Nama : Maya Cindiati

NPM : 162154110
Kelas : Rekayasa Genetika C

A. Resume Jurnal
Judul : Genetically modified foods: A critical review of their promise and
problems
Genetic modified organisms (GMO) selain memiliki manfaat bagi kedua
produsen makanan dan konsumen, ternyata GMO memiliki dampak negatif
berupa dari dampak medis dan lingkungan. Saat ini GMO semakin dikenal di
masyarakat, khususnya dalam bentuk makanan yang dimodifikasi genetik (GMF),
makanan yang merupakan hasil produk GMO ternyata dapat menimbulkan
masalah kesehatan jangka pendek dan jangka panjang. Para ahli saat ini sedang
melakukan penelitian berlanjut untuk mengevaluasi kelebihan serta kekurangan
dari produk GMO.
Salah satu produk GMO yang terkenal adalah Golden Rice. Golden rice
dibuat untuk memberikan alternatif sumber vitamin yang diperlukan oleh tubuh
yang awalnya diperuntukan untuk Negara berkembang. GMO adalah mahluk
hidup yang telah ditingkatkan kemampuan genetisnya melalui rekayasa genetis.
Secara mudah dapat kamu pahami bahwa dengan rekayasa genetis. Pada teknik
ini, dilakukan penggabungkan gen dari organisme yang berbeda yang dikenal
sebagai teknologi DNA rekombinan, dan organisme yang dihasilkan dikatakan
"genetically modified". Organisme yang telah diubah material genetikanya akan
memiliki sifat yang berbeda dengan organisme biasa. Beberapa
jenis tanaman pertanian juga telah menjadi GMO dan dibudidayakan secara luas.
Organisme yang telah diubah material genetikanya diantaranya adalah
bakteri, ragi, serangga, tumbuhan, ikan,dan mamalia.
Produk GMO yang pertama adalah tembakau tahan antibiotik. Pasar di AS
kemudian menawarkan spesies tomat yang dimodifikasi secara genetik yang
memiliki sifat unggul, Sementara itu, beberapa transgenik tanaman telah memiliki
persetujuan FDA, termasuk "Canola" dengan komposisi minyak yang
dimodifikasi, kapas dan bahan kedelai tahan terhadap bakteri.
Apakah kita membutuhkan GMO? Selama ini, teknologi rekayasa genetik
di perkenalkan dengan harapan dapat menyelesaikan permasalahan ketersediaan
pangan dan kesehatan manusia. Teknologi ini diperkenalkan kepada negara-
negara dunia ketiga yang selama ini bermasalah dalam hal ketersediaan pangan
dengan alasan kepentingan umum. Namun, perkembangan yang cepat dari
teknologi rekayasa genetik ini lebih berorientasi bisnis dan keuntungan semata
tanpa dibarengi pengetahuan ilmiah yang memadai.
GMO berupaya untuk menjaga ketahanan pangan dan memperbaiki
kekurangan gizi di Negara berkembang. Organisasi Pangan dan Pertanian (FAO)
melaporkan bahwa 795 juta orang di dunia kekurangan gizi, di antaranya 780 juta
orang di daerah berkembang. Oleh karena itu, pemberantasan kelaparan menjadi
prioritas dalam memproduksi GMO. Solusi yang paling realistis untuk menutupi
permintaan global untuk tanaman adalah dengan meningkatkan hasil panen
pertanian. Akan tetapi, tingkat peningkatan hasil panen tidak cukup untuk
memenuhi permintaan pertumbuhan populasi, jadi tampaknya hanya dapat dicapai
dengan optimalisasi genetika tanaman ditambah dengan perbaikan kuantitatif
dalam pengelolaan sistem pertanian.
Selain itu, jumlah lahan subur yang tersedia untuk produksi makanan per
orang akan berkurang dan terbatas. Masalah ini diperparah dengan meningkatnya
pertumbuhan populasi dan kekurangan gizi.
Pemuliaan konvensional bergantung pada persilangan seksual seseorang
dari garis orangtua dengan garis orangtua lain, dengan harapan dapat
mengekspresikan beberapa gen yang diinginkan. Untuk memilih sifat yang
diinginkan dan untuk membuang sifat yang tidak diinginkan, peternak memilih
