Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

tanaman

Tinjauan

Amplifikasi Isotermal yang Dimediasi Loop: Prinsip dan

Aplikasi dalam Virologi Tumbuhan
Stefano Panno1,*,†, Slavia Matić2,†, Antonio Tiberini3,†, Andrea Giovanni Caruso1,† ,
Patrizia Bella1, Livio Torta1 , Raffaele Stassi1dan Salvatore Davino1,4,*
1 Departemen Ilmu Pertanian, Pangan dan Kehutanan, Universitas Palermo, 90128 Palermo, Italia;
andreagiovanni.caruso@unipa.it (AGC); patrizia.bella@unipa.it (PB); livio.torta@unipa.it (LT);
stassiraf@gmail.com (RS)
2 Departemen Ilmu Pertanian, Kehutanan dan Pangan, Universitas Turin, 10095 Turin, Italia;
slavica.matic@unito.it
3 Dewan Penelitian dan Ekonomi Pertanian, Pusat Penelitian Perlindungan dan Sertifikasi Tanaman, 00156
Roma, Italia; antonio.tiberini@crea.gov.it
4 Institut Perlindungan Tanaman Berkelanjutan, Dewan Riset Nasional (IPSP-CNR), 10135 Turin, Italia
* Korespondensi: stefano.panno@unipa.it (SP); salvatore.d avino@unipa.it (SD);
Telp: +39-0912-389-6049 (SP & SD)
† Para penulis ini memberikan kontribusi yang sama untuk pekerjaan ini.

---- -
Diterima: 6 Maret 2020; Diterima: 2 April 2020; Diterbitkan: 6 April 2020 ---

Abstrak:Dalam beberapa dekade terakhir, evolusi metode diagnosis molekuler telah menghasilkan berbagai alat
canggih, seperti amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP). Saat ini, teknik ini merupakan teknik yang sudah
mapan, diterapkan di berbagai bidang, seperti kedokteran, pertanian, dan industri makanan, karena
kesederhanaan, spesifisitas, kecepatan, dan upaya berbiaya rendah. LAMP adalah amplifikasi asam nukleat dalam
kondisi isotermal, yang sangat kompatibel dengan analisis point-of-care (POC) dan berpotensi meningkatkan
diagnosis dalam perlindungan tanaman. Keuntungan besar dari LAMP telah menyebabkan beberapa peningkatan
untuk mengimplementasikan teknik ini. Dalam tinjauan ini, penulis memberikan gambaran umum yang melaporkan
secara rinci langkah-langkah LAMP yang berbeda, dengan fokus pada perancangan dan karakteristik utama dari
rangkaian primer, berbagai metode visualisasi hasil, evolusi dan bidang aplikasi yang berbeda, melaporkan secara
rinci penerapan LAMP dalam virologi tanaman, dan keuntungan utama dari penggunaan teknik ini.

Kata kunci:amplifikasi isotermal yang dimediasi loop; LAMPU;BstDNA polimerase; primer; pemantauan
waktu nyata; virus; viroid; virologi tanaman

1. Perkenalan

1.1. Kemajuan dalam Diagnostik Virus Tanaman

Tahun 1977 mewakili titik balik untuk diagnosis penyakit virus tanaman (atau diagnostik virus). Faktanya,
di tahun ini [1], metode enzim-linked immunosorbent assay (ELISA) pertama diterbitkan untuk mendeteksi virus
cacar plum (PPV) dan virus mosaik arabis (ArMV). Teknik ini memproyeksikan diagnosis dalam virologi
tumbuhan ke era baru. Sebelum metode ELISA, diagnosis penyakit virus tanaman secara eksklusif dilakukan
oleh spesialis dengan pengalaman bertahun-tahun dalam mendeskripsikan dan mengumpulkan gejala virus
pada inang yang berbeda. Selain itu, beberapa teknik yang diketahui didasarkan pada teknik yang rumit,
mahal, dan memakan waktu, seperti uji bio pada tanaman indikator. Sejak diperkenalkan, ELISA telah
merevolusi diagnosis virus, berkat waktu deteksi yang singkat, terutama jika terkait dengan pengindeksan
pada tanaman indikator. Dalam beberapa tahun, metode ELISA telah menjadi alat utama

Tanaman2020,9, 461; doi:10.3390/tanaman9040461 www.mdpi.com/journal/plants

Tanaman2020,9, 461 2 dari 28

untuk diagnosis virus di berbagai bidang aplikasi, seperti diagnosis penyakit tanaman, pemuliaan, karantina,
dan program sertifikasi [2].
Langkah maju penting lainnya dalam diagnosis virologi tanaman adalah diperkenalkannya teknik berbasis
asam nukleat, khususnya reaksi berantai polimerase (PCR) [3]. Teknik ini memungkinkan deteksi patogen
seperti viroid, fitoplasma berbeda, atau virus, yang antibodinya tidak tersedia. Selain itu, metode berbasis PCR
memberikan kemungkinan untuk melakukan pengujian tunggal atau multipleks [4–7]. Sampai saat ini, dari
makalah pertama yang menjelaskan metode PCR untuk mendeteksi virus pada tahun 1990 [8], 574.939
makalah telah diterbitkan di PubMed [9]. Selain tes ELISA, teknik PCR banyak digunakan di laboratorium
diagnostik, meskipun memiliki banyak keterbatasan, seperti (i) peralatan analisis yang mahal; (ii) kebutuhan
personel yang mempunyai keahlian tinggi; (iii) ruangan yang berbeda untuk persiapan sampel; (iv) kontaminasi
pasca PCR; dan (v) biaya per analisis tunggal kira-kira dua kali lipat dibandingkan tes ELISA. Semua masalah ini
dapat dilewati untuk diagnosis rutin melalui penggunaan metode berbasis hibridisasi asam nukleat [10],
meskipun teknologi ini belum terlalu berhasil karena terbatasnya ketersediaan probe khusus. Sebuah tonggak
sejarah dalam diagnosis virologi tanaman adalah metode berbasis PCR real-time, yang awalnya dikembangkan
untuk analisis ekspresi gen dalam studi genetik, dan kemudian untuk aplikasi diagnostik [11–14]. Namun,
tingginya biaya thermocycler real-time, serta kebutuhan laboratorium dengan ruangan terpisah dan personel
yang sangat terampil, merupakan faktor pembatas utama yang tidak memungkinkan teknik ini menjadi teknik
rutin. Dalam konteks ini, perlu dilakukan identifikasi teknik lain yang berhubungan dengan kemudahan
penggunaan ELISA, dan keakuratan PCR.

Sebuah langkah maju yang signifikan dalam arah ini telah dibuat dengan pengembangan teknik
amplifikasi isotermal, yang mana amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP) [15] tentu saja merupakan
salah satu yang mengalami kesuksesan terbesar saat ini.

1.2. Amplifikasi Isotermal yang Dimediasi Loop (LAMP)

LAMP adalah metode amplifikasi asam nukleat yang awalnya dirancang dan dikembangkan oleh Notomi
dan rekan kerjanya [15] untuk memperkuat wilayah DNA spesifik virus hepatitis B (HBV) dalam kondisi
isotermal. Prosedur ini memungkinkan deteksi target yang dipilih secara cepat, sensitif, dan spesifik sehingga
membuka kemungkinan baru di bidang diagnostik. Sejak laporan pertama ini, penerapan LAMP semakin
banyak digunakan dan diadopsi sebagai metode alternatif dibandingkan metode berbasis PCR. LAMP
sebenarnya terus diterapkan di industri obat-obatan, pertanian, dan pangan, dengan pendekatan yang
mencakup skrining mutasi strain virus dan bakteri, analisis mutasi yang resisten terhadap fungisida, analisis
mikro RNA, identifikasi obat herbal, vektor patogen tanaman. identifikasi, analisis polimorfisme nukleotida
tunggal, dan deteksi organisme hasil rekayasa genetika [16–20]. Alasan pengembangan metodologi LAMP
didasarkan pada upaya untuk mengatasi beberapa kelemahan PCR konvensional, suatu metode yang
memerlukan perolehan peralatan berbiaya tinggi yang dikenal sebagai thermal cycler. Perlunya ketelitian yang
tinggi dalam jalur pemanasan/pendinginan dan suhu kadang-kadang menyebabkan hilangnya spesifisitas yang
sesuai untuk identifikasi target yang dipilih [15]. Selain itu, enzim polimerase cukup sensitif terhadap inhibitor
yang biasanya terdapat dalam ekstrak asam nukleat, terutama yang diisolasi dari matriks tumbuhan [21].
Sebaliknya, amplifikasi isotermal oleh LAMP tidak memerlukan peralatan spesifik apa pun, namun memberikan
spesifisitas tinggi karena penggunaan empat hingga enam primer yang mengenali antara enam hingga
delapan wilayah independen, yang semuanya ditujukan pada wilayah target tertentu. Selain itu, ketahanan
enzim yang digunakan dalam metodologi LAMP mengurangi masalah inhibitor [15,22–24]. Keuntungan LAMP
karena mudah diadaptasi untuk analisis di tempat perawatan menjadikan teknik ini metode yang valid untuk
survei atau program karantina yang memerlukan analisis yang cepat, andal, dan spesifik.

2. Prinsip LAMPU

Teknik LAMP didasarkan pada siklus otomatis dan aktivitas perpindahan untai DNA tinggi yang
dimediasi olehBstpolimerase dariGeobacillus stearothermophilus, dalam kondisi isotermal. Reaksinya
Tanaman2020,9, 461 3 dari 28

terdiri dari dua langkah: langkah awal dan kombinasi langkah amplifikasi bersepeda dengan
langkah pemanjangan/daur ulang [22]. Amplifikasi isotermal dilakukan pada 60–65◦C, suhu optimal
untukBstaktivitas polimerase [25]. Dalam studi perintis Notomi dan rekan kerja [15], reaksi LAMP
menggunakan empat primer yang mampu mengenali enam urutan berbeda dalam DNA virus HBV
target. Keempat primer tersebut terdiri atas dua primer dalam (forward inner primer (FIP) dan
backward inner primer (BIP)) serta dua primer luar (forward outer primer (F3) dan backward inner
primer (B3)). Primer bagian dalam terdiri dari dua sekuens berbeda yang mengenali sekuens sense
dan antisense dari DNA target, sedangkan primer luar hanya mengenali satu sekuens eksternal
dari DNA target.15].

2.1. Pertimbangan Umum

2.1.1. Langkah awal

Langkah awal dilakukan pada 65◦C, pada suhu ini, primer mampu melakukan anil ke urutan tertentu [15,
23]. Primer bagian dalam depan berhibridisasi dengan urutan target terbalik asli dan sintesis untai depan baru
dimulai dari urutan 3'ujungnya diapit oleh primer bagian dalam depan. Kemudian, primer luar yang maju
berhibridisasi lagi dengan urutan target terbalik yang sama dan sintesis untai maju yang baru ini berlanjut
sampai enzim menemukan 5'ujung untaian pertama dibuat dengan menggunakan primer bagian dalam
(Gambar1). Selanjutnya, karena sifat enzim yang digunakan dalam LAMP, terjadi perpindahan untai dari untai
depan pertama yang dihasilkan oleh penggunaan primer bagian dalam ke depan. Untai yang terpisah ini
menciptakan loop hibridisasi mandiri di salah satu ujungnya karena adanya komplementaritas urutan terbalik
dari primer bagian dalam ke urutan target. Ini juga berfungsi sebagai cetakan untuk primer dalam terbalik dan
primer luar terbalik, yang, dengan cara yang sama, akan menghasilkan perpindahan untai dari untai depan,
sehingga menciptakan struktur DNA seperti halter [15,22].

Gambar 1.Peta khas untuk posisi set primer amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP) dan
homologi urutan yang sesuai. Untuk setiap primer, warna yang sama mewakili urutan yang sesuai
dalam target. Urutan primer sesuai dengan urutan komplementer terbalik dari wilayah target. (FIP:
primer dalam ke depan; F3: primer luar ke depan; FL: primer loop F-Loop; BL: primer loop B-Loop;
B3: primer luar ke belakang; BIP: primer dalam ke belakang).

2.1.2. Langkah Amplifikasi dan Pemanjangan Bersepeda

Selama fase ini, primer bagian dalam depan berhibridisasi ke loop untai yang terbentuk selama langkah
awal dan memfasilitasi perpindahan untai untuk menghasilkan untai baru dengan salinan urutan target yang
terbalik di daerah batang dan loop di sisi yang berlawanan. Selanjutnya, untai self-primed
Tanaman2020,9, 461 4 dari 28

sintesis DNA perpindahan menghasilkan dua produk, satu untai komplementer dan untai lainnya dengan batang
memanjang ganda sepanjang aslinya dan loop di lokasi yang berlawanan. Kedua untaian tersebut kemudian
digunakan sebagai templat untuk sintesis perpindahan untai dengan priming terbalik pada langkah pemanjangan
dan daur ulang berikutnya. Hal ini memungkinkan amplifikasi tiga kali lipat dari urutan target pada setiap setengah
siklus [15,22]. Karena tingginya aktivitas perpindahanBstDNA polimerase, sejumlah besar DNA dengan berat molekul
tinggi dihasilkan dengan cepat [26–28]. Hal ini memungkinkan amplifikasi DNA target hingga 109salinan dalam waktu
kurang dari satu jam. Akhirnya, DNA loop batang dengan panjang berbeda dan struktur mirip kembang kol yang
memiliki banyak loop dihasilkan [29].

2.1.3. Akselerasi LAMPU

Untuk mempercepat reaksi, dua primer tambahan, yang diberi nama loop primer (loop maju (LF), loop
mundur (LB)) dapat dimasukkan [24]. Primer-primer ini berhibridisasi dengan loop batang, kecuali loop yang
dihibridisasi oleh primer bagian dalam dan sintesis DNA perpindahan untai utama.24]. Saat ini, enam primer
digunakan secara luas dalam banyak protokol diagnostik untuk memungkinkan spesifisitas dan sensitivitas
yang lebih baik.30–32].
Penerapan lain dari metodologi ini didasarkan pada kemampuanBstpolimerase untuk mentoleransi
berbagai jenis inhibitor.33]. Dengan demikian, beberapa protokol dalam patologi tanaman dikembangkan, di
mana getah tanaman mentah digunakan sebagai templat. Penerapan ini mempercepat waktu diagnosis,
menghindari langkah sebelumnya untuk persiapan sampel dan pemurnian DNA atau RNA [26,34–39]. Dengan
cara ini, waktu diagnosis dipercepat selama 2-3 jam, yang diperlukan untuk menyelesaikan ekstraksi DNA/RNA
organisme target. Pada saat yang sama, biaya reaksi LAMP berkurang tanpa memerlukan peralatan ekstraksi
asam nukleat yang mahal [36,40]. Faktanya, biaya tes LAMP sekitar $3, menjadikan tes ini sangat murah dan
dapat digunakan secara luas, terutama jika dibandingkan dengan biaya titik akhir PCR konvensional, yang
memerlukan biaya setidaknya $12, karena diperlukan untuk melakukan ekstraksi asam nukleat. , uji PCR, dan
elektroforesis.

3. Pertimbangan Umum dan Khusus untuk Desain Primer

Dalam semua metode berbasis amplifikasi asam nukleat, desain primer dan/atau probe adalah salah satu
faktor paling penting yang mempengaruhi keberhasilan dan kualitas hasil [41]. Desain primer LAMP
memerlukan pemilihan delapan daerah berbeda dari rangkaian asam nukleat target.
Perhatian yang signifikan harus diberikan untuk menghindari pembentukan dimer di antara primer,
terutama untuk primer FIP dan BIP, yang umumnya memiliki panjang sekitar 40 nukleotida. FIP terdiri dari
urutan F2 (pada 3'ujung) yang melengkapi daerah F2c, dan sekuens yang sama dengan daerah F1c pada 5-nya'
akhir. BIP terdiri dari urutan B2 (pada 3'ujung) yang melengkapi daerah B2c, dan barisan yang sama
dengan daerah B1c pada 5-nya'akhir. Primer LF dirancang menggunakan untai komplementer yang
sesuai dengan daerah antara F1 dan F2, sedangkan primer LB dirancang menggunakan untai
komplementer yang sesuai dengan daerah antara B1 dan B2 [15] (Angka1).

Faktor Kunci untuk Desain Primer

Beberapa faktor kunci harus dipertimbangkan untuk merancang primer, seperti panjang primer, %
kandungan Guanin dan Sitosin (GC) (kisaran kandungan GC optimal antara 40% dan 60%), tidak ada pengikatan
spesifik, stabilitas pada ujung 3' dan 5' masing-masing primer, struktur sekunder primer, dan suhu leleh (Tm).
Selain itu, karena beberapa primer dianil di wilayah target yang berbeda pada saat yang sama, jarak antara
primer, struktur sekunder primer (dimer mandiri dan dimer silang), dan keseimbangan Tm perlu
dipertimbangkan.

