BioTrends Vol.8 No.

1 Tahun 2017

BIO KONTAMINAN PENYEBAB TIDAK TEGAKNYA DIAGNOSIS

MOLEKULER BERBASIS AMPLIFIKASI ASAM NUKLEAT

BUGI RATNO BUDIARTO

Laboratorium Biologi Molekuler Kesehatan dan Diagnostik
Pusat Penelitian Bioteknologi
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)
Jl. Raya Bogor km. 46 Cibinong 16911

Pendahuluan percepatan pengungkapan misteri tidak diperhatikan sejak tahapan

kejahatan melalui analisa DNA[2-4] awal pengembangan metode

T eknologi deteksi untuk

mengetahui perubahan
suatu informasi genetika

atau dikenal dengan PCR

Pada dasarnya ketangguhan
teknologi molekuler ini diletakan
berbasis amplifikasi asam nukleat pada dua faktor antara lain (1)
ketepatan pemilihan komponen‐
maka akan berdampak signifikan
pada hasil diagnosis yang
didapatkan. “Higienitas” disini
berarti komponen‐komponen PCR
harus terbebas dari semua jenis
(Polymerase Chain Reaction) komponen reaksi dan (2) kontaminasi, baik itu bawaan,
memegang peranan penting harmonisasi komponen‐ carry-over atau dari lingkungan
dalam elusidasi fungsi dan komponen reaksi terpilih melalui sekitar sehingga proses diagnosis
struktur suatu material genetika pendekatan optimasi sehingga menghasilkan suatu kesimpulan
pada mahluk hidup. Teknologi didapatkan suatu kondisi yang tegak.
deteksi ini mampu menampakan optimum untuk keberlangsungan
perubahan suatu informasi suatu proses deteksi yang akurat. Bio-kontaminan dalam diagnosis
genetika pada tingkatan molekul Kajian Kedua faktor tersebut berbasis amplifikasi asam nukeat
seperti delesi atau insersi satu sudah dipaparkan secara rinci
basa nukelotida maupun duplikasi pada banyak publikasi ilmiah, Bio‐kontaminan merupakan
atau translokasi suatu fragmen seperti proses pemilihan pengotor‐pengotor yang berasal
DNA di dalam genom yang komponen‐komponen PCR dari suatu substansi biologi bisa
memberikan solusi nyata pada dikaitakan dengan tujuan PCR berupa jasad renik (seperti
penetapan karakteristik atau apakah ini dikhususkan untuk bakteri, jamur atau kapang) atau
kondisi suatu mahluk hidup yang spesifikasi deteksi atau hanya biomolekul penyusun suatu
sebelumnya hanya berdasarkan untuk amplifikasi fragmen genom organisme seperti asam nukleat
pada penampakan penotipenya saja, kemudian pendekatan (DNA atau RNA), protein, lipid,
saja[1]. Dampak nyata dari aplikasi empirisnya yaitu bagaimana karbohidrat, atau hormon atau
teknologi ini bisa sangat dirasakan semua komponen ini produk buangan hasil
pada berbagai bidang dan ilmu dioptimasikan sehingga metabolisme organisme atau sel
hayati seperti pada bidang mendapatkan suatu formulasi seperti amoniak, asam urat, asam
kesehatan semakin baru yang spesifik untuk tujuan laktat, asam humat akibat dari
berkembangnya pengobatan yang tadi juga sudah dipaparkan secara proses purifikasi atau sterilisasi
berbasis personilized medicine dan komprehensif yang kurang optimal dan terbawa
elusidasi penyakit‐penyakit baru; Namun demikian, satu faktor dan mengkontaminasi lingkungan
bidang pertanian seperti seleksi penting lain yang banyak yang seharusnya menghendaki
tanaman atau ternak yang diabaikan oleh para pegiat mereka tidak ada. Bio‐kontaminan
membawa sifat gen yang bioteknologi yang berkecimpung dalam diagnostik berbasis
bermanfaaat dalam rangka pada pengembangan metode amplifikasi asam nukleat dapat
peningkatan qualitas pangan; berbasis amplifikasi asam nukleat digolongkan mejadi dua tipe yaitu
bidang forensik seperti yaitu “higienitas”. Jika faktor ini (1) bio‐kontaminan yang
27
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017