keturunan terbaik dan di silang kembali ke salah satu induknya. Prosesnya
biasanya memakan waktu beberapa tahun, sebelum ekspresi dari sifat yang
diinginkan didapat.
Prasyarat untuk strategi pemuliaan adalah adanya variasi genetik yaitu,
keberadaan gen-pool yang memanifestasikan sifat yang diinginkan, dan
kompatibilitas seksual organisme dengan sifat-sifat tersebut. Padahal, saat ini
varietas genetik telah menyusut. Metodologi modern dapat meningkatkan ruang
ini dengan memanfaatkan bahan kimia atau radiasi untuk memunculkan variasi
mutasi baru. Namun, ini hanya menghasilkan peningkatan sifat-sifat karena
kebetulan acak dan sedikit keberuntungan.
Mempertimbangkan fakta-fakta ini, kemunculan bioteknologi dan
pengembangan makanan GM menjanjikan untuk mengurangi jadwal produksi
menjadi galur baru, dan dapat memberikan strategi opsional untuk mencapai
ketahanan pangan global..
Untuk menghasilkan makanan GM, para peneliti perlu memperkenalkan
gen yang mengkode sifat-sifat tertentu ke dalam sel tumbuhan, lalu meregenerasi
tanaman melalui kultur jaringan.
Secara umum, ada tiga cara untuk memodifikasi gen dalam sel.
1. Mentransfer DNA secara langsung
Teknik yang paling banyak digunakan untuk memberikan eksogen DNA
adalah pengeboman partikel mikro. Teknik ini dikembangkan pada akhir
1980-an oleh Sanford. Rekayasa DNA dengan dilapisi mikropartikel emas
atau tungsten, yang dalam gilirannya, dikirimkan dengan kecepatan tinggi ke
jaringan yang ditargetkan, seperti jaringan embrionik dari biji atau meristem,
didorong oleh tekanan helium. Ada cara lain untuk mengirimkan DNA ke
tanaman sel, termasuk elektroporasi (membiarkan yang bermuatan negative
DNA memindahkan gradien potensial listrik ke dalam protoplas, mikroinjeksi,
transformasi kloroplas, sliver silikon-karbida, nanopartikel silika mesopori,
dll. Namun, partikel pemboman tetap lebih efektif dalam mentransfer DNA
fragmen besar - bahkan seluruh kromosom - secara bersamaan.
2. Secara tidak langsung menggunakan kendaraan bakteri
Penggunaan Agrobacterium tumefaciens membuka era baru untuk
memasukkan gen eksogen ke dalam sel tanaman. Bakteri tanah A.
tumefaciens menginfeksi tanaman, membentuk suatu tumor. Bakteri
sebenarnya mengubah genom tanaman, tidak hanya menyebabkan proliferasi
sel tanaman, tetapi juga memungkinkan tanaman untuk menghasilkan asam
amino yang dimodifikasi sebagai sumber makanan untuk diri mereka sendiri.
Bakteri memiliki pemicu tumor plasmid ("Ti-plasmid"), yang memungkinkan
mereka untuk melakukan penyisipan gen; peneliti memodifikasi plasmid
dengan memasukkan "Gen perancang" ke dalam bagian T-DNA (transfer
DNA) dari Ti-plasmid.
3. Pengeditan langsung DNA genom
Pada 2012, sistem "CRISPR-Cas9" dikembangkan. Itu merupakan alat
pengeditan genom revolusioner, dan menyediakan metode lain untuk
mengubah gen dalam berbagai jenis sel. Teknik ini meningkatkan efisiensi
rekayasa genetika, membuat pekerjaan dengan banyak tanaman lebih mudah.
Cas9 adalah endonuklease DNA yang awalnya ditemukan pada bakteri, di
mana ia melindungi bakteri inang dari invasi DNA molekul (mis. virus).
Endonuclease dipandu untuk menargetkan DNA oleh "guide RNA" (gRNA)
khusus. Dengan demikian dipandu oleh ofensif, Cas9 memanfaatkan dua situs
aktif untuk membelah kedua untaian untai ganda DNA. DNA double-stranded
breaks (DSBs) yang baru terbentuk kemudian diperbaiki oleh dua mekanisme
berbeda di dalam sel: “Mekanisme bergabung non-homolog” (NHEJ) dapat
menyebabkan penghapusan kecil atau penyisipan DNA acak, sedangkan
 "rekombinasi homolog" (HR) merupakan mekanisme yang memungkinkan
penambahan DNA donor ke dalam gen endogen di tempat istirahat.