4. Perangkat Lunak Desain Primer LAMP

Karena kerumitan desain primer, beberapa perangkat lunak telah dikembangkan dan dapat diperoleh
secara online, baik gratis maupun berlisensi. Dalam literatur, yang paling umum digunakan adalah Primer
Tanaman2020,9, 461 5 dari 28

Explorer V4 (PE4), perangkat lunak desain primer gratis khusus untuk teknik LAMP, dipasok oleh Eiken
Chemical Co. [42].
Perangkat lunak lain, yang bertujuan untuk mengimplementasikan dan meningkatkan berbagai fitur, telah
dikembangkan, namun sebagian besar mahal dan dilindungi lisensi. Diantaranya, LAMP Designer (Optigene,
Horsham, Inggris) dan LAVA (LAMP Assay Versatile Analysis) [43] memungkinkan untuk menghindari homologi silang
saat merancang primer, dan mengizinkan desain primer dengan penyelarasan beberapa urutan.

5. Metode Persiapan Sampel untuk Deteksi Virus dan Viroid

Berangkat dari asumsi bahwa ekstraksi DNA/RNA total untuk deteksi virus dan viroid dilakukan melalui
penggunaan peralatan komersial, untuk mengurangi biaya per reaksi dan mempercepat analisis, metode persiapan
sampel yang berbeda dapat dilakukan. Di bawah ini dilaporkan beberapa metode persiapan sampel yang sekaligus
memungkinkan pengurangan biaya dan waktu pelaksanaan. Penangkapan imun dalam tabung mikro—dalam
prosedur ini, tabung berukuran 0,2 mL diinkubasi pada suhu 37◦C selama 1 jam dengan sejumlah antibodi monoklonal
atau poliklonal tertentu untuk deteksi patogen spesifik yang diencerkan dalam buffer pelapis untuk uji imunosorben
terkait-enzim sandwich antibodi ganda (DAS-ELISA). Selanjutnya, setelah tiga langkah pencucian, 100mikroL ekstrak
getah (diperoleh dengan menggiling tangkai daun atau bagian tanaman lainnya dalam buffer ekstraksi khas untuk
DAS-ELISA) ditambahkan. Setelah 1 jam inkubasi pada suhu kamar, tabung dicuci dengan buffer pencuci, dikeringkan,
dan disiapkan untuk pengujian LAMP [12,44]. Ekstrak kasar langsung—sepotong 0,4 mm bagian tanaman
ditempatkan langsung dalam tabung 1,5 mL yang berisi 0,5 mL buffer glisin (EDTA 1 mM, NaCl 0,05 M, glisin 0,1 M),
divorteks selama 30 detik, dan dipanaskan pada suhu 95◦C selama 10 menit. Tiga mikroliter campuran ini langsung
digunakan untuk pengujian LAMP [12]. Ekstrak kasar cakram daun—lima atau sepuluh tangkai daun segar dicetak
dalam ukuran satu cm2membran hibridisasi, dikeringkan pada suhu kamar selama 5 menit, dan ditempatkan dalam
tabung 1,5 mL yang berisi 0,5 mL buffer glisin. Selanjutnya tabung divorteks selama 30 detik dan dipanaskan pada
suhu 95◦C selama 10 menit. Lalu, 3mikroL campuran yang diperoleh digunakan untuk pengujian LAMP [12,45]. Bercak
pada cakram membran—sampel disiapkan dalam buffer ekstraksi dan, selanjutnya, 10mikrol ekstrak ini diteteskan
pada cakram membran nilon berdiameter 5 mm; dikeringkan pada suhu kamar selama 5 menit; dimasukkan ke dalam
tabung 1,5 mL yang berisi 100mikroL buffer glisin; dan dipanaskan pada suhu 95◦C selama 10 menit, divorteks, dan
diletakkan di atas es. Aliquot dari 2 hingga 10mikroL digunakan untuk reaksi [46].

6. Transkripsi Terbalik (RT)-LAMP

Sejak tahun 2000, ketika Notomi mengembangkan metode LAMP, berbagai perusahaan mengembangkan
kit berbasis LAMP, termasuk polimerase dan buffer mereka sendiri, yang memungkinkan untuk
mempersonalisasi, sesuai dengan kondisi eksperimental, hanya konsentrasi set primer. Selain itu, teknik LAMP
diterapkan melalui langkah tambahan termasuk langkah transkripsi balik (RT-LAMP), dalam protokol satu
langkah yang menyertakan enzim spesifik, biasanya transkriptase balik virus myeloblastosis burung (AMV).
Enzim transkriptase balik dimodifikasi untuk melakukan reaksi pada kisaran suhu yang lebih tinggi yang
diperlukan untuk amplifikasi isotermal (60-65◦C) [47]. Salah satu aplikasi pertama RT-LAMP satu langkah dalam
patologi tanaman dilaporkan pada tahun 2005 oleh Nie [48] untuk mendeteksi virus kentang Y (PVY); sejak saat
itu, beberapa pengujian satu langkah telah dilaporkan dalam literatur (lihat Tabel1).

Tabel 1.Protokol amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP) dikembangkan untuk berbagai virus
dan viroid tanaman.

Jenis Akronim genom Keluarga Marga Referensi

Virus Abaka Bunky Top Virus ABTV ssDNA(+) Nanoviridae virus Babu [49]
bercak daun klorosis apel ACLSV ssRNA(+) Betafleksiviridae Trikovirus [50,51]
Viroid kulit bekas luka apel ASSVd sirkRNA Pospiviridae Apscaviroid.dll [52]
Virus lubang batang apel ASPV ssRNA(+) Betafleksiviridae virus fovea [51]
Virus mosaik Arab ArMV ssRNA(+) Secoviridae Nepovirus [53]
Tanaman2020,9, 461 6 dari 28

Tabel 1.Lanjutan

Jenis Akronim genom Keluarga Marga Referensi

Virus mozaik bracts pisang BBMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [54]
Virus tandan pisang BBTV ssDNA(+) Nanoviridae virus Babu [49,55]
Virus coretan pisang BSV dsDNA-RT Caulimoviridae Virus Badna [56]
Virus mosaik garis jelai Virus BSMV ssRNA(+) Virgaviridae virus Hordei [57]
katai kuning jelai Virus nekrosis BYDV ssRNA(+) Luteoviridae virus luteo [58]
mosaik kacang yang umum BCMNV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [59]
Virus bintik kacang polong BPMV ssRNA(+) Secoviridae virus komo [60]
Virus bagian atas keriting bit Virus BCTV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae virus curto [61]
bagian atas keriting ringan bit Virus BMCTP Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae virus curto [61]
vena kuning nekrotik bit BNYVV ssRNA(+) Benyviridae Benyvirus [62]
Virus bit bagian atas keriting parah BSVTV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae virus curto [61]
Virus coretan coklat singkong CBSV ssRNA(+) Potyviridae virus Ipomo [63]
Virus bintik vena cabai Virus ChiVMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [64]
mosaik gandum Cina Viroid CWMV ssRNA(+) Virgaviridae virus furo [65]
bintik klorosis krisan CCMVd sirkRNA Avsunviridae Pelamoviroid [66]
Virus nekrosis batang krisan CSNV ssRNA(+/−) Tospoviridae virus ortotospo [67]
Viroid aksi krisan CSVd lingkaranRNA Pospiviridae Pospiviroid [68]
virus krisan B CVB ssRNA(+) Betafleksiviridae virus carla [68]
Virus bercak daun jeruk CLBV ssRNA(+) Betafleksiviridae virus sitri [69]
Virus jeruk tristeza CTV ssRNA(+) Closteroviridae Kloserosvirus [38,70,71]
Virus mosaik kuning jeruk Suku CYMV dsDNA-RT Caulimoviridae Virus Badna [72]
cadang kelapa-cadang viroid CCCVd lingkaranRNA Pospiviridae Cocadviroid [73]
Viroid laten Columnea CLVd lingkaranRNA Pospiviridae Pospiviroid [74]
Virus mosaik bintik hijau mentimun CGMV ssRNA(+) Virgaviridae virus tembakau [75]
Virus mosaik mentimun CMV ssRNA(+) Bromoviridae virus mentimun [76–78]
Virus kuning klorosis mentimun CCYV ssRNA(+) Closteroviridae virus krisis [79]
Virus remuk daun cucurbit CuLCrV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [80]
Virus mosaik Cymbidium CymMV ssRNA(+) Alfaflexiviridae virus potex [81]
Virus mosaik gambar FMV ssRNA(-) Fimoviridae Virus Emara [82]
Virus terkait daun selentingan3 GLRaV-3 ssRNA(+) Closteroviridae Ampelovirus [27]
Virus bercak merah selentingan Virus GRBD ssDNA(+/−) Geminiviridae virus grablo [37]
bercak nekrotik Impatiens Virus mosaik INSV ssRNA Bunyaviridae virus tospo [83]
gandum Jepang yang ditularkan melalui tanah JSBWMV ssRNA(+) Virgaviridae virus furo [65]
Virus mosaik ubi Jepang JYMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [84]
Virus kuning nekrotik selada LNYV ssRNA(-) Rhabdoviridae virus sitorhabdo [85]
Virus bintik Lily LMoV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [86]
Virus Lily tanpa gejala LSLV ssRNA(+) Betafleksiviridae virus carla [87,88]
Virus ceri kecil 1 Virus LChV-1 ssRNA(+) Closteroviridae virus Velari [89]
kerdil klorotik jagung Virus MCDV ssRNA(+) Sequiviridae virus waika [90]
belang klorotik jagung MCMV ssRNA(+) Tombusviridae virus maklomo [91]
Virus bercak nekrotik melon MNSV ssRNA(+) Tombusviridae virus karmo [92]
Virus bercak kuning melon SAYASV ssRNA(+/−) Bunyaviridae virus tospo [93]
Virus mosaik vena kuning Mesta SayaYVMV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [94]
Virus kerdil vetch susu Virus MDV ssDNA(+) Nanoviridae virus nano [95]
vena besar selada Mirafiori MiLBVV ssRNA(-) Ophioviridae Ofiovirus [96]
Virus katai kuning bawang OYSV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [97]
Virus mosaik distorsi daun pepaya PLDMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [98]
Virus Ringspot Pepaya PRSV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [99]
Viroid mosaik laten buah persik PLMVd lingkaranRNA Avsunviridae Pelamoviroid [100]
Virus mosaik pepino PepMV ssRNA(+) Alfaflexiviridae virus potex [101,102]
Viroid buah obrolan lada PCFVd lingkaranRNA Pospiviridae Pospiviroid [103]
Virus bintik lada PepMoV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [104]
Lada Kuning Daun Keriting Virus Indonesia PepYLCIDV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [39]
Virus belang kuning Piper PYMoV dsDNA Caulimoviridae Virus Badna [76]
Virus mosaik Plantago asiatica PlAMV ssRNA(+) Alfaflexiviridae virus potex [105]
Virus cacar plum PPV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [30]
Virus gulungan daun kentang PLRV ssRNA(+) Luteoviridae virus polero [106,107]
Viroid umbi gelendong kentang PSTVd Circ-ssRNA Pospiviridae Pospiviroid [108]
virus kentang X PVX ssRNA(+) Alfaflexiviridae virus potex [109,110]
virus kentang Y PVY ssRNA(+) Potyviridae virus poti [111,112]
Virus Prunus Necrotic Ringspot PNRSV ssRNA(+) Bromoviridae Virus Ilar [113]
Virus Kerdil Bergaris Hitam Beras RBSDV dsRNA Reoviridae virus Fiji [114,115]
Virus kerdil padi RDV dsRNA Reoviridae virus fitoreo [114,116]
Virus kerdil empedu RGDV dsRNA Reoviridae virus fitoreo [114,116]
padi Virus kerdil rumput RGSV ssRNA(-) Phenuiviridae virus tenui [114,116]
padi Virus kerdil padi RRSV dsRNA Reoviridae Oryzavirus [114–117]
Tanaman2020,9, 461 7 dari 28

Tabel 1.Lanjutan

Jenis Akronim genom Keluarga Marga Referensi

Virus belang padi RSV ssRNA(-) Phenuiviridae virus tenui [114,116]
Virus menguning sementara pada padi RTYV ssRNA(-) Rhabdoviridae virus nukleorhabdo[114,116]
Virus bacilliform tungro padi RTBV dsDNA-RT Caulimoviridae virus Tungro [114,116]
Virus bulat tungro padi RTSV ssRNA(+) Secoviridae virus waika [114,116]
Virus mosaik sorgum SrMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [118]
Virus kerdil bergaris hitam pada beras selatan SRBSDV dsRNA Reoviridae virus Fiji [119]
Virus tomat selatan STV dsRNA Amalgaviridae Amalgavirus [35]
Virus keriting daun labu. SLCV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [120]
Virus mosaik labu SqMV ssRNA(+) Komoviridae virus komo [121]
Virus ringpot laten stroberi SLRSV ssRNA(+) Secoviridae Belum ditetapkan [122]
Virus mosaik tebu SCMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [118,123]
Virus mosaik coretan tebu SCSMV ssRNA(+) Potyviridae virus poace [123]
Virus daun kuning tebu SCYLV ssRNA(+) Luteoviridae virus polero [124]
Virus etsa tembakau TEV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [125]
Virus mosaik tembakau TMV ssRNA(+) Virgaviridae virus tembakau [125,126]
Virus coretan tembakau TSV ssRNA(+) Bromoviridae Virus Ilar [127]
Virus mosaik pita vena tembakau TVBMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [125]
Virus aspermi tomat TAV ssRNA(+) Bromoviridae virus mentimun [128]
Virus cincin hitam tomat TBRV ssRNA(+) Secoviridae Nepovirus [129]
Virus buah rugose coklat tomat UntukBRFV ssRNA(+) Virgaviridae virus tembakau [130]
Virus klorosis tomat UntukCV ssRNA(+) Closteroviridae virus krisis [131,132]
Virus bintik klorosis tomat TCSV ssRNA(+/−) Tospoviridae virus ortotospo [133]
Keriting daun tomat Virus Bengaluru ToLCBaV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [134]
Keriting daun tomat Virus New Delhi KepadaLCNDV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [39,135,136]
Virus aksi nekrotik tomat UntukNSV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [137]
Virus layu bercak tomat TSWV ssRNA(+/−) Tospoviridae virus ortotospo [138]
Virus tomat torrado Ke TV ssRNA(+) Secoviridae virus Torrado [32]
Daun kuning tomat menggulung virus Kanchanaburi TYLCKaV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [39]
Virus keriting daun kuning tomat TILCV Lingkaran-ssDNA(+/−) Geminiviridae Begomovirus [139]
Virus mosaik lobak TuMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [140]
Virus lobak menguning TuYV ssRNA(+) Luteoviridae virus polero [141]
Virus coretan coklat singkong Uganda UCBSV ssRNA(+) Potyviridae virus Ipomo [63]
Virus mosaik semangka Virus WMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [121]
mosaik coretan gandum Virus WSMV ssRNA(+) Potyviridae Tritimovirus [142]
mosaik kuning gandum WYMV ssRNA(+) Potyviridae Virus Bymo [65,143]
Virus mosaik ubi YMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [144]
Virus mosaik kuning Zucchini ZYMV ssRNA(+) Potyviridae virus poti [121,145]

7. Metode Visualisasi Produk Amplifikasi

Sejumlah besar DNA target, serta sejumlah besar produk sampingan, dihasilkan selama
amplifikasi berkelanjutan dalam kondisi isotermal dari reaksi LAMP.
Ada dua kelompok metode hasil visualisasi, satu berdasarkan hasil pembacaan pada akhir proses
amplifikasi (metode berbasis titik akhir), dan yang kedua berdasarkan hasil pembacaan selama proses
(metode berbasis waktu nyata) . Karena metode ini memiliki sensitivitas tinggi dan memungkinkan
pembacaan visual sederhana dari hasil reaksi (dengan mata telanjang), hampir semua metode visualisasi
didasarkan pada metode titik akhir, termasuk elektroforesis gel agarosa, pengamatan perubahan warna
reaksi. campuran, dan menggunakan indikator ion, yang menyebabkan perubahan kekeruhan campuran
[146], atau molekul fluoresen, seperti etidium bromida (EtBr) [24] atau SYBR Hijau I [147].
Mengenai metode baru dalam memvisualisasikan hasil secara real-time, saat ini, kekeruhan
dapat diukur [148,149] atau fluoresensi zat tertentu, misalnya SYBR Green I [150], selama proses
amplifikasi, tanpa menunggu hingga proses selesai (metode berbasis real-time).

7.1. Metode Berbasis Titik Akhir

Berbagai metode titik akhir LAMP saat ini tersedia, di antaranya yang paling umum digunakan tercantum
di bawah ini. Selain itu, banyak perangkat komersial berdasarkan metode LAMP dikembangkan dan
Tanaman2020,9, 461 8 dari 28

diadopsi untuk identifikasi rutin, pengawasan, dan diagnosis patogen manusia, hewan, dan tumbuhan di
seluruh dunia [30,151,152].