menyebabkan hasil positif palsu melakukan diagnosis berbasis PCR penyangga PCR yang baru yang
dan (2) bio‐kontaminan yang untuk mengeliminasi salah bisa mendukung fungsi enzimatis
menyebabkan hasil negatif palsu. diagnosis akibat positif palsu. Saat Taq polimerase dalam proses
ini, komponen‐komponen PCR amplifikasi material genetika
Bio‐kontaminan jenis pertama sudah dikemas secara praktis dalam pengaruh inhibitor, (2)
disebabkan oleh (1) genom asing dalam bentuk Kit PCR selain pengembangan Taq polimerase
dari bakteri, jamur atau virus tujuannya untuk memudahkan melalui rekayasa genetika dengan
berupa plasmid sirkular atau linier personel laboratorium dalam sifat‐sifat unggul tahan terhadap
atau (2) carry-over produk PCR melakukan PCR juga untuk pengaruh inhibitor, atau (3)
dari kegiatan PCR yang dilakukan menghindari kontaminasi akibat penggabungan pendekatan 1 dan
sebelumnya yang ikut faktor manusia. Namun demikian, 2 sehingga didapatkan suatu
teramplifikasi pada saat PCR pengemasan komponen PCR komponen PCR yang bisa
berlangsung dan ukuran produk dalam bentuk kit tidak serta merta diunggulkan untuk tujuan deteksi
PCRnya sering menampakan ada jaminan 100% bebas bio‐ cepat baik untuk aplikasi
ukuran yang identik dengan kontaminasi malahan dari hasil penelitian maupun klinis[12].
amplikon gen yang menjadi target penelitian diketahui bahwa
diagnosis sehingga menimbulkan banyak Taq polymerase yang Implikasi bio-kontaminan pada
hasil PCR yang bias. Ada 4 faktor dikemas dalam bentuk Kit PCR diagnosis berbasis amplifikasi
resiko yang bisa memicu membawa bio‐kontaminan DNA asam nukleat
timbulnya biokontaminan ini yang memiliki implikasi nyata
antara lain (1) komponen‐ dalam kegiatan penelitian Bio‐kontaminan sangat
komponen yang digunakan pada genetika molekuler maupun mempengaruhi akurasi deteksi.
kegiatan PCR, (2) alat seperti tube, diagnostik klinis[6-8]. Bias yang ditimbulkannya akan
tips, pipet, mesin PCR dan PCR sangat berdampak pada (1)
cabinet (3) lingkungan kegiatan Inhibitor PCR digolongkan ke kegiatan penelitian epidemiologi,
PCR seperti qualitas udara dalam bio‐kontaminan jenis (2) penegakan hukum atau
laboratorium, baju laboratorium kedua. Pada umumnya legalitas dari suatu kasus hukum,
prosedur steril dan penerapannya, biokintaminan golongan ini (3) kualitas pangan masyarakat,
(4) cara komunikasi atar personel menghambat proses PCR dengan dan (4) tindakan klinis yang akan
laboratorium[5]. Genom asing yang cara (1) mengintervensi fungsi Taq diberikan pada pasien yang
tebawa pada saat PCR bisa berasal polimerase sebagian atau secara mengalami suatu penyakit
dari tiga sumber yaitu udara, air menyeluruh dan (2) menjerap tertentu. Dewasa ini semua
atau komponen dan alat PCR. salah satu komponen PCR (primer, kegiatan diagnosis molekuler yang
dNTP, kofaktor, dan templet terdapak oleh penggunaan
Kontaminasi alat dan komponen genom) sehingga proses metode amplifikasi asam nukleat
PCR atau bahkan cuplikan yang amplifikasi tidak berlangsung[9]. seperti Allele‐specific PCR, ARMS‐
menjadi sumber DNA target bisa Inhibitor PCR bisa berasal dari PCR, direct sequencing dan RFLP‐
disebakan karena sirkulasi udara berbagai sumber seperti (1) PCR:
laboratorium yang buruk. Tidak komponen‐komponen biologi, (2) a. dikembangkan dan
jarang personel laboratorium reagen atau larutan kimia, dan (3) dioptimalisasi menggunakan
melakukan kegiatan PCR tanpa peralatan yang digunakan untuk PCR kit yang rentan akan
mengindahkan aspek sterilitas kegiatan PCR. Saat ini, inhibitor sumber bio‐kontaminan
lingkungan meskipun secara PCR masih menjadi isu hangat bawaan
teknis personel tersebut sudah dalam pengembangan metode b. dilakukan tanpa
menerapkan prosedur steril pada deteksi cepat berbasis amplifikasi memperhatikan Good
dirinya. Oleh sebab itu kegiatan asam nukleat pada pangan Laboratorium Practice
PCR yang mengikuti prosedur (foodborn contamination), atau c. diterapkan proses ekstrasi
steril yang ketat dan menggunakan liquid biopsy untuk material genetika yang tidak
komprehensif seperti Good tujuan deteksi cancer[10,11]. disesuaikan dengan jenis
Laboratorium Practice perlu Tantang ini bisa dipencahkan matrik biologis pembawanya
diterapkan di laboratorium yang melalui (1) pengembangan sistem

