LAPORAN PRAKTIKUM BIOMOLEKUL

DISUSUN OLEH:

1. ADE PRATIWI : 482011805001P

2. DINI ALHAQQOH : 482011805003P
3. ROHMAWATI : 482011805013P

DOSEN PENGAMPU: YUNILDA ROSE,S.Si.,M.Kes.

JURUSAN S1 ALIH JENJANG FARMASI

STIK SITI KHADIJAH PALEMBANG
2019

1
 LAPORAN PRAKTIKUM ISOLASI DNA BUAH

A. TUJUAN
1. Mengetahui cara isolasi DNA pada buah.
2. Mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA.

B. LANDASAN TEORI
Pada dasarnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA.
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah molekul utama yang mengkode semua
informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam setiap organisme
(Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula
deoksiribosa,  basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida
(Istanti, 1999). Molekul DNA ini terikat membentuk kromosom, dan ditemukan di
nukleus, mitokondria dan kloroplas. DNA yang menyusun kromosom ini
merupakan nukleotida rangkap yang tersusun heliks ganda (double helix), dimana
basa nitrogen dan kedua ”benang” polinukleotida saling berpasangan dalam
pasangan yang tetap melalui ikatan hidrogen dan antara nukleotida yang satu
dengan nukleotida yang lain dihubungkan dengan ikatan fosfat. DNA terdapat di
dalam setiap sel makhluk hidup dan disebut sebagai ”cetak biru kehidupan”
karena molekul ini berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang
menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain (Jamilah, 2005). 
DNA dapat mengalami denaturasi dan renaturasi. Selain itu DNA juga bisa
diisolasi. Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA
dapat dilakukan melauli tahapan-tahapan antara lain: preparasi esktrak sel,
pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA
dapat dilakukan dengan  berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian
tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat
pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sampel buah, maka kadar
air yang pada masing-masing buah  berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda

2
pula. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah. Semakin tinggi kadar air maka sel
yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan
untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini
harus dilakukan dengan hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada
DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel, dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan cara mekanik
maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau
penggerus menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat
dengan pemberian yang dapat merusak membran sel dan membran inti, salah
satunya adalah deterjen. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan
karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa ”lipid protein -deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat
terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik,
demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia
(Machmud,2006)
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan
lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi
larut dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan
sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang
bukan pelarut meraka akan berkumpul/ menggumpal sehingga dapat dilihat.
Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas
permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa jenis air.
Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari
pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol
yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat
kurang sempurna.

3
C. ALAT DAN BAHAN
1. Alat
 Beker Glass
 Pengaduk
 Rak tabung reaksi
 Timbangan analitik
 Kertas saring atau saringan teh
 Pisau
 Pipet tetes
 Tabung reaksi
 Gelas ukur
 Corong
2. Bahan
 Garam dapur atau nacl
 Sabun atau detergen (sunlight)
 Etanol 96%
 Aqadest
 Buah pepaya, strawberry, tomat, dan pisang

D. CARA KERJA
1. Kupas buah lalu potong-potong. Kemudian timbang 20 gr dan haluskan.
Setelah halus, masukkan ke beker glass lalu tambahkan 1 sendok sunight.
(point 1)
2. Masukkan aquadest ke beker glass 20-30ml, lalu tambah garam dapur 1
sendok dan aduk hingga larut. (point 2)
3. Campur point 1 dan 2 dan aduk lalu kemudian saring. Hasil yang telah
tersaring itulah yang digunakan. (point 3)
4. Tuangkan etanol ke dalam tabung reaksi, teteskan larutan point 3 yang telah
disaring. Tetes sampai berbentuk endapan putih atau serabut putih atau
buih-buih putih yang merupakan DNA. Lalu bandingkan.

4
E. HASIL PENGAMATAN

Strawberry Pisang Tomat

Aquadest

Alat Praktikum
Pepaya

Etanol 96% Pisang ditimbang Strawberry ditimbang

Tomat ditimbang Buah dihancurkan

Pepaya ditimbang

Masukkan buah yang

5
 telah di hancurkanke Tambah sunlight ke buah Masukkan garam ke
beker glass yang telah di hancurkan beker glass berisi
aquadest, lalu aduk.

Campuran kedua Campuran kedua beker.

Campuran kedua beker.
beker. (Strawberry) (Pepaya)
(Pisang)

Campuran kedua Penyaringan Hasil DNA Strawberry

beker.(Tomat)

Hasil DNA Pisang Hasil DNA Pepaya Hasil DNA Tomat

F. PEMBAHASAN
Praktikum isolasi DNA ini dilakukan untuk mengetahui pengaruh macam
buah terhadap kualitas DNA yang dihasilkan dalam proses isolasi. Dalam
praktikum ini dilakukan dengan menggunakan empat jenis buah yang berbeda
yaitu pepaya, strawberry, tomat, dan pisang. Percobaan dilakukan dengan
menggunakan menambahkan deterjen yaitu sunlight kepada empat jenis buah
yang telah diblender untuk mengetahui buah mana yang menghasilkan DNA
paling bagus dan baik. Pada dasarnya prinsip isolasi DNA ada tiga yaitu pelisisan

