CONTOH QSAR

Apa itu QSAR ?

HUBUNGAN KUANTATIF
STRUKTUR-AKTIVITAS
(QUANTITATIVE STRUCTUREACTIVITY RELATIONSHIP : QSAR)

Mengapa struktur molekul mempengaruhi

aktivitas biologisnya?

Suatu metode untuk menghubungkan

aktivitas biologis dengan unsur-unsur
struktural molekul (analisis Free-Wilson),
sifat fisikokimia molekul (analisis Hansch)
atau berbagai jenis medan pada molekul
(3D QSAR). Statistik sangat berperan.
Aktivitas biologis = f(transpor + ikatan) = - k1 (lipo)2 + k2 (lipo) + k3 (polar) + k4
(elek) + k5 (sterik) + k6

Yang diperlukan untuk studi QSAR

Sifat molekul dan parameter-parameternya

Parameter : suatu besaran yang

menggambarkan suatu sifat molekul

Semua analog yang mempunyai mekanisme

yang sama
Semua analog yang berikatan dengan cara yang
sama
Efek penggantian isosterik dapat diprediksi
Afinitas ikatan berkorelasi dengan energi
interaksi
Aktivitas biologis berkorelasi dengan afinitas
ikatan

Pendekatan QSAR

Parameter juga kadang disebut dengan deskriptor

DESKRIPTOR

Deskriptor biologis

Deskriptor intrinsik

Deskriptor fisikokimia

IC50, MIC, LD50,

ED50,EC50, dll

MW, MR, Luas

Permukaan

Log P, , , Es, EHOMO,

ELUMO, dll

Pendekatan Hansch (cukup populer)

Pendekatan Free-Wilson
Pendekatan mekanika kuantum
Pendekatan konektivitas molekul

Pendekatan Hansch
Aktivitas biologis = f (sifat fisika kimia molekul)

Log 1/C = a + b + c Es + d
Contoh : Aktivitas antiadrenergik N,N dimetil-bromofeniletilamin tersubtitusi meta-, para-, dan
meta,para-

Analisis Regresi
Menggambarkan hubungan antara :
variabel terikat yi (mengandung kesalahan
eksperimen) dan
variabel bebas xi (dapat ditentukan tanpa
kesalahan eksperimen)
Y = ax + b
Y = ax1 + bx2 + c

Periksa model regresi.

Koefisien korelasi r : Menyatakan derajat hubungan variabel terikat dengan

r2
F : Menyatakan kemaknaan hubungan dalam persamaan
t : Menunjukkan perbedaan koefisien regresi bila dibandingkan dengan

s : Menunjukkan variasi kesalahan dalam percobaan atau kualitas absolut

(satu variabel bebas)

(lebih dari satu variabel bebas)

Ungkapkan dengan grafik

variabel bebas

tabel t

persamaan

Contoh :
Log Rb = 5,816 + 2,342 ( 0,105) log P + 0,731 ( 0,0413) (log P)2 0,0361 ( 0,0190) +
0,195 ( 0,1762) Es
( n = 17 s = 0,126 r = 0,957 F4,12 = 10,9 ) derajat bebas = (n var) = (17 5) = 12
Rtab (12) pada = 0,05 = 0,532 ,korelasi persamaan diatas signifikan
Ftab (4,12) pada = 0,05 = 3,26, kurang 1 dari 20 kesempatan dalam hubungan
persamaan diatas adalah suatu kejadian kebetulan

Latihan QSAR/HKSA
Fenol-fenol mempunyai aktivitas sitotoksik
terhadap sel leukimia akibat kemampuannya
membentuk radikal bebas yang sangat aktif
setelah diinduksi oleh radikal bebas oksigen hasil
metabolisme sel leukimia.
Aktivitas senyawa fenolik bergantung pada
substituen yang terikat pada cincin aromatiknya.
Substituen ini dapat mempengaruhi sifat
elektronik dan sifat lipofilik senyawa fenol.

