“LAPORAN PRAKTIKUM”

“MOLEKULAR DOCKING DENGAN APLIKASI AUTODOCK VINA”

A. TUJUAN
1. Memprediksi senyawa dari suatu obat.
2. Efektivitas metode Molecular Docking, autodoks Vina.
B. DASAR TEORI
Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pada zaman ini dapat
membantu menjawab dan menjelaskan berbagai macam fenomena sains yang terjadi
disekitar kita. Begitu pun di bidang kimia farmasi yang semakin berkembang dalam
penemuan dan perancangan obat baru yang lebih baik efikasinya dan meminimalisir
efek samping yang terjadi. Di era modern ini, metode pengembangan obat – obatan
sudah mulai masuk ke ranah ilmu komputasi, dalam memahami struktur biologi
molekuler dan penemuan obat berdasarkan struktur. Hal ini disebut ‘Computer aided
drug design’ (desain obat berbantu komputer). Salah satu metode yang digunakan
adalah Molecular Docking.
Secara bahasa, ‘molecular’ berarti molekuler, dan ‘docking’ berarti
penambatan, sehingga dapat diartikan ‘penambatan molekuler’. Dalam hal ini, yang
ditambatkan adalah molekul obat (ligan) pada reseptornya (target obat). Molekul obat
ini dapat berupa senyawa yang diprediksi memiliki aktivitas farmakologis, baik itu
senyawa dari ekstrak tumbuhan ataupun senyawa sintesis.

Docking digunakan untuk mengetahui bagaimana ligan berinteraksi dengan

situs tambat reseptornya sehingga dapat diprediksi aktifitasnya. Ligan biasanya
berupa molekul kecil, atau dapat pula berupa protein. Sedangan reseptor berupa
rangkaian susunan asam amino protein, atau dapat pula berupa DNA atau RNA yang
terdapat dalam sel tubuh.
 Docking adalah metode untuk memprediksi orientasi yang terbaik dari suatu
molekul ketika terikat satu sama lain untuk membentuk kompleks yang stabil.
Informasi tentang oreintasi ini dapat digunakan untuk memprediksi kekuatan
hubungan atau afinitas antara dua molekul yang digunakan.
AutoDock Vina adalah salah satu piranti lunak docking, dirancang untuk
memprediksikan bagaimana molekul-molekul kecil seperti inhibitor terikat pada
reseptor dalam bentuk struktur 3D. Pada dasarnya, AutoDock Vina terdiri dari dua
program utama, yaitu AutoDock yang membantu proses docking dari ligand ke
sekumpulan grids yang mendiskripsikan protein yang dituju, AutoGrid yang
membantu perhitungan grids tersebut. Hal ini dapat digunakan sebagai pedoman
dalam perancangan struktur kimia agar diperoleh ikatan yang lebih baik lagi.

Untuk melakukan kegiatan Molecular Docking dengan Autodock Vina,

diperlukan beberapa aplikasi seperti berikut:

- Autodock Vina (Digunakan untuk melakukan proses Molecular Docking)

- DS Visualizer (Untuk preparasi reseptor target dan ligand yang akan diuji, dapat
juga digunakan untuk visualisasi hasil Molecular Docking)
- MGLTools atau AutodockTools (Digunakan untuk mengolah reseptor target dan
ligand uji agar dapat dieksekusi oleh aplikasi Autodock Vina, aplikasi ini juga
dapat digunakan untuk menyiapkan parameter-parameter docking)
- Python (Aplikasi yang digunakan untuk menjalankan aplikasi-aplikasi yang pada
umumnya dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman Python, salah
satunya adalah MGLTools)
- YASARA (Dapat digunakan untuk preparasi reseptor target dan ligand uji, namun
pada kegiatan ini digunakan untuk mengukur nilai RMSD)
- Open Babel (Aplikasikan yang digunakan untuk mengkonversi hasil docking dari
format PDBQT menjadi PDB sehingga dapat divisualisasi dengan menggunakan
aplikasi DS Visualizer) .
C. ALAT DAN BAHAN
1. Alat
- Seperangkat personal computer
- Software : Autodocks Vina, Discovery Studio Visualizer, AutodockTools, Open
Babel, Phyton
2. Bahan
- Reseptor : virus HIV kode 1HSG
- Uji senyawa obat Indinavir

