MIKROBIOLOGI

DAN
LINGKUNGAN
(TANAH)

Oleh :
Nadiah Al Batati, S.Si., M.Si

FAKULTAS ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS MAARIF HASYIM LATIF
KOMPONEN PENYUSUN TANAH

mineral/anorganik zat organik

air dan larutan udara yang ada

tanah dalam tanah

organisme
/mikroorganisme
Komposisi Tanah

• Partikel mineral (dari pengikisan batu) dan

materi organik (dari sisa tanaman,
binatang, dan m.o).

• Mineral dan partikel organik bercampur

dalam tanah, membentuk berbagai variasi
agregate tanah.

3
 HORISON O:
Lapisan dari materi tanaman
Yang tidak terdekomposisi.

HORISON A:
Permukaan tanah (kaya akan materi
Organik, warna gelap, tanah yg dibajak
Dalam pertanian; tanaman dan m.o
Tumbuh di horison ini; aktivitas m.o
Sangat tinggi).

HORISON B:
Sub tanah : mineral, humus, dsb, cairan tanah
dari permukaan tanah terakumulasi di
Horison ini; sedikit materi organik, dan
Aktivitas mikrobial lebih rendah.

HORISON C:
Dasar tanah terisi dari tumpukan tanah,
Aktivitas m.o sangat rendah.

4
 BAGIAN MINERAL/ANORGANIK

• Mineral di tanah kebanyakan dalam bentuk oksida

• Tidak semua elemen siap diserap oleh akar tanaman
• Banyaknya elemen penting dalam tanah tidak menjamin
suburnya tanah
• Elemen akan bermanfaat bagi tanaman, jika dalam bentuk
ion-ion dan ion-ion tersebut mampu mengadakan pertukaran
ion antar sel-sel akar
 ZAT ORGANIK

• Berasal dari penguraian sisa-sisa tanaman dan hewan

• Terdapat aktivitas mikroorganisme yang berfungsi
dalam siklus perubahan zat-zat makanan
 AIR TANAH DAN LARUTAN TANAH
• Air yang berasal dari tanah mengandung semua unsur yang
ada pada tanah  larutan tanah
• Tanah dengan partikel besar kurang dapat menahan air
• Berdasarkan hubungan air dengan partikel tanah dikenal :
• Air kimia
• Air higroskopis (air hidrasi) = air yang melapisi partikel tanah
• Air kapiler = air yang mengisi pori tanah
• Air gravitasi = air yang keluar masuk dari tanah krn gaya gravitasi
 UDARA DALAM TANAH
• Mengisi rongga di antara partikel tanah
• Ukuran partikel besar  udara banyak
• Contoh :
tanah liat  ventilasi kurang
Tanah yang baik untuk tanaman adalah tanah yang
mempunyai rongga besar dan kecil sehingga ventilasi
cukup dan mampu menahan air
Mikrobiologi Tanah
• M.o tanah akan berada dalam
atmosfir tanah dan di dalam fase
berair (mis. Cairan tanah) di
dalam pori yang berada diantara
partikel atau aggregat.
• Udara dan air = limiting factor
 Tanah merupakan kumpulan yang
solid (mineral dan konp. Organik),
Likuid, dan gas.
 M.o umumnya sebagai mikro
koloni dalam partikel tanah.
 M.O tanah tsb dapat menghindar
dari aktivitas predator dengan
cara berlindung di Pori tanah
yang kecil.
9
 Mikroba di dalam lapisan discontinuous water
diatas permukaan partikel tanah akan
mendapatkan O2 yang bagus.

Sebaliknya, didalam pori yang terisi air akan

ada batasan O2, menghasilkan kondisi mikro
Lingkungan anoxic.

Pergerakan bakteri melalui tanah dapat terjadi

ketika bidang pori berair adalah kontinus tetapi
terputus bila mereka menjadi diskontinus.