Pada latihan ini, hubungan sifat elektronik (energi HOMO dan

LUMO) dan sifat lipofilik (log P) 14 senyawa fenol yang
tersubtitusi pada posisi para- dengan aktivitas sitotoksiknya
dimodelkan dengan persamaan regresi multi linear menggunakan
pendekatan HKSA (QSAR) Hansch.

Model akan berbentuk :

Log 1/C = a log P + b EHOMO + c ELUMO + d
1/C

: logaritma kebalikan konsentrasi sitotoksik senyawa

fenol tersubtitusi

log P

: logaritma koefisen partisi oktanol/air

EHOMO, ELUMO : energi HOMO dan energi LUMO

a, b, c

: koefisien regresi

: konstanta atau intercept

Langkah-langkah
DATA
Aktivitas
biologis (log
1/C, log
1/EC50, log
1/LD50, log
1/MIC, dll)
dan struktur
senyawa

Model
molekul 2D

Model
molekul 3D

Hitung sifat
fisika kimia
model 3D

Analisis
regresi linear

Model
matematik

Interpretasi
model

Tabel Aktivitas turunan fenol terhadap sel leukimia

No.
Senyawa

Substituen (X)

log 1/C

log P

3,27

1,47

4-Me

3,85

1,94

4-C2H5

3,86

2,47

4-C3H7

4,04

3,00

4-C4H9

4,33

3,64

4-C5H11

4,47

4,06

4-C7H15

4,49

5,15

4-C8H17

4,62

5,68

4-C9H19

4,75

6,21

10

4-C(CH3)3

4,09

3,31

11

4-OH

4,59

0,59

12

4-OCH3

4,48

1,34

13

4-CHO

3,08

1,35

14

4-CN

3,11

1,70

Pemodelan 2D
Dikerjakan dengan program komputer ChemDraw 8.0
Langkah-langkah :
1. Buka program ChemDraw 8.0
2. Gunakan tool box disamping kiri kanvas untuk membuat struktur yang diinginkan
contoh, kita ingin membangun model fenol tersubstitusi metil pada posisi para-klik tanda benzene pada tool box, lalu klik kiri satu kali pada kanvas, terbentuk
struktur benzene
-klik tanda garis tunggal pada tool box, lalu arahkan kursor hingga muncul kotak
biru kecil pada karbon 1 benzene dan klik, akan muncul suatu ikatan
tunggal.
-klik tanda A pada tool box, arahkan kursor pada ujung garis yang telah dibuat
tadi hingga muncul tanda kotak biru kecil lalu klik, akan muncul kursor
berkedip. Tuliskan OH dalam huruf besar semua. Tekan tombol Enter.
-klik kembali tanda garis tunggal pada tool box, lalu arahkan kursor hingga muncul
tanda kotak kecil biru pada karbon 4 (posisi para-) dan klik, akan muncul
suatu ikatan tunggal.
-klik tanda A pada tool box, arahkan kursor pada ujung garis yan gtelah dibuat
sebelumnya hingga muncul tanda biru kecil lalu klik, akan muncul kursor
berkedip. Tuliskan CH3 dalam huruf besar semua. Tekan tombol Enter.
-terbentuk suatu struktur fenol yang tersubtitusi pada posisi para3. Simpan dalam format file .cdx
4. Ulangi langkah 2-3 untuk membuat model struktur yang lain pada tabel 1.

a Data disadur dari Thakur, Agarwal, Thakur dan Khadikar. 2004. QSAR
Study on phenolic activity: need of positive hydrophobic term (log P) in QSAR.
Bioorganic & Medicinal Chemistry 12:2287-2293.

Pemodelan 3D
Dikerjakan dengan program komputer Chem3D 8.0
Langkah-langkah :
1.
2.
3.
4.
5.

