Kegiatan 5 Melakukan simulasi penentuan Absorbsi, Distribusi, Metabolisme dan Ekskresi (ADME) dan

Toksisitas disertai tutorial E-modul untuk mahasiswa

1. Instalasi Marvin Sketch melalui website https://chemaxon.com/products/marvin

2. Klik LOG IN

3. Klik Creaate Account

4. Setelah itu cek email untuk mengaktivasi akun

5. Selanjutnya buka https://chemaxon.com/products/marvin/download
6. Pilih Bagian Non-Commercial Use selanjutnya klik, Get My Key

7. Klik Download Latest For Windows (Marvin With Openjdk 64 bit), tunggu sampai selesai
8. Double Klik file installasinya, Klik Next sampai Instalasi selesai.
9. Jalankan Program Marvin Sketch lalu input Licence Keynya, lisensinya dapat diperoleh dari
alamat https://accounts.chemaxon.com/licenses
10. Copy Keynya dan paste pada licence server configuration
11. Selanjutnya untuk menggambar struktur molekul di Marvin Sketch diperlukan Nama IUPAC,
untuk menggambar manual strukturnya juga bisa.
12. Caranya yaitu, tulislah nama IUPAC senyawa pada notepad, copy text nama nya selanjutnya
paste di Software Marvin Sketch
13. Tampilan Marvin Sketch

14. Untuk memulai analisis Absorbsi, Distribusi, Metabolisme dan Ekskresi (ADME) diperlukan:
I. Gambar struktur molekul di Marvin Sketch selanjutnya CTRL+C
II. http://www.swissadme.ch/
III. Pada bagian Kotak dengan tulisan Marvin JS CTRL+V
IV. Setelah itu klik tombol panah dua dengan simbol selanjutnya Klik Run

V. Akan tampil tabel seperti berikut, hasil ini merupakan prediksi ADME

VI. Data Absorbsi yaitu Molecular Weight dan Log P. Data Distribusi yaitu Molar Refractivity
dan TPSA. Data Metabolisme (Pharmacokinetics) yaitu data GI, BBB, P-gp dan Cyp. Data
Ekskresi dapat diakses diwebsite https://adme.nibiohn.go.jp/fup/ selanjutnya input file
dengan format .sdf file dari marvin sketch

VII. Untuk mengerti algoritma perangkat lunaknya dalam memprediksi ADME dapat dibaca
pustaka berikut:
a. SwissADME: a free web tool to evaluate pharmacokinetics, drug-likeness and
medicinal chemistry friendliness of small molecules. Sci. Rep. (2017) 7:42717.
doi: 10.1038/srep42717 (2017
b. For details about development and validation of iLOG, please refer to this
article: iLOGP: a simple, robust, and efficient description of n-octanol/water
partition coefficient for drug design using the GB/SA approach. J. Chem. Inf.
Model. (2014) 54(12):3284-3301. https://doi.org/10.1021/ci500467k
c. For details about development and validation of the BOILED-Egg, please refer to
this article: A BOILED-Egg to predict gastrointestinal absorption and brain
penetration of small molecules. ChemMedChem (2016) 11(11):1117-1121. doi:
10.1002/cmdc.201600182. Epub 2016 May 24.