28

sehingga diduga banyak hasil
simpulan yang kontradiktif
disebabkan karena hasil
positif atau negatif palsu PCR.
Studi genotiping pada kutu
Dermacentor variabilis
menggunakan PCR telah
ditemukan sebanyak 29%
potensi negatif palsu PCR
yang disebabkan oleh
contaminasi darah inang
(anjing) dan berimplikasi
pada validitas data
Tabel 1. Metode eliminasi bio-kontaminan pada beberapa diagnosis molekuler berbasis PCR
epidemiologi terkait sebaran
varian kutu D. variabilis pada
berbagai inangnya[13]. Pada
bidang forensik, metode PCR
sering dilibatkan untuk
analisa material genetika
yang diambil dari jaringan
korban seperti darah, kuku
atau rambut. Pada kasus‐
kasus seperti ini penerapan
metode PCR yang tidak tegak
bisa berdampak pada
kesimpulan yang tidak solid
dalam mengungkap suatu
kejahatan[14]. Metode PCR
untuk deteksi infeksi seperti
pada penelitiannya Boyd et
al[15] akibat Human papiloma
Virus (HVP) pada lichen
planus awalnya memberikan
hasil yang cukup memuaskan
dimana kesesuain hasil
dengan metode gold
standard (in situ
hybridization) cukup tinggi
namun setelah ditelaah lebih
dalam hasil positif PCR pada
jaringan yang diduga terkena
HPV merupakan jaringan
yang sudah terkontaminasi
oleh jaringan lain yang positif
HPV. Dampak signifikan pada
diagnosis klinis akibat
kontaminasi DNA pada PCR
yaitu kesalahan pemberian
tindakan medis pada pasien
yang diduga terinfeksi
Borrelia burgdorferi
yangberujung kematian[16].
Deteksi dan metode eliminasi
bio-kontaminan
Metode deteksi berbasis
amplifikasi asam nukleat yang
tangguh dan tegak merupakan
syarat mutlak untuk tujuan
diagnostik penelitian maupun
klinis dimana validitas data yang
29
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017
dihasilkan tidak menimbulkan
bias[17-20]. Adanya bio‐kontaminan
di dalam proses PCR
menyebabkan dua karakteristik
yang harus mejadi ciri sebuah
metode deteksi menjadi pudar
akibat positif palsu maupun
negatif palsu PCR. Oleh sebab itu,
langkah paling awal dalam
mengembangkan suatu metode
deteksi berbasis amplifikasi asam
nukleat yaitu melakukan deteksi
bio‐kontaminan dan menerapkan
metode eliminasi terhadap
sumber‐sumber yang menjadi
faktor‐faktor resiko timbulnya
kontaminasi[21]. Pendekatan dalam
deteksi bio‐kontaminan akan
berbeda bergantung pada
jenisnya. Secara teknis, genom
asing bisa dideteksi melalui PCR
tanpa penambahan templet DNA
sedangkan inhibitor PCR bisa
dideteksi melalui pendekatan
kromatografi atau spektroskopi
melalui penetapan kemurnian
DNA hasil ektrasi. Adapun Proses
eliminasi bio‐kontaminan
dilakukan melalui tiga metode
yaitu fisika, kimia dan biokimia.
Namun demikian, cara efektif
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017

