Translasi : Sintesis Protein

Translasi adalah proses penerjemahan kode genetik

pada RNA menjadi rangkaian asam amino penyusun
protein.
Gabungan dari banyak asam amino disebut
polipeptida.Polipeptida yang mempunyai berat
molekul kira-kira 10.000 merupakan protein.
mRNA merupakan komplemen dari basa-basa molekul
DNA G-S dan A-U (U= Urasil mengganti T= Timin).
mRNA bermigrasi keluar dari inti sel ke sitoplasma dan
mRNA menempel pada ribosom. Sekumpulan ribosom
yang diikat oleh molekul mRNA disebut poliribosom
atau polisom.Pada ribosom mRNA membentuk
cetakan/template (RNA cetakan) untuk mengurutkan
asam amino tertentu.
Dalam sitoplasma terdapat RNA lain, yaitu tRNA untuk
pemasukan asam amino pada polipeptida. Aktivasi
asam amino dilakukan dengan penambahan ATP.Tiap
asam amino yang diaktifkan menempel pada ujung
tRNA khusus. Ujung lain dari tRNA terdiri dari 3 basa
yang akan bergabung dengan basa komplementernya
pada polisom mRNA.
Jadi urutan basa pada mRNA terpasang dengan asam
amino khusus melalui tRNA.
Ribosom kemudian bergerak sepanjang molekul mRNA
dengan cara seperti rits.
Beberapa asam amino akan bergandengan membentuk
rantai polipeptida.

Informasi genetik berupa basa-basa dibaca dengan arah

5 ‘ ke 3’, diakhiri dengan pembentukan ujung terminal
karboksil pada protein tsb.

Langkah-langkah sintesis protein :

1. Tahap inisiasi (permulaan)
- tRNA sebagai pembawa pesan
- N-formil metionil-tRNA
- Kodon inisiasi pada mRNA yaitu AUG & GUG
- Subunit 30 ribosom (unit kecil)
- Subunit 50 s ribosom (unit besar)
- GTP
- Mg 2 +
- Faktor inisiasi IF-1, IF-2 & IF-3
2. Tahap elongasi (pemanjangan)
- Ribosom 70 s fungsional (kompleks inisiasi)
- tRNA amino asil, dikhususkan oleh kodon
- GTP
- Mg 2 +
- Faktor pemanjangan EF-T terdiri dari subunit
EF-Tu & EF-Ts dan EF-G
 - Enzim peptidil transferase
3. Tahap terminasi (penghentian)
- Kodon terminasi pada mRNA, yaitu UAA, UAG
& UGA
- Faktor pembebas polipeptida
tRNA yang sudah mengikat amino asil disebut
aminoasil –tRNA

Inisiasi terdiri dari 3 tahap:

Tahap I
Ribosom 30 s mengikat IF-3 untuk mencegah
bergabungnya ribosom 30 s dan ribosom 50 s.
Terjadi pengikatan mRNA pada ribosom 30 s,
pengikatan berlangsung sedemikian rupa pada kodon
awal 5’ AUG 3’ mRNA, yaitu pada sisi 5’ AUG.
Urutan basa tersebut dikenali dan berpasangan dengan
basa komplementernya pada tRNA sub unti 16 s (pada
subunit 30 s) dan mRNA ditempatkan pada awal
translasi.
Kodon AUG mengkode metionin, menentukan tempat
formil metionin tRNA.
Tahap II
Ribosom subunit 30 s – IF -3 dan mRNA membentuk
kompleks yang lebih besar dengan mengikat IF-2 yang
mengandung GTP.
tRNA ditempatkan dengan tepat pada kodon inisiasi.

Tahap III
Kompleks berukuran besar tersebut bergabung dengan
ribosom 50 s dan molekul GTP yang terikat pada IF-2
dilhidrolisis menjadi GDP pospat yang segera
dibebaskan.
IF-3 dan IF-2 juga terlepas dari ribosom.
Selanjutnya terbentuk ribosom 70 s fungsional yang
disebut kompleks inisiasi.
Pada titik pengenalan, antikodon triplet pada aminoasil
– tRNA berpasangan secara antiparental dengan triplet
kodon AUG pada mRNA ; titik perlekatan adalah pada
P site (situs P/tempat peptidil) ribosom.
Ribosom mempunyai 2 tempat pengikatan aminoasil-
tRNA, yaitu P site dan A site (situs A/tempat
aminoasil).
Setelah pengikatan pada P site, pengikatan berikutnya
pada A site.
Kompleks inisiasi siap untuk masuk tahap elongasi.
Catatan :
S dari Svedberg, adalah satuan untuk kecepatan
sedimentasi.

Elongasi terdiri dari 3 tahap :

 Tahap pengikatan aminoasil-tRNA ke A site.
Dimulai dengan masuknya aminoasil-tRNA ke A site.
EF-T bergabung dengan GTP membentuk kompleks
EF-Tu-GTP dan melepas subunit EF-Ts.
Ef-Tu –GTP berikatan dengan aminoasil –tRNA yang
kemudian terikat pada ribosom dengan ikatan
hydrogen antara antikodon dan kodon pada mRNA.
Pada saat ini terjadi hidrolisis GTP menjadi GDP +
Pi; GDP keluar dari ribosom dalam bentuk terikat
dengan EF-Tu.

