LAPORAN KIMIA MEDISINAL

SIMULASI IN SILICO DENGAN APLIKASI CHEMDRAW ULTRAM CHEM3D

ULTRA, DAN MOLEGRO VIRTUAL SCREENING

DISUSUN OLEH
KELOMPOK B1
ANGGOTA:

Aloysia Aprilla Dewi Saraswati (165070501111028)

Chikita Patricia Mbae
Linda Wandini Putri
Muhammad Fahmi Hidayat
Nurlita Dwi Rahmaningtia
Rory Anggi Okta Senora
Sinta Oki Lianara
(155070507111024)
(165070500111002)
(165070500111020)
(165070500111024)
(165070501111004)
(165070501111012)

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA
TA 2017/2018
 BAB I
LATAR BELAKANG
 BAB II
PROSEDUR

2.1 ChemDraw Ultra 8.0 & Chem3D Ultra 8.0

1. Gambar struktur senyawa yang diinginkan dalam proyeksi 2D menggunakan aplikasi
ChemDraw Ultra 8.0. 6 senyawa yang dibuat yaitu: 1-allyl-3-benzoylthiourea, 1-
allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea, 1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea, 1-allyl-3-(4-
chlorobenzoyl)thiourea, paracetamol, dan aspirin.
Toolbar

Tabel
Periodik
Menu untuk
converting

Hasil proyeksi 2D kelima senyawa

2. Hasil proyeksi 2D kelima senyawa dicopy kemudian diproyeksikan ke dalam bentuk
3D menggunakan aplikasi Chem3D Ultra 8.0  dipilih MM2  Minimize Energy 
Run  agar didapatkan struktur senyawa yang lebih stabil

1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea
yang lebih stabil

1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea
yang lebih stabil
 1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea
yang lebih stabil

Paracetamol yang lebih stabil

Aspirin yang lebih stabil

3. Hasil proyeksi 3D yang telah stabil dari kelima senyawa disimpan dengan format SD
2.2 Molegro Virtual Docker
Senyawa Induk 1-allyl-3-benzoylthiourea – Senyawa Turunan 1-allyl-3-(2
chlorobenzoyl)thiourea, 1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea, 1-allyl-3-(4-
chlorobenzoyl)thiourea
1. Senyawa dalam proyeksi 3D di docking menggunakan aplikasi Molegro Virtual
Docker 5. Untuk memasukkan senyawa 1pxx pilih File  Import Molecules 
remove komponen-komponen pengganggu yang tidak diperlukan seperti cofactors,
water, dll untuk memudahkan proses analisis  Assign All Below diatur menjadi
Always  Import
 Molekul 1pxx

2. Untuk mencari cavites (ruang dimana ligan dapat menempel dengan reseptor) pilih
Preparation  Detect Cavities  OK
 Terdapat
5 cavities

3. Untuk mendocking 1pxx dengan ligan pilih Docking  Docking Wizard  Next 
pada Ligan Evaluation pilih Internal ES, Internal HBond, dan Sp2-Sp2 Torsions 
Next  Start  Close
4. Untuk memasukkan hasil docking pilih File  Import Docking Result  pilih hasil
docking yang telah tersimpan  Open  pilih salah satu pose terbaik  OK
5. Analisis pada cave mana interaksi terjadi (remove cavities lainnya untuk
memudahkan analisis)
6. Pilih Convert Pose to Ligand

7. Untuk memasukkan senyawa induk 1-allyl-3-benzoylthiourea lakukan seperti poin (1)

8. Untuk mendocking 1pxx dengan induk 1-allyl-3-benzoylthiourea lakukan seperti poin
(3)
9. Untuk memasukkan hasil docking lakukan seperti poin (4)
10. Pilih Convert Pose to Ligand seperti poin (6)
11. Pilih Ligand Map  Show Interaction untuk melihat interaksi, ikatan-ikatan yang
berperan, dan asam amino yang terlibat

Interaksi dan
asam amino
yang terlibat

Jenis ikatan

12. Untuk memasukkan senyawa turunan lakukan seperti poin (1)

13. Untuk mendocking 1pxx dengan senyawa turunan lakukan seperti poin (3)
14. Untuk memasukkan hasil docking lakukan seperti poin (4)
15. Pilih Convert Pose to Ligand seperti poin (6)
16. Pilih Ligand Map  Show Interaction untuk melihat interaksi, ikatan-ikatan yang
berperan, dan asam amino yang terlibat
17. Untuk menganalisis alignment antara senyawa induk dengan senyawa turunan pilih
satu atom C di cincin benzene, atom C yang menghubungkan atom C benzene dengan
atom O, dan atom O pada senyawa induk maupun senyawa turunan  klik kanan
pada salah satu C terpilih  Align To The Molecule

