TEKNOLOGI DNA

REKOMBINAN

Mimi Halimah
1706705

Teknologi DNA Rekombinan Page 1

 Program Studi
SP– Universitas
Pendidika IPA Pendidikan
– Bandu
s Indonesia ng

Untuk Mahasiswa S1 Pendidikan Biologi,Matakuliah

Bioteknologi KATA PENGANTAR

Alhamdulillahirobilalamin puji dan syukur senantiasa kita panjatkan kehadirat Allah

SWT karena atas perkenan petunjuk dan ridoNya bahan ajar dengan judul Teknologi
DNA Rekombinan telah selesai disusun. Bahan ajar ini merupakan bagain dari bahan ajar
pada mata kuliah Bioteknologi pada program studi pendidikan Biologi yang disusun
dengan tujuan untuk memudahkan mahasiswa dalam memahami materi Teknologi DNA
Rekombinan yang dianggap sulit oleh sebagian besar mahasiswa. Bahan ajar ini membahas
mengenai pengertian teknologi DNA rekombinan, DNA sebagai informasi genetik,
mekanisme ekspresi gen, tahapan teknologi DNA Rekombinan, bahan-bahan yang
diperlukan dalam membuat teknologi DNA rekombinan, manfaat teknologi
rekombinan dalam kehidupan sehari-hari.
Penulis menyampaikan terima kasih sebesar-besarnya kepada dosen pengampu mata
kuliah Pengembangan Bahan Ajar IPA Ibu Dr. Ida Hamidah, M.Si yang telah
membimbing, mengarahkan dan menginspirasi kami dalam penyusunan bahan ajar ini.
Penulis menyadari di dalam penulisan bahan ajar ini terdapat banyak kekurangan dan
keterbatasan terutama dalam mengeksplor sumber-sumber referensi yang ada. Oleh karena
itu, penulis berharap adanya kritik, masukan, saran dan tanggapan yang membangun untuk
perbaikan bahan ajar ini. Semoga bahan ajar ini dapat memberikan manfaat khususnya
bagi penulis dan umumnya bagi mahasiswa yang mengampu matakuliah Bioteknologi.

Bandung, Desember 2018

Penulis

Teknologi DNA Rekombinan Page 2

I. CAPAIAN PEMBELAJARAN

I. Deskripsi Mata Kuliah

Perkuliahan ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperluas wawasannya tentang
pemanfaatan teknologi yang melibatkan mikroorganisme untuk meningkatkan kualitas kehidupan

manusia.Mata kuliah ini bersifat interdisipliner aplikatif teoritis. Setelah menempuh

matakuliah ini mahasiswa diharapkan dapat memahami bahwa bioteknologi
dikembangkan atas dasar penerapan proses biologi yang dikemas dalam suatu
teknologi tertentu untuk memenuhi kebutuhan hidup manusia. Selain itu mahasiswa
juga diharapkan dapat memiliki wawasan tentang etika bioteknologi yang dapat
digunakan sebagai dasar untuk membangun kemandirian sikap dalam menanggapi isu-
isu kebijakan dan implementasi bioteknologi dalam kehidupan manusia. Matakuliah
ini mengkaji dan mendiskusikan konsep-konsep biologi yang mendasari
pengembangan dan penerapan Bioteknologi dalam berbagai aspek kehidupan manusia.
Kajian diawali dengan pengertian dan pinsip-prinsip dasar bioteknologi, biotekologi
konvensional dan modern , konsep biologi yang mendasari pengembangan
bioteknologi (khususnya DNA sebagai dasar informasi genetik dan regulasi ekspresi
gen), dilanjutkan dengan diskusi tentang penerapan bioteknologi dalam bidang industri
makan/minuman dan obat-obatan/farmasi, kedokteran, pertanian,kehutanan,
lingkungan dan sumberdaya energi. Dalam matakuliah ini juga dikaji dan didiskusikan
masalah-masaah yang terkait dengan etika implementasi bioteknologi. Pembelajaran
disajikan sebagaian besar melalui contextual teaching and learning dengan

Teknologi DNA Rekombinan Page 3

 mengungkap fakta-fakta (produk atau proses Bioteknologi) yang ditemukan dalam
kehidupan sehari-hari, antara lain melalui ceramah, tanya jawab, penugasan dan
diskusi kelompok..

II. Manfaat

Bahan ajar ini merupakan bagain dari bahan ajar pada mata kuliah Bioteknologi pada
program studi pendidikan Biologi yang disusun dengan tujuan untuk memudahkan
mahasiswa dalam memahami materi Teknologi DNA Rekombinan yang dianggap sulit
oleh sebagian besar mahasiswa.

III. Relevansi

Setelah mempelajari materi pokok pengertian teknologi DNA rekombinan, DNA sebagai
informasi genetik, mekanisme ekspresi gen, prinsip dasar teknologi DNA Rekombinan
tahapan teknologi DNA Rekombinan, bahan-bahan yang diperlukan dalam membuat
teknologi DNA rekombinan, manfaat teknologi rekombinan dalam kehidupan sehari-
hari diharapkan mahasiswa dapat mengaplikasikan ilmu ini baik sebagai calon guru Biologi
maupun sebagai enterpreuneur.

IV. Capaian Pembelajaran Program Studi

1) Menunjukkan sikap bertanggungjawab atas pekerjaan di bidang keahliannya secara

mandiri;
2) Mampu menguasai konsep teoritis dan prinsip-prinsip keilmuan biologi
3) Mampu menerapkan pemikiran logis, kritis, sistematis, dan inovatif dalam konteks
pengembangan atau implementasi ilmu pengetahuan dan teknologi yang memperhatikan
dan menerapkan nilai humaniora yang sesuai dengan bidang keahliannya;
4) Mampu menunjukkan kinerja mandiri, bermutu, dan terukur;
5) Mampu mendokumentasikan, menyimpan, mengamankan, dan menemukan kembali data untuk menjamin
kesahihan dan mencegah plagiasi.
6) Menguasai keterampilan kerja dan kemampuan managerial pengelolaan laboratorium
sekolah (labbiologi) dengan memanfaatkan IPTEKS

Teknologi DNA Rekombinan Page 4

 V. Capaian Pembelajaran Mata Kuliah

A. Sikap:

1) Bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa dan mampu menunjukkan sikap religius.
2) Menjunjung tinggi nilai kemanusiaan dalam menjalankan tugas berdasarkan agama,
moral, dan etika.
3) Berkontribusi dalam peningkatan mutu kehidupan bermasyarakat, berbangsa, bernegara,
dan kemajuan peradaban berdasarkan Pancasila.
4) Berperan sebagai warga negara yang bangga dan cinta tanah air, memiliki nasionalisme
serta rasa tanggung jawab pada negara dan bangsa.
5) Menghargai keanekaragaman budaya, pandangan, agama, dan kepercayaan, serta
pendapat atau temuan orisinal orang lain.
6) Bekerja sama dan memiliki kepekaan sosial serta kepedulian terhadap masyarakat dan
lingkungan.

7) Taat hukum dan disiplin dalam kehidupan bermasyarakat dan bernegara.

8) Menginternalisasi nilai, norma, dan etika akademik.
9) Menunjukkan sikap bertanggung jawab atas pekerjaan di bidang keahliannya secara
mandiri.
10) Menginternalisasi semangat kemandirian, kejuangan, dan kewirausahaan

B. Pengetahuan:

1) Mahasiswa mampu memahami Pengertian, Prinsip dasar, Sejarah Perkembangan

Bioteknologi, dan Bioteknologi konvensional dan modern.
2) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai DNA sebagai informasi
Genetik, Regulasi Ekspresi gen
3) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai teknologi
DNA
rekombinan
4) Mahasiswa mampu memahami ,menguasai dan mengaplikasikan praktikum
isolasi DNA

Teknologi DNA Rekombinan Page 5

 5) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai mengaplikasikan mikropropagasi
tumbuhan
6) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai bioetika
7) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai hibridisasi dan fermentasi
8) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai serta mengaplikasikan Aplikasi
Bioteknologi dalam bidang industri makanan dan minuman
9) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai serta mengaplikasikan Aplikasi
Bioteknologi dalam bidang kedokteran dan keseharan(stem cells, vaksin
10) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai serta mengaplikasikan Aplikasi
Bioteknologi dalam bidang Pertanian dan kehutanan
11) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai serta mengaplikasikan Aplikasi
Bioteknologi dalam bidang Lingkungan
12) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai serta mengaplikasikan
Aplikasi Bioteknologi dalam bidang sumberdaya energi

1) Mampu memanfaatkan teknologi informasi dan komunikasi, fasilitas laboratorium,

bengkel, atau lingkungan untuk belajar fisika
C. Keterampilan
1) Mampu menerapkan pemikiran logis, kritis, sistematis, dan inovatif dalam konteks
pengembangan atau implementasi ilmu pengetahuan dan teknologi yang memperhatikan
dan menerapkan nilai humaniora yang sesuai dengan bidang keahliannya.
2) Mampu menunjukkan kinerja mandiri, bermutu, dan terukur.
3) Mampu mengkaji implikasi pengembangan atau implementasi ilmu pengetahuan
teknologi yang memperhatikan dan menerapkan nilai humaniora sesuai dengan
keahliannya berdasarkan kaidah, tata cara dan etika ilmiah dalam rangka menghasilkan
solusi, gagasan, desain atau kritik seni.
4) Mampu menyusun deskripsi saintifik hasil kajiannya dalam bentuk skripsi atau laporan
tugas akhir, dan mengunggahnya dalam laman perguruan tinggi.
5) Mampu mengambil keputusan secara tepat dalam konteks penyelesaian masalah di
bidang keahliannya, berdasarkan hasil analisis informasi dan data.
6) Mampu memelihara dan mengembangkan jaringan kerja dengan pembimbing, kolega,
sejawat baik di dalam maupun di luar lembaganya.

