ISOLASI DNA PADA BUAH JERUK, BUAH SEMANGKA, DAN BUAH MELON

LAPORAN PRAKTIKUM

UNTUK MEMENUHI TUGAS MATA KULIAH

Genetika 1

Yang dibimbing oleh Prof. Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd

Oleh :

1. Elsa Fitrianingtyas (170342615520)

2. Mita Berliana (170342615544)

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

Februari 2019
A. Judul
Isolasi sederhana DNA pada buah
B. Rumusan Masalah
1. Bagaimana cara mengisolasikan DNA dengan menggunakan sumber buah?
2. Deterjen mana yang paling sedikit menghasilkan DNA?
C. Tujuan
1. Mengetahui pengaruh jenis deterjen terhadap hasil isolasi DNA pada buah
2. Mengetahui pengaruh jenis deterjen terhadap kecepatan waktu pembentukan
DNA pada proses isolasi DNA dan mengetahui pengaruh jenis buah terhadap
hasil isolasi DNA

D. Dasar Teori
DNA (Deoxyribonucleic acid) adalah senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup. DNA adalah senyawa yang mengandung informasi genertik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi berikutnya. Keseluruhan DNA dalam
suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional
maupun non-fungsional dalam sel organisme (Suryo, 2004).
DNA yang menyusun kromosom ini merupakan nukleotida rangkap yang
tersusun helix ganda (double helix), yang basa nitrogen dan kedua “benang”
polinukleotida saling berpasangan dalam pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen
dan antara nukleotida yang satu dengan yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfar.
DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai “cetak biru
kehidupan” karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas
yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain (Agus dan
Sjafaraenan, 2014).
Isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus
dilakukan hati-hati, supaya tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk
mengeluarkan DNA dari sel, dilakukan dengan memecahkan dinidng sel, membran
plasma, dan membran inti dengan cara mekanik maupun kimiawi. Cara mekanik
dilakukan dengan memblender atau menggerus menggunakan mortar dan pistil. Cara
kimiawi dengan pemberian sesuatu yang dapat merusak membran sel dan membran
inti, misalnya deterjen.
Menurut Machmud (2006) dilakuan penambahan deterjen dalam isolasi DNA karena
dapat merusak membran se melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik
deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa lipid protein-
deterjen kompleks. Senyawa itu dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki
ujung hidrofobik dan hidrofilik, begitu juga dengan deterjen, sehingga dapat
membentuk suatu ikatan kimia.
E. Alat dan Bahan
 Alat :

a. Timbangan
b. Corong (6 buah)
c. Kaca pengaduk (4 buah)
d. Pisau
e. Blender
f. Tabung reaksi(12 buah)
g. Beaker glass 500 mL (12 buah)
h. Gelas ukur 50 mL (4 buah)
i. Spatula(4 buah)
j. Rak tabung(4 buah)
k. Lap meja atau serbet(4 buah)
l. Saringan teh (6 buah)
m. Pipet tetes(4 buah)

Bahan :
a. Buah semangka, melon, dan jeruk(@200 gram)
b. Aquades(700 mL)
c. NaCl (garam dapur)(1 bungkus)
d. Detergen bubuk, cair, dan krim(@1 bungkus)
e. Alkohol dingin 96%(70 mL)
f. Kertas saring(12 lembar)
g. Kertas tissue(1 pack)
h. Kertas label(1 pack)
F. Langkah Kerja

Disiapkan alat dan bahan yang dibutuhkan.

Dilarutkan detergen bubuk, krim, dan cair dengan air secukupnya.

Diusahakan jangan sampai berbusa.

Diambil 200 gram daging buah dan ditambah dengan 200 mL air,
kemudian diblender hingga halus. Perlakuan ini dilakukan pada
semangka dan melon saja karena untuk jeruk sari buahnya diambil
dengan cara diperas.
 Setiap jus buah disaring hingga tidak ada ampas yang tertinggal.

Dimasukkan larutan buah yang telah disaring pada tabung reaksi

sebanyak 10 mL.

Ditambahkan NaCl dan detergen (bubuk, krim, dan cair) yang telah
disediakan.

