PEMANFAATAN MIKROORGANISME DALAM BIDANG PETERNAKAN

Mikroorganisme merupakan mahluk hidup sederhana yang terbentuk dari satu atau
beberapa sel, berupa tumbuhan atau hewan yang
biasanya hidup secara parasit maupun saprofit,
misalnya bakteri, kapang, dan amuba.
Mikroorganisme dapat melindungi tanaman dari
organisme patogenik dengan memproduksi
berbagai metabolit sekunder seperti ammonia,
hidrogen sianida, siderofor dan enzim-enzim
hidrolitik.

Di zaman sekarang, ilmu biologi telah

berkembang pesat dan semakin maju. Sehingga
bermunculan penemuan-penemuan baru, salah satunya Bioteknologi.

Bioteknologi adalah cabang ilmu biologi yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup
maupun produk dari makhluk hidup dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan
jasa yang dapat digunakan oleh manusia.

Dalam dunia peternakan bioteknologi juga dimanfaatkan sebagai pembuatan pakan

bergizi tinggi pada hewan ternak, rekayasa genetika pada hewan ternak untuk mendapatkan
hewan ternak unggul, serta sebagai pembuat vaksin dan antibodi pada hewan ternak.

A. Pakan Fermentasi
Pakan fermentasi merupakan pakan ternak yang telah melalui proses perubahan
struktur kimia yang dibantu oleh enzim mikroorganisme seperti bakteri dan jamur. Biasanya
bakteri yang digunakan adalah Lactic Acid Bacteria (LAB) atau bakteri asam laktat. Pakan
fermentasi yang dibuat berbahan jerami padi yang diberi campuran leguminosa, dedak dan
garam untuk semakin meperkaya kandungan nutrisi dalam pakan.

Tujuan utama peternak memberikan pakan

fermentasi adalah untuk memaksimumkan pengawetan
kandungan nutrisi yang tersedia pada makanan hijauan
atau bahan pakan ternak lainnya ,supaya bisa disimpan
dalam kurun waktu yang lama ,untuk kemudian diberikan
sebagai pakan bagi ternak.

Keuntungan Pakan di Fermentasi dengan mikroorganisme : Penggunaan pakan lebih

hemat. Memotong rantai peptida protein, menjadi protein rantai pendek. Pakan langsung
bisa di cerna.

1
B. Rekayasa Genetik
Rekayasa Genetik adalah teknik
memindahkan gen yang dikehendaki untuk
mengembangkan dan memperbaiki sifat
tanaman, hewan dan makhluk hidup lain.
Rekayasa genetik, juga disebut modifikasi
genetik, adalah manipulasi langsung gen suatu
organisme menggunakan bioteknologi.

Manfaat dengan rekayasa genetik dalam bidang peternakan: Dapat menciptakan

berbagai varietas bahkan spesies baru sesuai yang diinginkan manusia. Memudahkan untuk
perbanyakan bibit unggul. Menghasilkan hewan yang tahan penyakit dan memiliki kualitas
daging, susu dan telur yang lebih baik. Akan tetapi, rekayasa genetik ini dapat menyebabkan
dampak negatif, yaitu menurunnya keanekaragaman makhluk hidup. Penurunan
keanekragaman ini disebabkan hilangnya plasma nutfah (Sumber daya genetik).

1. Produk hasil rekayasa genetik

a. Produk farmasi
Pemenuhan kebutuhan produk farmasi tertentu bila dilakukan dengan teknologi
konvensional akan memerlukan bahan dan biaya yang banyak. Contohnya hormon
somatostatin, yaitu hormon pertumbuhan pada manusia. Hormon ini memerlukan
setengah juta otak domba untuk mendapatkan 0,005 gram somatostatin murni.
Sedangkan melalui OHRG, 9 liter produk frementasi bakteri sudah menghasilkan
somatostatin dengan jumlah yang sama. Teknologi rekayasa genetik dalam bidang
farmasi menghasilkan protein, vaksin, dan antibiotik. Selain itu xenotransplantasi, yaitu
transplantasi dari hewan ke manusia juga dilakukan. Kemudian terapi gen sebagai
pengobatan penyakit kronis dan beberapa kelainan makrogenetik.

