1) Desa Bugel
2) Desa Krendetan
3) Desa Bagelen
4) Desa Kalirejo
5) Desa Sokoagung
6) Desa Clapar
7) Desa Soko
8) Desa Piji
9) Desa Kemanukan
Dalam menjalankan peran dan fungsi sebagai Puskesmas Induk, Puskesmas Bagelen
mempunyai 4 Puskesmas Pembantu yaitu :
1) Pustu Krendetan
2) Pustu Sokoagung
3) Pustu Soko
4) Pustu Kemanukan
1) PKD Bugel
2) PKD Kalirejo
3) PKD Sokoagung
4) PKD Clapar
5) PKD Piji