MAKALAH

BIOKIMIA

TENTANG

METABOLISME ASAM NUKLEAT

Disusun Oleh :
HANDES SETIAWAN (10010114)
SEFNI SUHERTI (10010091)
YETRI YENTI (10010093)
YULIA NOVA SARI (10010108)
ZAKI AHMADI (10010090)

DOSEN PEMBIMBING : MELIYA WATI, S.Si

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

SEKOLAH TINGGI KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
(STKIP) PGRI SUMATERA BARAT
PADANG
2011
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kita sampaikan kehadirat Allah SWT, yang telah

melimpahkan rahmad dan karuniaNya berupa nikmat dan kesehatan, iman dan
ilmu pengetahuan.

Ringkasan makalah ini bertujuan untuk melengkapi tugas mahasiswa

dalam pemahaman tentang proses dari METABOLISME ASAM NUKLEAT.
Kami sepenuhnya menyadari bahwa masih banyak kekurangan dan kesalahan
dalam menyusun makalah ini, maka dari itu kritik dan saran yang bersifat
konstruktif sangat kami harapkan demi kesempurnaan makalah ini.

Kami mengucapkan terima kasih kepada Ibu atas ide dan saranya, serta
menilai dan memeriksa makalah ini. Akhirnya saya mengharapkan semoga
makalah ini mendapatkan keridhaan dari Allah SWT, dan dapat memberikan
manfaat bagi saya sendiri dan kepada semua pembaca. Amin

Padang, 19 Juni 2011

Penulis
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam
organisme, termasuk yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolisme
memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik. Sedangkan untuk katabolisme
itu sendiri yaitu reaksi yang mengurai molekul senyawa organik untuk
mendapatkan energi. Dan anabolisme merupakan reaksi yang merangkai
senyawa organik dari molekul-molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.
Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali
diterbitkan oleh Santorio pada tahun 1614 di dalam bukunya, Ars de statica
medecina yang membuatnya terkenal di Eropa. Dia mendeskripsikan rangkaian
percobaan yang dilakukannya, yang melibatkan penimbangan dirinya sendiri
pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah timbangan besar sebelum dan
sesudah makan, tidur, bekerja, berpuasa makan atau minum, dan buang air
besar. Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya
hilang dari tubuh melalui perspiratio insensibilis (mungkin dapat
diterjemahkan sebagai keringatan yang tidak tampak). Secara umum,
metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi kimia organik yaitu:
1. Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa molekul organik untuk
mendapatkan energy.
2. Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-
molekul tertentu, untuk diserap oleh sel tubuh.
 Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap
organisme untuk dapat bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan
oleh suatu senyawa yang disebut sebagai hormon, dan dipercepat (dikatalisis)
oleh enzim. Pada senyawa organik, penentu arah reaksi kimia disebut promoter
dan penentu mempercepatan reaksi kimia disebut katalis.
Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N).
Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat
(DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel
hidup serta pada virus.
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam
inti (nukleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer
penyusunnya adalah nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen,
yaitu sebuah basa nitrogen heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula
pentosa, dan sebuah gugus fosfat. Jenis asam nukleat dibedakan oleh jenis gula
yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut (misalnya, DNA atau asam
deoksiribonukleat mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu, basa nitrogen yang
ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan: adenin,
sitosin, dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timin
dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada
RNA.
Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang
tersusun dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat,
satu gugus pentosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun
dari ikatan berselang-seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan
gugus pentosa dari nukleotida yang lain.
Metabolisme meliputi proses sintesis dan proses penguraian senyawa
atau komponen dalam sel hidup. Proses sintesis itu disebut anabolisme dan
proses penguraian disebut katabolisme. Semua reaksi metabolism dikatalisis
oleh enzim, termasuk reaksi yang sederhana seperti penguraian asamkarbonat
menjadi air dan karbondioksida, proses pemasukan dan pengeluaran zat kimia
dari dan ke dalam sel melalui membran proses biosintesis protein yang panjang
dan rumit atau pun proses penguraian bahan makanan dalam sistem pencernaan
mulai dari mulut, lambung, usus, dan penyerapan hasil penguraian tersebut
melalui dinding usus, serta penyerapannya keseluruh bagian tubuh yang
memerlukannya, begitu juga dengan proses sintesis dan penguraian berlangsung
dalam berbagai jalur metabolisme.

