Replikasi DNA

Replikasi DNA
Dr. YOHANNA SORONTOU,M.Kes

DNA Sebagai Materi Genetik
• Materi genetik: substansi pembawa
informasi yang menentukan sifat yang
diturunkan pada suatu organisme
• Sifat materi genetik:
– mampu menyimpan informasi genetik
– stabil  dapat diduplikasi dan
diteruskan
– dapat mengalami perubahan  evolusi
• Frederick Griffith (1928)
– Transformasi genetik pneumokokus
– Pneumokokus tipe S (kapsul +)  virulen
– Pneumokokus tipe R (kapsul -)  tidak virulen

Transformasi tipe R  tipe S

Materi yang berperan pada transformasi?
Griffith - 1928
• O.T. Avery, C.M. McLeod, M. McCarty (1944)
Materi yang berperan pada transformasi adalah
DNA
Penelitian:
tipe II R  koloni II R
DNA tipe III R †  koloni -
tipe II R + DNA tipe III S †  koloni III S
tipe II R + DNA tipe III S † + RNase  koloni III S
tipe II R + DNA tipe III S † + DNase  koloni -
tipe II R + DNA tipe III S † + Protease  koloni III S
Avery, McLeod, McCarty - 1944
Avery, McLeod, McCarty - 1944
• A.D. Hershey & M. Chase (1952)
Informasi genetik pada bakteriofag T2 adalah DNA
Dasar penelitian: DNA  P +, S –
Protein  P –, S +
22P + E.coli  22P intra sel E.coli
T2
35S + E.coli  35S pada mantel sel E.coli
Materi genetik pada bakteriofag T2 adalah DNA

bukan protein
A.D. Hershey & M. Chase - 1952
Erwin Chargaff - 1947
• Analisa komposisi DNA pada berbagai
spesies eukariota
– Komposisi DNA (jumlah tiap-tiap basa
nukleotida )  bervariasi antar spesies
(species specific)
– Pada tiap spesies, jumlah A = T dan
jumlah G = C  Chargaff’s Rule
Franklin – 1953
• Foto sinar-X dari DNA  struktur heliks
ganda DNA
Watson & Crick – 1953
• Model struktur DNA
Replikasi DNA
• Sebelum pembelahan sel  seluruh
molekul DNA harus diduplikasi
• Duplikasi suatu molekul DNA menjadi 2
molekul DNA disebut replikasi
• Terdapat 3 model replikasi DNA:
1.Semikonservatif
2.Konservatif
3.Dispersif
Replikasi DNA
Replikasi DNA
• M.S. Meselson & F.W. Stahl (1958)
E. coli  medium yang mengandung isotop 15N
(isotop berat)
 beberapa generasi
medium yang mengandung isotop 14N
(isotop ringan)

sentrifugasi gradien densitas
DNA ringan (14N) DNA berat (15N)