b. Produk non-pangan
Produk non pangan adalah organisme hidup, bagian - bagiannya dan/atau hasil
olahannya yang mempunyai susunan genetik baru dari hasil penerapan bioteknologi
modern. Salah satu produk
rekayasa genetik antara lain
hewan transgenik. Contohnya
domba dolly, tigon, liger, bagal,
ayam tanpa bulu, sapi transgenik
yang mampu menghasilkan agen
antibakteri, dan babi transgenik
yang mampu memproduksi
hemoglobin manusia.

2
 c. Produk pangan
Produk pangan merupkan hasil dari rekyasa genetik yang dapat dikonsumsi oleh
manusia. Contohnya susu, daging, telur, kulit dari hewan transgenik.

2. Komponen Rekayasa Genetik

Prinsip dasar teknologi rekayasa genetik adalah memanipulasi atau melakukan
perubahan susunan asam nukleat dari DNA atau menyelipkan gen baru ke dalam struktur
DNA organisme penerima. Ada beberapa komponen utama yang digunakan dalam teknik
rekayasa genetik antara lain enzim, vektor kloning, dan sel inang yang kompeten.

a. Enzim
Dalam rekayasa genetika digunakan 2
jenis enzim yaitu enzim restriksi
endonuklease dan ligase. Enzim restriksi
endonuklease berfungsi untuk memutus
ikatan gula fosfat DNA dan memotong
nukleotida-nukleotida yang spesifik
pada DNA.
Oleh karena itu, enzim restriksi disebagai “gunting molekuler”. Sedangkan DNA ligase
adalah enzim yang berfungsi untuk menyambungkan fragmen-fragmen DNA dengan
cara membentuk ikatan diester antara dua nukleotida.

b. Vektor kloning
Vektor kloning merupakan suatu komponen pembawa gen yang akan dimasukan ke
dalam sel inang. Suatu ventor kloning harus memiliki bagian titik mula replikasi atau ORI
(Origins of replication) yang menandai tempat dimulainya replikasi DNA, gen seleksi
(selectable marker) yang membantu mengidentifikasi sel yang akan diubah dari sel
aslinya, dan situs restriksi (restriction site) atau daerah kloning merupakan urutan DNA
khas yang akan dikenali oleh enzim restriksi.

3
 Suatu vektor kloning memiliki lebih dari satu
situs restriksi. Beberapa situs restriksi untuk
beberapa enzim endonuklease di dalam vektor
disebut polylinker. Terdapat beberapa jenis
vektor kloning yang telah diketahui yaitu
plasmid, bakteriofaga, kosmid, vektor, YAC,
virus hewan dan virus tumbuhan.

1) Plasmid, merupakan vektor kloning yang paling sering digunakan dalam proses
kloning pada bakteri. Plasmid adalah DNA ekstrakromosomal yang biasanya
berbentuk sirkuler, dan plasmid ini ditemukan dalam sel bakteri. Bakteri
memiliki kemampuan pembelahan yang cepat, sehingga plasmid sering
digunakan sebagai vektor pembawa gen untuk memproduksi suatu produk
tertentu dalam waktu yang cepat.
2) Bakteriofaga, merupakan virus yang menginfeksi bakteri dengan memasukan
DNA nya ke dalam bakteri inang. DNA virus dapat dimanipulasi dengan cara
disisipi gen asing kemudian dimasukan ke dalam bakteri. Bakteriofafa yang
dikembangkan untuk vektor kloning yaitu bakteriofag lambda dan M13.
3) Kosmid, merupakan kombinasi dari beberapa bagian vektor plasmid dan situs
COS bakteriogaf lambda. Kosmid memungkinkan DNA target masuk ke dalam
kepala lambda. Keuntungan dari penggunaan kosmid adalah tingkat efisiensi
transformasinya yang tinggi dan dapat membawa 45kb DNA asing.
4) Vektor YAC, merupakan vektor yang dikembangkan untuk mengkloning segmen
DNA yang sangat besar.
5) Virus hewan, DNA virus hewan dapat dimanipulasi untuk memasukan DNA asing
ke dalam sel hewan yang dibudidayakan. Contohnya, Simian virus 40 (SV 40),
Adenovirus dan Papiloma virus.
6) Virus tumbuhan, virus ini dapat dimanipulasi untuk memasukan DNA asing ke
dalam sel tumbuhan. Contohnya, Tobacco Mosaic Virus (TMV) dan Cauliflower
Mosaic Virus (CaMV).

