LAPORAN RESMI

PRAKTIKUM BIOKIMIA

PERCOBAAN 1

ISOLASI DAN KARAKTERISASI DNA

Disusun oleh: Kelompok 1

Monica Puspita Sari 24030115120004

Asisten : Nikhayatul Qibtiyah 24030114120054

DEPARTEMEN KIMIA

FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA

UNIVERSITAS DIPONEGORO

SEMARANG
2017
 ABSTRAK

Percobaan isolasi dan karakterisasi DNA bertujuan untuk memperoleh dan

menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA. Metode yang digunakan
dalam percobaan ini adalah sentrifugasi, yaitu proses pemisahan yang didasarkan
pada pengendapan dengan cara sentrifugal/ perputaran. Prinsip dalam percobaan ini
adalah perusakan sel ekstrak secara mekanik dan kimiawi agar terjadi pemecahan sel
dan karakterisasi dengan pengamatan kelarutan. Sampel yang digunakan dalam
percobaan ini adalah alpukat dan apel. Hasil isolasi DNA adalah pada sampel alpukat,
terbentuk DNA yang berupa serat-serat halus dan licin dimana DNA hasil
sentrifugasi manual lebih banyak dari DNA hasil sentrifugasi instrument, yaitu DNA
hasil sentrifugasi manual sebanyak 0,45 gram dan DNA hasil sentrifugasi instrument
sebanyak 0,34 gram, sedangkan pada sampel apel terbentuk DNA sangat sedikit.
Hasil uji karakteristik DNA alpukat melalui pengamatan kelarutan dengan variasi
pelarut adalah DNA dapat larut dalam aquadest, sedikit larut dalam ethanol, tetapi
tidak dapat larut dalam kloroform, eter, dan heksana.

Kata Kunci : Sentrifugasi, Isolasi DNA, Kelarutan

 LEMBAR PENGESAHAN

Semarang, 02 November 2017

Praktikan I, Praktikan II,

Agricia Pangestika.S. Monica Puspita S.

24030115120003 24030115120004

Praktikan III, Praktikan IV,

Hendriyanto Umi Fadilah

24030115120005 24030115120006

Praktikan V,

Dwi Komala S.

24030115120007

Mengetahui,

Asisten,

Nikhayyatul Qibtiyah

24030114120054
IV. DATA PENGAMATAN
No Perlakuan Hasil Ket
1 Isolasi DNA dengan metode sederhana
- Pelarutan 1 mL detergen pada aquades - Terbentuk larutan berwarna
hingga volume 10 mL, pengadukan selama pink bening
15 menit
- 100 gram sampel + 10 gram nanas + - Terbentuk ekstrak jus sampel

akuades + NaCl, pemblenderan

- Sampel alpukat: terbentuk
- Pencampuran 4 ml jus sampel dengan 4 ml
larutan berwarna hijau
larutan detergen, pengadukan selama 10
kecoklatan, sampel apel:
menit hingga campuran homogen
terbentuk larutan berwarna

- Sentrifugasi campuran kecoklatan

- Pada kedua sampel terbentuk
2 lapisan, yaitu filtrat dan
endapan berwarna keruh
- Penyaringan endapan
kecoklatan
- Penambahan 9 ml etanol 96% dingin
- Filtrat berwarna keruh coklat
- Larutan berwarna coklat
- Pengamatan proses timbulnya DNA
bening
- Sampel alpukat:
Sentrifugasi instrumen:
terbentuk DNA yang
mengendap, dan perlahan ke
permukaan
Sentrugasi manual:
terbentuk banyak DNA
yang mengendap, dan
perlahan ke permukaan,
lebih banyak dari sentrugasi
instrumen
- Pemisahan DNA dari larutan Sampel apel: terbentuk
DNA sangat sedikit
 - DNA berupa serat-serat
halus yang licin
2. Karakterisasi DNA
- Penimbangan berat pellet DNA
- DNA alpukat
Sentrifugasi instrumen: 0,34
gram
Sentrifugasi manual: 0,45
gram
- Pelarutan pellet DNA dalam pelarut
- DNA larut dalam akuades,
akuades, etanol, eter, heksana, dan
sedikit larut dalam ethanol,
kloroform
dan tidak larut dalam
kloroform, ether, dan
heksana
V. Pembahasan

