Dosen Pengampu:
Dr. Faidur Rohman, M.S.
Disusun oleh
Helda Dwi Hardiyanti
NIM. 081524253003
1.1 Tujuan
Untuk Menghitung dan menandai spektra vibrasi dari beberapa molekul organik
menggunakan perhitungan semi empiris PM3.
2
pendekatan umum pada spektra terhitung dan sekaligus dapat mengukur kehandalan
metode PM3 dalam kajian spektra vibrasi.
BAB II
LANDASAN TEORI
3
Program hyperchem merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan
oleh Hypercube Inc untuk sistem operasi Windows 95/98 dan Windows NT. Hyperchem
merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah
digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga
dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan
hyperchem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum
yang lain (Pranowo, 2003).
Program kimia ini menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D),
perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (semi empiris dan ab intio).
Metode ab intio dilengkapi dengan variasi himpunan basis akan dapat digunakan untuk
menentukan sifat struktur molekul secara akurat. Metode semiempiris diparameterisasi
berdasar pada sifat khas dari kumpulan molekul yang mempunyai kesamaan sifat.
Penerapan parameter ini dalam perhitungan senyawa yang “sejenis” dengan kelompok
senyawa yang dipakai menyusun parameter akan tinggi kebenarannya, tetapi untuk
senyawa yang jauh berbeda, maka realibilitasnya rendah. Dalam kasus demikian, metode
ab initio dengan tingkat yang rendah pun himpunan basis yang kecil masih berdaya guna
dan lebih luas aplikasinya (Pranowo, 2003).
Perbedaan metode semiempiris yang satu dengan yang lain terletak pada
pendekatannya (misalnya tolakan core-core) dan secara khusus pada nilai dari parameter
tersebut. Berbeda dengan pendekatan mekanika molecular, hanya parameter untuk atom
tunggal dan untuk pasangan atom yang diperlukan. Jumlah parameter yang dipublikasikan
semakin banyak akhir-akhir ini (Pranowo, 2003).
Pada metode semiempiris yang tekenal sekarang (MNDO, AM1, PM3), pendekatan
ZDO hanya diterapkan pada fungsi basis pada atom yang berbeda. Ini dinamakan
pendekatan pengabaian tumpang tindih diferensial diatom, NDDO (neglect of diatomic
differential overlap) (Pranowo, 2003).
Metode semiempiris dapat dioptimasikan untuk keperluan yang berbeda. Metode
MNDO, AM1, dan PM3 dirancang untuk memproduksi panas pembentukan dan struktur
dari sejumlah besar molekul organic. Metode semi empiris yang lain dioptimasi khusus
untuk spectroskopi misalnya INDO, ZINDO atau CNDO yang melibatkan perhitungan CI
dan cukup baik dalam memprediksi keadaan transisi elektronik dalam daerah spectra
UV/Vis (Pranowo, 2003).
Model Terparameterisasi 3 (PM3) dinamakan demikian karena ini parameterisasi
ke tiga dari NDDO, dengan MNDO dan AM1 sebagai yang pertama dan kedua. Hampir
4
sama dengan bentuk AM1, perbedaan filososfi digunakan untuk memilih parameter untuk
PM3 dan AM1. Kedua Hamiltonian sangat baik dan cukup berguna untuk sistem yang
bervariasi secara luas (pada khususnya untuk senywa organik). Data yang dihasilkan dari
metode ini tidak selalu benar, dan sering menunjukkan kekuatan dan kelemahan dari pada
variasi analisis struktur dan energi molekul (Pranowo, 2003).
Perkembangan lanjut dari metode semiempiris adalah (Pranowo, 2003) :
1. Memasukkan orbital d, yang sangat penting bagi spesies organometalik dan hipervalen,
misalnya MNDO/d yang dikemukakan oleh Thiel dan Voitzuk. Metode ini memberikan
lebih banyak parameter karena terdapat 5 macam orbital d. juga model awan muatan
untuk menyerdehanakan penyelesaian integral tidak seumum seperti yang digunakan
untuk orbital d.
2. Logam transisi
SINDO1 yang dikemukakan oleh LI, Correa de Mallo dan Jug (1992). PM3/tm ang
terdapat pada program computer SPARTAN. Problem utama dari penggunaan metode
ini adalah ketidakcocokan data eksperimen dengan parameterisasi.