Teknologi DNA Rekombinan Page 6

 7) Mampu bertanggung jawab atas pencapaian hasil kerja kelompok dan melakukan
supervisi dan evaluasi terhadap penyelesaian pekerjaan yang ditugaskan kepada pekerja
yang berada dibawah tanggung jawabnya.
8) Mampu melaksanakan proses evaluasi diri terhadap kelompok kerja yang berada di
bawah tanggung jawabnya dan mampu mengelola pembelajaran secara mandiri.
9) Mampu mendokumentasikan, menyimpan, mengamankan, dan menemukan kembali data
untuk menjamin kesahihan dan mencegah plagiasi.
10) mampu membuat produk bioteknologi yang bisa dikembangkan sebagai bahan untuk
berwirausaha

VI. Tujuan Pembelajaran

1) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai DNA sebagai informasi Genetik, Regulasi
Ekspresi gen
2) Mahasiswa mampu memahami dan menguasai teknologi DNA rekombinan
3) Setelah melakukan praktikum isolasi DNA, mahasiswa mampu memahami
,menguasai dan melihat wujud nyata DNA serta mengaplikasikan praktikum isolasi
DNA secara relevan

Teknologi DNA Rekombinan Page 7

VII. Petunjuk Penggunaan Bahan Ajar

A. Petunjuk bagi Dosen

Dosen yang akan mengajarkan materi Teknologi DNA Rekombinan ini

hendaknya:

1. Persiapkan perangkat pembelajaran Teknologi DNA Rekombinan;

2. Penguasaan konsep dan penerapan Teknologi DNA Rekombinan
3. Penentuan dan pemilihan strategi pembelajaran yang menarik;

4. Pemilihan metode yang melibatkan partisipasi aktif mahasiswa;

5. Pemilihan dan penggunaan media pembelajaran yang menarik;

6. Penggunaan perangkat asesmen dan alat evaluasi yang tepat.

B. Petunjuk Mahasiswa

Mahasiswa diharapkan mampu berperan aktif dan interaktif dalam mempelajari

bahan ajar ini meliputi:
1. Penguasaan uraian materi setiap level pemahaman konsep Teknologi DNA
rekombinan
2. Melakukan diskusi kelompok untuk membahas tugas interpretasi video
mengenai Teknologi DNA Rekombinan;
3. Melakukan praktikum isolasi DNA untuk mengamati secara langsung bentuk
nyata DNA
4. Menyelesaikan latihan soal.
5. Menarik kesimpulan bahan ajar tTeknologi DNA Rekombinan setelah
membaca materi ini.

Teknologi DNA Rekombinan Page viii

II. DAFTAR ISI

Prakata .................................................................................................................... ii
CAPAIAN PEMBELAJARAN.................................................................................... iii
I. Deskripsi Mata Kuliah............................................................................. iii
II. Manfaat .................................................................................................... iii
III. Relevansi .................................................................................................. iii IV.
Capaian Pembelajaran Program Studi........................................................ iii
V. Capaian Pembelajaran Mata Kuliah............................................................ iv
VI. Tujuan Pembelajaran............................................................................... iv VII.
Petunjuk Penggunaan Bahan Ajar................................................................ v
A. Petunjuk bagi Dosen ................................................................................. v
B. Petunjuk Mahasiswa................................................................................. v
DAFTAR ISI ................................................................................................................. vi
DAFTAR GAMBAR.................................................................................................. viii
DAFTAR TABEL.......................................................................................................... ix
STRUKTUR MAKRO..................................................................................................... x
PETA KONSEP ..............................................................................................................
xi
A. DNA sebagai Informasi Genetik.......................................................................... 1
B. Dogma Sentral Ekspresi Gen................................................................................ 3
C. Teknologi DNA Rekombinan............................................................................... 3
1. Pengertian Teknologi DNA Rekombinan............................................ 3
2. Prinsip Dasar Teknologi DNA Rekombinan........................................ 3
D. Tahpan Teknologi DNA Rekombinan............................................................... 4
E. ManfaatTeknologi DNA Rekombinan...............................................................
18
1. Bidang Kesehatan................................................................................. 18
2. Bidang Pertanian................................................................................... 21
3. Bidang Hukum...................................................................................... 21
4. Bidang Pangan....................................................................................... 21
F. Rangkuman ......................................................................................................
21

Teknologi DNA Rekombinan Page ix

 G. Latihan Soal.......................................................................................................
22
Bibliografi .................................................................................................................. 58
Indeks ........................................................................................................................ 59
Glosarium .................................................................................................................. 60
Kunci Jawaban.......................................................................................................... 64
III. DAFTAR GAMBAR

Gambar 1 Kromosom ................................................................................................................ 1

Gambar 2 Prosedur Southern Blot ..................................................................................... 8

Gambar 3 Prosedur Northern Blot. .................................................................................... 9

Gambar 4 Prosedur WesthernBlot. .................................................................................... 10

Gambar 5 Isolasi DNA............................................................................................................. 11

Gambar 6 Enzim Restriksi memotong DNA antara Basa G dan A ....................... 13

Gambar 7 Enzim Ligase memotong DNA antara Basa G dan A ........................... 14

Gambar 8 Proses Elektroforesis .......................................................................................... 16

Gambar 9 DNA Rekombinan dikembangkan pada Sel Bakteri. ............................. 17

Teknologi DNA Rekombinan Page x

Teknologi DNA Rekombinan Page xi
 IV. DAFTAR TABEL

Tabel 1.Jenis-jenis Enzim Nuklease Restriksi ..................................................................... 14

Tabel 2.Jenis Virus dan Kultur selnya .................................................................................... 19

Tabel 3. Protein yang diproduksi sel line mamalia.....................................................20

Teknologi DNA Rekombinan xii

 Page
V. STRUKTUR MAKRO
TEKNOLOGI DNA REKOMBINAN
Teknologi DNA Rekombinan DNA
Sebagai Informasi Genetik
Dogma Sentral Ekspresi Gen
Pengertian Teknologi DNA Rekombinan
Tahapan Teknologi DNA Rekombinan
Mengidentifikasi DNA spesifik yang dikehendaki
Mengisolasi DNA spesifik
Menyisipkan DNA spesifik ke dalam DNA vektor (Plasmid dll.)
Mengembalikan vektor ke dalam sel hospes/inang
Mengembangbiakan sel hospes

Bahan-bahan Teknologi DNA Rekombinan

Molekul DNA spesifik yang dikehendaki
Vektor (pembawa DNA)
Enzim restriksi
Enzim ligase
Sel inang
Manfaat Teknologi DNA Rekombinan
Bidang Kesehatan
Pembuatan hormon ;misal insulin, pertumbuhan (Growth hormone),
estrogen, dll
Pembuatan vaksin; misal vaksin hepatitis, vaksin meingitis dll
Terapi gen
Produksi protein manusia sebagai obat; misal Human growth factor,
Faktor pembekuan darah (Clothing Factor) VII dan IX, dan interferon
B
Bidang Pertanian
Bakteri Ice (ice minus)
Mikroba pendegradasi limbah.
Tanaman tahan hama, misal kapas Bt, tomat Bt Tanaman
tahan herbisida.
Peningkatan nilai nutrisi
Buah lambat masak

Bidang Hukum
Mengungkap kasus-kasus kejahatan seperti pembunuhan dan
pemerkosaan
Mengungkap identitas seseorang seperti pada kasus bom, kecelakaan
pesawat dll
Mengetahui hubungan kekerabatan misal kasus pertukaran anak
Bidang Pangan
Pembuatan protein sel tunggal (PST); Chlorella, Spirulina, dan

Teknologi DNA Rekombinan xiii

 Scenedesmus; dari khamir Candida utylis; dari kapang berfilamen
Fusarium gramineaum; maupun dari bakteri