dalam menghilangkan bio‐ Pemaparan sinar ultraviolet pada sehingga sangat berpengaruh
kontaminan yaitu semua alat dan komponen PCR pada derajat eliminasi dari bio‐
menggabungkan dua atau tiga pendekatan yang umum kontaminan yang
metode sekaligus untuk digunakan iuntuk menghilangkan dikandungnya[43]. Pemilihan
mengkonpensasi kemungkinan genom asing yang berasal dari prosedur ektrasi yang tidak tepat
kurang optimalnya salah satu lingkungan[38]. Namun demikian, bisa menyebabkan material
metode akibat kehadiran bio‐ metode ini tidak dianjurkan untuk genetika yang sudah termurnikan
kontaminan yang lebih dari satu dekontaminasi larutan Taq masih bisa membawa bio‐
dalam suatu komponen PCR polymerase karena sifat sinar kontaminan. Modifikasi prosedur
maupun lingkungan[22]. Tabel 1 ultraviolet yang bisa isolasi telah banyak dilakukan
diringkas beberapa hasil mendenaturasi protein[39]. dengan tujuan untuk
penelitian terkait penerapan Metode alternatif yaitu mendapatkan material genetika
metode eliminasi bio‐kontaminan penambahan DNAse I pada yang cukup murni agar memenuhi
pada diganosis berbasis campuran reaksi PCR sebelum kriteria analisa diagnosis berbasis
amplifikasi asam nuleat. digunakan untuk amplifikasi amplifikasi asam nukleat[44].
DNA[24]. Dnase I cukup ampuh Penetapan rasio A260 terhadap
(a) Bio-kontaminan genom asing dalam mendegradasi genom asing A280 dengan spektrofotometer
dan carry-over yang terdapat dalam komponen‐ dari material genetika merupakan
komponen PCR. Namun pada cara sederhana untuk mengetahui
PCR Non-Template Control (NTC) beberapa kasus, enzim ini bisa keberadaan bio‐kontaminan[45].
merupakan metode sederhana menjadi inhibitor Taq polimerase Metode eliminasi inhibitor dari
untuk mengevaluasi bio‐ sehingga optimasi unit enzim matrik biologi bisa menggunakan
kontaminan yang bertujuan untuk terbaik untuk mendapatkan hasil racikan sendiri (in-lab custome)
mengetahui tingkat sterilitas eliminasi bio‐kontaminan atau menggunakan kit DNA
kegiatan PCR yang ditandai oleh optimum tanpa memicu inhibisi ekstrasi. Pemilihan metode mana
muncul tidaknya produk PCR hasil PCR menjadi penting[40]. Eliminiasi yang cocok akan disesuaikan
dari amplifikasi fragmen gen asal bio‐kontaminan carry-over dapat dengan kebutuhan masing‐masing