c. Sel inang yang kompeten

Sel inang yang kompeten berfungsi untuk memperbanyak mokelul DNA rekombinan
hasil rekayasa genetika. Beberapa sel inang yang dapat digunakan misalnya sel bakteri,
ragi, sel tumbuhan dan hewan. Jenis bakteri yang paling sering digunakan adalah E-coli
karena mudah tumbuh dan dikontrol, dapat menerima berbagai macam vektor, dan
membelah dengan cepat.
Selain itu, sel kompeten adalah sel yang mampu dan siap menerima DNA asing.
Dimana, sel ini biasanya dibuat dengan menggunakan buffer CCMB80 yang

4
 mengandung garam kation divalent yaitu CaCl2. Garam ini berfungsi untuk mengubah
muatan pada membrane sel sehingga sel bakteri menjadi tidak selektif terhadap
molekul asing termasuk vektor plasmid. Selanjutnya ketika digunakan metode kejut
panas (heat shock) dengan suhu kurang lebih 420C, maka DNA asing dapat masuk ke
dalam sel inang.

C. Vaksin

Akhir-akhir ini sering kali kita mendengar tentang Penyakit mulut dan kuku (PMK).
Penyakit mulut dan kuku (PMK) adalah penyakit infeksi virus yang bersifat akut dan sangat
menular. Penyakit ini menyerang semua hewan berkuku belah/genap, seperti sapi, kerbau,
babi, kambing, domba termasuk juga hewan liar seperti gajah, rusa dan sebagainya.

Agar penyakit ini tidak menular secara masif pada hewan lainnya, maka diperlukan
vaksin untuk mencegah penularan penyakit ini.

Vaksin adalah sediaan biologis yang digunakan untuk menghasilkan kekebalan adaptif
terhadap penyakit infeksi tertentu. Biasanya, vaksin mengandung agen atau zat yang
menyerupai mikroorganisme penyebab penyakit dan sering kali dibuat dari mikroorganisme
yang dilemahkan atau dimatikan, dari toksinnya, atau dari salah satu protein permukaannya.
Agen dalam vaksin merangsang sistem imun agar dapat mengenali agen tersebut sebagai
ancaman, menghancurkannya, dan mengingatnya agar sistem imun dapat kembali
mengenali dan menghancurkan mikroorganisme yang berhubungan dengan agen tersebut
saat ditemui pada masa depan. Vaksin dapat bersifat profilaksis (misalnya untuk mencegah
atau memperbaiki dampak akibat infeksi patogen pada masa depan) atau terapeutik
(misalnya vaksin terhadap kanker). Pemberian vaksin disebut vaksinasi, yang merupakan
salah satu bentuk imunisasi. Vaksinasi merupakan metode paling efektif untuk mencegah
penyakit menular.