Page

Teknologi DNA Rekombinan xiv

Teknologi DNA Rekombinan xv
 Page

Teknologi DNA Rekombinan xvi

 Setiap organisme memiliki sifat-sifat spesifik yang diwariskan dari nenek-moyangnya melalui
suatu molekul yang terdapat di dalam kromosom yang disebut gen. Ekspresi (pengejawantahan)
gen tersebut akan memunculkan sifat-sifat atau gejala (fenomena) yang tampak dan dapat diamati
pada suatu organisme yang disebut fenotip (phenotype). Gen atau informasi genetik terdapat
dalam pita DNA yaitu suatu molekul yang berbentuk benang double helix atau tangga terpilin.
Dengan demikian, gena merupakan bagian dari molekul DNA. Sebagai contoh, perbedaan sel-sel
penyusun otot dan sel-sel penyusun saraf, bukan diakibatkan oleh perbedaan informasi yang
terkandung dalam DNA sel-sel tersebut tetapi ditimbulkan oleh bagaimana informasi tersebut
dibaca atau diterjemahkan

Kromosom → DNA→ Gen

Gambar 1. Kromosom
Sumber: Campbel, 2010

Teknologi DNA Rekombinan Page 1

 Setiap sel memiliki informasi genetik yang terdapat di dalam inti sel tepatnya pada
kromosom. Kromosom tersusun atas pita DNA yang sangat panjang. Molekul DNA pertama kali
diketemukan oleh Watson dan Crick pada tahun 1953. Secara struktural, molekul DNA merupakan
polimer yang tersusun atas gula ribosa, posfat, dan basa aromatik yang membentuk dua pita linear
yang tersusun heliks satu sama lain. Tulang punggung tersusun atas molekul gula sederhana dan
posfat, sedangkan anak tangga (the rungs) tersusun atas 4 macam basa atau nukleotid: adenin (A),
guanin (G), cytosin (C), dan thymin (T) dengan ikatan hidrogen. Pita satu dengan lainnya bersifat
komplementer artinya thymin selalu berikatan dengan adenin (T=A), dan guanin dengan cytosin
(C=G) sehingga kedua pita tersebut menyerupai bayangan cermin satu dengan lainnya.
Gen adalah unit DNA yang menentukan struktur rantai peptida dalam sintesis asam amino
untuk semua jenis protein. Setiap pembentukan asam amino dikode oleh tiga basa yang disebut
kodon (codon). Ada 64 kemungkinan susunan basa berdasarkan triplet (susunan 3 basa).
Gen tertentu mengkode protein yang sangat vital bagi suatu individu, disebut housekeeping
genes. Gen lainnya mengkode protein yang sangat spesifik. Struktur gen tersusun atas beberapa
bagian yang mengkode protein, yang disebut ekson exon). Ekson dipisahkan oleh sekuen DNA yang
tidak mengkode protein, disebut intervening sequences (IVSs, introns).Komponen suatu gen:

1. Urutan koding; untuk setiap protein terdiri atas beberapa ratus nukleotid.

2. Sinyal translasi; untuk disampaikan ke ribosom.

3. Tempat pengenalan ribosoma: mengacu pada arah gerakan ribosoma,

maka dapat dibedakan pita up stream dan down stream.

4. Sinyal transkripsi

5. Tempat pengikatan enzim polimerase dan promoters yang berperan

mempromosi transkripsi.

6. Tempat pengaturan: untuk mengatur transkripsi, AUG pada permulaan,

dan UGA pada akhir

Teknologi DNA Rekombinan Page 2

 B. Dogma Sentral Ekspresi Gen

Ekspresi gen adalah proses pengejawantahan suatu gen menjadi sebuah untaian asam
amino (protein) melalui tahap-tahap berikut:

DNA → Transkripsi → mRNA → Translasi → Protein

Mekanisme transkripsi: Protein regulator (regulatory protein) → bagian pengatur gena

(regulatory site of gene) → transkripsi → mRNA (messenger Ribonucleic acid).
Mekanisme translasi: mRNA → ribosoma → translasi menggunakan triplet asam amino
(kodon) → protein.
Mekanisme replikasi: Pada saat sebelum pembelahan inti sel (mitosis) sel mengalami fase
istirahat (interfase). Pada saat itu, tepatnya pada fase synthesis (S), DNA mengalami replikasi
menjadi DNA baru yang akan dibagi pada saat mitosis.
C. Teknologi DNA Rekombinan

1. Pengertian Teknologi DNA Rekombinan

Teknologi DNA rekombinan (recombinant DNA technology) adalah suatu metode untuk
merekayasa genetik dengan cara menyisipkan (insert) gen yang dikehendaki ke dalam suatu
organisme. Organisme yang mengalami perubahan genetik melalui proses teknologiDNA
rekombinan disebut organisme transgenik/tanaman transgenik/hewan trasgenik. Teknologi
transgenik ini bertujuan untuk mengubah sifat alami suatu individu menjadi sifat yang
dikehendaki oleh manusia. Dengan demikian, istilah transgenik digunakan untuk menyebut suatu
individu yang telah mengalami perubahan gen aslinya. Sebagai contoh; bakteri Escherichia coli
(E. coli) yang hidup simbiotik dalam kolon manusia yang semula (aslinya) tidak dapat
mensintesis hormon insulin, karena telah disisipkan gen insulin manusia, maka ia dapat
menghasilkan insulin.
2. Prinsip Dasar Teknologi Dna Rekombinan
Dasar pemikiran yang melandasi Teknologi DNA Rekombinan adalah bahwa gen merupakan
segmen DNA yang mengendalikan proses metabolisme di dalam sel jasad hidup aliran informasi
genetic ini dari DNA ke mRNA dan kemudian ke protein. Dogma inilah yang mendasari biologi
modern dalam mengembangkan rekayasa genetika sebagai titik sentral bioteknologi modern.
Perkembangan Bioteknologi

Teknologi DNA Rekombinan Page 3

 Pengetahuan mengenai struktur dan fungsi DNA secara mendalam telah diterapkan
untuk kepentingan manusia melalui rekayasa genetika. Rekayasa genetika merupakan
salah satu metode penting yang memberi kontribusi pada pengembangan bioteknologi
modern. Salah satu ciri karakteristik bioteknologi modern adalah melibatkan rekayasa
biologi (teknobiologi).
Rekayasa genetika merupakan suatu metode untuk mengubah gena atau memanipulasi
gena dan kemudian memindahkan gena tersebut dari suatu organisme ke organisme lain
dalam suatu spesies atau berbeda spesies. Untuk kepentingan ini, biasanya dipilih
organisme yang mudah ditangani (handling) dan memiliki sifat pertumbuhan cepat dalam
waktu singkat, sebagai contoh: bakteri Escherichia coli (E. coli). Selain itu, bakteri E.
coli juga memiliki DNA yang berada di luar kromosom yang disebut plasmid, sehingga
mudah dimanipulasi.
Saat ini, rekayasa genetika telah merambah pada semua organisme yang meliputi: bakteri,
tumbuhan, maupun hewan. Organisme yang telah disisipi gen dari organisme lain disebut
transgenik. Organisme transgenik pada hakekatnya digunakan sebagai “pabrik hidup” untuk
memproduksi sesuatu zat yang bermanfaat bagi kepentingan manusia
D. Tahapan Teknologi DNA Rekombinan
Mengidentifikasi gen spesifik
yang dikehendaki → mengisolasi
gen spesifik → menyisipkan gen
spesifik ke dalam DNA vector →
mengembalikan vektor ke
dalam sel hospes → mengembang -biakan
sel hospes dengan metode kultur jaringan.

Tahapan-tahapan untuk menghasilkan individu transgenik biasanya sebagai berikut:

1. Mengidentifikasi gen spesifik yang dikehendaki, misalnya: gen insulin manusia.
Untuk mengidentifikasi gen spesifik yang dikehendaki diperlukan metode-metode
mutakhir bioteknologi (current methods of biotecnology) seperti:
a. Polymerase chains reaction (PCR) atau reverse Transcription Polymerase chains reaction (RT-
PCR).
PCR adalah suatu cara untuk membuat banyak kopi dari segmen DNA spesifik. Denga
cara demikian, jauh leih cepat daripada loig gena yang menggunakan plasmid atau DNA
phage. Bahan yang dibutuhkan: DNA + DNA polymerase + Nukleotid + Primer
Bahan yang diperlukan adalah larutan dari DNA yang mengandung urutan nukleotida yang
“ditargetkan” untuk dibuat kopinya. Kemudian ditambahkan DNA polymerase, semua
bentuk nukleotid dan primer. Primer ini dibutuhkan untuk memulai sintesis DNA. Primer
ini merupakan komplemen dari ujung akhir segmen DNA target

Teknologi DNA Rekombinan Page 4

 Garis besar prosedur PCR:
1) DNA dipanaskan, untuk memisahkan pita
2) Didinginkan untuk memberi waktu agar primer terikat melalui ikatan hydrogen
sampai akhir dari urutan target, satu primer untuk setiap pita.
3) DNA polymerase memperpajang primer melalui penambahan nukleotida,
menggunakan pita DNA sebagai “template”. Dalam waktu yang singkat jumlah
urutan DNA target telah menjadi rangkap. Larutan dipanaskan lagi dimulai siklus
yang lain dari pemisahan pita, peningkatan primer dan sintesis DNA. Apakah cloning
gena??

