METODE PEMULIAAN PADI (Oryza Sativa) DALAM PERTANIAN

MODERN
(Makalah Bioteknologi Pertanian)

Oleh

Kalvina Izumi Salsabila

2054121002

JURUSAN AGROTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS PERTANIAN
 2023

I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Indonesia diprediksikan akan mengalami pertambahan jumlah penduduk yang

meningkat pesat. Adanya jumlah penduduk yang sangat besar menyebabkan
kebutuhan akan pangan menjadi meningkat. Terutama kebutuhan beras, ditambah
dengan adanya beragam permasalahan krusial lainnya yang terkait erat dengan
bidang pertanian, seperti produksi beberapa komoditas yang masih belum
mencukupi kebutuhan. Selain itu adanya penurunan produktivitas lahan, tingginya
laju konversi lahan pertanian ke non-pertanian dan terjadinya degradasi kualitas
sumber daya alam akibat dari proses pembangunan yang tidak ramah lingkungan.
Dengan beragamnya permasalahan yang ada, akan menyebabkan permasalahan
salah satunya dapat berakibat pada melemahnya program ketahanan pangan
(Carsono, 2009).

Upaya yang harus dilakukan adalah dengan meningkatkan produktivitas tanaman

yang dapat menjadi sumber pangan. Terhambatnya produktivitas tanaman karena
ketersediaan lahan yang menurun dapat diatasi dengan berbagai cara. Ilmu
pengetahuan dan teknologi atau IPTEK terus berkembang serta memberikan
banyak manfaat bagi aneka macam bidang kehidupan manusia, termasuk
pertanian. Salah satu manfaat IPTEK di bidang pertanian adalah penemuan bibit
unggul hasil rekayasa genetika, contohnya tumbuhan transgenik (Noer, 2022).

Terkait dengan hal di atas dan terlebih mengingat bahwa Indonesia merupakan
negara yang mempunyai keanekaragaman hayati yang tinggi, salah satu strategi
yang sangat potensial dalam rangka meningkatkan produktivitas dan kualitas
tanaman adalah melalui pendekatan pemuliaan tanaman. Melalui kegiatan
pemuliaan, diharapkan dapat dihasilkan beragam kultivar unggul baru yang
memiliki produktivitas yang tinggi, juga memiliki beberapa karakter lain yang
mendukung upaya peningkatan kualitas. Pemuliaan tanaman sendiri didefinisikan
sebagai serangkaian kegiatan penelitian dan pengembangan genetik tanaman
(modifikasi gen ataupun kromosom) untuk merakit kultivar/varietas unggul yang
berguna bagi kehidupan manusia (Rivani, 2012).
 II. PEMBAHASAN

2.1 Tanaman Padi

Padi (Oryza sativa) merupakan salah satu tanaman budidaya terpenting dalam
peradaban. Meskipun terutama mengacu pada jenis tanaman budidaya, padi juga
digunakan untuk mengacu pada beberapa jenis dari marga (genus) yang sama,
yang biasa disebut sebagai padi liar. Padi diduga berasal dari India atau Indocina
dan masuk ke Indonesia dibawa oleh nenek moyang yang migrasi dari daratan
Asia sekitar 1500 SM. Padi termasuk dalam suku padi-padian atau poaceae. Terna
semusim, berakar serabut, batang sangat pendek, struktur serupa batang terbentuk
dari rangkaian pelepah daun yang saling menopang daun sempurna dengan
pelepah tegak, daun berbentuk lanset,warna hijau muda hingga hijau tua, berurat
daun sejajar, tertutupi oleh rambut yang pendek dan jarang, bagian bunga tersusun
majemuk, tipe malai bercabang, satuan bunga disebut floret yang terletak pada
satu spikelet yang duduk pada panikula, tipe buah bulir atau kariopsis yang tidak
dapat dibedakan mana buah dan bijinya, bentuknya hampir bulat hingga lonjong,
ukuran 3 mm hingga 15 mm, tertutup oleh palea dan lemma yang dalam bahasa
sehari-hari disebut sekam, struktur dominan padi yang biasa dikonsumsi yaitu
jenis enduspermium (Usman dkk, 2014).