3. Interaksi konfigurasi (Configuration intraction, CI)
Beberapa yang dikenal adalah VAMP dari Tim Clark (AM1/SOS), ZINDO (INDO/CI)
dan lain-lain. Penting untuk menggambarkan pertukaran elektron dari korelasi yang
signifikan. Pentingnya untuk spektroskopinelektronik yang akurat (UV/VIS), dan
energy serta geometri sistem dengan lebih dari satu keadaan elektronik low-lying. Akan
lebih baik kalau digunakan pendekatan teori ab initio.
4. Model Fragmen
Pada dasarnya, metode ini menggunakan konsep perhitungan dengan teori level rendah
(CNDO) untuk sistem bulk molekul yang besar, kemudian menggunakan teori tingkat
tinggi (AM1) untuk daerah yang khusus yang menjadi perhatian.
5. Kombinasi mekanika kuantum-mekanika molecular (QM/MM)
Metode ini mirip dengan model fragmen dan sangat berguna untuk sistem biologis. MM
dapat diterapkan pada bulk dari biomolekul, sedangkan interaksi khusus dimodelkan
dengan mekanika kuantum.
Metode Spektrofotometri inframerah (IR) digunakan untuk menentukan gugus
fungsional suatu senyawa melalui prinsip absorpsi cahaya inframerah oleh molekul dalam
senyawa yang dianalisis (Hendayana, 2006). Cara kerja alat spektrofotometri inframerah
dapat dijelaskan dimana mula-mula sinar inframerah dilewatkan melalui sampel dan
larutan pembanding, kemudian dilewatkan pada monokromator untuk menghilangkan sinar
5
yang tidak diinginkan (stray radiation). Berkas ini kemudian didispersikan melalui prisma
atau gratting. Dengan melewatkannya melalui slit, sinar tersebut dapat difokuskan pada
detektor yang akan mengubah berkas sinar menjadi sinyal listrik yang selanjutnya direkam
oleh recorder (perekam) (Khopkar, 2008).
Spektrofotometer FTIR merupakan alat untuk mendeteksi gugus fungsional,
mengidentifikasi senyawaan dan menganalisis campuran. Banyak pita absorpsi yang
terdapat dalam daerah yang disebut daerah “sidik jari” spektrum. Spektrum FTIR suatu
sampel dapat diketahui letak pita serapan yang dikaitkan dengan adanya suatu gugus
fungsional tertentu (Day dan Underwood, 1999).
Pada sistem FTIR dipakai LADER yang berguna sebagai radiasi yang
diinterferensikan dengan radiasi IR agar sinyal yang diterima oleh detektor utuh lebih baik
(Hayati, 2007). Spektrofotometer FTIR merupakan metode yang mengamati interaksi
molekul dengan radiasi elektromagnetik yang berada pada daerah panjang gelombang 0,75
– 1.000 m atau pada bilangan gelombang 13.000 – 10 cm-1 (Giwangkara, 2007).
Pancaran infra-merah pada umumnya mengacu pada bagian spektrum
elektromagnet yang terletak di antara daerah tampak dan daerah gelombang mikro. Bagi
kimiawan organik, sebagian besar kegunaannya terbatas di antara 4000 cm-1 dan 666 cm-1
(2,5 – 15,0 μm). Akhir-akhir ini muncul perhatian pada daerah infra-merah dekat, 14.290 –
4000 cm-1 (0,7 – 2,5 μm) dan daerah infra-merah jauh, 700 – 200 cm-1 (14,3 – 50 μm)
(Silverstein, dkk., 1986).
Tabel 2.1 Serapan Khas Beberapa Gugus fungsi
Gugu
Jenis Senyawa Daerah Serapan (cm-1)
s
6
O-H alkohol, fenol (ikatan H) 2000-3600 (lebar)
Absorpsi radiasi IR bersesuaian dengan perubahan energi yang berkisar antara 2-10
kkal/mol. Radiasi pada kisaran energi ini ekuivalen dengan frekuensi vibrasi ulur dan
tekuk ikatan dalam kebanyakan ikatan kovalen molekul (Rohman dan Gandjar, 2012).