Info Penting

 Polymerase chains reaction (PCR) yaitu suatu metode yang sangat sensitif
untuk memperbanyak (amplifikasi) rantai RNA menjadi DNA; tissue/cells
o extracted → RNA/mRNA → rT-PCR → copy DNA (cDNA).

 reverse Transcription Polymerase chains reaction (RT-PCR) yaitu suatu

metode yang sangat sensitif untuk memperbanyak (amplifikasi) rantai RNA
menjadi DNA; tissue/cells → extracted → RNA/mRNA → rT-PCR

o copy DNA (cDNA).

 Hibridisasi DNA adalah metode untuk menyeleksi sekuen DNA dengan

menggunakan probes DNA untuk hibridisasi (pencangkokan) rantai DNA. Pita
ganda (double stranded, ds) DNA secara artifisial dapat dipisahkan dengan
pemanasan atau agen kimia untuk mendapatkan pita tunggal (single stranded,
ss), disebut proses denaturasi. Dengan pendinginan dan terkontrol, pita yang
terpisah dapat disatukan lagi (reanneal) tetapi hanya dalam sekuen
komplementer.
 Northern blot analysis adalah metode untuk analisis sekuen asam amino

messenger RNA (mRNA).

 Western blot analysis adalah metode untuk analisis sekuen asam amino
DNA.
b. Hibridisasi DNA.
Teknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu proses denaturasi atau pemisahan dua
rantai asam nukleat yang komplementer dari proses renaturasi atau perpaduan kembali dua
rantai asam nukleat. Proses denaturasi biasanya dilakukan dengan cara pemanasan DNA
untuk memecah ikatan hidrogen yang terdapat di antara pasangan basa sehingga rantai asam
nukleat akan terpisah. Proses ini kemudian diikuti dengan proses renaturasi dengan cara
pendinginan.

Teknologi DNA Rekombinan Page 5

 Pengujian sel bakteri pembawa rekombinan, gen-gen target, level mRNA, hasil
pemotongan ER (RFLP) dan uji lainnya yang menggunakan teknik hibridisasi, membutuhkan
proses denaturasi dan fragmen asam nukleat yang tidak diketahui dan memfiksasi fragmen
tersebut pada bahan solid seperti filter nitroselulosa. Untuk pengujian dengan hibridisasi
diperlukan suatu probe asam nukleat yang komplementer dicampurkan dengan fragmen asam
nukleat yang terdapat pada bahan solid tersebut pada kondisi yang mendukung terjadinya
hibridisasi. Proses hibridisasi dapat juga dilakukan dalam larutan (bukan bahan solid). Baik
DNA yang hendak didiagnosis (target) maupun probe dimasukkan dalam larutan buffer.
Kedua DNA tersebut bebas bergerak dan proses hibridisasinya berlangsung 5-10 kali lebih
cepat daripada di bahan solid. Keadaan tersebut sangat penting dalam aplikasi kebanyakan
diagnostik mikrobiologi yang memiliki konsentrasi DNA target sangat sedikit dan
membutuhkan waktu diagnosis lebih cepat. Probe dapat juga dibuat dari oligonukleotida
(biasanya terdiri dari 30-40 nukleotida) yang dibuat secara sintetik. Oligonukleotida tersebut
dapat berupa fragmen DNA rantai tunggal atau fragmen RNA yang dilabel.
Proses hibridisasi dan visualisasi diawali dengan transfer DNA dari gel agarose ke
nilon berpori atau membrane nitroselulosa. Transfer DNA disebut „Southern blotting‟,
mengacu kepada nama penemu teknik tersebut yaitu E.M. Southern (1975). Pada metode ini
mula-mula gel didenaturasi dengan larutan dasar dan diletakkan pada suatu nampan.
Selanjutnya di atas gel hasil elektroforesis diletakkan nilon berpori atau membrane
nitroselulosa, kemudian di atasnya diberi pemberat. Semua fragment hasil pemotongan
dengan enzim restriksi yang pada awalnya berada pada gel akan ditransfer secara kapiler ke
membrane tersebut dalam bentuk untai tunggal. Pola fragmen akan sama dengan yang berada
pada gel.
Untuk identifikasi bakteri atau sel inang yang membawa plasmid rekombinan juga
dilakukan hibridisasi dengan menggunakan membran nitrosellulosa yang meiliki ukuran dan
bentuk sesuai dengan petridish yang digunakan. Membran ditempel ke medium LB yang telah
ditumbuhi koloni bakteri, kemudian membrane diambil dan petri berisi koloni bakteri
diinkubasi lagi untuk ditumbuhkan kembali. Kemudian membran diinkubasi bersama probe
DNA Bila antara probe dan DNA target merupakan komplemen maka akan terjadi hibridisasi.
Bila probe yang digunakan dilabeli maka selanjutnya dupleks yang terjadi dapat dideteksi.
Bila kondisi hibridisasi yang digunakan mempunyai stringency yang tinggi (highly
stringent), maka tidak akan terjadi hibridisasi dengan DNA yang mempunyai kekerabatan
yang jauh atau non homolog. Jadi probe DNA akan mengenali hanya sekuen yang
komplemen dan secara ideal homolog diantara beribu-ribu atau bahkan berjuta-juta fragmen
yang bermigrasi sepanjang gel. Fragmen yang diinginkan dapat dideteksi setelah dilakukan
pemaparan membran yang telah mengalami hibridisasi pada film. Ada berbagai cara untuk
memperoleh dari melabel probe asam nukleat. Sebuah gen dan agen penyakit yang akan

Teknologi DNA Rekombinan Page 6

 dideteksi harus dimurnikan terlebih dahulu, kemudian dilabel apakah dengan radioisotop
seperti 32P atau dengan substansi non-radioisotop. Walaupun substansi non-radioisotop dan
dapat disimpan dalam waktu yang lebih lama. Sensitifitas uji diagnostik menggunakan probe
yang dilabel dengan non-radioisotop dapat ditingkatkan dengan penggunaan PCR. Substansi
non-radioisotop yang paling sering digunakan sebagai label adalah biotin dan digoxigenin. c.
Sourthern blot analysis.
Jika kita mempunyai DNA utas ganda dan dupisahkan menjadi utas tunggal kemudian
dicampur sebelumya didinginkan dan ditempelkan kembali. Jika terdapat molekul DNA yang
original yang mempunyai sekuen yang mirip. Utas tunggal dari berbagai banyak bangian
dengan utas lawannya dari berbagai DNA molekul. Lawan itu diketahui sebagai proses
hibridisasi dan dapat digunakan utuk menentukan berbagai sekuen, dipisahkan sampel yang
berhubungan dari DNA dan RNA. Percobaan hibridisasi, yang diartikan digunakan untuk
megetahui sekuen DNA atau gen yang digunakan untuk memilih sampel atau memilih DNA
yang mirip.melekul probe Southern blot digunakan untuk menentukan hubungan DNA
dengan DNA yang lainnya dari berbgai sumber.
Teknik ini diikuti dengan membentuk molekul DNA berpasangan melalui
pencampuran DNA dari berbagai sumber. Analisis ini menggunakan dua komponen, Probe
(berisikan sekuen dari gen yang menarik) dan DNA target (berasalkan dari berbagai
organism). Sourthern dimulai dengan isolasi DNA target, DNA hasil isolasi kemudian
dipotong dengan enzim restriksi, dan potongan DNA divisualisasi kedalam elektroforesis.
Hasil elektroforesis direndam kedalam larutan asam pekat, yag bertujuan untuk memecah
ikatan ganda DNA menjadi utas tunggal. Melalui prinsip kalilaritas, DNA dalam gel
dipindahkan kedalam membrane.
DNA utas tunggal dari sebuah gel akan dipindahkan ke membrane. Pada kertas filter
menempel pada buffer dari tank, membawa gel dan membrane dan sampai ke kertas towel,
DNA utas tunggal juka mengantarkan dari gel dan tongkat untuk membrane. Berat diatas
menekan membrane dan gel menyentuh dan membantu DNA gel ke membrane.
Kemudian, probe dipersiapkan. Pertama, mengetahui sekuen atau gen harus diisolasi
dan ditandai disalahsatu sisi (penanda menggunakan radioaktif, atau alkaline phosphatase).
Mengidentidfikasi gen yang sekarang telah menjadi mudah bahawa banyak genom sudah
diketahui urutan sekuennya. Probe dapat dibuat sekuen oligonukleotida yang unik dan diatur
hanya untuk gen yang kita targetkan. Jika prob yang digunakan berisikan ologinuklotida yang
umum maka probe akan menempel disembarang tempat.
Bagaimanapun juga oligonukleotidan yang digunakan probe aruslah panjang dan
hanya menempel pada satu tempat, sepesifik tempat didalam suatu target genom. Probe
dipersiapkan untuk shorthorn, mereka ditandai menggunakan radio aktiv, biotin atau
digoxigenin. Akhirnya pelabelan DNA didenaturasi pada suhu tinggi untuk membuat utas

Teknologi DNA Rekombinan Page 7

 tunggal. Analisis ini untuk dapat berhasil maka probe dan DNA utas ganda diinkubasikan
pada temperature yang diikuti perkawinan utas DNA untuk membentuk tetapi diikuti jumlah
yang rendah dari ketidak cocokkan. Toleransi suhu dan ketidak cocokan, kemudian
berhubungan berbagai jenis bagaimana mencari kesepesifikan. Jika probe ditempeli dengan
radioaktif bahwa membrane divisualisasi ke X ray.