Sari buah ditetesi dengan alkohol 96% dingin 5 mL dan ditunggu

serta dihitung waktu yang digunakan untuk mengisolasi DNA dan
diamati pula wujud isolat yang terbentuk apakah itu kabut,
benang, maupun kapas.

G. Data dan Hasil

No Buah Jenis Larutan Kuantitas Waktu Struktur

15 menit 35
1. Jeruk deterjen cair ++ detik Kapas
 12 menit 50
deterjen krim + detik Kapas

14 menit 17
deterjen bubuk + detik Kapas

5 menit 39
2. Melon deterjen cair ++ detik Kapas

11 menit 54
deterjen krim + detik Kabut

7 menit 36
deterjen bubuk + detik Kapas

7 menit 2
3. Semangka deterjen cair detik Kabut

deterjen krim 4 menit Kabut

deterjen bubuk 10 menit Kabut

Ket: + : sangat tipis

+ : cukup tebal

+++ : tebal

++++ : sangat tebal

H. Analisis
 Pada percobaan Klasikal Isolasi DNA Buah, membutuhkan beberapa alat yaitu
timbangan, corong, kaca pengaduk, pisau, blender, tabung reaksi, beaker glass 500 ml, gelas
ukur 50 ml, spatula, rak tabung, lap meja atau serbet, saringan the, dan pipet tetes. Sedangkan
bahannya sendiri yang digunakan ada buah semangka, melon, dan jeruk, aquades, nacl
(garam dapur), detergen bubuk, cair, dan krim, alkohol dingin 96%, kertas saring, kertas
tissue, dan kertas label.
Praktikum kali ini adalah praktikum isolasi DNA pada buah. Buah yang digunakan
yaitu jeruk, semangka, dan melon. Praktikum ini diawali dengan memblender buah,
kemudian dicampur dengan berbagai jenis detergen, laluditambahkan garam dan
dieaksikandenganalkohol96% dingin. Detergen yang digunakan yaitu detergen bubuk, cair,
dan krim. Berdasarkan hasil pengamatan dapat dilihat bahwa masing-masing ekstrak buah
yang diberi detergen yang berbeda-beda semuanya dapat membentuk benang-benang putih
yang terletak di antara lapisan alkohol dan lapisan ekstrak. Benang-benang putih yang
terbentuk itu adalah pita DNA hasil isolasi semua ekstrak buah.
Pada isolasi DNA buah jeruk, setelah pemberian larutan detergen cair membutuhkan
waktu sekitar 15 menit 35 detik untuk mengisolasi DNA buah jeruk, terlihat strukturnya
berbentuk seperti kapas, dengan kuantitas ++ (lebih banyak jumlah kapasnya), sedangkan
pada pemberian detergen bubuk kuantitas dari struktur kapasnya + (banyak). Namun, pada
bentukan seperti kabut atau pita DNA terbentuk paling cepat pada pemberian detergen krim
yaitu selama 12 menit 50 detik, sedangkan pada pemberian detergen bubuk dibutuhkan waktu
selama 14 menit 17 detik untuk membentuk struktur kapas.

Pada ekstrak buah melon yang diisolasi DNA nya terbentuk kapas yang terlihat pada
pemberian detergen cair dan bubuk, namun pada pemberian detergen krim struktur DNA nya
berbentuk seperti kabut. Waktu yang paling cepat dalam mengisolasi DNA adalah pada
pemberian detergen cair, yaitu selama 5 menit 39 detik, kemudian disusul dengan waktu 7
menit 36 detik pada pemberian detergen bubuk, yang terakhir dan terlama yaitu saat
pemberian detergen krim selama 11 menit 54 detik. Kuantitasnya sendiri yang paling banyak
dimiliki oleh ekstrak buah melon yang diberikan detergen cair sebesar ++ (lebih banyak
jumlah kapasnya), sedangkan kuantitas dari pemberian detergen cair dan bubuk sama, yaitu +
(banyak).
Terakhir yaitu isolasi DNA pada buah semangka hasilnya menunjukkan bentukan
seperti kabut pada pemberian detergen baik cair, bubuk maupun krim. Waktu yang diperlukan
untuk mengisolasi DNA tercepat pada pemberian detergen krim selama 4 menit, kemudian
dilanjutkan dengan pemberian detergen cair selama 7 menit 2 detik, dan waktu yang paling
lama yaitu pada pemberian detergen bubuk, selama 10 menit.
I. Pembahasan

