Prof. (R).Dr.

 IKA MARISKA SOEDHARMA
METABOLIT SEKUNDER

1. Industri farmasi : obat, pewarna

Mis : aspirin dan salicylate
1. Bumbu penyedap makanan
2. Kosmetik : minyak wangi
3.
3 Anti
A i mikroba
ik b
4. Bioinsektisida, biofungisida
5. Obat tradisional

Metabolit sekunder Î - End product (Caspek, 1921)

- Natural product (Croteau et al., 2000)
METABOLIT SEKUNDER

FUNGSI DALAM TANAMAN

1. Antraktan untuk serangga/hewan lainnya : polinasi
2. Melindungi dari stress lingkungan
3. Mekanisme pertahanan dari serangan hama, penyakit,
herbivora,molusca & vertebrata (phytoalexins)
4. Zat pengatur tumbuh
5. Meningkatkan kemampuan tanaman dalam bersaing
dengan tanaman lain (alelopati) Î mis : monoterpenoid
6. Penyimpan & sistim transport nitrogen
7. Proteksi terhadap ultra violet (Wink, 1987)

Bourgard et al., (2001) : peran penting pada tanaman

untuk adaptasi terhadap lingkungan
 METABOLIT SEKUNDER
(Robins, 1994 dan Mann, 1995)

• Tidak disintesa secara terus

menerus tetapi hanya pada
tingkat pertumbuhan dan
perkembangan tertentu
atau
• Selama periode stress biotik
karena kurang nutrisi atau
faktor abiotik
1. Disimpan dalam biji dan organ 
penyimpan
2. Mempunyai peran penting untuk
metabolisme primer (fotosintesa + 
respirasi) (terlibat dalam proses Essential
fisiologis utama dengan mekanisme &
yang sudah diketahui pasti)
selalu tersedia
3
3. Volume besar
Volume besar
4. Nilai rendah kecuali mesoinositol,  (terlibat dalam
ß‐caroten karena untuk ektrasi,  proses fisiologis
isolasi dan pemurnian sulit utama)
5. Untuk bahan mentah makanan, 
produk nabati, asam lemak (sabun, 
deterjen), dan karbohidrat.
6. Tersedia banyak di pasar
1. Disintesa pada tingkat pertumbuhan tertentu atau adanya
stress
2. Disintesa pada sel tertentu dan pada group taksonomi
tertentu
3. Tidak berperan penting dalam metabolisma primer tapi
untuk kelangsungan hidup dihabitatnya (peran ekologi)
4. Konsentrasi kecil dan persediaan terbatas
5. Nilai ekonomi tinggi
6. Umumnya struktur lebih kompleks Î sulit disintesis
7. Sulit ditemukan dipasar Î baru ±15% dari spesies
tanaman yang sudah diisolasi
 FOTOSINTESA

Penangkapan dan pengumpulan cahaya : klorofil

ATP + NADPH
 FOTOSINTESA …
2. GELAP : asimilasi O2
ƒ Reduksi Pentosa Fosfat (siklus Calvin) Î RUBP
CO2  Î Fruktosa‐6 P atau Piruvat Malat (C4)

a. Sukrosa
k P Í UDP glukosa
l k + fruktosa
f k 6P
Sukrosa P Î sukrosa + P
b. NDP-D-9-glukosa+Fruktosa Sukrosa+ NDP

ƒ Sukrosa Î D‐glukosa + D‐fruktosa

 FOTOSINTESA
C3 C4 (1966)
CO2 – PEPC
CO2 – Rubisco Anatomi KRAN 2
(mesofil + bundle sheet)
RUBP
Malat, aspartat, oxaloacetat
p
3 PGA (mesofil)
Calvin
3 PGA
Hexosafosfat

Hexosafosfat
(Bundle Sheet)
 KARBOHIDRAT FOTOSINTESA
Penyimpanan : pati + fruktan
Sukrosa : transport glukosa, fruktosa
- Monosakarida :
glukosa, manosa, arabinosa, xylosa,
fruktosa, rhamnosa, galaksana
- Oligosakarida :
METABOLISME PRIMER :
disusun dari 2 – 5 sakarida (glukosa),
sukrosa, trehalose, raffinosa, starchyoset ‐ Sukrosa pada tebu, bit
tebu bit
- Polisakarida: ‐ 3 enzim yang berperan
(SPS, SS, Invertase)
Selulosa, amilosa, amilopektin