Manfaat makanan RG
1. Manfaat di bidang agronomis
1996–2012 mengalami peningkatan lebih dari 370 juta ton hasil tanaman
pangan. Sepertujuh dari peningkatan hasil dikaitkan untuk tanaman GM di
A.S. Untuk mencapai peningkatan hasil yang sama seperti yang dilakukan
oleh tanaman transgenik, diperkirakan penambahan lebih dari 300 juta hektar
tanaman konvensional akan dibutuhkan. 300 juta hektar tambahan ini harus
berupa tanah yang dapat membutuhkan lebih banyak pupuk atau irigasi.
Konversi lahan seperti itu akan menghasilkan tekanan ekologis yang serius
pada lingkungan. Untuk periode 1996–2013 diperkirakan bioteknologi
bertanggung jawab atas produksi global dari 138 juta ton kedelai, 274 juta ton
jagung, 21,7 juta ton serat kapas, dan 8 juta ton kanola. Jika bioteknologi
belum tersedia, untuk mempertahankan yang setara tingkat produksi akan
membutuhkan kenaikan 11% dari tanah yang subur di AS, atau 32% dari area
sereal di AS.
2. Manfaat di bidang ekonomi
Keuntungan di bidang ekonomi mencapai $ 116 miliar, hampir tiga kali lipat
dari yang sebelumnya 10 tahun. Menurut estimasi dari James and Brookes,
sekitar 42% dari keuntungan ekonomi berasal dari peningkatan hasil dua
muatan genetika. Penurunan biaya produksi (mis. Pestisida yang direduksi
dan penggunaan herbisida) memberikan kontribusi 58%.
3. Modifikasi makanan kimia komposisi
Beberapa modifikasi genetik berhasil secara khusus dilakukan pada burung
kaya zat gizi, termasuk vitamin A, C, E, asam lemak tak jenuh, selulosa dan
probiotik alimentary. “Beras Emas” adalah contoh yang signifikan.
Peningkatan nilai gizi dalam produk transgenik harus sudah diperoleh dengan
memanipulasi komposisi karbohidrat.
4. Perbaikan proses makanan
Teknologi GM dapat memanfaatkanfasilitas makanan pengolahan. tomat.
Mereka diproduksi oleh perusahaan California, Calgene, di 1992. Penggunaan
cyclodextrin glycosyl menggunakan gen transfer dari bakteri, kentang
menunjukkan tingkat keberhasilan dari faktor kecerahan dan dengan
demikian, lebih baik dan menarik penampilan nya. Modifikasi genetik tidak
terbatas pada tanaman, tetapi juga diterapkan untuk produk hewan. Para
 peneliti membuat ikan transgenik dengan tujuan untuk meningkatkan
regenerasi pertumbuhan hormon-hormon untuk meningkatkan kecepatan dan
bodymass. Baru-baru ini the FDA (the US Food and Drug Administration)
menyetujui hasil produk rekayasa genetika secara asli, "AquAdvan- tagea
”salmon – a fast-growing salmon – untuk konsumsi manusia di Amerika
Serikat. Budidaya “AquaAd- vantagea ” dapat menekan penangkapan ikan
yang berlebihan dan dapat menjaga populasi.