Hasil alignment
Paracetamol

Pada bagian ligands (Unknown 1) diubah nama menjadi pct docking

Langkah selanjutnya dilakukan docking akan muncul tampilan seperti diatas. Dan pada
bagian Origin diubah menjadi Cavity 2
Setelah dipilih Cavity 2 di Klik Next  Next  Next  Next  Akan muncul tampilan
seperti diatas dan diatur penyimpanannya kemudian Klik START
Akan muncul tampilan seperti diatas yang menunjukkan proses docking sedang berlangsung

Langkah berikutnya klik poses (all) dan di checklist pada bagian Rerank Score yang
nilainya paling kecil yakni (-76,7343).
Dan ini adalah hasil import docking pct yang telah dilakukan.
Aspirin
1. Dibuka file senyawa aspirin atau 2-asetilbenzoic acid dalam applikasi Molegro

2. Kemudian lakukan docking dengan memilih ligand “aspirin” lalu klik “Next”

3. Muncul tampilan Docking Wizard dan klik “Next” hingga muncul tampilan, pilih
“MolDock Score (GRID)” dikolom score lalu klik “Next”, pada kolom Algorithm
pilih “MolDock SE” lalu klik “Next” kemudian muncul tampilan Pose Clustering dan
pilih “Return multiple poses for each run” lalu klik “Next” hingga tampilan docking
akan dimulai, lalu klik “Run docking in separate process” dan klik “Start” dan tunggu
hingga proses docking selesai.
4. Muncul tampilan dengan ligan/pose [01]Aspirin disertai ikatan hydrogen, interaksi
sterik dan interaksi elektrostatik
5. Untuk mendapatkan pose Aspirin terbaik, maka diimport kembali hasil docking yang
telah didapat dengan mengklik “import docking result” dikolom file.
6. Muncul tampilan yang menunjukkan terdapat 5 poses terbaik. Dilihat poses yang
paling stabil dan afinitas baik dengan Rerank score terendah kemudian dipilih
“[03]Aspirin dan klik “OK”

7. Muncul hasil dengan penggunaan Ligan/pose “[03]Aspirin” dengan diketahui ikatan

hydrogen, interaksi sterik dan interaksi elektrostatik
 BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil Docking 1PXX

Didapatkan hasil docking dari 1PXX dengan ligand bawaan, dipilih DIF_1701 untuk
melihat interaksi ligand pada cavity berapa. Dan didapatkan hasil doking dengan 5 poses
terbaik, kemudian dipilih pose yang terbaik, dilihat dari Rerank yang paling rendah. Pada
kelima poses ini ditujukan oleh no.1 [00]DIF-1701 [B], karena memiliki nilai Rerank score
paling negatif yaitu -94,4913. Semakin negatif nilai Rerank score yang didapat, semakin
kecil energi yang dimiliki sehingga semakin stabil dan memiliki afinitas yang paling baik.
Selain itu memiliki elektronegatifitas yang rendah. Semakin rendah keelektronegatif maka
akan semakin mudah untuk menarik elektron pada senyawa lain.
Dari data docking didapatkan beberapa cavities, dari gambar ini diketahui bahwa ligand
memiliki interaksi dengan 1PXX pada cavity 2

3.2 Hasil Docking 1PXX dengan Acetaminophen

Didapatkan hasil docking dari 1PXX dengan Acetaminophen, hasil doking didapatkan 5
poses rbaik pada cavity 2, kemudian dipilih pose yang terbaik, dilihat dari Rerank yang
paling rendah. Pada kelima poses ini ditujukan oleh no.1 [00] karena memiliki nilai Rerank
score paling negatif yaitu -76.7473. Semakin negatif rerank score yang didapat, semakin
kecil energi yang dimiliki sehingga semakin stabil dan memiliki afinitas yang paling baik
 Berikut adalah interaksi antara acetaminophen dengan 1PXX

Ikatan ikatan yang terjadi pada hasil docking antara 1PXX dengan acetaminophen
yang terjadi di cavity 2 adalah