Semua molekul memiliki sejumlah energi dan berada dalam gerakan konstan. Ikatan yang
meregang dan bergerak, atom mengibas bolak-balik, dan getaran molekul lainnya akan
terjadi. Beberapa jenis getaran yang diperbolehkan adalah sebagai berikut (McMurry,
2012).
Molekul senyawa akan tereksitasi ke tingkatan energi yang lebih tinggi apabila
menyerap radiasi inframerah. Dalam proses penyerapan, energi yang diserap akan
menaikkan amplitudo gerakan vibrasi ikatan dalam molekul. Namun, hanya ikatan yang
memiliki momen dipol yang dapat menyerap radiasi inframerah (Sastrohamidjojo, 1990).
7
BAB III
PROSEDUR KERJA
1. Gambarlah molekul dengan menu Draw, klik dan geser untuk membuat struktur tanpa
hidrogen. Untuk meletakkan atom O dan N ke dalam struktur, L-klik ganda pada mode
Draw. Anda akan mendapatkan Table Periodik. Klik ganda pada atom yang dipilih dan
tambahkan atom tersebut ke posisi yang diinginkan. Untuk membuat ikatan rangkap
dua L-klik pada ikatan tunggal (pada mode Draw), maka akan dihasilkan ikatan
rangkap dua. L-klik lagi untuk mendapatkan ikatan rangkap tiga. Jika anda R-klik, anda
akan mengurangi ikatan rangkap menjadi rangkap dua. Jika sudah didapatkan posisi
yang benar untuk karbon, oksigen dan nitrogen dalam strktur molekul, pilih Add H &
Build pada menu Model Build.
2. Pilih Setup, Semi Empirical dan PM3. Klik OK.
3. Pilih Compute dan kemudian Geometry Optimization.
4. Jika perhitungan selesai, pilih Compute dan kemudian Vibrations.
5. Setelah perhitungan selesai, pilih Vibrational Spectrum. Spektrum dari frekuensi yang
berkait dengan setiap mode normal akan ditampilkan. Garis vertikal pada bagian atas
menunjukkan semua frekuensi dasar vibrasi. Perlu dicatat bahwa semua ini adalah IR-
aktif. Spektrum di bagian bawah berhubungan dengan vibrasi IR-aktif. Ketinggian baris
dari spektrum pada bagian bawah berhubungan dengan intensitas IR.
6. Klik pada Animate Vibrations dan atur Frames 10 dan Amplitude 1.
7. L-klik pada vibrasi IR-aktif. Garis yang dipilih akan ditandai dengan warna ungu.
Informasi pada garis ini akan ditunjukkan tentang sifat spektra dan akan muncul pada
bagian bawah dari kotak dialog.
8. Untuk visualisasi gerakan vibrasi dari garis yang dipilih, pilih OK. Kotak dialog akan
hilang dan gerakan vibrasi akan digambarkan. Untuk menghentikan vibrasi, pilih
Cancel. Kemudian pilih Compute dan Vibrational Spectrum untuk kembali pada kotak
dialog.
8
9. Untuk setiap molekul, coba untuk mencari mode vibrasi yang berhubungan dengan
ikatan yang ditandai pada Tabel. Setelah mendapatkan vibrasi, gambarkan gerakan
vibrasinya, kemudian catat frekuensi dan bandingkan dengan harga dari literatur untuk
vibrasi ini.