1.2 Tujuan Makalah ini

Adapun tujuan pembuatan makalah ini untuk mengetahui proses
metabolisme dan katabolisme protein dan asam nukleat dalam tubuh
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Metabolisme Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang
peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya
tersimpan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga
polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai
monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua
macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid
(DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari
strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama
terletak pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah
ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom
O pada posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa.

Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-
nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa
cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan
menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua
buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin
(monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan
guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA.
Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA
tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan
urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin
dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.
2.2 Komponen-komponen asam nukleat
a). gugus fosfat
b). gula pentosa
c). basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas,

hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya
memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat merupakan
penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat
dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan
basanya saja.

Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-

monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus
fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap
nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat.
Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida
dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin
trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus
fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.
 Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara
DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua
organisme hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan
basa nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun
dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon.
Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti),
monomer yang menyusun protein. Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih
lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang
mendukung atas teori 'dunia RNA', yang menyatakan bahwa pada awal proses
evolusi, RNA merupakan bahan genetik universal sebelum organisme hidup
memakai DNA.

2.3 Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat

Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam
nukleat. Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam,
pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.

a. Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktur sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi
stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan.
Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-
pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa
dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan
hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat,
tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa. Penentu stabilitas
struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan (stacking interactions)
antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang bersifat hidrofobik
menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa
sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

b. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu
lebih dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer,
hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga
asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.

c. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan
menyebabkan perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat
karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini
akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada
akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula
pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap
hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C
nomor 2 di dalam gula ribosanya.

d. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi
asam nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi,
senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas
struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami
denaturasi.

e. Viskositas
 DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat
tinggi karena diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapi
beberapa sentimeter. Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis
 memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif kaku
sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya
itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini
menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA
yang utuh.

f. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan
kerapatan apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung
garam pekat dengan berat molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M,
DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni sekitar
1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat tinggi,
maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan
membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi
menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal
sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density
gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada
di dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan
baik dari RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna
untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan
fungsi linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G +
C).
Nukleosida dan nukleotida
Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan
tanda aksen (1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan
penomoran posisi pada cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan
posisi 9 (N-9) pada basa purin atau posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui
ikatan glikosidik atau glikosilik. Kompleks gula-basa ini dinamakan
nukleosida. Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari
monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah
gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap
nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat.
Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida
dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin
trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus
fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, , dan uridin sitidin. Begitu
pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat,
guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu,
jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.
 Hampir semua organisme mampu mensintesis nukleotida dr prekursor
yg lebih sederhana, jalur de novo untuk nukleotida, mirip utk setiap organism.
Nukleotida juga dapat disintesis dari hasil pemecahan nukleotida yang telah
adasalvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin dari
sel yang mati (regenerasi) atau dari makanan.

2.4 Degradasi nukleotida

Di dalam usus halus tjd pemutusan ikatan fosfodiester oleh
endonuklease (pankreas) oligonukleotida. Dipecah lebih lanjut dg
fosfodiesterase (ensim exonuclease non spesifik) menjadi monofosfat. Dipecah
lbh lanjut fosfomonoesterase dikenal sebagai nukleotidase menghasilkan
nukleosida and orthophosphate. Nucleosida phosphorylase menghasilkan
basa dan and ribose-1-phosphate. Jika basa atau nukleosida tidak digunakan
kembali utk salvage pathways, basa akan lebih lanjut didegradasi menjadi asam
urat (purin), ureidopropionat (pyrimidine).
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
1. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang kompleks, berbobot
molekul tinggi,
2. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara
DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku
untuk semua organisme hidup.
3. Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, , dan uridin sitidin.
4. Antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas,
hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi.
5. Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara
DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku
untuk semua organisme hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi
 sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses
transkripsi.
6. Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa
N-nya. Basa N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai
struktur berupa cincin aromatik heterosiklik (mengandung C dan N)
dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan
pirimidin.
7. Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam
organisme, termasuk yang terjadi di tingkat selular.

DAFTAR PUSTAKA

Poejiadi, Anna dan Titin Supriyanti.2007.Dasar-Dasar

biokimia.Jakarta.UI-Press

Srikini, dkk.2008.Biologi SMA Jilid II.Jakarta.Erlangga

http://