5. Tujuan pengobatan
Teknik genetika menggunakan teknik pengungkapan virus atau bakteri
pembuat selaput sel. Dengan demikian, dalam teori, produk vaksin transgenik
dapat disajikan secara oral, mampu merangsang sistem, melalui kekebalan
mukosa, antibodi toproduceant. Varietas tanaman (mis. beras, jagung, kedelai,
dan kentang) adalah salah satu pembawa potensial dari vaksin yang dapat
dimakan pada infeksi yang berbeda, termasuk racun Escherichia coli, rabies
virus, Helicobacter bakteri pylori, dan jenis Bviralhepatitis.

Potensi risiko terhadap pangan GM

1. Kesehatan dihubungkan dengan pangan GM
Tiga kesehatan besar berpotensi terkait dengan GM makanan adalah:
toksisitas, alergi dan genetazol. Ini muncul dari sumber daya potensial, yang
dimasukkan gen yang diekspresikan pada penerima, efek sekunder proporsi
produk dari pengekspresian gen, dan penyimpangan gangguan sintetik gen
yang disebabkan langsung oleh ekspresi gen yang dimasukkan. Tanaman yang
dimodifikasi ini dibuat dengan informasi genetik dari Bacillus thuringinesis di
dengan resistensi terhadap infeksi tertentu. Disisipkan kode gen yang
dimasukkan, disebut Cry9c, dengan gen pestisida organik, tetapi tanpa
disengaj menimbulkan alergenisitas yang kuat. Beberapa dilaporkan terjadi
alergi setelah mengkonsumsi jagung "Starlink". Modifikasi pada tingkat
ekspresi komponen alami juga dapat meningkatkan alergi. Salah satunya
contoh produk yang diperkaya penambahan asam amino metionin. Beberapa
orang akan secara total peka dan memiliki reaksi alergi terhadap protein
transgenik. Skenario lainnya adalah bahwa gen yang dimasukkan dapat
mengganggu integrasi informasi yang ada pada racun tanaman. Sekali lagi,
gangguan seperti itu mungkin disediakan untuk mengaktifkan (atau
menonaktifkan) proses metabolisme yang melibatkan produk toksin
 2. Risiko ekologis terkait dengan pangan GM
a. Seleksi resistensi
b. Gangguan rantai makanan
c. resisten terhadap antibiotic

B. Question
1. Provide three potential benefits and drawbacks of GMOs!
What Are the Advantages of GMOs?
a. GMO crops can be tailored to provide better health benefits.
GMO foods can be modified so that they provide a complete nutritional
profile. Multiple vitamins and minerals can be built into the crops as they
grown by adjusting the genetic profile of the plant, making it possible for
people to get what they need with fewer foods and lower costs. That makes it
possible to provide more people who are living in poverty with the food
resources they need to maintain their health.
b. Genetically modified crops can conserve energy, soil, and water resources.
That allows our food distribution networks to make less of an impact on the
environment. Food can be grown in areas that receive very little rainfall and
have zero irrigation with proper genetic modifications. Crops can be grown on
fields with little soil. Because the crops have an increased resistance to
disease, weeds, and pests, there is greater consistency in the yields that can be
produced. That makes it easier to budget food resources for a larger
population base.
c. GMO foods must meet the same standards as traditional foods.
For GMO food products to be sold in the United States, they must meet the
same quality and safety standards as any other food product. When compared
to organic foods, Stanford University has even found that there are no
additional health risks when eating GMO foods or organic foods. Although
there are food allergy concerns, especially in children, any food at any time
has the potential of creating an allergy. From a pure nutritional standpoint,
GMO foods are equal or greater than what is found at the average grocery
store.

What Are the Disadvantages of GMOs?