Pada percobaan yang berjudul Isolasi dan Karakterisasi DNA bertujuan untuk
memperoleh dan menentukan sifat-sifat (karakter) umum molekul DNA. Sampel yang
digunakan adalah buah avocado dan apel. Prinsip dari percobaan ini adalah perusakan
sel ekstrak dari buah avocado maupun apel secara mekanik dan kimiawi agar terjadi
pemecahan sel dan karakterisasi dengan pengamatan kelarutan, dan terjadinya
denaturasi (perubahan atau modifikasi terhadap struktur sekunder, tersier, dan
kuarterner molekul protein tanpa terjadinya pemecahan ikatanikatan kovalen) dan
renaturasi (proses pembentukan kembali struktur untai ganda dari keadaan
terdenaturasi) dengan penambahan sabun. Metode yang digunakan adalah metode
ekstrasi secara fisik dan kimia. DNA merupakan master molekul (molekul utama) yang
mengandung semua informasi genetic yang dibutuhkan untuk proses metabolisme
dalam setiap organisme, dimana DNA berperan dalam menentukan penampilan fisik,
kerentanan terhadap penyakit (Hart, 1963). Asam Nukleat merupakan makromolekul
yang tersusun dari polimer nukleotida. polimer yang terdiri dari molekul-molekul
deoksiribosanukleat yang terikat satu dengan yang lain, sehingga membentuk rantai
polinukleotida yang panjang. Asam nukleat memiliki fungsi utama dalam tubuh yaitu
antara lain sebagai materi genetik dan juga koenzim. Asam nukleat yang berperan
sebagai materi genetik adalah DNA dan RNA. Sedangkan yang berperan sebagai
koenzim antara lain adalah adalah ATP atau Adenosine Triphospate, NAD atau
Nicotinamide-adenine Dinucleotide, dan lain-lain. DNA berbentuk rantai ganda heliks
dan mengandung tiga komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan
phosphat yang membentuk suatu nukleotida (Hart, 1963). Basa pirimidin utama dalam
DNA yaitu sitosin (C) dan timin (T), dan dua basa urin utama yaitu adenine (A) dan
guanin (G). RNA juga mengandung dua pirimidin utama sitosin (C) dan urasil (U), dan
dua basa purin, adenine (A) dan guanine (G) (Poedjiadi, 2005). Adenine dapat
membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin, sedangkan pada guanin dapat
membentuk tiga ikatan hidrogen dengan sitosin.
Struktur sebagian dari molekul DNA adalah sebagai berikut :
NH2

5' N
N
Adenin

O N N
5' NH2
O P O CH2 H
O
4'H H 1' NH
OH 3' 2'
3' Sitosin
H H
O H H N O
5' O
O P O CH2
O
N
OH H H NH Guanin
3'
5' H
H H
O H N N O NH 2
5'
O P O CH2 H3 C
O
NH
OH H H
3'
Tim in
H H
O H H N O
5'
O P O CH2
O
4' H H
O- 3' 2'
1'

H H
OH H

(Mahmud, 2006)

6.1. Isolasi DNA dengan metode sederhana

Tujuan dari percobaan ini adalah untuk memperoleh DNA dari buah avocado
dan apel mengetahui pengaruh sabun pada perolehan DNA yang dihasilkan dalam
proses isolasi. Prinsip dari percobaan ini yaitu pemecahan membran sel dengan
pemblenderan dan penambahan sabun sehingga DNA dapat dikeluarkan dari dalam sel.
Sabun yang digunakan pada percobaan ini yaitu sabun cair. Isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: Pembuatan detergen, preparasi ekstrak
sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel, dan presipitasi DNA. Isolasi DNA dapat
dilakukan dengan beberapa cara tetapi setiap jenis tumbuhan akan memberikan hasil
yang berbeda. Hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA.
 Sampel yang digunakan pada percobaan ini yaitu buah avocado dan apel.
Perbedaan diantara keduanya adalah avocado merupakan buah dengan kadar air rendah
sedangkan apel merupakan buah dengan kadar air tinggi. Sehingga buah dengan kadar
air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan dengan buah
berkadar air rendah (kaya serat). Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di
dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan
sedikit. Pada proses pemblenderan sebaiknya tidak menggunakan banyak aquades agar
DNA yang terpresipitasi bisa lebih banyak dan tidak terlalu encer, karena sel yang lisis
di dalam air tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih
kental (Anonim,2005). Namun, masalah pengaruh keenceran terhadap hasil isolasi
DNA dapat diatasi dengan pengurangan jumlah Akuades yang digunakan sehingga
walaupun sumber DNA yang digunakan adalah buah dengan kadar air tinggi, tetap
dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental. Pada percobaan ini, sampel yang digunakan
ialah apel dimana ia memiliki kandungan air yang cukup banyak sehingga DNA yang
terpresipitasi lebih sedikit. Sedangkan untuk sampel avocado dimana memiliki
kandungan air yang tidak terlalu banyak sehingga kemungkinan DNA yang
terpresipitasi lumayan banyak dibandingkan sampel pada apel. Commented [A1]: Kemarin banyak ya? :D
Commented [U2]: Gak banyak tapi lumayan
Tahap pertama yang dilakukan adalah pembuatan larutan detergen dengan 1ml
sabun cair yang dilarutkan dalam aquades dimana ini berfungsi sebagai penyebab
kerusakan membran sel pada dinding sel.

