PANDUAN PEMERIKSAAN HIGH-THROUGHPUT WHOLE GENOME SEQUENCING SARS-COV-2

GSI Lab (v.11.25.01.2023)

1. Genomik Solidaritas Indonesia Lab menyediakan layanan pengurutan DNA

(sequencing) genom menggunakan Oxford Nanopore Technologies, GridION

2. Sampel yang dapat digunakan adalah:

a. Swab nasofaring & swab orofaring
b. Swab nasofaring
c. Saliva

3. GSI Lab menerima sampel dengan nilai Ct pada kedua gene < 30, ketentuan kategori
sebagai berikut:
Kategori sampel Definisi
Kasus positif Kasus terkonfirmasi positif Covid-19 dengan nilai CT RdRP/Orf1ab tertentu
A < 15.00
B 15.01 – 18.00
C 18.01 – 25.00
D 25.01 – 30.00

Kategori tambahan menyesuaikan penjelasan di bawah:

G.1 Pelaku perjalanan Internasional atau pekerja migran yang tiba di Indonesia
G.2 Orang dari daerah perbatasan Indonesia dengan negara tetangga
G.3 Area dimana terjadi peningkatan kasus dan kluster / penularan cepat
G.4 Orang yang berpartisipasi dalam uji coba vaksin dan atau telah divaksinasi
secara lengkap (full dose)
G.5 Orang dengan riwayat infeksi dan infeksi ulang
G.6 Orang dengan gangguan kekebalan tubuh (autoimmune disorder) dan
penyakit komorbid (HIV, TB, dll)
G.7 Anak-anak dengan usia <18 tahun pada daerah yang terjadi peningkatan
kasus pada anak
G.8 Orang dengan gejala klinis sakit parah yang berusia <60 tahun dan tidak
memiliki penyakit penyerta
G.9 Semua kasus positif SARS-CoV-2 yang kontak dengan kasus SARS-CoV-2
Varian of Concern dan Varian of Interest
G.10 Kasus infeksi Covid-19 melewati 2 minggu (long Covid)

4. Minimal volume sampel yang bisa diterima adalah 600 ul.

5. Data spesimen dan data epidemiologis yang diperlukan WAJIB diisi pada form excel yang kami
kirimkan melalui WA. Apabila bapak/ibu ada pertanyaan bisa menghubungi Admin di (WA Only)
+62 812-8714-2991.

6. Sesuai panduan Center of Disease Control (CDC) dan World Health Organization (WHO), sampel
dapat disimpan dan ditranspor pada suhu 2-8֯ C selama maksimal 12 hari sejak hari pengambilan
sampel. Sampel yang berusia lebih dari 12 hari sejak hari pengambilan, maka specimen
direkomendasikan disimpan dalam suhu -80֯ C. Sampel yang disimpan dalam keadaan beku,
 mohon ditranspor dalam kondisi beku (dengan dry ice). Hindari proses beku cair berulang yang
akan menimbulkan kerusakan pada sampel.

7. Spesimen dikirimkan berdasarkan ketentuan pengiriman spesimen COVID-19 yang tercantum

pada pedoman COVID-10 KMK No HK.01.07/MENKES/413/2021 Tentang Pedoman Pencegahan
dan Pengendalian COVID-19.

8. Sampel yang diterima oleh GSI Lab akan mendapat perlakuan ekstraksi secara hati- hati sesuai
prosedur dan ketentuan biosafety dan biosecurity.

9. Sampel yang dapat diperiksa untuk sequencing, akan melalui quality check dengan proses:
a. Deteksi materi genetik virus – qPCR
b. Uji kemurnian – Nanophotometer
c. Pengecekan integritas asam nukleat termasuk visualisasi elektroforesis agarose.
d. Jika tidak lolos QC, pihak pengirim dapat mengirimkan sampel baru atau pembatalan
sequencing. Pembatalan sequencing dilakukan dengan membayarkan biaya pengganti
proses QC.