10
 Microorganisme:

• Tanah merupakan habitat favorit untuk pertumbuhan m.o seperti

bacteria, fungi,algae, viruses dan protozoa.
• Microorganisms akan didapatkan dalam populasi yang besar di
dalam tanah – biasanya ~ 1. 106 – 10. 106jt sel/gram tanah.
• Bacteria dan fungi bersifat dominan.
• Kandungan nutrien di tanah sebagai pembatas untuk pertumbuhan
mikroba di tanah.

12
ORGANISME DI DALAM TANAH
• Terdiri dari organisme dan mikroorganisme dari kelompok
1. Bakteri
2. Yeast
3. Jamur
4. Mikroalga
5. Protozoa
6. Nematoda
7. Serangga
• Tanah yang mengandung bahan organik
mempunyai ventilasi baik
Suhu sesuai untuk pertumbuhan bakteri (pengikat nitrogen, dekomposer dll)
“Mikroba adalah bagian dari tanah yang berperan dalam menentukan bentuk, sifat, dan tekstur tanah”
 PERANAN MIKROBA TANAH
• Dalam siklus mineral tanah
Siklus karbon
Siklus nitrogen
Siklus sulfur
Siklus fosfor
• Dekomposer
Dekomposer bahan organik di tanah
• Degradasi bahan pencemar/polutan
Logam berat
Hidrokarbon
Pestisida (herbisida, insektisida, fungsida)
Deterjen
 PERANAN MIKROORGANISME TANAH

• Fungi (yeast, kapang and mushroom)

Berperan dalam dekomposisi bahan organik (selulosa, lignin, hemiselulosa)
Membantu penyerapan mineral yang ada di tanah. Misalnya : phospor dan sulfur
Contoh : mikoriza (ektomikoriza dan endomikoriza)
Jamur mikoriza dapat meningkatkan keberadaan nutrien (seperti fosfor) untuk
kebutuhan pertumbuhan tanaman.

• Actinomycetes
Kelompok mikroba yang potensial dalam mendegradasi lignin dan selulosa
Indikator terhadap kesuburan tanah
• Bakteri
Berperan dalam dekomposisi bahan organik
Berperan dalam fiksasi nitrogen
 KEPENTINGAN MEMPELAJARI MIKROBIOLOGI TANAH
• Mengetahui /menganalisis populasi mikroba tanah baik secara kualitatif maupun
kuantitatif
• Memahami adanya asosiasi kehidupan antara mikroorganisme itu sendiri; antara
mikroorganisme dengan organisme lain di tanah (hewan dan tanaman).
• Asosiasi ini dapat berupa simbiosis, antagonisme, sinergisme, atau parasitisme
• Penguraian bahan organik: humifikasi, kompos, pembebasan unsur makanan/unsur
hara bagi tumbuhan Misal : C sebagai CO2, N sebagai NH, S sebagai sulfat dll.
• Hal tersebut berhubungan erat dengan siklus C,N,S,P dan lain-lain
• Fiksasi N2 secara biologis
Rhizobium  simbiosis
Azotobacter  hidup bebas
 ANALISIS MIKROBA TANAH
• Analisis mikrobiologi bergantung pada tujuan :
A. KUALITATIF
Deteksi mikroba potensial yang ada di tanah
Eksplorasi mikroba potensial dari tanah
B. KUANTITATIF
Kelimpahan mikroba di tanah
Respon mikroba terhadap suatu perlakuan pada
tanah
KEPENTINGAN MEMPELAJARI MIKROBIOLOGI
TANAH
• Nitrifikasi
• Oksidoreduksi yang lain
• Lain-lain seperti
Pengawetan tanah
Penguraian pestisida
Mikroba rizosfer
Kontrol biologi
SIKLUS
KARBON
 Mikroorganisme dalam Siklus C:

• Carbon fixer (m.o pengikat karbon)