genom asing atau carry-over di dilakukan dengan dua protokol laboratorium. Genotiping dengan
dalam proses PCR. Genom asing yaitu (1) mengganti dNTP dengan keterlibatan banyak sampel maka
yang berasal dari lingkungan dUTP pada larutan PCR, dan (2) penggunaan kit DNA ekstraksi
dapat dideteksi dengan mengganti primer yang lebih disukai karena
melakukan PCR pada dua kondisi mengandung basa timin dengan kepraktisannya serta dapat
yang berbeda yaitu kegiatan PCR urasil kemudian carry-over DNA mengurangi kemungkinan
pada ruang terbuka dan kondisi yang mengandung urasil kontaminasi silang genom asing
lainnya dilakukan di dalam PCR dihilangkan dengan Urasil DNA dari lingkungan. Sedangkan untuk
[35]
cabinet . Munculnya produk PCR Glycosylase (UNG) sebelum tujuan penelitian, metode in-lab
hanya pada kondisi pertama dilakukan proses PCR [41]. Ketepan custome lebih disukai karena
menandakan adanya kontaminasi waktu dan suhu untuk inaktivasi keterbatasan anggaran penelitian
lingkungan. Sumber bio‐ UNG pada aplikasi dUTP/UNG yang ada dengan tetap
kotaminan carry-over bisa untuk menghilangkan bio‐ diperhatikan faktor‐faktor resiko
ditemukan pada hampir semua contaminan carry-over memegang yang bisa menimbulkan
sumber daya yang digunakan pada peranan penting dalam tegaknya kontaminasi silang. Saat ini
kegiatan PCR[36]. Bio‐kotaminan diagnosis berbasis PCR[42]. banyak pengembangkan metode
jenis ini muncul disebabkan oleh in-lab custome untuk
ketidakpatuhan personel (b) Bio-kontaminan inhibitor PCR mendapatkan tingkat kemurnian
laboratorium dalam menerapkan yang mendekati kit DNA ekstrasi
prosedur PCR yang tepat dan Pada kegiatan PCR, tahapan komersial. Metode purifikasi
benar, seperti terjadi kontaminasi ekstrasi material geentika menjadi material genetika yang
silang larutan DNA templet tahapan penting dalam eliminasi dikembangkan oleh Sun et al[46]
dengan larutan penyangga PCR inhibitor PCR yang dibawa oleh cukup impresif dalam
atau terjadi tumpahan pada matrik biologi. Prosedur ini sangat menghilangkan bio‐kontaminan
permukaan PCR cabinet yang tidak beragam bergantung dari tipe dari material genetika tanpa
segera dilakukan sterilisasi[22,37]. matrik biologi yang digunakan menggangu proses hilis

