2.

3 Diskusi
a. Mengapa terdapat perbedaan Tm antara hasil dari PrimerQuest Tool dengan
OligoAnalyzer?
Jawab: pada Tm antara hasil dari PrimerQuest dengan OligoAnalyzer
berbeda karena keduanya memiliki parameter dan kondisi reaksi yang berbeda seperti
monovalent Salt (Na+), primer DNA Conc, divalent Salt (Mg++), dan dNTP Conc.
b. Ada berapa jumlah hits yang dianalisis (Number of Blast hits analyzed) ketika
melakukan evaluasi spesifisitas primer terhadap spesies lain dalam Chordata dan
Bacteria? Apakah primer yang dirancang menggunakan PrimerQuest Tool
mengamplifikasi spesies lain selain Glossogobius aureus dalam Chordata atau
Bacteria? Jika iya, sebutkan spesies tersebut.
Jawab: dalam melakukan evaluasi spesifisitas primer terhadap spesies lain dalam
Chordata terdapat 59190 hits yang dapat dianalisis. Sedangkan dalam melakukan
evaluasi spesifisitas primer terhadap bacteria terdapat 2845 hits yang dapat dianalisis.
Primer yang dirancang menggunakan PrimerQuest Tool mengamplifikasi spesies lain
selain Glossogobius aureus yaitu Peristedion orientale, Pomatoschistus norvegicus,
Peristedion liorhynchus, Peristedion weberi, Satyrichthys adeni, Glossogobius giuris,
Gambusia punctata, Gambusia rhizophorae, Gambusia punctata, Etelis carbunculus,
Gambusia panuco, Cyprinodontiformes sp. Sedangkan primer yang dirancang
menggunakan PrimerQuest Tool dengan spesifitas bacteria tidak mengamplifikasi
spesies bacteria.
c. Bagaimana perbandingan hasil desain primer antara PrimerQuest Tool dengan
primer BLAST? Apakah ada perbedaan hasil? Jika iya, mengapa hal tersebut bisa
terjadi?
Jawab: perbandingan hasil primer antara PrimerQuest Tool dengan Primer BLAST
adalah hasil primer dari PrimerQuest Tool mempunyai desain primer yang lebih
akurat untuk primer yang kompleks daripada primer hasil Primer BLAST. Sedangkan
hasil Primer BLAST memiliki hasil primer yang lebih akurat untuk primer yang lebih
pendek dan sederhana daripada PrimerQuest. Antara hasil primer dari PrimerQuest
Tool dan Primer BLAST memiliki perbedaan yaitu dari segi akurasi, fitur, kemudahan
dalam penggunaan, dan kecepatan. Hal tersebut bisa terjadi karena ada beberapa
faktor yaitu:
1. Algoritma: PrimerQuest Tool memiliki algoritma yang dihitung berdasarkan
model Nearest Neighbor dan algoritma Monte Carlo, sedangkan primer
BLAST memiliki algoritma yang disusun berdasarkan persamaan nearest-
neighbor thermodynamics.
2. Parameter: parameter pada PrimerQuest Tool lebih lengkap daripada pada
Primer BLAST.
3. Kualitas urutan DNA: PrimerQuest Tool lebih sensitif terhadap urutan DNA
yang berkualitas rendah, sedangkan Primer BLAST lebih toleran terhadap
urutan DNA yang berkualitas rendah.
4. Tujuan penggunaan primer: fitur pada PrimerQuest Tool lebih lengkap dengan
berbagai tujuan dibandingkan dengan Primer BLAST.