DNA Mitokondria (disingkat mtDNA) adalah materi genetik DNA yang terdapat di

dalam mitokondria. Mitokondria merupakan organel sel memiliki struktur khas

dengan bentuk bulat lonjong dalam sel. Fungsi mitokondria adalah untuk memasok
energi dalam sel atau biasa disebut tempat respirasi sel, Energi ini diperoleh dari
makanan. Di dalam sel mitokondria terdapat ratusan ribu mitokondria yanng terdapat
di sitoplasma sel. Mitokondria memiliki materi genetik sendiri yang karakteristiknya
berbeda dengan materi genetik di inti sel.

Perbedaan DNA mitokondria dan DNA inti sebagai berikut :

1. Letak
DNA mitokondria terletak di dalam mitokondria, mitokondria adalah organel sel.
Sedangkan DNA inti sel terletak di dalam inti sel. mtDNA terletak di matriks
mitokondria berdekatan dengan membran dalam mitokondria, tempat berlangsungnya
reaksi fosforilasi oksidatif yang menghasilkan radikal oksigen sebagai produk
samping (Richter, 1988).

2. Laju Mutasi lebih cepat

Laju mutasi DNA mitokondria lebih tinggi sekitar 10-17 kali dibandingkan DNA inti.
Karena mtDNA tidak memiliki mekanisme reparasi yang efisien (Bogenhagen, 1999).
DNA polimerase yang dimiliki oleh mitokondria adalah DNA polimerase γ yang tidak
mempunyai aktivitas proofreading (suatu proses perbaikan dan pengakuratan dalam
replikasi DNA). Tidak adanya aktivitas ini menyebabkan mtDNA tidak memiliki
sistem perbaikan yang dapat menghilangkan kesalahan replikasi. Replikasi mtDNA
yang tidak akurat ini akan menyebabkan mutasi mudah terjadi.

3. Tidak memiliki protein histon.

Pada DNA inti, disusun dalam bentuk yang khas, dengan adanya beberapa macam
protein histon sehingga bentuknya seperti berpilin-pilin.

4. Jumlah Lebih Banyak dan Ukuran genom lebih kecil

DNA mitokondria mempunyai jumlah lebih banyak jika dibandingkan DNA inti,
karena jumlah mitokondria banyak di dalam sel. Dari segi ukuran genom, genom
DNA mitokondria relatif lebih kecil.

5. Hanya diwariskan dari Ibu

DNA mitokondria diwariskan hanya dari ibu, sedangkan DNA inti dari kedua orang
tua (dari DNA ayah dan ibu). Pada saat pembuahan sel, sel sperma hanya berpusi
materi DNA saja, sedangkan sedangkan bagian-bagian sel sperma lain tidak.
Sehingga DNA mitokondria pada anak hanya dari ibu.

6. Bentuknya Lingkaran dan sirkuler

DNA mitokondria berbentuk lingkaran, berpilin ganda, sirkular, dan tidak terlindungi
membran (prokariotik). Sedangkan bentuk DNA inti panjang tidak sirkuler, duble
helik, pada saat akan pembelahan sel berbentuk kromosom.

7. Tidak memiliki intron

DNA mitokondria tidak memiliki intron dan semua gen pengkode terletak
berdampingan,sedangkan pada DNA inti terdapat ekson dan intron, pada saat sintesis
protein terjadi pemotongan intron yaitu pada pemerosesan mRNA.
8. Haploid (2n)
DNA mitokondria bersifat haploid karena hanya berasal dari ibu.

9. Stop kodonnya berbeda

Salah satu bentuk keunikan lainnya dari mitokondria adalah perbedaan kode genetik
mitokondria menunjukkan perbedaan dalam hal pengenalan kodon universal. UGA
tidak dibaca sebagai “berhenti” (stop) melainkan sebagai tryptofan, AGA dan AGG
tidak dibaca sebagai arginin melainkan sebagai “berhenti”, AUA dibaca sebagai
methionin (Anderson et al., 1981).

