MAKALAH BIOKIMIA

PEMANFAATAN EKSTRAK ENZIM PAPAIN DAN PEMANFAATANNYA

UNTUK ISOLASI DNA

Fauziyyah Diyah Anggita Sari

Diusulkan oleh:
NIM. 14307144003

Angkatan 2014

UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA

YOGYAKARTA
2016

BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Sejak dua puluh tahun terakhir, telah ditemukan berbagai macam teknlogi
DNA, dimana para ahli dapat mengungkap berbagai misteri dibalik kehidupan
makhluk hidup. Hal ini disebabkan karena molekul DNA di dalam sel merupakan
unit terkecil dan komponen penentu kehidupan dengan berbagai keragamannya,
dimanipulasi, dapat diisolasi, serta dipindahkan dari satu organisme ke organisme
lain. Sejalan dengan kemajuan bioteknologi modern sebagai teknologi rekayasa
genetika khususnya DNA, mengakibatkan penggunaan teknik isolasi DNA dalam
berbagai bidang semakin meluas. (Muladno, 2002: 52).
Teknik awal isolasi DNA digunakan untuk tanaman transgenik, DNA
rekombinan, kloning DNA, proyek genom manusia, deteksi penyakit keturunan,
pemetaan sidik jari forensik, penentuan jenis kelamin dan lain-lain. Adapun
teknik isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Ekstraksi
DNA dari organisme eukariot dilakukan melalui penghancuran dinding sel,
penghilangan protein dan RNA, pengendapan DNA, dan pemanenan DNA.
Secara kimiawi, penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senyawa
kimia untuk merusak membran sel, dan enzim protease untuk menghancurkan
protein serta membersihkan kotoran akibat lisis sel (Sulandari, 2003: 47-48).
Protease merupakan enzim yang diguanakan untuk mengkatalisis
penguraian ikatan-ikatan peptida molekul protein. Oleh karena itu, protease
disebut C-N hidrolase. Penggunaan enzim protease pada umumnya untuk industri
deterjen, makanan, minuman, tekstil dan obat-obatan. Enzim protease ini dapat
diperoleh dari hewan, tanaman dan mikroorganisme, misalnya pepsin, tripsin,
dan kimotripsin adalah proteaseprotease berasal dari mamalia (Supartono 2004).
Enzim protease pada pencernaan ini berfungsi untuk memutuskan ikatan
peptida pada gugus karboksil, sehingga dibentuk peptida yang lebih kecil dan

asam amino bebas (Iswari, 2006: 109). Papain dan bromelin masing-masing
berasal dari pepaya dan nanas dapat digunakan untuk melunakkan daging. Papain
dan bromelin merupakan sumber protease pada isolasi DNA, karena dapat
menghidrolisa protein, protease atau peptide dengan cara merusak struktur
primer protein, yaitu ikatan antar asam amino pada rantai polimer asam amino
(Herdyastuti, 2006).
Sumiyati (2009) berhasil mengisolasi DNA daun pisang dengan teknik
Kitchen preparation menggunakan jus nanas sebagai sumber enzim protease dan
dihasilkan DNA dengan tingkat kemurnian 1,4. DNA dikatakan murni jika
tingkat kemurniannya 1,8-2,0 (Muladno, 2002:21). Maka dari itu,

perlu

dilakukan modifikasi pada isolasi DNA menggunakan ekstrak enzim papain dari
buah pepaya. Hal ini bertujuan untuk mengurangi kemungkinan kontaminasi dari
protein-protein lain penyusun sel. Penggunaan ekstrak enzim papain dalam
diharapkan dapat menghasilkan DNA dengan kuantitas dan kualitas yang lebih
baik dari penelitian yang telah dilakukan sebelumnya. Enzim papain tergolong
protease sulhidril. Aktivitasnya tergantung pada adanya gugus sulfhidril pada
sisiaktifnya. Enzim ini dapat dihambat oleh senyawa oksidator, alkilator, dan
logam barat. Enzim papain mempunyai daya tahan panas paling tinggi diantara
enzim-enzim proteolitik lainnya. Sifat enzim papain antara lain dapat bekerja
secara optimum pada suhu 50-60 oC dan pH 5-7, serta memiliki aktifitas
proteolitik antara 70-100 unit/gram. Aktivitas enzim selain dipengaruhi oleh
proses pembuatannya juga dipengaruhi oleh umur dan jenis varietas pepaya yang
digunakan (Murni, 2008).

