MULTI-OMICS APPROACH SEBAGAI

SALAH SATU METODE IDENTIFIKASI

BAKTERI PATOGEN
Oleh: Wira Satriawan (H1A022149)

Pendahuluan
Patogen adalah organisme yang berinteraksi terhadap inangnya melalui infeksi. Parasit termasuk
organisme yang menurunkan kondisi kesehatan makhluk hidup lain dengan cara menginfeksi. Parasit
dapat dibedakan menjadi dua, yaitu micro-parasite (contohnya virus dan bakteri) dan macro-parasite
(contohnya cacing) (Méthot & Alizon, 2014). Jadi, dapat ditarik kesimpulan bahwa bakteri patogen
adalah bakteri yang menyebabkan infeksi yang menyebabkan penyakit pada inangnya.

Saat ini terus dikembangkan banyak metode untuk mengidentifikasi bakteri penyebab suatu penyakit.
diharapkan metode-metode terbaru dapat mempercepat identifikasi bakteri patogen sehingga pemberian
solusi kepada penderita penyakit dan langkah preventif dapat dilakukan secara tepat. Untuk
mengidentifikasi apakah suatu bakteri merupakan patogen atau bukan, ada banyak metode bisa dilakukan.
Metode-metode tersebut bisa dibagi menjadi dua, yaitu phenotypic method dan molecular diagnostic
methods. Molecular diagnostic methods dikembangkan dari tahun 1960-an hingga sekarang. Metode ini
mampu mengidentifikasi karakteristik bakteri secara spesifik yang memuat data-data esensial bakteri
seperti genus, spesies, cara hidup, dan tingkat kekebalan terhadap antibiotik. Salah satu dari metode dari
molecular diagnostic methods adalah multi-omics approach (Váradi et al, 2017). Tulisan ini akan lebih
fokus meringkas serba-serbi multi-omics approach.

Isi

Pengertian
Penambahan akhiran omics (bahasa Indonesia: -omika) pada suatu istilah molekuler membuat pengertian
baru, yaitu bidang studi komprehensif dari molekul tersebut. Ada beberapa tipe omics, yaitu:
1. Genomics (genomika) yang fokus membahas genom suatu organisme.
2. Epigenomics (epigenetika), ilmu yang fokus pada karakteristik umum dari modifikasi DNA atau
modifikasi protein yang ada di dalam DNA.
3. Transcriptomics (transkriptomika), mempelajari tentang tingkatan RNA.
4. Proteomics (proteomika), mempelajari tentang kelimpahan, modifikasi, dan interaksi peptida.
5. Metabolomics (metabolomik), mempelajari dan mengukur beberapa jenis molekul kecil yaitu
karbohidrat, asam amino, asam lemak, dan lain-lain.
6. Microbiomics, yaitu investigasi terhadap banyak jenis organisme secara bersamaan dengan cara
menyatukannya menjadi suatu komunitas.
Pendekatan multi-omics berarti penggabungan, pengombinasian, atau integrasi berbagai macam omics
sebagai metode penelitian. Metode ini memberikan penjelasan lebih lengkap tentang penyebab penyakit
hingga interaksi atau dampaknya (Hasin, Seldin & Lulis, 2017).

Sejarah dan Tujuan

Beberapa dekade yang lalu, sudah ada dilakukan pemetaan (mapping) terhadap ribuan variasi genetik.
Namun ada beberapa masalah yang dirasakan, yaitu:
1. Gen yang telah teridentifikasi, kebanyakan hanya ditemukan korelasi dengan satu penyakit saja.
2. Kelainan genetik disebabkan karena perubahan area pengkodean oleh gen, sedangkan
kebanyakan penyakit disebabkan karena perubahan regulasi gen.
3. Organisme-organisme yang memiliki gen sama, kadang menyebabkan penyakit yang berbeda.
Hal ini yang membuat dikembangkannya multi-omics approach yang mengolah berbagai data bidang
studi molekuler untuk mengidentifikasi pola-pola molekuler apa yang menyebabkan suatu penyakit
(Hasin, Seldin & Lulis, 2017).