• Photoautotrophs
- Anaerobic – Chromatium
- Aerobic – cyanobacteria
• Chemoautotrophs - anaerobic
- Methanotrophs: Methylomonas
- Sulfur oxidizer: Thiobacillus

20
SIKLUS
NITROGEN
Siklus nitrogen
• Amonifikasi
Perubahan komponen nitrogen organik (sisa tumbuhan, hewan, dan mikroorganisme)
menjadi amonia oleh mikroorganisme heterotrof, antara lain : Bacillus cereus, Pseudomonas
fluorescens, P. vulgaris
• Nitrifikasi
Asimilasi amonia menjadi protein dalam sel mikroorganisme atau dioksidasi menjadi nitrit
yang kemudian menjadi nitrat oleh bakteri nitrifikasi yaitu Nitrosomonas dan Nitrobacter
Proses nitrifikasi terjadi dalam beberapa tingkat yaitu
Oksidas ammonia menjadi nitrit oleh bakteri Nitrosomonas, Nitrosococcus
Oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat oleh bakeri Nitrobacter
free-living: Azotobacter, cyanobacteria;
 symbiotic: Rhizobium, Frankia
(anaerobic): Clostridium perfringens, purple & green sulfur phototrophs.

• Denitrifikasi
Reduksi nitrat menjadi nitrogen disebut denitrifikasi : dilakukan oleh beberapa
mikroorganisme (dalam keadaan anaerob)
SIKLUS
SULFUR
 Siklus Biogeokimia Sulfur

1. Oksidasi Sulfur (S→ SO3-2→ SO4-2):

(aerobic) banyak jenis chemolithotrophs;
(anaerobic) purple & green photoautotrophs
2. Assimilatory sulfate reduction (SO4-2→ organik S)
3. Desulfurilasi (organic S decomposition → H2S)
4. H2S oxidation (H2S → S°)
- Aerobic: Thiobacillus, Beggiotoa
(chemolithotrophs).
- Anaerobic: Chlorobium,
Chromatium

24
 Siklus Biogeokimia Sulfur
5. Dissimilatory sulfate and Reduksi sulfite
SO4-2 or SO3-2 → H2S:
(Jenis Desulfovibrio)
6. Elemental Reduksi sulfur (S°→ H2S)
Desulfuromonas,
thermophilic archaea, cyanobacteria di sedimen
berkadar garam tinggi

25
Mikroorganisme Tanah & Kepentingannya

• Jenis m.o tanah lainnya dapat meningkatkan jumlah

nutrien yang ada dalam tanah.
M.o yang mampu meningkatkan kesuburan
tanah dan kontribusi pertumbuhan tanaman
disebut : biofertilizer.

• Beberapa jenis m.o tanah telah diteliti mempunyai kemampuan

menghasilkan senyawa (mis: vitamin dan hormon tanaman) yang dapat
meningkatkan kualiatas tanaman dan membantu meningkatkan hasil
budidaya tanaman.
M.o ( disebut 'phytostimulators') saat ini sedang dipelajari untuk
kemungkinan penggunaan sebagai mikroba untuk meningkatkan budidaya
tanaman.

26
 Mikroorganisme Tanah & Kepentingannya

 Beberapa m.o tanah adalah patogenik terhadap

tanaman.
 Sebagian besar sering ditemukan di dalam tanah dan
beberapa dapat menginfeksi tanaman melalui akarnya.

27
 Mikroorganisma Tanah & Kepentingannya

• Beberapa m.o native / asli yang berada pada tanah bersifat

antagonis terhadap patogen dan mampu mencegah infeksi
tanaman  Biopestisida / Biological Control
1. kompetisi nutrisi
2. Produksi komponen penghambat , ex: metabolit sekunder (metabolit
antimikroba dan antibiotik), dan enzim ekstraseluler
3. Mikroorganisme tanah lain memproduksi komponen yang
menstimulasi mekanisme pertahanan diri tanaman dan meningkatkan
resistensi terhadap patogen

28
 Mikroba Utama Tanah

• Bakteri:
- Jumlah melimpah(109 sel/g tanah) tetapi banyak yang tidak dapat dikultur.
- Ada kelompok bakteria khusus yang berperan dalam siklus biogeokimia.
- Ekstra Polimer yang dihasilkan dapat membantu penikatan partikel tanah
menjadi agregat.
- Beberapa bakteri dapat bermanfaat atau bersifat pathogen terhadap
tanaman.
- Bersama dengan Fungi, lebih berperan sebagai dekomposer materi organik.

