KONSEP KONSEP DASAR BIOLOGI MOLEKULER

PURNOMO SURYOHUDOYO
DEPT. OF BIOCHEMISTRY SCHOOL OF MEDICINE AIRLANGGA UNIVERSITY

BIOLOGI
Cabang Ilmu yang mempelajari Organisma Biologi
Organisma keseluruhan

Biologi Sel

Sel : Unit terkecil organisma

Biologi Molekuler

Biomolekul : senyawa-senyawa pembentuk sel

Ciri Organisma : Fungsi fungsi Kehidupan 1. Reproduksi 2. Tumbuh kembang 3. Metabolisme 4. Homeostasis

SEL

1. Adalah unit terkecil dari organisma yang masih menunjukkan fungsi-fungsi kehidupan 2. Dua jenis sel : Prokariota Eukariota 3. Berdasar jenis sel yang membentuknya organisma dapat dibagi menjadi :
A. Organisma Prokariota Semuanya satu sel ( uni cellular ) Bakteri Ganggang biru ( cyano phyceae) / cyano bacteriae B. Organisma eukariota Dapat satu sel (unicellular) atau banyak sel (multicellular) Semua organisma kecuali bakteri & Cynophyceae

SEL PROKARIOTA & EUKARIOTA

PROKARIOTA
INTI : TAK TERLIHAT JELAS TAK DIBATASI MEMBRAN ORGANEL SEL : TAK ADA KROMOSOM : TUNGGAL, SIRKULER DNA : TELANJANG DNA EKSTRA KROMOSOM : PLASMID SIRKULER INTI : TERLIHAT JELAS DIBATASI MEMBRAN INTI ORGANEL SEL : ADA KROMOSOM : JAMAK ( > 2), LINIER DNA INTI : TERLIHAT PROTEIN (HISTON) DNA EKSTRA-KROMOSOM : DNA MITOKONDRIA DNA KLOROPLAST SIRKULER & TELANJANG (SEPERTI DNA PROKARIOTA) B.M.03 94

EUKARIOTA

STRUKTUR SEL PROKARIOTA (GRAM POSITIF)

(PEPTID OGLYCAN) (LIPID BILAYER)

CW : CM : N : R : P :

Dinding sel (cell Wall) Membran Sel (cell Membrane) Nukleoid (DNA) Ribosom Plasmid

STRUKTUR SEL PROKARIOTA (GRAM NEGATIF)

(Lipid bilayer)

(Lipid bilayer)

OM : Membran Luar (Outer Membran) CM : Membran Sel (cell membrane) P : Peptidoglycan PS : Ruang periplasmik (Periplasmic space) P : Plasmid N : Nukleoid R : Robosom

Tidak ada membran sel nya

1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12.

Membran Plasma Membran inti Nukleoporus Nukleolus Kromatin Retikulum endoplasmik kasar Retikulum endoplasmik halus Mitokondrion Lisosom Perangkat Golgi Polisom Peroksisom

Gambar 1.2 : Struktur umum Sel Eukariota (Hewan)

Gambar 1.3 : Struktur umum Sel Eukariota (Tumbuhan)

1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15.

Dinding Sel Membran Plasma Membran inti Nukleoporus Nukleolus Kromatin Retikulum endoplasmik kasar Retikulum endoplasmik halus Mitokondrion Lisosom Perangkat Golgi Polisom Peroksisom Kloroplast Vakuola

FUNGSI ORGANEL SEL

1. Nukleus (Inti) Perangkat genetik sel (DNA) Sintesis RNA Pembentukan Ribosom 5. Lisosom Hidrolisis berbagai senyawa (As. nukleat, protein, karbohidrat, lemak) 6. Peroksisom Oksidasi berbagai senyawa 2. Mitokondrion Fosforlasi oksidatif Pengadaan ATP 8. Kloroplast Fotosintesis Pengadaan ATP 7. Polisom Sintesis Protein

3. Retikulum Endoplasma Sintesis Protein (R.E.K.) Sintesis Lipid (R.E.H)

4. Perangkat Golgi Pengolahan Protein Pemilahan (Sorting) Protein Organel sel, membran sel atau disekresi

PARADIGMA BIOLOGI MOLEKULER

1. Sel : Unit terkecil organisma yang masih mampu hidup mandiri apabila dipisahkan 2. Sel masih menunjukkan semua fungsi-fungsi kehidupan 3. Sel terdiri dari Biomolekul Apa hubungan antara biomolekul dengan pelaksanaan berbagai fungsi kehidupan sel ? Semua peristiwa yang mencerminkan kehidupan sel pada hakekatnya merupakan hasil interaksi molekul

PERAN BIOLOGI MOLEKULER DALAM ILMU KEDOKTERAN (1)