5
 Ada berbagai jenis vaksin yang masing-masing dibuat dengan proses yang berbeda.
Vaksin diklasifikasikan menurut jenis zat yang terkandung di dalamnya, yang masing-masing
dirancang dengan strategi berbeda untuk mengurangi risiko penyakit sambil
mempertahankan kemampuan untuk menginduksi respons imun yang menguntungkan.
Beberapa jenis vaksin yaitu vaksin yang berupa keseluruhan patogen (baik patogen inaktif,
patogen hidup yang dilemahkan, dan vaksin kimerik), vaksin subunit (komponen tertentu
yang dapat menstimulasi sistem imun, misalnya vaksin konjugat, vaksin toksoid, dan vaksin
protein rekombinan), serta vaksin asam nukleat (misalnya vaksin plasmid DNA, vaksin RNA,
dan vaksin vektor rekombinan).

1. Dilemahkan
Beberapa vaksin mengandung mikroorganisme hidup yang dilemahkan. Vaksin ini
menghasilkan infeksi terbatas yang cukup untuk memicu respons imun, tetapi tidak cukup
untuk menyebabkan keadaan penyakit yang sebenarnya. Banyak di antara vaksin ini berisi
virus aktif yang telah dikultur dalam kondisi yang menonaktifkan sifat virulennya atau berisi
organisme serupa yang berkerabat dekat tetapi kurang berbahaya, tetapi dapat
menghasilkan respons imun yang luas.

2. Inaktif
Beberapa vaksin mengandung mikroorganisme yang tidak aktif (tetapi sebelumnya
bersifat virulen) yang telah dihancurkan oleh bahan kimia, pemanasan, atau radiasi. Vaksin
ini seperti "hantu" mikroorganisme, misalnya selubung sel bakteri yang utuh tetapi kosong
tak berisi, yang dianggap sebagai fase peralihan antara vaksin yang inaktif dengan vaksin
yang dilemahkan. Vaksin bakteri umumnya menggunakan mikroorganisme mati, sedangkan
vaksin virus terdiri dari agen yang tidak aktif.

3. Toksoid
Vaksin toksoid berarti vaksin yang mengandung toksoid atau toksin yang sudah
diinaktifkan. Contoh vaksin toksoid yaitu toksoid tetanus dan difteri toksoid.

6
4. Subunit
Vaksin subunit mengandung antigen murni daripada menggunakan seluruh
mikroorganisme. Antigen yang dimurnikan bisa berupa toksoid, fragmen subseluler, atau
molekul permukaan, yang diangkut oleh pembawa yang berbeda. Respon imun terhadap
vaksin subunit berbeda berdasarkan antigen yang digunakan. Antigen protein biasanya
menimbulkan respons imun adaptif bergantung sel T, sedangkan antigen polisakarida
menghasilkan respons tidak bergantung sel T.

5. Konjugat
Vaksin terkonjugasi dapat didefinisikan sebagai subkelas vaksin subunit karena
pembawa protein digunakan untuk membawa antigen berbasis polisakarida.

6. Vaksin genetik
Vaksin genetik atau vaksin berbasis gen adalah vaksin yang mengandung asam nukleat
seperti DNA atau RNA yang selanjutnya digunakan untuk biosintesis protein antigen di
dalam sel. Vaksin genetik mencakup vaksin DNA, vaksin RNA dan vaksin vektor virus.

7
 MIKROORGANISME PENGOLAH LIMBAH (BIOREMEDIASI)

A. Pengertian
Bioremediasi adalah cabang dari ilmu bioteknologi yang memanfaatkan organisme
hidup, seperti mikroba dan bakteri, dalam proses menghilangkan kontaminan, polutan, dan
racun yang mencemari tanah, air, dan aspek lingkungan lainnya. Proses ini bertujuan untuk
membersihkan air tanah yang terkontaminasi atau masalah lingkungan lainnya, seperti oil
spill.

Mikroba yang meliputi bakteri dan jamur adalah mikroba yang memiliki peran utama
dalam proses bioremediasi. Bakteri adalah mikroba yang sangat penting dalam proses ini,
karena mereka mampu menguraikan limbah menjadi nutrien dan material organik.