7.1.1. Elektroforesis Gel Agarosa

Umumnya, 5mikroL produk LAMP divisualisasikan di bawah sinar UV setelah elektroforesis pada gel agarosa 2%
–3% dalam buffer Tris-borat. Pewarnaan gel dapat dilakukan dengan menggunakan pewarna interkalasi yang
berbeda, seperti SYBR Green I [153,154], EtBr [155], Picogreen [156], atau propidium iodida [157]. Terlepas dari
pewarna interkalasi yang digunakan untuk visualisasi produk LAMP, hasilnya diwakili oleh pola seperti tangga pada
gel, yang disebabkan oleh pembentukan DNA loop batang dengan panjang batang yang bervariasi dan struktur mirip
kembang kol dengan banyak loop yang dibentuk oleh pengulangan terbalik secara berurutan dari urutan target [156]
(Angka2). DNA yang dioleskan di antara pita dan di dalam sumur dipindahkan ke pita berukuran <10 kb ketika produk
dianalisis dengan elektroforesis gel alkali agarosa [15].

Gambar 2.Analisis elektroforesis tipikal pada gel agarosa 2% diikuti dengan pewarnaan etidium bromida (EtBr)
dari produk yang diamplifikasi LAMP, menggunakan set primer tertentu. Metode LAMP membentuk produk yang
diperkuat dengan berbagai ukuran (“pola tangga”), yang terdiri dari pengulangan urutan target yang dibalik
secara bergantian pada untaian yang sama. Jalur M: tangga 1 kb (Nippon Genetics); jalur 2–6: sampel reaksi LAMP
positif; jalur C+: kontrol positif; jalur C−: kontrol negatif.

LAMP adalah reaksi yang sangat sensitif dan dapat menyebabkan hasil yang salah jika terjadi
kontaminasi bahkan pada sejumlah kecil produk amplifikasi DNA. Untuk menghindari risiko kontaminasi
yang sangat tinggi akibat penanganan produk yang diperkuat LAMP, reagen dan campuran reaksi harus
disiapkan di tempat berbeda di mana tabung produk reaksi dibuka untuk melakukan elektroforesis [23].

Spesifisitas amplifikasi juga dapat ditentukan dengan membatasi intisari produk LAMP. Untuk
mempermudah penerapan teknik LAMP di lapangan, hasil amplifikasi juga dapat
divisualisasikan dengan inspeksi mata telanjang, evaluasi fluoresensi atau kekeruhan sampel.

7.1.2. Pewarna Fluoresen

Untuk memfasilitasi penerapan uji LAMP di lapangan, pemantauan amplifikasi dapat dilakukan
melalui inspeksi mata telanjang [21]. Inspeksi amplifikasi dapat dilakukan melalui pengamatan
perubahan warna setelah penambahan pewarna fluoresen tertentu ke dalam campuran reaksi, seperti
EtBr [158] SYBR Hijau I [149], Picogreen [156], dan propidium iodida [157]. Pewarna fluoresen
ditambahkan langsung ke dalam campuran reaksi dan hasil amplifikasi dapat divisualisasikan tanpa
membuka tabung reaksi, sehingga mengurangi risiko kontaminasi. Molekul fluoresen yang terikat pada
DNA tidak mempengaruhi aktivitas unsur lain dalam campuran reaksi, seperti enzim.
Penambahan EtBr pada campuran reaksi (1 mM pada volume akhir reaksi 25mikroaku) [159]
menyebabkan warna merah muda salmon pada campuran jika terjadi reaksi positif, sedangkan anggur
Tanaman2020,9, 461 9 dari 28

pewarnaan diamati dalam reaksi negatif (Gambar3A). Penting untuk mengenakan sarung tangan saat menangani,
karena etidium bromida diketahui merupakan mutagen dan harus ditangani sebagai bahan kimia berbahaya [23].

Gambar 3.Hasil pemeriksaan mata telanjang berbeda. (A) Pengamatan mata telanjang di bawah cahaya
alami tabung reaksi setelah penambahan etidium bromida dalam campuran reaksi untuk diskriminasi hasil
positif. Dalam kasus hasil negatif, warna anggur ditampilkan (kiri), sedangkan dalam sampel positif,
campuran reaksi menunjukkan warna merah jambu salmon (kanan). (B) Pengamatan mata telanjang di
bawah cahaya alami tabung reaksi dengan pewarna fluoresen Picogreen dalam amplifikasi uji LAMP.
Dalam kasus hasil negatif, warna oranye asli dipertahankan (kiri), sedangkan dalam kasus amplifikasi
positif, warna asli pewarna berubah secara permanen menjadi kuning (kanan). (C) Hasil diskriminasi
berdasarkan indikator ion: (kiri) kontrol negatif yang tidak mengandung DNA cetakan, menunjukkan
campuran bening; (kanan) peningkatan kekeruhan diamati pada sampel positif. (D) Deteksi DNA target
pada reaksi LAMP di bawah sinar UV, menggunakan calcein sebagai indikator logam fluoresen. (Kiri)
kontrol negatif; (kanan) memancarkan fluoresensi oleh sampel positif karena interaksi kalsein dengan sisa
ion magnesium. (E) Hasil pembedaan dengan HNB (hydroxy naphthol blue): perubahan warna campuran
dari ungu pada reaksi negatif (kiri) menjadi biru langit pada reaksi positif (kanan).

Pewarna SYBR Green I atau Picogreen (pengenceran akhir 1:1.000) mengubah warna campuran dari jingga asli
menjadi kuning permanen jika terjadi amplifikasi positif (Gambar3B). Hasilnya dapat divisualisasikan di bawah cahaya
alami tanpa peralatan apa pun, serta di bawah sinar UV. Jika tidak ada amplifikasi, warna oranye asli dari pewarna
akan dipertahankan.149,156]. Keuntungan utama pewarna SYBR Green I dan pewarna Picogreen adalah sebagai
berikut: efisiensi deteksi asam nukleat yang lebih besar, batas deteksi yang lebih tinggi dibandingkan senyawa lain
yang paling sering digunakan, kurang berbahaya dibandingkan dengan etidium bromida,
Tanaman2020,9, 461 10 dari 28

dan biaya pengelolaan yang lebih rendah dibandingkan dengan senyawa lainnya. Lebih lanjut, dalam hal ini, molekul
fluoresen tidak mempengaruhi aktivitas senyawa lain dengan cara apapun.
Mirip dengan pewarna SYBR Green I dan Picogreen, identifikasi sampel positif menggunakan propidium iodida
tidak memerlukan pemrosesan khusus atau elektroforesis, hanya visualisasi mata telanjang dari perubahan warna
campuran reaksi pada cahaya sekitar. Selanjutnya dalam hal ini visualisasi hasil dapat lebih ditingkatkan dengan
menggunakan sinar UV. Biasanya, 1mikroL pewarna encer (pengenceran 1:10 larutan stok 10 mg/mL) ditambahkan ke
25mikroL campuran reaksi untuk mengembangkan reaksi warna [157]. Warnanya berubah dari merah-oranye tua
pada reaksi negatif menjadi merah muda terang (hampir jernih) pada reaksi positif. Dibandingkan dengan SYBR
Green I, propidium iodida tidak memerlukan pembekuan untuk penyimpanannya, dan harganya lebih murah [157].

7.1.3. Indikator Ion

Dalam beberapa kasus, penggunaan peralatan yang mahal mengurangi keserbagunaan LAMP dan sangat membatasi
penggunaan prosedur ini secara luas, terutama di negara-negara berkembang.
Umumnya, selama proses polimerisasi DNA, yang memakan waktu 30-60 menit, sejumlah besar
magnesium pirofosfat dihasilkan sebagai produk sampingan yang dihasilkan dari kombinasi ion
pirofosfat yang dilepaskan dari substrat (deoksiribonukleotida trifosfat (dNTPs)) dan ion magnesium di
dalam DNA. campuran reaksi [146]. Produksi endapan magnesium pirofosfat yang dihasilkan sebagai
hasil kombinasi dengan ion magnesium dalam larutan reaksi secara skematis diwakili oleh reaksi
berikut:
(DNA)N−1+dNTP→ (DNA)N+P2HAI4− 7
P2HAI
7
4−+ 2mg2+→mg2P2HAI7

Akibatnya konsentrasi ion logam akan menurun secara signifikan, dan reaksi LAMP dapat
dipantau dengan mengamati terbentuknya endapan putih (Gambar3C) [146]. Namun,
pendeteksian hasil secara visual sangat sulit dan bergantung pada pengalaman operator.
Tabung dengan DNA yang diperkuat dapat disentrifugasi pada 6000 rpm selama beberapa detik, untuk
mengumpulkan endapan di bagian bawah tabung, untuk menyederhanakan visualisasi hasil dengan mata
telanjang. Oleh karena itu, perlu dilakukan deteksi perubahan konsentrasi ion logam selama reaksi LAMP agar
diperoleh sinyal yang lebih jelas.
Seperti yang dijelaskan oleh Tomita dan rekan kerja [23], calcein dikombinasikan dengan ion mangan
dapat digunakan sebagai indikator logam fluoresen, untuk memadamkan reaksi sistem deteksi metode LAMP
(Gambar4). Calcein adalah indikator logam yang menghasilkan fluoresensi kuat dengan membentuk kompleks
dengan ion logam divalen, seperti magnesium dan kalsium. Dengan adanya DNA target, selama reaksi LAMP,
ion pirofosfat yang baru dihasilkan menghilangkan kalsein dari ion mangan, yang bergabung dengan sisa ion
magnesium, menghasilkan fluoresensi yang lebih besar (Gambar3D).
Indikator ion logam lain, yaitu hidroksi naftol biru (HNB), dapat digunakan dalam uji kolorimetri untuk
mendeteksi reaksi LAMP. HNB merupakan indikator logam untuk kalsium dan pereaksi kolorimetri untuk ion
logam alkali tanah. Sistem deteksi ini memungkinkan diskriminasi besar terhadap reaksi positif, ditandai
dengan perubahan warna (dari ungu menjadi biru langit, Gambar3D) [160]. Rinciannya 120mikroM HNB telah
ditambahkan sebelumnya pada larutan campuran reaksi dan tidak menghambat efisiensi amplifikasi atau
mengganggu sintesis DNA. Mirip dengan indikator ion logam lainnya, tabung reaksi tidak perlu dibuka untuk
menentukan apakah reaksinya positif atau negatif, sehingga mengurangi risiko kontaminasi silang. Reaksi
LAMP dengan HNB dapat dilakukan di kedua tabung PCR atau di pelat mikro 96 sumur. Hasilnya dapat dengan
mudah dinilai baik dengan inspeksi mata telanjang atau dengan pengukuran serapan (650 nm) dengan
pembaca lempeng mikro. Perubahan warna sampel positif/negatif stabil setelah dua minggu terpapar cahaya
sekitar, sedangkan nilai serapan yang lebih tinggi pada reaksi positif disebabkan oleh pengendapan produk
samping magnesium pirofosfat dalam jalur optik.
Tanaman2020,9, 461 11 dari 28

Gambar 4.Deteksi menggunakan calcein sebagai indikator logam fluoresen. Dalam proses amplifikasi
DNA, ion pirofosfat dihasilkan sebagai produk sampingan dari substrat reaksi deoksiribonukleotida
trifosfat (dNTPs). Dengan adanya DNA target, selama reaksi LAMP, baru dihasilkan
ion pirofosfat (P2HAI4− 7) menghilangkan calcein dari ion mangan, yang bergabung dengan sisa
ion magnesium (Mg2+), menghasilkan fluoresensi yang lebih besar.

Hasil yang diperoleh menunjukkan sensitivitas deteksi yang setara dengan SYBR Green I [160]. Sistem
deteksi yang baru saja dijelaskan, berdasarkan hasil diskriminasi visual, bisa sangat membantu untuk
pengujian di tempat perawatan, diagnosis klinis, pengukuran lingkungan, pertanian, dan sebagainya.
Dibandingkan dengan teknik amplifikasi asam nukleat lainnya, keuntungan utamanya adalah tidak adanya
peralatan khusus yang mahal, kemudahan pengoperasian, sensitivitas dan kecepatan yang baik, risiko
kontaminasi yang rendah, dan kemudahan dalam mendeteksi DNA dan RNA.

7.2. Metode Berbasis Waktu Nyata

Peningkatan berkelanjutan pada teknik LAMP telah berkontribusi pada pengembangan metode baru
berbasis waktu nyata (LAMP waktu nyata). Saat ini, metode LAMP real-time yang paling umum didasarkan pada
pengukuran kekeruhan campuran reaksi, karena pembentukan endapan, seperti dijelaskan sebelumnya, atau
pada pengukuran fluoresensi yang dipancarkan oleh zat interkalasi yang dimasukkan ke dalam campuran
reaksi, seperti etidium bromida. atau SYBR Hijau I.
Templat DNA terdeteksi dalam reaksi LAMP, dan juga dapat diukur, mengoptimalkan kondisi reaksi dan
primer. Untuk alasan ini, Mori dan rekan kerja [148] mengembangkan alat pengukur kekeruhan (turbidimeter
waktu nyata) yang memungkinkan pengukuran kekeruhan reaksi secara waktu nyata selama amplifikasi
isotermal. Dengan demikian, metode ini memungkinkan untuk mempertahankan suhu optimal (60–65◦C),
untuk mengukur kekeruhan beberapa sampel secara terus menerus dan bersamaan, menggunakan tabung
PCR 0,2 mL. Pada tahun 2008, perangkat isotermal terintegrasi dikembangkan untuk amplifikasi dan deteksi
DNA HBV yang ditargetkan dari sampel serum klinis dengan analisis kinetik reaksi LAMP [161].

Metode ini memiliki dua keuntungan penting: tidak perlu memeriksa produk amplifikasi pada
akhir reaksi dengan mata telanjang, dan kemudahan membaca kekeruhan produk amplifikasi
dengan turbidimeter waktu nyata. Metode ini memungkinkan pengukuran kekeruhan untuk
memantau amplifikasi DNA; hubungan antara kekeruhan dan kurva waktu mewakili kurva reaksi
amplifikasi LAMP.
Tanaman2020,9, 461 12 dari 28

Pendekatan real-time lainnya dapat diterapkan dengan menambahkan pewarna fluoresen, seperti SYBR
Green I, ke dalam campuran reaksi. Seperti dilansir Maeda dan rekan kerja [150], SYBR Green I dapat
digunakan untuk pemantauan reaksi LAMP secara real-time, sebagai sumber fluoresensi. Metode ini
menunjukkan hasil yang hampir sama dengan PCR real-time konvensional (Gambar 2).5B) dengan keunggulan
kecepatan dan kesederhanaan. Deteksi kuantitatif dapat dilakukan dengan menggunakan thermocycler PCR
real-time. Peningkatan fluoresensi yang disebabkan oleh pengikatan dsDNA SYBR Green I dipantau setiap 30–
60 detik selama 40–60 menit dalam kondisi isotermal (60–65◦C). Dalam eksperimen rutin, uji LAMP real-time
memberikan hasil dalam waktu <30 menit untuk sebagian besar sampel.

Gambar 5.Perbandingan hasil antara LAMP real-time dan reaksi berantai polimerase (PCR) real-time
konvensional. Panel (A) menunjukkan kurva amplifikasi LAMP yang terlihat seperti “topi”, sedangkan panel
(B) menunjukkan kurva amplifikasi PCR real-time sigmoidal konvensional.

Molekul fluoresen lain yang dapat digunakan untuk pemantauan waktu nyata adalah etidium bromida. Untuk
pertama kalinya, EtBr digunakan oleh Nagamine dan rekan kerjanya [162] dalam pengujian LAMP, menambahkan 0,25
mikrog/mL EtBr menjadi total 25mikroCampuran reaksi L, mengukur intensitas fluoresensi menggunakan saluran
fluoresensi ROX (6-Carboxyl-X-Rhodamine) [24]. Peningkatan fluoresensi berkorelasi langsung dengan amplifikasi
DNA. Dalam beberapa kasus, EtBr memberikan sinyal deteksi yang lebih baik dibandingkan SYBR Green I [163].
Tanaman2020,9, 461 13 dari 28

Berbeda dengan PCR real-time klasik, ketika EtBr atau SYBR Green I digunakan dalam uji LAMP real-time,
kurva amplifikasinya tidak sigmoidal, melainkan terlihat seperti topi (Gambar5A) [163]. Faktanya, selama
amplifikasi DNA, peningkatan fluoresensi diikuti oleh peningkatan endapan magnesium pirofosfat secara
simultan, menyebabkan peningkatan kekeruhan, yang menutupi fluoresensi. Efek ini mungkin lebih
relevan pada akhir proses, dengan deteksi penurunan fluoresensi.

