METABOLISME

SEKUNDER
MIKROORGANISME

Marlia Singgih Wibowo

School of Pharmacy ITB
Pertanyaan tentang
Metabolisme sekunder
Apa bedanya dengan metabolisme primer?
Apa karakteristik metabolit sekunder?
Apa manfaat metabolit sekunder bagi
mikroorganisme? Dan apa manfaatnya bagi
manusia?
Bagaimana jalur biosintesis metabolit
sekunder?
Bagaimana memanipulasi biosintesis
metabolit sekunder?
Metabolit sekunder dikelompokkan
berdasarkan :

Struktur kimianya (misalnya : golongan

senyawa nitrogen siklik, senyawa beta-
laktam, dll.)
Jenis produsennya (misalnya : mikotoksin,
bakteriotoksin, dll.)
Aktivitasnya (antibiotik, imunosupresan, dll.)
Jalur biosintesis metabolit sekunder
Jalur biosintesis sederhana, dengan 1 produk
P (sebagai produk akhir)

A B C P

Kadar P merupakan feedback inhibition

 Jalur biosintesis bercabang, baik produk P1 dan
P2 masing-masing atau bersama-sama
mempengaruhi perubahan C menjadi D dan E

D P1
A B C

E P2
 Jalur biosintesis bercabang, dengan multivalen
feedback. Baik produk P1 dan P2 bersama-sama
mempengaruhi perubahan A menjadi B, dan secara
masing-masing mempengaruhi perubahan C menjadi D
dan E
D P1
A B C

E P2
Keragaman dalam metabolisme
sekunder
Lebih dari 50 keragaman dapat terjadi dari
satu senyawa induk yang diproduksi oleh
suatu mikroorganisme
Senyawa yang semula diduga satu ternyata
dapat merupakan campuran beberapa
senyawa yang sangat berdekatan
strukturnya, mungkin hanya berbeda satu
atau lebih gugus rantai sampingnya, dll.
Contoh : antrakinon (anthraquinone) dapat
dibuat dari endokrosin (endocrocin)
 Me
Viocristin Me O OH
OH OH O

MeO Me
H O O
OH
OH
Isoviocristin

Rubrocristin
Kelompok senyawa khusus dan senyawa
antara dalam metabolisme sekunder
Dalam metabolisme sekunder, sejumlah
gugus fungsi kimia, senyawa antara dan
beberapa senyawa khusus terbentuk di luar
jalur metabolisme primer (tidak terbentuk
pada jalur metabolisme primer)
Oleh karena itu metabolisme sekunder tidak
seluruhnya menggambarkan gabungan unit2
struktur dari metabolisme primer
Metabolit sekunder dengan ikatan Klor
dan Brom
Klor (Cl) atau Brom (Br) terikat secara
kovalen
Contoh : Kloramfenikol, Griseofulvin, Klor-
tetrasiklin, pirolnitrin, dan lain-lain
Untuk mempelajari biosintesisnya, digunakan
Klorin radioaktif yang ditambahkan ke dalam
medium pertumbuhan mikroorganisme
penghasil metabolit tersebut, selanjutnya
metabolit bertanda dapat dianalisis
Senyawa-senyawa yang mengandung
nitrogen tak lazim
Beberapa senyawa metabolit sekunder
mengandung gugus nitrogen yang tidak
lazim, misalnya nitro, nitroso, siano, diazo,
nitrilo, isonitrilo, gugus asam hidroksamat,
dan lain-lain
Contoh : Azaserin, alazopeptin, borrelidin,
toyocamisin, alanosin, xantosilin, isonitrin A,
ferioksamin, dll.
Senyawa-senyawa yang mengandung
Fosfor
Senyawa penting yang mengandung fosfor dalam
metabolisme primer misalnya ester2 asam fosfat,
sedangkan pada metabolisme sekunder yang lebih
berperan adalah senyawa fosfor seperti fosfonat,
fosfinat, fosfonamidat
Contoh : Fosfonomisin, plumbemisin B, fosforamidon
Namun metabolit sekunder yg mengandung fosfor ini
jumlahnya sedikit, kemungkinan disebabkan karena
senyawa ester asam fosfat mudah terurai sehingga
sukar dideteksi
Senyawa Organometal
Senyawa metabolit sekunder yang
mengandung logam, kebanyakan senyawa
kompleks Fe (iron)
Contoh ferioksamin, ferikrosin, coprogen,
ferroverdin (dengan fe bivalen), ferimisin A,
dll.
Logam lain misalnya magnesium
(magnesidin), tembaga (bleomisin, pleomisin)
Metabolit sekunder lain
Yang mengandung Boron : boromisin,
aplasmomisin
Yang mengandung asam amino yang tidak
lazim : alanosin, azaserin, asam
diaminosuksinat, Rhizobitoksin, dll
Fungsi metabolit sekunder
Derailed Primary Metabolism
Biochemical Appendices
Waste products, shaving from an imperfectly
functioning intermediate metabolism
Product of detoxification mechanisms
Results of an inhibited growth
A Playing field of biochemical evolution
Sistem biologi suatu mikroorganisme memiliki 5
level penting dalam perkembangannya :
Metabolisme intermediate
Regulasi metabolisme intermediate
Transport substrat dan metabolit
Diferensiasi
Morfogenesis