DNA hibrid
Meselson & Stahl – 1958
Denaturasi & Renaturasi DNA
• DNA dupleks dipanaskan  pemisahan
dan perubahan sifat fisik DNA
• Denaturasi  peningkatan absorbans
UV DNA  efek hiperkromik
• Titik leleh (melting temperature = Tm)
 suhu pada saat setengah dari
hiperkromasitas maksimum tercapai
Relative absorbance at 260 nm
Percent hyperchromicity
• Kondisi yang dapat menyebabkan
denaturasi: suhu yang tinggi, konsentrasi
garam yang rendah, pH tinggi
• Apabila suhu larutan DNA, yang
terdenaturasi oleh suhu tinggi, diturunkan
sekitar 25 oC di bawah Tm  terjadi
renaturasi  dupleks DNA 
annealing
Replikasi DNA
• Mekanisme replikasi pada umumnya:
– Kompleks  duplikasi DNA berjalan
simultan  dupleks DNA harus terpisah
dan mengalami unwinding
– Berjalan dengan cepat
– Akurat  untuk menjamin integritas alur
penyampaian informasi genetik
Replikasi DNA
• Replikasi DNA sirkular pada prokariota
disebut sebagai replikasi  (membentuk
struktur seperti )
• Struktur  menunjukkan adanya pemisahan
untai DNA asal yang disertai sintesis DNA
komplementer  membentuk DNA baru
Replikasi DNA
• Replikasi DNA dimulai dari suatu tempat
khusus yang disebut origin of replications 
replikasi berjalan ke dua arah menjauhi
tempat inisiasi  gelembung replikasi
• Replication origins:
– Pada eukaryota: ratusan hingga ribuan 
banyak gelembung replikasi
– Pada prokariota: hanya satu  satu
gelembung replikasi
Replikasi DNA
• Percabangan pada gelembung replikasi
disebut garpu replikasi
• Garpu replikasi  tempat “tumbuhnya” DNA
baru
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Tahap Elongasi
• Arah replikasi: 5’  3’
• DNA polimerase hanya dapat menambahkan
nukleotida pada ujung 3’ untai DNA yang
baru  perlu primer RNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
• Primer RNA
– Mengawali sintesis DNA karena DNA
polimerase memerlukan ujung 3’-OH bebas
untuk penambahan nukleotida
– Panjang primer tergantung spesies 
berkisar 1-60 nukleotida
– Sintesis primer RNA dikatalisis oleh primase
dan RNA polimerase
Replikasi DNA
• Primer RNA
– Primase  sintesis primer RNA pada lagging
strand
– Primase & RNA polimerase bekerja sinergistik
 sintesis primer RNA pada leading strand
– Setelah sintesis DNA berjalan  primer RNA
disingkirkan dan diganti dengan basa DNA
oleh DNA polimerase
Mengawali sintesis DNA dengan RNA
Replikasi DNA
• Arah replikasi kedua untai DNA adalah searah
 kedua untai DNA disintesis dengan cara
yang berbeda (semidiskontinu):
– Leading strand: sintesis berjalan dari 5’ 
3’ secara kontinu sesuai arah garpu replikasi
– Lagging strand: sintesis berjalan dari 5’ 
3’ secara diskontinu dengan cara “back & fill”
 fragmen Okazaki
Replikasi DNA
Replikasi DNA
• Fragmen Okazaki:
– Pada E.coli: ± 1000-2000 nukleotida
– Pada eukaryota: 100-200 nukleotida
– Disambung oleh DNA ligase
Replikasi DNA
• DNA ligase
– Menyambung fragmen Okazaki
– Mengkatalisis pembentukan ikatan
fosfodiester antara ujung 3’-OH pada DNA
yang satu dengan ujung 5’-P pada DNA
yang lain
– Perlu energi dari hidrolisis:
• NAD+  NMN+ + AMP (pada E. coli)
• ATP  PPi + AMP (pada eukariota)
Replikasi DNA
• DNA ligase
– Membentuk ikatan fosfodiester
Replikasi DNA
• DNA polimerase mengkatalisis sintesis
untai DNA yang baru
• Komponen yang diperlukan untuk reaksi
polimerisasi:
– dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
– Mg2+
– Primer RNA (ujung 3’-OH bebas)
– Cetakan (template) DNA
Replikasi DNA
• Reaksi polimerisasi terjadi melalui
serangan nukleofilik ujung 3’ terhadap
atom P pada nukleotida trifosfat
• Pada saat nukleotida trifosfat ditambahkan
 terlepas 2 molekul fosfat yang disertai
energi eksorgenik  mendorong energi
endorgenik untuk pembentukan ikatan
antar nukleotida
DNAn + dNTP  DNAn+1 + PPi
Replikasi DNA
Replikasi DNA Prokariota
Tahap Inisiasi
• Replikasi dimulai pada daerah OriC
• Beberapa protein terlibat pada tahap
inisiasi replikasi
DnaA terikat pada situs 9 nt

OriC terbuka pada daerah AT-rich

pengikatan kompleks DnaB (helikase)-DnaC

unwinding DNA
(dipertahankan oleh SSBP)