8. Aplikasi LAMP dalam Virologi Tumbuhan

Banyak tanaman, seperti tanaman sayuran dan herba, pohon buah-buahan, dan gulma, terkena penyakit virus
dan viroidal, yang menyebabkan kerugian ekonomi yang cukup besar di seluruh dunia. Oleh karena itu, sangat
penting untuk mengembangkan metode deteksi yang cepat dan akurat, guna mempercepat proses diagnosis dan
menerapkan tindakan intervensi yang tepat, terutama dalam konteks agro-ekologi, seperti budidaya intensif. Selama
beberapa tahun terakhir, pendeteksian agen-agen ini menjadi tantangan. Meluasnya penggunaan teknologi LAMP
telah sangat memudahkan tugas ini. Saat ini, LAMP mempunyai pengaruh penting dalam diagnosis, dan relevansinya
dalam virologi tanaman. Protokol LAMP pertama dalam fitopatologi dilaporkan pada tahun 2003 oleh Fukuta dan
rekan kerjanya untuk mendeteksi dua virus tanaman pada tanaman hortikultura, virus keriting daun kuning tomat
(TYLCV; Circ-ssDNA+/−) [139] dan virus mosaik ubi jepang (JYMV; ssRNA+) [84]. Selanjutnya, protokol yang berbeda
dikembangkan untuk berbagai virus dan viroid tanaman termasuk agen penting yang ekonomis dan agronomis.
Secara rinci seperti dilansir pada Tabel1, dari tahun 2003 hingga saat ini, banyak penulis telah mengembangkan
protokol LAMP yang berbeda untuk mendeteksi 100 virus, yang termasuk dalam 23 keluarga berbeda dan 47 genera.
Selanjutnya, protokol RT-LAMP dikembangkan untuk delapan spesies viroid, yang termasuk dalam dua famili dan
empat genera (Tabel1).
Baru-baru ini, pengembangan perangkat portabel LAMP telah memungkinkan pendeteksian patogen secara 'real-time'
secara langsung di lapangan [39,164], memfasilitasi diagnosis mereka selama survei rutin atau dalam program seleksi atau
pemberantasan sanitasi.

9. LAMP: Evolusi dan Aplikasi Terkini

Untuk mengatasi keterbatasan metode diagnostik klasik (yaitu metodologi kultur dan
mikroskop), berbagai metode diagnosis molekuler telah dikembangkan, seperti PCR, PCR waktu
nyata [12], hibridisasi molekuler [165], hibridisasi aliran [10], reaksi berantai ligase (LCR), amplifikasi
berbasis urutan asam nukleat (NASBA) [166], SDA[167], amplifikasi lingkaran bergulir (RCA) [168],
amplifikasi isotermal primer tunggal (SPIA), dan amplifikasi bergantung helicase melingkar (cHDA) [
169]. Banyak di antaranya telah dipasarkan sebagai perangkat komersial dan digunakan dalam
diagnostik rutin. Kekurangan utamanya meliputi peralatan mahal dan reagen yang diperlukan,
personel khusus, dan laboratorium lengkap; akibatnya, teknik ini tidak dapat digunakan di negara-
negara berkembang.
Dalam beberapa tahun terakhir, teknologi LAMP telah diterapkan di banyak bidang penelitian dan diagnosis. Awalnya,
penelitian dan pengembangan berfokus pada penerapan LAMP dalam lingkungan klinis, untuk meningkatkan tes diagnostik
yang ada. Baru-baru ini, telah digunakan dalam penelitian dasar untuk menyederhanakan pengujian LAMP sebanyak mungkin
[154] dan untuk menguji fitur-fitur berbeda dari teknik ini. Seperti disebutkan di atas, khususnya dalam beberapa tahun
terakhir, LAMP telah memungkinkan pengembangan berbagai protokol diagnosis fitopatologi untuk deteksi dini banyak
penyakit yang disebabkan oleh virus dan viroid (lihat Tabel1).
Penting untuk meningkatkan dan mengintegrasikan teknologi LAMP ke dalam tes genetik sederhana agar dapat
digunakan sebagai diagnostik di tempat perawatan [170]. Faktanya, teknik LAMP adalah metode mendasar untuk
identifikasi dan diagnosis berbagai patogen, dan sangat berguna untuk pengendalian dan pemeriksaan karantina
penyakit penting pada manusia, hewan, dan tumbuhan. Selain itu, LAMP digunakan untuk mendeteksi produk
rekayasa genetika, serta untuk identifikasi kanker dan jenis kelamin embrio [47].
Selama 20 tahun terakhir, sejak teknik LAMP dikembangkan oleh Notomi dan rekan kerja pada tahun
2000 [15], telah ditingkatkan secara signifikan, mengadaptasinya ke dalam konteks yang berbeda, dan juga
mengarah pada pengembangan tes diagnostik baru, serta strategi penelitian dan pengembangan baru.
Setelah efektivitas dan penerapan dalam berbagai bidang diagnostik ditunjukkan, para peneliti
Tanaman2020,9, 461 14 dari 28

mengalihkan perhatian mereka pada penerapan LAMP di laboratorium dengan perlengkapan terbatas dan pengaturan sumber daya
rendah, untuk menawarkan kepada negara-negara berkembang metode diagnostik cepat dengan karakteristik berikut: keandalan,
sensitivitas, kesederhanaan, spesifisitas, dan ketersediaan instrumen sederhana yang mudah [171].
Karakteristik LAMPU yang bagus adalah dapat dilakukan dengan menggunakan pemanas blok biasa atau
penangas air, namun alat semacam ini memerlukan listrik. Dalam banyak konteks, hal ini dapat menjadi penghalang
penting dalam diagnosis yang tepat waktu. Untuk alasan ini, LaBarre dan rekan kerja (2011) [172], untuk
menyederhanakan metode pemanasan untuk reaksi LAMP, telah merancang pemanas bebas listrik berdasarkan
reaksi kimia eksotermik dan bahan perubahan fasa rekayasa yang dapat digunakan untuk segala jenis pengujian
amplifikasi asam nukleat isotermal, seperti LAMP. Perbaikan besar pada teknik ini tidak hanya didasarkan pada
penerapannya dalam konteks yang tidak ilmiah atau berkembang, namun juga pada latar belakang penelitian dan
pengembangan. Selama beberapa tahun terakhir, “versi” LAMP yang berbeda telah dikembangkan.

9.1. LAMPU Multipleks (mLAMP)

Pada tahun 2007, Iseki dan rekan kerja [173] mengembangkan teknik mLAMP yang memungkinkan
deteksi dua patogen secara bersamaan; ini didasarkan pada penggabungan dua set primer LAMP (total
delapan primer) dalam reaksi yang sama, di mana situs pembelahan enzim restriksi dimasukkan ke dalam dua
pasang primer spesifik spesies. Metode ini memungkinkan untuk membedakan patogen yang berbeda secara
bersamaan, karena analisis enzim restriksi selanjutnya. mLAMP telah mengalami banyak modifikasi dan
perbaikan, namun memerlukan penggunaan peralatan tambahan dan lebih kompleks. Contohnya diwakili oleh
mLAMP waktu nyata. Pendekatan ini memungkinkan deteksi real-time dari 1-4 rangkaian target dalam satu
tabung reaksi LAMP, menggunakan fluorimeter real-time standar, dengan primer LAMP standar yang
mengandung daerah dupleks quencher-fluorophore, yang, setelah pemisahan untai, menghasilkan perolehan
sinyal fluoresen [174]. Uji multipleks LAMP kini tersedia untuk mendeteksi virus tanaman secara simultan [28,
39].

9.2. LAMPU Mikro (mikroLAMPU)

Uji LAMP dapat diintegrasikan dalam chip mikrofluida baik untuk dibaca dengan mata telanjang (pirofosfat
produk sampingan yang tidak larut) atau untuk pengukuran dengan sensor optik; itu membutuhkan volume sampel
yang kecil (0,4mikroL), dengan sensitivitas dan spesifisitas tinggi. Dimungkinkan untuk mengadaptasi sistem ke
kuantitatif waktu nyatamikroLAMPU dengan integrasi serat optik di dalam chip [175].

9.3. LAMPU Digital (dLAMPU)

Pada tahun 2012, metode LAMP digital dikembangkan menggunakan chip sampel self-digitization (SD), yang
mendemonstrasikan amplifikasi DNA pertama yang dimediasi loop pada chip dalam format digital [176]. Sistem ini
memungkinkan untuk mendeteksi perubahan relatif dalam konsentrasi templat, serta kuantifikasi absolut jumlah
templat; sampel langsung dipipet ke dalam chip, dan kepala pompa sederhana serta tekanan udara konstan
menginduksi diskritisasi sampel untuk amplifikasi isotermal berikutnya. dLAMP memungkinkan kuantifikasi DNA
absolut dan relatif dengan presisi yang baik, dalam masa inkubasi 70 menit pada 60–65◦C. Untuk menyederhanakan
dan mengurangi biaya efektif, Lin dan rekan kerja (2019) [177] melaporkan metode dLAMP baru yang menggunakan
membran polikarbonat tergores jalur komersial (PCTE) sebagai pengganti chip, tanpa memerlukan peralatan khusus.
Sistem membran ini dapat diterapkan untuk pengujian di tempat perawatan dan untuk melakukan kuantifikasi digital
yang fleksibel dan disederhanakan.

9.4. LAMP Dikombinasikan dengan Uji Aliran Lateral (LFA)

Pengujian ini memiliki sensitivitas yang serupa dengan elektroforesis gel agarosa konvensional, yang dijelaskan
di atas, namun lebih cepat dan mudah digunakan, serta tidak memerlukan peralatan khusus, seperti thermal cycler.
Metode ini didasarkan pada teknologi hibridisasi DNA dan reaksi antigen-antibodi. Secara rinci, satu set empat primer
digunakan: dua primer luar (F3 dan B3), serta FIP dan BIP berlabel biotin. A yang 5'Pada akhirnya, probe DNA berlabel
FITC (fluorescein isothiocyanate) ditambahkan, setelah reaksi LAMP, untuk pengujian aliran lateral. Produk LAMP yang
terbiotinilasi digabungkan dengan produk spesifik berlabel FITC
Tanaman2020,9, 461 15 dari 28

menguji. Kompleks DNA yang dihasilkan dapat divisualisasikan sebagai pita ungu pada garis uji strip dalam waktu 5
menit setelah paparan sampel. Kompleks produk LAMP bergerak melalui bantalan LFA (bantalan atau strip penyerap)
dan berikatan dengan antibodi anti-FITC (Gambar6). Hasilnya dapat dibaca dalam beberapa menit, cukup
memvisualisasikan pad [178,179]. Sistem ini sangat cocok untuk digunakan di lapangan, sehingga secara signifikan
mengurangi waktu diagnosis karena tidak memerlukan peralatan canggih. Dari semua sistem yang dijelaskan sejauh
ini, sistem ini merupakan sistem portabel yang paling menarik.

Gambar 6.LAMP dikombinasikan dengan uji aliran lateral (LFA): reaksi LAMP dilakukan menggunakan primer
primer bagian dalam yang terbiotinilasi (FIP). Setelah 30–60 menit inkubasi awal pada suhu konstan (60–65◦C),
probe spesifik berlabel FITC (fluorescein isothiocyanate) ditambahkan ke dalam campuran reaksi dan diinkubasi
selama 10 menit pada suhu yang sama; pada langkah ini dihasilkan produk LAMP berlabel ganda. Selanjutnya,
campuran reaksi dicampur dengan buffer deteksi yang mengandung antibodi anti-FITC kelinci ditambah dengan
emas koloid, dan strip LFD (Lateral-Flow Dipstick) dimasukkan ke dalam tabung. Dalam sampel positif, kompleks
produk LAMP bergerak melalui bantalan LFA (bantalan atau strip penyerap) dan berikatan dengan antibodi anti-
FITC. Hasilnya dapat dibaca dalam beberapa menit, hanya dengan memvisualisasikan pad. Jika terjadi reaksi
negatif, tidak ada produk yang dihasilkan. Antibodi anti-kelinci pada pita kontrol pengujian mempertahankan
sebagian antibodi terkonjugasi emas yang tidak terikat dan menghasilkan pita yang harus selalu terlihat.

9.5. Immunocapture-RT-LAMP (IC-RT-LAMP)

Untuk memfasilitasi deteksi cepat di lokasi, Selvaraj dan rekan kerja (2019) [38] meningkatkan uji RT-LAMP untuk
deteksi virus citrus tristeza (CTV) dengan menangkap virion CTV dari getah daun mentah jeruk menggunakan CTV-
IgG. Prosedur ini memungkinkan untuk menghilangkan langkah ekstraksi RNA, mengurangi waktu dan biaya, serta
mempertahankan sensibilitas dan ketahanan yang baik. Faktanya, IC-RT-LAMP dapat dilakukan dalam waktu satu
setengah jam langsung di lapangan oleh tenaga yang tidak ahli.

9.6. LAMPU Listrik (eLAMP)

eLAMP adalah perangkat informasi yang dirancang untuk meningkatkan efisiensi pengujian primer LAMP yang
diduga pada sekuens gen target menggunakan skrip Practical Extraction and Report Language (PERL) dengan
antarmuka grafis Tk yang secara elektronik mensimulasikan pengujian LAMP; mungkin berguna untuk menentukan
kemungkinan penggunaan primer yang ada untuk memperkuat varian sekuens yang baru ditemukan [180].
Tanaman2020,9, 461 16 dari 28

9.7. Platform LAMPU Lab-on-a-Disc (Beban).

Sistem “Lab-on-a-Disc” (LoaD) yang sangat terintegrasi ini terdiri dari perangkat kompak terintegrasi
penuh yang memungkinkan deteksi otomatis patogen tanaman dengan amplifikasi LAMP kuantitatif. Platform
ini terdiri dari cakram kartrid sekali pakai, yang berputar pada porosnya untuk menghasilkan medan
sentrifugal; kepala tekanan yang dihasilkan memompa sampel dari pusat cakram ke pinggirannya. Secara rinci,
sampel diproses secara langsung, dimurnikan, dan kemudian dicampur dengan reagen LAMP melalui katup
film terlarut yang digerakkan oleh pulsa digital. Instrumen khusus ini dilengkapi modul untuk pemanasan dan
deteksi fluoresen. Sistem lengkap ini menunjukkan potensi bagus untuk aplikasi terdesentralisasi dan on-site,
seperti diagnosa kanker dan pemantauan kualitas makanan. Sistem ini dikembangkan untuk mendeteksi
Botrytis cinerea[181], tetapi dapat dengan mudah diadaptasi untuk mendeteksi virus dan viroid pada bahan
tanaman.

9.8. LAMPU terliofilisasi

Dalam versi LAMP ini, semua reagen digabungkan menjadi satu campuran, yang disebut campuran LAMP
terliofilisasi, dalam beberapa kasus dikaitkan dengan sistem amplifikasi dan deteksi tertutup, untuk
menyederhanakan dan mempercepat proses LAMP; pengguna hanya perlu menambahkan air dan sampel atau
templat DNA/RNA ke dalam campuran lyophilized sebelum melakukan inkubasi pada suhu yang diinginkan. Banyak
perangkat LAMP yang diliofilisasi tersedia secara komersial untuk diagnosis cepat berbagai penyakit, sehingga dapat
digunakan di lapangan, memfasilitasi penyediaan strategi pengujian satu jam bahkan di fasilitas kesehatan pedesaan
yang paling terpencil, dan mencapai tingkat diagnostik yang baik di daerah miskin sumber daya. [182,183]. Kit ini
biasanya dikaitkan dengan thermal cycler portabel, yang memungkinkan koneksi nirkabel dengan perangkat seluler
(seperti ponsel cerdas atau tablet) untuk melihat data secara real time. Sistem ini juga dapat digunakan di bidang
pertanian dan fitosanitasi, terutama jika dikaitkan dengan alat pendukung pengambilan keputusan, guna
mendiagnosis kemungkinan adanya patogen tanaman dalam waktu singkat [184].

9.9. Probe Asimilasi Berbasis FRET untuk Pemantauan LAMP Secara Real-Time Spesifik Urutan

Teknik ini didasarkan pada penggunaan probe berbasis transfer energi resonansi fluoresensi (FRET).
Teknik ini memungkinkan deteksi spesifik dan kuantifikasi target produk LAMP dari sampel lapangan [
185]. Dalam versi LAMP ini, untuk pemantauan spesifik urutan secara real-time, sepasang probe
oligonukleotida berlabel digunakan, yang secara kolektif diberi nama “probe asimilasi”, mengikuti
prinsip-prinsip teknik FRET. Prinsip pengoperasian pasangan probe analog dengan “ritsleting molekul”;
untai pendinginan dipindahkan dari untai fluoresen komplementer sebagian selama proses sintesis DNA.
Ritsleting molekuler adalah konstruksi probe fluoresen, yang digunakan untuk mengukur DNA target
dengan memantau reaksi amplifikasi ramifikasi (RAM) atau amplifikasi lingkaran bergulir (RCA) secara
real-time. Probe khusus ini menyajikan fluoresensi latar belakang yang sangat rendah karena interaksi
yang kuat antara dua untaian. Ketika dimasukkan ke dalam produk RAM, wilayah untai gandanya dibuka
oleh perpindahan, dan kemudian fluorofornya memancarkan sinyal fluoresen [186].
Keuntungan besar menggunakan teknologi ini terletak pada pengurangan potensi kesalahan yang timbul dari
deteksi visual produk LAMP. Selain itu, teknologi ini meningkatkan akurasi pendeteksian patogen, dan memungkinkan
kuantifikasi patogen pada saat yang bersamaan. Beberapa perangkat portabel berbasis teknologi ini tersedia secara
komersial, misalnya, “Bioranger” (Diagenetix, Inc., Honolulu, HI, USA) dan “Genie II dan III” (Optigene Ltd., West
Sussex, UK), yang digunakan oleh petani atau konsultan tanaman, terutama dalam kegiatan program pembibitan atau
fitosanitasi [164].