(BM tinggi)
Poligalakturonase, glukomanan, xylans
glikosa, kitin
 Karbohidrat

Jalur
Jalur Pentosa Fosfat Glikolisis Asam Shikimat Asam Sikhimat
Erythrosin‐4‐P

CO2 + H2O Asam Fosfoenol Piruvat Senyawa Aromatik

Alkaloid
Asam Piruvat Asam Sitrat Asam
(siklus asam) Amino

Jalur Asetil co‐A Asam Sinamat

Jalur
Malonat asetat Mevalonat asetat

Malonit Co‐A Terpenoid

Asam Lemak Poliketida Steroid

Karotenoid

Poliasetilen Senyawa Aromatik

Golongan flavonoid

Gambar 1. Jalur biosintesa pada tanaman

UNTUK MENINGKATKAN PRODUKSI DAN
AKUMULASI METABOLIT SEKUNDER

Seleksi gen yang berperan atau pohon induk

Seleksi sel

Manipulasi lingkungan

Mutasi

Rekayasa genetik
 JALUR METABOLIT SEKUNDER
(diluar biosintesa sukrosa + protein)

1. Malonat asetat
2. Mevalonat asetat
3. Asam shikimat
(1885 tanaman Illicum religliosum)

CO2 + H2O    Klorofil sukrosa Pentosa fosfat glukosa 6‐fosfat

fruktosa 6‐fosfat

PREKUSOR METABOLIT SEKUNDER

 1. Eritrosa‐4‐fosfat
2. PEP Jalur asam shikimat

Prekusor dan produk primer Senyawa Aromatik

dari glukosa-6-fosfat berasal dari

Asam Korismik Ti t f
Triptofan, ti i PAL ((produk
tirosin, d k akhir
khi
(prekusor) asam shikimat)

‐ Auksin a.l. 2,4-D : Trigger sintesis metabolit sekunder seperti fitoaleksin

Fitoaleksin : anti mikroba (Deverall, 1982)
- PAL Î Cinnamic acid
-Tirosin Î p = coumaric acid
‐ Tirosin sumber cincin utama Quinon

Hidroksi Benzoat (senyawa antara) Respirasi, sintesa IAA, fisik

Ca, B (1,3), glukanase

‐ PAL : fenol, lignin, fitoaleksin (dopamin,
asam klorogenik, asam shikimik)

PAL = enzim yang berperan dalam produksi molekul dasar komponen organik yang
berhubungan dengan ketahanan terhadap penyakit

Fitoaleksin
(senyawa anti mikroba yang disintesa dan diakumulasi pada tanaman sebagai
respon terhadap infeksi mikroorganisma)
As. Co. A : 
1. Titik awal elaborasi metabolit sekunder
2. Kunci perombakan hidrat arang, lemak, protein

Asam palmitat (metabolit primer Î derivatif metabolit

sekunder dari jalur asam malonat (selain asam lainnya)

A
Asam l t : senyawa awall untuk
mevalonat t k biosintesa
bi i t t id
terpenoid
& steroid

PAL Î asam sinamat Î asam ß‐coumarat

TIROSIN
 (umumnya komponen aromatik)
• Pada tanaman tinggi dan jamur
• Asetil Co.A Î Malonyl Co.A Î poliketida
• Orsellinic acid (>pada jamur), derivatif phloroglucinol
Jalur Acetat Mevalonat Jalur Asam Shikimat
1. Essential oil 1. Asam Sinamat Fenol
2. Squalent 2. Asam benzoik
3. Monoterpenoid 3. Lignin
4. Mentol 4. Koumarin
5. Korosinoid 5. Tanin
6. Streoid 6. Asam amino benzoik
7. Terpenoid 7. Quinon
8. Sapogenin
9. Geraniol Benzenoid berasal dari 2 jalur
10 ABA GA3
10. ABA, GA3 1. Asam shikimat
2. Acetat mevalonat

• Terpenoid : isoprenoid (5 unit carbon),  

mis: peppermit M. piperita, spermint M. psicata
• Monoterpenoid (C10) : volatile essence (herbs + spices)

Piruvat
IPP (prekussor) Æ terpenoid (>25.000)
Gliseraldehyde
 JALUR ASETAT MALONAT

1. Asam lemak
Laurat, Miristat, Palmitat, Stearat,Oleat,Linoleat dan Linolenik
2. Poliasetilen
3. Gliserid
4. Fosfolipid
5. Glikolipid

Pada berbagai tanaman :

Jarak pagar, kelapa sawit, kelapa, jagung, kacang tanah, zaitun, bunga
matahari, kedelai, wijen, kapas, coklat, alpukat
 :
(kultur kalus, sel & akar rambut = KAT)

1. Bonner Aireguin (1950): 
Biosintesa karet dari kalus
Guayule
2. Tulecke + Nickell (1956)
 KULTUR JARINGAN
METABOLIT SEKUNDER YANG BANYAK DIKENAL Î
KOMERSIAL (1983)