Tahap kedua dari isolasi DNA yaitu pengeluaran DNA dari sel dengan jalan
merusak dinding dan membran sel dan juga membran inti. Pengrusakan dapat
dilakukan dengan cara mekanik atau cara kimiawi. Cara mekanik adalah dengan
pemblenderan sedangkan cara kimiawi adalah dengan menambahkan senyawa kimia,
misalnya sabun yakni seperti detergen.

Pemblenderan buah avocado maupun apel dan nanas bertujuan untuk merusak
membran dan dinding sel sehingga DNA dapat dikeluarkan. Pemblenderan ini
dilakukan dengan menambahkan sedikit aquades yang berfungsi untuk mempermudah
pemblenderan. Penambahan aquades tidak dalam jumlah banyak karena apabila larutan
terlalu encer maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Hal ini disebabkan
sel yang lisis di dalam air akan lebih sedikit jika dibanding dengan larutan kental.
Penambahan garam dapur pada saat pemblenderan bertujuan untuk terjadinya proses
salting out (Proses pengendapan kerena kelarutan berkurang yang diakibatkan oleh
penambahan garam berlebih). Garam dapur (NaCl) mengandung ion Na+ sehingga
mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Dimana saat
ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan terkumpul
(Yulianti, 2006). DNA memiliki tegangan permukaan negatif karena adanya struktur
phospate pada backbone-nya. Jika tegangan permukaan DNA tidak dinetralkan maka
konsekuensinya adalah DNA tidak bisa teragregasi sehingga menyulitkan kita untuk
melihatnya. Pada pengendapan DNA ini garam akan berikatan dengan gugus phosphat
dalam DNA hal itulah yang menyebabkan DNA menjadi berkumpul. Penambahan
garam juga menyebabkan protein dan karbohidrat terpresipitasi ke dalam larutan yang
kemudian tersaring pada proses penyaringan. Garam dapur juga berfungsi untuk
mengurangi kadar air dalam sampel sehingga sel tersebut kekurangan air dan dinding
sel menjadi pecah. Dilakukan penambahan buah nanas karena buah tersebut
mengandung bromealin yaitu enzim proteinase yang berfungsi untuk menghilangkan
protein dan RNA (Devi dan Isnawati, 2009). enzim proteinase berfungsi untuk
mencegah enzim DNAse yang akan berikatan dengan DNA dan mendegradasi DNA
dengan cara menghancurkan enzim DNAse, enzim bromalin juga berfungsi untuk
menghidrolisis ikatan peptida pada protein atau polipeptida menjadi molekul yang
lebih kecil yaitu asam amino , sehingga DNA tidak dapat terlihat lagi . enzim proteolitik
atau protease yaitu enzim yang mengkatalisasi penguraian protein menjadi asam amino
dengan membangun blok melalui reaksi hidrolisis. Hidrolisis (hidro = air; lysis =
mengendurkan atau gangguan/uraian) adalah penguraian dari molekul besar menjadi
unit yang lebih kecil dengan kombinasi air. Dalam pencernaan protein, ikatan peptide
terputus dengan penyisipan komponen air, -H dan -OH, pada rantai akhir. Enzim
bromelin merupakan suatu enzim endopeptidase yang mempunyai gugus sulfhidril (-
SH) pada lokasi aktif (Whitten, 2002).
Sampel kemudian ditambah dengan larutan sabun dan dilakukan pengadukan.
Proses pengadukan ini bertujuan untuk membuat larutan menjadi homogen serta
mempercepat reaksi dimana akan terjadi proses tumbukan antar molekul yang
kemudian mengakibatkan energi aktivasi turun dan reaksi berjalan dengan cepat.
Penambahan sabun dapat merusak membran dan dinding sel buah pepeya memalui
ikatan yang dibentuk pada sisi hidrofobik (non polar) sabun dengan protein dan lipid
pada membran sel (hidrofobik dan hidrofilik) yang membentuk senyawa lipid-protein-
sabun kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki
ujung hidrofilik dan hidrofobik (Mardianingsih,2013). Pada dasarnya sabun berfungsi
untuk mengikat lemak (lipid). Hal ini disebabkan karena dinding sel terbuat dari lipid,
sehingga ketika molekul dari sabun yang sudah diencerkan menempel ke dinding sel,
maka lipid pada dinding sel akan terikat dan berangsur-angsur dinding sel akan terbuka
dan memungkinkan kita untuk mengekstrak DNA. Sabun mengandung sodium dodesil
sulfet (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel
sehingga struktur membran akan rusak dan menglisiskan isi sel. Sabun dapat
menyebabkan kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel dan
juga menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel kareana sabun
mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfate yang memiliki fungsi yang sama
dengan dudesil sulfat. Sabun mempunyai ujung yang berbeda yaitu hidrofilik dan
hidrofobik sehingga dapat membentuk ikatan antara air dan enzim. Pengadukan
bertujuan untuk mempercepat proses pengrusakan membran sel, membran inti dan
dinding sel oleh sabun.
Selanjutnya dilakukan sentrifugal secara manual dan dengan alat sentrifugal
selama 10 menit yang bertujuan untuk memisahkan endapan dan filtrat dari ekstrak Commented [A3]: Kenapa hrus dipisahkan?