pembentukan primer RNA

Replikasi DNA
Tahap Inisiasi
Tahap Inisiasi
• Protein yang diperlukan pada inisiasi
replikasi DNA:
– DnaA  membuka heliks DNA pada OriC
– DnaB (helikase)  unwinding DNA
• memerlukan ATP
Tahap Inisiasi
– DnaB (helikase)
• pd prokariota ada 2: helikase II (utk
lagging strand) & prot Rep (utk leading
strand)
5’ 3’
Protein Rep Helikase II
3’ 5’
Leading Lagging
strand strand
Tahap Inisiasi
– SSBP (single stranded binding protein) 
mempertahankan DNA tetap dalam bentuk
untai tunggal
• Tidak perlu ATP
5’ 3’
Protein Rep Helikase II
SSBP
3’ 5’
– DnaC  diperlukan untuk pengikatan
DnaB pada OriC
– DnaG (primase)  sintesis primer RNA
– DNA girase (DNA topoisomerase II) 
membentuk negative supercoiled DNA
untuk membebaskan tegangan torsional
yang disebabkan oleh aktivitas helikase 
membantu proses unwinding berikutnya
Tahap Elongasi
• Sintesis DNA dikatalisis oleh enzim DNA
Polimerase
• Pada prokariota ditemukan 3 tipe DNA
polimerasi: DNA polimerase I, II dan III
• Fragmen Okazaki disambung oleh DNA
ligase
• DNA Polimerase I
– Diisolasi dari E.coli oleh Arthur Kornberg
(1957)
– Merupakan rantai polipeptida tunggal
– BM 103 kD
fragmen kecil fragmen besar (fragmen Klenow)
N C
Eksonuklease 5’3’ Eksonuklease 3’5’ Polimerase
– Aktivitas:
• Polimerase 5’  3’:
–Penambahan basa yang komplementer
dengan cetakan
–Mensintesis DNA ± 20 nukleotida
–Kecepatan: 10 nukleotida/detik
–Tingkat kesalahan 1 x 10-4
– Aktivitas:
• Proof reading: eksonuklease 3’  5’
–Diaktifkan oleh nukleotida ujung 3’
yang tidak berpasangan
Hidrolisis oleh
eksonuklease 3’  5’
– Aktivitas:
• Proof reading: eksonuklease 3’  5’
–Mencegah kesalahan selama proses
replikasi
–Tingkat kesalahan 1 x 10-4
– Aktivitas:
• Koreksi kesalahan: eksonuklease 5’3’
–Memotong hingga 10 nukleotida dari
ujung 5’
–Berperan pada:
»Sistem perbaikan DNA pada mutasi
akibat UV dan mutagen kimia
»Pemotongan primer RNA
Hidrolisis oleh
eksonuklease 5’  3’
• DNA Polimerase II
– BM 90 kD
– Aktivitas:
• Polimerase
• Eksonuklease 3’5’
– Lebih berperan pada perbaikan DNA
– Kecepatan: 5-10 nukleotida/detik
• DNA Polimerase III
– Merupakan enzim untuk replikasi DNA
kromosomal
– BM ± 900 kD
– Merupakan suatu holoenzim, terdiri atas
>10 subunit protein  subunit , , 
sebagai core enzyme
– Aktivitas utama:
• Polimerisasi
–Subunit 
–Sintesis DNA hingga ribuan nukleotida
–Subunit 
–Editor utama replikasi DNA  ketelitian
replikasi meningkat hingga 200 kali
– Aktivitas subunit lain:
• Subunit   partisipasi pd inisiasi replikasi
• Subunit   2 molekul subunit ini
mencengkram DNA cetakan (clamp)
– Aktivitas subunit lain:
• Subunit , , , ’, ,   clamp loader
• Subunit   berperan pada interaksi
subunit  dengan subunit lain
• Koordinasi sintesis leading & lagging strand
– 2 molekul DNA polimerase III didekatkan
oleh subunit 
– Besar lengkung DNA bertambah saat
sintesis lagging strand
– Setelah fragmen Okazaki selesai
disintesis  DNA polimerase lagging
strand dipindahkan untuk mensintesis
fragmen berikut
Lodish et al., Molecular Cell Biology, 4th edition