1. Mitsui Petrochemical IND: skala industri
• Shikonin dari kultur sel Lithospermum
Lithospermum erithorhizon erithorhizon (anti bakteri, zat pewarna, 
kosmetik, untuk
kosmetik untuk luka dll). Kultur
dll) Kultur akar
rambut bioreaktor 20.000 ml
• Sikonin dari alam dari akar pada saat
tanaman umur 5 – 7 tahun (1‐2 %) melalui
kultur jaringan = 12 – 15%
2…
2. Ginsenoida dari akar ginseng
Saponin + Ginsenoida. Nitro Denko Comp. (1991)  
Bioreaktor 20.000 l (kultur akar)
3. Vinblastine + Vincristine dari Catharanthus roseus Î
Alkaloid untuk leukimia
4. Ajmalicine dari Rauvolvia sp
Î anti hipertensi Rauvolvia sp
 HASIL
KELTI BIOLOGI
Clove SEL DAN
JARINGAN

Cengkeh

Artemisia
 1. Alkaloid – Rauvolvia serpentina
2. Atropine – Hyoscymus niger
3. Caffeine – Coffea arabica
4. Cocaine – Erythorxylon coca
5. Nikotin – Nicotiana tabacum
6. Quinine – Cinchona officinalis
7. Scopolamine – N. niger
8. Vinblastine – Catharanthus roseus
•Alkaloid – 12.000 senyawa organik
 SELEKSI SEL

1. Visual terutama pigmen
2. Analisis kimia : RIA
3. Ukuran/agregat sel
 Nitotiana tabacum

1. Pertumbuhan sel dengan biosintesa sejalan

(pada seluruh pertumbuhan), mis: 
Nikotin dari tembakau Morinda sp
Anthosianin dari kultur sel Haplopapus gracilis
Anthraquinon dari Morinda sp
Haplopapus gracilis
2. Pembentukan pada pertumbuhan sel meningkat
Mis : 
Shikonin dari kultur kalus Lithospermum sp
Lithospermum erithorhizon

3...
3. Kurva produksi diphasic dan
produksi tertinggal
(pertumbuhan monoton) 
dibelakang kurva pertumbuhan
mis : 
Diosgenin dari kultur sel
Dioscorea deltiodea
4. a. Diferensiasi morfologi
mis :
Pada kultur kalus Atropa belladona Atropa belladona
(alkaloid) Î terbentuk saat kalus
membentuk akar
4. b. Diferensiasi morfologi
Datura innoxia Î alkaloid bagian
dari akar (hyoscyamine, scopolamine) Datura innoxia
 Linsdsey + Yeomann (1983) :
Diferensiasi ada 2
1. Terjadi perubahan bentuk + struktur + fungsi dari
individu sel Î sitodiferensiasi

2. Perubahan dalam organisasi sel

Pembentukan struktur morfologi yang dapat dikenal
 BERBAGAI FAKTOR
Æ PRODUKSI METABOLIT SEKUNDER
Formulasi media

Faktor Fisik

G ti Î sell
Genotipa

Stress
• Logam berat, elicitor, sinar UV

Precusor
 Elicitor :
Toksin,filtrat dari mikroba

1. Frekuensi pemberian
2. Fase pertumbuhan sel
3. Periode pemberian

Elicitor Î glucan a.l. phenyl propanoid

- CHS Î kunci biosintesa isoplavonoid
- CHI Î kunci biosintesa phenylpropanoid
 • 1) Kultur harus mempunyai enzim Î untuk
biotransformasi
• 2) Hasil akhir harus dibentuk lebih cepat
dibanding metabolit lain
• 3) Sel
) l harus
h dapat
d mentolelir
l l adanya
d prekusor
k

Murah, cepat + mudah membentuk senyawa akhir

(dihindarkan perkusor untuk metabolit primer)

(Steele & Constabel, 1974)

Ketersediaan enzim (tidak ada/terbatas

Hambatan dalam sistem transportasi

prekusor ke sel target

Keterbatasan prekusor

(Bohm, 1981)
 Modifikasi dari prekusor menjadi produk lebih berharga
yang digunakan untuk industri farmasi, kimia dengan
menggunakan biokatalistik (Pros, 1990)

1. Sudah dikenal (solasodin, diosgenin dll.)

2. Senyawa baru (tidak ada dalam tanaman)
3. Biotransformasi (tidak ada/ada dalam tanaman)
• Mulai 1980 : 
Kultur akar dengan A. rhizogenes
 KEUNTUNGAN DENGAN KAT
1. Pertumbuhan lebih cepat
2. Produksi metabolit sekunder lebih
stabil
3. Lebih mudah untuk memanipulasi
4. Kemungkinan dapat berfotosintesa
Î baik untuk produksi metabolit CIRI KAT :
sekunder ƒ Derajat percabangan lateral
5. Tanpa zat pengatur tumbuh tinggi
eksogen
k ƒ Kurva
K t b h menyerupaii
tumbuh
6. Resistensi tinggi terhadap kultur suspensi
kontaminasi ƒ Tidak terpengaruh
7. Derajat percabangan tinggi geotropisme
ƒ Stabil dalam produksi
metabolit sekunder
Hamill et al., 1986 + Tappi, 1996
 Kultur Akar
Rambut …