a. In the US, the FDA does not require GMO labeling.
GMO ingredients can be placed into food products and US shoppers wouldn’t
even know it. There are currently no national-level labeling requirements for
 foods that have GMO ingredients. Some states have looked at creating
labeling laws to require GMO information, but for the most part, only non-
GMO foods tend to be labelled right now. The Non-GMO Project reports that
64 countries, including the entirety of the European Union, Japan, and
Australia all require labeling.
b. Most core foods have some level of genetic modification.
Commercialized crops include cotton, corn, and soybeans. More than 90% of
these crops being grown today have some level of genetic modification. Even
sugar beets, grown at commercial levels, are more than 90% GMO. Any
products that are derived from these core foods, such as corn syrup or soybean
oil, still contain the genetic changes from the core ingredient used to make the
item.
c. There may be an increased risk of allergies or food intolerance.
Animal testing may be highly controversial, but it should be noted that GMO
foods studied in animals have found organ impacts in virtually every
circumstance. In humans, there may be an increased trend of food allergies
and digestive intolerance because of genetic modification. When plants
produce pesticides inside of the plant to kill insects, by basic definition, that
plant is toxic.
The advantages and disadvantages of GMOs is a necessary
conversation we must have. At some point, we must figure out how to feed
our growing population levels. New farming methods can only produce a
limited amount of change. With this technology, we have the potential to
maximize our resources. Of course, maximizing those resources while
creating health problems for future generations may not be the right answer
either. We should be working to prevent resistance instead of encouraging it.

2. What benefits does golden rice provide?

For the general population, Golden Rice can be beneficial because it
serves as a source of supplementary vitamin A and carotene. High intake of
specific vitamins and minerals, such as carotenoids, vitamin A and carotene,
have been linked with reducing risk of coronary artery disease, specific
cancers, and macular degeneration. Carotene is an antioxidant; therefore, it
can help the protect the body from destructive free-radical reactions.
Malnutrition is a global problem. As of 1995, 800 million people in the world
have diets are inadequate in macronutrients (carbohydrates, lipid, and protein)
and micronutrients (minerals and vitamins). The major deficiencies include
 vitamin A, iron, iodine, and vitamin E. Specifically, vitamin A deficiency
causes blindness, premature death, and xerophthalmia (thickening on
conjunctiva). Even people in the industrialized nations suffer from vitamin
and mineral deficiencies due to poor diets. Therefore, a food staple such as
rice, which is widely consumed globally, can serve as a means to address the
vitamin A deficiency. Once the Golden Rice has been enhanced and
developed, it can be cultivated, grown, and widely dispersed to eliminate
vitamin A Deficiency.
Golden Rice has the promise to help prevent millions of deaths and to
alleviate sufferings of children and adults afflicted with VAD and
micronutrient malnutrition in developing countries. In addition, allowing
further golden rice development may open up more possibilities of enhancing
genetically modified, biofortified crops to combat micronutrient malnutrition
in developing countries. This is the main benefit of golden rice. Supporters of
the project believe that the improvement of public health in developing
countries trumps the risks associated with golden rice.

3. What is transgene?
Transgenes are exogenous DNA sequences introduced into the
genome of an organism. These transgenes may include genes from the same
organism or novel genes from a completely different organism. The resulting
plant, animal, or microorganism is said to be transformed. Transformation
occurs naturally in organisms such as bacteria, which can take up DNA from
their surrounding environment. In addition, techniques have been developed
to introduce and maintain transgenes in plants, animals, and bacteria.
Transgenes can be used to analyze or alter the function of a known gene. In
other cases, introduction of transgenic DNA has been used to add new
functions to an organism, such as the expression of a protein normally not
present in that organism. In addition to the application of transgenes in
research, transgenic DNA has many potential medical applications, including
the creation of DNA-based vaccines and gene therapy.
Transgenes are pieces of genetic material that are used to modify the
genome of a certain organism. The modification of the organism’s phenotype
is also possible through the use of transgenes. In order to function properly,
transgenes require several key components. The promoter is a regulatory
sequence that determines where and when the transgene will be activated,
while the exon is in charge of protein-coding sequence and the stop sequence.
 A third element is the bacterial plasmid that is used to deliver these
components to the host genome.
Why Are Transgenes So Important? Transgenic organisms have the
important role of expressing various genes, which may make them vulnerable
to specific disorders or conditions that researchers aim to study. The valuable
research gathered from the development of humanized transgenic mice, for
example, has been used to develop new treatments for cancer and other,
equally debilitating disorders. Advancements in molecular biology allow for
new models to be developed, helping scientists study the human genome more
closely and conditions such as aging, diabetes, infertility and immune
response.
The First Transgenic Organisms.The first transgene to be obtained in
controlled conditions through specific, genetic manipulation methods was in
1974. Staphylococcus aureus genes were then introduced successfully into e.
coli. The first eukaryotic organism to be used in a gene transfer experiment
was yeast in 1978. After yeast, the first transgenic mouse model was
developed just one year later. During the first trial experiments, DNA was
transferred directly into the target cells via microinjection.
Modern Examples for the Uses of the Transgene. Although there are
many examples, perhaps the most significant is the use of transgenes in plants
and food. Corn, cotton and rapeseed are just a few of the plants that have been
genetically modified for the purpose of increasing the yield and the health of
crops as much as possible. New mouse models are also being developed on a
regular basis, the oncomouse being an entirely new genetically modified
mouse species developed for the study of cancer. Considering the issue “what
is a transgene and what should we expect in the future,” researchers also point
to potential applications like the xenotransplantation of organs, the
development of artificial protein-based foods and a cure for fertility-related
genetic disorders.