Metode
Metode multi-omics dapat dibedakan menjadi 3 berdasarkan fokus penelitiannya.
1. The Genome First Approach
Cara ini bertujuan untuk menentukan mekanisme lokus yang berhubungan dengan penyakit.
Contoh dari genome first approach adalah penelitian tentang FTO locus yang berhubungan paling
kuat dengan obesitas, penelitian ini dilakukan oleh Claussnitzer dan para koleganya. Mereka
mengombinasikan analisis genomika, epigenetika, transkriptomika, dan phylogenetic untuk
mengetahui elemen fungsional, penyebab, dan gen yang berefek pada FTO locus dalam obesitas.
2. The Phenotype First Approach
Metode ini mengkaji tentang hubungan antara data-data omika berbeda yang berkorelasi dengan
jenis fenotipe yang sama. Contoh penelitiannya yaitu penelitian oleh Gjoneska dan kawan-kawan
yang menggunakan data transkriptomik dan data epigenomik untuk menunjukkan peran genom
dan lingkungan terhadap AD act melalui tipe sel yang berbeda.
3. The Environmental First Approach
Metode ini menggunakan multi-omics untuk menginvestigasi mekanisme jaringan dengan
mempertimbangkan faktor-faktor lingkungan. Solon-biet dkk meneliti peranan 25 jenis diet
terhadap kesehatan dan umur dari 800 tikus lebih. Mereka membandingkan antar makronutrien
dan banyak sifat kardiometabolik seperti rentang umur, tekanan darah, dan toleransi glukosa.
Penelitian ini bertujuan untuk mencari komposisi diet yang meningkatkan kesehatan.
Dari jenis-jenis metode multi-omics di atas, dapat dilihat bahwa metode ini bisa dimodifikasi sesuai
kebutuhan penelitian. Jika dua element omics memiliki kesamaan mekanisme terhadap suatu penyakit
atau elemen yang satu mengganggu elemen yang lain, maka dapat disimpulkan bahwa mereka berkorelasi
atau berhubungan (Hasin, Seldin & Lulis, 2017).
Kelebihan dan Kekurangan
Multi-omics approach kebanyakan sifatnya komparatif. Namun, terdapat masalah yang dipengaruhi oleh
kuantitas responden penelitian. Penelitian dengan responden yang banyak memunculkan variabel-variabel
lain yang mengganggu, misalnya struktur populasi, bias komposisi sel dalam penentuan sampel, dan
faktor-faktor lainnya. Ada metode yang disebut Reductionist Approach yang mencari responden-
responden yang memiliki tingkat kesamaan tertinggi untuk mereduksi variabel-variabel mengganggu.
Tetap saja, metode Reductionist memiliki kelemahan, yaitu adanya potensi variabel-variabel yang ikut
berperan tapi belum diketahui dan hasil penelitiannya dirasa tidak berlaku untuk semua orang karena
karakteristik responden yang lebih spesifik. Kelebihan yang juga menjadi tantangan terbesar multi-omics
approach adalah kemampuan untuk mengintegrasikan banyak sumbu variabel ke dalam suatu kerangka
penelitian. Penggunaan metode multi-omics dapat memberikan gambaran tentang indikator penyakit
bahkan sebelum penyakit itu berkembang (Hasin, Seldin & Lulis, 2017).

Penutup
Menentukan bakteri patogen suatu penyakit merupakan hal penting sebelum mengambil langkah
penyembuhan atau pencegahan penyakit tersebut. Perkembangan teknologi membuat kita bisa semakin
cepat untuk melakukan proses identifikasi bakteri patogen. Salah satu metode modern yang bisa
dilakukan adalah pendekatan Multi-omics yaitu dengan cara mengintegrasikan data-data dari berbagai
fokus studi molekuler untuk mengidentifikasi pola-pola molekuler penyebab penyakit. Tentu, metode ini
memiliki kelebihan dan kekurangan. Penggunaan metode Multi-omics dapat mengidentifikasi indikator
penyakit bahkan sebelum penyakit tersebut berkembang.
 DAFTAR PUSTAKA

Méthot, P. O., & Alizon, S. (2014). What is a pathogen? Toward a process view of host-parasite
interactions. Virulence, 5(8), 775–785. https://doi.org/10.4161/21505594.2014.960726

Váradi, L. et al. (2017). Methods for the detection and identification of pathogenic bacteria: Past, present,
and future. Chemical Society Reviews, 46(16), 4818–4832. https://doi.org/10.1039/c6cs00693k

Hasin, Y., Seldin, M., & Lusis, A. (2017). Multi-omics approaches to disease. Genome Biology, 18(1), 1–
15. https://doi.org/10.1186/s13059-017-1215-1