Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Lihat diskusi, statistik, dan profil penulis untuk publikasi ini di:https://www.researchgate.net/publication/251881335

Tanggapan untuk Mengomentari "Pembaruan Wilayah Zoogeografis Wallace di

Dunia"

Artikeldi dalamSains · Juli 2013

DOI: 10.1126/science.1237541

KUTIPAN BACA
20 524

15 penulis, termasuk:

Ben Holt Jean-Philippe Lessard

Proyek Kolam Batu Universitas Concordia Montreal

36PUBLIKASI2.403KUTIPAN 70PUBLIKASI3.421KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Michael K. Borregaard Miguel Bastos Araújo

Universitas Kopenhagen Dewan Riset Nasional Spanyol
64PUBLIKASI4.440KUTIPAN 368PUBLIKASI65.275KUTIPAN

LIHAT PROFIL LIHAT PROFIL

Beberapa penulis publikasi ini juga mengerjakan proyek terkait berikut:

Makroekologi asosiasi inang-parasitLihat proyek

Pembaruan Wilayah Zoogeografi Wallace di DuniaLihat proyek

Semua konten yang mengikuti halaman ini diunggah olehMichael K. Borregaardpada tanggal 05 Februari 2014.

Pengguna telah meminta peningkatan file yang diunduh.

 Tanggapan untuk Mengomentari ''Pembaruan Wilayah Zoogeografis
Wallace di Dunia''
Ben G. Holtet al. Sains341, 343
(2013); DOI: 10.1126/
science.1237541

Salinan ini hanya untuk penggunaan pribadi dan non-komersial.

Jika Anda ingin mendistribusikan artikel ini kepada orang lain, Anda dapat memesan salinan berkualitas tinggi untuk
kolega, klien, atau pelanggan Anda melaluimengklik di sini.

Izin untuk menerbitkan ulang atau menggunakan kembali artikel atau bagian dari artikeldapat diperoleh

Diunduh dariwww.sciencemag.orgpada tanggal 5 Februari 2014

dengan mengikuti pedomanDi Sini.

Sumber daya berikut yang terkait dengan artikel ini tersedia online di
www.sciencemag.org (informasi ini terkini per 5 Februari 2014 ):

Informasi dan layanan terupdate,termasuk angka beresolusi tinggi, dapat ditemukan dalam versi
online artikel ini di:
http://www.sciencemag.org/content/341/6144/343.4.full.html

Daftar artikel tambahan terpilih di situs Web Sainsterkait dengan artikel inidapat ditemukan
di:
http://www.sciencemag.org/content/341/6144/343.4.full.html#related

Artikel inimengutip 13 artikel, 5 di antaranya bisa diakses gratis: http://

www.sciencemag.org/content/341/6144/343.4.full.html#ref-list-1

Artikel ini muncul berikut inikoleksi mata pelajaran:

Ekologi
http://www.sciencemag.org/cgi/collection/
ecology Komentar Teknis
http://www.sciencemag.org/cgi/collection/tech_comment

Sains(cetak ISSN 0036-8075; online ISSN 1095-9203) diterbitkan mingguan, kecuali minggu terakhir bulan Desember, oleh
American Association for the Advancement of Science, 1200 New York Avenue NW, Washington, DC 20005. Hak Cipta 2013
oleh American Association for the Advancement of Science; seluruh hak cipta. JudulSainsadalah merek dagang terdaftar dari
AAAS.
 TEKNISKOMENTAR
tion dalam analisis biogeografi atau apakah memaksakan
resolusi politomi menyebabkan kesalahan sistematis

Tanggapan untuk Mengomentari

(2).Supertrees untuk amfibi yang diterbitkan sebelumnya (
3, 4)dan mamalia (5)digunakan dalam analisis kami telah
dikutip secara luas dalam studi ekologi dan evolusi

“Pembaruan Zoogeografis Wallace komparatif. Pohon super burung kami didasarkan pada
metode transparan menggunakan filogeni dan sekuens

