Deteksi Berbasis Hibridisasi pada Metode Diagnostik Molekuler

untuk Deteksi Bakteri

Hadil Hudati Awwari Rameci (H1A022052)

Hibridisasi asam nukleat merupakan salah satu metode yang banyak digunakan dalam
biologi molekuler untuk diagnostic dan penelitian. Metode ini menggunakan dua jenis probe
yaitu fluoresen (Fluorescence In Situ Hybridization; FISH) atau kromogen (Chromogenic In
Situ Hybridization; CISH). Probe merupakan frgamen DNA sintetik (untai tunggal atau
ganda) yang diberi label dengan pewarnaan fluoresen. Komplementaritasnya dengan asam
nukleat dapat memungkinkan terjadinya hibridisasi. Hibridisasi lebih direkomendasikan
daripada metode lainnya karena prosesnya yang sederhana, spesifitas urutan nukleat yang
dipantau, interpretasi sederhana dari hasil yang diperoleh dan aplikasi terbatas pada interfase
dan metafase.

In Situ Hybridization (ISH) memiliki prinsip yang didasarkan pada fungsi

komplementer DNA atau RNA untuk mengikat masing-masing pasangan basanya. Langkah
pertama dalam menentukan ISH yaitu mempersiapkan probe tertentu. Kemudian, probe
diaplikasikan pada sampel yang akan diuji. Selanjutnya, sampel didenaturasi dan akhirnya
dihibridisasi dengan probe semalaman. Selama proses hibridisasi, untaian asam nukleat yang
lebih pendek didefinisikan sebagai probe. Langkah yang terakhir yaitu mendeteksi probe
menggunakan perangkakt lunak seperti mikroskop pencitraan fluorensi. Probe dibagi menjadi
tiga berdasarkan komposisi dan sifatnya. Yang pertama yaitu homogen dimana probe dibuat
oleh satu urutana. Kemudian yang kedua yaitu heterogeny yang terdiri dari campuran dua
atau lebih barisan. Yang ketiga yaitu berdasarkan jenis asam nukleat menjadi DNA atau
RNA.

Ada dua jenis hibridisasi In Situ yaitu hibridasi DNA In Situ dari gen spesifik dan
hibridisasi RNA In Situ di tingkat seluler. Hibridisasi DNA In Situ dari gen spesifik terbagi
menjadi beberapa metode seperti Interfase hibridisasi in situ fluoresen dan hibridisasi in situ
sangat multipeks. Hibridisasi RNA In Situ di tingkat seluler juga terbagi menjadi beberapa
metode yaitu reaksi rantai hibridisasi In Situ, hibridisasi In Situ mRNA, dan klik amplifying
hibridisasi in situ fluoresen.

Metode interfase hibridisasi in situ fluoresen diterapkan pada inti interfase. Metode ini
banyak digunakan dalam diagnostic onkologi rutin. Sampel yang digunakan adalah sampel
darah tepi dan sumsum tulang. Sampel tersebut difiksasi pada slide yang menggunakan probe
yang tersedia secara komersial dengan urutan target untuk dipantau dan diidentifikasi.