9
BAB IV
HASIL DAN PEMBAHASAN
Butana -1233.8183
Cis-2-butena -1102.9951
1-butuna -960.6125
10
Benzena -1314.6597
Metanol -490.8075
Asetaldehida -653.4361
Asetronitril -587.8681
11
4.1.2 Data Hasil Perhitungan Metode Semi Empiris PM3
Molekul Ikatan Bil. Gel. Bil. Gel. Gerakan
Experimental Terhitung Vibrasi
(cm-1) (cm-1) (Stretch atau
Bend)
Butana C-H dari CH3 2800-3000 3078.89 Stretch
C-H dari CH2 2800-3000 2960.39 Stretch
C-H dari CH3 1450 1409.18 Bend
Cis-2-butena C=C 1640 1880.12 Stretch
Csp3-H 2800-3000 3079.83 Stretch
Csp2-H 3000-3100 3039.99 Stretch
1-butuna C≡C 2200 2325.15 Stretch
Csp-H 3300 3362.01 Stretch
Benzena C=C 1600,1500 1547.33 Stretch
Csp2-H 3000-3100 3085.11 Stretch
Metanol O-H 3300 3896.03 Stretch
C-O 1050 1163.65 Stretch
Asetaldehide C=O 1710 1983.36 Stretch
O=C-H 1700,2800 1217.56 Bend
Asetonitril C≡N 2200 2461.32 Stretch
Asam Asetat C=O 1710 1979.81 Stretch
O-H 3000 3853.28 Stretch
C-O 1100 1460.93 Stretch
4.2 Pembahasan
Spektrofotometri inframerah lebih banyak digunakan untuk identifikasi suatu
senyawa melalui gugus fungsinya. Untuk keperluan elusidasi struktur, daerah dengan
bilangan gelombang 1400 – 4000 cm-1 yang berada dibagian kiri spektrum IR, merupakan
daerah yang khusus berguna untuk identifikasi gugus-gugus fungsional, yang merupakan
absorbsi dari vibrasi ulur. Selanjutnya daerah yang berada disebelah kanan bilangan
gelombang 1400 cm-1 sering kali sangat rumit karena pada daerah ini terjadi absorbsi dari
vibrasi ulur dan vibrasi tekuk, namun setiap senyawa organik memiliki absorbsi yang
kharakteristik pada daerah ini. Oleh karena itu bagian spektrum ini disebut daerah
sidikjari (fingerprint region). Saat ini ada dua macam instrumen yaitu spektroskopi IR dan
FTIR (Furier Transformation Infra Red). FTIR lebih sensitif dan akurat misalkan dapat
membedakan bentuk cis dan trans, ikatan rangkap terkonjugasi dan terisolasi dan lain-lain
yang dalam spektrofotometer IR tidak dapat dibedakan.
Hasil dari perhitungan Hyperchem menggunakan metode semi empiris PM3 dapat
menandai spektra vibrasi dari beberapa molekul organik yaitu butana, cis-2-butena, 1-
butuna, benzena, metanol, asetaldehida, asetonitril, dan asam asetat. Dari hasil perhitungan
12
di dapat bilangan gelombang terhitung dari masing-masing ikatan pada molekul organik
yang ditentukan dan dibandingkan dengan bilangan gelombang experimentalnya. Hasil
perhitungan bilangan gelombang terhitung menggunakan metode semi empiris PM3 tidak
jauh dengan nilai bilangan experimentalny hal ini dikarenakan dalam penentuan bilangan
gelombang terhitungnya didasarkan pada nilai bilangan gelombang eksperimental yang
mendeketai dari nilai bilangan gelombang terhitungnya. Dari bilangan gelombang
terhitung ini masing-masing ikatan pada molekul ditentukan jenis vibrasi yang terjadi
sehingga dapat memberikan kebenaran informasi dari molekul yang ditentukan tersebut.
Hasil perhitungan bilangan gelombang terhitung menggunakan metode semi empiris PM3
tidak jauh dengan nilai bilangan experimentalnya.