Gambar 2. Prosedur Southern Blot

Southern bloting digunakan target untuk fragemt yang kecil dan run diagarose gel.
Fragment dideaturasi secara kimia untuk membawa utas tunggal dan dipindahkan ke
membrane nylon. Sebuah probe radioaktif diinkubasikan dengan membrane pada
temperature untuk mengikuti hibridisasi untuk membentuk. Sejak di filemkan photografik
adalah ditempatkan dibagian atas membrane, lokasi dari hibridisasi radioaktiv melekul
adalah relevan. Probe juga dapat ditempeli dengan biotin atau digoxigenin pada membrane
dalam fisualisasi digunakan chemiluminescent untuk menditeksi probe dan divisualisasi di x
ray. Band hitam pada filem sehingga dapat diketahui posisi fragment dengan sekuen yang
mirip dengan probe. Alternatifnya, label biotin dan digoxigenin kemungkinan
divisualisasikan melalui perlakuan dengan sebuah substrad chromogenic. Hasil
visualisasinya band nya biru akan dibentuk secara langsung dimembran pada posisi sekuen
yang berhubungan.
d. Northern blot analysis.
Teknik ini pada dasarnya hibridisasi asam nukleat, perbedaannya pada RNA sebagai
target. Probe sama dengan southern blot dengan target adalah mRNA. Didalam eukariot

Teknologi DNA Rekombinan Page 8

 pemilihan mRNA lebih efisien karena genomic DNA tidak mempunyai intron yang mungkin
interference yang mengikat probe untuk mengoreksi sekuen. Dasarnya, teknik ini
menggunakan mRNA sehingga pada agarose gel tidak menggunakan perlakuan denaturasi
dengan asam kuat. Tahapan yang digunakan dalam metode ini yaitu: pemisahan mRNA
dengan elektroforesis, dipindahkan kedalam membrane nylon dan diinkubasi dengan probe
yang utas tunggal. Probe yang sebelumnya dilabel dengan biotin atau digoxigenin atau
radioaktif. Membran kemudian diperlihatkan difilem atau substrad kromegenic.
Variasi dari hibridisasi nortnblot adalah dengan teknik blot titik dimana sampel tidak
diseparasi berdasarkan ukuran. Melalui teknik ini mudah dilakukan hanya dengan membrane
ditetesi dengn mRNA dan probe. Sepertihalnya sourthern blot DNA harus dibuat utas tuggal
sebelum dblot. Sebelum ditetesi dengan DNA sampel maka probe terlebih dahulu untuk
menghibridisasi probe. Kemudian membrane difisualisasikan di filem. Jika probe dan DNA
atau RNA target mirip maka filem akan berwarna hitam. Dot blot sangat mudah dan cepat
untuk menentukan sampel target yang berhubungan dengan sekuen sebelum dilakukan
percobaan sesungguhnya.

Gambar 3. Prosedur Northern Blot

e. Westhern Blot analysis

Teknik ini pertama kali dibuat oleh W. Neal Burnette dan dinamai western blot
sebagai olok-olokan terhadap tekini southern blot yang pertama kali ditemukan.
Western blot merupakan teknik untuk mendeteksi protein spesifik pada sampel
jaringan yang homogenat ataupun dari suatu ekstraksi berdasarkan kemampuan protein
tersebut berikatan dengan antibodi. Teknik ini menggunakan gel elektroforesis untuk
memisahkan protein berdasarkan panjang polipeptida atau berdasarkan struktur 3D-nya.

Teknologi DNA Rekombinan Page 9

 Protein tersebut kemudian ditransfer ke sebuah membran, biasanya nitroselulosa atau PVDF,
dimana mereka kemudian akan dilacak dengan menggunakan antibodi yang spesifik kepada
protein target. Western blot dapat mendeteksi suatu protein dalam kombinasinya dengan

Teknologi DNA Rekombinan Page 10

 sangat banyak protein lain, dapat memberikan informasi mengenai ukuran dan ekspresi protein
tersebut.
Western blot adalah proses pemindahan protein dari gel hasil elektroforesis ke
membran. Membran ini dapat diperlakukan lebih fleksibel daripada gel sehingga protein yang
terblot pada membran dapat dideteksi dengan cara visual maupun fluoresensi. Deteksi
ekspresi protein pada organisme dilakukan dengan prinsip imunologi menggunakan antibodi
primer dan antibodi sekunder. Setelah pemberian antibodi sekunder, deteksi dilakukan secara
visual dengan pemberian kromogen atau secara fluoresensi. Pada deteksi secara fluoresensi,
reaksi antara antibodi primer dengan antibodi sekunder akan memberikan hasil fluoresens
yang selanjutnya akan membakar film X-ray, deteksi ini dilakukan di kamar gelap.

Langkah-langkah dalam Western Blot :

1) Menyiapkan sampel yang akan diteliti, apakah itu limfosit T atau fibroblas ataupun sel
darah tepi. Sampel harus dijaga tetap dingin.
2) Menyiapkan buffer agar pH dapat berada pada jangkauan yang stabil.
3) Menyiapkan antibodi yang akan digunakan sebagai pelacak

Gambar 4. Prosedur Western Blot

2. Mengisolasi gen spesifik dengan menggunakan enzim endonuklease restriksi untuk memotong
DNA yang dikehendaki pada dua ujungnya.
Enzim-Enzim Untuk Memanipulasikan DNA, dikelompokan menjadi 5 golongan besar:

Teknologi DNA Rekombinan Page 11

 a. Restriksi endonuklease, enzim yang memotong, memendekkan atau mendegradasikan
asam nukleat (DNA dan RNA)
b. Ligase, enzim yang menyambung fragmen asam nukleat menjadi satu pita.
c. Polymerase enzim yang membuat kopi molekul asam nukleat.
d. Enzim modifikasi (modifying enzim) enzim yang menghilangkan atau menambah
gugus kimiawi.
e. Topoisomerase enzim yang membuat atau mengubah DNA supercoil dari DNA
sirkuler yang tertutup

Gambar 5. Isolasi DNA

Nuklease

Mendegradasi mol DNA dengan memecah ikatan posfodiester. Ada dua macam
nuklease:

Teknologi DNA Rekombinan Page 12

 1. Eksonuklease, menghilangkan nukleotida satu persatu dari ujung
molekul DNA.
nukleotid Pemotongan

O O O O O O O O
ikatan hidroen

O O O O O O O O

ikatan fosfo diester

O O O O O O

O O O O O O

O O O O O O O O

O O O O O O O O

Memotong nukleotid dari ujung molekul DNA

2. Endonuklease, memecah ikatan posfodiester internal pada mol

DNA. Salah satu jenis endonuklease disebut “endonuklease restriksi”
(disingkat enzim restriksi)
Pemotongan

O OO OOOOO
OOOOOOOO

O O O O OO OO OO

Teknologi DNA Rekombinan Page 13

 Memecah ikatan fosfodiester

Pentiiiing diketahui

Gambar 6. Enzim Restriksi Eco R1 memotong DNA antara basa G dan A

Teknologi DNA Rekombinan Page 14

 Tabel 1. Jenis-jenis Enzim Endouklease Restriksi

3. Menyisipkan gen spesifik ke dalam DNA vektor dengan menggunakan enzim ligase sehingga
didapat DNA rekombinan (rDNA).
Di dalam sel fungsinya adalah untuk mereparasi tempat putusnya untai tunggal
“diskontinuitas” yang terjadi pada molekul DNA untai ganda yang mungkin terjadi pada
waktu replikasi DNA. Ligase DNA dari kebanyakan organisme juga akan
menyambungkan dua fragmen DNA untai ganda. Reparasi diskontinuitas.

