IOP ebooksTM

PAPER OPEN ACCESS

https://iopscience.iop.org/article/10.1088/1757-899X/567/1/012026 IOP ebooksTM

Kajian tentang Keberadaan Sumber Daya Perikanan

yang Melimpah dengan Menggunakan Pendekatan
Asam Deoksiribonukleat (e-DNA) Lingkungan
di Daerah Penangkapan Ikan di Laut Sulawesi,
Indonesia
Kawilarang W A Masengi 1, 2, I F Mandagi1,2, L Manu1 , F Silooy 1 , I L Labaro, A W R Masengi1 ,
N Sebua1 , E I K G Masengi3 , Benny Pinontoan3 , Y Hutabarat4 , F Hukom5 , M Iwata6 , Y Abe6 , Y
Sato7 , R Kimura8 and K Yamahira2
1
Faculty of Fisheries and Marine Sciences, Sam Ratulangi University, Indonesia 2 Tropical Biosphere
Research Center, University of The Ryukyus, Japan 3 Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Sam
Ratulangi University, Indonesia 4 Faculty of Fisheries and Marine Sciences, Diponegoro University,
Indonesia 5 Center of Oceanography, Indonesian Institute of Sciences, Indonesia 6 Aquamarine
Fukushima and Marine Sciences Museum, Iwaki, Japan 7 Center for Strategic Research Project,
University of The Ryukyus, Japan 8 Faculty of Medicine, University of The Ryukyus, JapanPendidikan
Kimia/FKIP – Universitas Tadulako, Palu – Indonesia 94119
Corresponding author: alex_masengi@unsrat.ac.id
IOP Conf. Series: Materials Science and Engineering 567 (2019) 012026 IOP Publishing
doi:10.1088/1757-899X/567/1/012026

Abstrak
Hasil penelitian sebelumnya kami tentang eDNA laut dalam saat memancing tanah untuk
mendekati kelimpahan sumber daya perikanan di laut Sulawesi dalam pengambilan sampel dikumpulkan
dari 10 lokasi mulai dari kedalaman 110m-200m di sisi depan Pusat Penelitian Coelacanth
Internasional dan Pangkalan Museum di Perairan Lolak dan Teluk Manado Sulawesi Utara
menggunakan Nansen Bottle Sampler (1500 cc). Air yang terkumpul disaring menggunakan Kit Isolasi
DNA Power Water Sterivex dan diawetkan dengan Reagen DNAiso kemudian diangkut ke Pusat Proyek
Penelitian Strategi, Universitas Ryukyus, Okinawa Jepang di mana analisis eDNA dilakukan. Hasil
analisa kami bahwa konsentrasi eDNA memiliki kualitas yang baik diukur dengan spektrofotometer
NanoDrop Lite, ini menunjukkan eDNA berhasil diekstraksi. Oleh karena itu, dengan menggunakan
primer universal untuk eDNA, MiFish-U-F/R untuk PCR pertama (amplifikasi mt-12S) dan PCR ke-2
(pengindeksan tag) untuk persiapan perpustakaan untuk mengakomodasi variasi urutan dan
menunjukkan sinyal kuat amplifikasi eDNA MiFish. Menggunakan platform Illumina MiSeq throughput
tinggi untuk analisis sekuensing, kami menduga bahwa eDNA dari 40 jenis ikan yang didominasi oleh
Caranx sexfasciatus, Encrasicholina punctifer.
Kata kunci: sumber daya, perikanan, eDNA, laut Sulawesi, Caranx sexfasciatus, Encrasicholina
punctifer.

