Sintesis Protein & Replikasi

TIM BIOLOGI DASAR

BIOLOGI FST & PDB UNAIR
2021
SINTESIS PROTEIN




SriPuji Astuti Wahyuningsih

Biologi FST UNAIR
 Narasi : Dwi Winarni
Media pembelajaran ini bersumber dari: Reece, J.B., L.A. Urry, M.L. Chain,
S.A. Wasserman, P.V. Minorsky, R.B. Jackson. 2011. Campbell Biology,
9th. Ed. Chapter 17 : From Gene to Protein
 ALIRAN INFORMASI GENETIK

DNA
TRANSKRIPSI

mRNA
EKSPRESI GEN
TRANSLASI

Polipeptida
PROTEIN
 • RIBOSOM
• Adalah organel sel yang memfasilitasi terjadinya
translasi (sintesis polipeptida)

Figure 17.1
◦ Konsep 1: GEN MENENTUKAN PROTEIN
MELALUI TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

 1909, Dokter Inggris Archibald Garrod

◦ Adalah orang pertama yang menunjukkan bahwa gen menentukan
fenotip melalui enzim yang mengkatalisis reaksi kimia tertentu dalam
sel
◦ Penyakit keturunan (inherited diseases) merefleksikan
ketidakmampuan tubuh mensintesis enzim tertentu

 1920, Beadle dan Edward Tatum:

Neurospora crassa (kapang roti) yang dimutasi dengan sinar-X
◦ Menciptakan mutan yang tidak bisa bertahan hidup pada media minimal
◦ Mengembangkan hipotesis "satu gen-satu enzim“
◦ Fungsi gen adalah untuk menentukan produk enzim tertentu
 Pada Prokariota
Transkripsi dan translasi terjadi bersamaan (translasi mRNA
dimulai saat transkripsi masih berlangsung)

DNA
TRANSCRIPTION

mRNA
Ribosome

TRANSLATION

Polypeptide

(a) Prokaryotic cell. In a cell lacking a nucleus, mRNAproduced by

transcription is immediately translated without additional
Figure 17.3a processing.
 Pada Eukariota
 Transkrip
RNA atau transkrip primer atau pre-
mRNA dimodifikasi sebelum menjadi mRNA
Nuclear
envelope

TRANSCRIPTION DNA

Pre-mRNA
RNA PROCESSING

mRNA

Ribosome

TRANSLATION
(b) Eukaryotic cell. The nucleus provides a separate
Polypeptide compartment for transcription. The original RNA
transcript, called pre-mRNA, is processed in various
ways before leaving the nucleus as mRNA.
Figure 17.3b
Aliraninformasi genetik
DNA RNA protein,
disebut sebagai Dogma Sentral

• Aliran Informasi Genetik

• Dikodekan sebagai urutan triplet
basa yang tidak tumpang tindih
yang disebut kodon
 •Selama transkripsi
Gen menentukan urutan basa di sepanjang molekul mRNA

DNA Gene 2
molecule
Gene 1

Gene 3

DNA strand 3 5
(template) A C C A A A C C G A G T

TRANSCRIPTION

U G G U U U G G C U C A
mRNA 5 3
Codon
TRANSLATION

Protein Trp Phe Gly Ser

Figure 17.4 Amino acid
 KODE GENETIK
• Kodon dalam mRNA
• Diterjemahkan menjadi asam amino atau berfungsi sebagai sinyal mulai
(start) dan berhenti (stop) dari translasi
Second mRNA base
U C A G
UUU UCU UAU UGU U
Phe Tyr Cys
UAC
U UUC UCC UGC C
UUA UCA Ser UAA Stop UGA StopA
Leu UAG Stop
UUG UCG UGG Trp G

Third mRNA base (3 end)

First mRNA base (5 end)

CUU CCU CAU CGU U

His
CUC CCC CAC CGC C
C Leu Pro Arg
CUA CCA CAA CGA A
Gln
CUG CCG CAG CGG G
AUU ACU AAU AGU U
Asn Ser
AUC lle ACC AAC AGC C
A Thr
AUA ACA AAA AGA A
Met or Lys Arg
AUG start ACG AAG AGG G
GUU GCU GAU GGU U
Asp C
G GUC Val
GCC
Ala
GAC GGC
Gly
GUA GCA GAA GGA A
Figure 17.5 GUG GCG Glu
BIODAS II Dept. Biologi FSTGAG
UNAIR GGG G
Konsep 2: TRANSKRIPSI ADALAH SINTESIS
RNA YANG DIARAHKAN DNA
Komponen Molekular Transkripsi

◦ Sintesis RNA dikatalisis oleh RNA polimerase.