30

berikutnya seperti PCR yaitu
menggunakan teknik DNA
eletroforesis digabung dengan
teknik purifikasi kolom dengan
bahan dasar kapas. Selain
menyederhanakan proses
purifikasi yang sebelumnya cukup
rumit, metode ini memberikan
solusi bagi laboratorium
molekuler yang masih dalam
proses berkembang atau para
peneliti yang melakukan
penelitian genetika, forensik, klinis
dimana material genetika yang
akan dianalisis memerlukan
tingkat kemurnian yang cukup
tinggi.
Simpulan
Bio‐kontaminan sampai saat ini
masih menjadi problematika
dalam pengembangan metode
molekuler berbasis amplifikasi
asam nukleat. Beragamnya faktor
risiko yang memicu terjadinya
kontaminasi perlu diketahui untuk
meminimalkan terjadinya positif
palsu atau negatif palsu PCR yang
memberi dampak signifikan baik
pada penelitian maupun
diagnostik klinis. Indentifikasi
jenis‐jenis bio‐kontaminan pada
tiap faktor resiko serta tindakan
tepat untuk eliminasinya
merupakan kunci awal dalam
proses pengembangan diagnostik
berbasis amplifikasi asam nukleat
yang tangguh dan tegak.
Daftar Pustaka
Garibyan, L., & Avashia, N. (2013).
Polymerase chain reaction.
Journal of Investigative
Dermatology, 133(3), 1‐4.
Deepak, S. A., Kottapalli, K. R., Mühl, H., Kochem, A. J., Disqué,
Rakwal, R., Oros, G.,
Rangappa, K. S., Iwahashi, H.,
and Agrawal, G. K. (2007).
Real‐time PCR:
revolutionizing detection and
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017
expression analysis of genes. rDNA real‐time polymerase
Current genomics, 8(4), 234‐ chain reaction detection of
251. bacterial pathogens in blood.
Diagnostic microbiology and
Valones, M. A. A., Guimarães, R. infectious disease, 66(1), 41‐
L., Brandão, L. A. C., Souza, P. 49.
R. E. D., Carvalho, A. D. A. T.,
& Crovela, S. (2009). Schrader, C., Schielke, A.,
Principles and applications of Ellerbroek, L., & Johne, R.
polymerase chain reaction in (2012). PCR inhibitors–
medical diagnostic fields: a occurrence, properties and
review. Brazilian Journal of removal. Journal of applied
Microbiology, 40(1), 1‐11. microbiology, 113(5), 1014‐
1026.
Butler, J. M. (2015). The future of
forensic DNA analysis. Phil. Bell, R. L., Jarvis, K. G., Ottesen, A.
Trans. R. Soc. B, 370(1674), R., McFarland, M. A., &
20140252. Brown, E. W. (2016). Recent
and emerging innovations in
Borst, A., Box, A. T. A., & Fluit, A. Salmonella detection: a food
C. (2004). False‐positive and environmental
results and contamination in perspective. Microbial
nucleic acid amplification biotechnology, 9(3), 279‐292.
assays: suggestions for a
prevent and destroy strategy. Takai, E., & Yachida, S. (2016).
European journal of clinical Circulating tumor DNA as a
microbiology and infectious liquid biopsy target for
diseases, 23(4), 289‐299. detection of pancreatic
cancer. World journal of
Hilali, F., Saulnier, P., Chachaty, E., gastroenterology, 22(38),
& Andremont, A. (1997). 8480.
Decontamination of
polymerase chain reaction Hall, A. T., Zovanyi, A. M.,
reagents for detection of low Christensen, D. R., Koehler, J.
concentrations of 16S rRNA W., & Minogue, T. D. (2013).
genes. Molecular Evaluation of inhibitor‐
biotechnology, 7(3), 207‐216. resistant real‐time PCR
methods for diagnostics in
Newsome, T., Li, B. J., Zou, N., & clinical and environmental
Lo, S. C. (2004). Presence of samples. PloS one, 8(9),
bacterial phage‐like DNA e73845.
sequences in commercial Taq
DNA polymerase reagents. Dharmarajan, G., & Rhodes, O. E.
Journal of clinical (2011). Evaluating levels of
microbiology, 42(5), 2264‐ PCR efficiency and
2267. genotyping error in DNA
extracted from engorged and
non‐engorged female
C., & Sakka, S. G. (2010). Dermacentor variabilis ticks.
Activity and DNA Medical and veterinary
contamination of commercial entomology, 25(1), 109‐112.