Wilayah Dunia” DNA yang dipublikasikan—data yang sama yang

mendasari pohon super burung yang baru-baru ini
diterbitkan oleh Jetzet al. (6).
Ben G. Holt,1,2*Jean-Philippe Lessard,1,3*†Michael K.Borregaard,1Susanne A. Fritz,1,4 Kreft dan Jetz (1)mencatat bahwa panjang cabang
Miguel B. Araújo,1,5,6,7Dimitar Dimitrov,7,8Pierre-Henri Fabre,7Catherine H. Graham,9 filogenetik tidak dimasukkan dalam analisis kami
Gary R. Graves,1,7,10Knud A. Jønsson,7David Nogues-Bravo,1,7Zhiheng Wang,1,7
Robert J. Whittaker,1,11Jon Fjeldsa,7Carsten Rahbek1,7
1Pusat Makroekologi, Evolusi, dan Iklim, Departemen Biologi,
Universitas Kopenhagen, 2100 Kopenhagen Ø, Denmark.2
Kritik Kreft dan Jetz terhadap pembaruan kami baru-baru ini terhadap wilayah zoogeografi Wallace Sekolah Ilmu Biologi, Universitas East Anglia, Norwich Research
mengabaikan analisis sensitivitas ekstensif yang kami lakukan, yang menunjukkan kekokohan hasil kami Park, Norwich NR4 7TJ, Inggris.3Pusat Ilmu Keanekaragaman
terhadap pilihan data filogenetik dan algoritme pengelompokan. Perbedaan yang mereka sarankan Hayati Quebec, Departemen Biologi, Universitas McGill,
1205AvenueDocteur Penfield, Montreal, QC, H3A-1B1, Kanada.4
antara "zona transisi" dan wilayah biogeografis layak untuk diselidiki lebih lanjut tetapi sejauh ini tidak
Pusat Penelitian Keanekaragaman Hayati dan Iklim (BiK-F) dan
berdasar.
Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung,

HAI
Pemutakhiran wilayah zoogeografis Wallace
di dunia didasarkan pada informasi terperinci
dan terdokumentasi tentang distribusi
geografis dan filogeni lebih dari 20.000 spesies amfibi,
mamalia, dan burung. Kreft dan Jetz (1)menyarankan
bahwa kami belum menyelidiki kepekaan pola
biogeografis yang muncul terhadap variasi jenis
pohon filogenetik, metode pengelompokan, dan
asumsi analitis. Namun, analisis ini jelas ditunjukkan
dalam teks utama dan dijelaskan secara rinci dalam
bahan pelengkap makalah kami. Kreft dan Jetz (1)
dengan demikian gagal untuk mengakui bahwa tiga
dari empat masalah yang mereka angkat dibahas
secara eksplisit dalam penelitian kami. Maksud
potensi dimasukkannya "zona transisi" antara
wilayah zoogeografi berpotensi menarik tetapi
tidak didukung oleh hasil kami atau bagian dari
kerangka analisis penelitian kami. Kami
menanggapi setiap poin secara bergantian.
Kreft dan Jetz (1)mengkritik resolusi filogeni yang
digunakan dalam penelitian kami tetapi tidak
memberikan bukti empiris untuk mendukung klaim
mereka. Secara alami, ada variasi di antara clade
vertebrata dalam resolusi filogeni supertree. Kreft dan
Jetz (1)menyarankan bahwa metode analitik dapat
digunakan untuk meningkatkan resolusi filogenetik.
Meskipun metode untuk menyelesaikan politomi
sedang dikembangkan, tidak jelas apakah metode
Senckenberganlage 25, 60325 Frankfurt, Jerman.5Departemen
Biogeografi dan Perubahan Global, Museum Nasional Ilmu
Pengetahuan Alam, Consejo Superiorde Investigaciones
Scientíficas, Calle José Gutiérrez Abascal, 2,28006 Madrid,
Spanyol.6Centrode Investigaçãoem Biodiversidade e Recursos
Geneticos, Universidade de Évora, Largo dos Colegiais,
7000Évora, Portugal.7Pusat Makroekologi, Evolusi, dan Iklim,
Museum Sejarah Alam Denmark, Universitas Kopenhagen, 2100
Kopenhagen Ø, Denmark.8Museum Sejarah Alam, Universitas
Oslo, Post Office Box 1172 Blindern, NO-0318 Oslo, Norwegia.9
Departemen Ekologi dan Evolusi, Universitas Stony Brook, Stony
Brook, NY 11794–5245, AS.10Departemen Zoologi Vertebrata,
MRC-116, Museum Nasional Sejarah Alam, Smithsonian
Institution, Post Office Box 37012, Washington, DC 20013–7012,
AS.11Kelompok Penelitian Keanekaragaman Hayati, Sekolah
Geografi dan Lingkungan, Pusat Lingkungan Universitas Oxford,
South Parks Road, Oxford OX1 3QY, UK.
* Para penulis ini memberikan kontribusi yang sama untuk pekerjaan ini.

