Pada pemeriksaan fisis untuk penderita kolestasis harus diukur berat
badan, tinggi badan dan lingkar kepala. Selain itu juga dilakukan pemeriksaan abdomen seperti mengukur lingkar perut, hati, dan limpa dan lihat apakah terdapat massa atau asites. Pada kolestasis dapat diketahui apakah kelainannya merupakan kelainan intrahepatik atau ekstrahepatik hal ini dapat dilihat pada gambaran klinis yang dapat memberikan petunjuk nya. seperti pada bayi yang menderita kolestasis biasanya ada beberapa gejala seperti muntah dan riwayat hipoglikemia yang harus dicurigai adanya kemungkinan menderita sepsis, galaktosemia, intoleransi fruktosa atau tyrosinemia. Contoh lain seperti adanya kemungkinan menderita penyakit sindrom paucity duktus biliaris intrahepatik (sindrom alagille) untuk gambarannya biasanya ditemukan berupa defect pada vertebra dan kardiovaskular dan ada juga akibat dari peningkatan trigliserida sedangkan pada keadaan umum penderita kolesterol intrahepatik biasanya akan lebih berat yang disertai dengan non hepatik seperti katarak, kalsifikasi intrakranial, wajah dismorfik, hipotonik atau gejala perinatal lainnya. Dan untuk penderita kolesterol ekstrahepatik memiliki keadaan umum yang lebih baik daripada kolestasis intrahepatik. Selain pada pemeriksaan fisik dapat juga dilakukan beberapa pengamatan untuk melihat warna tinja harian dengan mengumpulkan tinja 3 porsi yaitu: 1. Porsi pertama antara jam 06.00-14.00 2. Porsi kedua antara jam 14.00-22.00 3. Posisi ketiga antara jam 22.00-06.00 Dan akan diletakkan dalam wadah yang transparan serta disimpan dengan menggunakan kantong plastik yang berwarna gelap. Tindakan ini dilakukan pada tahap pertama sebagai penyaring karena kolestasis ekstrahepatik terutama atresia biliaris biasanya selalu menyebabkan tinja yang akolis pada semua porsi tinja. Jika telah dilakukan pengamatan dan didapatkan ketika porsi tinja dalam keadaan berwarna dempul atau pucat maka dapat dikatakan pasien menderita kolestasis ekstrahepatik atau atresia biliaris. Sedangkan untuk tinja yang berwarna kuning atau dempul berfluktuasi itu biasanya akibat dari kolestasis intrahepatik. Sumber: Prasetyo D. Update diagnostik dan tatalaksana ikterik pada bayi.jawa barat: universitas Padjadjaran;2015. h. 5-6