Pencernaan protein dimulai dari lambung secara kimiawi dengan enzim namun telah
dimulai secara mekanik di dalam cavum oris dengan gigi. Pencernaan protein akan mengubah
protein sebagai polimer menjadi polipeptida kecil dan monomer asam amino melalui reaksi
hidrolisis (dengan jalan menambahkan air untuk memutus ikatan peptida). Protein memiliki
gugus amina (N-Terminus) dan gugus karboksilat (T-Terminus).
Dipeptida dan tripeptida pada enterocyte akan dihidrolisis menjadi monomer asam
amino dengan enzim peptidase. Asam amino-asam amino yang sudah terbentuk, akan dibawa
ke kapiler darah, lalu ke vena duodenum, masuk ke dalam hepar melalui vena porta hepatica,
kemudian metabolisme asam amino terjadi di hepar.