• Agrobaterium Î (plasmid T‐DNA + Vir.)
‐ Untuk induksi Tumor Ti 
‐ Untuk induksi akar Ri : pRi = T‐DNA + vir region
T‐DNA = TL dan TR
TL d TR
(Hunter, 1990)
• Vir (35 kb, 60 peran) : efisiensi transformasi

• TL + TR Î TL untuk determinasi fenotipa akar & memelihara akar rambut

TL + TR = Inisiasi akar vigorous
• TL : iaa M (tms 1) Triptophan monooksigenase
iaa H (tms 2) Indol acetamide hidrolase IAA

• TR : ip t : Isopentenil pirofosfat Isopentenil

Adenosin monofosfat adenosin SITOKININ

• Strain yang banyak dipakai :

pRi A4, pri Hri, pri 1855, pri 8196, LBA 9457, AT (c15834 dan 07.2001)
Strategi Produksi Metabolit Sekunder dengan KAT
Tanaman

KAT Regenerasi
Varietas/regeneran
(Eksplan)

Seleksi

• KAT • Regeneran
• Produksi Regenerasi • Produksi
• Pertumbuhan • Pertumbuhan
Skala besar Mikropropagasi
(Bioreaktor) (Lapang)
Produksi metabolit
Sekunder
 untuk Produksi Metabolit Sekunder
(PERBAIKAN)
1. Variasi Î seleksi
KAT Î kalus (radiasi) Î variasi Î suspensi sel
Î sel tunggal Î seleksi Î KAT (lini baru)

2. Transformasi
T f i
3. Biotransformasi (+prekusor)
4. Elisitasi : biotik (Co + Cad) + abiotik
5. Regeneran : pRi
6. Pohon induk : produksi tinggi
 TANTANGAN
PRODUKSI METABOLIT SEKUNDER
(Whitaker & Hashimoto, 1985)

1. Mendapatkan varian + sistim kultur untuk produksi

tinggi
2.
2 Mengembangkan bioreaktor yang tepat agar
kemampuan genetis + biokimia sel dapat
dieksploitasi
1. Warna bunga : modifikasi warna
a. Flavonoid, betalain, carotinoid
antisensing Î gen chalcone (petunia, ros, gerbera,   
carnation, krisant)
ti k i t)
b. Golden rice : 
Precusor geranyl diP Î ß‐carotene phytoene synthase

2…
2. Sintesa lignin 
• Industri kertas : dipisahkan lignin dari selulosa (selulosa
lebih berharga
• Lignin Î untuk memudahkan ekstraksi

3. Industri Farmasi
Terutama dari ggolongan
g alkaloid
Mis : Attropa belladona (Yun et al., 1992)
Gen H6H dari Hyoscyamus niger Î Hyoscyamine Î
scopolamine

Penguasaan : Biopathway
• Tanaman menghasilkan senyawa organik (tidak
berhubungan langsung dengan proses produksi
metabolit primer) untuk pertumbuhan & perkembangan
Î metabolit sekunder.
• Fungsi ekologi (ketahanan terhadap faktor biotuk +
penarik polinator dan menyebarkan biji) + untuk
berinteraksi dengan lingkungan (keuntungan
kompetitif) dengan species lain.
• “Natural product” (3 komponen besar) : terpenoid &
steroid, alkaloid dan phenolic (phennyl propanoids).
• Terpenoid (5 karbon) : dari jalur mevalonat + asetat
atau jalur piruvat (gliseroldehid 3-P). Umumnya toksik
h bi id
herbisida.
• Alkaloid dari asam amino. Proteksi tanaman dari
herbivora + senyawa berguna untuk industri farmasi.
• Phenol berasal dari phenyl 1 propanoid, phenyl.
• Fenol dari asam shikimat :
mis : 
a. Tanin, flavonoid, lignin + fenol
sederhana proteksi terhadap PENDEKATAN
herbivora + patogen
+ patogen BIOTEKNOLOGI
b. Flavomoid: pigmen, alelopati
(mempengaruhi pertumbuhan
tanaman lain)
 ƒ Konsentrasi metabolisme
Mis : insektisida alami
ƒ Hasil untuk industri farmasi, Parfum, 
PENDEKATAN kosmetik, insektisida
BIOTEKNOLOGI Î yang bernilai ekonomi tinggi
ƒ Seleksi mutan pada sisten sistem regulator
ƒ Mencegah inhibitor untuk produk target
ƒ Meningkatkan aktifitas enzim
ƒ Modifikasi lintasan yang ada
ƒ Manipulasi gen regulator
ƒ Mengurangi reaksi/lintasan yang sudah ada