10. Kelebihan dan Kekurangan Uji LAMP

Di antara semua teknik yang didasarkan pada amplifikasi asam nukleat, uji LAMP, karena karakteristiknya, ketahanan yang
tinggi, kesederhanaan, dan penerapan dalam konteks terbatas sumber daya, merupakan teknik yang paling banyak digunakan.
Tanaman2020,9, 461 17 dari 28

digunakan sebagai metode diagnostik yang sangat baik yang juga dapat digunakan di negara-negara berkembang di mana banyak
penyakit tanaman bersifat endemik [22].
Keuntungan lain dari teknik ini adalah sebagai berikut:

- Dibandingkan dengan metode amplifikasi RNA/DNA lainnya (yaitu PCR, RT-PCR, dan RT-qPCR), LAMP
menunjukkan sensitivitas dan spesifisitas yang serupa [187].
- Tes LAMP pada umumnya berlangsung cepat dan selesai dalam waktu sekitar satu jam; jika loop primer digunakan, dibutuhkan
waktu tidak lebih dari 30 menit [24].

- LAMPU bekerja pada suhu konstan, berkat aktivitas perpindahan untai yang tinggiBst
polimerase [15].
- LAMPU hanya membutuhkan waterbath atau block heater yang dapat digunakan pada kondisi lapangan [15,156
,188]. Selain itu, tidak memerlukan personel khusus.
- Ketika dikombinasikan dengan transkripsi terbalik, amplifikasi urutan RNA dapat dilakukan dalam
uji LAMP dengan efisiensi tinggi.
- Kekokohan LAMP juga memungkinkan untuk menganalisis sampel yang belum diproses, yang dapat
digunakan sebagai templat, seiring aktivitasBstpolimerase tidak dipengaruhi oleh adanya zat
penghambat. Misalnya, dalam diagnosis virus tanaman, ekstrak tanaman mentah langsung dapat
digunakan untuk menghindari ekstraksi RNA atau DNA total, mempersingkat waktu pemrosesan,
memungkinkan analisis beberapa sampel secara bersamaan, dan secara drastis mengurangi total biaya
untuk analisis tunggal. [12].
- Visualisasi hasil dapat dilakukan dengan metode mata telanjang atau real-time, melalui penggunaan
SYBR Green I, EtBr, HNB, atau Calcein [171]. Tidak diperlukan pemrosesan pasca amplifikasi, sehingga
mengurangi waktu dan risiko kontaminasi yang tinggi.
- Batas deteksi uji LAMP sebanding dengan PCR titik akhir, sedangkan pengujian ini lebih tinggi
dibandingkan dengan teknik amplifikasi isotermal lainnya seperti NASBA, 3SR, dan SDA, yang
semuanya memiliki batas deteksi kurang dari 10 salinan [15].

Kendala utama uji LAMP adalah desain primer yang tepat. Karena alasan ini, pendekatan multipleksing
untuk LAMP kurang berkembang dibandingkan PCR. Selain itu, karena produk LAMP merupakan campuran
DNA batang-loop dan struktur mirip kembang kol, teknik ini tidak cocok untuk tujuan kloning. Sensitivitas yang
sangat baik dari metode LAMP membuatnya rentan terhadap kontaminasi, pada kenyataannya, salah satu
faktor pembatas utama dari teknik LAMP diwakili oleh kemungkinan kontaminasi yang terjadi ketika
elektroforesis dilakukan untuk visualisasi hasil. Faktanya, produk LAMP sangat kuat sehingga tidak mudah
terdegradasi, dan hal ini berimplikasi pada kemungkinan terbawanya kontaminasi [189]. Masalah ini dapat
dengan mudah diatasi dengan melakukan pra-inkubasi campuran LAMP dengan Uracil-N-glikosilase (UNG) [190
]. Seperti dijelaskan di atas, metode lain yang sangat mudah untuk mencegah kontaminasi bawaan adalah
dengan menggunakan pewarna pengikat DNA atau indikator ion logam dalam campuran LAMP. Dengan
prosedur ini, tabung tidak perlu dibuka ketika reaksi amplifikasi telah selesai dan deteksi dilakukan sebagai
teknologi “tabung tertutup” tunggal [191]. Terakhir, untuk mengendalikan kontaminasi, persiapan campuran
utama harus dilakukan di atas es dalam waktu kurang dari 30 menit [33].

LAMP adalah alat yang efektif untuk diagnosis dan pencegahan munculnya penyakit/patogen baru
dan muncul kembali. Oleh karena itu, dalam 20 tahun terakhir, telah menyebar luas ke seluruh dunia
dan telah berhasil diterapkan dalam deteksi dan diagnostik molekuler, terutama di negara-negara
berkembang, untuk mendeteksi patogen manusia dan tanaman, organisme hasil rekayasa genetika
(GMO) [192], identifikasi jenis kelamin embrio [193], dan deteksi kanker [194].
Dalam patologi tanaman, perlu untuk menghindari penyebaran berbagai patogen dan masuknya patogen
atau hama baru di area baru, untuk melakukan metode molekuler baru yang cepat [7]. Hingga saat ini, banyak
laporan tersedia mengenai metode LAMP untuk mendeteksi berbagai patogen tanaman. Seperti diberitakan
sebelumnya, banyak metode berbasis LAMP dikembangkan untuk berbagai penyakit virus tanaman, penyakit
bakteri tanaman penting, fitoplasma, dan jamur.
Tanaman2020,9, 461 18 dari 28

Singkatnya, teknik LAMP mewakili metodologi penting untuk menghindari penyebaran

penyakit endemik atau masuknya patogen berbahaya [4,5,195–198] ke wilayah geografis baru.

Kontribusi Penulis:Untuk artikel penelitian dengan beberapa penulis, paragraf pendek yang menyebutkan
kontribusi masing-masing harus disediakan. Pernyataan berikut harus digunakan “Konseptualisasi, SD dan SP;
metodologi, AGC, AT, dan SM; sumber daya, SD dan SP; kurasi data, PB, RS, dan LT; penulisan—penyusunan
draf asli, SD, SP, AT, SM, AGC, RS, PB, dan LT; penulisan—review dan editing, SD, SP, dan AGC; pengawasan, SD
Semua penulis telah membaca dan menyetujui versi naskah yang diterbitkan.”
Pendanaan:Penelitian ini tidak menerima pendanaan eksternal. Konflik

kepentingan:Para penulis menyatakan tidak ada konflik kepentingan.

Referensi
1. Clark, MF; Adams, AN Karakteristik metode lempeng mikro uji imunosorben terkait-enzim untuk mendeteksi
virus tanaman.J.Jenderal Virol.1977,34, 475–483. [Referensi Silang] [PubMed]
2. Boonham, N.; Kreuze, J.; Musim Dingin, S.; Van der Vlugt, R.; Bergervoet, J.; Tomlinson, J.; Mumford, R. Metode
diagnostik virus: Dari ELISA hingga pengurutan generasi berikutnya.Res Virus.2014,186, 20–31. [Referensi Silang
] [PubMed]
3. Mullis, K.; Faloona, F.; Scharf, S.; Saiki, RK; Klakson, GT; Erlich, H. Amplifikasi enzimatik spesifik DNA in vitro: Reaksi berantai
polimerase.Pelabuhan Musim Semi Dingin. Gejala. Bergalah. biologi.1986,51, 263–273. [Referensi Silang] [PubMed]

4. Davino, S.; Calari, A.; Davino, M.; Tessitori, M.; Bertaccini, A.; Bellardi, MG Virescence stok sepuluh minggu terkait
dengan infeksi fitoplasma di Sisilia.Banteng. Insektol.2007,60, 279–280.
5. Davino, S.; Panno, S.; Rangel, EA; Davino, M.; Bellardi, MG; Rubio, L. Genetika populasi virus mosaik mentimun yang
menginfeksi tanaman obat, aromatik dan hias dari Italia utara.Lengkungan. virus.2012,157, 739–745. [Referensi
Silang]
6. Panno, S.; Davino, S.; Rubio, L.; Rangel, E.; Davino, M.; GarcSayaa-HernAndez, J.; Olmos, A. Deteksi simultan dari
tujuh virus RNA utama yang menginfeksi tomat melalui dua reaksi berantai polimerase transkripsi balik
multipleks.J.Virol. Metode2012,186, 152–156. [Referensi Silang]
7. Panno, S.; Ferriol, saya.; Rangel, EA; Olmos, A.; Han, CG; Martinelli, F.; Rubio, L.; Davino, S. Deteksi dan identifikasi
spesies Fabavirus dengan RT-PCR satu langkah dan RT-PCR multipleks.J.Virol. Metode2014,197, 77–82. [Referensi
Silang]
8. Vunsh, RON; Rosner, A.; Stein, A. Penggunaan reaksi berantai polimerase (PCR) untuk mendeteksi virus mosaik kacang
kuning pada gladiol.Ann. Aplikasi. biologi.1990,117, 561–569. [Referensi Silang]
9. PubMed. Tersedia daring:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/(diakses pada 3 Februari 2020).
10. Wetmur, JG Penyelidikan DNA: Penerapan prinsip hibridisasi asam nukleat.Kritik. Pendeta Biokimia. mol. biologi.
1991,26, 227–259. [Referensi Silang]
11. Mumford, RA; Walsh, K.; Barker, saya.; Boonham, N. Deteksi virus mop top kentang dan virus rattle tembakau
menggunakan uji reaksi berantai polimerase transkripsi balik fluoresen real-time multipleks.Fitopatologi 2000,
90, 448–453. [Referensi Silang]
12. Panno, S.; Ruiz-Ruiz, S.; Caruso, AG; Alfaro-Fernandez, A.; San Ambrosio, MIF; Davino, S. Pengembangan reaksi
berantai polimerase transkripsi balik waktu nyata untuk deteksi cepat virus buah rugose coklat tomat dan
perbandingan dengan teknik lain.RekanJ2019,7, e7928. [Referensi Silang] [PubMed]
13.Wilhelm, J.; Pingoud, A.; Hahn, M. Metode berbasis PCR real-time untuk estimasi ukuran genom. Asam
Nukleat Res.2003,31, e56. [Referensi Silang] [PubMed]
14. Ponchel, F.; Toomes, C.; Bransfield, K.; Leong, FT; Douglas, SH; Lapangan, SL; Robinson, PA PCR waktu nyata
berdasarkan fluoresensi SYBR-Green I: Sebuah alternatif terhadap uji TaqMan untuk kuantifikasi relatif
penataan ulang gen, amplifikasi gen, dan penghapusan gen mikro.Bioteknologi BMC.2003,3, 18.[Referensi
Silang] [PubMed]
15. Notomi, T.; Okeama, H.; Masubuchi, H.; Yonekawa, T.; Watanabe, K.; Amino, N.; Hase, T. Amplifikasi DNA isotermal
yang dimediasi loop.Asam Nukleat Res.2000,28, e63. [Referensi Silang] [PubMed]
16. Wang, X.; Teng, D.; Guan, Q.; Tian, F.; Wang, J. Deteksi Kedelai Roundup Ready dengan amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop dikombinasikan dengan dipstick aliran lateral.Kontrol Makanan2013,29, 213–220. [Referensi Silang]
Tanaman2020,9, 461 19 dari 28

17. Li, JJ; Xiong, C.; Liu, Y.; Liang, JS; Zhou, XW Loop-Mediated Isothermal Amplification (LAMP): Munculnya
Teknologi Alternatif untuk Identifikasi Obat Herbal.Depan. Ilmu Tanaman.2016,7, 1956.[Referensi Silang]
18. Mayboroda, O.; Katakis, saya.; O'Sullivan, CK Amplifikasi asam nukleat isotermal multipleks.Biokimia Anal. 2018,545
, 20–30. [Referensi Silang]
19. Srividya, A.; Maiti, B.; Chakraborty, A.; Chakraborty, G. Loop Amplifikasi Isotermal yang Dimediasi: Alat yang
Menjanjikan untuk Menyaring Mutasi Genetik.mol. Diagnosis.2019,23, 723–733. [Referensi Silang]
20. Kamu, J.; Xu, M.; Tian, X.; Cai, S.; Zeng, S. Kemajuan penelitian dalam deteksi miRNA.J.Pharm. Dubur.2019, 90, 217–226. [
Referensi Silang]
21. Martinelli, F.; Scalenghe, R.; Davino, S.; Panno, S.; Scuderi, G.; Ruisi, P.; Vila, P.; Stroppiana, D.; Boschetti, M.; Goulart, LR; dkk. Metode
canggih untuk mendeteksi penyakit tanaman. Sebuah ulasan.Agronomi. Mempertahankan. Dev.2014,35, 1–25. [Referensi Silang]

22. Mori, Y.; Notomi, T. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP): Metode diagnostik yang cepat, akurat, dan hemat
biaya untuk penyakit menular.J. Menginfeksi. ibu kemoterapi.2009,15, 62–69. [Referensi Silang] [PubMed]
23. Tomita, N.; Mori, Y.; Kanda, H.; Notomi, T. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP) dari urutan gen dan
deteksi visual sederhana terhadap produk.Nat. protokol.2008,3, 877–882. [Referensi Silang] [PubMed]
24. Nagamin, K.; Hase, T.; Notomi, T. Reaksi yang dipercepat dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop menggunakan primer
loop.mol. Sel. Penyelidikan2002,16, 223–229. [Referensi Silang] [PubMed]
25. Chander, Y.; Koelbl, J.; Puckett, J.; Moser, MJ; Klingele, AJ; Liles, Bpk; Carrias, A.; Mead, DA; Schoenfeld, TW
Polimerase termostabil baru untuk amplifikasi isotermal yang dimediasi loop RNA dan DNA (LAMP).
Depan. Mikrobiol.2014,5, 395.[Referensi Silang] [PubMed]
26. Hadersdorfer, J.; Neumuller, M.; Treutter, D.; Fischer, TC Deteksi yang cepat dan andalVirus cacar plumpada tanaman
inang berkayu menggunakan protokol Blue LAMP.Ann. Aplikasi. biologi.2011,159, 456–466. [Referensi Silang]
27. Walsh, HA; Pietersen, G. Deteksi cepatTerkait dengan daun selentinganvirus tipe 3 menggunakan metode
amplifikasi yang dimediasi loop transkripsi terbalik.J.Virol. Metode2013,194, 308–316. [Referensi Silang]
28. Zhang, J.; Kelahiran, W.; Lin, B.; Melzer, M.; Shen, H.; Pu, X.; Matahari, D.; Nelson, S.; Hu, J. Deteksi multipleks tiga virus
pisang dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik (RT-LAMP).Trop. Tanaman Pathol.2018,43,
543–551. [Referensi Silang]
29. Mori, Y.; Hirano, T.; Notomi, T. Urutan deteksi visual spesifik reaksi LAMP dengan penambahan polimer kationik.
Bioteknologi BMC.2006,6, 3.[Referensi Silang]
30. Varga, A.; James, D. Penggunaan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk mendeteksi Virus
cacar plum.J.Virol. Metode2006,138, 184–190. [Referensi Silang]
31. Almasi, MA Pembentukan dan penerapan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk
mendeteksi virus daun kipas Grapevine.mol. biologi.2016,4, 55935592.[Referensi Silang]
32. Budziszewska, M.; Wieczorek, P.; Obrępalska-Stęplowska, A. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik satu
langkah (RT-LAMP) untuk mendeteksi virus tomat torrado.Lengkungan. virus.2016,161, 1359–1364. [Referensi Silang] [
PubMed]
33. François, P.; Tangomo, M.; Hibbs, J.; Bonetti, EJ; Boehme, CC; Notomi, T.; Perkins, MD; Schrenzel, J.
Kekokohan reaksi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop untuk aplikasi diagnostik.Imunol FEMS.
medis. Mikrobiol.2011,62, 41–48. [Referensi Silang] [PubMed]
34. Si Ammour, M.; Bilodeau, GJ; Tremblay, DM; Van der Heyden, H.; Yasin, T.; Varvaro, L.; Carisse, O. Pengembangan
Uji Amplifikasi Isotermal Waktu Nyata untuk Deteksi Di TempatPhytophthora infestans di Daun Kentang.
Tanaman Dis.2017,101, 1269–1277. [Referensi Silang] [PubMed]
35. Elvira-GonzAlez, L.; Puchades, AV; Carpino, C.; Alfaro-Fernandez, A.; Font-San-Ambrosio, MI; Rubio, L.; Galipienso, L.
Deteksi cepatVirus tomat selatandengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi satu langkah (RT-
LAMP).J.Virol. Metode.2017,241, 11–14. [Referensi Silang]
36. Kogovšek, P.; Mehle, N.; Pugelj, A.; Jakomin, T.; Schroers, HJ; Ravnikar, M.; Dermastia, M. Uji amplifikasi isotermal
yang dimediasi loop cepat untuk fitoplasma kuning selentingan pada homogenat urat daun mentah memiliki
kinerja yang sama dengan qPCR.euro. J. Tanaman Pathol.2017,148, 75–84. [Referensi Silang]
37. Romero Romero, JL; Pemahat, GD; Arce Johnson, P.; Perry, Kuala Lumpur; Thompson, JR Metode yang cepat, sensitif dan murah
untuk mendeteksi virus bercak merah selentingan tanpa ekstraksi jaringan menggunakan amplifikasi isotermal yang dimediasi
loop.Lengkungan. virus.2019,164, 1453–1457. [Referensi Silang]
Tanaman2020,9, 461 20 dari 28

38. Selvaraj, V.; Maheshwari, Y.; Hajeri, S.; Yokomi, R. Alat deteksi cepat isolat VTVirus jeruk tristezadengan uji
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkriptase balik immunocapture.PLoS SATU 2019,14,
e0222170. [Referensi Silang]
39. Wilisiani, F.; Tomiyama, A.; Katoh, H.; Hartono, S.; Neriya, Y.; Nishigawa, H.; Natsuaki, T. Pengembangan uji LAMP dengan
perangkat portabel untuk mendeteksi begomovirus secara real-time dalam kondisi lapangan.J.Virol. Metode2019,265,
71–76. [Referensi Silang]
40. Kaneko, H.; Kawana, T.; Fukushima, E.; Suzutani, T. Toleransi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop terhadap
media kultur dan zat biologis.J. Biokimia. Biofisika. Metode2007,70, 499–501. [Referensi Silang]
41. Abd-Elsalam, KA Alat bioinformatika dan pedoman desain primer PCR.Af. J. Bioteknologi.2003,2, 91–95.