Pada tahap2 inilah metabolit sekunder dapat dibentuk

Klasifikasi metabolit sekunder berdasarkan
senyawa asal dan komponen struktur
Sugars Asam nukleat,
polisakarida, Turunan dari gula :
glikosida glikosida,
Glikolisis Siklus P-P oligosakarida,
aminoglikosida
Jalur
Fosfoenolpiruvat asam
sikimat aa aromatik
aa yg tak lazim,
Protein oligopeptida,
alkaloid
aa alifatik
Piruvat
Asetil CoA Malonil CoA Poliketida
Asam lemak
Siklus TCA Asetoasetil CoA
Isoprenoid
Skualen
Jalur metabolisme sekunder pada fungi
Monosakarida
Gula alkohol,
disakarida,
Aa aromatik Energi polisakarida
cadangan
Metabolit sekunder Senyawa 3 C
Metabolit sekunder

Metabolit sekunder Piruvat

Karotenoid,
Malonil CoA Asetil CoA Mevalonat sterol, met.2nd

Asam
Siklus TCA Asam organik,
lemak
asam amino
Metaboilit
sekunder
Energi
POLIKETIDA
Merupakan senyawa poli (asam -keto)
Subunit poliketida dapat berupa :
-CH2CO- asetat
-CHMeCO- propionat
-CHEtCO- butirat
Jika terjadi reaksi reduksi pada saat
perpanjangan rantai asetat, maka akan
terbentuk asam lemak
 Cara perpanjangan rantai asetat :

XS-CO-R & CH2-CO2-COSX

XSH + R-CO-CH2-COSX + CO2

Variasi poliketida yang mungkin
terjadi
Variasi 1 : sejumlah unit berikatan membentuk suatu
rantai yg terdiri dari 4 unit atau lebih. Paling besar :
19 unit
Variasi 2 : terjadi reduksi pada rantai, membentuk
asam lemak, lalu dapat terjadi siklisasi
Variasi 3 : terjadi dehidrasi pada rantai yg tereduksi,
lalu terjadi aromatisasi
Variasi 4 : masuknya unit lain selain asetat, misalnya
propionat atau butirat
Variasi 5 : terjadi siklisasi, melalui pembentukan
lakton
 Variasi 6 : penambahan gugus fungsi Oksigen
Variasi 7 : penambahan gugus C-metil dan O-metil
Variasi 8 : modifikasi rantai berlanjut, misalnya
dekarboksilasi pada ujung karboksi
Variasi 9 : penambahan atom Cl atau Br
Variasi 10 : Kombinasi dengan moiety poliketida lain
Variasi 11 : terjadi dimerisasi
ASAM AMINO sebagai struktur inti
Metabolit sekunder poliketida biasanya
berwarna, sedangkan yang mengandung
asam amino biasanya tidak berwarna
Beberapa memiliki sifat antibiotik
Pengelompokan :
asam amino yg tak lazim
transformasi dari satu asam amino
sintesis dari beberapa asam amino
sintesis non-ribosom
ikatan dengan polipeptida lain
 Biosintesis penisilin dan sefalosporin
L--aminoadipic acid L-cysteine
L-valine
3 prekursor asam
-(L--aminoadipyl)-L-cystein amino:

-(L--aminoadipyl)-L-cystein-D-valine
L-valine, L-cystein,
L--aminoadipat
Siklisasi 2 tahap

Isopenicilin N
C.Acremoneum, Streptomyces sp. Penicillium chrysogenum

Penicilin N Penicilin G

Deacetoxycephalosporin C

Deacetylcephalosporin C

Cephalosporin C
Regulasi biosintesis penisilin oleh L-lysine
pada Penicillium chrysogenum
-ketoglutarat + asetil CoA

Homositrat

Feedback -ketoadipat
inhibition

-aminoadipat

Adenil AA-semialdehid L-AA-cys-val

Saccharopine Isopenisilin N
Prekursor
L-lysine Penisilin G