D. CARA KERJA
a. Pengunduhan Reseptor Target

1. aplikasi browser (seperti Google Chrome, Mozila Firefox, UC Browser, dan

sebagainya)
2. Kunjungi link www.rcsb.org
3. Ketik kode reseptor atau nama reseptor yang diinginkan pada tombol Search.
Sebagai contoh ketik kode 1HSG, akan didapatkan sebuah reseptor berupa
bentuk kristal dari virus HIV dilengkapi ligand asli (native ligand) berupa
senyawa obat Indinavir
4. Klik tombol download files untuk mengunduh reseptor tersebut dan pilih PDB
Format untuk mendapatkan reseptor uji dengan format PDB

b. Preparasi Reseptor Target dan Ligand Uji

1. Buka aplikasi DS Visualizer, klik File > Open

2. Pilih reseptor 1HSG klik Open
3. Tekan tombol CTRL+H, hapus semua ligand yang ada pada reseptor tersebut,
pastikan juga bebas dari molekul air, hemoglobin dan sebagainya.
4. Simpan reseptor yang sudah dipreparasi dengan cara klik File > Save As.
Simpan dengan format PDB, dan tekan tombol Save.
5. Untuk preparasi ligand asli sebagai ligand uji, Open lagi file 1HSG dengan
menggunakan aplikasi DS Visualizer

c. Konversi File Reseptor dan Ligand dalam Bentuk PDBQT

1. Jalankan aplikasi Autodock Tools 1.5.6 yang sudah tersedia di desktop
2. Klik tombol Open, kemudian pilih file reseptor yang sudah dipreparasi.
Kemudian klik Open.
 3. Setelah itu tambahkan atom Hydrogen pada reseptor uji, klik Hydrogens >
Add > Polar Only > OK
4. Kemudian simpan reseptor uji dalam bentuk PDBQT
5. klik Grid > Macromolecule > Choose > Klik nama reseptornya (1HSG) >
Select Molecule > Beri nama file “1hsg.pdbqt” > Save
6. Kemudian atur grid (bagian residu yang mana saja yang ingin dijadikan
sasaran ligand untuk berinteraksi), klik Grid > Grid Box.. > Atur ukuran
box seperti pada gambar > Klik File > Close Saving Current
7. Setelah itu konversi file ligand ke dalam bentuk PDBQT, klik Ligand > Input
> Open > Pilih file ligand yang sudah dipreparasi > Klik Open
8. Kemudian klik Ligand > Torsion Tree > Set Number of Torsion > pastikan
nilainya maksimum > Dismiss
9. Klik Ligand > Output > Save As PDBQT > Beri nama “ligand.pdbqt” >
Save

d. Molecular Docking dengan Autodock Vina

Pastikan file reseptor.pdbqt dan ligand.pdbqt berada pada folder yang sama,
yaitu pada Drive C: > Vina.
1. Buat file text baru (Klik kanan pada windows explorer > New > (Text
Document), beri nama conf.txt
2. Isikan form pada gambar berikut
3. Command Prompt Windows dengan cara klik Start > Ketik RUN atau bisa
juga dengan menekan tombol Bendera Windows + R, kemudian klik CMD >
Enter
4. Setelah itu pada Command Prompt ketik kode seperti yang ada pada gambar
 5. Tunggu sampai prosesnya selesai. Setelah selesai, untuk memudahkan
visualisasi, pecah file output.pdbqt menjadi file terpisah pada masing-masing
konformasinya. Caranya ketik kode pada gambar di Command Prompt >
Enter
6. Pada folder vina akan muncul beberapa file konformasi hasil docking,
sehingga lebih mudah untuk dianalisis dan divisualisasi
e. Visualisasi hasil docking
1. Buka aplikasi Open Babel
2. Pilih konformasi yang akan divisualisasi
3. Pada bagian input, pilih format file yang akan dikonversi (PDBQT), kemudian
masukkan file yang akan dikonversi (misalkan out_ligand_4.pdbqt)
4. Pada bagian Output, atur format menjadi PDB
5. Klik Tombol Convert
6. Setelah didapatkan file PDB, buka file 1hsg.pdb dengan aplikasi DS
Visualizer
7. Klik File > Insert From > File… > hasil docking (out_ligand_4.pdb) >
Open
8. Klik menu Receptor-Ligand Interaction
9. Tekan tombol Ctrl+H > Klik ligand hasil docking > Klik Define Ligand >
Setelah itu klik Ligand Interaction
10. cara klik kanan pada bagian background > Color > Background > Atur
warna menjadi putih
11. klik kanan pada background > klik Labels > Add.. > pada Object pilih
Amino Acid > Ukuran Font 12 > Warna Hitam > OK
E. DATA PENGAMATAN

Protein yang digunakan adalah protein 1HSG yang merupakan reseptor bentuk kristal
yang berasal dari virus HIV dilengkapi ligand asli berupa senyawa obat indinavir.

Setelah proses docking dilakukan sesuai dengaan cara kerja maka selanjutnya di
analisis nilai RMSG dengan program command promt.