Buka program Chem3D 8.0

Buka file struktur yang telah kita buat sebelumnya
Simpan dalam format file .c3d
Minimalkan energi sterik struktur dengan metode MM2 pada program yang sama
Hitung energi HOMO dan LUMO struktur tersebut dengan MOPAC pada program
yang sama. Gunakan AM1 sebagai metode perhitungan.
6. Simpan struktur dengan meng-klik tanda disket pada toolbar
7. Ulangi langkah 2-6 untuk membuat model struktur yang lain pada tabel 1.

Analisis regresi multilinear

1. Susun data aktivitas dan data hasil perhitungan seperti tabel dibawah ini
log 1/C

EHOMO
(eV)

log P

ELUMO
(eV)

No. Senyawa

Substituen (X)

3,27

1,47

-9,490

0,052

4-Me

3,85

1,94

-9,310

0,035

4-C2H5

3,86

2,47

-9,336

0,047

4-C3H7

4,04

3,00

-9,296

0,066

4-C4H9

4,33

3,64

-9,293

0,067

4-C5H11

4,47

4,06

-9,296

0,067

4-C7H15

4,49

5,15

-9,296

0,067

4-C8H17

4,62

5,68

-9,298

0,063

-klik tulisan MM2 pada toolbar, lalu klik tulisan minimize energy, lalu klik OK. Tunggu hingga
perhitungan selesai.

4-C9H19

4,75

6,21

-9,296

0,066

10

4-C(CH3)3

4,09

3,31

-9,333

0,059

-klik tulisan MOPAC pada toolbar, lalu klik tulisan Compute Properties, pada kotak Properties tekan
dan tahan tombol Ctrl pada keyboard kemudian klik semua tulisan dalam kotak Properties. Lepas
tombol Ctrl.

11

4-OH

4,59

0,59

-9,055

-0,048

12

4-OCH3

4,48

1,34

-9,089

-0,053

13

4-CHO

3,08

1,35

-9,631

-0,539

-Cari tulisan General dan klik tulisan tersebut. Klik tombol Browse dan tentukan folder tempat
menyimpan hasil perhitungan. Klik tombol OK.

14

4-CN

3,11

1,70

-9,590

-0,470

contoh : model 3D 4-metil fenol dari struktur 2D-nya

-buka file 2D 4-metil fenol (format file :.cdx), lalu simpan dalam format .c3d.

-klik Run, tunggu hingga perhitungan selesai. Ditandai dengan tulisan yang tidak lagi bergerak pada
bagian bawah layar.
-klik tombol Save pada toolbar

Energi HOMO dan LUMO didapatkan dari file teks dengan ekstensi .log yang disimpan
pada saat perhitungan menggunakan MOPAC (lihat slide sebelumnya). File tersebut
ada pada folder tempat menyimpan hasil perhitungan MOPAC.

2. Masukkan satu persatu jenis substituen, data log P,

EHOMO dan ELUMO ke dalam program STATISTICA 6.0

4. Klik tombol Variables. Pilih log 1/C sebagai variabel dependen

dan log P, EHOMO, ELUMO sebagai variabel independen. Lalu klik
OK Untuk memilih lebih dari satu variabel, tekan dan tahan
tombol Ctrl pada keyboard sambil memilih variabel yang
diinginkan.

3. Cari tulisan Statistics pada toolbar, lalu klik. Pilih

Multiple Regression dan klik.

5. Cari tulisan Advanced pada kotak dialog yang terbuka, lalu klik. Klik
tulisan Summary:Regression result. Akan tampak nilai-nilai kriteria
statistik yaitu r (R), r2 (R2), F, dan s (Std. Error of estimate). Nilai
konstanta (Intercept) dan nilai-nilai koefisien log P, EHOMO dan ELUMO
tampak pada kolom ketiga dari kiri yaitu kolom B pada masing-masing
baris variabel tersebut. Kolom disebelah kolom B berisi nilai standar
deviasi intercept dan koefisien log P, EHOMO dan ELUMO.