B. Rumusan Tujuan
Adapun rumusan tujuan pembuatan makalah ini adalah:
1. Bagaimana cara pembuatan ekstraksi enzim papain dari buah pepaya?
2. Bagaimana isolasi DNA menggunakan ekstrak enzim papain dari buah
pepaya?
C. Tujuan
Adapun tujuan makalah ini adalah :
1. Mengetahui cara pembuatan ekstraksi enzim papain dari buah pepaya.
2. Mengetahui isolasi DNA menggunakan ekstrak enzim papain dari buah
pepaya.
D. Manfaat
Adapun manfaat makalah ini adalah :
1. Memberikan solusi alternatif tentang isolasi DNA dengan bahan alam.
2. Isolasi lebih terjangkau.

BAB II
PEMBAHASAN

A. Enzim Papain
Enzim papain merupakan enzim proteolitik yang ada pada getah tanaman
pepaya (cacica papaya L). Semua bagian pepaya, seperti buah, daun, tangkai
daun, dan batang mengandung enzim papain dalam getahnya, tetapi bagian yang
paling banyak mengandung enzim papain adalah buahnya. Pepaya merupakan
jenis tanaman dari famili caricacea yang mudah tumbuh dan banyak terdapat di
daerah tropis. Famili caricacea terdiri dari 4 genus yaitu carica, jarilla,
jacaratia, dan cylicomorpha. Diantara keempat jenis genus tersebut buah yang
enak dimakan dan banyak ditanam adalah genus (Murni, 2008).
Tabel 1. Sifat-sifat enzim dalam getah pepaya
Jenis Enzim

Papain

BM (gr/gmol)

21000

Titik isoelektris

Jumlah dalam

(pH)

lateks (%)

8,75

10

Khimopapain 36000

10,10

45

Lisosim

10,50

20

25000

Sumber: Murni, 2008

Enzim papain tergolong protease sulhidril. Aktivitasnya tergantung pada
adanya gugus sulfhidril pada sisi aktifnya. Enzim ini dapat dihambat oleh
senyawa oksidator, alkilator, dan logam barat (Winarno,1982). Enzim papain
mempunyai daya tahan panas paling tinggi diantara enzim-enzim proteolitik
lainnya. Sifat enzim papain antara lain dapat bekerja secara optimum pada suhu
50-60 oC dan pH 5-7, serta memiliki aktifitas proteolitik antara 70-100 unit/gram.
Aktivitas enzim selain dipengaruhi oleh proses pembuatannya juga dipengaruhi
oleh umur dan jenis varietas pepaya yang digunakan (Murni, 2008).