Berfungsi untuk memisahkan untai DNA dan
menghasilkan nukleotida RNA dari arah 5’  3’
◦ Prokariota hanya mempunyai 1 jenis RNA
polimerase. Eukariota memiliki 3 jenis RNA
polimerase, yang digunakan untuk sintesis mRNA
adalah RNA polimerase II
 Sintesis Transkrip RNA
Promoter
Transcription unit
5 3
3 5

DNA
Start point
RNA polymerase
Initiation. After RNA polymerase binds to
1 the promoter, the DNA strands unwind, and
the polymerase initiates RNA synthesis at the
start point on the template strand.
Tahapan 5
3
3
5

Template strand of DNA

transkripsi Unwound
DNA
RNA
transcript
• Inisiasi Elongation. The polymerase moves downstream
unwinding the DNA and elongating the RNA
• Elongasi 2 transcript 5  3 . In the wake of transcription,
• Terminasi Rewound the DNA strands reform a double helix.
RNA
5 3
3 3 5
5

RNA
Termination. Eventually, the RNA transcript
transcript
3 is released, and the polymerase detaches
from the DNA.

5 3
3 5

5 3

Completed RNA transcript

Figure 17.7
 Pengikatan RNA Polimerase dan Inisiasi Transkripsi
TRANSCRIPTION 1 Eukaryotic promoters
DNA

RNA PROCESSING Pre-mRNA

mRNA

TRANSLATION Ribosome

• Promotor : sekuen DNA Polypeptide

Promoter

tempat melekatnya RNA 5

3
T A T A A A A
A T A T T T T
3
5

polimerase dan tempat

TATA box Start point Template
DNA strand

inisiasi untuk sintesis RNA 2 Several transcription

factors

Transcription
factors

• Faktor Transkripsi 5
3
3 Additional transcription
3
5

• Membantu RNA factors

polimerase untuk
mengenali sekuen
promoter pada Eukariota RNA polymerase II
Transcription factors

5 3
3 5 5

RNA transcript

Figure 17.8
Figure 17.8 Transcription initiation complex
 Elongation Non-template
strand of DNA
RNA nucleotides

RNA
polymerase

T C C A A
A T
3 C T U
3 end
T

G
A U

G
G
C
u EG A
C A C A C
5 A
T A
A G G T T

Direction of transcription
5 Template
(“downstream”)
strand of DNA

Newly made
RNA
 Elongasi Transkripsi
RNA polimerase bergerak sepanjang DNA
◦ Enzim menguraikan DNA double helix, sekitar 10-
20 basa DNA dibuka dan dibaca untuk
menghasilkan pasangannya, yaitu nukleotida RNA

Terminasi Transkripsi
RNA polimerase telah selesai membaca DNA.
Telah dihasilkan seluruh untaian nukleotida
RNA
Konsep 3: SEL EUKARIOTIK
MEMODIFIKASI RNA SETELAH
TRANSKRIPSI

 Enzim di inti sel pada eukariotik

Modifikasi pre-mRNA dengan
cara tertentu sebelum pesan
genetik dikirim ke sitoplasma
 Pengubahan ujung mRNA
• Setiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan
cara tertentu
• Ujung 5 dimodifikasi dengan penambahan
nukleotida tudung (cap)
• Ujung 3 dengan penambahan ekor poli-A
A modified guanine nucleotide 50 to 250 adenine nucleotides
added to the 5 end added to the 3 end
TRANSCRIPTION DNA

RNA PROCESSING Pre-mRNA

Protein-coding segment Polyadenylation signal
5
3
mRNA
G P P P AAUAAA AAA…AAA
Ribosome
TRANSLATION
Start codon Stop codon
5 Cap 5 UTR 3 UTR Poly-A tail
Polypeptide

