Kinetika Reaksi Enzim PDF
Kinetika Reaksi Enzim PDF
Pada tahun 1902, Victor Henri mengajukan suatu teori kinetika enzim yang kuantitatif, tapi data
eksperimen yang diajukan tidak berguna karena belum menitikberatkan konsentrasi ion
hidrogen. Setelah konsep buffer dan penentuan skala pH logaritmik ditemukan oleh Peter
Lauritz Sørensen pada tahun 1909, maka Leonor Michaelis, seorang kimawan Jermn dan murid
bimbingan pascadokotoralnya Maud Leonora Menten yang berasal dari Kanada, mengulangi
eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan Henri. Persamaan yang dikembangkan
tersebut kemudian dikenal dengan Kinetika Henri-Michaelis-Menten (lebih sering hanya disebut
sebagai kinetika Michaelis-Menten). Hasil penelitian mereka kemudian dikembangkan lebih jauh
oleh G. E. Briggs dan J. B. S. Haldane. Penurunan persamaan kinetika yang diturunkan oleh
Henri-Michaelis-Menten masih digunakan sampai sekarang. .
Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang reaksi enzim
sebagai dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat terikat pada enzim secara reversibel,
membentuk kompleks enzim-substrat (ES). Kompleks ini sering disebut sebagai kompleks
Michaelis. Enzim kemudian mengatalisasi reaksi kimia dan melepaskan produk.
Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim menunjukkan relasi antara konsentrasi substrat (S)
dengan kecepatan reaksi (V) (Gambar 1).
Mekanisme reaksi enzimatik untuk sebuah subtrat tunggal, Enzim (E) mengikat substrat (S)
menghasilkan kompleks ES dan menghasilkan produk P.
k1 k2
E + S ES P+E
k-1 k-2
Persamaan Michaelis-Menten
Vmax S
V0 =
Km + S
Berikut ini akan disampaikan dasar logika dan tahap-tahap secara aljabar dalam turunan
modern persamaan Michaelis-Menten, yag termasuk di dalamnya asumsi keadaan-tetap
(steady state) yang diperkenalkan oleh Briggs dan Haldane. Penurunan dimulai dari dua tahap
dasar pembentukan dan pemutusan kompleks ES.
Pada awal reaksi konsetrasi produk masih sangat kecil sekali sehingga P dapat diabaikan
dan demikian P → S juga dapat diabaikan, sehinga keseluruhan reaksi menjadi
k1 k2
E + S ES P
k-1
Karena ES tidak mudah diukur, maka dicari cara alternatif untuk menentukannya.
Etotal adalah konsentrasi enzim total yang merupakan jumlah enzim bebas E dan enzim yang
berikatan dengan substrat, ES. Dengan demikian enzim bebas atau enzim yang tidak
berikatan dengan substrat adalah sama dengan Etotal - ES.
Dengan membuat asumsi bahwa kecepatan awal merefleksikan keadaan tetap dimana ES
adalah konstan, sehingga kecepatan pembentukanES sama dengan kecepatan pemutusan ES.
Hal ini dikenal sebagai steady-state assumption.
Oleh karena itu, persamaan (2) dan (3) dapat dituliskan sebagai berikut:
k1(Etotal - ES)S = k-1ES + k2ES .............................................................(4)
k1EtotalS
ES = ................................................................................(7)
k1S + k-1 + k2)
EtotalS
ES = ............................................................................(8)
S + (k-1+ k-2)/k1
EtotalS
ES = ……….................................................................................(9)
S + Km
Sekarang, V0 dapat diekspresikan dengan ES. Dengan menggantikan sisi kanan persamaan
(9) untuk ES dalam persamaan (1) maka,
k2 EtotalS
V0 = ......................................................................... …………….. (10)
Km + S
Persamaan (10) dapat disederhanakan lebih lanjut. Karena kecepatan maksimum terjadi pad
saat enzim saturasi dimana ES = Etotal , Vmax dapat didefinisikan sebagai k2Etotal, maka
persamaan (12) menjadi:
Vmax S
V0 = Persamaan Michaelis-Menten ……………………………...(11)
Km + S
Hubungan numerik yang penting yang diturunkan dari persamaan Michaelis-Menten adalah
pada keadaan dimana V0 tepat setengah dari Vmax (V0 = ½ Vmax):
1 S
= ...............................................................................(13)
2 Km + S
Kurva pada Gambar 3 menunjukkan parameter kinetik yang menentukan limit kurva pada
konsentrasi substrat rendah dan tinggi. Pada S rendah, Km >> S dan S sebagai penyebut
pada persamaan Michaelis-Menten menjadi tidak signifikan. Persamaan disederhanakan
menjadi V0 = Vmax S/Km, dan V0 memiliki hubungan yang linier dengan S.