4. Which organism is most often used in GMO?

Bacteria are the easiest organisms to engineer and have been used for
research, food production, industrial protein purification (including drugs),
agriculture, and art. There is potential to use them for environmental, purposes
or as medicine. Fungi have been engineered with much the same goals.
Viruses play an important role as vectors for inserting genetic information
into other organisms. This use is especially relevant to human gene therapy.
 There are proposals to remove the virulent genes from viruses to create
vaccines. Plants have been engineered for scientific research, to create new
colors in plants, deliver vaccines and to create enhanced crops. Genetically
modified crops are publicly the most controversial GMOs. The majority are
engineered for herbicide tolerance or insect resistance. Golden rice has been
engineered with three genes that increase its nutritional value. Other prospects
for GM crops are as bioreactors for the production of biopharmaceuticals,
biofuels or medicines.
Animals are generally much harder to transform and the vast majority
are still at the research stage. Mammals are the best model organisms for
humans, making ones genetically engineered to resemble serious human
diseases important to the discovery and development of treatments. Human
proteins expressed in mammals are more likely to be similar to their natural
counterparts than those expressed in plants or microorganisms. Livestock are
modified with the intention of improving economically important traits such
as growth-rate, quality of meat, milk composition, disease resistance and
survival. Genetically modified fish are used for scientific research, as pets and
as a food source. Genetic engineering has been proposed as a way to control
mosquitos, a vector for many deadly diseases. Although human gene therapy
is still relatively new, it has been used to treat genetic disorders such as severe
combined immunodeficiency, and Leber's congenital amaurosis.

C. Enzim Retriksi
Asam nukleat baik DNA maupun RNA mampu dipotong dengan
menggunakan suatu enzim yaitu nuklease. Enzim nuklease yang mampu
memotong RNA disebut ribonuklease atau Rnase, sementara enzim yang mampu
memotong DNA disebut deoksiribonuklease atau Dnase. Beberapa nuklease
hanya memotong urutan asam nukleat yang single strand dan apa pula yang
mampu memotong asam nukleat yang double strand. Nuklease ada dua macam
yakni eksonuklease yang mampu memotong molekul asam nukleat single
strand atau beberapa oligonukleotida pendek yang hanya mengenali salah satu
ujung asam nukleat, yaitu ujung 5′ atau ujung 3′; sementara endonuklease mampu
memotong asam nukleat di dareah tengah daru sekuens asam nukleat yang
mampu mengenali daerah spesifik pada urutan asam nukleat.
Enzim restriksi endonuklease adalah enzim yang berperan untuk
memperoleh suatu urutan DNA dengan memotong genom DNA menjadi
fragmen-fragmen dengan cara memotong ikatan fosfodiester pada untaian DNA.
 Enzim restriksi yang diproduksi oleh bakteri dinamakan endonuklease yang
secara tipikal mampu mengenali 4 – 8 bp urutan nukleotida yang spesifik. Urutan
nukleotida yang spesifik tersebut dinamakan restriction sites yang secara umum
merupakan sekuens palindromic (run back) yang pendek dengan pola urutan
sekuens yang sama ketika dibaca pada arah 5′ → 3′ . Enzim restriksi
endonuklease dimanfaatkan untuk proses memotong daerah DNA tertentu.
Pada Gambar 1 ditunjukkan enzim restriksi EcoRI yang mampu
mengenali enam urutan nukleotida spesifik yang kemudian dipotong menjadi dua.
Sementara beberapa contoh enzim restriksi dengan daerah spesifiknya disajikan
pada Tabel 1.