Dilakukannya praktikum isolasi DNA ini untuk mengetahui pengaruh macam buah
dan jenis deterjen terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. Praktikum ini
menggunakan tiga jenis deterjen yaitu deterjen cair, krim, dan bubuk serta menggunakan tiga
jenis buah yang berbeda yaitu jeruk, melon, dan semangka. Menggunakan buah jeruk, melon,
dan semangka karena mengandung banyak air. Percobaan dilakukan dengan menambahkan
ketiga deterjen pada tiga jenis buah yang telah diblender untuk mengetahui buah dan jenis
detergen mana yang menghasilkan DNA paling bagus dan baik.
Menurut Harley (2005) prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu pelisisan sel, ekstraksi dan
pemurnian. Pertama-tama yang dilakukan adalah menghancurkan sampel buah dengan cara
pemblenderan buah untuk melisis atau merusak dinding sel. Kemudian larutan tersebut
dimasukkan ke dalam larutan deterjen yang telah diberi garam. Pemberian garam tersebut
memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk
memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil. Garam juga dapat digunakan
untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk
ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA. Kutub ini dapat menyebabkan molekul-molekul
saling tolak menolak satu sama lain sehingga pada saat ikatan ion Na + terbentuk dengan
ikatan kutub negative fosfat DNA, maka DNA tersebut akan terkumpul (Jamilah, 2005).
Dapat disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan
karbohidrat, menjaga kestabilan pH lysing buffer, dan prosespemekatanDNA.
Penggunaan deterjen pada praktikum isolasi DNA ini berfungsi sebagai pelisis barrier
(penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak
dinding dan membran sel. Penambahan deterjen ini dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik
deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid protein-
deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki
ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia (Machmud, 2006). Menurut Jamilah (2005) detergen bisa menyebabkan
kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi
polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan
lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat.
Tujuan pencampuran garam dan deterjen untuk memperbesar pergerakan partikel sel
dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, sebab detergenadalah bahan yang dapat merusak
membran sel. Saar pengadukan harus dilakukan dengan hati hati agar tidak menimbulkan
buih. Buih menyebabkan penghambatan pada isolasi DNA. DNA menjadi sulit diamati
karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran ekstrak
buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh adanya buih.
NaCl yang digunakan pada penambahanekstrakbuahbertujuanuntukmelarutkanDNA,
karena ion Na+ yang dikandung oleh NaCl mampumemblokir (membentukikatan)
dengankutubnegatiffosfat DNA, yaitukutub yang dapatmenyebabkanmolekul-
molekulsalingtolakmenolaksatusama lain sehinggga pada saat ion
Na+membentukikatandengankutubnegatiffosfat DNA, DNA tersebutakanterkumpul.Jadi,
nampakbahwaselaindigunakanuntukmenghilangkan protein dan karbohidratdan
menjagakesetabilan pHlysing buffer, NaCl juga membantudalam proses pemekatanpresrpitasi
DNA (Albert, 1994).
Deterjenberfungsiuntukmelisiskanbarier (penghalang) selsecarakimia,
sebagaipenggantisenyawakimia yang mampumerusakdinding dan membran sel. Menurut
Albert (1994),konsentrasi DNA yang terpresipitasitergantungdaribeberapahal, antara lain
adalahkeenceransumber DNA yang digunakan dan suhualkohol. Semakinencerfiltrat, maka
DNA yang terpresipitasiakansemakinsedikit. Sementarasemakindinginalkohol, DNA yang
terpresipitasisemakinpekat. Pernyataantersebutmenyatakanalasanmengapaalkohol yang
ditambahkanharusdingin, karenasemakindinginalkohol, makakonsentrasi DNA yang
akanterikat oleh alkoholtersebutakansemakinpekatatautinggi. Kadar air juga
mempengaruhipresipitasi DNA, semakintinggikadar air yang
terkandungdalambuahmakasemakinrendah DNA yang akanterpresipitasi.
Berdasarkanpengamatan, didapatkanhasilbahwaisolasi DNAbuahjeruk, melon, dan
semangkakesemuanyamemilikihasilpositif. Hasil positifditunjukkandenganadanyakabutputih
yang terbentuk. Sebaliknya, hasilnegatifditunjukkandengantidakadanyakabutputih yang
terbentuk. Isolasi DNA dapatdilakukanmelaluitahapan-tahapanantara lain:preparasiekstraksel,
pemurnian DNA dariekstrsksel dan presipitasiDNA.Meskipunisolasi DNA
dapatdilakukandenganberbagaicara, akantetapipada
setiapjenisataubagiantanamandapatmemberikanhasil yangberbeda,
halinidikarenakanadanyasenyawapolifenol dan polisakaridadalamkonsentrasitinggi yang
dapatmenghambatpemurnian DNA. Jikaisolasi DNA dilakukandengansampelbuah,
makakadar air pada masing-masingbuahberbeda, dapatmemberihasil yang berbeda-beda
pula(Campbell, 2002).
Dari hasilisolasi DNA yang dilakukan,
diketahuibahwajenisdetergenberpenuhterhadaphasilisolasi DNA dan
jenisdetergentertentumemberikanpengaruh paling baikterhadapjenisbuahtertentu pula
dengankadar air berbeda. Perbedaandetergendalammempengaruhitingkatpemunculan DNA
dalmisolasi DNA inidisebabkankarenakandungandetergentersebutberbeda, misalnya lauryl
sulfat yang dapatberfungsisamadengandodesilsulfat dan disodium EDTA,
sertakandunganzatpewarna dan zataktifpemutih yang
biasanyaadadalamdetergen.MenurutJamilah (2005) menyatakanbahwa semakin encer filtrat,
maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit.Dalam proses pembuatansumber DNA
untukisolasi DNA, hendaknyajanganterlaluencer, karenasemakinencersumber DNA, DNA
yang terpresipitasiakansemakinsedikitkerenasel yang lisis di dalam air
tentulebihsedikitjikadibandingkandengansumber DNA yang lebihkental.
J. Kesimpulan

a. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan
larutan deterjen dan etanol/alkohol serta garam untuk membantu presipitasi
DNA. Adanya DNA ditandai dengan munculnya partikel putih menyerupai
kabut, serbuk, atau kapas pada larutan uji. Perbedaan jumlah DNA yang
dihasilkan dalam proses isolasi disebabkan oleh jenis deterjen yang digunakan
serta macam buah yang dipakai sebagai sumber DNA.

b. Deterjen yang paling sedikit menghasilkan DNA adalah deterjen bubuk pada
buah melon dan deterjen krim pada buah jeruk, sedangkan deterjen cair dan
bubuk, menghasilkan DNA dalam jumlah yang relatif sama. Waktu
pembentukan DNA yang paling cepat dihasilkan oleh sumber DNA buah
semangka. Hal ini dikarenakan pada buah terdapat perbedaan pigmen yang
masih berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran
kemampuan yang berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA pada setiap
deterjen, sehingga perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga
menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergent dalam merusak membran
sel tidak sama.

K. Diskusi
1) Apakah yang dimaksud dengan isolasi DNA ?
Jawab :
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi atau
lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer ekstraksi atau
buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008).
2) Apa fungsi penambahan detergent ?
Jawab:
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dilakukan karena deterjen dapat merusak
mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan
protein dan lemak pada membran membentuk senyawa ”lipid protein-deterjen
kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung
hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk
suatu ikatan kimia (Machmud, 2006).
3) Apakah fungsi dari penambahan garam ?
Jawab :
 Pemberian garam tersebut memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada
isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga
reaksi berjalan lebih stabil. Garam juga dapat digunakan untuk melarutkan DNA,
karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub
negatif fosfat DNA. Kutub ini dapat menyebabkan molekul-molekul saling tolak
menolak satu sama lain sehingga pada saat ikatan ion Na + terbentuk dengan ikatan
kutub negative fosfat DNA, maka DNA tersebut akan terkumpul (Jamilah, 2005).
Dapat disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan
karbohidrat, menjaga kestabilan pH lysing buffer, dan proses pemekatan DNA.