Pendahuluan mengatasi masalah ini jika tersedia dapat

Indonesia merupakan negara kepulauan
yang terdiri dari 18.110 pulau dengan panjang
garis pantai sekitar 99.000 Km dan terdiri dari
sekitar 9.900.000 ton potensi sumber daya laut
per tahun. Potensi ini menyebar di sekitar lapisan
permukaan, tengah dan bawah perairan. Untuk
memantau sumber daya laut ini adanya
kelimpahan, banyak anggaran dan waktu yang
dibutuhkan.
Pendekatan teknologi baru dapat
1
diimplementasikan di sekitar perairan laut
Indonesia dengan menggunakan pendekatan DNA
lingkungan. DNA lingkungan (eDNA) di
lingkungan perairan mengacu pada materi genetik
yang ditemukan di kolom air. Dalam kasus
organisme multiseluler, eDNA berasal dari
berbagai sumber, seperti sisa metabolisme, rusak
jaringan atau sel kulit yang terkelupas [1]. Ficetola
et al., adalah studi pertama yang menunjukkan
penggunaan eDNA untuk mendeteksi spesies
vertebrata air (katak Amerika invasif) dari
lingkungan yang terkendali dan lahan basah
alami, diterbitkan pada tahun 2008 [2]. Di sini,
kami melaporkan hasil studi pendahuluan kami
di eDNA laut dalam di tempat memancing untuk
mendekati sumber daya perikanan yang
melimpah di laut Sulawesi.
Bahan dan Metode
Pengambilan sampel air laut dalam
dikumpulkan dari 10 lokasi mulai dari
kedalaman 110m-200m di sisi depan Pusat
Penelitian Coelacanth Internasional dan
Pangkalan Museum di Perairan Lolak dan Teluk
Manado Sulawesi Utara menggunakan Nansen
Bottle Sampler (1500 cc) seperti terlihat pada
Gambar 1. Posisinya adalah mengikuti penemuan
coelacanth oleh Green Eye Project pada tahun
2007-2015 [3].
Gambar 1. Contoh Konsep studi pendahuluan
eDNA dan tempat pengumpulan air laut dalam
Air yang terkumpul disaring menggunakan
Power Water Sterivex DNA Isolation Kits dan
diawetkan dengan Reagen DNAiso dan disimpan
dalam freezer -250C di Fakultas Perikanan dan
Kelautan Science, Universitas Sam Ratulangi,
hingga diangkut ke Center for Strategy Research
Proyek, Universitas Ryukyus, Okinawa, Jepang
(Gambar 2.) tempat analisis eDNA dilakuka
mengikuti protokol MiFish [4]. Oleh karena itu,
ekstraksi e-DNA dilakukan di Center for Strategy
Proyek Penelitian di Universitas Ryukyus
Okinawa Jepang dengan menggunakan
PowerWater Sterivex DNA Sampel Kit Isolasi
dengan mengikuti protokolnya sebagai berikut
[5].
Gambar 2. Pekerjaan Laboratorium pada
Penelitian DNA Lingkungan Laut Dalam di
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Sam Ratulangi dan Universitas
Ryukyus.
Hasil dan Pembahasan
Hasil kualitas sample Air eDNA setelah
ekstraksi dan amplifikasi sepuluh sampel lokasi
di Teluk Manado dan Perairan Lolak, Laut
2
Sulawesi, Indonesia digunakan untuk analisis
perikanan kelimpahan sumber daya setelah
diperiksa kualitas DNA seperti yang ditunjukkan
pada Tabel 1. Beberapa jumlah spesies telah
dianalisis di The Center the Strategic Research
Projects of University of the Ryukyu. Sample air
eDNA dikumpulkan pada 17/06/2018 dan disimpan
di bawah -250 C, kemudian diekstraksi pada
18/07/2018. Berdasarkan tabel ini, kualitas DNA
dari 10 lokasi di laut dan satu lokasi sampel air dari
sungai air tawar sebagai kontrol positif
menunjukkan bahwa kualitas DNA berkisar dari
1,8-12,6 ng/mL.
Tabel 1. Hasil kualitas eDNA Water sampler
Setelah Ekstraksi dan Amplifikasi Sepuluh Lokasi
pengumpulan di Teluk Manado dan Perairan Lolak,
Laut Sulawesi, Indonesia
No. Tanggal Tangg Loka Kualit Konsentr
samp pengumpul al si as asi
el an ekstrak DNA nanodrop
si
ng/mL ng/mL
(*) Pengambilan sampel air dari Sungai Sarouw
sebagai kontrol positif
Kualitas DNA cukup baik untuk dilakukan
analisis sekuensing proses selanjutnya. Pendapat
tersebut didukung kuat oleh hasil yang ditunjukkan
pada Gambar 3a. Garis biru adalah kualitas DNA
(ng/ml) sampel air laut dan warna jingga
menunjukkan standar kualitas DNA sebagai
kontrol. Dari gambar tersebut menunjukkan, semua
sampel air laut diletakkan di bagian atas situs warna
oranye. Kami melakukan elektroforesis untuk
setiap bagian 1st-PCR dan 2nd-PCR
Gambar 3. (a) Perbandingan antara
konsentrasi Nanodrop dan Konsentrasi Standar air