10. DNA mitokondria mempunyai daerah yang tidak mengode dari mtDNA. Daerah
ini mengandung daerah yang memiliki variasi tinggi yang disebut displacement loop
(D-loop). D-loop merupakan daerah beruntai tiga (tripple stranded) untai ketiga lebih
dikenal sebagai 7S DNA. D-loop memiliki dua daerah dengan laju polymorphism
yang tinggi sehingga urutannya sangat bervariasi antar individu, yaitu Hypervariable I
(HVSI) dan Hypervariable II (HVSII). Daerah non-coding juga mengandung daerah
pengontrol karena mempunyai origin of replication untuk untai H (OH) dan promoter
transkripsi untuk untai H dan L (PL dan PH) (Anderson et al., 1981). Selain itu,
daerah non-coding juga mengandung tiga daerah lestari yang disebut dengan
conserved sequence block (CSB) I, II, III. Daerah yang lestari ini diduga memiliki
peranan penting dalam replikasi mtDNA.

Karakteristik Mitokondria
Merupakan organela dengan rangkaian butir-butir yang tersusun seperti benang.
Sebagai organel tempat berlangsungnya fungsi respirasi sel makhluk hidup, sehingga
disebut “ organela pembangkit tenaga” bagi sel .
Berbentuk bulat (elips) dengan diameter 0,5 – 1,0 µm dan panjang sampai 7 mm.
Banyak terdapat pada sel yang memiliki aktivitas metabolisme tinggi dan memerlukan
banyak ATP dalam jumlah banyak, seperti di jantung, hati, dan otot. Misalnya pada
sel kontraktil seperti pada bagian ekor sperma, sel otot jantung, dan sel yang aktif
membelah seperti epitelium, akar rambut, dan epidermis kulit.

Struktur Mitokondria
Membran Luar
Terdiri dari protein dan lipid serta mengandung protein porin (protein transport).
Mengandung enzim yang terlibat dalam biosintesis lipid dan enzim-enzim yang
mengubah substrat lipid menjadi bentuk lain untuk dimetabolisme di matriks
mitokondria.

2. Membran Dalam dan Krista

Kurang permeabel dibandingkan membran luar
Terdiri dari 20% lipid dan 80% protein
Merupakan tempat utama pembentukan ATP.
Lapisan membran dalam membentuk lipatan-lipatan yang disebut dengan crista.
Mengandung protein yang terlibat dalam reaksi fosforilasi oksidatif, ATP sintase yang
berfungsi membentuk ATP pada matriks mitokondria, serta protein transpor yang
mengatur keluar masuknya metabolit dari matriks melewati membran dalam.
3. Ruang Antar Membran
4. Matriks
Merupakan ‘ruangan’ yang terdapat di dalam mitokondria
Mengandung beberapa mineral dan ± 67% protein mitokondria, serta enzim-enzim
yang dibutuhkan untuk proses oksidasi piruvat, asam lemak dan untuk menjalankan
siklus asam trikarboksilat (siklus krebs).
Terdapat materi genetik, yang dikenal dengan DNA mitkondria (mtDNA), ribosom,
ATP, ADP, fosfat inorganik serta ion-ion seperti magnesium, kalsium dan kalium.

Perbandingan membran dalam dan membran luar

Macam dan lokasi enzim dalam mitokondria
DNA Mitokondria
Lanjutan…..
DNA polimerase yang dimiliki oleh mitokondria adalah DNA polimerase γ yang tidak
mempunyai aktivitas proofreading (suatu proses perbaikan dan pengakuratan dalam
replikasi DNA).
DNA mitokondria terdapat dalam jumlah banyak (lebih dari 1000 kopi) dalam tiap
sel.
DNA mitokondria hanya diwariskan dari ibu (maternally inherited).
Fungsi Mitokondria
Menghasilkan tenaga pada metabolisme karbohidrat dan lemak (respirasi).
Sintesis ATP dan sintesis porfirin, sebagai tempat di mana fungsi respirasi pada
makhluk hidup berlangsung.
Peran utama mitokondria adalah sebagai pabrik energi sel yang menghasilkan energi
dalam bentuk ATP. Oleh karena itu mitokondria sering disebut sebagai “The Power
House”.
Metabolisme Mitokondria
Reaksi pembentukan ATP di mitokondria dapat dibagi menjadi 3 tahap:
1. Reaksi oksidasi piruvat (atau asam lemak) menjadi CO2. Reaksi ini terkait
dengan reduksi NAD+ dan FAD menjadi NADH dan FADH2. Reaksi-reaksi ini
berlangsung dalam ruang matriks mitokondria.
2. Transfer elektron dari NADH dan FADH2 ke O2. Rentetan reaksi ini berlangsung
pada membran dalam dan terkait dengan pembentukan proton motive force atau
gradien elektrokimia lintas membran dalam mitokondria.
3. Pemanfaatan energi yang tersimpan dalam bentuk gradien elektrokimia untuk
memproduksi ATP. Reaksi ini dikatalisis oleh kompleks enzim F0-F1 ATP sintetase
yang berlokasi pada membran dalam.