B. DNA
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan suatu materi yang terdapat
pada tubuh manusia dan semua makhluk hidup yang diwarisi secara turun
menurun. Semua sel pada tubuh memiliki DNA yang sama dan sebagian besar
terdapat pada nukleus. DNA juga dapat ditemukan pada mitokondria (Campbell
et al., 2004).
Struktur dari DNA terdiri dari gugus fosfat, gula deoksiribosa dan basa
nitrogen. Informasi yang dibawa oleh DNA bergantung pada urutan basa
nitrogen yang terdiri dari Adenin (A), Timin (T), Guanin (G) dan Sitosin (C).
Basa pada DNA selalu berpasangan yaitu A-T dan G-C (Stansfield et al., 2002;
Lewis, 2003). Masing-masing pasangan basa melekat pada molekul gula
(deoksiribosa) dan fosfat membentuk unit nukleotida. Nukleotida tersusun
berpasangan pada baris panjang yang berbentuk spiral yang sering disebut double
helix (Suryo, 2011).
DNA dapat bereplikasi dan memperbanyak jumlahnya ketika akan terjadi
pembelahan sel sehingga tiap sel baru akan memiliki DNA yang sama seperti sel
yang lama. Proses replikasi DNA dimulai ketika untaian DNA dibuka dan
dipisahkan oleh enzim helikase sehingga terjadi pemisahan antara untaian satu
dengan untaian lainya (Stanfield et al., 2002). Selanjutnya, tiap untaian DNA
yang terpisah tersebut menjadi dasar cetakan (template) pasangan basa baru yang
prosesnya dibantu oleh enzim DNA polymerase. Enzim ini akan memasangkan
basa-basa yang sesuai dengan templatnya (Yuwono, 2005). Fungsi DNA adalah
untuk bereplikasi dan mensintesis protein. Replikasi diperlukan untuk
memberikan informasi yang sama pada tiap sel baru ketika terjadi pembelahan.
Dalam proses sintesis protein, DNA menyediakan informasi genetik yang
diperlukan oleh sel untuk dapat berfungsi secara fungsional dan struktural.
Informasi dari DNA diturunkan dari generasi ke generasi dan merupakan
kombinasi dari ayah dan ibu (Butler, 2005).

C. Isolasi DNA
Sel terdapat di semua bagian tubuh makhluk hidup mulai dari ujung
rambut sampai ujung kaki. Oleh karena itu, DNA dapat diekstrak dari segala
macam organ yang terdapat di dalam tubuh seperti daging, darah, sperma, ginjal,
jantung, hati, limfa, dan lain-lain. Demikian juga untuk tanaman, DNA dapat
diambil dari semua bagian yang ada selnya. Walaupun cara ekstraksi DNA dari
berbagi sumber tersebut pada prinsipnya sama, namun ada beberapa modifikasi
tertentu yang dilakukan untuk menghancurkan inhibitor yang ada didalam
masing-masing sumber tersebut (Muladno, 2002: 19).
Teknik awal isolasi DNA digunakan untuk tanaman transgenik, DNA
rekombinan, kloning DNA, proyek genom manusia, deteksi penyakit keturunan,
pemetaan sidik jari forensik, penentuan jenis kelamin dan lain-lain. Ekstraksi
DNA dari organisme eukariot dilakukan melalui penghancuran dinding sel,
penghilangan protein dan RNA, pengendapan DNA, dan pemanenan DNA.
Teknik isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini
harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada
DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik
maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau
penggerusan menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi
penghancuran sel dilakukan dengan memanfaatkan senyawa kimia seperti EDTA
dan SDS. EDTA berfungsi sebagai perusak sel dengan cara mengikat ion
magnesium (ion ini berfungsi untuk mempertahankan aktivitas integritas sel
maupun mempertahankan aktivitas enzim nuklease yang merusak asam nukleat),
SDS merupakan sejenis deterjen yang berfungsi merusak membran sel, melalui
ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membran yang membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks.
Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat

membentuk suatu ikatan kimia (Iqbal 2007), Enzim Proteinase K dapat

digunakan untuk menghancurkan protein. Kotoran akibat lisis sel dipisahkan
dengan cara sentrifugasi. Dengan hilangnya protein maka DNA dapat diisolasi
secara utuh. Ini dapat dilakukan dengan mencampur larutan DNA dengan NaCl
yang berfungsi memekatkan, memisahkan DNA dari larutan, dan mengendapkan
DNA sewaktu dicampur dengan etanol. Proses sentrifugasi dengan kecepatan
tinggi akan mengendapkan tepung berwarna putih (DNA) dan menempel di dasar
tabung eppendrof (Sulandri dan Zein 2003: 48).
Proteinase K merupakan famili protease serin yang bersifat stabil pada
alkali yang terdiri dari dua jembatan disulfida dan satu Cys bebas yang terletak
berdekatan dengan lokasi aktifnya. Proteinase K mempunyai berat molekuler
28,900 Da (Sigma-Aldrich Co. 2009). Porteinase K (dikenal juga sebagai
endopeptidase K) adalah endopeptidase ekstraseluler yang diisolasi dari filtrat
kultur cendawan Tritirachium album Limber, karena dapat mencerna keratin
sebagai sumber karbon dan nitrogen. Oleh karena itu, enzim tersebut disebut
proteinase K. Adapun ciri-ciri proteinase K antara lain merupakan anggota dari
kelas protease serin, urutan rantai polipeptidanya 3 dari 279 asam amino dan
mempunyai struktur empat dimensi serta mempunyai homologi yang tinggi
dengan proteinase yang dihasilkan oleh bakteri subtilisin, sehingga Proteinase K
juga digolongkan sebagai anggota subtilisin (A.G.Scientific 2009).
Proteinase K merupakan suatu protease endolitik yang memecah ikatan
peptide pada sisi karboksil dari asam amino alifatik, hidrofobik atau aromatik.
Proteinase K digunakan untuk pencernaan protein pada bagian jaringan sebagai
perlakuan awal pada preparasi DNA dan RNA serta untuk menginaktivasi
aktivitas enzimatik protein lain. Penambahan Proteinase K pada preparasi asam
nukleat dengan cepat dapat menginaktivasi nuklease, RNase dan DNase (Abcam
plc. 2009).
Proteinase K tetap memiliki aktivitas yang tinggi ketika diaplikasikan
bersama dengan bahan kimia yang mendenaturasi protein, seperti SDS dan urea,
agen chelat seperti EDTA, reagen sulfidril, seperti halnya penghambat tripsin

atau kimotripsin (Geno Technology Inc. 2008). Proteinase K mempunyai

aktivitas spesifik lebih dari 30 U/mg. Aktivitas proteinase K ditingkatkan pada
pH maksimum 7,5-12 dan temperatur 65C (Thermo Fisher Scientific Inc, 2009).
Bahan lain yang digunakan dalam isolasi DNA adalah NaCl. NaCl
merupakan rumus molekul dari Natrium Klorida/ Sodium Klorida yang
mempunyai berat molekul 58,44 (Bioshop Canada Inc., 2009). Istilah umum bagi
senyawa kimia ini adalah garam. Garam adalah senyawa ionik yang terdiri dari
ion positif (kation) dan ion negatif (anion), sehingga membentuk senyawa netral
(tanpa bermuatan). Garam terbentuk dari hasil reaksi asam dan basa.
Penggunaannya diperkirakan telah berlangsung sejak 4.700 tahun yang lalu.
Senyawa kimia ini sekarang diproduksi secara besar-besaran dari penguapan air
laut, walaupun di beberapa negara lain seperti Australia dan USA garam yang
diproduksi lebih banyak bersumber dari penambangan garam (UBB, 2008).
Menurut penggunaannya, garam dapat digolongkan menjadi garam proanalisa
(p.a) yaitu garam untuk reagent (tester) pengujian dan analisis di laboratorium,
garam farmasetis untuk keperluan di industri farmasi, garam industri untuk bahan
baku industri kimia dan pengeboran minyak, garam konsumsi untuk keperluan
konsumsi, dan industri makanan, serta garam pengawetan untuk keperluan
pengawetan ikan (UBB, 2008).
Penggolongan garam tersebut juga menunjukkan kualitas garam yang
digunakan. Sebagai gambaran, untuk garam pro analisa dan garam farmasi,
mempunyai kandungan NaCl > 99%, sedangkan untuk garam konsumsi
mempunyai kandungan NaCl < 94 % dan garam untuk pengawetan memiliki
kandungan NaCl < 90 %. Semakin besar kandungan NaCl, akan semakin
kompleks dan rumit proses produksi dan pemurniannya, serta akan semakin
meningkat nilai ekonominya (UBB, 2008).
Ukuran molekul DNA teramat kecil, sehingga molekul DNA tidak dapat
dilihat secara kasat mata. Namun demikian, ukuran (panjang-pendeknya), jumlah
(konsentrasi) dan kualitas (tingkat kemurnian) molekul DNA itu sendiri dapat
diketahui melalui pendugaan yang cukup akurat. Untuk kuantitas dan kualitas

DNA, dapat dilakukan dengan menggunakan spektrofometer sinar ultra violet

sedangkan untuk mengetahui ukuran molekul DNA digunakan elektroforesis gel
agarosa (Muladno, 2002: 20).

