Judul

A functional genomic tool for the pasific bluefin tuna: development of 44k
oligonucliotide microarray from whole genome sequencing data for global
transcriptome analysis
Penulis
Motosige Yasueke et al
Abstract
Bluefins tuna merupakan sumberdaya perikanan yang sangat berharga. Nilai
jualnya yang tinggi, membuat ikan tuna banyak di budidayakan. Salah satu jenis
ikan tuna yang sudah dibudidayakan adalah jenis tuna sirip kuning. Pada jurnal
ini, penulis mendiskribsikan mengenai fungsi genomic pada perkembangan
budidaya bluefin tuna melalui uji 44k oligonucliotide microarray, dari data
keseluruhan genome berurutan untuk alnalisis transcriptome global.
Latar belakang
Bluefins tuna merupakan family dari Scrombidae. Ikan ini merupakan ikan
pelagis besar yang menepati urutan teratas dalam urutan predator lautan serta
komoditasnya sangat penting bagi sumberdaya perikanan. Pembudidayaannya
yang pertama adalah dengan menangkap anakan tuna lalu dikembangkan oleh
nelayan. Gabungan dari informasi genomic pada PBT dan perkembangan
fungsional yang tinggi serta analisis metode yang digunakan menjanjikan
peningkatan pengetahuan dalam pengembang biakan berdasarkan PBT
aquakultur tuna. Berdasarkan urutan keseluruhan genome dan Ets data, kami
telah mengembangkan 44K oligonucliotide microarray.
Bahan dan Metode
PBT oligo-array probe desgin
Pertama memeriksa 26.433 gene PBT berdasarkan data protein NCBI. Lalu
memprediksi kondisi gene pada genome di bawah kondisi yang lain, dalam
penelitian inidiperiksa di 5 rangkaian telostei dan dihitung total gen yang
digabungkan, total penggabungan dari semua gen adalah 41.281
Anotation of the oligo array probe
Rangkaian nukleotida di anotasi menggunakan BLASTX di bandingkan
dengan NCBI non reduntant dan di temukan rangkaian yang belum pernah
ditemukan sebelumnya.
Persiapan RNA untuk kemudi eksperimen micro-array
menggunakan pertumbuhan PBTs tersimulasi dengan ICS dan poli
I:C
Isolasi PBLs dari PBT dan kultur PBLs secara invitro dengan simulasi LPs
dan polyI:C sudah di tampilkan pada penelitian sebelumnya. PBT dengan

N=3 diisolasi menggunakan stirring metode, hingga di dapatkan ekstrasi

RNA. RNA sampel diisolasi untuk di reaksikan dengan DNAse pada suhu 80
derajat hingga digunakan.
Hybridasi dan analisis oligo array
Hybridasi dan analisis oligo array ini menghasilkan bukti bahwa
oligonukleotida saling tumpang tindih.
Hasil dan Pembahasan

PBT oligo-array sukses membuka distinct imune proses antara LPs dan polyI:C
terstimulasi PBLs. Hanya ada beberapa penelitian mengenai sistim imun bluefins
tuna, hasil genome secara komperhensif dapat berpotensi berkontribusi dalam
pengembangan sistem imun bluefins tuna. Hasil research ini dapat pula menjadi
kandidat molekular biomaker bakteri gram negatif.
Kesimpulan
Kami mengembangkan 44K oligonukleotide pertama kali,untuk genome yang
besar seperti PBT. PBT 44k oligonukleotida bermanfaat untuk peralatan baru
sebagai fungsional genomic. kami yakin, ekspresi global secara umum akan
berkontribusi dalam mengembangkan suistanbility budidaya PBT. Kami juga
yakin, perkembangan PBT 44K oligonukleotida dapat menangani masalah
penyakit pada bluefin tuna.