kasar. Fungsi pemisahan ini adalah untuk mendapatkan DNA yang berupa benang Commented [U4]: Sudah mbak

berwarna putih. Adapun prinsip dari sentrifugasi adalah proses pemurnian protein
yang didasarkan pada pengendapan dengan cara sentrifugal/ perputaran( Murray,
2009).

Kemudian didapat hasil setelah sentrifugasi yang berupa filtrat dan endapan
kemudian filtrat, dimana pada sentrifugasi manual menghasilkan filtrat yang masih
bewarna keruh hal ini menandakan bahwa filtrat dan endapan belum terpisah secara
sempurna dan hal ini mungkin disebabakan juga karena kecepatan perputaran yang
tidak konstan yang mengakibatkan tidak terpisah secara sempurna. Sedangkan
sentrifugasi dengan mesin menghasilkan filtrat yang lebih bening hal ini mendandakan
bahwa filtrat dan endapan sudah terpisahkan secara baik, dikarenakan saat sentrifugasi
dengan mesin kecepatan perputaranya kostan sehingga mengakibatkan filtrat dan
endapan terpisah dengan baik. Kemudian fultrat diambil dan ditambahkan dengan
etanol 96% dingin yang bertujuan untuk memperlambat pergerakan suatu partikel
DNA karena sesuai dengan hukum kinetika kimia semakin rendah suhu membuat
kecepatan pergerakan partikel menurun sehingga molekul akan lebih mudah
terendapkan (Alberty,1996). Supaya saat terjadinya presipitasi menunjukkan bahwa Commented [A5]: Kenapa harus dingin?
Commented [U6]: Sudah mbak
DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam air. Sehingga DNA yang telah
terkumpul akan mampu terpisah dari larutan dan membentuk lapisan-lapisan yang
dapat diidentifikasi unsur penyusunnya. DNA bersifat polar seangkan etanol bersifat
semipolar namun cenderung non polar bila dibandingkan dengan air sehingga DNA
lebih larut kedalam air daripada etanol sesuai dengan prinsip kelarutan like dissolve
like.Setelah penambahan etanol dingin larutan didiamkan dan diamati DNA yang
terbentuk. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul di atas
permukaan larutan karena massa jenis etanol 0.7893 g/mL lebih kecil dari air 1 g/mL.
Etanol yang digunakan dalam kondisi dingin untuk menyempurnakan presipitasi
karena temperaur yang rendah akan menurunkan aktivitas molekul air yang dapat Commented [A7]: Alasan lain?
Commented [U8]: Sudah mbak
menyebabkan pengendapan DNA lebih efektif (Aristya et al, 2013) Selain itu etanol
memiliki massa jenis yang lebih kecil dari air, yakni 0.7893 g/mL sehingga posisi
etanol berada di atas air (Basri, 1996). Pada interface layer antara air dan alkohol yang
bisa dilihat bahwa DNA seperti benang putih yang menggumpal. Dengan adanya
garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu dibawah 20C, etanol absolut akan
mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan baik. Pemekatan ini dilakukan
dengan penambahan etanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi pesipitasi DNA
pada perbatasan kedua larutan. Dalam proses ini ion Na+ akan membentuk ikatan
dengan kutub negatif ion fosfat DNA. Kutub tersebut bisa menyebabkan molekul-
molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk
ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, sehingga DNA akan berkumpul. Selain itu
jika etanol pada suhu kamar atau panas dapat merusak (mendenaturasi) DNA. Pada
suhu diatas suhu sel hidup DNA akan terdenaturasi, pada suhu 30oC DNA sudah mulai
terdenaturasi, namun denaturasi total terjadi pada suhu 90o, terkecuali untuk organisme