Gambar 7. Enzim Ligase menyambungkan DNA antara basa G dan A

Apa saja bahan yang diperlukan

dalam membuat DNA Rekombinan?

o Molekul DNA spesifik yang dikehendaki

o Vektor (pembawa DNA)
o Enzim restriksi
o Enzim ligase
o Sel inang

Teknologi DNA Rekombinan Page 15

 4. Mengembalikan vektor ke dalam sel hospes dengan menggunakan beberapa metode.
Metode pengiriman gen ke sel Mammalia:
a. Menggunakan vektor bakteri atau virus.
Vektor adalah pembawa gena ke hospes, biasanya digunakan plasmid bakteri atau virus.
atau virus.Plasmid sebagai vector; plasmid merupakan molekul DNA di luar kromosom
(extrachromosomal), berbentuk sirkuler, kecil, yang dapat masuk ke bakteri lain dan
bereplikasi secara otonom diluar genom hospes.Virus sebagai vector; virus biasanya
dipakai sebagai vektor untuk memindahkan rDNA ke sel hewan. Setelah virus
dimasukkan ke dalam sel hospes, maka rDNA dilepaskan dari virus untuk kemudian
masuk ke system DNA hospes dan kemudian mengalami penggandaan (replikasi)
sehingga muncul kopi gene asing yang dikehendaki (kloning gena).
b. Pengambilan DNA diperantarai kalsium posfat.
c. Mikroinjeksi sel telur terbuahi.
Mikroinjeksi DNA ke sel telur terbuahi diikuti dengan implantasi sel telur
termanipulasi ke induk titipan yang telah dipersiapkan. Pada tikus dengan induksi
dapat diperoleh 40 buah ova, namun sel telur yang dapat dibuahi sekitar 20 buah.
5.

2 pl buffer yang mengandung klon plasmid DNA diinjeksikan ke salah satu dari
pronukleus sel telur terbuahi. Ada 2 buah pronukleus dari jantan dan betina, pronukleus
jantan lebih besar sehingga dipilih untuk diinjeksi. Pronuklei mengalami fusi kemudian
terbentuklah zygote diploid. Embryo ditumbuhkan pada medium in vitro, sampai
pembelahan sel tertentu. Kemudian diimplantasikan ke induk titipan. Antara 3 – 10 %
hewan yang berkembang mengandung kopi dari DNA eksogen yang bersatu dengan
kromosomnya dan hybrid lainnya
a. Fusi DNA ke sel target.
b. Elektroporesis (aliran listrik).

Teknologi DNA Rekombinan Page 16

 Tahukah kamu?

Gambar 8. Proses Elektroforesis

Teknologi DNA Rekombinan Page 17

6. Mengembang-biakan sel hospes

Gambar 9. DNA rekombinan dikembangbiakan pada sel inang bakteri

E. Manfaat Teknologi DNA Rekombinan

1. Bidang Kesehatan

Teknologi DNA Rekombinan Page 18

 a. Produksi Obat Sel Mammalia
Mikroorganisme transgenik yang memiliki sifat dapat memproduksi: (1) obat-
obatan terhadap penyakit infeksi (antibiotik) seperti; penisilin, streptomysin.
(2) hormon, sebagai contoh insulin untuk terapi penderita kencing manis.
b. Produksi Vaksin Rekombinan
Vaksin rekombinan yang berguna untuk pencegahan jenis penyakit tertentu
sekaligus karena mengandung beberapa protein antigen sehingga dapat
melindungi dari serangan berbagai penyakit menular. Masalah untuk
memproduksi virus (parasit obligat intraseluler) memerlukan sel hidup, jika
menggunakan sel hewan memerlukan banyak hewan. Solusi, menggunakan
kultur jaringan hewan lebih efisien. Berbagai problem dengan porduksi vaksin
secara konvensional di atas, terutama masalah keamanan, digunakan teknologi
rekombinan untuk memproduksi vaksin yang lebih aman dan potensial. Subunit
virus diproduksi oleh bakteri atau yeast (kapang). Salah satu pemanfaatan kultur
sel secara komersial pertama kali sebagai media untuk memproduksi virus.
Virus merupakan mikroorganisme yang bersifat sebagai parasit obligat
intraseluler.
Vaksin viral dapat dibedakan menjadi 2 tipe yaitu:
1) Vaksin hidup (life vaccine) dari virus hidup yang kurang poten terhadap
manusia.
2) Vaksin mati (killed vaccine) dari agen yang telah dimatikan.
Biasa digunakan kultur sel dari embrio ayam (chicken embryo) untuk
memproduksi vaksin influenza dan yellow fever. Keuntungan teknologi
rekombinan DNA dapat dihasilkan vaksin yang melawan virus yang tidak
dapat tumbuh pada medium kultur terhadap titer tinggi untuk memberi
antigen yang cukup untuk keberhasilan vaksinasi. Sekali vaksinasi dapat
memberikan beberapa kekebalan sekaligus terhadap berbagai jenis virus
dengan cara menyisipkan gena berbagai imunogen pada plasmid bakteri.
Sebagai contoh: penyakit tetelo, Marek‟s, cacar ayam. Berbagai problem
dengan porduksi vaksin secara konvensioanl di atas, terutama masalah
keamanan, digunakan teknologi rekombinan untuk memproduksi vaksin
yang lebih aman dan potensial. Subunit virus diproduksi oleh bakteri atau
yeast (kapang). Keuntungan teknologi rekombinan DNA dapat dihasilkan
vaksin yang melawan virus yang tidak dapat tumbuh pada medium kultur
terhadap titer tinggi untuk memberi antigen yang cukup untuk keberhasilan
vaksinasi. Sekali vaksinasi dapat memberikan beberapa kekebalan sekaligus
terhadap berbagai jenis virus dengan cara menyisipkan gena berbagai

Teknologi DNA Rekombinan Page 19

 imunogen pada plasmid bakteri. Sebagai contoh: penyakit tetelo, Marek‟s,
cacar ayam.Produksi zat kebal (antibodi) monoklonal untuk terapi,
penelitian, dan diagnosis penyakit
Tabel 2. Jenis virus dan kultur sel nya
No Jenis Virus Sel yang digunakan Kultur
1. Cacar air Fibroblas embrio ayam
2 Polio (inaktif) Sel ginjal monyet
3 Polio (aktif/hidup) Sel diploid manusia, ginjal kera
4 Rabies Sel diploid manusia

c. Terapi Gena
Terapi gena bertujuan untuk membetulkan kelainan metabolisme karena
bawaan sejak lahir dengan cara menyisipkan gene normal ke organisme
penderita. Terapi gene sel somatik dari sudut pandang sosial masih
menimbulkan masalah pro dan kontra. Masih dipertimbangkan dengan alasan
karena resiko dan keamanan. Untuk terapi gena dengan tujuan untuk mereparasi
gena karena cacat bawaan yang menyebabkan perubahan genotipe
keturunannya.
Sel diekstrasi (dikeluarkan) dari tubuh kemudian ditumbuhkan dalam medium kultur
selanjutnya genenya dimanipulasi dikembalikan ke pasien (penderita) yang
jaringannya diambil. Permasalahan pada penderita kelainan genetik yang dibawa
sejak dalam kandungan belum ada terapi sehingga perlu terapi gene.
1) Sel somatis (somatic gene therapy).
2) Sel embrional (Germ line gene therapy).

Seleksi dan isolasi gena → memodifikasi “germ cells” atau sel

embrional → pemeliharaan kultur → transgenesis ke hewan

Terapi gen bertujuan nuntuk membetulkan kelainan metabolisme karena

bawaan sejak lahir dengan cara menyisipkan gene normal ke organisme
penderita. Terapi gene sel somatik dari sudut pandang sosial masih
menimbulkan masalah pro dan kontra. Masih dipertimbangkan. Biasanya
tahapan meliputi; seleksi dan isolasi gena → pemeliharaan kultur

→ propagasi. Sel diekstrasi (dikeluarkan) dari tubuh kemudian ditumbuhkan dalam

medium kultur selanjutnya genenya dimanipulasi dikembalikan ke pasien (penderita)
Teknologi DNA Rekombinan Page 20
 yang jaringannya diambil, mislanya bone marrow atau sel kulit, karena keduanya
dapat dipelihara dalam medium kultur. Transgenesis menyebabkan perubahan
genotipe keturunannya.

d. Produksi protein manusia

Ada beberapa protein manusia yang memiliki potensi sebagai obat, tetapi
persoalannya terdapat dalam jumlah yang sangat terbatas. Rekayasa protein
(protein engineering) untuk memproduksi protein manusia dalam skala besar
untuk mengatasi keterbatasan suplai dan kontaminasi. Untuk mengatasi, salah
satu alternatif yang terpilih dengan menumbuhkan sel yang memiliki
kemampuan menghasilkan protein tadi pada medium kultur dengan skala besar.
Protein mamalia untuk terapi (pengobatan) yang berguna bagi peningkatan
kesehatan seperti:
1) Human growth factor
2) Faktor pembekuan darah (Clothing Factor) VII dan
IXInterferon B.
Menggunakan kultur sel fibroblas pada embryo manusia yang
ditumbuhkan dalam 20 roller bottles tiap botol mengandung 750 mL mdium.

Hanya 5 x 106 unit (0,02 mg) interferon-β dihasilkan per liter medium setelah
diinduski inteis interferon dengan Polyl:C.