Figure 17.9
 Split Genes dan RNA Splicing
Penyambungan RNA / RNA splicing
◦ Memindahkan intron dan menggabungkan exon

5 Exon Intron Exon Intron Exon 3

TRANSCRIPTION DNA Pre-mRNA 5 Cap Poly-A tail
1 30 31 104 105 146
RNA PROCESSING Pre-mRNA

mRNA Coding Introns cut out and

segment exons spliced together
Ribosome
TRANSLATION

Polypeptide
mRNA 5 Cap Poly-A tail
1 146
3 UTR 3 UTR

Figure 17.10
BIODAS II Dept. Biologi FST UNAIR
 Dilakukan oleh spliceosome,
yaitu enzim yang berfungsi untuk memindahkan intron dan menggabungkan
exon
RNA transcript (pre-mRNA)
5
Exon 1 Intron Exon 2

Protein
1 Other proteins
snRNA

snRNPs
Spliceosome

2 5

Spliceosome
components
Cut-out
intron
3
mRNA
Figure 17.11 5
Exon 1 Exon 2
Fungsi dan Pentingnya Intron

Adanya intron
◦ Memungkinkan satu gen dapat mengkode lebih
dari satu jenis polipeptida
• Protein sering memiliki arsitektur modular
• Terdiri dari daerah struktural dan fungsional yang
disebut domain
• Kode exon akan berbeda untuk domain yang
berbeda pada protein
Gene
DNA
Exon 1 Intron Exon 2 Intron Exon 3

Transcription
RNA processing

Translation

Domain 3

Domain 2

Domain 1

Figure 17.12
Polypeptide
Konsep 4: TRANSLASI ADALAH SINTESIS
POLIPEPTIDA YANG
DIARAHKAN OLEH RNA

Komponen Molekular Translasi

Sel mentranslasi pesan mRNA menjadi
protein dengan bantuan RNA transfer
(tRNA)
Konsep Dasar Translasi
TRANSCRIPTION DNA

mRNA
Ribosome
TRANSLATION
Polypeptide

Amino
Polypeptide acids

tRNA with
amino acid
attached
Ribosome
Trp
Ph e Gly

tRNA
C
C C
G G
A
Anticodon
A A A
U G G U U U G G C

5 Codons 3
Figure 17.13 mRNA
 Struktur dan Fungsi RNA Transfer
• Molekul tRNA
• Tersusun dari untai RNA tunggal yang panjangnya
A
C hanya
sekitar 80 nukleotida C
3
• Berbentuk L Amino acid A
C
attachment site C
A 5
C G
G C
C G
U G
U A
A U
U C A U
* C A C AG U A G *
A
G * C U C *
C G U G U * C G A G G
* * U C *
A G G
* G AG C
(a) Two-dimensional structure. The four base-paired regions and three G C Hydrogen
loops are characteristic of all tRNAs, as is the base sequence of the U A bonds
* G
amino acid attachment site at the 3 end. The anticodon triplet is unique A
to each tRNA type. (The asterisks mark bases that have been chemically A* C
modified, a characteristic of tRNA.) * U
A G
A

Figure 17.14a Anticodon

 5 Amino acid
attachment site
3

Hydrogen
bonds

A A G

3 5
Anticodon
Anticodon
(c) Symbol used
in this book
(b) Three-dimensional structure

Figure 17.14b
Enzim aminoacyl-tRNA synthetase
◦ Menggabungkan masing-masing asam amino ke
tRNA yang benar

Amino acid Aminoacyl-tRNA

synthetase (enzyme)

P P P Adenosine
1 Active site binds the
amino acid and ATP.
ATP

2 ATP loses two P groups

and joins amino acid as AMP.
P Adenosine

Pyrophosphate P Pi

Pi
Pi
Phosphates
tRNA
3 Appropriate
tRNA covalently
Bonds to amino
Acid, displacing P Adenosine
AMP. AMP
4 Activated amino acid
is released by the enzyme.

