Tugas Mekanisme Katalitik Enzim

Nama : I Nyoman Angga Kusuma

NIM : 2182011003
Karboksipeptidase serin biasanya merupakan glikoprotein dengan berat molekul subunit 40.000 -
75.000. Mereka yang diisolasi dari jamur tampaknya hanya mengandung satu rantai peptida
sedangkan yang diisolasi dari tumbuhan dan hewan tingkat tinggi dalam banyak kasus
mengandung dua rantai peptida yang dihubungkan oleh jembatan disulfida. Namun, sejumlah
enzim membentuk dimer dan oligomer. Mekanisme katalitik yang terkenal dari endopeptidase
serin juga digunakan oleh serin karboksipeptidase tetapi mungkin dengan perbedaan bahwa pK
dari residu histidil yang penting secara katalitik adalah agak lebih rendah di karboksipeptidase
daripada di endopeptidase. Seperti enzim proteolitik lainnya, karboksipeptidase serin
mengandung situs pengikatan yang mengamankan interaksi antara enzim dan substrat.

Serangan nukleofilik oleh gugus hidroksil dari residu seril reaktif pada atom karbon karbonil
substrat dikatalisis oleh residu histidil yang berfungsi sebagai basa umum. Hal ini menyebabkan
pembentukan intermediet tetrahedral dan ion imidazolium. Zat antara terurai oleh katalisis asam
umum menjadi asil-enzim, basa imidazol, dan alkohol atau amina tergantung pada sifat substrat.
Air berfungsi sebagai nukleofil bukan gugus hidroksil dari residu seril. Studi kristalografi sinar-
X pertama chymotrypsin menegaskan bahwa residu histidil terletak di kedekatan residu seril
situs aktif dan studi kristalografi selanjutnya telah memberikan dukungan bagi keberadaan
intermediet tetrahedral dan asil-enzim dalam rangkaian reaksi enzim-enzim ini.

Kristalografi sinar-X selanjutnya mengungkapkan bahwa rantai samping histidil juga

berinteraksi dengan rantai samping aspartil yang terkubur dan secara umum diterima bahwa
ketiga asam amino residu, yaitu Ser, His, dan Asp, secara fungsional penting karena mereka
hadir di semua endopeptidase serin yang sejauh ini telah diselidiki oleh kristalografi sinar-X.
Rantai samping Asp, His, dan Ser membentuk triad yang dihubungkan oleh ikatan hidrogen
sehingga membentuk "sistem relai muatan" yang berfungsi dengan transfer parsial atom hidrogen
dari gugus hidroksil residu seril ke gugus aspartil karboksilat, sehingga membentuk gugus
alkoksida yang sangat nukleofilik. Namun, untuk beberapa endopeptidase serin, ikatan hidrogen
seperti itu tidak ada di antara residu seril dan histidil dan akibatnya, rantai samping seril hampir
tidak dapat menjadi nukleofilik yang kuat. Residu seril bereaksi dengan substrat hanya karena
berada pada posisi optimum untuk menyerang atom karbon yang terdistorsi secara tetrahedral
substrat yang telah diinduksi oleh ikatannya dengan enzim. Jadi, satu-satunya fungsi pasangan
His-Asp adalah mentransfer proton dari seril -OH ke gugus pergi dalam reaksi asilasi. Enzim
berada dalam bentuk aktifnya, yaitu pH > 7, ketika rantai samping histidil terprotonasi pada N-3
dan tidak terprotonasi pada N-1. Akibatnya tetrahedral dibentuk oleh mekanisme yang
ditunjukkan pada Skema 2 oleh rantai samping aspartil yang tersisa tidak terprotonasi selama
reaksi. Disarankan bahwa gugus bermuatan negatif ini berfungsi dalam salah satu cara berikut: a)
mendukung tautomer imidazol yang benar, b) mengarahkan cincin imidazol, atau c) untuk
menstabilkan kation imidazolium. Semua studi ini dilakukan dengan enzim "istirahat", yaitu
tanpa adanya substrat, tetapi studi kristalografi pada kompleks antara tripsin dan inhibitor tripsin
pankreas telah menyarankan bahwa ikatan hidrogen antara seril dan residu histidil memang ada
dan studi NMR dari kompleks enzim-inhibitor ini menyiratkan pembentukan parsial anion
alkoksida pada residu seril.