Gambar 1. Suatu double strand dari DNA yang dipotong oleh enzim restriksi EcoRI

Tabel 1. Beberapa contoh endonuklease dengan daerah spesifiknya

Nama enzim Sekuens pengenal Organisme asal
EcoRI G AATTC Escherichia coli

Hindiii A AGCTT Haemophilus influenzae

Hhai GCG C Haemophilus haemolyticus

Taqi T CGA Thermus aquaticus

Bsuri GG CC Bacillus subtilis

Bali TGG CCA Brevibacterium albidum

Noti GC GGCCGC Nocardia otidis-caviarum

Bamhi G GATCC Bacillus amylolyquefaciens

Smai CCC GGG Serratia marcescens

Enzim restriksi endonuklease dibagi menjadi tiga tipe dengan karakteristik yang
berbeda-beda dan disajikan dalam Tabel 2.

Tabel 2. Karakteristik dari masing-masing tipe endonuklease

Jenis-Jenis Enzim Retriksi

Secara umum, enzim restriksi dapat dibedakan ke dalam 3 tipe, berdasarkan pada
komposisi sub unit, posisi pemotongan, spesifisitas sekuen DNA, dan perlu tidaknya
kofaktor.
1. Enzim tipe I merupakan enzim yang kompleks, multisubunit, kombinasi
antara restriksi dan pemodifikasi yang memotong DNA pada area random
yang jauh dari sisi pengenalan. Enzim ini secara biokimia mungkin banyak
berfungsi di dalam sel, tetapi kurang menguntungkan untuk digunakan dalam
percobaan di laboratorium.
2. Enzim tipe II memotong DNA pada posisi tertentu yang dekat atau berada di
antara sekuen yang dikenalnya. Enzim ini menghasilkan fragmen-fragmen
tertentu dengan pola pita-pita yang spesifik pada gel agarosa. Enzim tipe
inilah yang dipakai untuk berbagai percobaan dalam analisis DNA dan
kloning gen.
3. Enzim tipe III juga merupakan kombinasi restriksi dan enzim pemodifikasi.
Enzim ini memotong DNA di luar sekuen yang dikenal dan memerlukan 2
sekuen yang sama pada orientasi yang berlawanan pada untai DNA yang sama
 untuk dapat memotong. Enzim-enzim ini jarang menghasilkan potongan yang
sempurna.
Mekanisme Kerja Enzim Restriksi
Enzim restriksi memotong DNA dalam dua cara dan hasil yang berbeda, yaitu:
1. Hasil pemotongan berujung tumpul (blunt atau flush end), Enzim ini
memotong secara simetris antara kedua utas DNA sehingga
menghasilkan ujung tumpul. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti
ini adalah SmaI
2. Hasil pemotongan berujung lancip atau lengket (sticky atau cohesive
ends), Pola seperti ini lebih mudah menempel (annealing) dengan pasangan
DNA nya karena adanya ikatan basa antara ujung-ujung yang menggantung.
a. Ujung menggantung 5’, Enzim ini memotong secara asimetris pada situs
pemotongan, menghasilkan hasil pemotongan memanjang pada ujung 5’.
Contoh enzim yang menghasilkan ujung menggantung 5’ adalah BamHI
b. Ujung menggantung 3’, Enzim ini juga memotong secara asimetris pada
situs pengenalan, namun menghasilkan hasil pemotongan memanjang
pada ujung 3’. Contoh enzim yang menghasilkan pola seperti ini adalah
KpnI