10. Hasil sequencing SARS-CoV2 genom akan diunggah ke pusat data publik GISAID
(https://www.gisaid.org/about-us/mission/). GISAID memberikan apresiasi kepada semua pihak
yang terlibat dalam proses pemeriksaan Whole Genome Sequencing ini dalam bentuk authorship,
dengan catatan:
a. Originating Lab: Pihak pengirim sampel
b. Submitting Lab: GSI Lab
c. Authors / penulis: mohon informasikan kepada pihak GSI nama penulis yang ikut serta
1. Penulis pertama dan kedua adalah petugas GSI Lab
yang melakukan sequencing
2. Penulis ketiga sampai kelima adalah pihak pengirim sampel, antara lain:
tim peneliti, dokter penanggung jawab pasien, kepala lab yang bertugas,
dan lain lain
3. Penulis keenam dan seterusnya adalah pihak GSILab bidang bioinformatika
dan operasional
d. Penulis dapat membuat akun pada https://www.gisaid.org/ untuk mengakses hasil
konsensus sekuens virus pada GISAID

11. Hasil yang akan anda terima akan berupa:

1. Hasil qPCR
2. Hasil sekuens genom virus

12. Data pasien yang terkumpul dari poin nomor 5 dan 11 akan disimpan dengan aman.
Penggunaan data tersebut akan mengedepankan perlindungan kerahasiaan data sumber
sampel.

13. GSI Lab akan menyimpan sampel sesuai ketentuan biosafety dan dapat menggunakan sampel
untuk pemeriksaan lagi di masa depan. Data yang dihasilkan dari pemeriksaan tersebut akan
digunakan dengan mengedepankan perlindungan kerahasiaan data sumber sampel.
 Hasil akan diterima secara elektronik melalui surel yang didaftarkan melalui formulir daring.
Hasil akan dilaporkan kepada pihak otoritas Surveilans Genom C-19, dalam hal ini Badan
Litbangkes Kementerian Kesehatan Republik Indonesia.

KETENTUAN PENGIRIMAN SAMPEL SWAB NASOFARING DAN OROFARING

Jam operasional
- Pengiriman sampel ke GSI Lab: 07.00 – 20.00 WIB (Senin-Minggu & Hari Libur)
- Pelayanan Admin WGS (chat only) permintaan booking ID: 08.30 – 17.30 (Senin – Jumat)
4 langkah pendaftaran sesuai alur sebagai berikut:

01 02 03 04

Melakukan pengisian
Menghubungi Petugas form dan Petugas akan mengirimkan Booking ID dalam
Admin WGS via WA mengembalikan by waktu kurang dari 24 jam, lalu sampel bisa Hasil WGS akan diterima
WA ke Petugas Admin dikirimkan ke Genomics Hub: Jl. Sultan Agung maksimal 10 hari kerja
untuk mendapatkan
WGS, diawali No.29, Guntur, Kecamatan Setiabudi, Kota Jakarta sejak sampel diterima
form excel
#daftarwgs Selatan, Daerah Khusus Ibukota Jakarta 12980

1. Sampel sudah didaftarkan selambatnya sehari sebelum hari estimasi sampel tiba di GSI.
Pengirim akan mendapatkan konfirmasi berupa booking ID dari petugas GSI dengan jumlah sampel
yang datang (apabila tidak ada booking ID sampel tidak akan diterima & tidak di proses).

2. Sampel diterima dalam keadaan baik dan memenuhi syarat:

• Pengiriman sampel menggunakan coolbox, disertai icebox dan thermometer dengan
suhu yang sesuai yakni 2-8 DegC atau lebih rendah dari -20 DegC
• Sampel dikemas dengan kondisi triple layer (tutup terparafilm dengan baik, lapisan
tissue dan ziplock)
• VTM / ITM dalam keadaan baik (pink & bening, berisi cairan)
• Tabung VTM / ITM disertakan dengan minimal dua data pengenal spesimen. Contohnya
nama lengkap & tanggal lahir

3. Data nama lengkap dan tanggal lahir tertulis secara benar dan sesuai, baik di sistem maupun di
tabung VTM / ITM (apabila data tidak benar maka sampel akan ditolak).

4. Alamat Email diisi ke sistem dengan benar, hanya 1 email (karena akan digunakan sebagai email
penerima hasil).

5. Jam terima sample terhitung pada saat sudah diterima oleh tim receptionist dengan booking ID &
delivery order bukan pada saat kurir datang.

6. Apabila salah satu syarat tidak terpenuhi, maka GSI Lab berhak untuk menolak sampel tersebut
dan tidak memproses sampel tersebut.