polymerase chain reaction
reagents for the universal 16S
31
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017
Decorte, R., & Cassiman, J. J.
(1993). Forensic medicine
and the polymerase chain
reaction technique. Journal of
medical genetics, 30(8), 625.
Boyd AS, Annarella M, Rapini RP,
Adler‐Storthz K, Duvic
M(1996) False‐positive
polymerase chain reaction
results forhuman
papillomavirus in lichen
planus. Potential
laboratorypitfalls of this
procedure. J Am Acad
Dermatol 35:42–46.
Patel R, Grogg KL, Edwards WD,
Wright AJ, Schwenk
NM(2000) Death from
inappropriate therapy for
Lyme disease. Clin Infect Dis
31:1107–1109 13.
Paredes, R., Marconi, V. C.,
Campbell, T. B., & Kuritzkes,
D. R. (2007). Systematic
evaluation of allele‐specific
real‐time PCR for the
detection of minor HIV‐1
variants with pol and env
resistance mutations. Journal
of virological methods,
146(1), 136‐146.
Wallon, M., Franck, J., Thulliez, P.,
Huissoud, C., Peyron, F.,
Garcia‐Meric, P., & Kieffer, F.
(2010). Accuracy of real‐time Heininger, A., Binder, M., Ellinger,
polymerase chain reaction
for Toxoplasma gondii in
amniotic fluid. Obstetrics &
Gynecology, 115(4), 727‐733.
Koyuncu, S., Andersson, M. G., &
Häggblom, P. (2010).
Accuracy and sensitivity of
commercial PCR‐based
methods for detection of
Salmonella enterica in feed.
Applied and environmental
microbiology, 76(9), 2815‐
2822.
Cook, L., Diem, K., Kim, W., Scott,
J. D., & Jerome, K. R. (2012).
Allele‐specific PCR for
determination of IL28B
genotype. Journal of clinical
microbiology, 50(12), 4144‐
4146.
Al‐Soud, W. A., Jönsson, L. J., &
Rådström, P. (2000).
Identification and
characterization of
immunoglobulin G in blood
as a major inhibitor of
diagnostic PCR. Journal of
Clinical Microbiology, 38(1),
345‐350.
Champlot, S., Berthelot, C.,
Pruvost, M., Bennett, E. A.,
Grange, T., & Geigl, E. M.
(2010). An efficient
multistrategy DNA
decontamination procedure
of PCR reagents for
hypersensitive PCR
applications. PLoS One, 5(9),
e13042.
Budiarto, B. R., and Desriani.
(2016). Dataset reporting
detection of breast cancer‐
related HER2 I655V
polymorphism using allele‐
specific polymerase chain
reaction. Data in brief, 9,
689‐695.
A., Botzenhart, K., Unertl, K.,
& Döring, G. (2003). DNase
pretreatment of master mix
reagents improves the
validity of universal 16S rRNA
gene PCR results. Journal of
clinical microbiology, 41(4),
1763‐1765.
Tetzner, R. (2009). Prevention of
PCR cross‐contamination by
UNG treatment of bisulfite‐
treated DNA. DNA
32
Methylation: Methods and
Protocols, 357‐370.
Faber, K. L., Person, E. C., &
Hudlow, W. R. (2013). PCR
inhibitor removal using the
NucleoSpin® DNA Clean‐Up
XS kit. Forensic Science
International: Genetics, 7(1),
209‐213.
Norén, L., Hedell, R., Ansell, R., &
Hedman, J. (2013).
Purification of crime scene
DNA extracts using
centrifugal filter devices.
Investigative genetics, 4(1), 8.
Barbarić, L., Bačić, I., & Grubić, Z.
(2015). Powdered Activated
Carbon: An Alternative
Approach to Genomic DNA
Purification. Journal of
forensic sciences, 60(4), 1012‐
1015.
Wolffs, P., Norling, B., &
Rådström, P. (2005). Risk
assessment of false‐positive
quantitative real‐time PCR
results in food, due to
detection of DNA originating
from dead cells. Journal of
Microbiological Methods,
60(3), 315‐323.
Wolffs, P., Knutsson, R., Norling,
B., & Rådström, P. (2004).
Rapid quantification of
Yersinia enterocolitica in pork
samples by a novel sample
preparation method,
flotation, prior to real‐time
PCR. Journal of clinical
microbiology, 42(3), 1042‐
1047.
Lund, M., Nordentoft, S.,
Pedersen, K., & Madsen, M.
(2004). Detection of
Campylobacter spp. in
chicken fecal samples by real‐
time PCR. Journal of clinical

