Nama : Mira Alfiana

NPM : 200110200034

Kelas : D

Masa Depan Pembiakan Ternak : Seleksi Genomik Untuk Efisiensi,

Pengurangan Intensitas Emisi dan Adaptasi

Permintaan produk peternakan semakin meningkat terutama yang bergizi

tinggi seiring dengan meningkatnya populasi dan kekayaan global,
membutuhkan produksi ternak yang lebih efisien, terutama dalam
menghadapi persaingan dari penggunaan lain untuk sumber daya lahan dan
air. Penerapan teknologi baru, termasuk seleksi genom dan teknologi
reproduksi canggih, akan memainkan peran penting. Seleksi genom, yang
memungkinkan prediksi keunggulan genetik hewan dari penanda SNP genom-
lebar, telah diadopsi oleh industri susu di seluruh dunia dan diharapkan
menggandakan keuntungan genetik untuk produksi susu dan sifat lainnya.
Efek dari keuntungan ini adalah untuk mengurangi biaya susu, daging, dan
telur bagi konsumen, dan memungkinkan lebih banyak penduduk dunia
untuk mengakses protein berkualitas tinggi.

Pada Gambar 1 terlihat bahwa . seleksi untuk meningkatkan efisiensi

produksi pada spesies ternak ruminansia cenderung menurunkan emisi metana per
unit produk. Karena emisi metana terkait erat dengan asupan pakan, hewan yang
lebih efisien mencairkan asupan pakan mereka untuk kebutuhan pemeliharaan di
atas lebih banyak unit produk. Terlihat pada gambar 2 adaptasi pemanasan global
Stres panas berpengaruh pada hasil dari sapi perah, yang ditunjukkan di sini
sebagai efek dari indeks kelembaban suhu (THI) pada rata-rata hasil protein
harian dari sapi perah Australia.

Tujuan pemuliaan di masa depan juga dapat menekankan kinerja di

bawah tingkat nutrisi yang lebih rendah. Berdasarkan tingkat variasi alami
yang ada, peluang tersedia untuk lebih meningkatkan ternak dan
berkembang biak untuk sifat-sifat baru ini untuk memenuhi tantangan dalam
beberapa dekade mendatang. Tiga teknologi baru akan memungkinkan untuk
mempercepat perolehan genetik pada ternak yaitu seleksi genom, pengurutan
seluruh genom, dan teknologi reproduksi canggih, in vitro, dan fertilisasi
(bayi tabung).

Keuntungan seleksi genomik dibandingkan seleksi tradisional

(berdasarkan silsilah dan fenotipe saja) adalah bahwa hewan dapat dipilih secara
akurat di awal kehidupan, berdasarkan prediksi genom mereka, dan untuk sifat-
sifat yang sulit atau mahal untuk diukur: kesuburan, ketahanan terhadap
penyakit, metana emisi, dan konversi pakan adalah contoh utama. Selain
penggunaannya pada sapi, metode seleksi genomik juga digunakan pada daging,
wol, dan domba perah. Tantangan utama dalam prediksi genomik adalah
memperkirakan persamaan prediksi (efek setiap SNP pada sifat) ketika jumlah
SNP biasanya jauh lebih besar daripada jumlah fenotipe. Model yang setara
dengan SNP-BLUP adalah menyesuaikan matriks relasi genomik di antara
individu- individu yang dibangun dari informasi SNP, menggantikan matriks
relasi yang diharapkan yang diturunkan dari silsilah dalam persamaan standar
untuk estimasi nilai pemuliaan. Metode prediksi genomik yang digunakan
dalam pemuliaan hewan sebagian besar berfokus pada prediksi nilai
pemuliaan, yaitu komponen genetik aditif yang diturunkan ke generasi
berikutnya.

Ada banyak tantangan ke depan untuk pemuliaan ternak, dengan

perbaikan genetik yang cepat yang diperlukan baik untuk sifat yang ada
maupun yang baru, termasuk efisiensi konversi pakan, kesuburan, dan adaptasi
terhadap iklim yang lebih hangat. Perbaikan ini harus dicapai dengan tetap
mempertahankan atau bahkan meningkatkan sifat gizi daging dan susu dan
menekankan kesehatan dan kesejahteraan hewan. Dengan cara teknologi baru
yang dijelaskan di sini akan memungkinkan peternak hewan membuat
kemajuan lebih cepat dan terbaik.