2.2 Persilangan Konvensional Tanaman Padi

Persilangan secara konvensional biasanya dilakukan dengan penyerbukan silang.

Metode penyerbukan juga ikut menentukan keberhasilan persilangan. Serbuksari
(bunga jantan) digoyang – goyang diatas putik (bunga betina) yang siap diserbuki.
Putiksari yang matang atau siap diserbuki apabila diserbuki dengan serbuksari
yang matang akan menghasilkan embrio. Perlakuan kastrasi bunga jantan juga
ikut menentukan keberhasilan penyerbukan, kastrasi dilakukan pada saat
kepalasari terletak ditengah – tengah butir padi. Sehingga hari berikutnya
putiksari sudah matang dan siap diserbuki. Bunga jantan yang dikastrasi harus
dikeluarkan dari kulit bunga padi secara hati-hati agar putik tidak rusak. Dengan
harapan bunga jantan tidak menyerbuki putik dalam satu bunga padi (Subantoro
dkk, 2008).

Pelaksanaan persilangan dilakukan saat tanaman padi keduanya premordia bunga

dengan menggerakgerakkan bunga padi untuk saling bersentuhan.Kegiatan ini
dilakukan setiap hari hingga butir padi mulai berisi. Kegiatan persilangan ini di
lakukan antara pukul 07.00 – 09.00 atau saat cuaca mulai terang dan panas,
mengingat bahwa pada pagi hari dengan udara lembab kepala sari belum
membuka. Setelah dilakukan persilangan dilakukan pengamatan secara periodik
terhadap parameter pertumbuhan dan produksi, pengamatan dilakukan setiap 10
hari sekali. Pengamatan terhadap hasil persilangan dilakukan dengan melihat
sifat-sifat tanaman yang dikehendaki dan menghitung prosentase tanaman F1
sesuai yang diharapkan (Budi, 2020).

2.3 Transformasi Genetik Tanaman Padi

Transformasi genetik adalah proses introduksi gen dari satu organisme ke

organisme lain yang memungkinkan untuk memunculkan sifat harapan tanpa
mengubah sifat lain. Transformasi genetika dengan menyisipkan gen yang
berhubungan dengan peningkatan kinerja biosintesis pati (starch) dan atau sukrosa
merupakan alternatif cara meningkatkan produktivitas padi yang perlu dipelajari
secara intensif. Kinerja jaringan fotosintetik tanaman Padi dalam biosintesis pati
sangat mungkin dapat ditingkatkan dengan menyisipkan gen tertentu (Hazmi dkk,
2011).
Meunurut Hazmi dkk (2014) tahapan transformasi tanaman padi adalah sebagai
berikut:
 Persiapan Eksplan
 Persiapan Agrobacterium tumefaciens
 Transformasi Gen
 Inokulasi dan kokultivasi
 Skrining putatif eksplan transforman
 Regenerasi eksplan menjadi planlet
 Analisis PCR
 Eksplan Transformasi Gen

2.4 Mutasi Genetik Tanaman Padi

Mengubah susunan genetik individu maupun populasi tanaman dapat dilakukan

antara lain dengan mutasi genetik. Mutasi genetik tanaman dapat diinduksi
dengan menggunakan mutagen seperti radiasi sinar gamma. Bagian tanaman yang
diradiasi biasanya adalah benih yang akan ditumbuhkan atau bagian tanaman
lainnya yang dapat ditumbuhkan. Pemuliaan tanaman secara mutasi disebut
pemuliaan mutasi. Pemuliaan mutasi mempunyai karakter spesifik antara lain
sangat efektif untuk merubah sedikit sifat dalam perbaikan varietas tanaman. Pada
tulisan ini dibahas potensi pemuliaan mutasi dalam perbaikan varietas padi lokal
Indonesia, kegiatan yang sedang berjalan dan hasil-hasil yang sudah diperoleh.

