Nusantara tidak sepenuhnya bersatu dalam daratan, tebing curam di dasar
laut sebelah timur membatasinya, batas yang kemudian dikenal sebagai Garis Wallace karena dicetuskan oleh seseorang yang bernama Alfred Russel Wallace. Alfred Russel Wallace mungkin tidak dikenal di luar komunitas ilmiah, tetapi berkontribusi kepada Teori Evolusi yang berharga kepada Charles Darwin. Bahkan, Wallace dan Darwin berkolaborasi pada gagasan seleksi alam dan mempresentasikan temuan mereka sendiri bersama-sama ke Linnean Society di London. Alfred Russel Wallace telah menjadi tidak lebih dari sebuah catatan kaki dalam sejarah dalam hal itu karena Darwin menerbitkan bukunya On the Origin of Species sebelum Wallace bisa mempublikasikan karyanya.Namun demikian, masih banyak kontribusi besar Alfred Russel Wallace mendapat pujian karena menemukan dalam perjalanannya sebagai seorang naturalis. Garis itu digunakan untuk menandai garis pemisah zona ekologi Asialis dan Australasia. Garis Wallace ini melalui kepulauan Nusantara, antara Borneo dan Sulawesi, dan antara Bali (di barat) dan Lombok (di timur). Pembatasan wilayah penyebaran fauna ini sebenarnya dikontrol oleh proses geologi yang merupakan proses glasiasi. Proses glasiasi atau glasial ini merupakan peristiwa dimana terjadi perluasan es di daerah kutub akibat penurunan suhu bumi. Periode glasial ini sering dikenal dengan Zaman Es. Akibatnya adalah terjadi penurunan muka air laut. Periode glasial terakhir yang dikenal dengan Last Glacial Maximum sekitar 20.000 tahun lalu membuat permukaan air laut yang lebih rendah 110 meter dari permukaan air laut sekarang. Banyak periode glasial lain yang telah terjadi sebelumnya, dan permukaan air laut jauh lebih turun dibandingkan periode setelahnya.
Pulau-pulau yang saat ini terletak pada Dangkalan Sunda, dahulunya
merupakan satu daratan dan bersatu dengan daratan Asia. Pun demikian dengan Dangkalan Sahul yang dahulunya merupakan satu daratan dengan Benua Australia. Keadaan ini terjadi pada Zaman Es Pleistosen jutaan tahun yang lalu. Karena merupakan daratan yang sama, fauna tersebut tersebar dan berkembang di dua dangkalan tersebut. Terdapat perbedaan yang cukup jelas pada wilayah Wallacea, dimana fauna yang berkembang tersebut banyak yang merupakan satwa langka dan hanya terdapat di wilayah itu saja, seperti anoa, kuskus, babirusa dan sebagainya. Secara tektonik dapat dijelaskan bahwa wilayah Wallacea merupakan wilayah tektonik yang kompleks. Mulai dari Pulau Sulawesi yang merupakan produk kolisi lengan-lengannya, Kepulauan Sula yang menumbuk bagian timur Pulau Sulawesi, Halmahera-Laut Maluku-Sulawesi yang merupakan subduksi ganda, Kepulauan Damar dan Banda yang merupakan busur kepulauan vulkanik, dan Kepulauan Nusa Tenggara yang kompleks. Dari hal tersebut ditemui keadaan fauna yang khas dan unik di wilayah Wallacea. Pada Pulau Sulawesi yang merupakan benturan massa benua terdapat hewan yang sama dengan Asiatis dan Australis, namun jumlahnya lebih sedikit dibandingkan dua wilayah tersebut. Hal yang membuatnya berbeda adalah kekhasan atau keterdapatan fauna langka yang hanya ada di wilayah tersebut. Dengan demikian, proses yang berpengaruh dalam persebaran fauna di Indonesia adalah proses glasiasi dan proses tektonik.