Populasi global dan kekayaan global terus meningkat, demikian juga

permintaan akan produk peternakan, terutama yang bergizi tinggi. Namun
demikian, persaingan dengan penggunaan lain untuksumber daya lahan dan air juga
akan meningkat, sehingga memerlukan produksi ternak yang lebih efisien. Selain
itu, saat perubahan iklim meningkat, pengurangan emisi metana dari sapi dan
domba akan menjadi tujuan penting. Penerapan teknologi baru, termasuk seleksi
genom dan teknologi reproduksi canggih, akan memainkan peran penting dalam
memenuhi tantangan ini. Pembiakan selektif telah meningkatkan ternak secara
dramatis, tetapi kita menghadapi beberapa tantangan baru yang memerlukan
perubahan baik dalam kecepatan maupun arah pendekatan. Pertama, sedikit
perbaikan genetik yang telah dicapai pada beberapa sifat penting baik karena mahal
untuk diukur (misalnya, efisiensi konversi pakan pada sapi dan domba) atau karena
variasi genetik di dalamnya sebagian besar diabaikan misalnya kesuburan,
pengurangan tingkat emisi yang lebih cepat dapat dicapai dengan memilih sifat-
sifat yang lebih berkorelasi dengan tingkat emisi metana daripada denganproduksi,
dan memastikan bahwa lingkungan di mana produksi terjadi akan berubah di masa
depan. Pemanasan global kemungkinan akan menyebabkan iklim yang lebih panas
daripada di masa lalu. Dalam kasus sapi perah, peningkatan suhu dan tingkat
kelembaban di atas ambang batas tertentu menurunkan produksi susu dan protein
susu, dan kehilangan ini bisa sangat besar. Tujuan pemuliaan di masa depan juga
dapat menekankan kinerja di bawah tingkat nutrisi yang lebih rendah. Sebelum
abad ke-20, ternak menggunakan sumber daya dengan sedikit atau tanpa nilai
alternatif, seperti padang rumput yang tidak cocok untuk bercocok tanam. Namun,
produksi ternak modern menggunakan input yang mahal, seperti biji-bijian. Baik
persaingan untuk bijibijian (untuk konsumsi manusia dan bahan bakar nabati) dan
dampak perubahan iklim pada produksi biji-bijian kemungkinan akan terus
mendorong harga biji-bijian lebih tinggi. Faktor ekonomi ini dapat mengubahsistem
produksi ternak dan, akibatnya, atribut genetik yang diinginkan. Terakhir, agar
produksi daging dan susu dari ternak tetap kompetitif, daya tariknya kepada
konsumen harus dipertahankan atau bahkan ditingkatkan. Tiga teknologi baru akan
memungkinkan untuk mempercepat perolehan genetik pada ternak dan membantu
mengatasi masalah ini: seleksi genom, pengurutan seluruh genom, dan
teknologireproduksi canggih, termasukin vitro fertilisasi (bayi tabung).
1. SELEKSI GENOM

Seleksi genom mengacu pada penggunaan penanda genetik genome-wide

untuk memprediksi nilai pemuliaan kandidat seleksi. Metode ini bergantung
pada ketidakseimbangan keterkaitan antara penanda dan polimorfisme yang
menyebabkan variasi dalam sifat-sifat penting. Persamaan prediksi,
berdasarkan genotipe penanda, dapat memprediksi efek kumulatif dari banyak
varian penyebab pada nilai genetik aditif atau nilai pemuliaan hewan. . Penanda
yang digunakan dalam seleksi genom paling umum adalah SNP, karena
dimungkinkan untuk genotipe individu untuk 100.000 SNP dengan biaya yang
masuk akal. Penanda DNA genom-lebar dalam ketidakseimbangan hubungan
dengan mutasi penyebab dapat digunakan untuk menangkap efek dari semua
lokus ini. Persamaan yang memprediksi nilai pemuliaan dari genotipe SNP
harus diperkirakan dari sampel hewan, yang dikenal sebagai populasi referensi,
yang telah diukur sifat dan genotipenya untuk SNP (Gambar 4). Keuntungan
seleksi genomik dibandingkan seleksi tradisional (berdasarkan silsilah dan
fenotipe saja) adalah bahwa hewan dapat dipilih secara akurat di awal
kehidupan, berdasarkan prediksi genom mereka, dan untuk sifat-sifat yang sulit
atau mahal untuk diukur: kesuburan, ketahanan terhadappenyakit, metana
emisi, dan konversi pakan adalah contoh utama. Data sekuens seluruh genom
dapat meningkatkan akurasi di seluruh prediksi breed. Selain penggunaannya
pada sapi, metode seleksi genomik juga digunakan pada daging, wol, dan
domba perah. Dalam daging domba, prediksi genomik telah dibuat untuk atribut
kesehatan pada domba; khusus, genomik prediksi untuk tingkat asam lemak
omega-3 memiliki akurasi sedang.