Mutasi yaitu perubahan struktur genetik suatu makhluk hidup secara tiba-tiba dan
acak yang diwariskan pada generasi berikutnya. Mutasi dapat terjadi secara
spontan di alam (spontaneous mutation) dan dapat juga terjadi melalui induksi
(induced mutation). Mutasi induksi dapat dilakukan melalui perlakuan mutagen
pada materi genetik tanaman. Sampai abad ke 20 hanya mutasi spontan
merupakan satu-satunya sumber keragaman genetik dimana manusia dapat
melakukan seleksi terhadap tanaman maupun hewan sesuai dengan kebutuhannya
pada proses domestikasi maupun breeding. perbaikan sifat yang sumber
genetiknya tidak tersedia tentu tidak dapat dilakukan melalui metode pemuliaan
lainnya selain pemuliaan mutasi karena melalui pemuliaan mutasi akan
memungkinkan untuk munculnya sifat baru (Sobrizal, 2016).

secara umum skema pemuliaan mutasi dimulai dengan perlakuan biji seragam
(M0) dengan mutagen kimia atau mutagen fisik. Biji yang telah dimutasi disebut
biji M1. Selanjutnya biji M1 ditanam di lapangan atau rumah kaca. Pada
pertanaman generasi M1 terlihat pengaruh mutagen seperti kimera dan sterilitas.
Biji yang dihasilkan pada pertanaman M1 disebut biji generasi M2. Pada
pertanaman M2 terlihat pengaruh mutagen yaitu mutan-mutan resesif dan
sterilitas. Uji homogenitas atau pemurnian mutan hasil seleksi pada pertanaman
M2 dimulai pada generasi M3 atau generasi selanjutnya (M4). Uji homogenitas
mutan terseleksi dilanjutkan pada generasi M4 disertai dengan evaluasi
pendahuluan dan perbanyakan biji. Pada generasi selanjutnya dilakukan uji daya
hasil dan multi lokasi yang diikuti dengan pelepasan varietas secara langsung atau
digunakan sebagai tetua persilangan. Seleksi fertilitas dapat segera dimulai pada
generasi M1 atau pada kasus mutasi induksi berulang, dapat diulangi pada setiap
generasi. Seleksi mutan secara umum dimulai pada generasi M2. Mutan dominan
diidentifikasi pada generasi M1 sedangkan mutan resesif diamati setelah selfing
untuk menghasilkan generasi M2 (Suliartini dkk, 2019)

2.5 Genom Editing Tanaman Padi

Teknologi CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat)

adalah teknologi terobosan terbaru untuk pengeditan genom pengeditan genom,
teknik CRISPR/Cas9 merupakan sistem modifikasi genom terarah yang paling
banyak dikembangkan dikarenakan sistem ini lebih efisien, tidak mahal, mudah,
dan tidak komplek. Menururt Santoso (2015) asal muasal CRISPRs diketahui
sebagai elemen-elemen genetik yang memberikan imunitas kepada bakteri untuk
melindungi diri dari serangan virus.
Mekanisme proteksi bakteri tersebut meliputi 3 tahap utama yaitu adaptasi,
transkripsi dan interferensi. Tahap adaptasi adalah ketika DNA asing masuk ke sel
bakteri, sebuah fragmen pendek disisipkan pada lokus CRISPR. Tahap transkripsi,
lokus CRISPR yang meliputi spacer, ditranskripsikan selama proses melawan
DNA invasif dan diproses menjadi RNA-RNA CRISPR kecil (CRISPR RNA atau
crRNA) dengan panjang sekitar 40 basa, serta digabungkan dengan trans-
activating CRISPR RNA (tracrRNA) untuk mengaktivasi dan menuntun nuclease
Cas9. Gen Cas (CRISPR associated) terletak dekat dengan kaset CRISPR yang
mengekspresikan protein dan mempunyai aktivitas helicase dan nuclease.