6. Untuk melihat selisih antara log 1/C hasil eksperimen dengan

log 1/C hasil percobaan, klik tombol dengan tulisan Multiple
Regression yang berada di kiri bawah layar

8. Visualisasi prediksi log 1/C terhadap log 1/C eksperimen. Klik tombol
bertuliskan Residual Analysis pada kiri bawah layar. Pad jendela yang
muncul, cari tulisan Scatterplots dan klik. Kemudian klik tombol bertuliskan
Predicted vs observed, hingga muncul grafik seperti gambar paling dibawah

7. Akan muncul jendela seperti di bawah ini. Klik tombol Summary:Residuals &
predicted. Catat nilai-nilai pada kolom yang ditunjukkan dengan anak panah. Anak
panah pertama adalah nilai log 1/C eksperimen sedangkan panah kedua menunjukkan
nilai log 1/C hasil perhitungan menggunakan regresi multilinear dan panah ketiga
menunjukkan selisih keduanya

9. Untuk menyimpan grafik, klik kanan dan pilih Save

Graph, muncul kotak dialog yang menanyakan lokasi
penyimpanan, pilih lokasi penyimpanan, beri nama file,
pada kotak Save as type pilih .JPEG Files, klik Save

Sajikan model regresi linear beserta kriteria statistik (r, r2, F dan s) beserta tabel
berisi log 1/C eksperimen, log 1/C prediksi beserta selisih keduanya, juga grafik
plot log 1/C prediksi terhadap log 1/C eksperimen.
Contoh, dari Tabel 1 ditemukan hubungan antara log 1/C eksperimen dengan
log P, EHOMO dan ELUMO dalam persamaan :
Log 1/C = 0,18 ( 0,014877) log P + 3,22446 ( 0,188874) EHOMO - 0,44520 ( 0,167157) ELUMO + 33,57566 ( 1,744530)
n = 14 r = 0,99262899
r2 = 0,98531232
SD = 0,07894
F(3,10) = 223,61

Senyawa
No
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

Substituen (X)
H
4-Me
4-C2H5
4-C3H7
4-C4H9
4-C5H11
4-C7H15
4-C8H17
4-C9H19
4-C(CH3)3
4-OH
4-OCH3
4-CHO
4-CN

log 1/C
obs
3,27
3,85
3,86
4,04
4,33
4,47
4,49
4,62
4,75
4,09
4,59
4,48
3,08
3,11

log 1/C
hitung
3.228837
3.905211
3.915720
4.135928
4.265534
4.334858
4.539876
4.634896
4.739697
4.078047
4.510479
4.544141
3.014730
3.182045

Selisih
0.041163
-0.055211
-0.055720
-0.095928
0.064466
0.135142
-0.049877
-0.014896
0.010303
0.011953
0.079521
-0.064141
0.065270
-0.072046

Interpretasi model

Log 1/C = 0,18 ( 0,014877) log P + 3,22446 ( 0,188874) EHOMO - 0,44520

( 0,167157) ELUMO + 33,57566 ( 1,744530)
n = 14

r = 0,99262899

r2 = 0,98531232

SD = 0,07894

F(3,10) = 223,61

Dari model di atas dapat diinterpretasikan hah-hal sebagai berikut:

1. Aktivitas sitotoksik senyawa turunan fenol tersubstitusi-paramempunyai hubungan bermakna dengan log P, energi HOMO dan
energi LUMO.
2. Semakin besar log P atau semakin hidrofobik senyawa turunan fenol
tersebut maka aktivitas sitotoksik terhadap sel leukimia semakin tinggi.
3. Energi HOMO berkaitan dengan sifat mendonorkan elektron suatu
senyawa, energi HOMO yang tinggi berarti kemampuan mendonorkan
elektron semakin besar. Sedangkan energi LUMO berkaitan dengan
kemampuan menerima elektron suatu senyawa, energi LUMO yang
semakin rendah menyebabkan hambatan untuk menerima elektrn
semakin rendah. Dari persamaan diatas, aktivitas akan meningkat bila
energi HOMO semakin tinggi dan energi LUMO semakin rendah.

TERIMA KASIH