Tahap Terminasi
• Pada lokus Ter (T)  berseberangan
dengan OriC
• Lokus Ter terdiri atas sekuens
GTGTGTTGT  berikatan dengan protein
Tus  terminasi sintesis DNA
• Ikatan protein Tus  Ter  berinteraksi
dengan DnaB  menghambat aktivitas
helikase DnaB
Tahap Terminasi
• Replikasi searah jarum jam: melalui Ter E,
Ter D, Ter A dan berhenti pada Ter C atau
Ter B atau Ter F
• Replikasi berlawanan arah jarum jam:
melalui Ter F, Ter B, Ter C dan berhenti
pada Ter A atau Ter D atau Ter E
Tahap Terminasi
Replikasi DNA Eukariota
• Siklus sel terbagi menjadi 4 fase: fase M,
fase G1, fase S, fase G2
• Replikasi DNA eukariota berlangsung pada
fase S siklus sel  sebelum pembelahan sel
pada fase M
Tahap Inisiasi
• Replication origin pada eukariota: ARS
(autonomously replicating sequence) 
terdiri atas 100-200 bp  mengandung
sekuens kaya-AT
• Protein Origin Recognition Complex (ORC)
 analog DnaA pada E. coli  berikatan
dengan ARS
Tahap Elongasi
• Ada 5 tipe DNA polimerase pada eukariota:
DNA polimerase , β, ,  dan 
• Sintesis leading dan lagging strand
dilakukan oleh enzim polimerase yang
berbeda
• DNA polimerase 
– Terdapat di nukleus; > 250 kD
– Aktivitas:
• Replikasi DNA 5’3’
–Sintesis 100-200 nukleotida lagging
strand
• Primase
–Sintesis primer RNA: 5-15 nukleotida
• DNA polimerase 
– Terdapat di nukleus; 170 kD
– Aktivitas:
–Replikasi seluruh cetakan DNA 
sintesis leading strand
–Aktivitas proofread
• DNA polimerase 
– Terdapat di nukleus; 256 kD
– Aktivitas:
–Tidak membentuk kompleks dengan
PCNA
–Berperan pada perbaikan DNA dan
sintesis DNA pada celah antar fragmen
Okazaki
• DNA polimerase 
– Aktivitas:
–Aktivitas proofread utama
–Berperan pada perbaikan kerusakan
DNA akibat radiasi UV
• DNA polimerase 
– Polimerase yang paling kecil (36-38 kD)
– Fungsi: untuk perbaikan DNA
• DNA polimerase 
– Terdapat di mitokondria; 160-200 kD
– Fungsi: replikasi DNA mitokondria
• DNA polimerase 
– Sintesis leading strand mendahului sintesis
lagging strand  setelah sintesis leading
strand mencapai 2/3 dari kromosom
mitokondria  cetakan lagging strand
terpapar  mulai bereplikasi dengan arah
yang berlawanan
– Leading strand menggantikan cetakan
untuk lagging strand  D-loop
• Replikasi DNA mitokondria
• PCNA
– Merupakan protein trimerik
– Hanya terdapat pada nukleus sel yang
berproliferasi
– Berperan sebagai clamp  kompleks DNA
polimerase  - PCNA  sintesis leading
strand
– Analog subunit  DNA polimerase III pada
E.coli
• RNase H1 & FEN (Flap Endonuclease-1)
– RNase H1 memotong primer RNA 
meninggalkan ribonukleotida pada ujung
5’ di dekat DNA  disingkirkan oleh FEN
– Celah yang terbentuk akan diisi oleh DNA
polimerase 
• Replication factor C (RFC)
– Berikatan dengan DNA polimerase 
– Membantu asosiasi DNA dengan PCNA
• Replication factor A (RFA) = Replication

protein A (RPA)
– Analog SSBP pada replikasi DNA
prokariota
• Kromosom linier menimbulkan masalah
pada akhir replikasi (end replication
problem):
– lagging strand tidak dapat lengkap
disintesis
– kromosom menjadi semakin pendek
setelah setiap kali replikasi

Dapat diatasi dengan telomer
• Pada akhir replikasi terdapat celah (gap)
pada ujung lagging strand setelah primer
RNA disingkirkan
• Untuk mengatasi masalah ini sel eukariota
mereplikasi ujung kromosomnya 
disebut telomer
Telomer
• Mengandung sekuens berulang  pada
manusia: 5’-TTAGGG-3’
• Disintesis oleh telomerase
• Telomerase
– Merupakan reverse transcriptase
– Mengandung komponen protein dan RNA
– RNA berfungsi sebagai cetakan
– Penambahan telomer mengimbangi
pemendekan kromosom akibat replikasi
– Telomere binding protein melindungi ujung
kromosom dari nuklease
TERIMA KASIH

Replikasi DNA

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Replikasi DNA

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Replikasi DNA

Dr. YOHANNA SORONTOU,M.Kes

Materi genetik pada bakteriofag T2 adalah DNA

DNA ringan (14N) DNA berat (15N)

Protein Rep Helikase II

Protein Rep Helikase II

Lodish et al., Molecular Cell Biology, 4th edition

• Replication factor A (RFA) = Replication

Anda mungkin juga menyukai