2. SEKUENSING SELURUH GENOM

Meskipun estimasi nilai pemuliaan genomik sekarang banyak digunakan

sebagai dasar untuk seleksi sapi perah khususnya, ada beberapa keterbatasan
teknologi saat ini. Telah menjadi jelas bahwa sebagian besar akurasi nilai
pemuliaan genom, berdasarkan 50.000 penanda DNA. Mengingat bahwa mutasi
penyebab hadir dalam data urutan, masalah pembusukan dalam hubungan
antara mutasi penyebab dan SNP, yang menghasilkan penurunan akurasi dari
waktu ke waktu, dapat diatasi. Meskipun ini telah ditunjukkan dalam data
simulasi, dalam praktiknya, untuk mencapai ini akan memerlukan populasi
referensi yang dirancang dengan cermat. Dalam suatu breed, akurasi prediksi
genom dari susunan SNP dibatasi oleh proporsi varian genetik yang ditangkap
oleh SNP, yang pada gilirannya ditentukan oleh ketidakseimbangan hubungan
antara SNP dan mutasi penyebab yang mempengaruhi sifat tersebut. Meskipun
biaya pengurutan ulang genom telah turun secara dramatis, masih terlalu mahal
untuk mengurutkan ulang puluhan ribu individu yang diperlukan untuk
memperkirakan secara akurat efek kecil dari sejumlah besar mutasi yang
mempengaruhi sifat kompleks yang khas. Strategi alternatif dalam peternakan
adalah memanfaatkan fakta bahwa populasi ini biasanya berasal dari
sekelompok kecil nenek moyang yang sama hanya beberapa generasi di masa
lalu. Sebagai contoh, pada sapi perah Holstein-Friesian Australia, 50 ekor
pejantan elit menyumbang 51% keragaman genetik dalam populasi sapi
Holstein saat ini. Asalkan nenek moyang ini diurutkan, individu keturunan
dapat genotipe untuk array SNP kepadatan rendah untuk menyimpulkan urutan
genom mereka, diwarisi dari nenek moyang, sebuah proses yang disebut
'haplotracking' Meskipun menggunakan data urutan dalam prediksi genom
menarik karena alasan yang dijelaskan di atas, tantangan utama adalah jumlah
besar SNP dan efek varian lain yang akan diperkirakan, dengan jumlah catatan
yang masih terbatas. Jumlah variannya kemungkinan mencapai puluhan juta.

TEKNOLOGI REPRODUKSI CANGGIH

Informasi penanda DNA dapat diperoleh dari hewan saat lahir, memungkinkan
prediksi genomik dibuat lebih awal selama kehidupan hewan. Pada domba,
misalnya, oosit dapat diambil dari betina yang sangat muda (domba betina) dan
kemudian dibuahi in vitro, sebuah teknik yang disebut juvenil in vitro transfer
embrio (JIVET). Pada domba, JIVET dapat mengurangi waktu pembuatan
hingga kira-kira setengah dari sekarang.

META-GENOTIPE

Selain berfokus pada prediksi genetik dari sifat-sifat yang disebutkan di atas,
perlu dikemukakan bahwa ternak, mirip dengan manusia, memiliki sejumlah
besar simbion, seperti bakteri dan protozoa, dalam saluran pencernaannya.
Profil mikrobioma ini berpotensi mempengaruhi sifat-sifat utama, seperti
efisiensi konversi pakan. Pada ruminansia, profil mikrobioma rumen akan
sangat pentinguntuk emisi metana, karena di sinilah metanogen berada. Di masa
lalu, menghasilkan profil mikrobioma rumen sulit dilakukan, karena banyak
spesies bakteri rumen tidak dapat dibiakkan. Teknologi pengurutan generasi
berikutnya telah mengatasi masalah ini.

PENUTUP

Permintaan akan protein, lipid, dan mikronutrien bernilai tinggi dari ternak
kemungkinan akan meningkat selama beberapa dekade mendatang seiring
dengan meningkatnya populasi dan kekayaan global. Memenuhi permintaan ini
akan membutuhkan produksi ternak yang lebih efisien, terutama dalam
menghadapi persaingan dari penggunaan lain untuk sumber daya lahan dan air.
Untuk ruminansia, biaya lingkungan dari emisi metana akan menjadi insentif
lebih lanjut untuk meningkatkanefisiensi. Ada banyak tantangan ke depan untuk
pemuliaan ternak, dengan perbaikan genetik yang cepat yang diperlukan baik
untuk sifat yang ada maupun yang baru, termasuk efisiensi konversi pakan,
kesuburan, dan adaptasi terhadap iklim yang lebih hangat. Perbaikan ini harus
dicapai dengan tetap mempertahankan atau bahkan meningkatkan sifat gizi
daging dan susu dan menekankan kesehatan dan kesejahteraan hewan.
Meskipun tugasnya besar, teknologi baru yang dijelaskan di sini akan
memungkinkan peternak hewan membuat kemajuan lebih cepat daripada yang
mungkin terjadi di masalalu.