29
 Proporsi perbedaan mikroorganisme tanah

30
 Jenis Mikroorganisme Utama pada Tanah

Agrobacterium Alcaligenes
Arthrobacter Bacillus
Caulobacter Cellulomonas
Clostridium Corynebacterium
Flavobacterium Micrococcus
Mycobacterium Pseudomonas
Staphylcoccus

31
 Grup utama dari kelompok bakteri

Actinomycetes sp. Rhizobium sp.

Bacillus sp

Pseudomonas aeroginosa

32
33
Group Utama dari Mikroba Tanah

• Actinomycetes:
- Prokariot yang berfilamen.
- Berperan dalam dekomposisi materi organik kompleks.
- Menghasilkan metabolite sekunder,
mis.,antibiotics, geosmins (earth odor)yang memberikan karakter bau tanah
yang berbeda.

34
Group Utama dari Mikroba Tanah
• Fungi:
- Komponen utama dari of biomassa m.o di tanah.
- Pelaku utama dalam dekomposisi materi organik.
- Pertumbuhan hyphal membantu ikatan helps
partikel tanah menjadi bentuk aggregat yang
stabil.
- Beberapa bersimbiosa dengan akar tanaman:
umumnya bersifat pathogen pada tanaman.
- Symbiont yang menguntungkan dapat
meningkatkan nutrient dan mengurangi
timbulnya penyakit.  ex: MIKORIZA

35
36
 Group Utama dari Mikroba Tanah

• Protozoa:
- Predators utama bakteri tanah.
- Aktivitas makannya dapat
mempercepat dekomposisi
materi organik di tanah.
- Sangat melimpah di permukaan
tanah dari saluran drainase.
- Ada + 250 species berbeda di
tanah.

37
 Group Utama Mikroba Tanah
• Cyanobacteria & algae (green algae, diatoms):
- Photoautotrophs, bentuk algal permukaan yang penting dalam retensi H2O.
- Beberapa cyanobacteria sebagai free-living dan symbiotic fiksasi N2

38
 TIGA GOLONGAN POPULASI MIKROBA DI DALAM TANAH

Golongan Autohtonous
• Golongan mikroba yang selalu tetap didapatkan di dalam tanah dan tidak tergantung
kepada pengaruh-pengaruh lingkungan luar seperti iklim, temperatur, dan kelembapan
Golongan Zimogenik
• Golongan mikroba yang kehadirannya didalam di tanah diakibatkan oleh adanya
pengaruh-pengaruh luar yang baru.
Misalnya : Dengan adanya penambahan senyawa organik
Golongan Transien
• Golongan mikroba yang kehadirannya bersamaan dengan adanya penambahan secara
buatan.
• Misalnya : penambahan dalam bentuk inokulum (biakan hidup) Rhizobium atau
Azotobacter ke dalam tanah
PENGELOMPOKAN MIKROBA TANAH BERDASARKAN KEGIATAN

Kelompok Bakteri Actinomycet Fungi

kegiatan
Perombak Arthrobacter Nocardia Aspergillus
Selulosa Bacillus Streptomyces Fusarium
Cellulomonas Micromanospora Trichoderma

Perombak - Coprinus
lignin Agaricus
Poria

Perombak Bacillus Aspergillus

pestisida Pseudomonas Cladosporium
Cephalosporium
Pischia, Geotrichum
Endosaccharomyces
TERIMA KASIH