Ini adalah hasil dari gird pada autodock tools yang digunakan untuk analisis
nilai RMSG, yaitu nilai SIZE dan CENTER (x,y,z)
Data tersebut kemudian dimasukkan kedalam text (conf.txt)

Hasil : Dari gambar diatas merupakan analisis nilai dari RSMG docking 1 HSG
antar ligand dan protein. Tapi pada percobaan yang kami lakukan terjadi
kesalahan dalam prosedur sehingga ERROR.
F. PEMBAHASAN

Pada praktikum kali ini digunakan virus HIV sebagai reseptor dan indinavir
sebagai senyawa uji. Docking molecular dilakukan dengan menggunakan aplikasi
Autodcks Vina. Tujuan dari praktikum ini adalah memprediksi ikatan senyawa obat
dengan reseptor dan efektivitas metode Molecular Docking, autodoks Vina. Senyawa obat
dapat di download pada gudang gen di situs www.rcsb.org.

Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS) merupakan kumpulan gejala

penyakit yang disebabkan oleh Human Immunodeficiency Virus (HIV). Seseorang yang
terinfeksi virus HIV atau menderita AIDS sering disebut dengan Odha singkatan dari
orang yang hidup dengan HIV/AIDS. Penderita infeksi HIV dinyatakan sebagai penderita
AIDS ketika menunjukkan gejala atau penyakit tertentu yang merupakan akibat
penurunan daya tahan tubuh yang disebabkan virus HIV.

Virus HIV merupakan retrovirus yang termasuk golongan virus RNA (virus yang
menggunakan RNA sebagai molekul pembawa informasi genetik). Disebut retrovirus
karena memiliki enzim reverse transcriptase. Enzim ini memungkinkan virus mengubah
informasi genetiknya yang berada dalam RNA ke dalam bentuk DNA yang kemudian
diintegrasikan ke dalam informasi genetik sel limfosit yang diserang. Dengan demikian
HIV dapat memanfaatkan mekanisme sel limfosit untuk mengkopi dirinya menjadi virus
baru yang memiliki ciri-ciri HIV. HIV menyerang sistem imun manusia yaitu menyerang
limfosit T helper yang memiliki reseptor CD4 di permukaannya. Limfosit T helper antara
lain berfungsi menghasilkan zat kimia yang berperan sebagai perangsang pertumbuhan
dan pembentukan sel-sel lain dalam sistem imun dan pembentukan antibodi sehingga
yang terganggu bukan hanya fungsi limfosit T tetapi juga limfosit B, monosit, makrofag
dan sebagainya.

Indinavir adalah inhibitor poten dari enzim protease HIV yang dipakai dalam
replikasi virus yang mengakibatkan AIDS. Protease inhibitor bekerja dengan
menonaktifkan enzim protease yang utama untuk replikasi dari virus AIDS. Uji klinis
sudah tunjukkan bahwasanya indinavir yang menambah system kekebalan badan dengan
menambah jumlah sel CD4 serta menghimpit jumlah virus yang beredar dalam aliran
darah. Dampak antivirus penting indinivir sudah diperlihatkan melewati tingkat
penurunan antigen p24 yang dipakai untuk mengukur tingkat HIV dalam darah. Indinivir
juga sudah diperlihatkan untuk menambah kemampuan system kekebalan badan dengan
menambah jumlah CD4.

Gambar 1 Senyawa Indinavir

Protease adalah enzim yang menghidrolisis ikatan peptide pada molekul protein
yang menghasilkan peptide atau asam amino. Protein terdiri atas molekul asam amino
yang bervariasi jumlahnya, berkisar antara 10 sampai ribuan yang berfungsi sebagai unit
penyusun polimer protein yang terangkai melalui ikatan peptida. Protein yang memiliki
lebih dari 10 asam amino disebut polipeptida, sedangkan istilah protein ditujukan bagi
polimer asam amino dengan jumlah di atas 100 (Suhartono,1989).