 Ikatan Hidrogen terjadi antara O pada gugus hidroksil (OH) dari Acetaminophen
dengan asam amino alanin 199 pada 1PXX, dan pada O pada gugus keton (CO) dari
Acetaminophen dengan Treonin 206 pada 1PXX
 Ikatan Sterik terjadi antara atom C pada gugus keton (CO) dari Acetaminophen
dengan asam amino Tyrosin 385
3.3 Hasil Docking 1PXX dengan Aspirin
Didapatkan hasil docking dari 1PXX dengan Aspirin dengan 5 poses pada cavity 2,
kemudian dipilih pose yang terbaik, dilihat dari Rerank yang paling rendah. Pada kelima
poses ini ditujukan oleh no.3 [03] karena memiliki nilai Rerank score paling negatif yaitu
-83.2224. Semakin negatif rerank score yang didapat, semakin kecil energi yang dimiliki
sehingga semakin stabil dan memiliki afinitas yang paling baik

Berikut adalah interaksi antara Aspirin dengan 1PXX

  Ikatan Elektrostatik terjadi antara atom O pada gugus Karboksilat (COOH) dari
Aspirin dengan asam amino Histidin 388 pada 1PXX.
 Ikatan hydrogen terjadi antara atom O pada gugus Keton (CO) dari Aspirin dengan
asam amino Tyrosin 385
 Ikatan Sterik terjadi antara ikatan atom O pada gugus metoksi dari Aspirin dengan
Asam amino Histidin 207 dan juga pada atom C aromatis dengan Asam Amino
Alanin 202

3.4 Hasil Docking 1PXX dengan 1-allyl-3-benzoylthiourea (Abtu)

Didapatkan hasil docking dari 1PXX dengan Abtu, hasil doking didapatkan 5 poses pada
cavity 2, kemudian dipilih pose yang terbaik, dilihat dari Rerank yang paling rendah. Pada
kelima poses ini ditujukan oleh no.1 [00] karena memiliki nilai Rerank score paling negatif
yaitu-100.216. Semakin negatif rerank score yang didapat, semakin kecil energi yang dimiliki
sehingga semakin stabil dan memiliki afinitas yang paling baik
Berikut adalah interaksi antara abtu dengan 1PXX
 Ikatan ikatan yang terjadi pada hasil docking antara 1PXX dengan abtu yang terjadi di
cavity 2 adalah
 Ikatan Hidrogen terjadi antara atom S pada gugus Sulfur hidroksi (SH) dari Abtu
dengan asam amino alanin 199 pada 1PXX, dan pada atom O dari Abtu dengan Asam
Amino Treonin 206 pada 1PXX
 Ikatan Sterik terjadi antara atom C aromatis dari Abtu dengan asam amino Tyrosin
385 dan juga pada atom C pada Abtu dengan asam amino Leusin 391

3.5 Hasil Docking 1pxx dengan senyawa 1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea

Hasil docking antara 1pxx dengan senyawa 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea

didapat 5 poses pada cavity 2. Dari kelima poses tersebut kemudian dipilih poses
terbaik dengan memilih Rerank yang terkecil. Dari hasil tersebut poses yang terbaik
memiliki Rerank Score sebesar -104,684, yaitu poses yang ditunjukkan pada poses
[00]. Berikut ini hasil interaksi yang terjadi antara turunan 1-allyl-3(2-
chlorobenzoyl)thiourea dengan 1pxx
 Dari hasil tersebut dapat terlihat interaksi dan jenis ikatan yang terjadi antara hasil
docking turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan 1pxx yang ada di dalam
cavity 2. Terdapat 5 jenis ikatan dengan 2 jenis interaksi, antar lain:
 Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom O pada gugus
karbonil dari senyawa turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino threonin 206 (Thr 206) pada 1pxx
  Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino threonin 206 (Thr 206) pada 1pxx
 Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Tyrosin 385 (Tyr 385) pada 1pxx
 Ikatan sterik (garis putus-putus merah) yang terjadi antara atom Cl pada gugus
benzene dari senyawa turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Alanin 202 (Ala 202) pada 1pxx
 Ikatan sterik (garis putus-putus merah) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Tyrosin 385 (Tyr 385) pada 1pxx
 Ikatan sterik (garis putus-putus merah) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Phenilalanin 210 (Phe 210) pada 1pxx

Gambar di atas merupakan hasil alignment dari senyawa induk 1-allyl-3-

benzoylthiourea dengan dengan senyawa turunannya, yaitu 1-allyl-3-(2-
chlorobenzoyl)thiourea. Dari gambar tersebut menunjukkan bahwa senyawa induk dan
turunannya sejajar, yang artinya turunan tersebut memiliki potensi yang sama dengan
senyawa induknya.