sampel (ng/mL) dari setiap lokasi pengumpulan
 yang digunakan dalam penelitian ini, (b) PCR-1
dan PCR-2 menunjukkan sinyal intens eDNA
MiFish dengan menggunakan Primer Universal
MiFish-U-F/R
produk amplifikasi dan hasilnya menunjukkan
sebagai sampel Sungai sebagai kontrol positif
menunjukkan intens sinyal amplifikasi eDNA
MiFish dan kontrol negatif (DW) tidak
menunjukkan pita yang jelas. Ini jelas
menunjukkan (Gambar 3b) bahwa sampel air
yang diambil dari kedua wilayah perairan
Sulawesi tersebut adala sangat jelas dan layak
untuk dilanjutkan ke pekerjaan genom
berikutnya. Maka dapat dijelaskan (tabel 2) dari
10 lokasi pengumpulan kami menemukan bahwa
jumlah spesies ikan telah diperoleh berdasarkan
ikan basis data. Dengan menggunakan platform
Illumina MiSeq throughput tinggi untuk analisis
sekuensing, kami mendeteksi eDNA dari 40
spesies ikan dan yang dominan adalah ikan
Caranx sexfasciatus dan Encrasicholina
punctifer.
Tabel 2. Hasil lokasi pengambilan, posisi satelit,
kedalaman laut dan jumlah jenis ikan terdeteksi di
Perairan Lolak dan Teluk Manado Sulawesi Utara.
Stasiun Posisi (derajat) Kedalaman Jenis
Garis Garis Laut (bilangan)
Lintang Bujur (meter)
Menurut nelayan di sekitar daerah yang
disurvei bahwa sekitar 2 minggu sebelum lokasi
tersebut banyak Encrasicholina spp. tertangkap di
sana. Selain itu, untuk eDNA, metabarcoding ini
Pendekatan ini dapat diterapkan untuk
identifikasi spesies kelimpahan keberadaan
sumber daya perikanan laut di laut Sulawesi.
Kemudian data bioinformatika ini dibandingkan
dengan sebaran dan ekologi ikan seperti dilansir
dari The Green eye project 2007-2015 dimana
situs tersebut juga dikenal sebagai fishing ground
ikan sasaran tersebut. Oleh karena itu, hasil
pengumpulan situs, posisi satelit, kedalaman laut
dan jumlah spesies ikan yang terdeteksi di
Perairan Lolak dan Teluk Manado Sulawesi
Utara, terangnya bahwa tempat pengumpulan di
Perairan Lolak relatif lebih tinggi kelimpahan
sumberdaya perikanannya dibandingkan dengan
tempat pengumpulan lainnya di Teluk Manado
(tabel 2).
Hubungan antara jumlah tempat pengumpulan
dan kedalaman laut seperti yang ditunjukkan pada
Gambar 4-a oleh pendekatan grafik radar dan
3
jumlah spesies ikan yang terdeteksi (Gambar 4-b)
dianalisis dengan:menggunakan pola balon. Oleh
karena itu, Gambar 4-c menampilkan hubungan
antara dua variabel, kedalaman laut dan jumlah
spesies ikan telah terdeteksi oleh alat DNA
lingkungan pendekatan dan diperiksa dengan
analisis regresi sederhana yang diterapkan.
Berdasarkan hasil ini kami menemukan bahwa
hubungan antara variabel kedalaman laut dengan
jumlah jenis ikan memiliki hubungan yang genap
relatif rendah ditunjukkan dengan nilai r = 0,257
dengan persamaan Number Fish Spec. = 1,309 +
0,0401 Kedalaman Laut (M). Dibandingkan ketiga
grafik tersebut, terdapat saling mendukung yang
kuat. Pada Di sisi lain, dalam angka-angka tersebut
dijelaskan bahwa lokasi yang disurvei telah diambil
sampel airnya di teluk Manado kedalaman lautnya
relatif lebih dangkal daripada di perairan Lolak
Bolaang Kabupaten Mongondow.
Gambar 4. Hubungan Lokasi Pengumpulan,
Kedalaman Laut dan Jumlah Jenis Ikan ditemukan.
Gambar 5. Perbandingan jumlah spesies
ikan yang terdeteksi dalam persentase pada setiap
survei lokasi sampel (dari 1-10 lokasi), di mana
setiap warna mewakili setiap ID sampel.
Pada Gambar 5, dijelaskan bahwa jumlah
spesies ikan yang terdeteksi dalam persentase pada
setiap survei lokasi sampel. Dari gambar tersebut
terlihat bahwa lokasi nomor 3 merupakan jenis ikan
terbesar di jumlahnya berada di perairan Lolak
seperti yang ditunjukkan pada nomor 1-5 daripada
di Teluk Manado lokasi nomor 6-10 dalam
akumulasi 64 spesies ikan. Dari informasi ini bisa
dikatakan bahwa kelimpahan perikanan perairan
Lolak terdeteksi 41 spesies (64,06%) dan lebih
besar dari bahwa di teluk Manado terdapat 23 jenis
ikan (35,94%). Ini menunjukkan kawasan lindung
laut dalam Pusat Penelitian Coelacanth
Internasional dan situs pangkalan Museum
Kelautan di perairan Lolak adalah kelimpahan
sumber daya perikanan yang relatif lebih tinggi
daripada di teluk Manado.