 Tahap pembentukan ikatan peptide.

Kini dalam ribosom terdapat :
- Formil Metionin – tRNA pada P site
- Aminoasil – tRNA pada A site
Yang akan membentuk ikatan peptida dengan
katalisator enzim peptidil transferase, menghasilkan
dipeptidil – tRNA yang terikat pada A site dan P site
terisi tRNA yang tidak mengikat asam amino.
 Tahap translokasi.
tRNA yang tidak bermuatan keluar dari P site.
Ribosom bergerak ke kodon berikutnya pada mRNA
.bersamaan dengan hal tersebut, menjadi perpindahan
di-peptidil – tRNA dari A site ke P site yang
memerlukan EF-G dan GTP.

TERMINASI
Terminasi ditandai dengan kodon terminasi UAA, UAG
& UGA.
Jika pada mRNA dijumpai salah satu kodon tersebut,
tidak ada aminoasil – tRNA yang bergabung dengan A
site pada ribosom.
Release faktor (RF) membaca kodon terminasi :
- RF-1 mengenali UAA & UAG
- Rf-2 mengenali UAA & UGA
Pengikatan RF oleh ribosom menyebabkan hal-hal
berikut :
1. Pemindahan polipeptidil – tRNA dari A site ke P
site; ikatan ester antara rantai polipeptida dengan
tRNA dihidrolisis oleh enzim peptidil transferase.
2. Rantai polipeptida meninggalkan ribosom,
demikian juga halnya dengan tRNA dan mRNA.
3. Ribosom 70 s berdisosiasi menjadi ribosom subunit
30 s dan 50 s, untuk melaksanakan sintesis protein
lainnya.
 PENGARUH ANTIBIOTIKA PADA SINTESIS
PROTEIN

Beberapa antibiotik yang dikenal secara klinis,

berpengaruh pada tahapan sintesis protein. Antibiotik
tersebut akan menghambat hampir pada setiap tahap
sintesis protein.

Puromisin

Salah satu antibiotika penghambat yang terpenting.

Dihasilkan oleh jamur Streptomyces alboniger.
Mempunyai struktur yang mirip dengan 3’ aminoasil – t
RNA; senyawa ini bekerja dengan mengganggu proses
pemanjangan rantai peptide karena bersifat mampu
menggantikan aminoasil-tRNA yang masuk dan
menyebabkan pembentukan peptidil-puromisin. Tidak
ada aminoasil lain yang dapat ditambahkan pada
peptidil-puromisin. Akibatnya senyawa tersebut
dilepaskan dari ribosom dan pembentukan rantai
peptide terhenti.
Kloramfenikol

Dihasilkan oleh Streptomyces venezuelae.

Suatu bakteriostatika berspekirum luas.
Bekerja menghambat pemanjangan rantai peptide
dengan mencegah pembentukan ikatan peptide.

Tetrasiklin

Menghambat sintesis protein pada tahap pemanjangan

dengan menutup site A pada ribosom sehingga ribosom
tidak mampu mengikat aminoasil-tRNA.
Menyebabkan perubahan warna pada gigi yang sedang
tumbuh, maka sebaiknya tidak diberikan pada wanita
hamil dan anak-anak.

Streptomisin

Terikat pada subunit kecil ribosom.Akibatnya fungsi

subunit kecil terganggu, demikian pula ikatan antara
kodon dan antikodon.Karena kodon terbaca salah,
maka asam amino yang ditambahkan pada peptide
tidak sesuai lagi.

Eritromisin
Dihasilkan oleh Streptomyces erythroues.
Menghambat translokasi ribosom, yaitu pada unti besar
ribosom beberapa macam bakteri.
Obat ini dipakai secara luas pada infeksi pediatri.

Sikloheksimid

Merupakan inhibitor yang sebanding dengan

kloramfenikol namun berlangsung pada eukariot.
Menghambat fungsi enzim peptidil transferase pada
subunit besar ribosom 60 s melalui pengikatan
komponen rRNA.

Toksin Difteri

Suatu eksotoksin dari kuman Corynebacterium

diphteriae yang ditulari dengan faga lisogenik yang
spesifik; akan mengkatalisasi reaksi ribosilasi ADP
pada EF-2 dalam sel mamalia dengan mengubah atau
meng-nonaktif-kan faktor-faktor pemanjangan.
Akibatnya sintesis protein berhenti.
Karena toksin ini bekerja secara katalitik terhadap
suatu enzim, maka beberapa molekul saja sudah cukup
untuk menghentikan suatu sintesis protein dan akhirnya
mematikan sel.
Interferon

Juga bekerja secara katalitik dengan menghambat

langkah awal sintesis protein.
Bekerja mengaktifkan suatu kinase protein yang meng-
posporilasi salah satu dari faktor perawalan, sehingga
faktor tersebut mengalami inaktifasi dan sintesis
protein berhenti.
DNA Prokariota