42. Penjelajah Primer. Tersedia daring:https://primerexplorer.jp/e/(diakses pada 3 Februari 2020).

43. Torres, C.; Vitalis, EA; Tukang roti, BR; Gardner, SN; Torres, MW; Dzenitis, JM LAVA: Pendekatan Sumber Terbuka untuk
merancang tanda tangan DNA LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification).BMC Bioinformasi. 2011,12, 240–247. [
Referensi Silang] [PubMed]
44. Matahari, YL; Yen, CH; Tu, CF Tes amplifikasi isotermal yang dimediasi loop Immunocapture untuk mendeteksi
parvovirus anjing.J.Virol. Metode2017,249, 94–101. [Referensi Silang] [PubMed]
45. Bertolini, E.; Moreno, A.; Capote, N.; Olmos, A.; De Luis, A.; Vidal, E.; Pyaiturez-Panadyaitus, j.; Cambra, M. Deteksi
kuantitatif virus Citrus tristeza di jaringan tanaman dan kutu daun tunggal dengan RT-PCR waktu nyata.euro. J.
Tanaman Pathol.2008,120, 177–188. [Referensi Silang]
46. Osman, F.; Rowhani, A. Penerapan teknik preparasi sampel spotting untuk deteksi patogen pada tanaman
berkayu dengan RT-PCR dan real-time PCR (TaqMan).J.Virol. Metode2006,133, 130–136. [Referensi Silang]
47. Fu, S.; Qu, G.; Guo, S.; Bu, L.; Zhang, N.; Zhang, S.; Zhang, S.; Gao, S.; Shen, Z. Penerapan amplifikasi DNA isotermal yang
dimediasi loop.Aplikasi. Biokimia. Bioteknologi.2011,163, 845–850. [Referensi Silang]
48. Nie, X. Amplifikasi DNA isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk deteksivirus kentang Y. Tanaman Dis.2005,
89, 605–610. [Referensi Silang]
49. Galvez, LC; Barbosa, CFC; Koh, RBL; Aquino, VM Pengujian amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP)
untuk mendeteksi virus abaka tandan dan virus tandan pisang di abaka.Pangkas Prot.2020, 131, 105101.[
Referensi Silang]
50. Peng, D.; Xie, J.; Qiang, W.; Ling, KS; Guo, L.; Penggemar, Z.; Zhou, T. Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
transkripsi balik satu langkah untuk mendeteksi virus bercak daun klorosis Apple.J.Virol. Metode2017,248, 154–158. [
Referensi Silang]
51. Lu, Y.; Yao, B.; Wang, G.; Hong, N. Deteksi ACLSV dan ASPV pada tanaman pir dengan uji RT-LAMP.
J.Virol. Metode2018,252, 80–85. [Referensi Silang]
52. Lee, SH; Ahn, G.; Kim, MS; Jeong, OC; Lee, JH; Kwon, HG; Kim, YH; Ahn, JY Barcoding LAMP Ditambah Poli-adenin
untuk Mendeteksi Viroid Kulit Bekas Luka Apel.Sisir ACS. Sains.2018,20, 472–481. [Referensi Silang]
53. Lixin, G. Deteksi virus mosaik Arabis dengan metode amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.
Prot Tanaman.2015,39, 91–95.
54. Zhang, J.; Kelahiran, WB; Lin, B.; Ya, KK; Melzer, MJ; Shen, H.; Pu, X.; Matahari, D.; Hu, JS Urutan mendalam virus
mosaik daun pisang dari jahe berbunga (Alpinia purpurata) dan pengembangan uji deteksi imunocapture RT-
LAMP.Lengkungan. virus.2016,161, 1783–1795. [Referensi Silang] [PubMed]
55. Peng, J.; Zhang, J.; Xia, Z.; Li, Y.; Huang, J.; Fan, Z. Deteksi cepat dan sensitif terhadap virus banana bunky top dengan
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.J.Virol. Metode2012,185, 254–258. [Referensi Silang]
56. Peng, J.; Penggemar, Z.; Huang, J. Deteksi cepat virus banana stroke dengan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
di Cina Selatan.J.Fitopatol.2012,160, 248–250. [Referensi Silang]
57. Zarzyńska-Nowak, A.; hasiHaiw-Jaroszewska, B.; Jeżewska, M. Analisis molekul isolat virus mosaik garis barley yang
berbeda dalam sifat biologisnya dan pengembangan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi
balik untuk mendeteksinya.Lengkungan. virus.2018,163, 1163–1170. [Referensi Silang] [PubMed]
58. Zhao, K.; Liu, Y.; Wang, XF Amplifikasi DNA isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk mendeteksi
virus katai kuning Barley di Tiongkok.J.Virol. Metode2010,169, 211–221. [Referensi Silang]
59. Lee, S.; Kim, H.; Lee, JY; Rho, JY Pengembangan deteksi cepat dan sangat sensitif terhadap virus nekrosis mosaik umum
Kacang pada tanaman polong-polongan menggunakan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.J.Virol. Metode
2017,249, 117–120. [Referensi Silang]
Tanaman2020,9, 461 21 dari 28

60. Wei, QW; Yu, C.; Zhang, SY; Yang, CY; Miriam, K.; Zhang, WN; Dou, DL; Tao, XR Deteksi satu langkah virus belang
polong pada biji kedelai dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik. virus. J.2012,9,
187.[Referensi Silang]
61. Kil, E.; Cho, S.; Byun, H.; Kim, J.; Hwang, H.; Auh, C.; Heo, N.; Berkilau.; Lee, S. Identifikasi diferensial tiga spesies
Curtovirus menggunakan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.Akta Virol.2014,58, 160–166. [Referensi
Silang]
62. Almasi, MA; Almasi, G. Pengembangan dan evaluasi uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk
mendeteksi virus vena kuning nekrotik bit.Lengkungan. virus.2017,162, 495–500. [Referensi Silang]
63.Tomlinson, JA; Ostoja-Starzewska, S.; Adams, IP; Miano, DW; Abidrabo, P.; Kinyua, Z.; Alicai, T.; Dickinson, MJ;
Peters, D.; Boonham, N.; dkk. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop untuk deteksi cepat agen
penyebab penyakit garis coklat singkong.J.Virol. Metode2013,191, 148–154. [Referensi Silang] [PubMed]
64. Banerjee, A.; Roy, S.; Sharma, SK; Dutta, SK; Chandra, S.; Ngachan, SV Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
transkripsi terbalik (RT-LAMP) untuk diagnosis cepat virus belang vena cabai.Lengkungan. virus.2016, 161, 1957–1961. [
Referensi Silang] [PubMed]
65. Fukuta, S.; Tamura, M.; Maejima, H.; Takahashi, R.; Kuwayama, S.; Tsuji, T.; Yoshida, T.; Itoh, K.; Hashizume, H.; Nakajima, Y.;
dkk. Deteksi diferensialVirus mosaik kuning gandum, virus mosaik gandum Jepang yang ditularkan melalui tanahDan
Virus mosaik gandum Cinadengan reaksi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.J.Virol. Metode
2013,189, 348–354. [Referensi Silang] [PubMed]
66. Taman, J.; Jung, Y.; Kil, EJ; Kim, J.; Thi Tran, D.; Choi, SK; Yoon, JY; Cho, Minggu; Lee, S. Amplifikasi isotermal
yang dimediasi loop untuk deteksi cepat viroid klorotik krisan (CChMVd).
J.Virol. Metode2013,193, 232–237. [Referensi Silang] [PubMed]
67. Suzuki, R.; Fukuta, S.; Matsumoto, Y.; Hasegawa, T.; Kojima, H.; Hotta, M.; Miyake, N. Pengembangan uji
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik sebagai metode deteksi sederhana virus
nekrosis batang krisan pada bunga krisan dan tomat.J.Virol. Metode2016,236, 29–34. [Referensi Silang]

68.Liu, XL; Zhao, XT; Muhammad, saya; Wah, BB; Hong, B. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi
balik multipleks untuk deteksi simultan CVB dan CSVd pada krisan.J.Virol. Metode2014,210, 26–31. [
Referensi Silang]
69. Liu, H.; Wu, W.; Tan, J.; Li, Y.; Mi, W.; Jiang, L.; Wu, Y. Pengembangan dan evaluasi amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop transkripsi balik satu langkah untuk mendeteksi virus bercak daun jeruk.J.Virol. Metode 2019,270
, 150–152. [Referensi Silang]
70. Astaga, DK; Wargane, A.; Biswas, KK Deteksi cepat dan sensitif terhadap virus Citrus tristeza menggunakan
transkripsi balik uji Amplifikasi Isotermal yang dimediasi Loop (RT-LAMP).Metode Mol. biologi.2019,2015, 143–
150.
71. Warghane, A.; Misra, P.; Bhose, S.; Biswas, KK; Sharma, AK; Reddy, MK; Ghosh, DK Pengembangan uji
amplifikasi isotermal termediasi loop transkripsi balik (RT-LAMP) yang sederhana dan cepat untuk deteksi
sensitif virus Citrus tristeza.J.Virol. Metode2017,250, 6–10. [Referensi Silang]
72.Anthony Johnson, SAYA; Dasgupta, I.; Sai Gopal, DV Pengembangan amplifikasi isotermal termediasi loop dan
metode PCR real-time hijau SYBR untuk mendeteksi badnavirus mosaik kuning jeruk pada spesies jeruk.J.Virol.
Metode2014,203, 9–14. [Referensi Silang]
73. Thanarajoo, SS; Kong, LL; Kadir, J.; Lau, WH; Vadamalai, G. Deteksi viroid suku cadang-cadang kelapa (CCCVd) pada
kelapa sawit dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik (RT-LAMP).J.Virol. Metode2014
,202, 19–23. [Referensi Silang] [PubMed]
74. Bhuvitarkorn, S.; Klinkong, S.; Reanwarakorn, K. Meningkatkan deteksi viroid laten Columnea menggunakan amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik (RT-LAMP).Int. J.Pertanian. Teknologi.2019,15, 215–228.
75. Li, JY; Wei, QW; Liu, Y.; Tan, XQ; Zhang, WN; Wu, JY; Charimbu, MK; Hu, BS; Cheng, ZB; Yu, C.; dkk. Amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik satu langkah untuk deteksi cepat virus mosaik bintik hijau
mentimun.J.Virol. Metode2013,193, 583–588. [Referensi Silang] [PubMed]
76. Bhat, AI; Siljo, A.; Deeshma, KP Deteksi cepatVirus bintik kuning PiperDanVirus mosaik mentimun menginfeksi lada
hitam (Piper nirum) dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP).J.Virol. Metode 2013,193, 190–196.
[Referensi Silang] [PubMed]
Tanaman2020,9, 461 22 dari 28

77. Peng, J.; Shi, M.; Xia, Z.; Huang, J.; Fan, Z. Deteksi isolat virus mosaik mentimun dari pisang dengan amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik satu langkah.Lengkungan. virus.2012,157, 2213–2217. [Referensi
Silang]
78. Penggemar, X.; Du, Y.; Cai, Y.; Zhang, Y.; Zhao, X.; Liang, J.; Xu, Y. Deteksi cepat dan sensitif virus mosaik mentimun dengan
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.Acta Biochim. Biofisika. Dosa.2019,51, 223–226. [Referensi
Silang]
79. Wang, Z.; Gu, Q.; Matahari, H.; Li, H.; Matahari, B.; Liang, X.; Yuan, Y.; Liu, R.; Shi, Y. Loop transkripsi terbalik satu
langkah memediasi uji amplifikasi isotermal untuk deteksi virus kuning klorosis Cucurbit yang sensitif dan cepat.
J.Virol. Metode2014,195, 63–66. [Referensi Silang]
80. Waliullah, S.; Ling, K.-S.; Cieniewicz, EJ; Oliver, JE; Ji, P.; Ali, ME Pengembangan Uji Amplifikasi Isotermal
Bermediasi Loop untuk Deteksi CepatVirus Remuk Daun Cucurbit.Int. J.Mol. Sains.2020,21, 1756.[Referensi
Silang]
81. Lee, MS; Yang, MJ; Hseu, YC; Lai, GH; Chang, WT; Hsu, YH; Lin, MK Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi
loop transkripsi balik satu langkah untuk deteksi cepat virus mosaik Cymbidium.J.Virol. Metode2011,173,
43–48. [Referensi Silang]
82. Ishikawa, K.; Maejima, K.; Netsu, O.; Fukuoka, M.; Nijo, T.; Hashimoto, M.; Takata, D.; Yamaji, Y.; Namba, S. Deteksi
cepat virus mosaik ara menggunakan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.
J. Jenderal. Tanaman Pathol.2015,81, 382–389. [Referensi Silang]

83. Almasi, MA; Almasi, G. Colorimetric immunocapture loop memediasi uji amplifikasi isotermal untuk mendeteksi
virus titik nekrotik Impatiens (INSV) oleh GineFinder™pewarna.euro. J. Tanaman Pathol.2018,150, 533–538. [
Referensi Silang]
84. Fukuta, S.; Iida, T.; Mizukami, Y.; Ishida, A.; Ueda, J.; Kanbe, M.; Ishimoto, Y. Deteksi virus mosaik ubi jepang dengan
RT-LAMP.Lengkungan. virus.2003,148, 1713–1720. [Referensi Silang] [PubMed]
85. Zhang, Y.; Xie, Z.; Fletcher, JD; Wang, Y.; Wang, R.; Guo, Z.; He, Y. Deteksi Cepat dan Sensitif terhadap Virus Necrotic
Yellows Selada dan Virus Mosaik Mentimun yang Menginfeksi Selada (Laktuca sativaL.) dengan Amplifikasi
Isotermal yang Dimediasi Loop Transkripsi Terbalik.Tanaman Pathol. J.2020,36, 76.[PubMed]
86. Zhao, B.; Yang, D.; Zhang, Y.; Xu, Y.; Zhao, X.; Liang, J.; Penggemar, X.; Du, Y.; Zhu, Z.; Shi, B.; dkk. Deteksi visual cepat virus
lily mottle menggunakan metode amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.Lengkungan. virus.2018,63, 545–548. [
Referensi Silang]
87. Dia, X.; Xue, F.; Xu, S.; Wang, W. Deteksi cepat dan sensitif terhadap virus tanpa gejala Lily dengan amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.J.Virol. Metode2016,238, 38–41. [Referensi Silang]
88. Zhao, X.; Du, Y.; Zhang, Y.; Liang, J.; Cai, Y.; Xu, Y.; Yang, D. Deteksi efektif Virus Tanpa Gejala Lily menggunakan
metode amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.Australia. Tanaman Pathol. 2019,48, 373–
374. [Referensi Silang]
89. Tahzima, R.; Foucart, Y.; Peusens, G.; Belien, T.; Massart, S.; De Jonghe, K. Deteksi baru yang sensitif dan cepatVirus ceri
kecil1 menggunakan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (RT-LAMP).J.Virol. Metode2019,265, 91–98. [Referensi
Silang]
90. Xu, Y.; Zhang, F.; Yu, Y.; Qiu, Z. Penerapan Amplifikasi Isotermal yang Dimediasi Loop Transkripsi Terbalik
untuk Deteksi Cepat Virus Kerdil Klorotik Jagung.Pertanian. Sains. Teknologi.2017,18, 2450–2453.