Referensi
Penutup
[1] Kelly RP, Port JA, Yamahara KM, Martone
Berdasarkan analisis hasil kami untuk RG, Lowell N, Thomsen PF, Mach ME, Bennett M,
mengembangkan primer universal MiFish dalam Prahler E, Caldwell MR. 2014 Harnessing DNA to
pendekatan metabarcoding untuk ikan eDNA improve environmental management. Science 344,
kami mengkonfirmasi bahwa Perairan Lolak 1455–1456. (doi:10.1126/science. 1251156)
memiliki sumber daya perikanan yang relatif
lebih tinggi kelimpahan keberadaannya [2] Ficetola GF, Miaud C, Pompanon F, Taberlet P.
dibandingkan dengan di teluk Manado. Dalam 2008 Species detection using environmental DNA
implementasi laut dalam penelitian DNA from water samples. Biol. Lett. 4, 423–425.
lingkungan, aspek un-kontaminasi selama kerja (doi:10.1098/ rsbl.2008.0118)
lapangan mutlak diperlukan, Oleh karena itu [3] Masamitsu Iwata., K.W. A Masengi.,
untuk efektivitas dan efisiensi penelitian I.F.Mandagi., J.Seba., Biological Survey on The
keberadaan sumber daya perikanan laut Dari Indonesian coelacanth. Research Report 2007-2015
sudut pandang kelimpahan, pendekatan teknologi [4] Miya M et al. 2015 MiFish, a set of universal
DNA lingkungan cocok untuk diterapkan. PCR primers for metabarcoding environmental
Akhirnya, teknologi DNA lingkungan laut ini DNA from shes: detection of more than 230
dapat bermanfaat jika dapat diimplementasikan subtropical marine species. R. Soc. open sci. 2:
ke Laut dan air tawar Indonesia karena negara 150088. http://dx.doi.org/10.1098/rsos.150088
Indonesia memiliki wilayah yang sangat luas [5] Anonymous (1993) DNA Isolation Kit Sample
(For isolation of genomic DNA from Sterivex TM
Ucapan Terimakasih filter units, Millipore catalog# SVGPL10RC),
Sebelumnya kami ingin mengucapkan (Catalog No. 14600-S) USA.
terima kasih kepada Pemerintah Jepang melalui
Ministry of Education, Culture, Sports, Science,
and Technology (MEXT) yang memberikan
kesempatan kepada kami untuk mengerjakan
proyek ini karena momen yang sangat langka,
kepada Dekan Fakultas Perikanan dan Ilmu
Kelautan, Sam Ratulangi Universitas, yang
memberikan dukungan kepada tim selama survei
dan memberi kami surat material transfer
agreement (MTA) sampel air laut dalam dan
dibawa ke Jepang. Kemudian ke Tropis Pusat
Penelitian Biosfer dan Pusat Proyek Penelitian
Strategis Universitas Ryukyus yang telah
mendanai dan sangat bersemangat untuk
mendukung proyek ini dan memungkinkan kami
untuk melakukan eDNA pekerjaan laboratorium.

4
5