Tabel 3. Protein yang diproduksi oleh sel line mamalia

No. Produk Sel Line Sumber

1 Asetilkolinesterase BP4 1AS Neuroblastoma tikus
2 Interferon-α Namalwa Darah manusia
3 Interferon-β Flow 7000 Kuloit embryo manusia
No. Produk Sel Line Sumber
4 Interleukin EL4 CL14 Darah tikus
5 Aktivator plasminogen GPK Hepatosit marmot
6 Urokinase Ht 1080 Fibrosarkoma manusia

2. Bidang Pertanian
 Bakteri Ice (ice minus) bakteriyang telah direkayasa sehingga tidak membeku pada suhu
rendah. Digunakan (disemprotkan) pada tanaman agar tanaman tidak membeku dimusim dingin
 Mikroba pendegradasi limbah.
Teknologi DNA Rekombinan Page 21
  Tanaman tahan hama, misal kapas Bt, tomat Bt  Tanaman tahan herbisida.
 Peningkatan nilai nutrisi
 Buah lambat masak

3. Bidang Hukum
 Mengungkap kasus-kasus kejahatan seperti pembunuhan dan pemerkosaan
 Mengungkap identitas seseorang seperti pada kasus bom, kecelakaan pesawat dll
 Mengetahui hubungan kekerabatan misal kasus pertukaran anak

4. Bidang Pangan
Pembuatan protein sel tunggal (PST); Chlorella, Spirulina, dan Scenedesmus; dari khamir Candida utylis; dari kapang berfilamen
Fusarium gramineaum; maupun dari bakteri.

F. Rangkuman
Rekayasa genetika atau teknologi DNA rekombinan (recombinant DNA technology) adalah
suatu metode untuk merekayasa genetik dengan cara menyisipkan (insert) gen yang dikehendaki
ke dalam suatu organisme
Bahan yg diperlukan dalam Teknologi DNA Rekombinan :
o Molekul DNA spesifik yang
dikehendaki o Vektor (pembawa DNA) o
Enzim restriksi o Enzim ligase o Sel
inang
Tahapan TeknologiDNA Rekombinan:
 Mengidentifikasi DNA spesifik yang dikehendaki
 mengisolasi DNA spesifik
 menyisipkan DNA spesifik ke dalam DNA vektor (Plasmid dll.)
 mengembalikan vektor ke dalam sel hospes/inang
 mengembangbiakan sel hospes
Manfaat Teknologi DNA rRekombinan
Bidang Kesehatan
 Pembuatan hormon ;misal insulin, pertumbuhan (Growth hormone), estrogen, dll
 Pembuatan vaksin; misal vaksin hepatitis, vaksin meingitis dll
 Terapi gen
 Produksi protein manusia sebagai obat; misal Human growth factor, Faktor pembekuan darah
(Clothing Factor) VII dan IX, dan interferon B
Bidang Pertanian
 Bakteri Ice (ice minus)
 Mikroba pendegradasi limbah.
 Tanaman tahan hama, misal kapas Bt, tomat Bt  Tanaman tahan herbisida.
 Peningkatan nilai nutrisi

Teknologi DNA Rekombinan Page 22

  Buah lambat masak
Bidang Hukum
 Mengungkap kasus-kasus kejahatan seperti pembunuhan dan pemerkosaan
 Mengungkap identitas seseorang seperti pada kasus bom, kecelakaan pesawat dll
 Mengetahui hubungan kekerabatan misal kasus pertukaran anak
Bidang Pangan
Pembuatan protein sel tunggal (PST); Chlorella, Spirulina, dan Scenedesmus; dari khamir Candida
utylis; dari kapang berfilamen Fusarium gramineaum; maupun dari bakteri .

G. Latihan Soal
C. Pilihlah Salah Satu Jawaban Yang Paling Dengan Memberi Tanda Silang
Pada Lembar Jawaban Yang Tersedia

1. Untuk memanipulasi pemotongan pita DNA digunakan enzim …

A. Ligase B. Endonuklease restriksi
C. Topoisomerase D. Polimerase
3. Penyambungan pita DNA dapat dilakukan dengan menggunakan enzim …
A. Endonuklease restriksi B. Helicase
C. Topoisomerase D. Ligase
4. Tahap paling awal dalam proses rekayasa genetika adalah …
A. Isolasi gena B. Identifikasi gena
C. Pemurnian produk D. Kloning
5. Produksi hormon insulin melalui rekayasa genetika memerlukan hospes …
A. Sel pankreas babi B. Bakteri E. coli
C. Jamur Pinicilium D. Bakteri Streptococcus
6. Berikut ini merupakan produk-produk rekayasa genetika yang bermanfaat
bagi kepentingan manusia, KECUALI …
A. Vaksin hepatitis B B. Toksin
C. Hormon pertumbuhan D. Antibiotik

7. Organisme yang telah mengalami perubahan DNA aslinya karena telah

disisipkan gena tertentu disebut …

8. Prinsip teknologi rekayasa genetika adalah menyisipkan gen hewan

vertebrata (manusia) ke dalam …
A. Kromosom B. Kultur jaringan
C. Gena virus D. Hospes sebagai “pabrik hidup”

Teknologi DNA Rekombinan Page 23

 9. Polymerase chains reaction (PCR) merupakan metode yang sangat sensitif
untuk mendeteksi dan menganalisis sekuen asam nukleat melalui …

A. Perbanyakan (amplifikasi) rantai DNA

B. Pemotongan rantai DNA
C. Pemisahan double stranded DNA menjadi single stranded DNA
D. Pengrusakan pita DNA
10. Metode untuk menyeleksi sekuen DNA dengan menggunakan probes DNA
disebut …
A. Hibridisasi DNA B. RT-PCR
C. Western Blotting D. Northern Blotting

13. Prospek ke depan, terdapat indikasi bahwa perkembangan terapi gena

semakin meningkat dengan didukung penerapan metode …

A. Rekayasa genetika dan kultur jaringan

B. Hibridoma dan kloning
C. Rekayasa genetika dan kloning D. Kultur jaringan dan hibridoma

14. Bagian dari bakteri E coli yang diperlukan sebagai vektor untuk
memproduksi hormon insulin melalui teknik rekayasa genetika
adalah …
A. Gena insulin B. Inti sel
C. Plasmid D. Kromosom

15. Urutan yang benar untuk menghasilkan hewan transgenik adalah …

1. Mengisolasi gena spesifik dengan menggunakan enzim restriksi
2. Mengidentifikasi gena spesifik yang dikehendaki
3. Mengembalikan vektor ke dalam sel hospes
4. Menyisipkan gena spesifik ke dalam DNA vektor menggunakan enzim
ligase
5. Mengembang-biakan sel hospes dengan metode kultur jaringan
(cloning).
A. 1, 4, 3, 2, dan 5 B. 2,3,4,5 dan 1
C. 1, 3, 4, 5, dan 2 D. 2,4,3,1 dan 5
16. Pengembalian vektor ke dalam sel hospes mammalia dapat dilakukan
dengan menggunakan beberapa metode berikut, KECUALI …
A. Plasmid B. Elektroporasi (aliran listrik)

Teknologi DNA Rekombinan Page 24

 C. Mikroinjeksi sel telur terbuahi. D. Fusi DNA ke sel target

17. Urutan langkah-langkah terapi gena pada sel somatis (somatic gene
therapy) yang benar adalah …

1. sel sumsum tulang (bone marrow) diekstrasi (dikeluarkan) dari tubuh

pasien
2. disisipkan gen normal ke dalam DNA sel tersebut
3. dipelihara dalam medium kultur untuk perbanyakan
4. transgenesis untuk mengembalikan rDNA ke tubuh pasien
A. 1, 2, 3, dan 4 B. 2, 1, 3, dan 4
C. 3, 2, 1, dan 4 D. 4, 3, 2, dan 1

18. Produk bioteknologi yang berupa protein manusia (human protein)

yang bermanfaat untuk pencegahan kanker adalah …
A. Antibiotika B. Hormon pertumbuhan
C. Interferon D. Antibodi monoklonal

19. Terapi gena pada sel embrional (germ line gene therapy),
pengambilan nucleus sel telur yang telah dibuahi dilakukan pada fase
…
A. Zygote B. Morula
C. Blastula D. Gastrula

20. Prospek ke depan, terdapat indikasi bahwa perkembangan terapi gena

semakin meningkat dengan didukung penerapan metode …
A. Rekayasa genetika dan kultur jaringan
B. Hibridoma dan kloning
C. Rekayasa genetika dan kloning
D. Kultur jaringan dan hibridoma
21. Konstribusi bioteknologi yang bermanfaat untuk pengobatan
penyakit gangguan metabolisme karena factor keturunan adalah
…
A. Rekayasa genetika B. Fusi Protoplas
C. Hibridoma D. Kloning
24. Pengembalian vektor ke dalam sel hospes mammalia dapat dilakukan
dengan menggunakan beberapa metode berikut, KECUALI …