Pada S tinggi, dimana S >> Km, nilai Km pada persamaan Michaelis-Menten menjadi tidak
signifikan dan persamaan disederhanakan menjadi V0 = Vmax, hal ini konsisten dengan kurva
yang plateu pada Gambar 3. Persamaan Michaelis-Menten konsisten dengan pengamatan
bahwa V0 bergantung pada S dan bentuk kurva ditentukan oleh Vmax/Km pada S rendah dan
Vmax pada S tinggi.
Setiap enzim memiliki nilai Km yang berbeda-beda untuk suatu substrat, hal tersebut
menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan substrat terhadap enzim. Konstanta lainnya yang
juga berguna adalah kcat, yang merupakan jumlah molekul substrat yang dapat berikatan pada
sisi aktif enzim per detik, yang disebut juga sebagai turnover number.
Efisiensi suatu enzim diekspresikan oleh nilai kcat/Km yang dikenal sebagai konstanta
kespesifikan. Konstanta kespesifikan mencerminkan kemampuan katalitik dan afinitas, yang
dapat digunakan untuk membandingkan enzim yang satu dengan enzim yang lain, ataupun
enzim yang sama dengan substrat yang berbeda. Konstanta kespesifikan maksimum teoritis
disebut limit difusi yang nilainya sekitar 108 sampai 109 M-1 s-1. Pada titik ini, setiap tumbukan
enzim dengan substrat akan menyebabkan katalisis, dan laju pembentukan produk tidak
dibatasi oleh laju reaksi, melainkan oleh laju difusi. Enzim dengan sifat demikian disebut secara
katalitik sempurna ataupun secara kinetika sempurna. Contoh enzim yang memiliki sifat seperti
ini adalah karbonat anhidrase, asetilkolinesterase, katalase, fumarase, β-laktamase dan
superoksida dismutase.
Vmax S
V0 =
Km + S
1 Km + S
= ............................................................................................ (16)
V0 Vmax S
Dengan memisahkan pembilang pada sisi kanan, maka persamaan (16) menjadi
1 Km S
= + ......................................................(17)
V0 Vmax S Vmax S
1 Km 1
= + .........................................................................(18)
V0 Vmax S Vmax
Untuk enzim yang menuruti persamaan Michaelis-Menten, plot 1/V0 terhadap 1/S (double
reciprocal V0 vs S) akan menghailkan garis linier. Garis linier tersebut memiliki slope Km/Vmax,
dan intercept 1/Vmax pada aksis 1/V0 dan intercept -1/Km pada aksis 1/S.
(Gambar 4)
Competitive Inhibition
Inhibitor kompetitif mengikat enzim secara reversibel, menghalangi pengikatan substrat pada
enzim, dan pengikatan substrat juga menghalangi pengikatan inhibitor.
Pada inihibisi kompetitif, inhibitor dan substrat berkompetisi untuk berikatan dengan enzim pada
sisi aktif enzim. Seringkali inhibitor kompetitif memiliki struktur yang sangat mirip dengan
substrat asli enzim yang disebut sebagai substrat analog. Pada inhibisi kompetitif, kecepatan
reaksi maksimal (Vmax) tidak berubah, tapi memerlukan konsentrasi substrat yang lebih tinggi
untuk mencapai Vmax tersebut, sehingga meningkatkan nilai Km
Uncompetitive inhibition
Inhibitor berikatan bukan pada sisi aktif enzim, tapi berikatan dengan kompleks ES
menghasilkan kompleks EIS. Kompleks EIS yang terbentuk kemudian menjadi tidak aktif. Jenis
inhibisi ini sangat jarang, namun dapat terjadi pada enzim-enzim multimerik.
Pengaruh inhibitor reversible secara kuantitatif dapat disimpulkan pada Tabel 1 di bawah ini:
Inhibisi Irreversibel
Inhibitor irreversibel berikatan secara kovalen dan merusak gugus fungsi enzim yang penting
untuk aktivitas enzim, atau membentuk asosiasi non-kovalen yang stabil. Inhibisi irreversibel
berguna dalam mempelajari mekanisme reaksi.
Inhibisi irreversibel dibagi dalam 3 kategori:
1. Group-specific
inhibitor yang bereaksi dengan rantai samping asam amino yang spesifik yag terdapat pada
sisi aktif.
3. Suicide inhibitors
berikatan dengan enzim sebagai substrat dan dikatalisa oleh enzim, menghasilkan
intermediet yang aktif secara kimia serta menginaktivasi enzim melalui modifikasi
kovalen.
Referensi
1. Jeremy M. Berg, John L. Tymoczko and Lubert Stryer L, 2003, Biochemistry 5th ed, WH Freeman
Company, New York, USA.
2. David L. Nelson and Michael M. Cox, 2013, Lehninger: Principles of Biochemistry, 6th ed., Freeman
Company, New York, USA.