Aminoacyl tRNA
(an “activated
Figure 17.15 amino acid”)
 Ribosom
◦ Menfasilitasi ikatan antikodon tRNA dengan kodon mRNA
selama sintesis protein
TRANSCRIPTION DNA

mRNA
Ribosome
TRANSLATION

 Subunit ribosomal
Polypeptide
Exit tunnel
Growing
polypeptide

◦ Disusun oleh protein dan tRNA

molecules
molekul RNA yang Large
subunit

dinamakan RNA E
P
A

ribosomal atau rRNA Small

subunit

5
mRNA 3

(a)
Computer model of functioning ribosome. This is a model of a bacterial
ribosome, showing its overall shape. The eukaryotic ribosome is roughly similar.
A ribosomal subunit is an aggregate of ribosomal RNA molecules and proteins.

Figure 17.16a
• Ribosom mempunyai 3 sisi pengikatan
(binding sites) tRNA
• Sisi P P site (Peptidyl-tRNA

• Sisi A binding site)

A site (Aminoacyl-
tRNA binding site)
• Sisi E E site
(Exit site)

Large
subunit

E P A

mRNA
binding site
Small
subunit
Figure 17.16b

(b) Schematic model showing binding sites. A ribosome has an mRNA binding
site and three tRNA binding sites, known as the A, P, and E sites. This schematic
ribosome will appear in later diagrams.
PEMBENTUKAN POLIPEPTIDA

• 3 tahapan Translasi
– Inisiasi
– Elongasi
– Terminasi
 ASOSIASI RIBOSOM DAN INISIASI TRANSLASI
• Tahap inisiasi translasi
– Menyatukan mRNA, tRNA yang membawa asam amino pertama dari
polipeptida, dan dua subunit ribosom

Large
ribosomal
P site subunit
3 U A C 5
t t
Me 5 A U G 3 Me

Initiator tRNA
GTP GDP
E A
mRNA
5 3 5 3
Start codon

mRNA binding site Small Translation initiation complex

ribosomal
subunit

1 2
A small ribosomal subunit binds to a molecule of
mRNA. In a prokaryotic cell, the mRNA binding site
on this subunit recognizes a specific nucleotide
sequence on the mRNA just upstream of the start
codon. An initiator tRNA, with the anticodon UAC,
base-pairs with the start codon, AUG. This tRNA
carries the amino acid methionine (Met).
Figure 17.17
The arrival of a large ribosomal subunit completes
the initiation complex. Proteins called initiation
factors (not shown) are required to bring all the
translation components together. GTP provides
the energy for the assembly. The initiator tRNA is
in the P site; the A site is available to the tRNA
bearing the next amino acid.
 ELONGASI TRANSLASI
– Asam amino ditambahkan satu per satu ke asam amino
sebelumnya
1 Codon recognition. The anticodon
TRANSCRIPTION DNA
Amino end of an incoming aminoacyl tRNA
mRNA
of polypeptide base-pairs with the complementary
Ribosome
TRANSLATION mRNA codon in the A site. Hydrolysis
Polypeptide
of GTP increases the accuracy and
E efficiency of this step.
mRNA 3
Ribosome ready for P A
next aminoacyl tRNA 5 site site
2 GTP
2 GDP

E E

P A P A

2 Peptide bond formation. An

GDP rRNA molecule of the large
3 Translocation. The ribosome GTP subunit catalyzes the formation
translocates the tRNA in the A
of a peptide bond between the
site to the P site. The empty tRNA
new amino acid in the A site and
in the P site is moved to the E site, E
the carboxyl end of the growing
where it is released. The mRNA
polypeptide in the P site. This step
moves along with its bound tRNAs, P A attaches the polypeptide to the
bringing the next codon to be
tRNA in the A site.
Figure 17.18 translated into the A site.
 TERMINASI TRANSLASI

• Tahap akhir translasi adalah ketika kodon stop pada

mRNA sampai pada A site ribosom

Release
factor
Free
polypeptide

5
3 3
3
5 5
Stop codon
(UAG, UAA, or UGA)
1 When a ribosome reaches a stop 2 The release factor hydrolyzes 3 The two ribosomal subunits
codon on mRNA, the A site of the the bond between the tRNA in and the other components of
ribosome accepts a protein called the P site and the last amino the assembly dissociate.
a release factor instead of tRNA. acid of the polypeptide chain.
The polypeptide is thus freed
from the ribosome.
Figure 17.19
Poliribosom
• Sejumlah ribosom dapat mentranslasi satu molekul mRNA
tunggal secara simultan. Hanya pada sel prokariota
Completed
Growing polypeptide
polypeptides

Incoming
ribosomal
subunits
Start of Polyribosom
e End of
mRNA mRNA
(5 end) (3 end)
(a) An mRNA molecule is generally translated simultaneously
by several ribosomes in clusters called polyribosomes.