B. Cara Kerja Bioremediasi

Bioremediasi mengandalkan stimulasi dari pertumbuhan mikroba tertentu dengan
memanfaatkan kontaminan, seperti minyak, larutan (solvent), dan pestisida, sebagai sumber
makanan mereka dan energi. Beberapa mikroba tertentu dapat menguraikan patogen dan
senyawa kimia toksik dengan cara mencernanya dan menghilangkan unsur toksik dengan
mengubah komposisinya menjadi gas etana dan karbon dioksida.

Beberapa kondisi pada tanah dan air yang terkontaminasi telah memiliki mikroba yang
berperan sebagai pengurainya. Namun, apabila mikroba yang ada berada dalam jumlah
yang sedikit atau sama sekali tidak ada, maka bioremediasi akan berperan untuk menambah
jumlah mikroba tersebut.

Saat lingkungan yang terkontaminasi telah kembali ke kondisi semula, mikroba akan
tumbuh dengan cepat. Apabila kondisi telah mencapai off-balance, mikroba akan bertindak
dengan lambat atau bisa mati bersamaan. Nah, pada kondisi ini kontaminan akan tetap
berada di lingkungan hingga lingkungan mengembalikan keseimbangannya sendiri.

8
 Untuk menyeimbangkan lingkungan setelah terkontaminasi berat membutuhkan waktu
yang sangat lama. Tetapi, proses yang tepat dalam treatment pada beberapa kondisi
lingkungan dapat berjalan secara singkat, mulai dari beberapa tahun hingga beberapa
dekade.

Bioremediasi sangat kuat kaitannya dengan kebutuhan oksigen. Beberapa mikroba

membutuhkan oksigen untuk berkembang biak, namun beberapa menjadi terhambat
perkembangannya karena keberadaan oksigen. Hal ini menyesuaikan dengan toksin apa
yang mengontaminasi dan jenis mikroba.

C. Jenis-Jenis Bioremediasi

1. Bioremediasi Berdasarkan Keberadaan Oksigen

a. Aerobik
Aerobik ini memanfaatkan mikroba yang membutuhkan oksigen untuk proses
berkembang biaknya. Cara ini juga merupakan upaya composting untuk mengoksidasi
jamur yang membantu proses penguraian. Teknik aerobik secara mekanis melalui
bioventing pasif atau memasukkan udara terkompresi ke dalam tanah atau di bawah
permukaan air dengan biosparging.

b. Anaerobik
Pada kondisi kontaminasi logam berat banyak menggunakan teknik anaerobik,
seperti menghilangkan kontaminasi oleh polychlorinated biphenyls atau
trichloroethylene. Teknik anaerobik ini adalah bentuk spesial yang membutuhkan teknik
yang lebih canggih dan pemantauan yang tepat.

2. Bioremediasi Berdasarkan Metode

a. In situ
In situ merujuk pada pekerjaan bioremediasi yang dilakukan langsung di lokasi
terkontaminasi. Misalnya, tanah yang terkontaminasi yang diremediasi tanpa
memerlukan proses removal yang mahal atau air tanah yang hanya bisa dilakukan
remediasi di tempat.

b. Ex situ
Sementara, ex situ merujuk pada pekerjaan bioremediasi yang dilakukan dengan
membawa material yang terkontaminasi dan remediasinya secara remote. Metode ini
membutuhkan alat-alat berat. Metode ex situ berisiko menimbulkan penyebaran
kontaminasi atau tumpahan selama proses transportasi.