mereka tentang tersebut memberikan informasi yang berarti. †Penulis yang sesuai. E-mail: jplessard@bio.ku.dk (J.-PL)

Gambar 1. Peta yang menggambarkan kinerja pengelompokan multivariat dari
keragaman beta filogenetik (halBsim) nilai.Nilai rata-rata siluet untuk sebelas alam
zoogeografi yang dibatasi dalam (2),dihitung untuk setiap objek di mana: s(i) = [b(i)
– a(i)] /maks[a(i), b(i)];Di manaa(i) =rata-rata pBnilai sim antara grid-cellSayadan
semua sel kisi lainnya di dalam sel kisiSaya'dunia,b(i ) =rata-rata pBnilai sim antara
grid-cellSayadan semua sel grid dalam sel gridSaya's alam tetangga (yaitu, alam
yang paling mirip dengan grid-cellSayabukan milik). Nilai berkisar dari –1 hingga 1,
di mana nilai rata-rata positif untuk a
ranah menunjukkan bahwa objek dalam suatu ranah, rata-rata, ditempatkan
dengan tepat di dalam ranah tersebut. "Zona transisi" harus memiliki nilai yang
relatif rendah. Nilai siluet rata-rata kami disajikan dalam tabel S1 (2)adalah yang
paling relevan dengan konsep zona transisi dan menggambarkan keterkaitan sel
grid dengan wilayahnya, dibandingkan dengan alternatif terbaik berikutnya; nilai
yang lebih tinggi menunjukkan keterkaitan yang lebih besar. Untuk contoh
hipotetis Kreft dan Jetz, (1)nilainya adalah 1 dan 0,89 untuk klaster hitam dan
merah, dan 0,63 untuk klaster zona transisi hijau.