tertentu yang hidup dilingkungan ekstrem (Surya, 1989). DNA yang terbentuk akan
berkumpul dan berpisah dari larutan membentuk awan molekul DNA. DNA yang
terbentuk akan berkumpul dan berpisah dari larutan membentuk awan molekul DNA.
Namun sampel yang digunakan yang bisa terbentuk DNA walapun hasilnya sedikit
adalah avocado sedangkan apel DNA nya tidak kelihatan hal ini dikarenakan sifat dari
apel yang memiliki kandungan air yang besar sehingga proses pembentukan DNA sulit.
DNA bersifat polar sedangkan etanol bersifat semi polar namun cenderung non polar
bila dibandingkan dengan air, karena itu DNA kurang larut dalam etanol sesuai dengan
prinsip kelarutan like dissolve like. Setelah ditambahkan ethanol dingin didapatkan
hasil terbentuknya DNA benang putih yang menggumpal-gumpal dan perlahan naik ke
permukaan tabung. DNA lebih banyak terbentuk pada filtrat yang berasal dari
sentrifugasi manual. Mungkin hal ini diakibatkan DNA yang berada dalam filtrat
sentrifugasi yang dilakukan oleh alat ada yang terdenaturasi sehingga DNA yang
dihasilkan lebih sedikit. Lalu dilakukan pengadukan secara perlahan-lahan yang
bertujuan untuk mengeluarkan DNA yang terjerap didasar tabung agar naik
kepermukaan. Secara umum warna DNA itu putih, karena ketika berikatan dengan
molekul air DNA akan berwarna bening, namun saat kering DNA akan berwarna putih.
Apabila ketika isolasi yang dilakukan tidak sempurna akan membuat DNA berikatan
dengan pigmen warna lain yang membuat warna DNA akan berubah. DNA yang
terbentuk dengan menggunakan alat sentrifugasi manual memiliki massa sebesar 0,45
gram sedangkan DNA yang terbentuk menggunakan alat sentrifugasi modern memiliki
massa sebesar 0,34 gram.

6.2. Karakterisasi DNA

Pada percobaan ini bertujuan untuk mengetahui sifat-sifat molekul DNA.
Karakterisasi DNA dilakukan dengan pengamatan kelarutan di dalam pelarut
aquadest, etanol 96%, eter, n-heksana dan kloroform. Pada pengukuran yang
pertama, pellet DNA yang terbentuk dilarutkan dalam pelarut klorofrom
menghasilkan DNA tidak larut dalam klorofrom terdapat gumpalan putih dan lengket
hal ini dikarenakan klorofom bersifat sebagi pelarut non polar sehingga DNA yang Commented [A9]: Dicek lagi ya
Commented [U10]: Baik mbak
bersifat polar tidak akan larut dalam pelarut non polar, kemudian DNA dilarutkam
kedalam pelarut eter yang menghasilkan DNA tidak larut dalam eter hal ini
dikareakan eter merupakan pelarut yang bersifat non polar sehingga tidak dapat
melarutkan DNA yang bersifat polar. Kemudian DNA dilarutkan kedalam n-heksan
yang menghasilkan DNA tidak larut dalam n-heksan karena n-heksan bersifat non
polar sehingga DNA yang bersifat polar tidak larut dalam n-heksan. DNA dilarutkan
dalam etanol dingin menghasilkan DNA sedikit larut dalan etanol karena etanol
bersifat polar kemudian DNA dilarutkan dalam aquadest, dimana aquadest
merupakan pelarut polar dan DNA juga termasuk senyawa yang bersifat polar. Dari
percobaan ini diperoleh hasil pelarut akuades melarutkan pellet. Pada proses
pelarutan ini didasarkan pada prinsip like disolve like, dimana pelarut polar akan
melarutkan zat yang bersifat polar sedangkan pelarut non polar akan melarutkan zat
yang bersifat non polar( Fessenden, 1986). Hasil uji karakteristik DNA alpukat
melalui pengamatan kelarutan dengan variasi pelarut adalah DNA dapat larut dalam
aquadest, sedikit larut dalam ethanol, tetapi tidak dapat larut dalam kloroform, eter,
dan heksana.
VI. PENUTUP