Ilmu kedokteran bertujuan menyembuhkan penderita Ilmu kedokteran ilmu ilmu klinis

Ilmu ilmu klinis (clinical sciences) Mempelajari : Penyebab (causa) Patogenesis Terapi
Peran biologi molekuler dalam ilmu kedokteran adalah berusaha mengetahui DASAR MOLEKULER PATOGENESIS

TERAPI YANG LEBIH RASIONAL & TERARAH

PERAN BIOLOGI MOLEKULER DALAM ILMU KEDOKTERAN

ILMU KEDOKTERAN MOLEKULER

(2)

Cabang ilmu kedokteran yang mempelajari dasar molekuler (patogenesis) penyakit (The molecular basis of diseases)

(Bradley et.al 1995)

INTERAKSI ANTAR MOLEKUL

Interaksi Kuat Melibatkan ikatan kovalen reaksi kimia Interaksi lemah Melibatkan ikatan non kovalen : - Ionik - Hidrogen - Van der waals - Hidrofobik
Contoh Interaksi Lemah : Hormon reseptor Enzim substrat vdw / hidrogen Antigen antibodi vdw / hidrogen Membran Sel hidrofobik Heliks ganda DNA hidrogen

STRUKTUR ELEKTRON ATOM C, H, O, N

IKATAN KOVALEN CH4 IKATAN IONIK IKATAN HIDROGEN

Ikatan van der waals.

Ikatan V.D. Waals terjadi karena adanya gaya V.D. Waals apabila dua atom saling mendekat Gaya V.D. Waals mencapai maksimum apabila jarak 2 atom = jumlah jari-jari atom (= jarak V.D. Waals ) Ikatan V.D. Waals besarnya hanya bermakna (significant) apabila sejumlah besar atom yang merupakan bagian dari 2 molekul dapat saling mendekat Contoh : ikatan antara Enzim & Substrat Antigen & Antibodi Diperlukan struktur permukaan yang komplementer

Terjadi karena adanya kecenderungan gugus-gugus hidrofobik untuk berkumpul Contoh : Minyak + Air bila dikocok akan membentuk emulsi, tetapi emulsi ini tidak stabil Ikatan ini terjadi apabila pada permukaan 2 molekul terdapat gugus-gugus yang bersifat hidrofobik Misalnya : Antigen & Antibodi Enzim & Substrat

KOMPOSISI KIMIAWI SEL BIOMOLEKUL

Struktur : - Senyawa sederhana - Makromolekul Polimer : Polisakarida Polipeptida Polinukleotida Monomer : Monosakarida Asam Amino Nukleotida Peran : Struktural Fungsional Cadangan Energi Limbah Sifat Kelarutan : Hidrofilik Hidrofobik Ampifilik

BIOMOLEKUL KELARUTAN
HIDROFILIK :

(1)

Larut dalam air Larut dalam cairan ekstrasel maupun intrasel (sitosel) Tak dapat menembus membran sel Agar dapat menembus membran sel memerlukan sarana khusus : - Protein saluran - Protein pembawa (carrier protein)

HIDROFOBIK :
Tak larut dalam air Agar dapat larut dalam cairan ekstra & intra sel memerlukan sarana khusus : protein pembawa atau : membentuk partikel khusus

BIOMOLEKUL KELARUTAN
AMPIFILIK :

(2)

1. Sebagian molekul bersifat hidrofilik, bagian lain bersifat hidrofobik 2. Komponen utama membran sel 3. Membentuk lapis luar lipoprotein (VLDL, LDL, HDL, Kilomikron) Contoh : Fosfolipid Glikolipid Kolesterol

MEMBRANE FORMING LIPIDS

CHOLESTEROL

GLYCEROLIPIDS

SPHINGOLIPIDS

PHOSPHOLIPIDS :
GLYCEROLIPIDS
Phosphatidyl ethamolamine Phosphatidylcholine

PhosphatidylSerine Sphingomyelin

GLYCOLIPIDS :
R2 : Monosaccharide Oligosaccharide

MEMBRAN SEL
LIPID LAPIS GANDA (LIPID BILAYER)

Lipid pembentuk membran bersifat ampifilik Membran lipid lapis ganda terbentuk karena adanya ikatan (interaksi) hidrofobik

LIPOPROTEIN

STRUKTUR UMUM LIPOPROTEIN

FOSFOLIPID KOLESTEROL

Vldl, ldl, hdl, dll

Ekor hidrofobik lipid pembentuk membran

PROTEIN TRANSMEMBRAN
Ikatan hidrofobik terjadi karena adanya interaksi antara ekor hidrofobik lipid pembentuk membran dengan asam amino hidrofobik yang membentuk rantai polipeptida menembus membran (asam amino : val, leu, trp, ile, phe, tyr, leu, trp, leu)