microbiology, 42(11), 5125‐
5132.
Handschur, M., Karlic, H., Hertel,
C., Pfeilstöcker, M., &
Haslberger, A. G. (2009).
Preanalytic removal of
human DNA eliminates false
signals in general 16S rDNA
PCR monitoring of bacterial
pathogens in blood.
Comparative immunology,
microbiology and infectious
diseases, 32(3), 207‐219.
Shyamala, V., Arcangel, P.,
Cottrell, J., Coit, D., Medina‐
Selby, A., McCoin, C., and
Phelps, B. (2004). Assessment
of the target‐capture PCR
hepatitis B virus (HBV) DNA
quantitative assay and
comparison with commercial
HBV DNA quantitative assays.
Journal of clinical
microbiology, 42(11), 5199‐
5204.
Freidin, M. B., Freydina, D. V.,
Leung, M., Fernandez, A. M.,
Nicholson, A. G., & Lim, E.
(2015). Circulating tumor
DNA outperforms circulating
tumor cells for KRAS
mutation detection in
thoracic malignancies.
Clinical chemistry, 61(10),
1299‐1304.
Witt, N., Rodger, G.,
Vandesompele, J., Benes, V.,
Zumla, A., Rook, G. A., &
Huggett, J. F. (2009). An
assessment of air as a source
of DNA contamination
encountered when
performing PCR. Journal of
biomolecular techniques: JBT,
20(5), 236.
Kwok, S. A., & Higuchi, R. (1989).
Avoiding false positives with
PCR. Nature, 339, 237‐238.
Valentine‐Thon, E. (2002). Quality
control in nucleic acid
testing—where do we
stand?. Journal of clinical
virology, 25, 13‐21.
Tamariz, J., Voynarovska, K., Prinz, Hu, Q., Liu, Y., Yi, S., & Huang, D.
M., & Caragine, T. (2006). The
application of ultraviolet
irradiation to exogenous
sources of DNA in plasticware
and water for the
amplification of low copy
number DNA. Journal of
forensic sciences, 51(4), 790‐
794.
Corless, C. E., Guiver, M., Borrow,
R., Edwards‐Jones, V.,
Kaczmarski, E. B., & Fox, A. J.
(2000). Contamination and
sensitivity issues with a real‐
time universal 16S rRNA PCR.
Journal of clinical
microbiology, 38(5), 1747‐
1752.
Silkie, S. S., Tolcher, M. P., &
Nelson, K. L. (2008). Reagent
decontamination to eliminate
false‐positives in Escherichia
coli qPCR. Journal of
microbiological methods,
72(3), 275‐282.
Longo, M. C., Berninger, M. S., &
Hartley, J. L. (1990). Use of
uracil DNA glycosylase to
control carry‐over
contamination in polymerase
33
BioTrends Vol.8 No.1 Tahun 2017
chain reactions. Gene, 93(1),
125‐128.
Ritzler, M., Perschil, I., & Altwegg,
M. (1999). Influence of
residual uracil‐DNA
glycosylase activity on the
electrophoretic migration of
dUTP‐containing PCR
products. Journal of
microbiological methods,
35(1), 73‐76.
(2015). A comparison of four
methods for PCR inhibitor
removal. Forensic Science
International: Genetics, 16,
94‐97.
Psifidi, A., Dovas, C. I., Bramis, G.,
Lazou, T., Russel, C. L.,
Arsenos, G., & Banos, G.
(2015). Comparison of eleven
methods for genomic DNA
extraction suitable for large‐
scale whole‐genome
genotyping and long‐term
DNA banking using blood
samples. PLoS One, 10(1),
e0115960.
Khare, P., Raj, V., Chandra, S., &
Agarwal, S. (2014).
Quantitative and qualitative
assessment of DNA extracted
from saliva for its use in
forensic identification.
Journal of forensic dental
sciences, 6(2), 81.
Sun, Y., Sriramajayam, K., Luo, D.,
& Liao, D. J. (2012). A quick,
cost‐free method of
purification of DNA
fragments from agarose gel. J
Cancer, 3, 93‐95.