Enzim endonuklease tipe II telah diketahui strukturalnya yang sisi katalitiknya

tersusun atas 5 macam protein sekunder dalam bentuk β-sheet yang diapit oleh 2
protein sekunder dalam bentuk α-heliks. Enzim restriksi endonuklease tersebut dapat
melakukan ‘scanning’ pada untain molekul DNA jika tidak menemukan restriction
sites yang spesifik. Peristiwa tersebut dinamakan mekanisme sliding.
Mekanisme sliding tersebut melibatkan pergerakan di sepanjang lekukan DNA.
Namun enzim restriksi endonuklease tersebut akan mengubah konformasinya
ketika mengenali daerahrestriction sites yang spesifik. Ketika sudah mengenali
daerah spesifik, maka enzim tersebut akan memotong dua ikatan gula deoksiribosa
dengan fosfat dari double helix DNA yang berbeda dan menghasilkan gugus 3′
hidroksil (OH) dan gugus 5′ fosfat (PO4-). Selanjutnya DNA tersebut menjadi
fragmen-fragmen yang sesuai dengan daerah pemotongannya. Enzim endonuklease
tidak selamanya memotong DNA menjadi fragmen yang ujungnya simetris (blunt
ends), namun ada juga yang ujungnya asimetris (sticky ends). Pola potongan
simetris atau tidaknya tergantung kinerja enzim endonuklease seperti yang tertera
pada Tabel 1.
Gambar 2. Struktur enzim restriksi BamHI yang mengikat DNA. Enzim tersebut
mengenali double strand dari DNA dengan sekuens spesifik 5′-GGATCC-3′, yang
selanjutnya memecah ikatan fosfodiester antara dua residu G. Hasilnya adalah berupa
dua fragmen yang ujungnya sticky ends. Pada gambar tersebut warna hijau dan biru
menunjukkan subunit protein dimer yang identik .

Gambar 3. Contoh pola pemotongan enzim restriksi endonuklease. Enzim tersebut

menghidrolisis ikatan fosfodiester yang menghasilkan formasi 5′–PO4– dan 3′–OH
yang bagian terminalnya berbentuk asimetris atau sticky ends (BamHI) dan bentuk
simetris atau blunt ends (SmaI)

Enzim BamHI ini memiliki kofaktor berupa ion Mg2+, sehingga dalam
prosedur protokol restriksi suatu sekuens DNA terkadang diberi MgCl. Kation
bivalen Mg2+ dari MgCl tersebut berfungsi dalam proses pemotongan plasmid yang
dibutuhkan untuk meningkatkan aktivitas enzim restriksi (Ausubel, 2003; Reece,
2004). Adapun kinerja enzim BamHI tersebut mampu memotong ikatan fosfodiester
pada urutan DNA pada sisi:
5′ G↓G-A-T-C-C 3′
3′ C-C-T-A-G↑G 5′
 Enzim restriksi tersebut mampu mengenali urutan nukleotida yang sama (G-
G), sehingga BamHI disebut juga sebagai isoschizomer. Hasil potongan oleh
enzim BamHI berupa formasi 5′–PO4–dan 3′–OH yang bagian terminalnya berbentuk
asimetris atau sticky ends.
Enzim BamHI bekerja dengan cara melakukan scanning sekuens non-spesifik
di sepanjang DNA dengan cara meluncur (sliding), setelah itu ketika enzim tersebut
menemukan sekuens spesifik berupa 5′ G-G-A-T-C-C 3′ maka akan berupa
konformasinyan dan sisi katatiliknya bekerja untuk memotong ikatan fosfodiester
antara nukleotida G menjadi fragmen yang terpisah.

Kemampuan memotong urutan DNA tertentu ini sangat penting dalam

kloning gen dan seluruh aspek lain teknologi DNA rekombinan. Misalnya EcoRI
yang hanya bisa mengenali urutan (sekuen) 5′-G’AATCC-3′, BamHI yang hanya
mengenali 5′-G’GATCC-3′. Enzim restriksi biasanya terdapat dalam kombinasi
dengan enzim pemodifikasi lain yang melindungi DNA-nya sendiri dari pemotongan,
misalnya DNA-metil transferase (dnmt). Dnmt akan memetilasi basa DNA pada tiap
untai sehingga sekuen yang dikenali oleh enzim restriksi tidak akan terpotong.