Untuk masing-masing molekul untuk setiap jenis ikatan dan atom yang berbeda
akan memiliki jenis vibrasi yang berbeda. Jenis vibrasi yang dimaksud disini adalah
stretching (symmetry dan asymmetry) dan bending (twisting, rocking, scissoring, dan
wagging). Dari hasil yang diperoleh terdapat pola dimana untuk jenis vibrasi stretching
symmetry akan berada pada daerah serapan bilangan yang lebih besar dibandingkan
dengan vibrasi stretching asymmetry yang biasanya akan berada daerah serapan
gelombang yang lebih kecil yaitu pada daerah yang disebut fingerpoint. Sedangkan untuk
jenis vibrasi bending akan memiliki bilangang gelombang pada daerah yang lebih kecil
dari vibrasi stretching tapi lebih besar daripada daerah fingerpoint. Hal ini
mengindikasikan bahwa energi untuk vibrasi stretching lebih besar dari vibrasi bending
sehingga dapat diketahui bahwa untuk menggerakkan ikatan-ikatan sigma akan lebih sulit
dibandingkan dengan ikatan phi. Selain itu, massa dari atom juga dapat membuat
perbedaan bilangan gelombang seperti perbedaan untuk ikatan C-H dan C-O dimana kedua
ikatan ini akan memiliki perbedaan nilai gelobmbang yang signifikan. Hal ini dapat
disebabkan dari hokum Hooke dimana semakin besar massa atom dari ikatan diatomik
tersebut akan membuat bilangan gelombangnya akan bergeser kearah yang lebih kecil
sehingga dapat dibedakan. Adapun persebaran daerah serapan tersebut adalah sebagai
beikut (Smith, 2010) :
13
Gambar 4.1 Persebaran daerah serapan
14
BAB V
PENUTUP
5.1 Kesimpulan
Hasil perhitungan metode semi empiris PM3 dapat diketahui bilangan gelombang
terhitung dari beberapa molekul organik. Dalam penentuan bilangan gelombang
terhitungnya didasarkan pada nilai bilangan gelombang eksperimental yang mendeketai
dari nilai bilangan gelombang terhitungnya dan dari bilangan gelombang terhitung ini
masing-masing ikatan pada molekul ditentukan jenis vibrasi yang terjadi sehingga dapat
memberikan kebenaran informasi dari molekul yang ditentukan tersebut. Sehingga dengan
mengetahui data bilangan gelombang eksperimental, maka dengan perhitungan PM3 akan
diketahui vibrasi yang terjadi pada ikatan senyawa yang dianalisis berikut dengan bilangan
gelombang terhitungnya.
15
DAFTAR PUSTAKA
Day, R.A., dan Underwood, A.L. 1999. Analisis Kimia Kuantitatif. Penerjemah:
Pujaatmaka, A.H. Edisi ke V. Jakarta: Erlangga.
Hayati, E.K. 2007. Buku Ajar Dasar-Dasar Analisis Spektroskopi. Malang: UIN PRESS.
Pranowo, Harno Dwi, Prof. Dr. 2003. Kimia Komputasi. Yogyakarta : Pusat Kimia
Komputasi Indonesia-Austria Jurusan Kimia FMIPA UGM.
Rohman, A., dan I.G. Gandjar. 2012. Analisis Obat Secara Spektrofotometri dan
Kromatografi. Yogyakarta: Pustaka Pelajar.
Silverstein, R.M, Bassler, G.C, dan Morrill, T.C. 1986. Spectrometric Identification of
Organic Compounds. Penerjemah: Hartono, dkk. Penyidikan Spektrometrik
Senyawa Organik. Jakarta: Erlangga.
Sucahyo, E.. 2001. Sintesis dan Kajian Pengaruh Tingkat Keasaman (pH) Dopan H2S04
Terhadap Konduktivitas Listrik Polionilin. Surabaya : Jurusan Fisika FMlPA ITS.
16
LAPORAN PRAKTIKUM
“SPEKTRA INFRA MERAH MOLEKUL ORGANIK”
Hasil :
Molekul Ikatan Bil. Gel. Bil. Gel. Gerakan
Experimental Terhitung Vibrasi
(cm-1) (cm-1) (Stretch atau
Bend)
Butana C-H dari CH3 2800-3000 3078.89 Stretch
C-H dari CH2 2800-3000 2960.39 Stretch
C-H dari CH3 1450 1409.18 Bend
Cis-2-butena C=C 1640 1880.12 Stretch
Csp3-H 2800-3000 3079.83 Stretch
Csp2-H 3000-3100 3039.99 Stretch
1-butuna C≡C 2200 2325.15 Stretch
Csp-H 3300 3362.01 Stretch
Benzena C=C 1600,1500 1547.33 Stretch
Csp2-H 3000-3100 3085.11 Stretch
Metanol O-H 3300 3896.03 Stretch
C-O 1050 1163.65 Stretch
Asetaldehide C=O 1710 1983.36 Stretch
O=C-H 1700,2800 1217.56 Bend
Asetonitril C≡N 2200 2461.32 Stretch
Asam Asetat C=O 1710 1979.81 Stretch
O-H 3000 3853.28 Stretch
C-O 1100 1460.93 Stretch
17