9
3. Bioremediasi Berdasarkan Aplikasinya
a. Biosparging
Biosparging dilakukan dengan memasukkan udara terkompresi ke dalam tanah atau
ke lapisan air tanah. Nah, cara ini akan meningkatkan konsentrasi oksigen di dalam
tanah dan meningkatkan air sparging biologis yang mudah diperoleh dan efektif.

b. Bioventing
Bioventing melibatkan proses pengeboran tanah dengan diameter kecil yang
memungkinkan masuknya udara dan ventilasi pasif. Menggunakan bioventing bisa pada
kondisi kontaminasi tanah dan juga air tanah, karena memungkinkan tingkat oksigen
dan nutrien terkendali karena menyesuaikan tingkat ventilasinya.

c. Bioaugmentation
Bioaugmentation umumnya untuk menambahkan mikroba indigenous atau
memasukkan mikroba spesies exogenous di lokasi yang terkontaminasi. Proses ini
bekerja baik dengan cara bioremediasi lain, seperti bioventing dan biosparging,
dengan limitations.

4. Perbedaan Remediasi dan Bioremediasi

Remediasi dan bioremediasi memiliki

tujuan yang sama, yaitu untuk menghilangkan
kontaminan di lingkungan. Remediasi secara
bahasa memiliki arti tindakan untuk
“menyembuhkan” sesuatu dengan konteks
untuk memberhentikan atau mengembalikan
kerusakan lingkungan.
Sedangkan, bioremediasi adalah tindakan remediasi yang menggunakan bantuan
mikroba dalam proses penguraian kontaminan. Keduanya pada dasarnya sama saja, namun
yang membedakan keduanya adalah media dalam prosesnya.

5. Kelebihan dan Kekurangan Bioremediasi

Penerapan bioremediasi untuk menghilangkan kontaminan di lingkungan ini memiliki
kelebihan dan juga kekurangan. Di bawah ini akan kita akan memaparkan kelebihan dan
kekurangannya, yaitu:

a. Kelebihan bioremediasi
 Merupakan proses alami yang hampir tidak memiliki efek samping yang berbahaya;

10
  Waktu penyelesaian treatment yang cepat;
 Membutuhkan alat-alat yang minimal, kecuali pada bagian-bagian tertentu;
 Tidak menimbulkan gangguan dan merupakan proses organik;
 Menggunakan energi yang sedikit; dan
 Membutuhkan biaya yang sedikit untuk pemeliharaannya.

b. Kekurangan bioremediasi
 Beberapa kontaminan yang sangat terklorinasi dan PAH dengan berat molekul tinggi
tidak mudah menerima degradasi mikroba; dan
 Degradasi mikroba dari beberapa bahan kimia dapat menyebabkan produksi zat
antara yang lebih beracun dan mobile intermediates.

6. Contoh Penerapan Bioremediasi

Secara luas, proses treatment

polusi oleh senyawa hidrokarbon
minyak bumi, baik di ekosistem darat
maupun ekosistem lautan, selama ini
bisa menggunakan bioremediasi.
Proses bioremediasi yang pada
senyawa hidrokarbon merupakan
proses yang sangat kompleks karena
bergantung pada alam dan jumlah
senyawa hidrokarbon.

Klasifikasi senyawa hidrokarbon

ada 4 kelas, yaitu berdasarkan
saturasi, aroma, asphaltene (fenol, asam lemak, ketone, ester, dan porphyrins), dan resin
(pyridines, quinolines, carbazoles, sulfoxide, dan amides).

Dalam proses penguraian senyawa hidrokarbon ini melibatkan bakteri yang meliputi
Alcanivorax, Halomonas, Marinobacter, Oleispira, Thalassolituus, dan Oleiphilus.

Sementara itu, proses penguraian senyawa hidrokarbon saat bioremediasi bisa

menggunakan jamur dari genus Cladosporium, Aspergillus, Cunninghamella, Penicillium,
Fusarium, dan Mucor. Selain itu, memanfaatkan jamur juga bisa untuk proses
dekontaminasi lokasi dengan menggunakan spesies jamur Phanerochaete chrysosporium,
Agaricus bisporus, Trametes versicolor, dan Pleurotus ostreatus.

11