Struktur
Struktur umum suatu mitokondrion
Mitokondria banyak terdapat pada sel yang memilki aktivitas metabolisme tinggi dan
memerlukan banyak ATP dalam jumlah banyak, misalnya sel otot jantung. Jumlah
dan bentuk mitokondria bisa berbeda-beda untuk setiap sel. Mitokondria berbentuk
elips dengan diameter 0,5 µm dan panjang 0,5 – 1,0 µm. Struktur mitokondria terdiri
dari empat bagian utama, yaitu membran luar, membran dalam, ruang antar membran,
dan matriks yang terletak di bagian dalam membran [Cooper, 2000].
Membran luar terdiri dari protein dan lipid dengan perbandingan yang sama serta
mengandung protein porin yang menyebabkan membran ini bersifat permeabel
terhadap molekul-molekul kecil yang berukuran 6000 Dalton. Dalam hal ini,
membran luar mitokondria menyerupai membran luar bakteri gram-negatif. Selain itu,
membran luar juga mengandung enzim yang terlibat dalam biosintesis lipid dan enzim
yang berperan dalam proses transpor lipid ke matriks untuk menjalani β-oksidasi
menghasilkan asetil-KoA.
Membran dalam yang kurang permeabel dibandingkan membran luar terdiri dari 20%
lipid dan 80% protein. Membran ini merupakan tempat utama pembentukan ATP.
Luas permukaan ini meningkat sangat tinggi diakibatkan banyaknya lipatan yang
menonjol ke dalam matriks, disebut krista [Lodish, 2001]. Stuktur krista ini
meningkatkan luas permukaan membran dalam sehingga meningkatkan
kemampuannya dalam memproduksi ATP. Membran dalam mengandung protein
yang terlibat dalam reaksi fosforilasi oksidatif, ATP sintase yang berfungsi
membentuk ATP pada matriks mitokondria, serta protein transpor yang mengatur
keluar masuknya metabolit dari matriks melewati membran dalam.
Ruang antar membran yang terletak di antara membran luar dan membran dalam
merupakan tempat berlangsungnya reaksi-reaksi yang penting bagi sel, seperti siklus
Krebs, reaksi oksidasi asam amino, dan reaksi β-oksidasi asam lemak. Di dalam
matriks mitokondria juga terdapat materi genetik, yang dikenal dengan DNA
mitkondria (mtDNA), ribosom, ATP, ADP, fosfat inorganik serta ion-ion seperti
magnesium, kalsium dan kalium

Fungsi mitokondria
Peran utama mitokondria adalah sebagai pabrik energi sel yang menghasilkan energi
dalam bentuk ATP. Metabolisme karbohidrat akan berakhir di mitokondria ketika
piruvat di transpor dan dioksidasi oleh O2¬ menjadi CO2 dan air. Energi yang
dihasilkan sangat efisien yaitu sekitar tiga puluh molekul ATP yang diproduksi untuk
setiap molekul glukosa yang dioksidasi, sedangkan dalam proses glikolisis hanya
dihasilkan dua molekul ATP. Proses pembentukan energi atau dikenal sebagai
fosforilasi oksidatif terdiri atas lima tahapan reaksi enzimatis yang melibatkan
kompleks enzim yang terdapat pada membran bagian dalam mitokondria. Proses
pembentukan ATP melibatkan proses transpor elektron dengan bantuan empat
kompleks enzim, yang terdiri dari kompleks I (NADH dehidrogenase), kompleks II
(suksinat dehidrogenase), kompleks III (koenzim Q – sitokrom C reduktase),
kompleks IV (sitokrom oksidase), dan juga dengan bantuan FoF1 ATP Sintase dan
Adenine Nucleotide Translocator (ANT) [Wallace, 1997]

truktur dan fungsi mitochondria

Mitokondria berbentuk bulat panjang atau seperti tongkat terdapat pada sel eukariotik
aerob. Mitokondria dibatasi dua lapis membran yang kuat, fleksibel, dan stabil, serta
tersusun atas lipoprotein. Membran dalam membentuk tonjolantonjolan yang disebut
krista untuk memperluas permukaan agar penyerapan oksigen lebih efektif.
Ruangan dalam mitokondria berisi cairan disebut matriks mitokondria. Matriks ini
kaya enzim pernapasan (sitokrom), DNA, RNA, dan protein. Perhatikan Gambar di
bawah:

mitokondria

Fungsi Mitokondria

Mitokondria memiliki DNA sendiri yang mengkode sintesis protein spesifik.