Tahap yang terakhir, yaitu interferensi meliputi terbentuknya kompleks antara

tracrRNA-crRNA-Cas9 pada ujung 3’ dari struktur dupleks tracrRNA-crRNA dan
berikatan dengan protein Cas. Kompleks ini akan memotong sekuen DNA utas
ganda homolog yang dikenal sebagai protospacer pada DNA asing. Sebuah
prasyarat untuk proses pemotongan adalah adanya sebuah motif konservatif yang
berdekatan dengan protospacer (protospacer-adjacent motif, PAM) di ujung
downstream DNA target, yang biasanya mempunyai sekuen 5’-NGG-3’ atau 5’-
NAG-3’ (sekuen ini sangat jarang). Elemen CRISPR terdiri dari sebuah kompleks
RNA noncoding dan protein Cas (CRISPR associated) yang mempunyai aktivitas
nuclease. Pengenalan oleh sistem CRISPR/Cas dilakukan melalui interaksi
komplementer antara RNA noncoding dan DNA target.

Berdasarkan kelebihan yang dimiliki, sistem pengeditan genom CRISPR/Cas9

sangat berpotensi untuk diaplikasikan di dalam penelitian perbaikan tanaman
melalui modifikasi gen target yang sangat terarah untuk menghasilkan varietas
unggul padi dengan sifat-sifat yang diinginkan. Sistem pengeditan genom
CRISPR/Cas9 juga berpeluang untuk menghasilkan varietas unggul padi yang
dikategorikan sebagai tanaman nontransgenik dan sistem ini menjadi teknik
modifikasi gen yang dapat dengan mudah diadopsi oleh beberapa institusi
penelitian di Indonesia karena sistem ini lebih sederhana dan efisien dalam
aplikasinya (Puchta, 2005).
 DAFTAR PUSTAKA

Budi, L. S. 2020. Persilangan Alami Pada Perbaikan Varietas Tanaman Padi

(Oryza sativa. L). Gontor Agritech Science Jurnal 6(3): 631-647.

Carsono, N. 2009. Peran Pemuliaan Tanaman dalam Meningkatkan Produksi

Pertanian di Indonesia. Pustaka UNPAD. Bandung

Hazmi M., Iskandar, dan B. Sugiharto, 2011. Transformasi gena sucrose-

phosphate synthase tebu melalui Agrobacterium tumefaciens pada tanaman padi
(Oryza sativa L.). Agritech 13 (1): 15-26

Hazmi, M., Ermawati, N., dan Sugiharto, B. 2014. Optimasi Transformasi

Genetika Melalui Agrobacterium Pada Tanaman Padi. Agritrop Jurnal Ilmu-Ilmu
Pertanian 3(2): 21-29

Noer, Z. 2020. IPTEK di Bidang Pertanian. Jurusan Agribisnis Fakultas

Pertanian. Universitas Medan Area. Medan

Puchta H. 2005. The repair of double-strand breaks in plants: mechanisms and

consequences for genome evolution. J Exp Bot. 56:1-14.

Rivani, E. 2012. Penentuan Dimesi Serta Indikator Ketahanan Pangan Di

Indonesia : Kaji Ulang Metode Dewan Ketahanan PanganWorld Food Program.
Widyariset 15 (1): 151-162

Subantoro, R., Wahyuningsih, S., Dan Prabowo, R. 2008. Pemuliaan Tanaman

Padi (Oryza Sativa L.) Varietas Lokal Menjadi Varietas Lokal Yang Unggul J.
Mediagro. 4(2): 62-74

Santoso, T. J. 2015. Teknologi Genom Editing Crispr/Cas9 Untuk Perbaikan

Tanaman Padi. Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan
Sumber Daya Genetik Pertanian. Bogor.

Sobrizal. 2016. Potensi Pemuliaan Mutasi untuk Perbaikan Varietas Padi Lokal
Indonesia. Jurnal Ilmiah Aplikasi Isotop dan Radiasi. 12(1): 23-35.
Suliartini, N. W. S. 2019. Padi Gogo dan Perbaikan Genetik melalui Induksi
Mutasi. LPPM Universitas Mataram. Mataram.

Usman, Z., Made, U., dan Andrianton. 2014. Pertumbuhan Dan Hasil Tanaman
Padi (Oryza Sativa L.) Pada Berbagai Umur Semai Dengan Teknik Budidaya Sri
(System Of Rice Intensification). Jurnal Agrotekbis 2(1): 32-37.