6.1.KESIMPULAN
6.1.1. DNA dapat diperoleh dengan perusakan sel ekstrak dari buah avocado
secara mekanik yaitu dengan pemblenderan dan kimiawi yaitu dengan
penambahan deterjen cair.
6.1.2. Dari percobaan diperoleh hasil bahwa DNA memiliki sifat polar.
6.1.3. DNA dapat larut baik dalam air dan sedikit larut etanol serta tak larut
dalam kloroform, eter dan n-heksana.
6.1.4. Massa DNA yang dihasilkan dari hasil sentrifugasi secara manual
memiliki massa yang lebih besar yaitu sebesar 0,45 gram dibandingan
DNA hasil sentrifugasi menggunakan mesin hanya 0,34 gram
6.2.SARAN
6.2.1. Usahakan penambahan aquadest sedikit saat proses pemblenderan agar
hasil isolat yang didapat banyak.
6.2.2. Usahakan pada saat pemblenderan jangan terlalu encer dan jangan
menggunakan sampel yang memiliki kadar air yang tinggi
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim, 1979, Farmakope Indonesia Ed. III, Departemen Kesehatan Republik

Indonesia, Jakarta

Anonim, 2005, DNA Extraction From Wheat Germ,

http://www.glsc.genetics.utah.edu/units/activities/wheatgerm.html

Devi, B.K.A, 2009, Anatomi Fisiologi dan Biokimia Keperawatan, Cetakan

Pertama, Yogyakarta: Pustaka Baru Press.

Fessenden, R., 1986, Kimia Organik, Erlangga, Jakarta

Khopkar, S. M. 2003, Konsep Dasar Kimia Analitik. Penerbit Universitas Indonesia.

Jakarta

Mahmud, 2006, Penentuan LC 50 48 jam detergen dan Pengaruhnya terhadap

Mortakitas Larva Ikan Mas Ras Punten dengan Tipe Ploidi yang berbeda,
Jurusan Biologi FMIPA, Malang

Murray, R. K., Granner, D. K., & Rodwell, V. W, 2009, Biokimia harper (27
ed.). Jakarta: Buku Kedokteran EGC
Poedjiadi, A., 1994, Dasar-DasarBiokimia, UI Press, Jakarta

Surya, 1989., Genetika, Binarupa Aksara, Jakarta

Whitten, L.J. et.al, 2002,Method Design And System Analysis. Mc Graw-Hill

International.

Yulianti, 2006, Pengembangan Teknik Isolasi DNA Tumbuhan

Menggunakan Detergen Komersial , Seminar Nasional MIPA UNY,
Yogyakarta
 LAMPIRAN

DNA pada alpukat yang di

DNA pada alpukat yang di
sentrifugasi dengan instrument
sentrifugasi secara manual

DNA pada alpukat yang di sentrifugasi secara

DNA pada apel
manual setelah pendiaman beberapa menit
Karakterisasi DNA alpukat dengan pelarut akuades,
kloroform, eter, heksana, dan ethanol
 LAMPIRAN PRETEST

Monica Puspita Sari- 24030115120004

1. fungsi penambahan setiap perlakuan?