Mitokondria berfungsi dalam oksidasi makanan, respirasi sel, dehidrogenasi,
fosforilasi oksidasif, dan sistem transfer elektron.
Oksidasi zat makanan di dalam mitokondria menghasilkan energi dan zat sisa. Secara
sederhana reaksinya dapat ditulis sebagai berikut.

Fungsi utama kloroplas yaitu merupakan tempat fotosintesis pada tumbuhan.

Semua bagian yang berwarna hijau pada tumbuhan, termasuk batang hijau dan buah

yang belum matang, memiliki kloroplas, tetapi daun merupakan tempat utama

berlangsung nya fotosintesis pada sebagian besar tumbuhan. Terdapat kira-kira

setengah juta kloroplas tiap mili meter persegi permukaan daun. Warna daun berasal

dari klorofil, pigmen warna hijau yang terdapat didalam kloroplas. Energy cahaya

yang diserap klorofil ini lah yang menggerakkan sintesis molekul makanan dalam

kloroplas. Kloroplas ditemukan terutama dalam sel mesofil, yaitu jaringan yang

terdapat didalam bagian dalam daun. Karbon dioksida masuk kedaun, dan oksigen

keluar, melalui pori mikroskopik yang disebut stomata (tunggal, stoma;bahasa yunani,

berarti mulut). Air yang diserap oleh akar dialirkan kedaun melalui berkas pembuluh.

Daun juga menggunakan berkas pembuluh untuk mengirimkan gula keakar dan

bagian-bagian dari tumbuhan yang tidak berfotosintesis.

F. Replikasi dan Diferensiasi DNA pada Kloroplas

Kloroplas berasal dari kloroplas yang sudah ada selama daur hidup tumbuhan

tinggi daan diteruskan ke sel sel turunannya selama pembelahan sel. Penyempitan

terjadi dekat tengah – tengah plastida dan kedua turunan dihasilkan dari pemishan
membran – membran didaerah itu. Umumnya pembelahan kloroplas tidak serempak

di dalam jaringan atau sel tumbuhan. Sejumlah fakto – faktor lingkungan

memengaruhi replikasi dan diferensiasi, karena itu puncak reflikasi akan terlihat

apabila keadaan lingkungan optimal. Replikasi dan diferensiasi kloroplas dipengaruhi

oleh faktor-faktor lingkungan tertentu seperti cahaya, suhu, regulator pertumbuhan

dan mineral.

A. PENDAHULUAN
Kloroplas adalah benda terbesar dalam sitoplasma. Kloroplas yang
berkembang dalam batang dan sel daun mengandung pigmen hijau yang dalam f
otosintesis menyerap tenaga matahari untuk mengubah karbondioksida menjadi gula,
yakni sumber energy kimia dan makanan bagi tumbuhan. Kloroplas memperbanyak
diri dengan memisahkan diri secara bebas dari pembelahan inti sel.
Didalam sitoplasma sel terdapat banyak organel diantaranya kloroplas dan
mitokondria yang masing-masing berfungsi dalam proses fotosintesis dan sintesa
adenosintriposfat (ATP). Kloroplas dan mitokondria ternyata mengandung materi
genetic ( gen atau DNA ) yang dapat termutasi. Mutasi gen kloroplas atau
mitokondria sering disebut mutasi di luar inti atau extra nuclear mutation.
Kloroplas merupakan komponen pada daun yang menolong tanaman
mengubah cahaya menjadi energy yang dikenal dengan proses fotosintesis. Kloroplas
ada di dalam tanaman berdaun hijau , jadi pada dasarnya setiap tanaman memiliki
potensi untuk menjadi sumber listrik.
B. ASAL USUL K LOROPLAS
Kloroplas adalah organel yang ada di dalam sel tumbuhan ganggang,
eukariot yang dapat mengadakan fotosintesis. Kloroplas menyerap energi cahaya dari
matahari untuk menghasilkan energi bebas yang disimpan dalam ATP dan NADPH
dalam proses fotosintesis.
Kloroplas merupakan salah satu bentuk plastid, serta secara umum
dianggap turunan sianobakteri endosimbiotik. Di bagian ini, kloroplas bersamaan
dengan mitokondria, tapi kloroplas hanya ada pada tumbuhan dan protista. Dua
organel ini diselubungi oleh dua lapis dinding yang dipisahkan oleh ruangan antar
membrane milik DNA sendiri yang bekerja pada metabolisme energi dan mempunyai
retikulasi (kristal) yang mengisi ruangan dalam.
 Dalam tumbuhan hijau, kloroplas dikelilingi oleh dua membrane lipid
ganda. Kini membrane dalam dianggap bersatu dengan membrane luar sianobakteri
yang hidup bebas, tapi bsisa yang ada jelas menunjukan kesamaannya. Gen-gen yang
hilang kebanyakan pindah, disandikan di genom inti inangnya.
Perlu diketahui juga bahwa beberapa ganggang (seperti heterokon dan
protista lainnya seperti Euglenaozoa dan (crozoa). Kloroplas seperti menurut
melewati kejadian endosimbiosis sekunder.Ketika sel eukariot memakan sel eukariot
kedua yang yang mengandung kloroplas, sehingga membentuk kloroplas yang
dibungkus oleh tiga atau empat lapis membrane. Paada beberapa kejadian,
endosimbiosis sekunder ini dimakan lagi oleh eukariot lainnya, sehingga membentuk
endosimbion tersier.