www.sciencemag.orgSAINSVOL 341 26 JULI 2013 343-d

 KOMENTAR TEKNIS
ketidaksamaan di antara kumpulan. Pada saat analisis
kami, perkiraan panjang cabang hanya ada untuk
filogeni mamalia. Kami membandingkan hasil analitik
dengan, dan tanpa, dimasukkannya panjang cabang
untuk filogeni mamalia, menunjukkan bahwa
perbedaan dapat diabaikan [lihat bahan tambahan
untuk (7)]. Dimasukkannya panjang cabang yang
akurat memiliki potensi untuk memfasilitasi
penggambaran wilayah yang lebih baik dalam ranah
zoogeografis. Namun, analisis kami terhadap mamalia
menunjukkan bahwa gambaran biogeografis yang
luas tidak mungkin berubah secara substansial. Kami
juga mencatat bahwa penanggalan kedua filogeni
mamalia (5)dan tanggal filogeni unggas yang baru-
baru ini diterbitkan (6)dipertanyakan (8, 9).Misalnya, 4
dari 11 titik kalibrasi fosil digunakan oleh Jetzet al. (6)
ditetapkan sebagai salah mengidentifikasi taksa
unggas (8),yang memiringkan penanggalan basal
selama jutaan tahun dan memengaruhi ekstrapolasi di
seluruh supertree.
Kreft dan Jetz mengklaim bahwa beberapa alam
kita tidak cocok dengan kriteria kekhasan filogenetik
kita karena mereka adalah “zona transisi di mana biota
yang terpisah lama bercampur.” Argumen ini bersifat
kualitatif daripada kuantitatif dan tidak didukung oleh
data atau analisis. Kreft dan Jetz (1) mendasarkan
contoh hipotetis mereka pada peta yang digambar
secara subyektif yang mencerminkan persepsi mereka
tentang peta miskin data dari tahun 1973 (10).Hasil
analitik kami menunjukkan sedikit bukti perbedaan
mendasar antara alam yang diidentifikasi sebagai
zona transisi oleh Kreft dan Jetz (1)dan ranah lainnya.
Gambar 2 dan tabel 1 asli kami menunjukkan bahwa
alam Tiongkok-Jepang memang yang paling tidak
berbeda dari 11 alam (lihat gambar 1 asli kami untuk
lebih jelasnya). Namun, wilayah Panama dan Saharo-
Arab, juga disorot sebagai zona transisi oleh Kreft dan
Jetz (1),menunjukkan ciri-
343-d 26 JULI 2013 JIL 341SAINSwww.sciencemag.org
Lihat statistik publikasi
yang lebih baik dibandingkan dengan alam lain
(Gbr. 1). Meskipun perbedaan antara dua jenis
wilayah biogeografis yang berbeda mungkin
menarik dan mungkin layak untuk diteliti lebih
lanjut (11),itu berada di luar ruang lingkup
penelitian kami dan sebagian besar studi
regionalisasi biogeografis lainnya yang
diterbitkan, intensif data (12–14).
Kreft dan Jetz (1)berpendapat bahwa "aturan
berhenti" yang digunakan untuk menentukan
jumlah wilayah biogeografis yang bermakna
adalah arbitrer. Ada ketidakakuratan teknis dalam
Kreft dan Jetz's (1)komentar. Meskipun benar
bahwa alam Saharo-Arab kita akan digabungkan
ke dalam alam Afrotropis jika lebih sedikit alam
yang dihasilkan, hasil ini tidak akan sesuai dengan
peta asli Wallace (15),seperti yang disarankan oleh
Kreft dan Jetz (1).Sebagian besar wilayah Saharo-
Arab kita termasuk dalam Wallace's Palearctic.
Kekuatan pendekatan analitik kami adalah
transparansi. Metode full unweighted pair group
dengan dendrogram cluster arithmetic mean (UPGMA)
memungkinkan individu untuk memilih titik potong
mereka sendiri dan menetapkan jumlah wilayah/
wilayah [lihat gambar S1 dalam bahan tambahan di (7)
sebagai contoh]. Alasan di balik pilihan kami untuk
menghentikan aturan adalah untuk memilih titik batas
kriteria evaluasi standar (yaitu, 95%, 99%, 99,9%), yang
menjelaskan tingkat variasi yang tinggi dalam data
dan dapat digunakan sebagai titik batas konvensional
untuk perbandingan di masa mendatang. . Kreft dan
Jetz (1)disarankan menggunakan aturan penghentian
yang dikenal sebagai pendekatan "menemukan
lutut" (12). Pendekatan ini, ketika diuji selama analisis
pendahuluan penelitian kami, terbukti tidak sesuai
karena secara konsisten menghasilkan hasil yang jauh
dari titik kelengkungan maksimum pada plot evaluasi
kami (tujuan yang dimaksudkan dari proses analisis
ini).
Singkatnya, sebagai tanggapan atas kekhawatiran
yang diangkat oleh Kreft dan Jetz (1), kami menegaskan
kembali bahwa pendekatan analitis kami transparan, dapat
diulang, dan secara luas kuat terhadap jenis dan kualitas
data serta pilihan algoritme yang digunakan untuk
menentukan wilayah biogeografis. Oleh karena itu kami
merujuk pembaca yang tertarik untuk bahan tambahan
dari (7)untuk ilustrasi terperinci tentang solusi regionalisasi
alternatif yang dapat dihasilkan menggunakan metode ini
dan berbagai input data dan parameter.
Referensi dan Catatan
1. H. Kreft, W. Jetz,Sains341,343 (2013);
www.sciencemag.org/cgi/content/full/341/6144/343-c.
2. TS Kuhn, A. Ø. Mooers, GH Thomas,Metode Ekol.
Evol.2,427–436 (2011).
3.SA Fritz, C.Rahbek,J. Biogeogr.39,1373–1382
(2012).
4.RA Pyron, JJ Wiens,Mol. Filogenet. Evol.61,
543–583 (2011).
5. ORP Bininda-Emondsdkk., Alam446,507–512
(2007).
6. W. Jetz, GH Thomas, JB Joy, K. Hartmann, AO Mooers,
Alam491,444–448 (2012).
7. BG Holtet al., Sains339,74–78 (2013).
8.G.Mayr,Sistem. Keanekaragaman hayati.11,7–13 (2013).
9.RW Meredithet al., Sains334,521–524 (2011).
10. P. Müller, diBiogeografi,P. Müller, Ed. (Harper & Row, New
York, 1986), vol. 16, hlm. 7–47.
11. PH Williams, HM de Klerk, TM Crowe,J. Biogeogr.
26,459–474 (1999).
12. H. Kreft, W. Jetz,J. Biogeogr.37,2029–2053 (2010).
13.DM Olsondkk., Biosains51,933 (2001).
14.S.ProcheS,S. Ramdhani,Biosains62,260–270
(2012).
15.AR Wallace,Distribusi Geografis Hewan
(Cambridge Univ. Press, New York, 1876).
Ucapan terima kasih:Kami berterima kasih kepada Danish National
Research Foundation atas dukungannya terhadap Pusat
Makroekologi, Evolusi, dan Iklim.
22 Maret 2013; diterima 14 Juni 2013
10.1126/science.1237541