4) Apakah fungsi penambahan alkohol? Mengapa alkohol yang ditambahkan

harus dalam keadaan dingin?
Jawab :
Penambahan alkohol dingin akan mempermudah koagulasi DNA sehingga
DNA yang bersifat transparan dapat terlihat dengan jelas berupa benang-benang halus
pada lapisan tengah campuran buah dan detergen, selain itu juga karena pada alkhohol
yang dingin dapat membentu mempercepat proses mempertifikasi DNA dan
penggunaan alkohol yang dingin juga berfungsi untuk menonaktifkan beberapa enzim
yang membungkus DNA (DNAase) sehingga enzim tersebut akan mudah dihilangkan.
5) Mengapa pengadukan campuran setelah ditambahkan detergent tidak boleh
sampai berbusa?
Jawab :
Buih menyebabkan penghambatan pada isolasi DNA. DNA menjadi sulit diamati
karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan campuran
ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang ditimbukan oleh
adanya buih.
6) Apakah kecepatan penggabungan DNA pada masing-masing buah dan
masing-masing detergent berbeda? Mengapa?
Jawab :
Iya berbeda, karena jenis buah dan jenis detergen berpengaruh terhadap hasil isolasi
DNA. DNA pada masing-masing buah mempunyai kadar atau jumlah yang berbeda
dan warnanya pun berbeda. Contohnya Buah jeruk yang memiliki durasi waktu
tercepat dalam proses isolasi DNA dengan waktu 5 detik menggunakan detergent
cream karena buah jeruk memiliki kandungan air yang lebih sedikit daripada buah
semangka dan melon. Oleh sebabitu,
perbedaandetergendalammempengaruhitingkatpemunculan DNA dalmisolasi DNA
inidisebabkankarenakandungandetergentersebutberbeda, misalnya lauryl sulfat yang
 dapatberfungsisamadengandodesilsulfat dan disodium EDTA,
sertakandunganzatpewarna dan zataktifpemutih yang biasanyaadadalamdetergen.
7) Apakah kesimpulan dari praktikum isolasi DNA ?
Jawab:
Terdapat 3 tahap isolasi DNA, yaitu (1) Pemecahan sel dan membran secara mekanik
dan kimiawi. (2) Pemisahan dan purifikasi agar DNA terpisah dengan protein dan
substansi sel. (3) Pengendapan dan penggumpalan DNA oleh alkohol sehingga dapat
membentuk struktur khas (kabut, kapas, benang dll). Buah jeruk memiliki durasi
waktu tercepat dalam proses isolasi DNA dengan waktu 5 detik menggunakan
detergent cream.

L. Daftar Rujukan
Agus, Rosana dan Sjafaranain. 2014. Penuntun Praktikum Genetika. Makasar.
Albert, Brush. 1994. Biologi Molekular Sel Edisi ke-2. Gramedia, Jakarta
Campbell, N.A. 2002. Biologi 5th ed. Jakarta : Erlangga
Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill
Company
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
EkstrakNanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai
Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi tidak
diterbitkan.Malang: Universitas Negeri Malang.
Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya
Terhadap Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan Tipe
Ploidi yang Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi.
Suryo. 2004. Genetika Strata 1. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada.

Lampiran

Gambar di sampingmerupakanisolasi DNA buah nanas, terlihatadanyakabutputih-putih, pada

pemberiandetergenbubuk, cair, maupunkrim.
Gambar di sampingmerupakanisolasi DNA buahmelon,
terlihatadanyakabutputih-putih dan ada yang sepertikapas, pada
pemberiandetergenbubuk, cair, maupunkrim.

Gambar di bawahmerupakanisolasi DNA buahsemangka,

terlihatadanyakabutputih-putih