequencing untuk menetukan urutan dari DNA
yang sudah diamplifikasi.

4. Isolasi dari urutan DNA memungkinakan tehnologi baru yaitu DNA rekombiann.

5. DNA rekombinan yaitu menyisipkan suatu urutan DNA kedalam plasmid atau
materi genetik pada organisme lain.

6. PCR juga digunakan untuk penetuan sidik jari pada bidang forensik untuk
mengindentifikasi orang atau organisme dan membandingkannya dengan peta
DNA.
 Aplikasi dan perkembangan molekuler
Aplikasi bioteknologi modern adalah bioteknologi biomolekuler yang telah
memanfaatkan pengetahuan genetika dan kloning, atau secara umum disebut
rekayasa genetika, seperti :
1. Mutasi buatan : yaitu mutasi yang ditujukan untuk merubah susunan gen,
sehingga sifat yang diturunkan pun berubah. Mutasi buatan ini umumnya
menggunakan radiasi, contohnya : padi var. Atomita I dan II, kedelai var. Muna.
2. Transplantasi gen / Penyisipan gen / Teknologi Plasmid: yaitu penyisipan gen
organisme satu ke genom organisme lain, dengan tujuan untuk produksi suatu
senyawa dalam skala besar dan cepat, untuk terapi medis, atau untuk
mengatasi masalah lingkungan.
3. Hibridoma : yaitu teknik pencangkokan sel dengan materi genetik dari sel
yang lain, yang umumnya digunakan untuk terapi medis kekebalan tubuh
(imunoterapi) dan kanker. Contohnya pemasukkan genom penghasil antibodi
dari sel limfosit, kedalam sel kanker yang sangat cepat berploriferasi, sehingga
sel kanker tersebut dapat menghasilkan antibodi dan dapat melawan sel kanker
lainnya atau zat asing yang masuk ke dalam tubuh dengan cepat, yang secara
normal tidak bisa diatasi oleh antibodi dari sel limfosit saja.
4. Kloning : yaitu teknik perbanyakan sel, jaringan atau organisme secara
aseksual, bias melibatkan dua induk atau satu induk.
Adapun teknik rekayasa genetika yang umum dilakukan adalah sebagai
berikut :

A. Perbanyakan (Pengklonan) DNA

Kloning DNA umumnya adalah perbanyakan DNA rekombinan, yaitu DNA yang
sudah direkayasa dengan teknik penggabungan/penyisipan gen (DNA) dari
organisme satu ke dalam genom organisme lain (transplantasi gen/teknologi
plasmid). Contohnya : kloning gen penghasil insulin dari kelenjar pankreas
manusia, disisipkan ke dalam plasmid bakteri Escherichia coli, sehingga bakteri
dapat mengekspresikan gen tersebut dan menghasilkan insulin manusia dalam
jumlah yang banyak, mengingat bakteri sangat cepat membelah diri dan
bertambah banyak dengan cepat.

Mekanisme Penyisipan Gen/DNA :

1. DNA yang ingin disisipkan, diisolasi dan dipotong oleh enzim endonuklease
restriksi, ditempat yang urutan nukleotidanya spesifik.
2. DNA yang akan digunakan sebagai inang, misalnya plasmid bakteri E. coli,
diisolasi dan dipotong pula oleh enzim yang sama. Plasmid ini biasanya disebut
sebagai vektor pengklon.
3. Fragmen DNA kemudian disisipkan ke dalam vektor dan disatukan oleh enzim
endonuklease ligase.
4. Plasmid yang telah disisipi, dimasukkan kembali ke dalam bakteri, kemudian
bakteri tersebut dikembangbiakan menjadi banyak, sehingga rekombinan pun ikut
bertambah banyak, demikian pula hasil ekspresi gennya (Gambar 1).
B. Kloning Gen Eukariotik dalam Plasmid Bakteri

• Proses ini dapat berjalan jika terdapat introns pada RNAi yang diharapkan.
• Secara alami, RNAi diaktifkan oleh dsRNA, yang sebelumnya dibelah oleh suatu
enzim ribonuclease III yang dikenal dengan sebutan “Dicer” .
• Enzim Dicer akan memotongmotong dsRNA menjadi siRNA dengan panjang
sekitar 20-26 nukleotida. Dicer mengandung dua daerah RNase III dan satu
daerah PAZ(Piwi Argonaute Zwille domain).
• Perbedaan molekul kedua bagian tersebut ditentukan dari panjang dan
sudut connector helix, yang menentukan panjang siRNA yang akan diproduksi.
Pada mamalia, dsRNA yang panjang akan mengaktifkan protein kinase R (PKR)
dan RNaseL, yang berperan sebagai kunci lintasan sinyal interferon, yang akan
menyebabkan tidak spesifiknya efek yang diinginkan; sementara itu, siRNA cukup
pendek untuk melewati\ bagian tersebut.
• Pada saat gen eukariot disisipkan, bakteri dapat mengenali promoter, dan
langsung mengekspresikan gen tersebut. Untuk hal yang kedua, bisa diatasi
dengan merubah mRNA menjadi DNA komplementer („complementary
DNA‟/cDNA), menggunakan enzim transkriptase balik („reverse transcriptase‟),
yaitu enzim yang diisolasi dari retrovirus. mRNA bisa digunakan karena pada
mRNA, intronnya telah dikeluarkan pada saat proses „splicing‟ .
• Setelah DNA ditransplantasi menghasilkan DNA rekombinan, maka DNA tersebut
harus dimasukkan kembali ke dalam inang, supaya bisa berekspresi.
• Pemasukkan DNA rekombinan bisa dengan cara elektroporasi (memberikan
kejutan listrik untuk membuka membran sel), atau dengan cara penyuntikan
(mikroinjeksi), atau dengan cara transformasi, yaitu penyerapan DNA rekombinan
dari larutan.
C. Kloning DNA secara In Vitro

Pengklonan DNA di dalam sel tetap merupakan metode terbaik untuk

mempersiapkan gen tertentu dalam jumlah banyak. Namun ketika sumber DNA
sangat sedikit dan tidak murni, maka dapat digunakan metode PCR
(„Polymerase Chain Reaction‟), sehingga setiap fragmen DNA dapat disalin
beberapa kali dengan cepat dan diperkuat (amflipikasi) tanpa menggunakan
sel. Mekanisme PCR dapat dilihat pada gambar 3. Adapun yang dibutuhkan
dalam PCR ini adalah enzim DNA polimerase yang tahan panas, potongan
DNA untai tunggal sebagai primer, dan pasokan nukleotida.
Sejak tahun 1985, PCR telah banyak digunakan dalam penelitian biologis
kedokteran, sosial, dan hukum. Contohnya : PCR digunakan untuk
memperkuat DNA gajah purba (Mamoth), yang telah berusia 40.000 tahun,
PCR digunakan untuk mendeteksi pelaku kejahatan dari sampel DNA air mani,
darah atau jaringan tubuh pelaku lainnya, atau PCR ini digunakan untuk
mendeteksi patogen yang sulit terdeteksi, seperti DNA virus HIV.