6
sel, ekstraksi dan  pemurnian. Pada praktikum kali ini yang pertama-tama
dilakukan ialah menghancurkan sampel buah untuk melisis/ merusak dinding sel.
Kemudian larutan tersebut dimasukkan ke dalam larutan deterjen (point 1).
Masukkan aquadest ke beker glass 20-30ml, lalu tambah garam dapur 1 sendok
dan aduk hingga larut (point 2). Campur point 1 dan 2 dan aduk lalu kemudian
saring.
Pemberian garam tersebut memiliki fungsi yang sama dengan SDS  pada
isolasi DNA genom sel darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik,
sehingga reaksi berjalan lebih stabil. (Harley 2005: 410). Garam juga dapat
digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam
mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA. Kutub ini dapat
menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehingga
pada saat ikatan ion Na+ terbentuk dengan ikatan kutub negatif fosfat DNA, maka
DNA tersebut akan terkumpul (Dollard, 1994 dalam Jamilah, 2005:21). Jadi dapat
disimpulkan bahwa garam dapat digunakan sebagai penghilang protein dan
karbohidrat, menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses
pemekatan DNA.
Pada praktikum ini juga digunakan deterjen yaitu sunlight. Penggunaan
deterjen tersebut  berfungsi sebagai pelisis barrier (penghalang) sel secara kimia
sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran
sel. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen
dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan yang dibentuk melalui
sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa ”lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk
karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga
dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia (Machmud,
2006). Menurut Jamilah (2005) detergen bisa menyebabkan kerusakan membran
sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar yang
menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan
lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat.
Pencampuran antara garam dan deterjen ini dimaksudkan untuk
memperbesar  pergerakan partikel sel dan detergen agar reaksi berlangsung cepat,

7
karena detergent merupakan bahan yang dapat merusak membran sel. Pada
pengadukan ini harus dilakukan dengan hati hati agar tidak menimbulkan buih.
Apabila terdapat buih maka akan menyebabkan penghambatan pada isolasi DNA.
DNA akan sulit diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara
alkohol dengan campuran ekstrak  buah, detergent dan garam akibat adanya
rongga udara yang ditimbukan oleh adanya  buih. Setelah itu campuran ekstraks
buah, detergen, dan garam tersebut dimasukkan ke dalam tabung reaksi dan
ditetesi dengan alkohol.
Penggunaan alkohol ini  berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah
terkumpul karena pemekatan oleh garam. Pada hasil praktikum yang dilakukan
didapatkan hasil yang berbeda-beda untuk masing-masing jenis buah yang
digunakan. Jumlah DNA terbanyak yang dapat terisolasi adalah strawberry. Hal
ini dikarenakan strowberi mudah dihancurkan. Selain itu, strowberi matang
menghasilkan enzim pectinase dan selulase yang membantu memecah dinding sel.
Strowberi yang umum dibudidayakan adalah octoploid dengan delapan set genom.
Hal ini sangat baik untuk menunjukkan ekstraksi DNA karena memiliki delapan
dari setiap jenis kromosom yang juga dikatakan bahwa strowberi memiliki DNA
yang berlimpah.
Sedangkan untuk struktur beranekaragam yaitu  berupa kapas, kabut, dan
serabut. Adanya perbedaan tersebut karena pada buah terdapat perbedaan pigmen
yang masih berikatan dengan DNA, dimana pigmen ini memiliki ukuran
kemampuan yang berbeda dalam melepaskan diri dengan DNA pada detergent,
sehingga perbedaan waktu terpisahnya DNA dari sel tersebut juga menunjukkan
bahwa kemampuan setiap detergent dalam merusak membran sel tidak sama
(Jamilah,2005)

G. KESIMPULAN
1. Hasil isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah. Terbukti dari hasil
pengamatan, pada masing- masing buah didapatkan hasil yang berbeda.
2. Lapisan filtrasi buah selalu berada di bagian bawah karena filtrasi ini
cenderung untuk mengendap. Lapisan alcohol umumnya berada di bagian
tengah karena masa jenisnya lebih ringan. Sedangkan lapisan DNA

8
 umumnya berada di bagian atas karena DNA sangat ringan dan cenderung
mengambang.
3. DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan
larutan deterjen, etanol serta garam untuk membantu presipitasi DNA.
4. Adanya DNA ditandai dengan munculnya partikel putih menyerupai kabut,
serbuk, atau kapas pada larutan uji.
5. Jumlah DNA terbanyak yang dapat terisolasi adalah strawberry. Hal ini
dikarenakan strowberry mudah dihancurkan. Selain itu, strowberi matang
menghasilkan enzim pectinase dan selulase yang membantu memecah
dinding sel.

DAFTAR PUSTAKA

Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill

Company
Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel.Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak   Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA

9
 Berbagai Macam  Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah
Genetika.Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Universitas Negeri Malang
Klug, W.S. & M.R. Cummings. 1994. Concepts of Genetics. Englewood :
Prentice-Hall Inc.
Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya
Terhadap  Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan
tipe Ploidi Yang  Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program
Sarjana Biologi.
Zubaidah, Siti. 2004. Identifikasi, Variasi Genetik, Distribusi dan Upaya
Eliminasi Bakteri  Penyebab CVPD (Citrus Vein Phloem
Degeneration). Desertasi tidak diterbitkan. Malang: Program Pasca Sarjana
Universitas Brawijaya.

10