91. Chen, L.; Jiao, Z.; Liu, D.; Liu, X.; Xia, Z.; Deng, C.; Zhou, T.; Fan, Z. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
transkripsi balik satu langkah untuk mendeteksi virus belang klorotik jagung pada jagung.J.Virol. Metode2017,
240, 49–53. [Referensi Silang]
92. Qiao, N.; Dai, H.; Liu, J.; Zhu, X.; Li, J.; Zhang, D.; Liu, Y. Deteksi virus titik nekrotik melon dengan uji amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik satu langkah.PLoS SATU2020,15, e0230023. [Referensi Silang]
93. Zeng, R.; Xu, LH; Gao, SG; Ni, XH; Chen, CL; Chen, JC; Dai, FM Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
transkripsi balik satu langkah untuk deteksi cepat virus titik kuning melon.euro. J. Tanaman Pathol.2016,
145, 119–124. [Referensi Silang]
94. Meena, PN; Kharbikar, LL; Rana, RS; Satpati, S.; Shanware, A.; Sivalingam, PN; Nandanwar, S. Deteksi virus mosaik
vena kuning Mesta (MeYVMV) dalam sampel lapangan dengan reaksi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.
J.Virol. Metode2019,263, 81–87. [Referensi Silang] [PubMed]
Tanaman2020,9, 461 23 dari 28

95. Zhang, J.; Liu, X.; Li, W.; Zhang, J.; Xiao, Z.; Zhou, Z.; Liu, T.; Li, Y.; Wang, F.; Zhang, S.; dkk. Deteksi cepat virus kerdil
vetch susu dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.J.Virol. Metode2018,261, 147–152. [Referensi Silang
] [PubMed]
96. Almasi, MA Pengembangan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik kolorimetri untuk
mendeteksi virus vena besar selada Mirafiori.Lengkungan. virus.2017,162, 2775–2780. [Referensi Silang] [
PubMed]
97. Tiberini, A.; Tomlinson, J.; Mikali, G.; Fontana, A.; Albania, G.; Tomassoli, L. Pengembangan uji amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik (LAMP) untuk deteksi cepat virus katai kuning bawang.
J.Virol. Metode2019,271, 113680.[Referensi Silang]
98. Shen, W.; Tuo, D.; Yan, P.; Li, X.; Zhou, P. Deteksi virus mosaik distorsi daun pepaya dengan amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.J.Virol. Metode2014,195, 174–179. [Referensi Silang]
99. Shen, W.; Tuo, D.; Yan, P.; Yang, Y.; Li, X.; Zhou, P. Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi
terbalik untuk deteksi cepat virus ringpot pepaya.J.Virol. Metode2014,204, 93–100. [Referensi Silang]

100. Boubourakas, IN; Fukuta, S.; Kyriakopoulou, PE Deteksi viroid mosaik laten buah persik yang sensitif dan cepat
melalui amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.J.Virol. Metode2009,160, 63–68. [Referensi
Silang]
101. HasiHaiw-Jaroszewska, B.; Borodynko, N. Deteksi isolat virus mosaik Pepino dari tomat dengan amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop transkripsi balik satu langkah.Lengkungan. virus2013,158, 2153–2156. [Referensi Silang]
102. Ling, KS; Li, R.; Bledsoe, pergeseran genotipe virus mosaik M. Pepino di Amerika Utara dan pengembangan amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop untuk identifikasi genotipe yang cepat.virus. J.2013,10, 117.[Referensi Silang]
103. Tangkanchanapas, P.; Höfte, M.; De Jonghe, K. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik (RT-LAMP)
dirancang untuk deteksi viroid buah obrolan Pepper (PCFVd) di tempat yang cepat dan sensitif.J.Virol. Metode2018,259,
81–91. [Referensi Silang] [PubMed]
104. Luo, X.; Zhang, D.; Zheng, L.; Peng, J.; Li, F.; Zhang, S.; Liu, Y. Pengembangan uji amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop transkripsi terbalik untuk deteksi cepat virus Pepper mottle.Bisa. J. Tanaman Pathol.2016,
38, 506–510. [Referensi Silang]
105. Komatsu, K.; Maejima, K.; Fujita, N.; Netsu, O.; Tomomitsu, T.; Arie, T.; Teraoka, T.; Namba, S. Metode deteksi berdasarkan
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk virus mosaik plantago asiatica yang heterogen
secara genetik.J. Jenderal. Tanaman Pathol.2015,81, 297–303. [Referensi Silang]
106. Almasi, MA; Manesh, AKU; Jafary, H.; Dehabadi, SMH Deteksi visualVirus gulungan daun kentangdengan
amplifikasi isotermal DNA yang dimediasi loop dengan pewarna Gene Finder TM.J.Virol. Metode2013,192, 51–54.
[Referensi Silang] [PubMed]
107. Raigond, B.; Verma, A.; Jandrajupalli, S.; Kochhar, T.; Sharma, S.; Chakrabarti, SK Squash Print Uji Amplifikasi Isotermal
yang Dimediasi Loop Transkripsi Terbalik untuk Deteksi Virus Gulungan Daun Kentang pada Kutu Daun Tunggal dan
Kentang.Res Kentang.2020,63, 1–14. [Referensi Silang]
108. Tsutsumi, N.; Yanagisawa, H.; Fujiwara, Y.; Ohara, T. DeteksiViroid Umbi Spindel Kentangdengan Amplifikasi
Isotermal yang dimediasi Loop Transkripsi Terbalik.Res. Banteng. hal. Prot. Jpn.2010,46, 61–67.
109. Jeong, J.; Cho, SY; Lee, WH; Lee, KJ; Ju, HJ Pengembangan Metode Deteksi Cepat Virus Kentang X dengan
Amplifikasi Isotermal Bermediasi Loop Transkripsi Terbalik.Tanaman Pathol. J.2015,31, 219–225. [Referensi
Silang]
110. Raigond, B.; Verma, A.; Kecoak, S.; Kochhar, T.; Arjunan, J.; Kumar, R.; Chakrabarti, SK Amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop transkripsi balik satu langkah: Uji sederhana, sensitif, dan cepat untuk mendeteksi virus kentang
X pada daun dan umbi kentang.Fitopatol India.2019,72, 321–328. [Referensi Silang]
111. Treder, K.; Chołuj, J.; Zacharzewska, B.; Babujee, L.; Mielczarek, M.; Burzyński, A.; Rakotondrafara, AM Optimalisasi
uji RT-LAMP penangkapan magnetik untuk deteksi virus Y kentang secara cepat dan real-time serta diferensiasi
serotipe N dan O.Lengkungan. virus.2018,163, 447–458. [Referensi Silang]
112. HasiHaiw-Jaroszewska, B.; Stachecka, J.; Minicka, J.; Sowiński, M.; Borodynko, N. Variabilitas virus Kentang Y pada
Tanaman Tomat di Polandia dan Pengembangan Metode Amplifikasi Isotermal yang Dimediasi Loop Transkripsi
Terbalik untuk Deteksi Virus.Fitopatologi2015,105, 1270–1276. [Referensi Silang]
113.Zong, X.; Wang, W.; Wei, H.; Wang, J.; Chen, X.; Xu, L.; Zhu, D.; Tan, Y.; Liu, Q. Deteksi cepatVirus bintik cincin
nekrotik Prunusmenggunakan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik berbantuan
nanopartikel magnetik.J.Virol. Metode2014,208, 85–89. [Referensi Silang] [PubMed]
Tanaman2020,9, 461 24 dari 28

114. Sasaya, T. Metode deteksi virus padi dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik
(RT-LAMP).Metode Mol. biologi.2015,1236, 49–59. [PubMed]
115. Du, L.; Shi, W.; Li, X.; Lan, Y.; Matahari, F.; Penggemar, Y.; Zhou, T.; Zhou, Y. Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
transkripsi balik (RT-LAMP) untuk mendeteksi patogen penyakit kerdil kasar jagung di Tiongkok. Australia. Tanaman
Pathol.2019,48, 485–489. [Referensi Silang]
116. Le, DT; Netsu, O.; Uehara-Ichiki, T.; Shimizu, T.; Choi, IR; Omura, T.; Sasaya, T. Deteksi molekuler sembilan virus
padi dengan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.J.Virol. Metode 2010,170, 90–93. [
Referensi Silang] [PubMed]
117. Lai, D.; Zhang, Y.; Huang, Q.; Yin, G.; Pennerman, KK; Liu, Z.; Guo, A. Membalikkan amplifikasi isotermal yang dimediasi
loop transkripsi untuk mendeteksi dengan cepat virus kerdil Beras.Saudi J.Biol. Sains.2018,25, 1577–1584. [Referensi
Silang] [PubMed]
118. Keizerweird, AT; Chandra, A.; Grisham, MP Pengembangan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
transkripsi balik (RT-LAMP) untuk mendeteksi virus mosaik Tebu dan virus mosaik Sorghum pada tebu.
J.Virol. Metode2015,212, 23–29. [Referensi Silang]
119. Zhou, T.; Du, L.; Penggemar, Y.; Zhou, Y. Membalikkan amplifikasi isotermal RNA yang dimediasi loop transkripsi untuk
deteksi sensitif dan cepat virus kerdil bergaris hitam beras selatan.J.Virol. Metode2012,180, 91–95. [Referensi Silang]

120. Kuan, CP; Wu, MT; Lu, YL; Huang, HC Deteksi cepat virus squash leaf curl dengan amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop.J.Virol. Metode2010,169, 61–65. [Referensi Silang]
121. Zhao, L.; Liu, Y.; Wu, Y.; Hao, X. Deteksi Cepat Virus Semangka dengan Amplifikasi Isotermal yang
Dimediasi Loop Transkripsi Terbalik.J.Fitopatol.2016,164, 330–336. [Referensi Silang]
122. Kim, J.; Lee, S.; Choi, J.; Kim, SK; Jang, W. Pengembangan Metode Diagonosis Sederhana dan Cepat Virus Latent Ringspot
Strawberry pada Tanaman Menggunakan Uji Amplifikasi Isotermal Bermediasi Loop.J. Tanaman Pathol. Mikrobiol.2016,
7, 377.[Referensi Silang]
123. Anandakumar, L.; Bagyalakshmi, K.; Muthuramalingam, TR; Nithya, K.; Parameswari, B.; Viswanathan, R.
Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik berdasarkan deteksi cepat virus mosaik
Tebu dan virus mosaik coretan Tebu yang terkait dengan penyakit mosaik tebu.Fitopatol India. 2020, 1–
10. [Referensi Silang]
124.Amata, RL; Fernandez, E.; Filloux, D.; Martin, DP; Rott, P.; Roumagnac, P. Prevalensi virus daun kuning tebu di
daerah penghasil tebu di Kenya diungkapkan dengan metode amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
transkripsi terbalik.Tanaman Dis.2016,100, 260–268. [Referensi Silang]
125. Zhao, L.; Cheng, J.; Hao, X.; Tian, X.; Wu, Y. Deteksi cepat virus tembakau dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi
loop transkripsi terbalik.Lengkungan. virus.2012,157, 2291–2298. [Referensi Silang] [PubMed]
126. Liu, Y.; Wang, Z.; Qian, Y.; Mu, J.; Shen, L.; Wang, F.; Yang, J. Deteksi cepat virus mosaik tembakau menggunakan metode
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.Lengkungan. virus.2010,155, 1681–1685. [Referensi Silang]
[PubMed]
127. Gawande, SP; Raghavendra, KP; Monga, D.; Nagrale, DT; Kranthi, S. Deteksi cepat virus coretan tembakau (TSV)
pada kapas (Gossypium hirsutum) berdasarkan Amplifikasi Isotermal Dimediasi Loop Transkripsi Terbalik (RT-
LAMP).J.Virol. Metode2019,270, 21–25. [Referensi Silang] [PubMed]
128. Liu, J.; Huang, C.; Wu, Z.; Zhang, X.; Wang, Y. Deteksi Virus Aspermy Tomat Menginfeksi Bunga Krisan dengan LAMP.Sains.
Pertanian. Dosa.2010,43, 1288–1294.
129. HasiHaiw-Jaroszewska, B.; Budzyńska, D.; Borodynko, N.; Pospieszny, H. Deteksi cepat isolat virus cincin hitam tomat yang
beragam secara genetik menggunakan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik. Lengkungan.
virus.2015,160, 3075–3078. [Referensi Silang]
130. Sarkes, A.; Fu, H.; Feindel, D.; Harding, MW; Feng, J. Pengembangan dan evaluasi uji amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop (LAMP) untuk mendeteksiVirus buah rugose coklat tomat(UntukBRFV).bioRxiv 2020. [Referensi
Silang]
131. Zhao, LM; Li, G.; Gao, Y.; Zhu, YR; Liu, J.; Zhu, XP Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi
terbalik untuk mendeteksi virus klorosis tomat.J.Virol. Metode2015,213, 93–97. [Referensi Silang]
132. Karwitha, M.; Feng, ZK; Shen, Y.; Essendi, W.; Zhang, WN; Li, JY; Tao, XR Deteksi cepat virus klorosis tomat dari
tanaman yang terinfeksi dan kutu kebul dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik satu
langkah.J.Fitopatol.2016,164, 255–263. [Referensi Silang]
Tanaman2020,9, 461 25 dari 28

133. Sui, X.; Zhang, S.; Wu, Z.; Ling, KS Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk
deteksi spesifik spesies orthotospovirus titik klorotik tomat.J.Virol. Metode2018,253, 56–60. [Referensi
Silang] [PubMed]
134. Arutselvan, R.; Reddy, MK; Makeshkumar, T. Deteksi cepat virus Bengaluru keriting daun tomat melalui uji
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.Virus Dis.2017,28, 303–308. [Referensi Silang] [PubMed]
135. Naganur, P.; Premchand, U.; Shankarappa, KS; Mesta, RK; Manjunatha, C.; Patil, CV Pengembangan Uji Amplifikasi
Isotermal Bermediasi Loop untuk Deteksi Virus Tomato Leaf Curl New Delhi di Ridge Gourd [Luffsebuah
akutangula(L.) Roxb.].Int. J.Kur. Mikrobiol. Aplikasi. Sains.2019,8, 2282–2295. [Referensi Silang]
136. Jeevalatha, A.; Kaundal, P.; Kumar, R.; Raigond, B.; Kumar, R.; Sharma, S.; Chakrabarti, SK Uji amplifikasi isotermal
yang dimediasi loop yang dioptimalkan untuk deteksi virus [kentang] daun tomat keriting di daun dan umbi
kentang.euro. J. Tanaman Pathol.2018,150, 565–573. [Referensi Silang]
137. Li, R.; Ling, KS Pengembangan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk
deteksi cepat potyvirus yang muncul: virus stunt nekrotik tomat.J.Virol. Metode2014,200, 35–40. [Referensi
Silang] [PubMed]
138. Fukuta, S.; Ohishi, K.; Yoshida, K.; Mizukami, Y.; Ishida, A.; Kanbe, M. Pengembangan amplifikasi isotermal
yang dimediasi loop transkripsi balik immunocapture untuk mendeteksi virus layu tomat dari bunga
krisan.J.Virol. Metode2004,121, 49–55. [Referensi Silang]
139. Fukuta, S.; Kato, S.; Yoshida, K.; Mizukami, Y.; Ishida, A.; Ueda, J.; Kanbe, M.; Ishimoto, Y. Deteksi Virus keriting
daun kuning tomatdengan reaksi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.J.Virol. Metode2003,112, 35–40. [
Referensi Silang]
140. Zhao, L.; Hao, X.; Liu, H.; Wang, Q.; Wu, Y. Deteksi Cepat virus mosaik lobak dengan Amplifikasi Isotermal yang
Dimediasi Loop Transkripsi Terbalik.J.Fitopatol.2014,162, 693–696. [Referensi Silang]
141. Congdon, BS; Kehoe, MA; Filardo, FF; Coutts, BA Deteksi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop di lapangan terhadap
virus Turnip yellows pada tanaman dan vektor kutu daun utamanya, Myzus persicae.J.Virol. Metode 2019,265, 15–21. [
Referensi Silang]
142. Lee, S.; Kim, JH; Choi, JY; Jang, Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi WC Loop untuk mendeteksi dengan cepat virus mosaik
coretan gandum pada tanaman yang dikarantina.Tanaman Pathol. J.2015,31, 438.[Referensi Silang]
143.Zhang, ZY; Liu, XJ; Li, DW; Yu, JL; Han, CG Deteksi cepat virus mosaik kuning gandum dengan amplifikasi isotermal
yang dimediasi loop transkripsi terbalik.virus. J.2011,8, 550.[Referensi Silang] [PubMed]
144. Nkere, CK; Oyekanmi, JO; Silva, G.; Bömer, M.; Atiri, GI; Onyeka, J.; Maroya, NG; Segel, SE; Kumar, PL Deteksi
kromogenik virus mosaik ubi dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik tabung tertutup
(CT-RT-LAMP).Lengkungan. virus.2018,163, 1057–1061. [Referensi Silang]
145. Kuan, CP; Deng, TC; Huang, HC; Chi, HH; Lu, YL Penggunaan Amplifikasi Isotermal Bermediasi Loop
Transkripsi Terbalik untuk Deteksi Virus Mosaik Kuning Zucchini.J.Fitopatol.2014,162, 238–244. [Referensi
Silang]
146. Mori, Y.; Nagamine, K.; Tomita, N.; Notomi, T. Deteksi reaksi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop oleh kekeruhan
yang berasal dari pembentukan magnesium pirofosfat.Biokimia. Biofisika. Res. Komunitas.2001,289, 150–154. [
Referensi Silang] [PubMed]
147. Iwamoto, T.; Sonobe, T.; Hayashi, amplifikasi isotermal yang dimediasi K. Loop untuk deteksi langsung kompleks
Mycobacterium tuberkulosis, M. avium, dan M. intraseluler dalam sampel dahak.J.Klin. Mikrobiol. 2003,41, 2616–
2622. [Referensi Silang] [PubMed]
148. Mori, Y.; Kitao, M.; Tomita, N.; Notomi, T. Turbidimetri reaksi LAMP waktu nyata untuk mengukur DNA templat.J.
Biokimia. Biofisika. Metode2004,59, 145–157. [Referensi Silang] [PubMed]
149. Parida, M.; Horioke, K.; Ishida, H.; Dasbor, PK; Saxena, P.; Jana, SAYA; Islam, MA; Inoue, S.; Hosaka, N.;
Morita, K. Deteksi cepat dan diferensiasi serotipe virus dengue dengan uji amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop transkripsi balik secara real-time.J.Klin. Mikrobiol.2005,43, 2895–2903. [Referensi Silang] [
PubMed]
150. Maeda, H.; Kokeguchi, S.; Fujimoto, C.; Tanimoto, saya.; Yoshizumi, W.; Nishimura, F.; Takashiba, S. Deteksi patogen
periodontal Porphyromonas gingivalis dengan metode amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.Imunol FEMS. medis.
Mikrobiol.2005,43, 233–239. [Referensi Silang]
Tanaman2020,9, 461 26 dari 28