RNA Polimerase
Titik awal

Non-codingstrand3’ 3’
coding strand 3’. . . . .
-30 -20 -10 +10 +20

Up stream down stream

Awal transkripsi

3’ . . . . . . . . . . . . . 5’
-14 -10 -8 0
Pribnow box mRNA

DNA Eukariota

. . . . . . . . . . .
-80 -70 -60 -50 -40 30 -20 -10 0 10 20
-75 ……… mRNA

Hogness box (TATA)

A A
TATAA = 7 nucleotid
T T

5’
3’
RNA pol

mRNA

Prokariota :
Bakteri hanya punya satu macam RNA – polymerase

Eukariota → 3 RNA pol (I, II, III)

RNA pol I → Pra – rRNA
II → Pra – mRNA
 III → Pra - tRNA
TRANSLASI & KODE GENETIK
KODE GENETIK

Yang dimaksud dengan informasi dalam kehidupan sehari-hari adalah sebuah kata atau
susunan beberapa kata. Informasi genetik dalam molekul AND terdiri dari 4 macam kata atau
kode, karena AND mempunyai 4 macam pasangan basa. Kode yang dimaksud ialah kode
genetik, yang menetapkan urutan nukleotida yang berperan menentukan posisi yang tepat dari
tiap asam amino dalam rantai peptide. Unit dasar kode genetika pada AND disebut sebagai
kodon yang berupa suatu triplet dari urutan (pasangan) basa. Untuk sintesis protein
dibutuhkan 3 pasangan basa (triplet), sehingga akan diperoleh 4 = 64 pasangan basa untuk
sintesis protein. Padahal tubuh manusia hanya memerlukan 20 macam protein atau asam
amino.
Tiga kodon, UAA, UAG dan UGA tidak mengkode asam amino apa pun. Pada manusia,
kodon-kodon ini bekerja sebagai terminasi atau tanda berhenti, untuk menunjukkan bahwa
pembentukan polipeptida telah selesai.

1. Kodon dikatakan bersifat degeneratif, karena kebanyakan asam amino mempunyai

lebih dari satu kodon, walaupun satu kodon hanya dapat mengkode satu asam amino
tertentu.
Contoh : serin mempunyai 6 kodon.
Hipotesis Woble :
- Dibuat oleh FHC Crick
- Bahwa basa pada ujung 5 suatu antikodon (pada tRNA) mempunyai peran yang
kurang penting dibandingkan dua basa lainnya dalam berpasangan dengan
kodonnya (komplementer) pada mRNA.
- Contoh : arginin
Kodon (mRNA) (5’) C-G-A (3’) (5’) C-G-U (3’) (5’) C-G-C (3’)
Antikodon (tRNA) (3’) G-C-I (5’) (3’) G-C-I (5’) (3’) G-C-I (5’)
Satu macam antikodon (3’) G-C-I (5’) mengenali tiga kodon yang berbeda.
Dua basa pertama kodon (C&G) membentuk pasangan basa yang kuat dengan dua
basa pada antikodon, sedangkan basa ketiga (A,U&C) membentuk ikatan
hidrogen yang agak lemah dengan basa I (inosin)
- Disimpulkan bahwa basa ke-3 pada kodon berikatan longgar dengan pasangan
basanya pada antikodon.
2. Kodon tidak tumpang tindih (non-overlapping) karena kodon dibaca setiap tiga basa,
dimanapun pembacaan itu dimulai. Tiga basa pertama mengkode asam amino
pertama, tiga basa berikutnya mengkode asam amino kedua, ketiga seterusnya. Urutan
basa ini dibaca tidak terputus dan tidak ada tanda baca selain untuk memulai (kodon
capital) dan mengakhiri (kodon terminasi), yang masing-masing juga terdiri dari tiga
basa. Penyisipan atau pengurangan basa akan merambat ke seluruh informasi genetik
berikutnya.
 Penambahan basa akan menggeser pembacaan informasi genetik; basa yang
mengalami delesi akan ditinggalkan dan dibaca basa berikutnya untuk melengkapi
tiga pasangan basa.
3. Kodon bersifat universal, karena semula dianggap semua organism, baik bakteri,
katak maupun manusia mempunyai kodon yang sama untuk mengkode asam amino
yang sama. Tetapi belakangan ditemukan kekecualian. Mikondria mamalia
menafsirkan beberapa kode secara berbeda; AUA mengkode metionin, UGA
mengkode triptofan, AGA & AGG mengkode berhentinya translasi.
4. Kode yang bebas koma, mRNA dibaca terus, tiap nucleotide menjadi 1 kodon pada
satu waktu tanpa melompati nucleotide yang lain.
5. Tidak bermakna ganda. Berarti bawha satu kodon yang spesifik hanya menentukan
satu asam amino yang tunggal, meskipun 1 asam amino spesifik diperlukan lebih dari
satu kodon.