D. Ekstraksi Enzim Papain

Enzim papain dapat diperoleh dari tanaman papaya baik tangkai, kulit,
daun, buah maupun batangnya. Pada makalah ini ekstak enzim diisolasi dari
bagian buahnya karena yang paling banyak mengandung enzim papain. Menurut
Murni (2008), aktivitas enzim selain dipengaruhi oleh proses pembuatannya juga
dipengaruhi oleh umur dan jenis varietas pepaya yang digunakan. Uji aktivitas
enzim dilakukan untuk mengetahui ada tidaknya aktivitas protease pada ekstrak
papain. Penentuan aktivitas enzim papain dilakukan dengan cara Kunitz
termodifikasi dan metode yang digunakan untuk analisis aktivitas enzim adalah
metode spektrofotometri (Supartono, 2004).
Metode spektrofotometri didasarkan atas hidrolisis enzimatis oleh enzim
yang teruji dari larutan substrat kasein 1% dalam buffer Tris-HCl 0,05 M selama
20 menit, dilanjutkan dengan menghentikan aktivitas enzim dan pengendapan
dari substrat yang tidak terhidrolisis menggunakan pereaksi asam Trichloroasetat
(TCA) 10%. TCA bersifat asam, berfungsi untuk menghentikan aktivitas enzim,
serta dapat menggumpalkan atau mengendapkan kasein.
Menurut Lehninger (1993: 247) jika enzim direaksikan dengan asam kuat
maka rantai polipeptidanya akan terpotong sehingga terjadi konformasi struktur
yang dapat menyebabkan aktivitas katalitiknya hilang. Hasil hidrolisis terlarut
kemudian ditentukan dengan menggunakan metode spektrofotometri pada
panjang gelombang 280 nm, sebagai kontrol yaitu ekstrak enzim papain dari
buah pepaya yang dinonaktifkan dengan pemanasan selama 5 menit. Hasil
analisis dinyatakan dalam satuan unit aktivitas protease yang didefinisikan
sebagai jumlah enzim yang diperlukan untuk menghasilkan 1 mol material yang
larut dalam pereaksi asam TCA 10% pada kondisi percobaan (Kurniawan, 2008:
41).

10

Adanya enzim papain akan memutus ikatan polipeptida pada larutan

kasein menjadi ikatan yang lebih pendek yaitu oligopeptida dan asam-asam
amino. Pada larutan enzim-substrat, putusnya ikatan peptida pada larutan kasein
menyebabkan larutan bertambah jernih, sehingga absorbansinya semakin besar.
Sedangkan pada kontrol, karena ekstrak enzim papain sudah dipanaskan yang
artinya enzim papain sudah tidak aktif lagi, maka tidak terjadi pemutusan ikatan
peptida. Hal ini ditunjukkan dengan absorbansi yang lebih kecil dan larutan yang
lebih keruh setelah diinkubasi selama 20 menit dalam kasein dan buffer fosfat
0,05 M.

11

BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan tersebut, maka kesimpulan makalah ini adalah:
1. Pembuatan ekstrak enzim papain dilakukan dengan cara mengisolasi bagian
buah pepaya dengan menentukan aktivitas enzim protease papain dengan cara
Kunitz termodifikasi dan metode yang digunakan untuk analisis aktivitas
enzim adalah metode spektrofotometri.
2. Teknik isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan dinding
sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik maupun
secara kimiawi.

B. Saran
Berdasarkan pembahasan tersebut, maka kesimpulan makalah ini adalah:
1. Perlu adanya kajian lebih mendalam mengenai efketivitas enzim protease
papain dari buah pepaya untuk isolasi DNA.