151. Boehme, CC; Nabeta, P.; Henostroza, G.; Raqib, R.; Rahim, Z.; Gerhardt, M.; Sanga, E.; Hoelscher, M.; Notomi, T.;
Hase, T.; dkk. Kelayakan operasional penggunaan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop untuk diagnosis
tuberkulosis paru di pusat mikroskop di negara berkembang.J.Klin. Mikrobiol.2007, 45, 1936–1940. [Referensi
Silang]
152. Parida, M.; Posadas, G.; Inoue, S.; Hasebe, F.; Morita, K. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi balik
waktu nyata untuk deteksi cepat virus West Nile.J.Klin. Mikrobiol.2004,42, 257–263. [Referensi Silang]
153. Monis, PT; Giglio, S.; Saint, CP Perbandingan SYTO9 dan SYBR Green I untuk reaksi berantai polimerase waktu nyata dan
penyelidikan pengaruh konsentrasi pewarna pada amplifikasi dan analisis kurva peleburan DNA. Dubur. Biokimia.2005,
340, 24–34. [Referensi Silang] [PubMed]
154. Parida, M.; Sannarangaiah, S.; Dasbor, PK; Rao, PVL; Morita, K. Loop memediasi amplifikasi isotermal
(LAMP): Generasi baru teknik amplifikasi gen inovatif; perspektif dalam diagnosis klinis penyakit menular.
Pendeta Med. virus.2008,18, 407–421. [Referensi Silang] [PubMed]
155. Curtis, KA; Rudolph, DL; Owen, SM Deteksi cepat HIV-1 dengan transkripsi terbalik, amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop (RT-LAMP).J.Virol. Metode2008,151, 264–270. [Referensi Silang] [PubMed]
156. Adipati, JP; Raja, DP; Alexandersen, S. Novel amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik untuk deteksi
cepat virus penyakit mulut dan kuku.Lengkungan. virus.2006,151, 1093–1106. [Referensi Silang]
157. Bukit, J.; Beriwal, S.; Chandra, I.; Paulus, VK; Kapil, A.; Singh, T.; Goyal, A.; Jahnukainen, T.; Johnson, JR; Tar,
PI; dkk. Uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop untuk deteksi cepat strain umum Escherichia coli.
J.Klin. Mikrobiol.2008,46, 2800–2804. [Referensi Silang]
158. Zoheir, KM; Allam, AA Metode cepat untuk menentukan jenis kelamin embrio sapi.animasi. mereproduksi. Sains.2010,119, 92–96. [Referensi
Silang]
159. Zoheir, KMA; Allam, AA Metode yang berkembang pesat dalam menentukan jenis kelamin embrio kerbau.Teriogenologi 2011,76,
83–87. [Referensi Silang]
160. Goto, M.; Honda, E.; Ogura, A.; Nomoto, A.; Hanaki, KI Deteksi kolorimetri dari reaksi amplifikasi isotermal yang dimediasi
loop dengan menggunakan hidroksi naftol biru.Bioteknik2009,46, 167–172. [Referensi Silang]
161. Lee, SY; Huang, JG; Chuang, TL; Sheu, JC; Chuang, YK; Halo, M.; Meldrum, DR; Leeb, C.; Lin, CW Perangkat
diagnostik optik kompak untuk amplifikasi asam nukleat isotermal.Sens. Aktuator B Kimia.2008, 133, 493–501. [
Referensi Silang]
162. Nagamin, K.; Watanabe, K.; Ohtsuka, K.; Hase, T.; Notomi, T. Reaksi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
menggunakan templat yang tidak didenaturasi.Klinik. kimia.2001,47, 1742–1743. [Referensi Silang] [PubMed]
163. Peyrefitte, CN; Boubis, L.; Kurir, D.; Bouloy, M.; Kakek, M.; Tolou, HJ; Plumet, S. Amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop transkripsi balik secara real-time untuk deteksi cepat virus demam Rift Valley.
J.Klin. Mikrobiol.2008,46, 3653–3659. [Referensi Silang]
164. Thiessen, LD; Neill, TM; Mahaffee, WF Pengembangan uji amplifikasi isotermal yang dimediasi loop
kuantitatif untuk deteksi lapanganNekator erysiphe.RekanJ2018,6, e4639. [Referensi Silang] [PubMed]
165. Puchades, AV; Carpino, C.; Alfaro-Fernandez, A.; Font-San-Ambrosio, MI; Davino, S.; Guerri, J.; Rubio, L.; Galipienso,
L. Deteksi virus tomat Selatan dengan hibridisasi molekuler.Ann. Aplikasi. biologi.2017,171, 172–178. [Referensi
Silang]
166. Mugasa, CM; Laurent, T.; Schoone, GJ; Kager, PA; Lubega, GW; Schallig, HD Amplifikasi berbasis urutan
asam nukleat dengan oligokromatografi untuk mendeteksi Trypanosoma brucei dalam sampel klinis.
J.Klin. Mikrobiol.2009,47, 630–635. [Referensi Silang] [PubMed]
167. Pejalan, GT; Sedikit, MC; Nadeau, JG; Shank, DD Amplifikasi DNA isotermal in vitro dengan enzim restriksi/sistem DNA
polimerase.Proses. Natal. Akademik. Sains. Amerika Serikat1992,89, 392–396. [Referensi Silang]
168. Kadal, PM; Huang, X.; Zhu, Z.; Bray-Ward, P.; Thomas, DC; Ward, Deteksi Mutasi DC dan penghitungan molekul
tunggal menggunakan amplifikasi lingkaran bergulir isotermal.Nat. Genet.1998,19, 225.[Referensi Silang]
169. Insang, P.; Ghaemi, A. Teknologi amplifikasi isotermal asam nukleat—Sebuah tinjauan.Nukleosida Nukleotida Asam
Nukleat2008,27, 224–243. [Referensi Silang]
170. Mori, Y.; Kanda, H.; Notomi, T. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP): Kemajuan terkini dalam penelitian dan
pengembangan.J. Menginfeksi. ibu kemoterapi.2013,19, 404–411. [Referensi Silang] [PubMed]
171. Njiru, ZK Teknologi amplifikasi isotermal yang dimediasi loop: Menuju diagnostik titik perawatan.Pengabaian PLoS. Trop.
Dis.2012,6, e1572. [Referensi Silang]
Tanaman2020,9, 461 27 dari 28

172. LaBarre, P.; Hawkins, KR; Gerlach, J.; Wilmoth, J.; Tempat Tidur, A.; Singleton, J.; Boyle, D.; Weigl, B. Perangkat sederhana
dan murah untuk amplifikasi asam nukleat tanpa listrik—Menuju diagnostik molekuler tanpa instrumen dalam
rangkaian sumber daya rendah.PLoS SATU2011,6, e19738. [Referensi Silang]
173. Iseki, H.; Alhassan, A.; Ohta, N.; Thekisoe, OM; Yokoyama, N.; Inoue, N.; Nambota, A.; Yasuda, J.; Igarashi, I.
Pengembangan metode amplifikasi isotermal yang dimediasi loop multipleks (mLAMP) untuk deteksi simultan
parasit sapi Babesia.J. Mikrobiol. Metode2007,71, 281–287. [Referensi Silang]
174. Tanner, NA; Zhang, Y.; Evans, TC, Jr. Deteksi beberapa target secara simultan dalam amplifikasi isotermal yang dimediasi
loop secara real-time.Bioteknik2012,53, 81–89. [Referensi Silang] [PubMed]
175. Fang, X.; Liu, Y.; Kong, J.; Jiang, X. Amplifikasi isotermal yang dimediasi loop terintegrasi pada chip mikrofluida untuk
deteksi kuantitatif patogen di tempat perawatan.Dubur. kimia.2010,82, 3002–3006. [Referensi Silang]
176. Gansen, A.; Herrick, SAYA; Dimov, IK; Lee, LP; Chiu, DT Digital LAMP dalam contoh chip self-digitalization (SD).Chip
Lab2012,12, 2247–2254. [Referensi Silang]
177. Lin, X.; Huang, X.; Urmann, K.; Xie, X.; Hoffmann, MR Amplifikasi Isotermal yang Dimediasi Loop Digital pada
Membran Komersial.Sensasi ACS.2019,4, 242–249. [Referensi Silang] [PubMed]
178. Soliman, H.; El-Matbouli, M. Loop dimediasi amplifikasi isotermal dikombinasikan dengan strip aliran lateral asam
nukleat untuk diagnosis virus herpes cyprinid-3.mol. Sel. Penyelidikan2010,24, 38–43. [Referensi Silang] [PubMed]
179. Rigano, LA; Malamud, F.; Orce, IG; Filippone, anggota parlemen; Marano, Bpk; Apakah Amaral, AM; Castagnaro, AP;
Vojnov, AA Deteksi Candidatus Liberibacter asiaticus yang cepat dan sensitif dengan amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop dikombinasikan dengan dipstick aliran lateral.Mikrobiol BMC.2014,14, 86.[Referensi Silang]
180. Salinas, NR; Kecil, LAMPU Listrik DP: AMPlifikasi isotermal yang dimediasi loop virtual.ISRN Bioinformasi. 2012,
2012. [Referensi Silang] [PubMed]
181. Kinahan, DJ; Julius, LA; Schoen, C.; Dreo, T.; Dukryaitue, J. Pemurnian DNA otomatis dan persiapan uji
lampu multipleks pada platform “Lab-on-a-Disc” mikrofluida sentrifugal. Dalam Prosiding Sistem Mekanik
Elektro Mikro (MEMS) IEEE 2018, Belfast, Inggris, 21–25 Januari 2018; hal.1134–1137.
182. Masilamani, SM; Sasitharan, D.; Manohar, PW Teknologi terkait memastikan platform amplifikasi isotermal yang
dimediasi loop lengkap untuk diagnosis patogen.Af. J. Bioteknologi.2013, 12.[Referensi Silang]
183. Abdullahi, UF; Naim, R.; Taib, WRW; Saleh, A.; Muazu, A.; Aliyu, S.; Baig, AA Loop-mediated isothermal amplification
(LAMP), sebuah inovasi dalam amplifikasi gen: Menjembatani kesenjangan dalam diagnostik molekuler; sebuah ulasan.
India J. Sci. Teknologi.2015,8, 1.[Referensi Silang]
184. Davino, S.; Panno, S.; Tiba, M.; La Rocca, M.; Caruso, AG; Bosco, GL Plantologi: Sistem aplikasi pengelolaan
penyakit tanaman.kimia. bahasa Inggris Trans.2017,58, 619–624.
185. Kubota, R.; Alvarez, SAYA; Su, WW; Jenkins, probe asimilasi berbasis DM FRET untuk pemantauan real-time spesifik urutan
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop (LAMP).biologi. bahasa Inggris Trans.2011,4, 81–100. [Referensi Silang]

186. Yi, JZ; Zhang, WD; Zhang, DY Ritsleting Molekuler: Sebuah probe fluoresen untuk amplifikasi DNA isotermal waktu
nyata.Asam Nukleat Res.2006,34, e81. [Referensi Silang] [PubMed]
187.Khan, MGM; Bhaskar, KRH; Salam, MA; Akther, T.; Pluschke, G.; Mondal, D. Keakuratan diagnostik amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop (LAMP) untuk mendeteksi DNA Leishmania dalam buffy coat dari pasien
leishmaniasis visceral.Vektor Parasit2012,5, 280.[Referensi Silang] [PubMed]
188.Dhama, K.; Karthik, K.; Chakraborty, S.; Tiwari, R.; Kapoor, S.; Kumar, A.; Thomas, P. Amplifikasi DNA isotermal
yang dimediasi loop (LAMP): Alat diagnostik baru menerangi dunia diagnosis patogen hewan dan manusia:
Sebuah tinjauan.Pak. J.Biol. Sains.2014,17, 151–166. [Referensi Silang] [PubMed]
189.Bai, Z.; Shi, L.; Hu, C.; Chen, X.; Qi, J.; Ba, X.; Peng, Q.; Chen, Y.; Chen, H.; Guo, A. Pengembangan uji
amplifikasi isotermal yang dimediasi loop untuk deteksi Mycoplasma bovis yang sensitif dan cepat.Af. J.
Bioteknologi.2011,10, 12333–12338.
190. Dia, L.; Xu, HS Pengembangan metode amplifikasi isotermal yang dimediasi loop multipleks (mLAMP)
untuk deteksi simultan virus sindrom titik putih dan virus nekrosis hipodermal dan hematopoietik
menular pada udang penaeid.Akuakultur2011,311, 94–99. [Referensi Silang]
191. Chen, X.; Wang, X.; Jin, N.; Zhou, Y.; Huang, S.; Miao, Q.; Zhu, Q.; Xu, J. Deteksi visual titik akhir dari tiga peristiwa padi yang
dimodifikasi secara genetik dengan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop.Int. J.Mol. Sains.2012,13, 14421–14433. [
Referensi Silang]
192. Lee, D.; La Mura, M.; Allnutt, TR; Powell, W. Deteksi organisme hasil rekayasa genetika (GMO) menggunakan
amplifikasi isotermal dari urutan DNA target.Bioteknologi BMC.2009,9, 7.[Referensi Silang]
Tanaman2020,9, 461 28 dari 28

193. Hirayama, H.; Kageyama, S.; Moriyasu, S.; Sawai, K.; Onoe, S.; Takahashi, Y.; Katagiri, S.; Toen, K.;
Watanabe, K.; Notomi, T.; dkk. Sexing cepat embrio praimplantasi sapi menggunakan amplifikasi
isotermal yang dimediasi loop.Teriogenologi2004,62, 887–896. [Referensi Silang]
194. Horibe, D.; Ochiai, T.; Shimada, H.; Tomonaga, T.; Nomura, F.; Senjata, M.; Tanizawa, T.; Hayashi, H. Deteksi cepat
metastasis kanker lambung menggunakan amplifikasi isotermal yang dimediasi loop transkripsi terbalik.
Int. J.Kanker2007,120, 1063–1069. [Referensi Silang] [PubMed]
195. Davino, S.; Panno, S.; Iacono, G.; Sabatino, L.; D'Anna, F.; Iapichino, G.; Olmos, A.; Scuderi, G.; Rubio, L.; Tomassoli,
L.; dkk. Variasi genetik dan analisis evolusi virus mosaik Pepino di Sisilia: Wawasan tentang penyebaran dan
epidemiologi.Tanaman Pathol.2017,66, 368–375. [Referensi Silang]
196. Panno, S.; Caruso, AG; Davino, S. Urutan nukleotida dari strain virus keriting daun kuning tomat rekombinan yang sering
terdeteksi di Sisilia diisolasi dari tanaman tomat yang membawa gen resistensi Ty-1.Lengkungan. virus. 2018,163, 795–
797. [Referensi Silang] [PubMed]
197. Panno, S.; Caruso, AG; Troiano, E.; Luigi, M.; Manglli, A.; Vatrano, T.; Iacono, G.; Marchione, S.; Bertin, S.;
Tomassoli, L.; dkk. Munculnya virus New Delhi keriting daun tomat di Italia: Estimasi kejadian dan keragaman
genetik.Tanaman Pathol.2019,68, 601–608. [Referensi Silang]
198. Panno, S.; Caruso, AG; Davino, S. Laporan pertama virus buah rugose coklat tomat pada tanaman tomat di Italia.
Tanaman Dis.2019,103, 1443.[Referensi Silang]

©2020 oleh penulis. Pemegang Lisensi MDPI, Basel, Swiss. Artikel ini adalah artikel akses
terbuka yang didistribusikan di bawah syarat dan ketentuan lisensi Creative Commons
Attribution (CC BY) (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/).