2. Kenapa detergen dapat melisiskan membran sel?
3. Pengertian DNA dan fungsinya?
4. Tahap-tahap isolasi DNA?]
5. Tujuan, prinsip, dan metode percobaan?
jawab

Jawab:
1. Fungsi penambahan setiap perlakuan
penambahan detergen berfungsi untuk merusak membran sel pada dinding
sel dan membran inti sehingga DNA dapat dikeluarkan dari sel, melalui
ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik sabun dengan protein dan lemak
pada membran
Pemblenderan bertujuan untuk merusak membran dan dinding sel sehingga
DNA dapat dikeluarkan. Pemblenderan ini dilakukan dengan menambahkan
sedikit aquadest
penambahan sedikit aquadest berfungsi untuk mempermudah pemblenderan
dan juga yang ditambahkan sedikit karena apabila larutan terlalu encer maka
DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Hal ini disebabkan sel yang
lisis di dalam air akan lebih sedikit jika dibanding dengan larutan kental
Pengadukan bertujuan untuk mempercepat proses pengrusakan membran
sel, membran inti dan dinding sel oleh detergen
Penyaringan bertujuan untuk memisahkan endapan dengan filtratnya pada
penyaringan ini dilakukan dua kali penyaringan, agar didapatkan hasil
 penyaringan (filtrat) yang lebih maksimal, pada residu/endapan merupakan
hasil kontaminan yang berupa tubuh sel buah tersebut.

2. Pada dasarnya sabun berfungsi untuk mengikat lemak (lipid). Hal ini
disebabkan karena dinding sel terbuat dari lipid, sehingga ketika molekul dari sabun
yang sudah diencerkan menempel ke dinding sel, maka lipid pada dinding sel akan
terikat dan berangsur-angsur dinding sel akan terbuka dan memungkinkan kita untuk
mengekstrak DNA. Sabun mengandung sodium dodesil sulfet (SDS) yang dapat
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran
akan rusak dan menglisiskan isi sel. Sabun dapat menyebabkan kerusakan membran
sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel dan juga menyela interaksi polar yang
menyatukan membran sel kareana sabun mengandung disodium EDTA dan lauryl
sulfate yang memiliki fungsi yang sama dengan dudesil sulfat. Sabun mempunyai
ujung yang berbeda yaitu hidrofilik dan hidrofobik sehingga dapat membentuk ikatan
antara air dan enzim. Pengadukan bertujuan untuk mempercepat proses pengrusakan
membran sel, membran inti dan dinding sel oleh sabun.
3. Deoxyribonucleic acid (DNA) adalah polimer asam nukleat yang
tersusun secara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang
diturunkan kepada keturunannya.. Informasi genetik disusun dalam bentuk
kodon yang berupa tiga pasang basa nukelotida. DNA berupa suatu materi
yang terdapat pada tubuh manusia dan semua makhluk hidup yang diwarisi
secara turun menurun. Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida,
di mana setiap nukelotida tersusun atas gula deoksiribosa, fosfat, dan basa.
Polimer tersebut membentuk struktur dua untai heliks ganda yang disatukan
oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang ada. Terdapat empat basa dalam
DNA, yaitu adenin (A), sitosin (C), guanin (G), dan timin (T). Adenin akan
membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanin akan
membentuk tiga ikatan hidrogen dengan sitosin. Fungsi DNA adalah untuk
 bereplikasi dan mensintesis protein. Replikasi diperlukan untuk memberikan
informasi yang sama pada tiap sel baru ketika terjadi pembelahan. Dalam
proses sintesis protein, DNA menyediakan informasi genetik yang diperlukan
oleh sel untuk dapat berfungsi secara fungsional dan struktural. Informasi dari
DNA diturunkan dari generasi ke generasi dan merupakan kombinasi dari ayah
dan ibu (Butler, 2005).

4. Tahap isolasi DNA ada beberapa cara antara lain yaitu preparasi ekstrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel, dan presipitasi DNA. Isolasi DNA bisa dilakukan
baik hewan maupun tumbuhan.

5. Tujuan, Prinsip dan metode dari percobaan

Tujuan : untuk memperoleh dan menentukan sifat-sifat (karakter) umum

molekul DNA.
Prinsip dari percobaan ini adalah perusakan sel ekstrak dari buah alpukat secara
mekanik dan kimiawi, serta perbedaan kelarutan molekul DNA dalam beberapa
pelarut yang berbeda.
Metode yang digunakan yaitu berupa pemecahan sel secara mekanik dengan
pemblenderan dan secara kimiawi dengan bantuan enzim pemecah protein
(bromelin), surfaktan berupa larutan deterjen, serta penentuan karakteristik
DNA melalui pengamatan pelarutan ke dalam pelarut polar (aquades),
semipolar (etanol), nonpolar (eter, heksana, kloroform).