Sebelum docking molecular dilakukan preparasi protein dan ligan terlebih dahulu.
Preparasi protein dan ligan digunakan untuk mempersiapkan sebelum digunakan untuk
docking. Protein target yang digunakan dalam proses docking merupakan protein hasil
dari X-Ray yang diambil dari data bank senyawa obat untuk protein 4RS0 dengan alamat
http://pdb.org. Hasil dari preparasi ini adalah protein tanpa ligan. Preparasi protein dan
ligan dilakukan langsung menggunakan software PyRx-AutodockVina. Protein yang telah
dipreparasi mengalami kehilangan air (H2O) yang tidak berinteraksi dengan DRO. Hasil
preparasi protein 4RS0 dianalisis menggunakan fitur Autodokstool. Stabilitas bentuk
geometri 3D urutan asam amino dari protein yang ditunjukkan oleh titik-titik hitam
(mewakili saturesidu asam amino) yang berada di dalam area kurva, sedangkan bentuk
dan posisi geometri 3D yang tidak stabil ditandai dengan titik-titik hitam yang berada di
luar area kurva. Setelah protein dan ligan dipreparasi kemudian dilakukan penyatuan
antara protein dengan ligan menggunakan aplikasi Autodokstool dan pastikan penyatuan
tersebut masuk ke dalam grid box. Pengaturan grid box ini bertujuan mengarahkan ligan
senyawa obat indinavir untuk berinteraksi pada daerah di dalam reseptor.
 Nilai kedekatan struktur ligan sebelum dan setelah dilakukan docking molecular
menggunakan parameter RMSD (Root-Mean-Square Deviation) dengan menggunakan
program Command Promp. Hasil RMSD kurang dari 2,0 menunjukan metode tersebut
dapat digunakan Identifikasi Hasil Docking Ligan Uji. RMSD (Root Mean Square
Deviation) adalah parameter yang digunakan untuk mengevaluasi kemiripan dua buah
struktur. Kemiripan tersebut diukur bedasarkan perbedaan jarak atom sejenis. Nilai
RMSD yang diperoleh dari reseptor dengan kode 4RS0 adalah 1,9457. Setelah didapat
RMSD <2, maka dilakukan proses docking pada reseptor tersebut. Setelah diketahui nilai RMSD
<2 maka dipilih file kemudian dimasukkan ke dalam folder docking dan convert file dari pdbqt ke pdb
melalui aplikasi Open Babel. Terakhir lihat hasil docking molecular menggunakan DS
Visualizer. Untuk memperjelas ikatan reseptor dengan ligan dapat dilakukan perubahan
warna pada background.

Kelebihan metode pemodelan molekul (molecular docking) adalah dapat

digunakan untuk memprediksi aktivitas suatu senyawa sebelum dilakukan sintesis
sehingga mengurangi penggunaan pelarut dan bahanbahan kimia yang dapat mencemari
lingkungan.

Pada praktikum kali ini terjadi error ketika akan melakukan analisis nilai RMSD
dikarenakan beberapa hal yaitu :
1. Kesalahan praktikan dalam penyimpanan file preparasi protein dalam tempat
yang benar
2. File pada command promp yang dimasukkan tidak sesuai dengan file yang
disimpan oleh praktikan
3. Terlewat beberapa langkah pengerjaan akibat kurangnya ketelitian dari
praktikan
Kekurangan dan kelebihan dari masing-masing Aplikasi :
1. Autodock Vina : Kelebihan dari program AutoDock Vina adalah mudah digunakan,
program tidak berbayar, cepat, reprodusibel, dan multiple CPUs/Cores. Sedangkan
kekurangan dari program AutoDock Vina adalah tidak dapat memproses docking
dengan molekul ukuran besar, tidak dapat melakukan docking tanpa struktur tiga
dimensi, dan tidak dapat melihat interaksi antara protein dengan protein.
2. DS Visualizer : kelebihannya yaitu mudah di gunakan, program tidak berbayar.
Kekuragannya adalah format file yang digunakan harus tepat. Jika tidak mudah terjadi
error.
3. Autodock Tools : dengan aplikasi ini kita dapat meramalkan substrat yang paling
cocok untuk mengisi sisi aktif suatu senyawa.
4. Open Babel : kelebihannya dapat mengkonversi file dengan berbagai macam
ekstensi, dapat digunakan secara multiple
G. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat di diambil simpulan:
1. Dengan Metode docking yang dilakukan dengan aplikasi yaitu autodock vina, DS
Visualizer, Autodock Tools, Open Babel dapat dilakukan prediksi interaksi
senyawa indinavir (ligand) dengan virus HIV (reseptor).
2. Aplikasi Docking sangat efektif dalam melakukan molekular docking antara
ligand dengan reseptor.
3. Dengan aplikasi ini dapat meramalkan substrat yang paling cocok untuk mengisi
sisi aktif suatu senyawa.
H. DAFTAR PUSTAKA
 Anonim, 2016, Modul Biologi Molekuler Blok 11, Program Studi Farmasi.,
UMY.
 Anonim. “kelebihan docking”. 20 April 2016.
http://eprints.uns.ac.id/24658/3/G0012031_bab2.pdf
 Awaluddin, Fikri.” Mengenal Molecular Docking (Penambatan Molekul)”. 20
April 2016. http://rickyrichmoslem.blogspot.co.id/2015/01/mengenal-
molecular-docking-penambatan.html

I. LAMPIRAN

Hasil Analisis nilai RMSG yang seharusnya seperti pada gambar diatas.

Ini merupakan hasil docking yang dilihat awan elektron yaitu donor proton dan acceptor
proton