3.6 Hasil Docking 1pxx dengan senyawa 1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea

 Hasil docking antara 1pxx dengan senyawa 1-allyl-3(3-chlorobenzoyl)thiourea
didapat 5 poses pada cavity 2. Dari kelima poses tersebut kemudian dipilih poses
terbaik dengan memilih Rerank yang terkecil. Dari hasil tersebut poses yang terbaik
memiliki Rerank Score sebesar -96,0274, yaitu poses yang ditunjukkan pada poses
[00]. Berikut ini hasil interaksi yang terjadi antara turunan 1-allyl-3(3-
chlorobenzoyl)thiourea dengan 1pxx
 Dari hasil tersebut dapat terlihat interaksi dan jenis ikatan yang terjadi antara hasil
docking turunan 1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea dengan 1pxx yang ada di dalam
cavity 2. Terdapat 3 jenis ikatan dengan 1 jenis interaksi, antar lain:
 Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom O pada gugus
karbonil dari senyawa turunan 1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino threonin 206 (Thr 206) pada 1pxx
 Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3-(3-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Asparagin 382 (Asn 382) pada 1pxx
 Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3-(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Histidin 386 (His 386) pada 1pxx
 Gambar di atas merupakan hasil alignment dari senyawa induk 1-allyl-3-
benzoylthiourea dengan dengan senyawa turunannya, yaitu 1-allyl-3-(3-
chlorobenzoyl)thiourea. Dari gambar tersebut menunjukkan bahwa senyawa induk dan
turunannya sejajar, yang artinya turunan tersebut memiliki potensi yang sama dengan
senyawa induknya.
3.7 Hasil Docking 1pxx dengan senyawa 1-allyl-3-(4-chlorobenzoyl)thiourea

Hasil docking antara 1pxx dengan senyawa 1-allyl-3(4-chlorobenzoyl)thiourea

didapat 5 poses pada cavity 2. Dari kelima poses tersebut kemudian dipilih poses
terbaik dengan memilih Rerank yang terkecil. Dari hasil tersebut poses yang terbaik
memiliki Rerank Score sebesar -99,119, yaitu poses yang ditunjukkan pada poses [02].
Berikut ini hasil interaksi yang terjadi antara turunan 1-allyl-3(4-
chlorobenzoyl)thiourea dengan 1pxx.
 Dari hasil tersebut dapat terlihat interaksi dan jenis ikatan yang terjadi antara hasil
docking turunan 1-allyl-3(2-chlorobenzoyl)thiourea dengan 1pxx yang ada di dalam
cavity 2. Terdapat 5 jenis ikatan dengan 2 jenis interaksi, antar lain:
 Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom O pada gugus
karbonil dari senyawa turunan 1-allyl-3(4-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino threonin 206 (Thr 206) pada 1pxx
  Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3(4-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Asparagin 382 (Asn 382) pada 1pxx
 Ikatan hidrogen (garis putus-putus biru) yang terjadi antara atom S pada gugus
Sulfida dari senyawa turunan 1-allyl-3(4-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Histidin 386 (His 386) pada 1pxx
 Ikatan sterik (garis putus-putus merah) yang terjadi antara atom C pada cincin
benzene dari senyawa turunan 1-allyl-3(4-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Tyrosin 385 (Tyr 385) pada 1pxx
 Ikatan sterik (garis putus-putus merah) yang terjadi antara atom C pada gugus
karbonil dari senyawa turunan 1-allyl-3(4-chlorobenzoyl)thiourea dengan asam
amino Tyrosin 385 (Tyr 385) pada 1pxx

Gambar di atas merupakan hasil alignment dari senyawa induk 1-allyl-3-

benzoylthiourea dengan dengan senyawa turunannya, yaitu 1-allyl-3-(4-
chlorobenzoyl)thiourea. Dari gambar tersebut menunjukkan bahwa senyawa induk dan
turunannya sejajar, yang artinya turunan tersebut memiliki potensi yang sama dengan
senyawa induknya.