12

DAFTAR PUSTAKA
Abcam plc. 2009. Proteinase K protein (Active) (ab51501) On line at
www.abcam.com/index.html?pageconfig=catalog_byproducttype&intpro
ducttypeid=1 [accessed 05 Juni 2016].
A.G.Scientific.
2009.
Proteinase
K
[P1265].
On
line
at
www.agscintific.com/group/uq2fxfnfjgy30z23 [accessed 05 Juni 2016].
Aldrich, Inc. 2009. Proteinase K. On line at www.sigmaaldrich.com/lifescience/
metabolomics/enzyme-explorer/analytical-enzymes/protease-k.html
[accessed 05 Juni 2016].
Bioshop Canada Inc . 2009. Sodium Chlorida. On line at www.bioshop-canadainc.
com/showroom/product-list/catalog1.html [Accessed 05 Juni 2016].
Butler, J.M. 2005. Forensic DNA Typing, Elsevier Academic Press. SandiegoFlorida.
Champbell. 2004. Biologi Edisi Kelima Jilid III. Jakarta: Erlangga. Stansfield, W. D
dan S. L. Elrod., 2002. Schaums Outlines Teori dan Soal-Soal Genetika,
Edisi Keempat. Terjemahan Damaring Tyas W. dan A. Safitri. Jakarta:
Erlangga.
Geno Technology Inc. USA. 2009. Proteinase K. On line at
www.gbiosciencest.com/protease-k.aspx [accessed 05 Juni 2016].
Herdyastuti N. 2006. Isolasi dan Karakterisasi Ekstrak Kasar Enzim Bromelin dari
Batang Nanas (Ananas comusus L.merr). Berk. Penel. Hayati vol. 12:
7577.
Iswari RS & A Yuniastuti. 2006. Biokimia. Yogyakarta: Graha Ilmu.
Kurniawan K. 2008. Produksi, Identifikasi dan Karakterisasi Protease Ekstrasel dari
Bacillus subtilis M 10 (Skripsi) Semarang : Universitas Negeri Semarang.
Lehninger AL. 1982. Dasar-dasar Bioimia. Terjemahan Maggy Thenawijaya, 1993.
Jilid 1. Jakarta: Penerbit Erlangga.
Lewis, 2003. Human Genetics Cocepts And Aplication. Second Edition. WEB, USA.
P. 189-191.
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha
Muda.
Murni, 2008. Pemanfaatan Enzim Papain Sebagai Penggumpal Dalam Pembuatan.
Yogyakarta: AKPRIND.
Sulandri, Sri dan M. Syamsul Arifin Zein. 2003. Panduan Praktis Laboratorium
DNA Pusat Penelitian Biologi. Bogor: Lembaga Ilmu Pengetahuan
Indonesia.
Sumiyati. 2009. Modifikasi Metode Isolasi DNA Pisang dengan Teknik Kitchen
Preparation (Skripsi). Semarang : Universitas Negeri Semarang.
Supartono. 2004. Karakterisasi Enzim Protease Netral dari Buah Nenas Segar.
Jurnal MIPA Universitas Negeri Semarang 27 (2): 134-142.
Suryo. 2011. Genetika. Yogyakarta : Gadjah Mada University Press.
Thermo Fisher Scientific Inc. 2009. Proteinase K Ideal for isolating high quality
nucleic
acids.
On
line
at

13

www.piercenet.com/product/browse.cfm?fldid/020407 [accessed 04 Juni

2016].
Universitas Bangka Belitung [UBB]. 2009. Macam, Jenis, Manfaat dan Bahaya
Garam . On line at www.ubb.ac.id/menulengkap.php [Accessed 03 Juni
2016].
Winarno, F.G. 1982. Kimia Pangan dan Gizi. Jakarta: PT Gramedia.
Yuwono, dkk. 2005. Psikologi Industri dan Organisasi. Surabaya : Universitas
Airlangga.

14