Ribosomes
mRNA

0.1 µm
(b) This micrograph shows a large polyribosome in a prokaryotic
Figure 17.20a, b cell (TEM).
 Protein Fungsional
Rantai polipeptida /protein menjalani
modifikasi setelah proses translasi atau
dikirim ke target khusus di dalam sel

Protein dimodifikasi
- untuk membentuk molekul tiga dimensi / folding
(pelipatan)
- Untuk dapat ditransfer ke lokasi yang membutuhkan
• Protein dibutuhkan dalam sistem endomembran (contoh:
enzim lisosim yang ada di organel lisosom) atau
disekresikan (contoh: enzim pencernaan seperti
amilase).
• Protein yang harus ditransport ke retikulum endoplasma
(ER) mempunyai signal peptida.
Signal peptida pada polipeptida hasil translasi tersebut
dapat dikenal oleh signal-recognition particle (SRP). SRP
yang mengikat polipeptida akan dapat berikatan pada
protein reseptor SRP dimembran ER
• Mekanisme signal untuk protein target pada ER

2 3
An SRP binds The SRP binds to a 4 6
to the signal The SRP leaves, and 5 The rest of
1 receptor protein in the ER The signal-
Polypeptide peptide, halting the polypeptide resumes the completed
membrane. This receptor cleaving
synthesis begins synthesis growing, meanwhile polypeptide leaves
is part of a protein complex enzyme
on a free momentarily. translocating across the the ribosome and
(a translocation complex)
ribosome in membrane. (The signal cuts off the folds into its final
that has a membrane pore signal peptide.
the cytosol. peptide stays attached conformation.
and a signal-cleaving enzyme.
to the membrane.)
Ribosome

mRNA
Signal
peptide ER
membrane
Signal
Signal- peptide
recognition removed Protein
particle
(SRP) SRP
receptor
protein
CYTOSOL

Translocation
ERLUMEN
complex

Figure 17.21
 Ringkasan transkripsi dan translasi pada sel eukariotik
TRANSCRIPTION DNA
1 RNA is transcribed
from a DNA template.
3
A
ly-
Po

5 RNA RNA
transcript polymerase
RNA PROCESSING Exon
2
In eukaryotes, the RNA transcript
RNA transcript (pre- (pre-mRNA)
mRNA) is spliced and Intron
modified to produce
mRNA, which moves Aminoacyl-tRNA
from the nucleus to the p synthetase
Ca
cytoplasm. NUCLEUS

Amino
FORMATION OF acid
INITIATION COMPLEX AMINO ACID ACTIVATION
CYTOPLASM tRNA
3 After leaving the 4
Each amino acid
nucleus, mRNA attaches attaches to its proper tRNA
to the ribosome. with the help of a specific
enzyme and ATP.
mRNA Growing
polypeptide
A Activated
ly -
Po amino acid
A
ly-
Po
Ribosomal
subunits

p
Ca
5
TRANSLATION

CC U
5
A succession of tRNAs
A AC
E A add their amino acids to
Anticodon the polypeptide chain
A A A
as the mRNA is moved
UGGUU UA UG
through the ribosome
BIODAS II Dept. Biologi FST UNAIR one codon at a time.
Figure 17.26 Codon (When completed, the
polypeptide is released
Ribosome from the ribosome.)
 REPLIKASI

 Replikasi : proses perbanyakan bahan genetik

 Replikasi akan diikuti oleh pembentukan sel-sel anakan
yg membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi.
 Komposisi bahan genetik sel anakan sangat identik
dengan komposisi genetik sel induk.
 Kesalahan dalam replikasi bahan genetik dapat
mengakibatkan perubahan sifat sel-sel anakan
 Perbedaan struktural molekul bahan genetik (DNA)
menyebabkan perbedaan mekanisme replikasi pada
prokariot dan eukariot
 Replikasi prokariot dimulai dari satu situs awal replikasi
(ORI) dan berlangsung ke dua arah menuju daerah
terminasi
 Replikasi eukariot dimulai dari banyak ORI, bergerak ke
dua arah
Figure 17.26
Tiga hipotesis mengenai replikasi DNA:

 Semikonservatif : setiap molekul untai

ganda DNA anakan terdiri atas satu
untai-tunggal DNA induk dan satu untai
tunggal DNA hasil sintesis baru.
 Konservatif : DNA untai ganda induk
tetap bergabung sedangkan kedua
untaian DNA anakan terdiri atas
molekul hasil sintesis baru.
 Dispersif : molekul DNA induk
mengalami fragmentasi sehingga DNA
anakan terdiri atas campuran molekul
lama (induk) dan molekul hasil sintesis
baru

 Di antara ke-tiga cara replikasi DNA, hanya cara semikonservatif

yang dapat dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang
dikenal dengan nama equilibrium density-gradient centrifugation.
 Percobaan ini dilaporkan hasilnya pada tahun 1958 oleh M.S.
Meselson dan F.W. Stahl.
 Model replikasi semikonservatif memberikan
gambaran bahwa untaian DNA induk berperan sbg
cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA
baru
 Salah satu bagian yg sangat penting dalam proses
replikasi DNA adalah denaturasi awal untaian DNA
yg mrpk proses enzimatis. Denaturasi awal terjadi
pada bagian DNA yg disebut ORI.
 Untaian DNA membuka membentuk struktur yg
disebut garpu replikasi (replication fork)
 Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul
DNA induk membuka secara bertahap
 Masing-masing untaian DNA yang sudah terpisah,
berfungsi sebagai cetakan untuk penempelan
nukleotida-nukleotida yang akan menyusun
molekul DNA baru.
 Sekuens basa nitrogen DNA baru sesuai dengan
sekuens basa cetakan DNA komplementernya.
REPLIKASI DNA
 Sintesis untaian DNA yg baru akan dimulai segera setelah
ke dua untaian DNA induk terpisah membentuk garpu
replikasi.
 Pemisahan dilakukan oleh enzim DNA helikase.
 Kedua untaian DNA induk menjadi cetakan dlm orientasi
5’-P ke arah 3’-OH. Sehingga ada dua untaian DNA
cetakan yg orientasinya berlawanan
 Garpu replikasi akan membuka secara bertahap
 Sintesis untaian DNA baru yang searah dg pembukaan
garpu replikasi akan dapat dilakukan tanpa terputus
(kontinyu) : untaian DNA awal (leading strand)
 Sebaliknya, tahap demi tahap (diskontinyu) : untaian DNA
lambat (lagging strand)
 Mekanisme replikasi DNA berlangsung secara
semidiskontinyu karena ada perbedaan mekanisme dlm
proses sintesis kedua untaian DNA
 Fragmen-fragmen DNA hasil replikasi diskontinyu
(fragmen Okazaki) akan disambung (ligasi) dengan enzim
DNA ligase
• Replikasi dimulai pada
suatu lokasi tertentu
• arah dari replikasi tidak
semuanya sama
• Sintesis DNA selalu dengan
arah 5’  3”
• leading strand  disintesis
secara kontinyu
• lagging strand  disintesis
secara diskontinyu 
Okazaki fragment
 2) Satu tim besar yang terdiri dari enzim dan protein lain
menjadi pelaksana replikasi DNA
 Protein-protein yang berperan dalam replikasi DNA

1. Helikase: enzim yang berfungsi membuka heliks ganda di cabang replikasi,

memisahkan untai lama.
2. Protein pengikat untai tunggal: menjaga agar untai-untai tetap terpisah selama
bertindak sebagai cetakan dalam sintesis untai-untai komplementer yang baru.
3. Primase: membentuk primer
 2) Satu tim besar yang terdiri dari enzim dan protein lain
menjadi pelaksana replikasi DNA
 Protein-protein yang berperan dalam replikasi DNA

4. DNA polimerase: pemanjangan untai DNA baru

5. Ligase: menggabungkan rantai DNA

Tsuneko Okazaki is a Japanese pioneer of molecular biology known for her
work on DNA replication and specifically for discovering Okazaki fragments,
along with her husband Reiji. Dr. Tsuneko Okazaki has continued to be
involved in academia, contributing to more advancements in DNA research.