C. PERKEMBANGAN KLOROPLAS

Dalam perkembangan kloroplas dikenal dua metode yaitu yang melibatkan

kloroplas dewasa dan yang melibatkan proplastida. Pada perkembangan kloroplas
yang melalui kloroplas dewasa, dilakukan dengan cara pembelahan. Pembelahan
kloroplas dewasa yang biasa terlihat tidak hanya terjadi pada alga dan chlorella, tetapi
juga terjadi pada tumbuhan tinggi. Pembelahan itu disertai pembelahan dan
pembesaran sel daun. Sedangkan untuk perkembangan kloroplas yang melibatkan
proplastida, merupakan proses pendewasaan proplastida menjadi kloroplas.
Keterangan bagan:
a. Proplastida, dengan membrane luar dan membrane dalamnya.
b. Membran dalam mengalami evaginasi membentuk tunas-tunas vesikula.
c. Proplastida membesar, diikuti dengan fusi dari beberapa tunas-tunas vesikula
tilakoid pipih.
d. Beberapa vesikula tilakoid pipih menumpuk membentuk grana.
e. Proplastida yang semakin membesar menyebabkan tilakoid semakin jela dan
tumpukan grana menjadi tebal membesar.
Perkembangan kloroplas dari proplastida memiliki jalur yang berbeda
ketika sintesa klorofil terhambat oleh inhibitor atau menglami defisiensi mineral.
Inhibitor sintesa klorofil, antara lain etiolase, mutasi atau adanya streptomisin. Dalam
kondisi ini, proplastida sebelum membentuk lamella, akan membentuk jala di dalam
kloroplas, yang mengarah pembentukan prolamellar.
Kloroplas terdapat pada semua bagian tumbuhan yang berwarna hijau, termasuk
batang dan buah yang belum matang.Di dalam kloroplas terdapat pigmen klorofil
yang berperan dalam proses fotosintesis. Kloroplas mempunyai bentuk seperti cakram
dengan ruang yang disebut stroma. Stroma ini dibungkus oleh dua lapisan
membran.Membran stroma ini disebut tilakoid, yang didalamnya terdapat ruang-ruang
antar membran yang disebut lokuli. Di dalam stroma juga terdapat lamela-lamela
yang bertumpuk-tumpuk membentuk grana (kumpulan granum). Granum sendiri
terdiri atas membran tilakoid yang merupakan tempat terjadinya reaksi terang dan
ruang tilakoid yang merupakan ruang di antara membran tilakoid.Bila sebuah granum
disayat maka akan dijumpai beberapa komponen seperti protein, klorofil a, klorofil b,
karetonoid, dan lipid. Secara keseluruhan, stroma berisi protein, enzim, DNA, RNA,
gula fosfat, ribosom, vitamin-vitamin, dan juga ion-ion logam seperti mangan (Mn),
besi (Fe), maupun perak (Cu). Pigmen fotosintetik terdapat pada membran tilakoid
Sedangkan, pengubahan energi cahaya menjadi energi kimia berlangsung dalam
tilakoid dengan produk akhir berupa glukosa yang dibentuk di dalam stroma. Klorofil
sendiri sebenarnya hanya merupakan sebagian dari perangkat dalam fotosintesis yang
dikenal sebagai fotosistem.