Teknologi DNA Rekombinan Page 25

 A. Plasmid B. Elektroporasi (aliran listrik)

D. C. Mikroinjeksi sel telur terbuahi. D. Fusi DNA ke sel target

26. Produksi hormon insulin melalui rekayasa genetika memerlukan hospes …

A. Sel pankreas babi B. Bakteri E. coli

C. Jamur Pinicilium D. Bakteri Streptococcus
27. Langkah-langkah replikasi virus adalah: 1) Sintesis protein virus 2) Fusi
membran virus dengan membran sel 3) Penyusunan protein-protein 4)
Pelepasan kapsid 5) Pelepasan virus dari sel 6) Replikasi RNA dari virus.
Bagaimana urutan yang benar dari
langkah-langkah tersebut ...
A. 4-2-1-6-3-3 B. 2-6-4-5-1-3
C. 5-6-1-3-4-2 D. 6-4-1-3-5-2
28. Fungsi utama kromosom adalah ...
A. Replikasi B. Penyimpan kode genetik
C Sintesis protein D. Semua jawaban benar
29. Bahan awal untuk Polymerase Chain reaction (PCR) adalah...
A. Gen B. mRNA
C Kromosom D. DNA
30. PCR merupakan metode yang banyak digunakan untuk ...
A. Kloning gen B. Deteksi polimorfisme
C Diagnosis penyakit D. Semua jawaban benar
31. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi terjadi peristiwa berikut ..
KECUALI
…
A. Ikatan hidrogen DNA terputus
B. DNA menjadi berberkas tunggal
C. Tahap PCR agak lama
D. DNA diterjemahkan menjadi mRNA

32. Tahapan terjadinya penempela primer pada bagian DNA template adalah …
A. Annealing B. Denaturasi C Elongasi D. Transkripsi
33. Proses elongasi diperlukan enzim khusus yaitu ...
A. RNA Polimerase B. Taq-polimerase C Topisomerase D. Helikase
34. Urutan yang benar untuk menghasilkan hewan transgenik adalah …
6. Mengisolasi gena spesifik dengan menggunakan enzim restriksi
7. Mengidentifikasi gena spesifik yang dikehendaki

Teknologi DNA Rekombinan Page 26

 8. Mengembalikan vektor ke dalam sel hospes
9. Menyisipkan gena spesifik ke dalam DNA vektor menggunakan enzim
ligase

10. Mengembang-biakan sel hospes dengan metode kultur jaringan

(cloning). A. 1, 2, 3, 4, dan 5
C. 1, 3, 4, 5, dan 2

35. Jika: 1. Urutan koding; 2. Sinyal translasi; 3. Tempat pengenalan ribosoma;

4. Sinyal transkripsi; 5. Tempat pengikatan enzim polimerase dan
promoters; 6. AUG pada permulaan. Maka komponen suatu gena adalah ..

A. 1, 2, 3, 4, 5, dan 6 C. 2, 3, 4, 5, dan 6

Daftar Pustaka

Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., dan Walter, P., 2008, Molecular Biology
of The Cell fifth edition. Garland Science. New York.

Campbell, Neil.A. & Reece, Jane B. (2010). Biologi Edisi Kedelapan Jilid 1. (Alih bahasa:
Damaring Tyas Wulandari, S.Si.). Jakarta: Erlangga

Primrose, S.B. (1987). Modern Biotechnology. Oxford: Blackwell Scientific Publications

Shupnik, M.A. (1999). Introduction to Molecular Biology. In: Fauser, B.C.J.M.,

Rutherford, A.J., Strauss, III., J.F., and Van Steirteghem, A. (eds.) Molecular
Biology in Reproductive Medicine. The Parthenon Publishing Group

Peter Chen (1997). Microorganisms & Biotechnology. London: John Murray Ltd.

Waites, M.J., Morgan, N.L., Rockey, J.S., and Gary Higton (2001). Industrial
Microbiology: An Introduction. USA: Blackwell science

Yiwono, T. 2011. Biologi Molekuler. Edisi 5. Jakarta: Erlangga

Teknologi DNA Rekombinan Page 27

 Indeks
DNA, 1
Gen , 2
Kromosom, 1
Ekson, 2
Intron, 2
Transkripsi, 3
Translasi ,3
PCR, 4
RT-PCR ,5
Hibridisasi DNA, 5
Southern Blot, 5
Northern Blot, 5
Westhern Blot, 5
Enzim Restriksi, 13
Recognation Sequence, 13
Situs Pemotongan ,13
Elektroforesis, 16

Teknologi DNA Rekombinan Page 28

 Glosarium
DNA adalah merupakan sebuah polimer yang terdiri dari satuan-satuan berulang
yang disebut nukleotida. Tiap-tiap nukleotida terdiri dari tiga komponen utama,
yakni gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen (nukleobasa). Pada DNA,
nukleobasa yang ditemukan adalah Adenina (A), Guanina (G), Sitosina (C) dan
Timina (T).

Gen adalah adalah unit pewarisan sifat bagi organisme hidup. Bentuk fisiknya
adalah urutan DNA yang melekat/berada di suatu protein, polipeptida, atau seuntai
RNA yang memiliki fungsi bagi organisme yang memilikinya

Kromosom adalah Kromosom adalah unit genetik yang terdapat dalam setiap inti
sel pada semua makhluk hidup,kromosom berbentuk deret panjang molekul yang
disusun oleh DNA dan protein-protein. Setiap sel terdiri dari tiga bagian utama,
yaitu nukleus (inti Sel), Sitoplasma (cairan sel), dan Membran pelindung sel.

Ekson adalah Ekson adalah urutan nukleotida gen yang diekspresikan, dan mereka
ditemukan di kedua sisi intron. Dalam istilah sederhana, dapat dinyatakan bahwa
ekson benar-benar dasar dalam ekspresi gen atau dalam sintesis protein.
Polipeptida untai dibentuk berdasarkan urutan nukleotida dalam ekson. Ketika
molekul mRNA matang terbentuk melalui transkripsi DNA dan kemudian splicing
RNA terjadi, itu adalah koleksi ekson

Intron adalah Intron adalah urutan nukleotida yang terdapat dalam gen antara
ekson. Urutan nukleotida ini tidak mengkode untuk protein, dan itu berarti intron
tidak harus penting untuk proses sintesis protein. Ketika untai RNA messenger
(mRNA) dibuat melalui transkripsi DNA pada gen, urutan nukleotida intron
dikecualikan.

Transkripsi adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang dimaksud adalah
mengubah "teks" DN Amenjadi RNA.

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul
mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. Transkripsi dan Translasi merupakan dua proses utama yang
menghubungkan gen ke protein

Teknologi DNA Rekombinan Page 29

 PCR Polymerase chains reaction (PCR) yaitu suatu metode yang sangat
sensitif untuk memperbanyak (amplifikasi) rantai RNA menjadi DNA;
tissue/cells
o extracted → RNA/mRNA → rT-PCR → copy DNA (cDNA).

RT-PCR reverse Transcription Polymerase chains reaction (RTPCR) yaitu

suatu metode yang sangat sensitif untuk memperbanyak (amplifikasi) rantai
RNA menjadi DNA; tissue/cells
→ extracted → RNA/mRNA → rT-PCR

copy DNA (cDNA).

Hibridisasi DNA adalah adalah metode untuk menyeleksi sekuen DNA

dengan menggunakan probes DNA untuk hibridisasi (pencangkokan) rantai
DNA. Pita ganda (double stranded, ds) DNA secara artifisial dapat
dipisahkan dengan pemanasan atau agen kimia untuk mendapatkan pita
tunggal (single stranded, ss), disebut proses denaturasi. Dengan
pendinginan dan terkontrol, pita yang terpisah dapat disatukan lagi
(reanneal) tetapi hanya dalam sekuen komplementer.

Southern Blot adalah analisis untuk sekuens DNA

Northern Blot adalah metode untuk analisis sekuen asam amino messenger RNA
(mRNA).

Westhern Blot adalah metode untuk analisis sekuen asam amino

Enzim Restriksi adalah enzim untuk memotong DNA pada saat proses teknologi DNA
rekombinan

Recognation Sequence adalah urutan basa yang terdiri dari 3-6 pasang basa yang khas
yang hanya bisa dikenali oleh enzim restriksi tertentu

Situs Pemotongan adalah tempat pemotonganDNA antara basa nitrogen yang hanya
bisa dikenali oleh enzim restriksi terentu

Elektroforesis adalah adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan

berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik .Secara
umum, elektroforesisdigunakan untuk memisahkan, mengidentifikasi, dan
memurnikan fragmen DNA.

Teknologi DNA Rekombinan Page 30

 Kunci Jawaban

1. B 11. A 21. D 31. C

2. C 12. B 22. C 32. B
3. A 13. B 23. B 33. A
4. D 14. C 24. A 34. D
5. B 15. A 25. A 35. C
6. C 16. B 26. B
7. A 17. C 27. D
8. B 18. A 28. D
9. D 19.D 29.A
10. C 20.A 30.A

Teknologi DNA Rekombinan Page 31